Kraków, r. Charakterystyka Kandydatki

Transkrypt

1 Kraków, r. Recenzja osiągnięcia naukowego Pani dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek, zatytułowanego Aktywność opiekuńcza białek Gag i Gag-pochodnych względem RNA w aspekcie ich funkcji w replikacji retroelementów, oraz innych osiągnięć naukowych, organizacyjnych i dydaktycznych, w związku z jej wnioskiem o nadanie stopnia doktora habilitowanego, złożonym do Rady Naukowej Instytutu Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu Przedstawiony do recenzji wniosek Pani dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek do Rady Naukowej Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu (ICHB PAN) z dnia 27 lutego 2018 roku o nadanie jej stopnia doktora habilitowanego w dziedzinie nauk chemicznych w dyscyplinie biochemia został oceniony w oparciu o załączone dokumenty, obejmujące autoreferat Kandydatki opisujący charakter zgłaszanego osiągnięcia naukowego, kopie publikacji wchodzących w skład osiągnięcia, oświadczenia współautorów prac, a także pozostałe załączniki do wniosku. Na podstawie analizy otrzymanych materiałów stwierdzam, że zawierają one wszystkie niezbędne informacje pozwalające mi na dokonanie oceny osiągnięcia naukowego. Charakterystyka Kandydatki Pani dr Katarzyna Pachulska-Wieczorek ukończyła studia z zakresu biologii, specjalizacja biologia molekularna na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu w lipcu 2000 roku, uzyskując tytuł zawodowy magistra na podstawie pracy pt. Struktura, dynamika i funkcja elementu TAR RNA wirusa HIV- 1. Promotorem jej pracy magisterskiej był prof. Ryszard W. Adamiak z ICHB PAN, gdzie także została wykonana praca magisterska. Pod kierunkiem tego samego opiekuna Pani Katarzyna Pachulska-Wieczorek rozpoczęła w czerwcu 2001 roku studia doktoranckie w ICHB PAN i w dniu 5 grudnia 2006 roku obroniła z wyróżnieniem pracę doktorską pt. Region TAR liderowego RNA HIV-2 oraz jego oddziaływanie z białkami Tat-2 i cykliną T1. Po obronie doktoratu do kwietnia 2007 roku kontynuowała pracę jako asystent, a w maju 2007 roku została zatrudniona na etacie adiunkta w Zakładzie Struktury i Funkcji RNA. Od stycznia 2018 roku jest kierownikiem Zakładu Struktury i Funkcji Retrotranspozonów w ICHB PAN. Jak wynika z tego krótkiego omówienia, cała kariera naukowa Kandydatki jest praktycznie związana z jednym miejscem pracy. Ten nadal częsty, chociaż na szczęście może rzadziej niż dawniej, niemal całkowity brak tzw. mobilności naukowej nie wpłynął jednak na jakość badań naukowych Kandydatki, o czym przekonała mnie analiza zarówno osiągnięcia naukowego jak i pozostałych efektów badań pani dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek. 1

2 Ocena istotnej aktywności naukowej: a) Ocena osiągnięcia naukowego Na osiągnięcie naukowe Kandydatki składa się pięć publikacji, w tym cztery prace oryginalne oraz jedna praca przeglądowa. We wszystkich publikacjach wkład pani dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek jest duży i zgodny z wymaganiami stawianymi kandydatom do stopnia naukowego doktora habilitowanego. W każdej z prac jest co najmniej pierwszym autorem, a ponadto w dwóch pracach jest także autorem korespondującym. Co więcej, z analizy publikacji oraz załączonych materiałów, w tym autoreferatu, można się zorientować, że publikacje te są także efektem dużego udziału Kandydatki w zaproponowaniu tematyki badawczej. Wszystkie publikacje wchodzące w skład osiągnięcia naukowego ukazały się w czasopismach z listy filadelfijskiej, w tym dwie w kluczowym w tej dziedzinie badań Nucleic Acid Research, który niezależnie od wysokiego IF cieszy się uzasadnioną renomą w środowisku biologów molekularnych. Fakt publikacji w tym czasopiśmie, potwierdzony analizą zawartości dwóch prac, które tam się ukazały, przekonuje dodatkowo o wysokiej jakości warsztatu naukowego Kandydatki. Także pozostałe dwie prace oryginalne, opublikowane w Retrovirology są bardzo dobrej jakości. W publikacjach wchodzących w skład osiągnięcia naukowego Kandydatka kontynuuje swoje zainteresowania wirusami HIV, w szczególności mniej poznanym wirusem HIV-2. Prace jej współautorstwa wnoszą istotny wkład w rozumienie mechanizmów funkcjonowania tych wirusów, w szczególności roli tzw. białek opiekuńczych względem kwasów nukleinowych (NAC ang. nucleic acid chaperone), które są obiektem szczególnego zainteresowania dr Pachulskiej- Wieczorek. Do najważniejszych osiągnięć Habilitantki opisanych w tych publikacjach zaliczyć można ustalenie ciekawych mechanizmów interakcji białek opiekuńczych z RNA wirusa HIV-2. Białka opiekuńcze kwasów nukleinowych odgrywają nie tylko rolę strukturalną, ale uczestniczą także w kluczowych etapach replikacji cząsteczki HIV, obejmujących przyłączenie startera trna, odwrotną transkrypcję, dimeryzację vrna i pakowanie cząstek RNA do kapsydu oraz tworzenie dojrzałego wirionu. Są także ważne po ponownej infekcji, uczestnicząc w integracji wirusowego DNA do genomu zakażonej komórki. Jak wiadomo, w genomie organizmów eukariotycznych występują także liczne elementy ruchome, prawdopodobnie pochodzenia retrowirusowego. Dr Katarzyna Pachulska-Wieczorek zainteresowała się organizacją białek Gag tych endogennych retroelementów, podejmując badania nad retrotranspozonem Ty1, należącym do grupy retroelementów LTR, będącym zarazem najbardziej rozpowszechnionym ruchomym elementem w genomie drożdży Saccharomyces cerevisiae. Badania dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek i współpracowników przedstawione w kolejnych publikacjach oryginalnych włączonych w skład 2

3 osiągnięcia naukowego pozwoliły na poczynienie istotnych obserwacji i wysunięcie wniosków poszerzających wiedzę na temat roli białek opiekuńczych Gag w biologii wirusów HIV-2 i HIV-1 oraz roli pochodnych tych białek w replikacji retroelementów. Badania, w których uczestniczyła dr Katarzyna Pachulska- Wieczorek doprowadziły do zaproponowania nowego modelu inicjacji dimeryzacji HIV-2 RNA z udziałem białek Gag (publikacja nr 1 osiągnięcia naukowego), wykazanie różnic w aktywności opiekuńczej między białkami NAC wirusów HIV-1 oraz HIV-2 (publikacja nr 2), dokładniejszego zbadania struktury poliproteiny Gag wirusa HIV-2 (publikacja nr 3) i w końcu zbadania aktywności opiekuńczej czynnika restrykcyjnego p22/p18, kontrolującego liczbę kopii retrotranspozonu Ty1 w genomie S. cerevisiae (publikacja nr 4). Wyniki przedstawione w czterech publikacjach oryginalnych są rzetelnie udokumentowane, a czwarta z tych prac oraz podsumowujący stan wiedzy na temat retrotraspozonów Ty1 oraz Ty3 artykuł przeglądowy mogą być zarazem uznane za otwarcie się dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek na nowy obszar badawczy retrotranspozonów w komórkach eukariotycznych. Przeprowadzenie doświadczeń wchodzących w skład osiągnięcia naukowego było możliwe dzięki uzyskaniu przez Kandydatkę finansowania w postaci najpierw grantu Iuventus Plus z MNiSW, a następnie grantu Sonata z NCN. Jest to dowodem na dobre przygotowanie dr Katarzyny-Pachulskiej-Wieczorek do prowadzenia samodzielnych badań naukowych. Podjęcie przez nią w końcowym okresie aktywności prowadzącej do powstania osiągnięcia naukowego nowego aspektu badań, jakim jest poznawanie funkcji retroelementów eukariotycznych stanowi dodatkowe potwierdzenie jakości osiągnięcia naukowego. Uzupełniającym elementem wskazującym na pełne osiągnięcie przez Kandydatkę samodzielności badawczej jest wygranie przez nią konkursu na stanowisko kierownika Zakładu Struktury i Funkcji Retrotranspozonów w ICHB PAN. Nie mam żadnych zastrzeżeń do jakości osiągnięcia naukowego Kandydatki. Jest ono niewątpliwym oryginalnym wkładem w rozwój wiedzy o funkcji retrowirusów HIV a także może się przyczynić do zrozumienia mechanizmów działania retrotranspozonów. O znaczeniu tych badań świadczy ponadto fakt ich pewnego rozpoznawania w środowisku naukowym, potwierdzony cytowaniami tych publikacji, chociaż ich liczba nie jest jeszcze znacząca. Można się zatem zastanawiać czy tematyka podjęta w badaniach opisanych w analizowanych publikacjach nie jest zbyt niszowa, ale możliwe, że jeszcze zbyt wcześnie na docenienie jego znaczenia. Zdaniem Kandydatki badania te, mimo obecnego braku bezpośredniego zastosowania aplikacyjnego, w przyszłości mogą się przyczynić do projektowania nowych inhibitorów aktywności wirusów poprzez działanie na białka Gag i/lub białka opiekuńcze. Można także przypuszczać, że Kandydatka, podobnie jak dotychczas, będzie konsekwentnie rozwijać swoje zainteresowania naukowe, a powiększający się zespół badawczy umożliwi szybszy rozwój jej badań. 3

4 b) Ocena osiągnięć naukowo-badawczych i istotnej aktywności naukowej habilitantki Pozostały dorobek naukowy Kandydatki nie jest obfity liczbowo, ale podobnie jak w przypadku osiągnięcia naukowego przedstawia wystarczającej jakości wartość naukową, by ocena jego mogła być pozytywna. Wniosek taki wynika zarówno z analizy pozostałych publikacji dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek, jej zaangażowania w pozyskiwanie funduszu na badania i tym samym tworzenie własnego zespołu, opiekę nad młodymi adeptami nauki a także udział w aktywności przyczyniającej się do rozwoju współpracy naukowej. Na pozostały dorobek Kandydatki składa się tylko 7 publikacji, co wraz z 5 publikacjami wchodzącymi w skład osiągnięcia naukowego pokazuje efektywność w ciągu 17 lat aktywności naukowej Kandydatki. Niewielka łączna liczba publikacji Kandydatki może nieco zaskakiwać, ale są one w większości dobrej jakości, co jest dodatkowo poparte ich ukazaniem się w kluczowych czasopismach z dziedziny biochemii i biologii molekularnej. W pozostałych 6 publikacjach oryginalnych tylko w jednej pracy dr Pachulska-Wieczorek jest pierwszym autorem, ale jest to ponownie publikacja bardzo dobra, która ukazała się w Nucleic Acid Research. Wszystkie publikacje Kandydatki wskazują na spójność tematyczną jej zainteresowań. Od początku, czyli od czasu przygotowania pracy magisterskiej zajmowała się badaniami strukturalnymi retrowirusów, a ostatnio zainteresowała ją biologia retrotranspozonów. W ostatnim okresie zaangażowała się także bardziej we współpracę wykraczającą poza tę tematykę, czego efektem jest udział w publikacji zespołu prof. Leszka Kaczmarka z Instytutu Biologii Doświadczalnej PAN w Warszawie, dotyczącej roli metaloproteinazy 9 (MMP-9) w schizofrenii. W pracy tej dr Pachulska-Wieczorek wykorzystała swoje doświadczenie w badaniach strukturalnych, określając strukturę polimorficzną form mrna MMP-9 różniących się jedną resztą nukleotydową w 3 UTR. Jej udział w tej publikacji był znaczący. Mimo braku dłuższych wyjazdów zagranicznych i niewielką pozostałą mobilnością - poza 2-miesięcznym stażem szkoleniowo-badawczym w Department of Biochemistry and Molecular Biology University of Georgia w Athens, USA w 2016 roku, oraz krótkim pobytem w czerwcu 2014 w National Cancer Institute w Frederick w USA, zarówno spójność zainteresowań badawczych, stosowana metodyka, jak i umiejętność tworzenia własnej tematyki badawczej wskazują na przygotowanie Kandydatki do samodzielnego prowadzenia badań naukowych. Te cechy zostały zauważone i jak można sądzić docenione przez środowisko pani dr Pachulskiej-Wieczorek, które zdecydowało się powierzyć jej kierowanie nowym zakładem w ICHB PAN. Wskazuje to także, jak sądzę, na ważkość tematyki badawczej podejmowanej przez Kandydatkę dla polityki naukowej ICHB PAN. 4

5 Pod względem aktywności w podejmowaniu nowych zadań i tworzeniu zespołu osiągnięcia Pani dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek są bardzo dobre. Kierowała lub kieruje od roku 2011 realizacją trzech znaczących projektów: w latach grantem SONATA z Narodowego Centrum Nauki, w latach projektem IUVENTUS Plus z MNiSW a od roku 2017 jest kierownikiem projektu SONATA BIS. Świadczy to niewątpliwie o stopniowym a zarazem dynamicznym rozwoju naukowym Kandydatki, która ponadto była lub jest zaangażowana jako wykonawca w realizację innych ważnych projektów, jak Maestro oraz OPUS. O jakości pracy i jej efektów świadczy także docenianie osiągnięć Pani dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek poprzez przyznanie jej kilku nagród i stypendiów, w tym w roku 2007 stypendium START z Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej. Dr Pachulska-Wieczorek była także zapraszana do wygłoszenia kilku referatów na konferencjach polskich i krajowych, recenzowała kilka prac w czasopismach specjalistycznych. Nie są to jednak jeszcze znaczące osiągnięcia i można by oczekiwać więcej od naukowca na tym etapie rozwoju, ale nie mogą być zarazem uznane za czynnik obciążający. Można także oczekiwać, że rozpoznawanie badań Kandydatki będzie większe, bowiem liczba cytowań równa 80 i indeks H =6 nie są wysokie, zważywszy także na dziedzinę, którą zajmuje się dr Pachulska-Wieczorek. Kandydatka nie jest członkiem krajowych ani międzynarodowych towarzystwach naukowych, nie uczestniczyła dotychczas w ocenie projektów badawczych. Może to być dodatkową wskazówką na małe rozpoznawanie jej osoby jako badacza, a zarazem na obecnym etapie kariery do podjęcia większej aktywności w tym zakresie. c) Ocena dorobku dydaktycznego i popularyzatorskiego habilitantki Dr Katarzyna Pachulska-Wieczorek jest pracownikiem instytutu PAN, zatem jej kontakt z rzeczywistą aktywnością dydaktyczną jest ograniczony. Niemniej jest w pewnym stopniu zaangażowana w opiekę nad doktorantami ICHB PAN. W jednym przypadku, od roku 2016, jest promotorem pomocniczym, co dowodzi coraz większego jej udziału w kształceniu młodej kardy. Wygłosiła także jeden wykład dla studentów chemii w roku Niezależnie od faktu, iż działalność dydaktyczna nie należy do obowiązków pracowników PAN, fakt tak niewielkiego zaangażowania właściwie braku zaangażowania - np. w popularyzację nauki, która jest obecnie czymś oczywistym także w przypadku pracowników instytutów naukowych, budzi pewne zaniepokojenie i powinien być wzięty pod uwagę przez Kandydatkę przy planowaniu swojego zaangażowania w te ważne elementy działalności naukowej. 5

6 Podsumowanie Przedstawione do oceny materiały spełniają wymogi formalne wniosku o przyznanie stopnia doktora habilitowanego. Dorobek naukowy dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek spełnia ponadto w mojej ocenie wymagania merytoryczne stawiane przed kandydatami do tego stopnia. W przypadku wniosku dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek są to wysoka jakość osiągnięcia, spójność tematyczna publikacji wchodzących w skład dorobku, wiodąca rola Kandydatki w powstaniu prac wchodzących w skład osiągnięcia naukowego, oraz opublikowanie ich w renomowanych i rozpoznawanych czasopismach międzynarodowych. Na tej podstawie uznaję, iż osiągnięcie naukowe i dorobek naukowy dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek spełniają wymagania Ustawy zgodnie z art. 16, wnosząc istotny wkład w rozwój wiedzy. Zwracam się zatem do Komisji habilitacyjnej o dalsze procedowanie postępowania habilitacyjnego dr Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek. 6