Niedosłuch izolowany Niedosłuchem izolowanym określa się sytuację, w której zaburzenie słuchu występuje jako jedyny objaw obserwowany u pacjenta. Uważa się, że nawet 85% przypadków genetycznie uwarunkowanych zaburzeń słuchu to przypadki izolowane. Choroba dotyka 1 na 25 000 noworodków, a ryzyko rozwinięcia niedosłuchu rośnie z wiekiem. Niedosłuch izolowany zazwyczaj powodowany jest mutacją w pojedynczym genie i jest dziedziczony w sposób autosomalny recesywny, czyli do wystąpienia choroby konieczne jest uszkodzenie obu kopii genu. Typ koreluje z czasem wystąpienia niedosłuchu: przy typie autosomalnym recesywnym u większości pacjentów występuje niedosłuch prelingwalny (występujący przed rozwinięciem mowy), dla dominującego charakterystyczny jest niedosłuch postlingwalny o charakterze postępującym. Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób ACTG1 Głuchota, Zespół Baraitser-Winter AD 25 ADCY1 Głuchota AR 1 BDP1 Niedosłuch AD/AR 0 BSND Zespół Barttera, Głuchota czuciowo-nerwowa AR 8 CABP2 Głuchota AR 0 CCDC50 Głuchota AD 0 CDH23 Głuchota, Zespół Ushera AR/DG 89 CEACAM16 Głuchota AD 4 CIB2 Głuchota, Zespół Ushera AR 5 CLDN14 Głuchota AR 7 CLIC5 Głuchota AR 1 COCH Głuchota AD 14 COL11A2 Zespół Weissenbacher-Zweymullera, Głuchota, dysplazja uszno-kręgowo-meganasadowa, włókniste tworzenie chrząstki, Zespół Sticklera AD/AR 26 COL4A6 Głuchota z malformacją ślimaka XL 2 CRYM Głuchota AD 2 DCDC2 Głuchota AR 11 DFNA5 Głuchota AD DFNB59 Głuchota AR
Gen Choroba/objawy Sposób DIABLO Głuchota AD 1 DIAPH1 Głuchota AD 9 DIAPH3 Bezobjawowa głuchota czuciowo-nerwowa AD/AR 0 DSPP Dysplazja zębiny, zwyrodnienie dziedziczne zębiny/dentinogenesis imperfecta, głuchota z dentinogenesis imperfecta/ze zwyrodnieniem dziedzicznym zębiny (obie nazwy są używane, choć ta dłuższa rzadziej) AD 8 ELMOD3 Głuchota AR 1 EPS8 Głuchota AR 1 ESPN Głuchota AD/AR 5 ESRRB Głuchota AR 9 EYA4 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 9 FAM65B Głuchota AR GIPC3 Głuchota AR 7 GJB2 Głuchota, Zespół Bart-Pumphrey'a, keratodermia/ rogowiec dłoni i stóp z głuchotą, Zespół Vohwinkel, rybia łuska jeżasta z głuchotą, Zespół KID (Zespół keratitis-ichthyosis-głuchota) AD/AR/DG 123 GJB3 Głuchota AD/DG 10 GJB6 Głuchota AR/DG 6 GPSM2 Głuchota, Zespół Chudleya-McCulloughów AR 13 GRHL2 Dysplazja ektodermalna/niskorosłość AD/AR 9 GRXCR1 Głuchota AR 7 GRXCR2 Głuchota AR 1 HGF Głuchota AR 1 HOMER2 Głuchota AD 1 ILDR1 Głuchota AR 4 KARS Choroba Charcota-Mariego-Tootha AR 8 KCNQ4 Głuchota AD 26 LHFPL5 Głuchota AR 4 LOXHD1 Głuchota AR 25 LRTOMT Głuchota AR 6 MARVELD2 Głuchota AR 4 MET Rak nerki, Niedosłuch AD/AR 22 MIR96 Głuchota AD 2 MSRB3 Głuchota AR 3 MYH14 Głuchota, obwodowa neuropatia, miopatia, chrypka i niedosłuch AD 6 MYH9 Zespół Sebastiana, anomalia Maya-Hegglina, Zespół Epsteina, Zespół Fechtnera, makrotrombocytopenia i postępująca głuchota czuciowo-nerwowa AD 23 MYO15A Głuchota AR 87 MYO1A Głuchota AD 0 MYO3A Głuchota AR 7
Gen Choroba/objawy Sposób MYO6 Głuchota AR 21 MYO7A Głuchota, Zespół Ushera AR 220 NARS2 Złożony niedobór fosforylacji oksydacyjnej AR 12 OSBPL2 Głuchota AD 2 OTOA Głuchota AR 11 OTOF Neuropatia, głuchota AR 91 OTOG Głuchota AR 15 OTOGL Głuchota AR 20 P2RX2 Głuchota AD 2 PCDH15 Głuchota, Zespół Ushera AR/DG 100 PNPT1 Głuchota AR 12 POU3F4 Głuchota XL 23 POU4F3 Głuchota AD 8 PRPS1 Głuchota, zwiększona aktywność syntetazy I fosforybozylopirofosforanu, Zespół Artsa XL 26 PTPRQ Głuchota AR 3 RDX Głuchota AR 4 SERPINB6 Głuchota AR 2 SIX1 Głuchota, Zespół skrzelowo-uszny, Zespół skrzelowo-uszno-nerkowy AD 11 SLC17A8 Głuchota AD 1 SLC26A4 Zespół Pendreda, Głuchota AR 165 SLC26A5 Głuchota AR 2 SLITRK6 Głuchota i krótkowzroczność AR 3 SMPX Głuchota XL 7 STRC Głuchota AR 21 SYNE4 Głuchota AR 5 TBC1D24 Wczesna encefalopatia padaczkowa niemowląt typ 17 AD/AR 42 TECTA Głuchota AD/AR 27 TJP2 Postępująca rodzinna cholestaza wewątrzwątrobowa, rodzinne podwyższone stężenie kwasów żółciowych AR 21 TMC1 Gluchota AR 23 TMC2 Niedosłuch AD/AR TMEM132E Niedosłuch AD/AR 0 TMIE Gluchota AR 9 TMPRSS3 Gluchota AR 21 TNC Gluchota AD 3 TPRN Gluchota AR 6 TRIOBP Gluchota AR 16
