SKRYPTY Pracownia Informatyczna 2 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK
PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 2
cal wyświetlenie kalendarza Składnia: cal 2017, cal Polecenie cal wyprowadza kalendarz dla podanego roku, (domyślnie dla aktualnego) miesiąca date wyświetlenie daty Składnia: date [opcje] Polecenie date wystwietla aktualną datę systemową Do czego może być przydatne polecenie date w Twoich skryptach? PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 3
finger wyświetlenie informacji o użytkownikach Składnia: finger [opcje] [nazwy] Jeśli nie podano nazw, to na ekranie pojawia się informacja o wszystkich pracujących użytkownikach Wyświetlanie informacji o zalogowanych użytkownikach zapewniają także polecenia w oraz who. PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 4
find szukanie plików Składnia: find ścieżka opcje find katalog name nazwa_pliku W przypadku znalezienia pliku o podanej nazwie, ścieżka dostępu do niego będzie wyświetlona w standardowym wyjściu. PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 5
dirname wyodrębnienie ze ścieżki nazwę katalogu Składnia: dirname ścieżka basename usuwa ze ścieżki nazwy katalogów i końcówkę Składnia: basename ścieżka [końcówka] PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 6
diff porównanie dwóch plików Składnia: diff [opcje] plik1 plik2 < wiersze występujące tylko w pliku 1 > w pliku 2 diff3 porównanie trzech plików Składnia: diff3 [opcje] plik1 plik2 plik3 Program wyświetla kolejno: wiersze różne we wszystkich plikach oraz wiersze wyróżniające się tylko w jednym z plików PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 7
comm wybór lub odrzucenie wspólnych wierszy Składnia: comm [opcje] plik1 plik2 Program wyszukuje wiersze wspólne dla dwóch plików. Wyświetla wyniki z trzech kolumnach: wiersze znajdujące się tylko w pliku 1, tylko w pliku 2, oraz w obu plikach. join łączenie odpowiednich wierszy dwóch plików Składnia: join [opcje] plik1 plik2 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 8
tr zamiana znaków Składnia: tr [opcje] string1 string2 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 9
uniq wykrywanie powtarzających się wierszy Składnia: uniq [opcje] plik PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 10
sort sortowanie plików Składnia: sort [opcje] pliki PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 11
grep poszukiwanie wzorca w pliku Składnia: grep [opcje] wzorzec plik Grep (get regular expression) poszukuje podanego wzroca w przeszukiwanym sekwencyjnie pliku lub strumieniu danych ze standardowego wejścia i przekazaują wiersze, zawierające wzorzec na standardowe wyjście. PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 12
SKRYPTY PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 13
HELLO WORLD Demonstracja sposobu programowania #!/bin/bash #Tu jest komentarz. echo "Hello world" Uruchomienie skryptu bash lub sh lub./ sh skrypt.sh bash /home/user1/skrypty/skrypt.sh./skrypt PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 14
a=2 while [ $a -le 5 ] > do > echo "Do tej pory pętla wykonała się $a razy" > a=$[a + 1] > done terminal a=2; while [ $a -le 5 ]; do echo "Do tej pory pętla wykonała się $a razy"; a=$[a + 1]; done skrypt PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 15
BASH OBLICZENIE ŚREDNIEGO POKRYCIA GENOMU wysokie pokrycie niskie pokrycie Krótkie Sekwencje Genom referencyjny PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 16
Jakie jest średnie pokrycie genomu? Pliki o nazwach animal_name.rmdup.fs Zawartość pliku animal_1.rmdup.fs: coverage = n r d, where n denoted the total number of aligned reads, r the read length in bp and d the length of the reference genome (2697.56 Mb). PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 17
LISTA ZADAŃ 2 polecenie find instrukcje warunkowe Format VCF PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 18
LISTA ZADAŃ 2 polecenie find instrukcje warunkowe Format VCF PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 19
LISTA ZADAŃ 2 polecenie find instrukcje warunkowe Format VCF if warunek; then polecenia; elif warunek; then polecenia; else polecenia; fi liczba=5 if [ $liczba -eq 10 ]; then echo "Liczba jest równa 10"; elif [ $liczba -gt 10 ]; then echo "Liczba jest wieksza niz 10"; else echo "Liczba jest mniejsza od 10"; fi PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 20
LISTA ZADAŃ 2 polecenie find instrukcje warunkowe Format VCF Różne nukleotydy między genomem referencyjnym a genomem próby Krótkie Sekwencje Genom referencyjny PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 21
LISTA ZADAŃ 2 polecenie find instrukcje warunkowe Format VCF PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 22