Piotr Dziubecki Piotr Grabowski, Tomasz Kuczyński Tomasz Piontek, Dawid Szejnfeld, PCSS

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Piotr Dziubecki Piotr Grabowski, Tomasz Kuczyński Tomasz Piontek, Dawid Szejnfeld, PCSS"

Bożena Kozak
8 lat temu
Przeglądów:

Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Wprowadzenie do użytkowaania infrastruktury PL-Grid Dedykowane

1 Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej Wprowadzenie do użytkowaania infrastruktury PL-Grid Dedykowane rozwiązania portalowe i usługi PL-Grid dla nanotechnologii Piotr Dziubecki Piotr Grabowski, Tomasz Kuczyński Tomasz Piontek, Dawid Szejnfeld, PCSS Gdańsk, 5 lipca 2011

Dedykowane rozwiązania portalowe i usługi PL-Grid dla nanotechnologii Piotr

2 Plan wykładu Wprowadzenie Projekt PL-GRID, Projekt Vine Toolkit i jego dziedzinowe zastosowania w postaci portali : Nano Gateway, Structure Builder, Namd, NWChem 2

3 HPC - po co i dlaczego? 3

4 Co to jest klaster? Sieć komputerowa System kolejkowy 4

5 GRID Klaster klastrów SIEĆ 5

6 PL-GRID 6

7 Projekt PL-Grid Informacje podstawowe Nazwa projektu: Polska Infrastruktura Informatycznego Wspomagania Nauki w Europejskiej Przestrzeni Badawczej PL-Grid" Okres realizacji: r r. Wartość projektu: ,53 zł. Wartość dofinansowania: ,38 zł w tym udział UE: ,37 zł. Beneficjentem jest Akademickie Centrum Komputerowe 7

31.12.2011 r. Wartość projektu: 83 257 494,53 zł.

8 Projekt PL-Grid - Cele Celem projektu jest dostarczanie polskiej społeczności naukowej usług informatycznych opartych na gridowych klastrach komputerowych, służących e-science w różnych dziedzinach; infrastruktura musi być kompatybilna i interoperabilna z gridem europejskim i światowym. W wyniku projektu powstanie otwarta ogólnopolska infrastruktura gridowa wspierająca uprawianie nauki w sposób umożliwiający integrację danych doświadczalnych i wyników zaawansowanych symulacji komputerowych, przy czym badania będą mogły być prowadzone przez geograficznie rozproszone zespoły. Podstawowym celem projektu jest uzyskanie znaczącego wzrostu udostępnianej mocy obliczeniowej ok. 215 TFLOPS ( ~ 5000 procesorów każdy po 4-6 core'ów ) oraz pamięci dyskowej o ok TB, a także zbudowanie systemu gridowego umożliwiającego efektywne i innowacyjne wykorzystywanie powstałej infrastruktury sprzętowej. 8

W wyniku projektu powstanie otwarta ogólnopolska infrastruktura gridowa wspierająca uprawianie nauki w sposób umożliwiający integrację danych doświadczalnych i wyników zaawansowanych symulacji

9 Projekt PL-Grid - Partnerzy 9

10 Projekt PL-Grid - struktura Zadanie 4: Rozwój oprogramowania gridowego i narzędzi użytkownika 10

11 Ile to kosztuje? Dostęp do infrastruktury gridowej oferowanej w ramach projektu PL-Grid jest darmowy dla naukowców i wszystkich osób prowadzących działalność naukową, związaną z uczelnią lub instytutem naukowym w Polsce. 11

12 Od czego zacząć? Regulamin użytkownika Infrastruktury PL-Grid Użytkownikiem infrastruktury PL-Grid może być każda osoba prowadząca badania naukowe, związana z jednostką naukową w rozumieniu ustawy z dnia 8 października 2004 r. o zasadach finansowania nauki. Z konta dostępowego do infrastruktury ma prawo korzystać wyłącznie właściciel tego konta. Zabronione jest udostępnianie konta osobom trzecim. Użytkownik jest uprawniony do korzystania z zasobów infrastruktury PL-Grid jedynie w celu wykonywania obliczeń oraz przechowywania danych zgodnie z zadeklarowanym tematem badań. Zabrania się wykorzystywania zasobów niezgodnie z prawem oraz wszelkich działań umyślnych, które mogą zakłócić poprawne funkcjonowanie infrastruktury. Użytkownik jest zobligowany do załączenia informacji o wykorzystaniu infrastruktury PL-Grid w publikacjach, które powstały w oparciu o wyniki uzyskane przy użyciu tej infrastruktury. Użytkownik ma obowiązek raportowania wszystkich takich publikacji poprzez funkcjonalność udostępnianą w Portalu Operacyjnym, w celu rozliczenia grantu, nie rzadziej niż co rok. Brak wypełnienia obowiązku rozliczenia użycia zasobów może spowodować zawieszenie usług. 12

października 2004 r. o zasadach finansowania nauki. Z konta dostępowego do infrastruktury ma prawo korzystać wyłącznie właściciel tego konta. Zabronione jest udostępnianie konta osobom trzecim.

13 Od czego zacząć? Zasady funkcjonowania infrastruktury PL-Grid Aby zostać użytkownikiem infrastruktury PL-Grid należy dokonać rejestracji w portalu PL-Grid. W trakcie procesu rejestracji wymagana jest akceptacja regulaminu używania infrastruktury oraz określenie dziedziny i tematyki badań. W wyniku rejestracji nadawany jest użytkownikowi identyfikator PL-Grid, który jednoznacznie identyfikuje użytkownika w infrastrukturze. W procesie rejestracji użytkownika dane weryfikowane są przez operatora Centrum Operacyjnego PL-Grid z wykorzystaniem bazy danych: "Ludzie nauki" dostarczanej przez Ośrodek Przetwarzania Informacji (zwanej dalej bazą OPI). Użytkownik musi potwierdzić wprowadzone dane poprzez odpowiedź na wysłany przez operatora na adres zarejestrowany w bazie OPI. Osoby niezarejestrowane w OPI (doktoranci, studenci) lub osoby, których dane w bazie OPI są niekompletne bądź nieaktualne, zobowiązane są wskazać opiekuna naukowego, którego dane w OPI są aktualne i który spełnia warunki określone dla użytkownika infrastruktury PL-Grid. Opiekun naukowy potwierdza autentyczność danych osobowych i związek z działalnością naukową wykonywaną za jego wiedzą. Opiekun naukowy nie jest prawnie odpowiedzialny za niezgodne z prawem działania potwierdzonego przez niego użytkownika. Potwierdzenie użytkownika przez opiekuna naukowego jest traktowane jako potwierdzenie tożsamości użytkownika i jego udziału w pracach naukowych. 13

W wyniku rejestracji nadawany jest użytkownikowi identyfikator PL-Grid, który jednoznacznie identyfikuje użytkownika w infrastrukturze.

14 14

15 Dostęp do zasobów 15

16 Dostęp do zasobów i granty obliczeniowe Aby uzyskać dostęp do zasobów (będąc już zarejestrowanym użytkownikiem PLGridu) należy ubiegać się o uaktywnienie wybranych usług dostępowych PL-Grid. Przydział zasobów dla użytkownika poprzez którąkolwiek z usług dostępowych jest bezpłatny i realizowany w oparciu o granty obliczeniowe PL-Grid. Procedura przydzielania takiego grantu jest prowadzona przez Centrum Operacyjne PL-Grid. Wyróżniamy dwa rodzaje grantów obliczeniowych: - podstawowy grant PL-Grid uzyskiwany automatycznie po uruchomieniu pierwszej usługi dostępowej; daje on prawo do używania ograniczonej puli zasobów, której parametry są określone w Portalu Użytkowników; parametry podstawowego grantu PL-Grid mogą być zmieniane przez Centrum Operacyjne po stosownej informacji przesłanej do użytkownika i zmiany takie nie wymagają jego zgody, - właściwy grant PL-Grid użytkownik lub grupa użytkowników może uzyskać prawo do używania rozszerzonych zasobów poprzez złożenie wniosku o taki grant w Portalu Użytkowników; opis grantu musi zawierać uzasadnienie merytoryczne i techniczną specyfikację potrzebnych usług i zasobów, a także wymagane parametry ich jakości; uzgodnione z użytkownikiem parametry właściwego grantu PL-Grid nie mogą być zmienione bez jego zgody. Rozszerzone zasoby są dostępne jedynie dla użytkownika lub grupy, dla której zostały przyznane. 16

Procedura przydzielania takiego grantu jest prowadzona przez Centrum Operacyjne PL-Grid.

17 PL-Grid strona projektu 17

18 PL-Grid Projekt ankieta 18

19 PL-Grid Projekt ankieta 19

20 Vine Toolkit Architektura systemu Technologie Aplikacje dziedzinowe: NAMD, Abinit, NWChem, Quantum ESPRESSO.. Adobe Flex / BlazeDS Portal Java / Portlets Vine Toolkit framework Java / Web Services Zasoby obliczeniowe ( systemy kolejkowe, klastry, gridy ), rozproszone repozytoria danych. Web Services / kod wykonywalny

. Adobe Flex / BlazeDS Portal Java / Portlets Vine Toolkit framework Java / Web

21 Vine Toolkit Nanotechnology Gateway Zarządzanie plikami Zarządzanie certyfikatami Zarządzanie aplikacjami w portalu Aplikacja do łączenia się z zasobem po ssh ( konsola z poziomu portalu ) Aplikacje dziedzinowe Prosty dostęp do systemu, rejestracja przez portal, Facebook, Google, konta demo.. 21

22 Vine Toolkit Nanotechnology Gateway Aplikacja Abinit Wyznaczenie minimalnej energii całkowitej układu Współpraca PCSS z WFT PP (zespół Prof. R. Czajki) Symulacje dużej skali bazujące na Density Functional Theory (DFT) oraz Many-Body Perturbation Theory Aby ukryć skomplikowane scenariusze użycia narzędzi w trybie command-line stworzyliśmy zaawansowane interfejsy WWW pozwalające na łatwy dostęp do zasobów i wyników. Użyte technologie pozwoliły na opracowanie zaawansowanych narzędzi do bezpośredniej analizy wyników w postaci dynamicznych wykresów oraz graficznej reprezentacji danych. Zintegrowaliśmy oferowane narzędzia w jednym całość oszczędzając czas użytkownika, który może dowolnie zarządzać i przetwarzać swoje dane z poziomu portalu. Portal uzupełniliśmy o aplikacje do łączenia się z kontem użytkownika przez SSH dla użytkowników preferująca zaawansowany dostęp do zasobów. 22

23 Nanotechnology Gateway

24 Nanotechnology Gateway

25 Nanotechnology Gateway Space group client pozwala tworzyć modele struktur wielocząsteczkowych na podstawie kilku zadanych atomów i jednej z 230 zdefiniowanych grup symetrii. Structure editor umożliwia graficzną edycję powyższego modelu (dodawanie/usuwanie atomów itp.)

26 Nanotechnology Gateway Górny wykres, zbieżność obliczeń dla danego podzadania. Dolny wykres, minimalna energia całkowita.

27 Nanotechnology Gateway Wykres gęstości stanów. Generowane są również wykresy struktur pasmowych.

28 NWChem

29 NWChem

30 NWChem

31 Portal demo Zapraszamy do naszego portalu, gdzie bez żadnych formalności można otrzymać testowe konto:

32 Portal demo Użytkownik po przyznaniu konta ma dostęp do testowej infrastruktury oraz zestawu aplikacji przedstawionych na poprzednich slajdach demonstrujących możliwości oprogramowania Vine Toolkit Dla użytkowników serwisów społecznościowych przewidzieliśmy dwie dodatkowe drogi rejestracji i testowania naszych aplikacji: Udostępnienie narzędzi z poziomu Facebook'a : efbappportlet_instance_dd3s/ Narzędzia dla użytkowników posiadających dostęp do igoogle: WAR_VineGoogleAppportlet_INSTANCE_7dZe 32

33 Dziękuje za uwagę! Zapraszamy do stoiska PL-Grid Przydatne linki:

Podobne dokumenty

Zasady_Funkcjonowania.odt 1.2 Zespół Planowania Strategicznego. Cyfronet, ICM, WCSS, PCSS, TASK,

Zasady_Funkcjonowania.odt 1.2 Zespół Planowania Strategicznego. Cyfronet, ICM, WCSS, PCSS, TASK, Z A S A D Y F U N K C J O N O W A N I A I N F R A S T R U K T U R Y P L - G R I D Nazwa pliku dokumentu: Zadanie: Partnerzy: Partner koordynujący: Wersja dokumentu: 0.3 Typ dokumentu: PL-Grid-ZPS_ZF-v0.6.3-Cyfronet-