Profilowanie somatyczne PLUS Nowotwór złośliwy rozwija się w momencie, gdy w DNA komórek nagromadzone zostaną liczne mutacje. Od rodzaju tych mutacji zależy dobór właściwego schematu leczenia, w tym terapii celowanej. Proponowany przez nas test, oparty o sekwencjonowanie genomowe, polega na analizie całej sekwencji kodującej genów, które ulegają mutacjom w nowotworach. Na tej podstawie proponujemy schematy skuteczniejszej terapii raka. Należy jednak pamiętać, że decyzja o możliwości zastosowania danej terapii zależy od uwarunkowań klinicznych i decyzji lekarza prowadzącego. