Niepełnosprawność intelektualna sprzężona z chromosomem X Do tej grupy chorób zaliczamy wszelkie niepełnosprawności intelektualne, które są dziedziczone w sposób sprzężony z chromosomem X. Mężczyźni chorują zazwyczaj znacznie częściej niż kobiety - niepełnosprawność intelektualna związana z chromosomem X odpowiada za około 16% przypadków wrodzonych zaburzeń intelektualnych u mężczyzn. Istnieje wiele zespołów dziedziczonych z chromosomem X, w których niepełnosprawność intelektualna jest objawem współistniejącym, takich jak zespół Coffina-Lowry'ego, zespół MASA, czy zespół Lescha-Nyhana. W niniejszym teście, dzięki nowoczesnej technologii sekwencjonowania genomowego, badamy pełne sekwencje 94 genów, odpowiedzialnych za niepełnosprawność intelektualną sprzężoną z chromosomem X. Z uwagi na specyfikę zastosowanej metody, niniejsze badanie nie wykryje zaburzeń związanych z zespołem łamliwego chromosomu X. Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze ABCD1 Adrenoleukodystrofia; Choroba Addisona i stwardnienie guzowate; choroba Siemerlinga- Creutzfeldta; choroba Schildera; Melanodermia XL 55 ACSL4 Mental retardation XL 4 AFF2 Premature ovarian failure XL 3 AGTR2 Mental retardation XL 95 AP1S2 Mental retardation, syndromic, Fried (Pettigrew syndrome) XL 6 ARHGEF6 Mental retardation XL 2 ARHGEF9 Wczesna encefalopatia padaczkowa niemowląt, typ 8 XL 2 ARX Wczesna encefalopatia padaczkowa niemowląt, typ 1, Zespół Westa XL 54 ATP6AP2 Mental retardation, syndromic, Hedera, Parkinsonism with spasticity XL 2 ATP7A Menkes disease XL 101 ATRX Alfa talasemia z upośledzeniem umysłowym XL 38 BCOR Microphthalmia, syndromic, Oculofaciocardiodental syndrome XL 19 BRWD3 Mental retardation XL 5
Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze CASK Mental retardation and microcephaly with pontine and cerebellar hypoplasia, FG syndrome, Mental retardation XL 33 CDKL5 Wczesna encefalopatia padaczkowa niemowląt, typ 2 XL 207 CUL4B Mental retardation, syndromic, Cabezas XL 7 DCX Lissencephaly, Subcortical laminal heterotopia XL 114 DKC1 Dyskeratoza, Białaczki XL 44 DLG3 Mental retardation XL 8 ELK1 Niepełnosprawność intelektualna sprzężona z chromosomem X XL 90 FANCB Anemia Fanconiego XL 7 FGD1 Aarskog-Scott syndrome, Mental retardation, syndromic XL 19 FLNA Intestinal pseudoobstruction, neuronal/congenital short bowel syndrome, Heterotopia, periventricular, Ehlers-Danlos variant, Cardiac valvular dysplasia XL 78 FTSJ1 Mental retardation XL 5 GDI1 Mental retardation XL 4 GK Glycerol kinase deficiency XL 8 GPC3 Zespół Simpsona-Golabi-Behmel typ 1; zespół Golabi-Rosen XL 16 GRIA3 Mental retardation XL 9 HCCS Linear skin defects with multiple congenital anomalies 1 (MIDAS syndrome) XL 6 HPRT1 Lesch-Nyhan syndrome, Kelley-Seegmiller syndrome XL 60 HSD17B10 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase X deficiency, Mental retardation, syndromic XL 6 HUWE1 Mental retardation, syndromic, Turner XL 8 IDS Mucopolysaccharidosis XL 65 IGBP1 Corpus callosum, agenesis of, with mental retardation, ocular coloboma and micrognathia XL 1 IL1RAPL1 Mental retardation XL 9 IQSEC2 Mental retardation XL 10 KDM5C Mental retardation, syndromic, Claes-Jensen XL 14 KIAA2022 Mental retardation XL 6 KLF8 Niepełnosprawność intelektualna sprzężona z chromosomem X XL 85 L1CAM Zespół MASA, zespół Crasha XL 25 LAMP2 Choroba Danona XL 46 MAGT1 Niedobory odporności, Hipomagnezemia XL 4 MAOA Brunner syndrome XL 5 MBTPS2 Keratosis follicularis spinulosa decalvans, IFAP syndrome, Palmoplantar keratoderma, mutilating, with periorificial keratotic plaques XL 8 MECP2 Zespół Angelman-like XL 425 MED12 Ohdo syndrome, Mental retardation, with Marfanoid habitus, FG syndrome, Opitz-Kaveggia syndrome, Lujan-Fryns syndrome XL 12 MID1 Opitz GBBB syndrome XL 19 MTM1 Myopathy, centronuclear XL 144
Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze NDP Exudative vitreoretinopathy, Norrie disease XL 23 NDUFA1 Mitochondrial complex I deficiency XL 3 NHS Nance-Horan syndrome, Cataract XL 18 NLGN3 Autism, Asperger syndrome XL 75 NLGN4X Autism, Asperger syndrome, Mental retardation XL 4 NSDHL Congenital hemidysplasia with ichthyosiform erythroderma and limb defects (CHILD syndrome), CK syndrome XL 16 NXF5 Familial heart block and focal segmental glomerulosclerosis XL 95 OCRL Zespół oczno-mózgowo-nerkowy; zespół Lowe'a XL 26 OFD1 Simpson-Golabi-Behmel syndrome, Retinitis pigmentosa, Orofaciodigital syndrome, Joubert syndrome XL 122 OPHN1 Mental retardation, with cerebellar hypoplasia and distinctive facial appearance XL 12 OTC Ornithine transcarbamylase deficiency XL 325 PAK3 Mental retardation XL 6 PCDH19 Wczesna encefalopatia padaczkowa niemowląt typ 9; Zespół Juberga-Hellmana XL 57 PDHA1 Leigh syndrome, Pyruvate dehydrogenase E1-alpha deficiency XL 36 PGK1 Phosphoglycerate kinase 1 deficiency XL 14 PHF6 Zespół Borjesona-Forssmana-Lehmana XL 15 PHF8 Mental retardation syndrome, Siderius XL 9 PLP1 Choroba Pelizaeusa-Merzbachera, leukodystrofia XL 32 PORCN Focal dermal hypoplasia XL 6 PQBP1 Renpenning syndrome XL 6 PRPS1 Deafness, Phosphoribosylpyrophosphate synthetase I superactivity, Arts syndrome XL 21 RAB39B Waisman parkinsonism-mental retardation syndrome, Waisman parkinsonism-mental retardation syndrome, Mental retardation XL 4 RPL10 Autism XL 123 RPS6KA3 Coffin-Lowry syndrome, Mental retardation XL 29 SHROOM4 Stocco dos Santos mental retardation syndrome XL 2 SLC16A2 Zespół Allana-Herndona-Dudleya XL 27 SLC6A8 Creatine deficiency syndrome XL 14 SLC9A6 Niepełnosprawność intelektualna, sprzężona z chromosomem X XL 19 SMC1A Cornelia de Lange syndrome XL 36 SMS Mental retardation, Snyder-Robinson XL 9 SOX3 Panhypopituitarism XL 3 SRPX2 Rolandic epilepsy, mental retardation, and speech dyspraxia XL 1 SYN1 Epilepsy, with variable learning disabilities and behavior disorders XL 6 SYP Mental retardation XL 4 TIMM8A Zespół Mohra-Tranebjaerga XL 11
Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze TSPAN7 Mental retardation XL 4 UBE2A Mental retardation, syndromic, Nascimento XL 3 UPF3B Mental retardation, syndromic XL 5 ZCCHC12 Intellectual disability XL 96 ZDHHC15 Mental retardation XL 77 ZDHHC9 Mental retardation, syndromic, Raymond XL 4 ZNF41 Mental retardation XL 91 ZNF674 Mental retardation XL 91 ZNF711 Mental retardation XL 2 ZNF81 Mental retardation XL 3 Metodologia Informacja na temat metody badania: W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji. Informacja na temat klasyfikacji wariantów: W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako warianty potencjalnie patogenne i patogenne, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii: Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby. Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że
dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne. Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany. Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria: wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu: określony w analizach bioinformatycznych potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna) zmiana de novo/dziedziczna częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna) częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbnsfp, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor). Ograniczenia badania: Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qpcr lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych,
to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego. Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl. Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics. Jak zlecić badanie Informacja na temat metody badania: Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki i konsekwencje przeprowadzenia badania. Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy. KONSULTACJA LEKARSKA Wybranie właściwego testu genetycznego lub indywidualnego zestawu genów REJESTRACJA Wypełnienie formularza zlecenia testu. Formularz wypełnia pacjent lub wybrany przez niego lekarz. POBRANIE KRWI Łącznie należy pobrać 4ml krwi do jednej probówki z EDTA (takiej jak na morfologie). Pobraną krew można przechowywać w lodówce (w temp. +4 C) do 7 dni PRZESŁANIE PRÓBKI KRWI NA NASZ ADRES Próbkę można dostarczyć osobiście lub kurierem (w temperaturze pokojowej) w ciągu 48 godzin. Szczegółowa instrukcja pakowania próbki i zamówienia kuriera jest dostępna tutaj. Do próbki dołączamy wydrukowany i podpisany formularz zlecenia testu.
OPŁACENIE TESTU Po wykonaniu testu WYNIK BADANIA KONSULTACJA LEKARSKA zostanie przekazany osobie zlecającej test pacjentowi lub wybranemu przez niego lekarzowi Jak przekazać materiał do badania? Badanie genetyczne z krwi: 1. Krew należy pobrać do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo: osoba dorosła - ok. 4 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) dzieci ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) niemowlę ok. 1,5-2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf 4. Jeśli Pacjent miał przetaczaną krew, należy odczekać min. 2 miesiące przed pobraniem krwi do badania genetycznego. Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie nowotworu): 1. Należy pobrać łącznie 4 ml krwi do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C. 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci: bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej, albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową. 4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) klejącą). 5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf