Zaburzenia krzepnięcia krwi

Zaburzenia krzepnięcia krwi Obniżona wydajność procesu krzepnięcia krwi wiąże się ze skłonnością do krwiaków, sińców i wybroczyn, krwawień z dziąseł podczas mycia zębów lub nadmiernych krwawień po drobnych zabiegach lekarskich. Nieprawidłowości w procesie krzepnięcia krwi mogą wynikać z wad w budowie ścian naczyń krwionośnych, nieprawidłowej budowy lub liczby płytek krwi, a także z niedoborów czynników krzepnięcia - specyficznych białek, które odpowiadają za proces powstawania skrzepu i gojenia ran. Zaburzenia te mogą wynikać z niedoborów składników pokarmowych lub stosowania niektórych leków (np. przewlekłego leczenia steroidami), istnieje jednak wiele chorób genetycznych związanych z zaburzeniami krzepnięcia krwi. Świadomość obciążenia genetycznego jest niezwykle istotna dla właściwej profilaktyki w życiu codziennym, jak i ochrony pacjenta podczas procedur medycznych. Dziedziczne zaburzenia krzepnięcia krwi dzielą się na trzy główne grupy: częste zaburzenia krzepliwości, takie jak hemofilia A i B oraz choroba von Willebranda, rzadkie niedobory czynników krzepnięcia, a także zaburzenia liczby i funkcji płytek krwi. Najczęstszą z chorób jest choroba von Willebranda dotykająca nawet 1% populacji. Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze ABCG5 Sitosterolemia AR 9 ABCG8 Sitosterolemia AR 12 ACTN1 Bleeding disorder, platelet- AD 6 ADAMTS13 Schulman-Upshaw syndrome, Thrombotic thrombocytopenic purpura, familial AR 23 ANKRD26 Thrombocytopenia AD 4 AP3B1 Hermansky-Pudlak syndrome AR 14 BLOC1S3 Hermansky-Pudlak syndrome AR 1 BLOC1S6 Hermansky-Pudlak syndrome AR 1 CYCS Thrombocytopenia AD 2 DTNBP1 Hermansky-Pudlak syndrome AR 2 F10 Factor X deficiency AR 15 F11 Factor XI deficiency AD/AR 33 F12 Angioedema AD/AR 6 F13A1 Factor XIIIA deficiency AR 21

Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze F2 Thrombophilia due to thrombin defect, Prothrombin deficiency, congenital AD/AR 14 F5 doustna antykoncepcja hormonalna AD/AR 1 F7 Factor VII deficiency AR 22 F8 Hemophilia A XL 273 F9 Hemophilia B, Warfarin sensitivity, Thrombophilia, due to factor IX defect XL 109 FGA FGB FGG FLNA GATA1 Afibrinogenemia, congenital, Dysfibrinogenemia, congenital, Hypodysfibrinogenemia, congenital, Familial visceral amyloidosis Afibrinogenemia, congenital, Dysfibrinogenemia, congenital, Hypodysfibrinogenemia, congenital Afibrinogenemia, congenital, Hypodysfibrinogenemia, Dysfibrinogenemia, congenital, Hypodysfibrinogenemia, congenital Intestinal pseudoobstruction, neuronal/congenital short bowel syndrome, Heterotopia, periventricular, Ehlers-Danlos variant, Cardiac valvular dysplasia Anemia, without thrombocytopenia, Thrombocytopenia with beta-thalessemia,, Dyserythropoietic anemia with thrombocytopenia AD/AR 9 AD/AR 6 AD/AR 5 XL 78 XL 16 GGCX Pseudoxanthoma elasticum-like disorder with multiple coagulation factor deficiency, Vitamin K-dependent clotting factors, combined deficiency AD/AR/Dig enic 13 GP1BA Pseudo-von Willebrand disease, Bernard-Soulier syndrome AD/AR 6 GP1BB Giant platelet disorder, isolated, Bernard-Soulier syndrome AR 5 GP9 Bernard-Soulier syndrome AR 6 HOXA11 Radioulnar synostosis with amegakaryocytic thrombocytopenia AD 1 HPS1 Hermansky-Pudlak syndrome AR 25 HPS3 Hermansky-Pudlak syndrome AR 8 HPS4 Hermansky-Pudlak syndrome AR 13 HPS5 Hermansky-Pudlak syndrome AR 6 HPS6 Hermansky-Pudlak syndrome AR 9 ITGA2B Glanzmann thrombasthenia AR 17 ITGB3 Bleeding disorder, platelet-, Thrombocytopenia, neonatal alloimmune, Glanzmann thrombasthenia AD/AR 16 LMAN1 Combined factor V and VIII deficiency AR 5 MASTL Thrombocytopenia AD 1 MPL Thrombocythemia, Amegakaryocytic thrombocytopenia AD/AR 11 MYH9 Sebastian syndrome, May-Hegglin anomaly, Epstein syndrome, Fechtner syndrome, Macrothrombocytopenia and progressive sensorineural deafness AD 19 NBEAL2 Gray platelet syndrome AR 7 P2RY12 klopidogrel AD/AR 4 PROC Thrombophilia, hereditary AD/AR 28 PROS1 Thrombophilia, hereditary AD/AR 15 RBM8A Thrombocytopenia - absent radius AD/AR 4 RUNX1 Ostra białaczka mieloblastyczna AD 12 SERPINC1 Antithrombin III deficiency AD/AR 39

Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze SLFN14 Thrombocytopenia AD/AR TBXA2R Bleeding disorder, platelet- AD THBD Nefropatia C3, Atypowy zespół hemolityczno-mocznicowy, Trombofilia związana z niedoborami trombomoduliny AD 5 TUBB1 Macrothrombocytopenia AD 1 VKORC1 warfaryna AD/AR 3 VWF Von Willebrand disease AD 38 WAS Neutropenia, severe congenital, Thrombocytopenia, Wiskott-Aldrich syndrome XL 28 Metodologia Informacja na temat metody badania: W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji. Informacja na temat klasyfikacji wariantów: W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako warianty potencjalnie patogenne i patogenne, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii: Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby. Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne. Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma

możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany. Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria: wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu: określony w analizach bioinformatycznych potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna) zmiana de novo/dziedziczna częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna) częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbnsfp, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor). Ograniczenia badania: Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qpcr lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych, to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego.

Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl. Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics. Jak zlecić badanie Informacja na temat metody badania: Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki i konsekwencje przeprowadzenia badania. Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy. KONSULTACJA LEKARSKA Wybranie właściwego testu genetycznego lub indywidualnego zestawu genów REJESTRACJA Wypełnienie formularza zlecenia testu. Formularz wypełnia pacjent lub wybrany przez niego lekarz. POBRANIE KRWI Łącznie należy pobrać 9ml krwi do jednej lub kilku probówek z EDTA. Pobraną krew można przechowywać w lodówce (w temp. +4st C) do 7 dni PRZESŁANIE PRÓBKI KRWI NA NASZ ADRES Próbkę można dostarczyć osobiście lub kurierem (w temperaturze pokojowej) w ciągu 48 godzin. Do próbki dołączamy wydrukowany i podpisany formularz zlecenia testu. OPŁACENIE TESTU Po wykonaniu testu WYNIK BADANIA KONSULTACJA LEKARSKA zostanie przekazany osobie zlecającej test pacjentowi lub wybranemu przez niego lekarzowi Jak przekazać materiał do badania?

Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) Badanie genetyczne z krwi: 1. Krew należy pobrać do probówki/probówek z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo osoba dorosła - ok. 9 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) dzieci ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) niemowlę ok. 1,5-2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy wysłać na adres: Warsaw Genomics, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego ul. Banacha 2c, 02-097 Warszawa tel.: + 48 22 554 36 94 Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie nowotworu): 1. Należy pobrać łącznie 9 ml krwi do probówki/probówek z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C. 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci: bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej, albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową. 4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy wysłać na adres: Warsaw Genomics, Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego ul. Banacha 2c, 02-097 Warszawa tel.: + 48 22 554 36 94