Pierwsze wzmianki o istnieniu szkoły w Pruścach pochodzą z roku 1423, następne z 1628 roku. Obecny budynek szkoły został oddany do użytku w 1889 roku. Wówczas znajdowały się w nim dwie izby lekcyjne i dwa mieszkania dla nauczycieli.
Dzieci uczęszczające do tamtejszej szkoły pochodziły z terenów: Pruśce, Pruśce Młynek, Stare, Sierniki, Marlewo wieś i folwark oraz Biniewo. Kierownikiem szkoły był Polak - Seweryn Wilkoszewski, który urzędował przeszło 30 lat, aż do roku 1924. W roku 1905 szkoła tutejsza, a właściwie dzieci tutejszej szkoły brały udział w strajku szkolnym, który trwał kilka tygodni.
Po powstaniu Państwa Polskiego szkoła była organizacyjnie szkołą dwuklasową, a następnie w roku szkolnym 1930/31 została, z braku odpowiedniej ilości dzieci, zamieniona na jednoklasową. W tym czasie kierownikiem był Stanisław Wróblewski.
Po Stanisławie Wróblewskim kierownictwo objął Jan Kadziszewski, a po nim Władysława Braumowa, która pracowała na tym stanowisku aż do końca roku szkolnego 1938/39.
Ciężki okres dla szkoły, jak i dla mieszkańców Prusiec i okolic nastał z chwilą wybuchu II wojny światowej - 1 września 1939 roku.
W tym czasie w szkole zniszczono wszystkie pomoce naukowe, ilustracje, obrazy, bibliotekę, pościągano ze ścian krzyże. Od początku okupacji w szkole mieścił się posterunek żandarmerii. W 1942 roku żandarmi wyprowadzili się ze szkoły na probostwo, a w budynku szkolnym uruchomiono szkołę niemiecką dla dzieci polskich. Językiem wykładowym był język niemiecki.
Zmuszano dzieci polskie do brania udziału w różnych uroczystościach związanych z chwilowymi sukcesami wojsk niemieckich na frontach. Bito dzieci za najmniejsze przewinienia np. za posiadanie polskich książek, posługiwanie się językiem polskim na przerwach.
W dniu 23 stycznia przed południem, ok. godziny 11 od strony Wągrowca wjechał do wioski jeden czołg sowiecki. Pruśce zostały wyzwolone. W lutym 1945 roku powrócił z niewoli niemieckiej mianowany 23 lutego 1945 roku na kierownika szkoły Stanisław Dworakowski i szkoła prężnie rozpoczęła swoją działalność.
Organizowano akademie z okazji Święta Oświaty, Dnia Matki, Święta Pracy, uroczystości gwiazdkowe z gwiazdorem i prezentami dla dzieci, letnie kolonie w Łeknie i Skokach, zawody sportowe. Dla rodziców urządzano wieczorki towarzyskie. Powstały też koła PCK i Spółdzielnia Uczniowska prowadzona przez uczniów. W tym czasie pracowała w naszej szkole nauczycielka Helena Piekłówna, którą do dziś bardzo dobrze pamiętają starsi mieszkańcy naszej społeczności.
Dnia 1 września 1955 roku pracę w szkole rozpoczęli nowi nauczyciele. Kierownikiem szkoły została Alina Martyńska (Waszkowiak). Obowiązki kierownika pełniła przez 12 lat.
W szkole działała drużyna harcerska, która organizowała bale i biwaki harcerskie dla dzieci i rodziców.
Szkoła pracowała swoim rytmem. Organizowano baliki dziecięce, akademie z okazji Dnia 1 Maja, Międzynarodowego Dnia Dziecka, Dnia Nauczyciela, Rewolucji Październikowej, Szkolnego Święta Sportu i innych.
31 lipca 1958 roku do budynku szkoły przyłączona została energia elektryczna. Pierwszym sprzętem elektrycznym jaki szkoła otrzymała było radio marki Kapryś, a pierwszy telewizor zainstalowano 3 lata później w gromadzkiej świetlicy.
Z dniem 1 września 1958 roku podniesiono stopień organizacyjny szkoły. W placówce wprowadzono program siedmioklasowy realizowany przez czterech nauczycieli. Obowiązek szkolny w tym czasie realizuje 76 uczniów. Dzieci biorą udział w akademiach, kuligach, balikach, zawodach sportowych, wycieczkach.
We wrześniu 1962 roku odbyło się zebranie organizacyjne Komitetu Odbudowy Domu Kultury w Pruścach. Rozpoczęto odbudowę Domu Kultury, który został oddany do użytku w 1964 roku.
Absolwentami roku szkolnego 1965/66 jest tylko dwóch uczniów, reszta uczniów pozostała w murach szkoły stanowiąc pierwszą ósmą klasę. W szkole wówczas uczyło się ponad 100 uczniów.
Uczniowie klasy I z wychowawcą Jadwigą Zawiasa.
Uczniowie klasy II z wychowawcą Heleną Muszyńską.
Uczniowie klasy III i IV z wychowawcą Ireną Dołyk.
Uczniowie klasy V i VI z wychowawcą Ewą Wiśniewską.
Uczniowie klasy VII i VIII z wychowawcą Aliną Waszkowiak.
We wrześniu 1967 roku kierownictwo ośmioklasowej szkoły objęła Pani Anna Witkowska, która pracowała na tym stanowisku do czasu przejścia na emeryturę w czerwcu 1980 roku.
Uczniowie biorą udział w spotkaniach z przedstawicielami Ludowego Wojska Polskiego, w obchodach rocznic Wielkiej Rewolucji Październikowej, rocznic wyzwolenia naszych okolic, organizowane są akademie z okazji Dnia Nauczyciela i Święta Pracy.
We wrześniu 1972 roku do naszej szkoły przyjęto uczniów klas V VIII z Siernik, z powodu reorganizacji tamtejszej placówki. Od roku 1974 tworzy się szkoły zbiorcze. Zostaje zlikwidowana szkoła w Siernikach, dzieci starsze dowożone są autobusem do Zbiorczej Szkoły Gminnej w Wągrowcu, a dzieci młodsze pojazdem konnym do szkoły w Pruścach. Szkoła w Pruścach wchodzi w skład Zbiorczej Szkoły Gminnej w Wągrowcu jako jej filia. W szkole prusieckiej rozpoczęły naukę dzieci w klasach I IV i w Ognisku Przedszkolnym. Od 1977 roku (po zmianie granic gmin) dzieci uczęszczają do Szkoły Podstawowej Nr 2 w Rogoźnie.
Uczniowie klasy I z nauczycielką Wandą Piekarską.
Uczniowie klasy II z nauczycielką Wandą Piekarską.
Uczniowie klasy III i IV z nauczycielkami Anną Witkowską i Wandą Piekarską.
Od września 1980 roku kierownikiem szkoły została Wanda Piekarska (obecnie Kliszewska). Obowiązki pełniła do momentu przejścia na emeryturę w 1990 roku.
Rok 1981 był trudnym okresem dla szkół ze względu na ogłoszenie stanu wojennego w Polsce w nocy z 12/13 grudnia. W tych okolicznościach Ministerstwo Oświaty i Wychowania ogłosiło ferie zimowe od 14 grudnia do 3 stycznia 1982 roku. Efektami stanu wojennego były braki przyborów szkolnych, butów, tenisówek i zaopatrzenia w artykuły spożywcze. Wraz ze zwiększającą się ilością uczniów (wyż demograficzny) szkoła w związku ze zbyt małą liczbą izb lekcyjnych wprowadziła system dwuzmianowy dla dwóch oddziałów przedszkolnych, zajęcia odbywały się, aż do godziny 17:00.
Uczniowie klasy I z wychowawczynią Jadwigą Zawiasa i panią dyrektor.
Uczniowie klasy III z gronem nauczycielskim
Dzieci z Oddziału Przedszkolnego z wychowawczynią Ewą Kubisz.
Uczniowie klasy I z nauczycielami
Uczniowie klasy III z nauczycielami.
Dzieci z Oddziału Przedszkolnego.
W 1990 roku dyrektorem szkoły została Iwona Lewandowska (obecnie Gruszka). Funkcję tę pełni do dnia dzisiejszego.
W szkole uczą się dzieci w oddziałach przedszkolnych i w klasach od I do IV. Grono pedagogiczne czyni starania o podwyższenie stopnia organizacyjnego szkoły: o w 1991 roku do klasy V włącznie, o w 1993 do klasy VI włącznie, o w 1995 do klasy VII, o w 1996 roku szkoła staje się pełną ośmioklasową szkołą podstawową z oddziałem przedszkolnym.
Podwyższenie stopnia organizacji szkoły, było możliwe dzięki pozyskaniu nowych izb lekcyjnych. Zaadaptowano na klasy szkolne mieszkanie kierownika szkoły, użytkowano salkę katechetyczną i Wiejski Dom Kultury, który w 1992 roku przekazano na cele szkolne.
W październiku 1996 roku nawiązaliśmy współpracę z naszymi Przyjaciółmi z Holandii skupionymi wokół C. N. Koomen.
W tym czasie szkoła kształciła ponad 150 uczniów. Tak duża liczba dzieci nie mieściła się w murach szkoły, w związku z tym powstała myśl rozbudowy lub budowy nowej szkoły. Reforma oświatowa w 1999 roku rozwiązała ten problem. Powstaje sześcioletnia Szkoła Podstawowa w Pruścach z Oddziałem Przedszkolnym.
Lata 2002-2009 to czas największych zmian bazy szkoły. W tym okresie przeprowadzono generalny remont wszystkich pomieszczeń szkoły. Wybudowano sanitariaty, wymieniono stolarkę okienną i drzwiową. Zaadaptowano mieszkanie nauczycielskie na: bibliotekę, salę komputerową, kuchnię i izbę pamięci. Zainstalowano centralne ogrzewanie w budynkach szkolnych. Powstała biblioteka multimedialna, dwie sale komputerowe, w tym Centrum Kształcenia na Odległość na Wsiach. Zagospodarowano otoczenie szkoły tworząc przyszkolne edukacyjne ogrody przyrody. Szkoła nabiera blasku.
Ważnym wydarzeniem w życiu szkoły było nadanie szkole imienia Wielkiego Polaka Jana Pawła II. Uroczystości odbyły się 30 maja 2008 roku.
My dzisiaj.