Gen Choroba/objawy Sposób TSPEAR Gluchota AR 0 USH1C Gluchota, Zespół Ushera AR 38 WFS1 Zespół Wolframa AR 56 WHRN Głuchota, Zespół Ushera AR 8 Metodologia Informacja na temat metody badania: W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji. Informacja na temat klasyfikacji wariantów: W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako potencjalnie patogenne i patogenne, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane są klasyfikowane do następujących kategorii: Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby. Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne. Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany. Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia
wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby Zidentyfikowane genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria: wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu: określony w analizach bioinformatycznych potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna) zmiana de novo/dziedziczna częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna) częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbnsfp, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor). Ograniczenia badania: Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qpcr lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych, to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego. Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl.
Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics. Jak zlecić badanie Informacja na temat metody badania: Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki i konsekwencje przeprowadzenia badania. Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy. KONSULTACJA LEKARSKA REJESTRACJA MATERIAŁ DO BADAŃ POBRANIE KRWI Wybranie właściwego testu genetycznego lub indywidualnego zestawu genów Wypełnienie formularza zlecenia testu. Formularz wypełnia pacjent lub wybrany przez niego lekarz. Badania wykonujemy w oparciu o DNA, który izolujemy z przesłanej nam krwi. Dopuszczamy możliwość przesyłania DNA przez certyfikowane jednostki medyczne; w takich przypadkach prosimy o kontakt. Krew (4ml na EDTA) należy oddać w jednym ze współpracujących z nami punktów pobrań: https://badamygeny.pl/#!/lab oratoria Na pobranie należy zabrać wydrukowany i podpisany formularz zlecenia badania. OPŁACENIE TESTU Po wykonaniu testu WYNIK BADANIA KONSULTACJA LEKARSKA zostanie przekazany osobie zlecającej test pacjentowi lub wybranemu przez niego lekarzowi Jak przekazać materiał do badania? Badanie genetyczne z krwi:
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) 1. Krew należy pobrać do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo: osoba dorosła - ok. 4 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) dzieci ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) niemowlę ok. 1,5-2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf 4. Jeśli Pacjent miał przetaczaną krew, należy odczekać min. 2 miesiące przed pobraniem krwi do badania genetycznego. Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie nowotworu): 1. Należy pobrać łącznie 4 ml krwi do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C. 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci: bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej, albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową. 4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf