Stacja Zasobów Genetycznych Drobiu Wodnego w Dworzyskach. Recenzja rozprawy doktorskiej. pt. KOMPUTEROWE WSPOMAGANIE ANALIZY I PROCESU DECYZYJNEGO W

Transkrypt

1 Poznań, 8 sierpnia 2019 dr hab. Mirosław Lisowski Instytuty Zootechniki PIB Zakład Doświadczalny Kołuda Wielka Stacja Zasobów Genetycznych Drobiu Wodnego w Dworzyskach Kórnik k. Poznania Tel miroslaw.lisowski@izoo.krakow.pl Recenzja rozprawy doktorskiej pt. KOMPUTEROWE WSPOMAGANIE ANALIZY I PROCESU DECYZYJNEGO W HODOWLI ZARODOWEJ DROBIU WYKORZYSTUJĄCE TECHNOLOGIE RELACYJNE I GRAFOWE autorstwa mgr. inż. Przemysława Idziaszka wykonanej pod kierunkiem prof. dr. hab. inż. Wojciecha Muellera w Instytucie Inżynierii Biosystemów Wydział Rolnictwa i Bioinżynierii Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu W 2015 roku Polska stała się liderem w produkcji mięsa drobiowego oraz zajęła siódmą pozycję pod względem produkcji jaj konsumpcyjnych wśród wszystkich krajów Unii Europejskiej. Do niewątpliwych zalet polskiego sektora drobiarskiego należy bardzo dobra organizacja, nowoczesna infrastruktura, elastyczność względem odbiorcy finalnego oraz wysoka jakość i bezpieczeństwo proponowanych produktów. W przypadku produkcji jaj 1

2 konsumpcyjnych niemal 90% polskiej produkcji prowadzone jest w oparciu o zagraniczne zestawy towarowe proponowane przez trzy globalne koncerny hodowlane. W naszym kraju, do chwili obecnej, funkcjonują jedynie trzy fermy zarodowe drobiu. Dwie z nich zajmują się hodowlą zarodową kur, a jeden gęsi. Należy zaznaczyć, że w dwu z wyżej wymienionych ośrodków prace selekcyjne, zmierzające do określenia wartości hodowlanej prowadzone są poprzez wykorzystanie opracowanego w latach 70 poprzedniego wieku systemu SELEKT. Wartość hodowlana, wyznaczana w tej aplikacji jest na podstawie indeksu selekcyjnego osobników. System ten wymaga do działania przestarzałego systemu operacyjnego MS-DOS, a do przechowywania danych wykorzystywany jest format dbase, aktualnie już marginalny. Istotne w hodowli parametry jak współczynnik inbredu czy pokrewieństwa nie są wyznaczane z powodu braku implementacji tych funkcjonalności w obecnie używanym oprogramowaniu. Natomiast tworzenie stad selekcyjnych odbywa się w sposób manualny (na papierze), bez użycia dedykowanego systemu informatycznego. Od wielu lat w hodowli drobiu na świecie wykorzystywana jest metoda BLUP (ang, Best Linear Unbiased Prediction - Najlepsza Liniowa Nieobciążona Predykcja), która oferuje dużo bardziej efektywny schemat selekcyjny. Dlatego opracowanie systemu informatycznego, implementującego między innymi metodę BLUP, umożliwiającego oszacowanie współczynnika inbredu oraz pozwalającego na automatyczne tworzenie stadek selekcyjnych w znacznym stopniu ułatwi zarządzanie stadami zarodowymi drobiu. Z satysfakcją należy odnieść się więc do tematyki recenzowanej dysertacji doktorskiej dobrze wpisującej się nurt badań niosących zarówno walory poznawcze jak i utylitarne. 2

3 1. Ogólna charakterystyka dysertacji. Oceniana rozprawa doktorska ma strukturę typową dla oryginalnych prac twórczych i składa się ze streszczenia, wprowadzenia, przeglądu literatury obejmującego: hodowlę zarodową drobiu, poziom inbredu, wartość hodowlaną (w tym: system SELEKT, metoda BLUP i model zwierzęcia), nowoczesne technologie informatyczne (w tym: relacyjna baza danych MS SQL SERVER, grafowa baza danych NEO4J, platforma.net, ASP.NET Core MVC, ASP.NET Core API, REST & JSON, Entity Framework Core, biblioteka vis.js, biblioteka chart.js, biblioteka js-grid, biblioteka EPPlus, konteneryzacja aplikacji, środowisko R, Azure DevOps), problemu naukowego, celu i zakresu pracy, modelowaniu dziedziny problemowej (w tym: diagram przypadków użycia, diagram relacyjnej bazy danych, schemat bazy grafowej, struktura systemu SELEKTOR, algorytm tworzenia stadek selekcyjnych), systemu informatycznego SELEKTOR (w tym: aplikacja internetowa MVC obejmująca: zarządzenie stadem, graf pokrewieństwa, współczynnik inbredu, wartość hodowlaną, zestawianie stadek selekcyjnych oraz agent sprawdzający poprawność danych, agent synchronizacji danych, agent obliczający inbred, agent obliczający wartość hodowlaną metodą BLUP), wyników badań (w tym: pozyskiwanie i migrację danych i poprawę jakości danych), weryfikacji i walidacji systemu SELEKTOR (walidacja współczynnika inbredu i wartości hodowlanej, podsumowania walidacji systemu), podsumowania, wniosków, zaleceń, dodatkowych funkcji systemu (wizualizacje w tym panel administratora, API aplikacji), literatury, źródeł internetowych, spisu tabel i wykresów oraz spisu ilustracji. W tekście jest 7 tabel, 7 wykresów oraz 76 rysunki. Spis literatury składa się z 70 odpowiednio dobranych pozycji oraz adresów 27 stron internetowych. 3

4 Wysoko oceniam zastosowane nowoczesne technologie informatyczne, co z jednej strony wskazuje na dużą ich znajomość, a z drugiej na doskonałe przygotowanie Doktoranta z zakresu aplikacji nowoczesnych metod informatycznych. Do najważniejszych wyników uzyskanych w recenzowanej dysertacji zaliczam: opracowanie narzędzia informatycznego SELEKTOR, które w sposób pełniejszy odwzorowuje system empiryczny, jakim jest hodowla zarodowa drobiu, niż dotychczas stosowana aplikacja SELEKT. System ten umożliwia obliczenie wartości hodowlanej z wykorzystaniem metody BLUP oraz pozwala również na wyznaczenie współczynnika inbredu poszczególnych osobników; uzupełnienie systemu SELEKTOR o funkcję wspomagania procesu tworzenia stadek selekcyjnych drobiu z uwzględnieniem wartości hodowlanej wybranych cech osobników wyznaczonych metodą BLUP i przyporządkowanych im wag, stopnia pokrewieństwa i innych; walidację współczynnika inbredu i wartości hodowlanej w aplikacji SELEKTOR; w procesie implementacji proponowanego systemu wykorzystano różnorodne najnowsze technologie informacyjne w tym bazy relacyjne i grafowe, kierując się przy ich wyborze względami ekonomicznym. Dlatego, z uznaniem należy odnieść się do opanowania nowoczesnych technologii informatycznych, które zostały użyte do wytworzenia ocenianego systemu SELEKTOR. 4

5 2. Uwagi i komentarze Rozdział 2.3 (Wartość Hodowlana) na stronie 17 W praktyce, dla poszczególnych cech otrzymuje się oszacowane wagi, które są podstawą do wyznaczenia wartości hodowlanej (oraz przygotowania rankingu w oparciu o jej wartości) dla poszczególnych osobników. Metoda BLUP w odróżnieniu od indeksów selekcyjnych od razu dostarcza wyników oceny wartości hodowlanej. Natomiast w rozdziale 8 (Podsumowanie) na stronie 103 Użytkownik w zależności od posiadanego poziomu uprawnień posiada wgląd w kartoteki osobników czy globalne ustawienia systemu, gdzie definiowane są między innymi wagi dla poszczególnych cech możliwych do wykorzystania podczas kalkulacji wartości hodowlanej przy użyciu metody BLUP. Czy system SELEKTOR oszacowuje wagi cech sam? Czy użytkownik systemu ma możliwość ich korekty? Rozdział (METODA BLUP I MODEL ZWIERZĘCIA) na stronie 19 Niejednorodny poziom genetyczny osobników w stadzie jest powodem różnicy w ich średniej wydajności, względnie produkcyjności moim zdaniem lepiej byłoby użyć sformułowania zmienność genetyczna? 3. Wniosek końcowy Stwierdzam, że przedstawiona mi do oceny praca pt. Komputerowe wspomaganie analizy i procesu decyzyjnego w hodowli zarodowej drobiu wykorzystujące technologie relacyjne i grafowe spełnia wymogi stawiane dysertacjom doktorskim. określone w Art. 13 Ustawy z dnia r. roku o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz a stopniach 5

6 i tytule w zakresie sztuki wraz późniejszymi zmianami (Dz. U., poz. 882 z dnia r.). Biorąc powyższe pod uwagę, występuję do Wysokiej Rady Wydziału Rolnictwa i Bioinżynierii Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu o dopuszczenie mgra inż. Przemysława Idziaszka do dalszych etapów postępowania w sprawie nadania stopnia doktora nauk rolniczych. 6