Choroby serca i naczyń krwionośnych Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób ABCC9 Migotanie przedsionków, Zespół Cantu, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 16 ACADVL Niedobór deydrogenazy Acylo-CoA długołańcuchowych kwasów tluszczowych AR 53 ACTC1 Niescalenie mięśnia lewej komory, Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia restrykcyjna AD 26 ACTN2 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 13 AGL Zaburzenia spichrzania glikogenu AR 32 AKAP9 Zespół długiego QT AD 4 ANK2 Zaburzenia rytmu serca, Zespół długiego QT AD 16 ANKRD1 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 2 ATP5E Niedobór syntazy ATP AR 1 BAG3 Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna AD 16 BRAF Zespół LEOPARD, Zespół Noonan, Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 92 CACNA1C Zespół Brugadów, Zespół Timothy AD 18 CACNA2D1 Zespół Brugadów, Hipertermia złośliwa AD/AR 1 CACNB2 Zespół Brugadów AD 4 CALM1 Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin, Zespół długiego QT AD 5 CALM2 Zespół długiego QT AD 6 CALR3 Kardiomiopatia przerostowa AD CASQ2 Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin AR 16 CAV3 Dystrofia mięśniowa obręczowo-kończynowa typ IC, zaburzenia rytmu serca AD/Digenic 22 CBL Zespół Noonan-like AD 23 COA5 Przerost mięśnia sercowego, Niedobór oksydazy cytochromu c AR 1 CRYAB Kardiomiopatia, Miopatia miofibrylarna z zaćmą, Mipatia miofibrylarna AD 14 CSRP3 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 4 CTF1 Przerost mięśnia sercowego AD/AR CTNNA3 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 5 DES Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna AD/AR 51 DMD Dystrofia mięśniowa Beckera XL 401
Gen Choroba/objawy Sposób DMPK Dystrofia miotoniczna typ 1 AD/AR 139 DNAJC19 Kwasica 3-metyloglutakonowa AR 3 DNM1L Przerost mięśnia sercowego AD 3 DOLK Zaburzenia glikozylacji AR 7 DPP6 Zaburzenia rytmu serca AD 6 DSC2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD/AR 20 DSG2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 36 DSP Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 99 DTNA Przerost mięśnia sercowego AD 2 EMD Dystrofia Emery'ego-Dreiffusa XL 22 EYA4 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 6 FHL1 Myopathy with postural muscle atrophy, Emery-Dreifuss muscular dystrophy, Reducing bod myopathy XL 18 FHL2 Przerost mięśnia sercowego AD/AR FKTN Muscular dystrophy-dystroglycanopathy, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle) AD/AR 23 FOXRED1 Leigh syndrome, Mitochondrial complex I deficiency AR 10 FXN Ataksja Friedreicha AR 9 GAA Glycogen storage disease AR 61 GATAD1 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AR 4 GLA Fabry disease XL 372 GLB1 GM1-gangliosidosis, Mucopolysaccharidosis (Morquio syndrome) AR 52 GPD1L Zaburzenia rytmu serca AD 3 GUSB Mucopolysaccharidosis AR 23 HCN4 zespół chorej zatoki, Zespół Brugadów AD 9 HFE Hemochromatosis, choroba Alzheimera, postać późna AR/Digenic 7 HRAS Zespół Costello, Miopatia z nadmiarem wrzecionek mięśniowych, Neuroblastoma, Rak pęcherza moczowego AD 29 ILK Przerost mięśnia sercowego AD/AR JPH2 Kardiomiopatia przerostowa AD 5 JUP Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD/AR 12 KCND3 Zespół Brugadów AD 6 KCNE1 Zespół długiego QT, Zespół Jervella i Lange-Nielsena AD/AR/Dig enic 20 KCNE1L Zaburzenia rytmu serca AD/AR KCNE2 Zespół długiego QT, Migotanie przedsionków AD 14 KCNE3 Zespół Brugadów AD 1 KCNH2 Zespół krótkiego QT, Zespół długiego QT AD/AR 1
Gen Choroba/objawy Sposób KCNJ2 Zespół krótkiego QT, Zespół Andersena syndrome, Zespół długiego QT, Migotanie przedsionków AD 64 KCNJ5 Zespół długiego QT, Hiperaldosteronizm AD 8 KCNJ8 Zaburzenia rytmu serca AD/AR 1 KCNQ1 Zespół krótkiego QT, Zespół długiego QT, Migotanie przedsionków, Zespół Jervella i Lange- Nielsena AD/AR/Dig enic 400 KRAS Zespół Noonan, Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 45 LAMA4 Przerost mięśnia sercowego AD 5 LAMP2 Choroba Danona XL 46 LDB3 Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna AD 10 LMNA Zespół serce-ręka, Dystrofia kończynowo-obręczowa, Lipodystrofia, Dystrofia Emery'ego- Dreiffusa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Progeria Hutchinsona-Gilforda AD/AR 170 MAP2K1 Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 14 MAP2K2 Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 14 MIB1 Przerost mięśnia sercowego AD 2 MRPL3 Przerost mięśnia sercowego AR 1 MYBPC3 Niescalenie mięśnia lewej komory, Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 408 MYH6 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia AD 8 MYH7 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia AD/AR 320 MYL2 Kardiomiopatia przerostowa AD 23 MYL3 Kardiomiopatia przerostowa AD/AR 14 MYLK2 Przerost mięśnia sercowego AD/Digenic 3 MYOM1 Przerost mięśnia sercowego AD/AR 2 MYOZ2 Przerost mięśnia sercowego AD 1 MYPN Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Kardiomiopatia restrykcyjna AD 7 NEBL Przerost mięśnia sercowego AD/AR NEXN Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 6 NOS1AP Zespół Romano-Ward AD/AR NRAS Zespół Noonan AD 16 PDLIM3 Przerost mięśnia sercowego AD/AR PKP2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 93 PLN Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 8 PRKAG2 Kardiomiopatia przerostowa, Zespół Wolffa-Parkinsona-White'a AD 17 PSEN1 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 46 PSEN2 Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Kardiomiopatia związana z ciążą i połogiem AD 7 PTPN11 Zespół Noonan, Zespół LEOPARD AD 120 RAF1 Zespół Noonan, Zespół LEOPARD, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 32 RANGRF Zaburzenia rytmu serca AD/AR
Gen Choroba/objawy Sposób RBM20 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 13 RYR2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory, Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin AD 123 SCN1B Zespół Brugadów, Padaczka uogólniona z napadami gorączkowymi typu 1 AD 12 SCN2B Zespół Brugadów AD 2 SCN3B Rodzinne migotanie przedsionków, Zespół Brugadów AD 4 SCN4B Zespół długiego QT AD 4 SCN5A Zespół Brugadów, Zespół długiego QT, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Rodzinny postępujacy blok serca, AD/AR/Dig enic 517 SCO2 Zespół Leigh, Kardiomiopatia przerostowa, Myopia AD/AR 18 SDHA Guzy stromalne przewodu pokarmowego, Zespół Leigh, Paraganglioma, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 14 SGCD Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Dystrofia kończynowo-obręczowa AR 10 SHOC2 Zespół Noonan-like AD 1 SLC25A3 Niedobór mitochondrialnych przenośników grup fosforanowych AR 2 SLMAP Zespół Brugadów AD/AR SNTA1 Zespół długiego QT AD 2 SOS1 Zespół Noonan AD 39 SPRED1 Zespół Legiusa AD 11 SYNE1 Przerost mięśnia sercowego AD/AR 22 SYNE2 Przerost mięśnia sercowego AD 2 TAZ Kwasica 3 metylo-glutarowa (Zespół Bartha) XL 32 TCAP Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Dystrofia kończynowoobręczowa AD/AR 9 TGFB3 Zespół Loyesa-Dietza, Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 8 TMEM43 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 5 TMEM70 Niedobór mitochondrialnego kompleksu V AR 8 TMPO Przerost mięśnia sercowego AD TNNC1 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 12 TNNI3 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 58 TNNT2 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Niescalenie mięśnia lewej komory AD 60 TPM1 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 37 TRDN Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin AR 3 TRIM63 Przerost mięśnia sercowego AD/AR TRPM4 Postępujący rodzinny blok serca AD 4 TSFM Złożone zaburzenia fosforylacji oksydacyjnej AR 5 TTN Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 385 TTR Hipertyroksynemia związana z zaburzeniami transttyretyny AD 51
Gen Choroba/objawy Sposób TXNRD2 Przerost mięśnia sercowego AD/AR VCL Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 12 XK Zespół McLeoda XL 9 Metodologia Informacja na temat metody badania: W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji. Informacja na temat klasyfikacji wariantów: W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako potencjalnie patogenne i patogenne, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane są klasyfikowane do następujących kategorii: Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby. Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne. Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany. Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania
wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby Zidentyfikowane genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria: wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu: określony w analizach bioinformatycznych potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna) zmiana de novo/dziedziczna częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna) częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbnsfp, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor). Ograniczenia badania: Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qpcr lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych, to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego. Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl. Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane
wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics. Jak zlecić badanie Informacja na temat metody badania: Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki i konsekwencje przeprowadzenia badania. Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy. KONSULTACJA LEKARSKA Wybranie właściwego testu genetycznego lub indywidualnego zestawu genów REJESTRACJA Wypełnienie formularza zlecenia testu. Formularz wypełnia pacjent lub wybrany przez niego lekarz. POBRANIE KRWI Łącznie należy pobrać 4ml krwi do jednej probówki z EDTA (takiej jak na morfologie). Pobraną krew można przechowywać w lodówce (w temp. +4st C) do 7 dni PRZESŁANIE PRÓBKI KRWI NA NASZ ADRES Próbkę można dostarczyć osobiście lub kurierem (w temperaturze pokojowej) w ciągu 48 godzin. Szczegółowa instrukcja pakowania próbki i zamówienia kuriera jest dostępna tutaj. Do próbki dołączamy wydrukowany i podpisany formularz zlecenia testu. OPŁACENIE TESTU Po wykonaniu testu WYNIK BADANIA KONSULTACJA LEKARSKA zostanie przekazany osobie zlecającej test pacjentowi lub wybranemu przez niego lekarzowi Jak przekazać materiał do badania? Badanie genetyczne z krwi:
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) 1. Krew należy pobrać do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo: osoba dorosła - ok. 4 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) dzieci ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) niemowlę ok. 1,5-2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie nowotworu): 1. Należy pobrać łącznie 4 ml krwi do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C. 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci: bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej, albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową. 4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf