Kardiomiopatie - panel szeroki

Kardiomiopatie - panel szeroki Kardiomiopatie to grupa chorób, które prowadzą do dysfunkcji serca, ale nie są związane z wrodzonymi wadami budowy serca, nadciśnieniem tętniczym czy chorobą wieńcową. Charakteryzują się silną predyspozycją genetyczną związaną z mutacjami w licznych genach warunkujących prawidłową budowę i strukturę tkanek serca. Zaburzenia prowadzą do dysfunkcji narządu, przez co organizm nie jest prawidłowo zaopatrywany w krew. U pacjentów z kardiomiopatiami dochodzi do rozwoju niewydolności krążenia, duszności, obrzęków czy nadmiernego zmęczenia. W niniejszym teście, dzięki nowoczesnej technologii sekwencjonowania genomowego, badamy pełne sekwencje genów odpowiedzialnych za kardiomiopatie. Kardiomiopatia przerostowa jest jedną z najczęstszych chorób uwarunkowanych zmianami w pojedynczych genach, występującą z częstością 1:500 osób. Choroba jest związana z przerostem lewej komory, powodowaną przez mutacje w genach odpowiedzialnych za prawidłową budowę ścian serca. Przerost lewej komory może doprowadzić do niewydolności serca, zaburzeń przewodnictwa oraz zaburzeń rytmu serca. W konsekwencji, kardiomiopatia przerostowa jest najczęstszą przyczyną nagłych zgonów sercowych u osób poniżej 30 r.ż i u sportowców. Zdiagnozowanie kardiomiopatii przerostowej nie jest możliwe bez przeprowadzenia ukierunkowanych badań genetycznych, jest zaś konieczne do prawidłowej opieki nad pacjentem i określenia ryzyka zachorowania wśród członków rodziny. Kardiomiopatia rozstrzeniowa jest związana ze znaczącym poszerzeniem i równoczesnym ścieńczeniem ścian komór serca, co prowadzi do niewydolności serca i jest najczęstszy powodem przeszczepów tego narządu. Częstość występowania choroby wynosi 1:200-1:2500. Kardiomiopatia restrykcyjna związana jest ze zbyt sztywnymi ścianami mięśnia serca, co utrudnia ich rozciąganie i napełnianie komór krwią. Powoduje to zmniejszony przepływ krwi, prowadząc do niewydolności serca. Jest to najrzadsza z kardiomiopatii Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory jest częstą przyczyną nagłych zgonów u osób młodych i sportowców i jest zdecydowanym przeciwwskazaniem do uprawiania sportów wyczynowych. Choroba występuje z częstością 1:2000-1:5000. Większość chorób związanych z kardiomiopatiami jest dziedziczona w sposób autosomalny dominujący, czyli do ujawnienia choroby wystarczy uszkodzenie jednej kopii genu. Geny i zespoły genetyczne

Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze ABCC9 Migotanie przedsionków, Zespół Cantu, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 26 ACADVL Niedobór deydrogenazy Acylo-CoA długołańcuchowych kwasów tluszczowych AR 115 ACTC1 Niescalenie mięśnia lewej komory, Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia restrykcyjna AD 24 ACTN2 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 11 AGL Zaburzenia spichrzania glikogenu AR 139 ANKRD1 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 2 ATP5E Niedobór syntazy ATP AR BAG3 Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna AD 33 BRAF Zespół LEOPARD, Zespół Noonan, Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 131 CALR3 Kardiomiopatia przerostowa AD 0 CASQ2 Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin AR 24 CAV3 Dystrofia mięśniowa kończynowo-obręczowa typ IC, zaburzenia rytmu serca AD/DG 22 CBL Zespół Noonan-like AD 21 COA5 Przerost mięśnia sercowego, Niedobór oksydazy cytochromu c AR 1 CRYAB Kardiomiopatia, Miopatia miofibrylarna z zaćmą, Mipatia miofibrylarna AD 11 CSRP3 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 4 CTF1 Przerost mięśnia sercowego AD/AR 0 CTNNA3 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 2 DES Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna AD/AR 58 DMD Dystrofia mięśniowa Beckera XL 549 DMPK Dystrofia miotoniczna typ 1 AD/AR 0 DNAJC19 Kwasica 3-metyloglutakonowa AR 3 DNM1L Przerost mięśnia sercowego AD 17 DOLK Zaburzenia glikozylacji AR 6 DSC2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD/AR 26 DSG2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 40 DSP Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 161 DTNA Przerost mięśnia sercowego AD 3 EMD Dystrofia Emery'ego-Dreiffusa XL 37 EYA4 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 9 FHL1 Miopatia, Dystrofia Emery'ego-Dreiffusa XL 21 FHL2 Przerost mięśnia sercowego AD/AR 0 FKTN Dystrofia mięśniowa - dystroglikanopatia, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 38 FOXRED1 Zespół Leigh, Niedobory I kompleksu mitochondrialnego AR 15 FXN Ataksja Friedreicha AR 13 GAA Zaburzenia spichrzania glikogenu AR 185

Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze GATAD1 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AR 30 GLA Choroba Fabry'ego XL 198 GLB1 Gangliozydoza, Mukopolisacharydoza (zespół Morquio) AR 85 GUSB Mukopolisacharydoza AR 26 HFE Hemochromatoza, Choroba Alzheimera, postać późna AR/DG 13 HRAS Zespół Costello, Miopatia z nadmiarem wrzecionek mięśniowych, Neuroblastoma, Rak pęcherza moczowego AD 42 ILK Przerost mięśnia sercowego AD/AR 0 JPH2 Kardiomiopatia przerostowa AD 2 JUP Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD/AR 8 KRAS Zespół Noonan, Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 63 LAMA4 Przerost mięśnia sercowego AD 3 LAMP2 Choroba Danona XL 47 LDB3 Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna AD 9 LMNA Zespół serce-ręka, Dystrofia kończynowo-obręczowa, Lipodystrofia, Dystrofia Emery'ego- Dreiffusa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Progeria Hutchinsona-Gilforda AD/AR 240 MAP2K1 Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 45 MAP2K2 Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 19 MIB1 Przerost mięśnia sercowego AD 3 MRPL3 Przerost mięśnia sercowego AR 2 MYBPC3 Niescalenie mięśnia lewej komory, Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 467 MYH6 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia AD 12 MYH7 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia AD/AR 290 MYL2 Kardiomiopatia przerostowa AD 20 MYL3 Kardiomiopatia przerostowa AD/AR 12 MYLK2 Przerost mięśnia sercowego AD/DG 1 MYOM1 Przerost mięśnia sercowego AD/AR 1 MYOZ2 Przerost mięśnia sercowego AD 1 MYPN Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Kardiomiopatia restrykcyjna AD 6 NEBL Przerost mięśnia sercowego AD/AR 0 NEXN Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 5 NRAS Zespół Noonan AD 31 PDLIM3 Przerost mięśnia sercowego AD/AR 1 PKP2 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 139 PLN Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 3 PRKAG2 Kardiomiopatia przerostowa, Zespół Wolffa-Parkinsona-White'a AD 16 PSEN1 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 50

Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze PSEN2 Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Kardiomiopatia związana z ciążą i połogiem AD 8 PTPN11 Zespół Noonan, Zespół LEOPARD AD 123 RAF1 Zespół Noonan, Zespół LEOPARD, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 44 RBM20 Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 18 RYR2 SCN5A Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory, Wielokształtny częstoskurcz komorowy zależny od katecholamin Zespół Brugadów, Zespół długiego QT, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Rodzinny postępujacy blok serca, AD 116 AD/AR/DG 222 SCO2 Zespół Leigh, Kardiomiopatia przerostowa, Myopia AD/AR 41 SDHA Guzy stromalne przewodu pokarmowego, Zespół Leigh, Paraganglioma, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 50 SGCD Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Dystrofia kończynowo-obręczowa AR 16 SHOC2 Zespół Noonan-like AD 2 SLC25A3 Niedobór mitochondrialnych przenośników grup fosforanowych AR 2 SOS1 Zespół Noonan AD 46 SPRED1 Zespół Legiusa AD 29 SYNE1 Przerost mięśnia sercowego AD/AR 77 SYNE2 Przerost mięśnia sercowego AD 3 TAZ Kwasica 3 metylo-glutarowa (Zespół Bartha) XL 35 TCAP Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Dystrofia kończynowoobręczowa AD/AR 11 TGFB3 Zespół Loyesa-Dietza, Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 18 TMEM43 Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory AD 5 TMEM70 Niedobór mitochondrialnego kompleksu V AR 8 TMPO Przerost mięśnia sercowego AD 0 TNNC1 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 9 TNNI3 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD/AR 54 TNNT2 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Niescalenie mięśnia lewej komory AD 56 TPM1 Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 34 TRIM63 Przerost mięśnia sercowego AD/AR 0 TSFM Złożony niedobór fosforylacji oksydacyjnej AR 6 TTN Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 769 TTR Hipertyroksynemia związana z zaburzeniami transttyretyny AD 51 TXNRD2 Przerost mięśnia sercowego AD/AR 0 VCL Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 7 XK Zespół McLeoda XL 4

Metodologia Informacja na temat metody badania: W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji. Informacja na temat klasyfikacji wariantów: W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako warianty potencjalnie patogenne i patogenne, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii: Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby. Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne. Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany. Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria: wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu: określony w analizach bioinformatycznych

potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna) zmiana de novo/dziedziczna częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna) częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbnsfp, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor). Ograniczenia badania: Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qpcr lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych, to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego. Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl. Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics. Jak zlecić badanie Informacja na temat metody badania:

Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki i konsekwencje przeprowadzenia badania. Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy. KONSULTACJA LEKARSKA REJESTRACJA MATERIAŁ DO BADAŃ POBRANIE KRWI Wybranie właściwego testu genetycznego lub indywidualnego zestawu genów Wypełnienie formularza zlecenia testu. Formularz wypełnia pacjent lub wybrany przez niego lekarz. Badania wykonujemy w oparciu o DNA, który izolujemy z przesłanej nam krwi. Dopuszczamy możliwość przesyłania DNA przez certyfikowane jednostki medyczne; w takich przypadkach prosimy o kontakt. Krew (4ml na EDTA) należy oddać w jednym ze współpracujących z nami punktów pobrań: https://badamygeny.pl/#!/lab oratoria Na pobranie należy zabrać wydrukowany i podpisany formularz zlecenia badania. OPŁACENIE TESTU Po wykonaniu testu WYNIK BADANIA KONSULTACJA LEKARSKA zostanie przekazany osobie zlecającej test pacjentowi lub wybranemu przez niego lekarzowi Jak przekazać materiał do badania? Badanie genetyczne z krwi: 1. Krew należy pobrać do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo: osoba dorosła - ok. 4 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) dzieci ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) niemowlę ok. 1,5-2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia

Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf 4. Jeśli Pacjent miał przetaczaną krew, należy odczekać min. 2 miesiące przed pobraniem krwi do badania genetycznego. Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie nowotworu): 1. Należy pobrać łącznie 4 ml krwi do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C. 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci: bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej, albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową. 4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf