Zaburzenia rytmu serca - panel szeroki jest zaburzeniem pracy serca polegającym na nadmiernym przyśpieszeniu, zwolnieniu lub obecności dodatkowych i nieprawidłowych skurczy. Prawidłowo, w spoczynku i przy niewielkich wysiłkach, serce pracuje z częstością 60 do 100 uderzeń na minutę. Zaburzenia rytmu serca mogą być bezobjawowe albo powodować uczucie kołatania czy uderzeń w klatce piersiowej. Arytmie mogą prowadzić do poważnych powikłań i przedwczesnej śmierci, dlatego tak istotne jest ich wczesne rozpoznanie i leczenie. Do genetycznie uwarunkowanych przyczyn zaburzeń rytmu serca należą m.in. zespół długiego QT, zespół krótkiego QT, wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin czy arytmogenna kardiomiopatia prawej komory. W niniejszym teście, dzięki nowoczesnej technologii sekwencjonowania genomowego, badamy pełne sekwencje 47 genów, odpowiedzialnych za zaburzenia rytmu serca. Zespół długiego QT zazwyczaj ujawnia się u pacjentów poniżej 40 r.ż i występuje z częstością 1 na 3000 osób. Nazwa choroby pochodzi od charakterystycznego dla niej wydłużenia odcinka QT w elektrokardiogramie. Do objawów choroby należą częste omdlenia i nagłe zgony u osób, u których wykluczono organiczną chorobę serca. Choroba jest zazwyczaj powodowana mutacjami w genach kodujących kanały jonowe, co leży u podstaw nieprawidłowego przekaźnictwa sygnału w mięśniu sercowym. Zespół krótkiego QT jest również związany z genami kodującymi kanały jonowe (potasowe) i ich nieprawidłową funkcją. Skrócenie odcinka QT prowadzi do migotania przedsionków i jest związane ze znacząco zwiększonym ryzykiem zgonu spowodowanego zatrzymaniem pracy serca. Dokładna częstość występowania choroby nie jest znana, pierwszych pacjentów opisano w roku 2000. Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin jest związany z napadowym przyspieszeniem pracy serca, wywoływanym przez nadmierną stymulację serca przez katecholaminy, uwalnianie z powodu nadmiernego stresu czy aktywności fizycznej. Choroba zazwyczaj ujawnia się w dzieciństwie; nieleczona, może doprowadzić do zatrzymania pracy serca. Do innych zaburzeń należą choroby związane z nieprawidłowym przekaźnictwem sygnałów w mięśniu serca, takie jak choroba (zespół) Brugadów. Jest to schorzenie powodowane zaburzeniami przekaźnictwa w mięśniu sercowym, występujące z częstością 1 na 20 000 osób, prowadzące do napadowych zaburzeń rytmu, a w konsekwencji do nagłego zatrzymania krążenia. Uważa się, że choroba Brugadów odpowiada za około 20% nagłych zgonów sercowych u pacjentów bez jakichkolwiek wad organicznych serca.
Arytmie powodowane są również przez choroby serca prowadzące do dysfunkcji lewej komory, takie jak kardiomiopatie, które zostaną opisane w osobnej sekcji. Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze AKAP9 Zespół długiego QT AD 4 ANK2 Zaburzenia rytmu serca, Zespół długiego QT AD 16 CACNA1C Zespół Brugadów, Zespół Timothy AD 18 CACNA2D1 Zespół Brugadów, Hipertermia złośliwa AD/AR 1 CACNB2 Zespół Brugadów AD 4 CALM1 Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin, Zespół długiego QT AD 5 CALM2 Zespół długiego QT AD 6 CASQ2 Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin AR 16 CAV3 Dystrofia mięśniowa obręczowo-kończynowa typ IC, zaburzenia rytmu serca AD/Digenic 22 CTNNA3 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 5 DES Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna AD/AR 51 DPP6 Zaburzenia rytmu serca AD 6 DSC2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD/AR 20 DSG2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 36 DSP Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 99 GPD1L Zaburzenia rytmu serca AD 3 HCN4 zespół chorej zatoki, Zespół Brugadów AD 9 JUP Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD/AR 12 KCND3 Zespół Brugadów AD 6 KCNE1 Zespół długiego QT, Zespół Jervella i Lange-Nielsena AD/AR/Dig enic 20 KCNE1L Zaburzenia rytmu serca AD/AR KCNE2 Zespół długiego QT, Migotanie przedsionków AD 14 KCNE3 Zespół Brugadów AD 1 KCNH2 Zespół krótkiego QT, Zespół długiego QT AD/AR 1 KCNJ2 Zespół krótkiego QT, Zespół Andersena syndrome, Zespół długiego QT, Migotanie przedsionków AD 64 KCNJ5 Zespół długiego QT, Hiperaldosteronizm AD 8 KCNJ8 Zaburzenia rytmu serca AD/AR 1 KCNQ1 Zespół krótkiego QT, Zespół długiego QT, Migotanie przedsionków, Zespół Jervella i Lange- Nielsena AD/AR/Dig enic 400 LDB3 Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna AD 10
Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze LMNA Zespół serce-ręka, Dystrofia kończynowo-obręczowa, Lipodystrofia, Dystrofia Emery'ego- Dreiffusa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Progeria Hutchinsona-Gilforda AD/AR 170 MYH6 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia AD 8 NOS1AP Zespół Romano-Ward AD/AR PKP2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 93 PLN Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 8 RANGRF Zaburzenia rytmu serca AD/AR RYR2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory, Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin AD 123 SCN1B Zespół Brugadów, Padaczka uogólniona z napadami gorączkowymi typu 1 AD 12 SCN2B Zespół Brugadów AD 2 SCN3B Rodzinne migotanie przedsionków, Zespół Brugadów AD 4 SCN4B Zespół długiego QT AD 4 SCN5A Zespół Brugadów, Zespół długiego QT, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Rodzinny postępujacy blok serca, AD/AR/Dig enic 517 SLMAP Zespół Brugadów AD/AR SNTA1 Zespół długiego QT AD 2 TGFB3 Zespół Loyesa-Dietza, Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 8 TMEM43 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 5 TRDN Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin AR 3 TRPM4 Postępujący rodzinny blok serca AD 4 Metodologia Informacja na temat metody badania: W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji. Informacja na temat klasyfikacji wariantów:
W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako warianty potencjalnie patogenne i patogenne, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii: Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby. Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne. Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany. Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria: wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu: określony w analizach bioinformatycznych potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna) zmiana de novo/dziedziczna częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna) częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbnsfp, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor). Ograniczenia badania:
Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qpcr lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych, to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego. Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl. Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics. Jak zlecić badanie Informacja na temat metody badania: Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki i konsekwencje przeprowadzenia badania. Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy.
KONSULTACJA LEKARSKA Wybranie właściwego testu genetycznego lub indywidualnego zestawu genów REJESTRACJA Wypełnienie formularza zlecenia testu. Formularz wypełnia pacjent lub wybrany przez niego lekarz. POBRANIE KRWI Łącznie należy pobrać 4ml krwi do jednej probówki z EDTA (takiej jak na morfologie). Pobraną krew można przechowywać w lodówce (w temp. +4st C) do 7 dni PRZESŁANIE PRÓBKI KRWI NA NASZ ADRES Próbkę można dostarczyć osobiście lub kurierem (w temperaturze pokojowej) w ciągu 48 godzin. Szczegółowa instrukcja pakowania próbki i zamówienia kuriera jest dostępna tutaj. Do próbki dołączamy wydrukowany i podpisany formularz zlecenia testu. OPŁACENIE TESTU Po wykonaniu testu WYNIK BADANIA KONSULTACJA LEKARSKA zostanie przekazany osobie zlecającej test pacjentowi lub wybranemu przez niego lekarzowi Jak przekazać materiał do badania? Badanie genetyczne z krwi: 1. Krew należy pobrać do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo: osoba dorosła - ok. 4 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) dzieci ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) niemowlę ok. 1,5-2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf 4. Jeśli Pacjent miał przetaczaną krew, należy odczekać min. 2 miesiące przed pobraniem krwi do badania genetycznego.
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie nowotworu): 1. Należy pobrać łącznie 4 ml krwi do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C. 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci: bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej, albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową. 4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf