Wstęp do obsługi bazy danych Reaxys

Transkrypt

1 Wstęp do obsługi bazy danych Reaxys Baza danych Reaxys pozwala na przeszukiwanie literatury z zakresu chemii, biologii i nauk pokrewnych. Przeszukiwanie literatury odbywać się może na różnych drogach: - literatura; - związki, nazwy i formuły; - reakcje (dodatkowo można użyć aplikacji Synthesis Plans ). W dalszej części instrukcji: -pole zakreślone niebieskim kółkiem oznacza tylko zaznaczenie, aby zwrócić Państwa uwagę; -niebieskie kółko ze strzałką oznacza, miejsce w które należy kliknąć myszą aby przeprowadzić kolejny krok.

2 Przeszukiwanie Literaturowe

3

4 Po naciśnięciu poprzednio zaznaczonego okna otworzy się następujące pole w którym w zależności od potrzeb możemy dokonać przeszukiwania tematycznego

5 Dokonamy wyszukiwania autora anslyn. Po wprowadzeniu danych możemy rozpocząć wyszukiwanie poprzez naciśnięcie pola SEARCH LITERATURE

6 Po zakończeniu wyszukiwania otrzymamy nowy widok strony gdzie zostaną pokazane wyniki przeszukania.

7 Gdy uznamy że wyszukiwanie pokazało zbyt dużo rezultatów, możemy powtórzyć wyszukiwanie autora anslyn, z równoczesnym zawężeniem przeszukiwania tylko do artykułów i np. konkretnego czasopisma: Journal of the american chemical society. Po wprowadzeniu danych możemy rozpocząć wyszukiwanie poprzez naciśnięcie pola SEARCH LITERATURE

8 Jak widać zdecydowanie zmniejszyło to liczbę uzyskanych wyników. czerwonych rozszerzeń pod każdym cytowaniem. Można obejrzeć je dokładniej, w tym celu należy skorzystać z

9 Tu widać efekt po naciśnięciu pola Title/Abstract

10 Jeśli z komputera na którym Państwo pracujecie macie dostęp do wersji elektronicznych publikacji, można bezpośrednio przejść do wyszukanego artykułu, w tym celu należy nacisnąć pole Full text

11 Otworzy się następujące okno. Wtedy należy poczekać, albo nacisnąć czerwony numer DOI i otworzy się odpowiedni dokument

12 Przeszukiwanie poprzez struktury, nazwy lub skład pierwiastkowy

13

14 Po wciśnięciu pola Names & Folmulas otworzy się następujące pole. Podczas tego rodzaju przeszukiwania musimy narysować związek którego szukamy. W tym celu musimy posłużyć się specjalnym programem do rysowania (MarvinSketch)

15 Po włączeniu tego programu uzyskujemy okno, w którym możemy narysować interesujący nas związek.

16 Dokonamy wyszukiwania syntezy Sultamu Oppolzera. Narysowaliśmy strukturę interesującej cząsteczki. Po zakończeniu rysowania w lewym dolnym rogu ekranu naciskamy pole Transfer Query co pozwoli na przeniesienie naszego zapytania do programu Reaxys.

17 Tak będzie wyglądać strona po zaimportowaniu danych. Jeśli wszystko się zgadza rozpoczynamy przeszukiwanie bazy, naciskając SEARCH SUBSTANCES.

18 Po zakończeniu przeszukiwania program wyświetli wyniki, które możemy przeglądać, dokonywać ich zawężania.

19 Jeśli w ramach wyszukiwania liczba uzyskanych reakcji jest zbyt mnoga, można dokonać zawężenia poszukiwań wśródjuż uzyskanych artykułów. Do tego służy kolumna po lewej stronie Filter by:

20 Zawężenia uzyskanych wyników tylko do publikacji najnowszych tzn. z lat , dokonamy poprzez ich zaznaczenie. Następnie należy nacisnąć pole Limit to

21 Operacja ta doprowadziła do 16 w porównaniu do poprzednio uzyskanych 197 reakcji.

22 Aby powrócić do strony głównej bazy i dokonać nowego wyszukiwania należy nacisnąć pole Query

23 Aby dokonać wyczyszczenia poprzednio wpisanych danych wciskamy przycisk Clear Query

24 Możemy teraz dokonać innego przeszukania poprzez nazwą substancji.

25 Wyszukamy hasło methanol. Podczas wpisywania baza podpowiada nam podobne sformułowania które znalazła, można z nich skorzystać ale nie jest to konieczne. Możemy rozpocząć przeszukiwanie.

26 Po zakończeniu wyszukiwania uzyskujemy tabelę wyników, gdzie w kolumnie po lewej stronie możemy odszukać dane fizykochemiczne związku. Po naciśnięciu interesującego nas pola dane te pojawią się.

27 Naciskamy pole Physical Data. Otworzy się okno. Gdy nie znajdziemy interesujących nas parametrów naciskamy pole more.

28 Pojawi się tabela. Możemy zaznaczyć interesujące nas dane. Tu zaznaczono temperaturę wrzenia: boiling point. Naciskamy komendę: Limit to

29 Po zakończeniu przeszukiwania program wyświetli wyniki, które możemy obejrzeć nasiskając view all.

30 Pojawi się tabela z danymi liczbowymi, z dodatkową pełną informacją bibliograficzną.

31 Wyszukamy kolejne hasło menthol. Możemy rozpocząć przeszukiwanie.

32 Po zakończeniu wyszukiwania uzyskujemy tabelę wyników, gdzie w dodatkowej kolumnie przy każdym znalezionym wyszukaniu znajdują się dostępne dla tej cząsteczki dane. Po naciśnięciu interesującego nas pola dane te pojawią się.

33 Wybieramy interesujący nas parametr, temperatura wrzenia

34 Pojawi się tabela z danymi liczbowymi, z dodatkową pełną informacją bibliograficzną.

35 Przeszukiwanie poprzez reakcje

36

37 Przeszukanie jest analogiczne do szukania poprzez strukturę. Używając programu Marvin Sketch rysujemy poszukiwaną reakcję i dokonujemy przeszukania. Zobacz powyżej zamieszczone przeszukanie przez strukturę.

38 Dodatkową funkcją przydatną przy planowaniu syntezy jest aplikacja Synthesis Plans

39

40 W celu rozpoczęcia przeszukania należy nacisnąć pole New.

41 Należy otworzyć program do rysowania

42 Rysujemy cząsteczkę której drogi syntetycznej poszukujemy. Następnie eksportujemy wszystko do bazy Reaxys.

43 Po zaimportowaniu danych zaczynamy przeszukiwanie bazy.

44 Po zakończeniu wyszukiwania, uzyskujemy listę rezultatów. Po ich obejrzeniu i określeniu która reakcja nas interesuje naciskamy występujący przy niej przycisk Add selected, wtedy nastąpi przeniesienie tego etapu do okna zbiorczego na górze strony.

45 Aby wyszukać dalszą drogę syntetyczną nowo wyszukanego związku, w oknie zbiorczym pod substratem naciskamy pole Synthesize

46 Uzyskamy wtedy pasek rozszerzenia gdzie wybieramy opcję Manually. Co rozpocznie proces wyszukiwania sposobu syntezy tego związku.

47 Ponownie uzyskamy listę reakcji, tę która nas interesuje należy dodać do okna głównego poprzez naciśnięcie Add selected

48 Po zakończeniu wyszukiwania całego ciągu syntetycznego uzyskane dane można zapamiętać w formie PDF. W tym celu należy nacisnąć pole EXPORT.

49 Potwierdzamy chęć uzyskania pliku PDF

50 Dokonujemy ściągnięcia i zapamiętania pliku.

51 Uzyskany PDF