Choroba Charcota-Marie-Tootha Choroba (neuropatia) Charcota-Marie-Tootha zazwyczaj objawia się już w dzieciństwie postępującym zanikiem nerwów ruchowych i czuciowych. Do objawów należy deformacją stóp (charakterystyczne wydrążenie spowodowane zanikiem wewnętrznych mięśni stopy), zanik mięśni strzałkowych i osłabienie odruchów skokowych. Najczęstszym typem choroby jest zespół typu 1A, odpowiedzialny za ok. 60% wszystkich dziedzicznych neuropatii. Choroba Charcota-Marie-Tootha dotyka 1 na 2500 osób. W niniejszym teście, dzięki nowoczesnej technologii sekwencjonowania genomowego, badamy pełne sekwencje genów odpowiedzialnych za chorobę Charcota-Marie-Tootha. Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze AARS Wczesna encefalopatia padaczkowa, Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD/AR 9 AIFM1 Głuchota XL 27 AMACR Niedobór racemazy alpha-metyloacylo-coa, Zaburzenia syntezy kwasów żółciowych AR 2 ARHGEF10 Obniżona prędkość przenoszenia impulsów nerwowych AD 1 ATL1 Kurczowe porażenie kończyn dolnych typ 3, autosomalnie dominujące AD/AR 23 ATL3 Neuropathy, hereditary sensory AD 1 BAG3 Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna AD 33 BSCL2 Lipodystrofia uogólniona AR 31 CCT5 Neuropathy, hereditary sensory, with spastic paraplegia AR 1 COX10 Leigh syndrome, Mitochondrial complex IV deficiency AR 8 COX6A1 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 1 CTDP1 Wrodzone zaćmy, niedosłuch i neurodegeneracja AR 1 DCAF8 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 1 DCTN1 Perry syndrome, Neuropathy, distal hereditary motor AD 12 DHTKD1 2-aminoadipic and 2-oxoadipic aciduria, Charcot-Marie-Tooth disease AD/AR 7 DNM2 Choroba Charcota-Marie'a-Tootha AD/AR 26 DNMT1 Neuropathy, hereditary sensory, Cerebellar ataxia, deafness, and narcolepsy AD 7 DST Neuropathy, hereditary sensory and autonomic AR 10
Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze DYNC1H1 Rdzeniowy zanik mięśni, Choroba Charcota-Mariego-Tootha, Niepełnosprawność intelektualna AD 57 EGR2 Neuropatia, Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD/AR 11 FAM134B Neuropathy, hereditary sensory and autonomic AR FBLN5 Skóra wiotka, zwyrodnienie plamki żółtej związane z wiekiem AD/AR 11 FGD4 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 16 FIG4 Stwardnienie zanikowe boczne, drobnozakrętowość obustronna potyliczna, zespół Yunis- Varon, choroba Charcota-MariegoTootha AD/AR 25 FXN Ataksja Friedreicha AR 13 GAN Neuropatia aksonalna AR 15 GARS Neuropatia, Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 19 GDAP1 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD/AR 35 GJB1 Choroba Charcota-Mariego-Tootha XL 89 GNB4 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 3 GNE Miopatia z ciałkami wtrętowymi AD/AR 74 HADHB Trifunctional protein deficiency AR 18 HARS Zespół Ushera AR 6 HINT1 Axonal neuropathy with neuromyotonia AR 9 HK1 Anemia hemolityczna, niesferocytowa z niedoboru heksokinazy AR 8 HSPB1 Neuropatia, Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 22 HSPB8 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 3 IGHMBP2 Spinal muscular atrophy, distal, Charcot-Marie-Tooth disease AR 42 INF2 Stwardnienie kłębuszków nerkowych, Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 14 KARS Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 8 KIF1A Porażenie spastyczne, Neuropatia neuronu czuciowego AD/AR 58 KIF1B Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 7 KIF5A Porażenie spastyczne AD 21 LDB3 Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna AD 9 LITAF Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 10 LMNA Zespół serce-ręka, Dystrofia kończynowo-obręczowa, Lipodystrofia, Dystrofia Emery'ego- Dreiffusa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Progeria Hutchinsona-Gilforda AD/AR 240 LRSAM1 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 11 MARS Interstitial lung and liver disease AR 8 MED25 Zespół Basel-Vanagait-Smirin-Yosef Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 4 MFN2 Dziedziczna neuropatia ruchowa i czuciowa, Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD/AR 60 MPZ Choroba Charcota-Marie'a-Tootha AD 92 MTMR2 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 10 MYOT Dystrofia mięśniowa kończynowo-obręczowa typ 1A AD 7
Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze NDRG1 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 3 NEFL Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 24 NGF Neuropathy, hereditary sensory and autonomic AR 1 NTRK1 Insensitivity to pain, congenital, with anhidrosis AR 27 PDK3 Charcot-Marie-Tooth disease XL 1 PLEKHG5 Spinal muscular atrophy, Charcot-Marie-Tooth disease AR 12 PMP22 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD/AR 33 POLG Zespół Alpersa typ 4A - deplecja mtdna AR 87 PRPS1 Głuchota, zwiększona aktywność syntetazy I fosforybozylopirofosforanu, Zespół Artsa XL 26 PRX Choroba Dejerine-Sottasa, Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 18 RAB7A Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 4 REEP1 Porażenie spastyczne, Neuropatia neuronu ruchowego AD 13 SACS Ataksja spastyczna AR 243 SBF1 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 5 SBF2 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 15 SCN9A Zespół Dravet AD/AR 51 SETX Ataksja z apraksją okoruchową, stwardnienie zanikowe boczne, postać młodzieńcza, ataksja rdzeniowo-móżdżkowa AD/AR 33 SH3TC2 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 56 SLC12A6 Agenezja ciała modzelowatego (Zespół Andermanna) AR 43 SMAD3 Zespół Loeysa-Dietza AD 43 SPG11 Porażenie spastyczne, Stwardnienie zanikowe boczne, Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 143 SPTLC1 Neuropathy, hereditary sensory and autonomic AD 8 SPTLC2 Hereditary sensory and autonomic neuropathy AD 5 SURF1 Leigh syndrome, Charcot-Marie-Tooth disease AR 40 TFG Spastic paraplegia, Hereditary motor and sensory neuropathy, proximal AR 4 TRIM2 Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 3 TRPV4 Artropatia-brachydaktylia, Dysplazja kręgosłupowo-nasadowa, Neuropatia czucioworuchowa, Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 59 TYMP Zespół deplecji mitochondrialnego DNA AR 82 VCP Stwardnienie zanikowe boczne, Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 17 WNK1 Neuropatia czuciowo-autonomiczna, Pseudohipoaldosteronizm AD/AR 9 YARS Choroba Charcota-Mariego-Tootha AD 6 Metodologia
Informacja na temat metody badania: W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji. Informacja na temat klasyfikacji wariantów: W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako warianty potencjalnie patogenne i patogenne, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii: Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby. Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne. Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany. Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria: wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu: określony w analizach bioinformatycznych potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna) zmiana de novo/dziedziczna częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący
z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna) częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbnsfp, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor). Ograniczenia badania: Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qpcr lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych, to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego. Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl. Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics. Jak zlecić badanie Informacja na temat metody badania: Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni
możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki i konsekwencje przeprowadzenia badania. Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy. KONSULTACJA LEKARSKA REJESTRACJA MATERIAŁ DO BADAŃ POBRANIE KRWI Wybranie właściwego testu genetycznego lub indywidualnego zestawu genów Wypełnienie formularza zlecenia testu. Formularz wypełnia pacjent lub wybrany przez niego lekarz. Badania wykonujemy w oparciu o DNA, który izolujemy z przesłanej nam krwi. Dopuszczamy możliwość przesyłania DNA przez certyfikowane jednostki medyczne; w takich przypadkach prosimy o kontakt. Krew (4ml na EDTA) należy oddać w jednym ze współpracujących z nami punktów pobrań: https://badamygeny.pl/#!/lab oratoria Na pobranie należy zabrać wydrukowany i podpisany formularz zlecenia badania. OPŁACENIE TESTU Po wykonaniu testu WYNIK BADANIA KONSULTACJA LEKARSKA zostanie przekazany osobie zlecającej test pacjentowi lub wybranemu przez niego lekarzowi Jak przekazać materiał do badania? Badanie genetyczne z krwi: 1. Krew należy pobrać do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo: osoba dorosła - ok. 4 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) dzieci ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) niemowlę ok. 1,5-2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf 4. Jeśli Pacjent miał przetaczaną krew, należy odczekać min. 2 miesiące przed pobraniem
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) krwi do badania genetycznego. Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie nowotworu): 1. Należy pobrać łącznie 4 ml krwi do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C. 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci: bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej, albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową. 4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf