Współpraca dyrekcji GWPK w Kowalu, RDOŚ w Bydgoszczy i gmin, na terenie których zlokalizowane są obszary Natura 2000 Gostynińsko-Włocławski Park Krajobrazowy został utworzony w 1979 roku uchwałą Nr XIX/70/79 Wojewódzkich Rad Narodowych w Płocku i Włocławku z dnia 5 kwietnia 1979roku i rozporządzeniem nr 37/2004 wojewody kujawsko pomorskiego z dnia 3 grudnia 2004 roku w sprawie Gostynińsko Włocławskiego Parku Krajobrazowego w części województwa kujawsko pomorskiego (Dz. Urz. woj. kujawsko pomorskiego z dnia 7 grudnia 2004 roku, nr 120, poz. 2017) w sprawie Gostynińsko-Włocławskiego Parku Krajobrazowego w części województwa kujawsko-pomorskiego oraz rozporządzeniem nr 56 wojewody mazowieckiego z dnia 17 maja 2005 roku w sprawie Gostynińsko Włocławskiego Parku Krajobrazowego w części położonej w województwie mazowieckim (Dz. Urz. Wojewody Mazowieckiego z dnia 17 maja 2004 roku, nr 120, poz. 3562). Gostynińsko-Włocławski Park Krajobrazowy położony jest na pograniczu województw: kujawsko pomorskiego i mazowieckiego. Obejmuje obszar 38.950 ha, w tym na terenie województwa kujawsko-pomorskiego 22.200 ha, a na terenie województwa mazowieckiego 16.750 ha. Park powołany został dla ochrony części obszaru Pojezierza Gostynińskiego ze względu na występujące rzadkie i chronione gatunki grzybów, roślin i zwierząt oraz ich siedliska bytowania, a także dla ochrony kultury materialnej regionu, popularyzację i promocję walorów przyrodniczych, historycznych Kujaw i Mazowsza. Na terenie Gostynińsko Włocławskiego Parku Krajobrazowego znajdują się cztery obszary Natura 2000 Błota Rakutowskie, Żwirownia Skoki (zarządzane przez RDOŚ w Bydgoszczy) i Uroczyska Łąckie, Dolina Skrwy Lewej (zarządzane przez RDOŚ w Warszawie). Błota Rakutowskie PLB040001 Ostoja ptasia o randze europejskiej E 42. Występuje co najmniej 24 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Rady 79/409/EWG, 7 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK). W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej (C3 i C6) następujących gatunków ptaków: podróżniczek (PCK), gęgawa, śmieszka, sieweczka obrożna (PCK); stosunkowo licznie (C7) występuje błotniak łąkowy, rtbitwa czarna i dzięcioł średni. W okresie wędrówek występuje co najmniej 1% populacji szlaku wędrówkowego (C3) głowienki i gęgawy; ptaki wodno-błotne występują w koncentracjach powyżej 20000 osobników (C4); stosunkowo duże koncentracje (C7), osiąga cyraneczka, czernica, płaskonos, łyska, krwawodziób, czajka i rybitwa czarna. Żwirownia Skoki PLB040005 W okresie lęgowym ostoja ważna dla gatunków z załącznika I Dyrektywy Ptasiej: mewy czarnogłowej i rybitwy rzecznej (>1% populacji krajowej, kryterium C6) oraz śmieszki, i ohara nie wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej (>1% populacji krajowej). Ponadto obszar jest ważnym miejscem lęgowym mewy siwej. Rybitwa rzeczna - ocena ogólna B, w tym: Populacja: 125 par w 2013 r. (2,8-3,1 % populacji krajowej, wg Sikora i in. 2007, Wilk i in. 2010) - ocena B; Zachowanie: ocena B, w tym: Stopień zachowania siedliska: III (elementy średnio zachowane lub częściowo zdegradowane) postępująca sukcesja roślinności zielnej
(głównie trzciny), krzewiastej i drzewiastej jest czynnikiem limitującym i powoduje wycofywanie się gatunku z wysp, dodatkowo obszar pozostaje pod umiarkowaną presją turystyczną; Możliwość odtworzenia - łatwe - usunięcie z powierzchni wysp roślinności zielnej (kłączy trzciny) oraz krzewiastej i drzewiastej pozwoli na przywrócenie siedlisk gatunku; Podsumowanie: stopień zachowania cech siedliska gatunku III (elementy średnio zachowane lub częściowo zdegradowane), przy możliwości odtworzenia I (odtworzenie łatwe). Izolacja: ocena C. Mewa czarnogłowa ocena ogólna B, w tym: Populacja: 1 para w 2013 r. (1,0-1,8 % populacji krajowej, wg Sikora i in. 2007, Wilk i in. 2010) ocena A; Zachowanie: ocena B, w tym: Stopień zachowania siedliska: III (elementy średnio zachowane lub częściowo zdegradowane) postępująca sukcesja roślinności zielnej (głównie trzciny), krzewiastej i drzewiastej jest czynnikiem limitującym i powoduje wycofywanie się gatunku z wysp, dodatkowo obszar pozostaje pod umiarkowaną presją turystyczną; Możliwość odtworzenia łatwe usunięcie roślinności zielnej oraz krzewiastej i drzewiastej pozwoli na przywrócenie siedlisk gatunku; Podsumowanie: stopień zachowania cech siedliska gatunku III (elementy średnio zachowane lub częściowo zdegradowane), przy możliwości odtworzenia I (odtworzenie łatwe). Izolacja: ocena B. śmieszka - ocena ogólna B, w tym: Populacja: 2081 par w 2013 r. (2,3-2,6 % populacji krajowej, wg Sikora i in. 2007, Wilk i in. 2010) - ocena B; Zachowanie: ocena B, w tym: Stopień zachowania siedliska: III (elementy średnio zachowane lub częściowo zdegradowane) postępująca sukcesja roślinności zielnej (głownie trzciny), krzewiastej i drzewiastej jest czynnikiem limitującym i powoduje wycofywanie się gatunku z wysp, dodatkowo obszar pozostaje pod umiarkowaną presją turystyczną; Możliwość odtworzenia - łatwe - usunięcie roślinności zielnej (klaczy trzciny) oraz krzewiastej i drzewiastej pozwoli na przywrócenie siedlisk gatunku; Uroczyska Łąckie PLH140021 Uzupełnia reprezentację geograficzną niektórych siedlisk i gatunków. Stanowisko aldrowandy, choć niewielkie, jest ważne dla zachowania zasięgu tego gatunku w Polsce. Dolina Skrwy Lewej PLH140051 Ostoja ma na celu ochronę zbiorowisk łęgowych (91E0) w dolinie małej rzeki wraz z fragmentami zbiorowisk wilgotnych łąk. Wartość ostoi podkreśla stanowisko storczyka obuwika. Ze względu na dużą presję antropogenną, która stanowi zagrożenie dla wartości zasobów Parku, Rada Gostynińsko Włocławskiego Parku Krajobrazowego współpracuje z RDOŚ w Bydgoszczy, RDOŚ w Warszawie i gminami na których zlokalizowane są obszary Natura 2000 Baruchowo, Kowal, Nowy Duninów, Łąck, Włocławek. Współpraca ta obejmuje szereg różnorodnych działań m.in.: zachowanie celu ochrony; przebudowe drzewostanów zgodnie z Zasadami Hodowli Lasu i Zasadami Gospodarowania w Lasach w obrębie Leśnego Kompleksu Promocyjnego; poprawe stosunków wodnych - opracowanie programu retencji zasobów wodnych; pozostawienie na powierzchni drzew dziuplastych oraz leżaniny;
przeciwdziałanie zmniejszeniu i fragmentaryzacji terenów otwartych; ochrona przed presją turystyczną; ograniczenie dostępu do linii brzegowej polegające na utrzymaniu lub wprowadzeniu zakrzewień i szuwarów (szuwar pałkowy, szuwar trzcinowy) wokół zbiorników; zachowanie dotychczasowego sposobu użytkowania gruntów rolnych, głównie trwałych użytków zielonych, inwentaryzacja elementów przyrody ożywionej i nieożywionej kwalifikujące się do objęcia ochroną prawną w formie pomnika przyrody. kontrola stanu zdrowotnego potencjalnych pomników przyrody. Dla zachowania różnorodności genowej należy dążyć, by pozyskiwany materiał siewny (głównie drzew i krzewów leśnych) pochodził z jak największej liczby osobników oraz różnych miejsc nadleśnictw. Inicjowanie odporności biologicznej drzewostanów już na etapie szkółkarstwa. Dla zachowania różnorodności gatunkowej w lasach należy zwracać szczególną uwagę na skład gatunkowy drzew oraz wielopiętrową strukturę lasów. W lasach na siedliskach żyźniejszych należy dążyć do zapewnienia dostępu światła do dolnych warstw lasu, by stworzyć warunki dla rozwoju wszystkich warstw ekosystemu leśnego. W celu zachowania różnorodności ekosystemowej należy jak najszerzej wykorzystać zmienność w ramach mikrosiedlisk, wprowadzając na te niewielkie powierzchnie właściwe im gatunki. Należy podjąć działania ograniczające presję obcych gatunków głównie czeremchy amerykańskiej. W celu zachowania bogactwa i różnorodności krajobrazowej należy pozostawić śródleśne łąki, bagna, nieużytki i inne otwarte powierzchnie Ze względu na ważną przyrodniczą rolę torfowisk w krajobrazie, istnieje pilna konieczność ich inwentaryzacji i ochrony, a przede wszystkim zabezpieczenie przed dewastacją i intensywnym użytkowaniem. Utrzymanie śródleśnych łąk w dotychczas stosowanym sposobie użytkowania (łąki i pastwiska kośne). Łąki (na głębokich torfach) należy pozostawić w dotychczasowym użytkowaniu. Wspomaganie, na wydzielonych obszarach, tradycyjnej gospodarki rolnej, w celu zachowania różnorodności zbiorowisk segetalnych, Zachowanie przez rolników upraw dawnych odmian drzew owocowych w przydomowych sadach, Skutecznie utrzymywać populacje gatunków ptaków, stosując tradycyjne metody ochrony biologicznej lasu tj. ptaki - wyznaczanie stref ochronnych, pozostawianie wykrotów jako potencjalnego miejsca gniazdowania, wystawianie dosiadów na skrajach lasów, uprawach leśnych i łąkach śródleśnych. Dla ptaków związanych z ekosystemami torfowiskowymi, bagiennymi i podmokłymi łąkami - stabilizacja poziomu wód oraz zachowanie właściwej dla tych biocenoz sposobów użytkowania gospodarczego. Dla dziuplaków w lasach gospodarczych - zachowanie drzew dziuplastych i zwiększenie liczby skrzynek lęgowych.
Ochrona torfowisk, niewielkich śródpolnych zbiorników wodnych i obszarów podmokłych jako cennych miejsc rozrodu płazów budowa progów spowalniających na rowach melioracyjnych zasilających Jezioro Rakutowskie, tak aby utrzymać w miarę stały stan zwierciadła wód podziemnych w zlewni tego jeziora, kontrolowanie odpływu z Jeziora Rakutowskiego (sprawdzanie stopnia napełnienia koryta) za pomocą progu spowalniającego na wypływie z jeziora i poniżej, tak aby utrzymywać wysoki stan wód podziemnych w całym Obniżeniu Rakutowskim; nie wolno dopuszczać do nadmiernego odprowadzania wód z tego jeziora w okresie wczesnowiosennym, spowolnienie odpływu rzeki Skrwy Lewej, odwadniającej jeziora Lucieńskie, Sumino, Białe; konieczne jest odbudowanie stopnia piętrzącego na Skrwie Lewej w Krzywym Kołku; spowolnienie odpływu z jezior odwadnianych przez Rakutówkę (Jezioro Rakutowskie, Przytomne, Zuzinowskie i Trzebowskie), Zuzankę (jeziora Łąkie i Telążna) i Radyszynkę (jeziora Radyszyńskie i Wikaryjskie). Ochrona zasobów wodnych obszaru Natura 2000 - Błot Rakutowskich PLB 040001: a) wykup gruntów w sąsiedztwie Jeziora Rakutowskiego i zagrożonych okresowymi podtopieniami. b) zebranie opracowań publikowanych oraz niepublikowanych, podkładów mapowych, analiza istniejących dokumentacji, c) studium zmian morfometrycznych Jeziora Rakutowskiego w latach 1950-2007, d) klimatyczne uwarunkowania procesów hydrologicznych Jeziora Rakutowskiego i jego zlewni, e) utworzenie sieci punktów obserwacyjnych wód powierzchniowych i podziemnych (monitoring hydrologiczny), f) analiza rodzajów i przebiegu melioracji wraz z oceną jej drożności i pełnionej roli oraz ocena stanu technicznego urządzeń wodnych, g) bilans wodny Jeziora Rakutowskiego, h) bilans zanieczyszczeń (w tym substancji biogennych) Jeziora Rakutowskiego oraz ocena składu chemicznego wód powierzchniowych i podziemnych (cel: określenie jakości wód retencjonowanych w przyszłości), i) zainstalowanie progu spowalniającego na wypływie rzeki Rakutówki z Jeziora Rakutowskiego. Turystyczne, rekreacyjne i edukacyjne udostępnienie obszaru Parku powinno być podporządkowane ochronie wartości przyrodniczych, kulturowych i historycznych. Na całym obszarze Parku rodzaj, forma i wielkość zagospodarowania turystycznego, rekreacyjnego i edukacyjnego muszą być dostosowane do rodzaju i stopnia odporności na degradację elementów środowiska przyrodniczego i kulturowego. Celem udostępnienia terenu Parku dla turystyki i rekreacji jest zaspokojenie potrzeb w zakresie wypoczynku, rekreacji i regeneracji zdrowia mieszkańców i turystów.
Na terenie Parku należy preferować rozwój społeczno - gospodarczy gmin z ukierunkowaniem na działalność rolniczą, leśną i turystyczną. Priorytetem musi być gospodarka wodochronna głównych zbiorników podziemnych (GZWP) warunkujących zasobność wód podziemnych Parku. Dla obszarów Natura 2000: Błota Rakutowskie PLB 040001 i Żwirownia Skoki PLB 040005 warunki realizacji zainwestowania i użytkowania regulują przepisy szczegółowe.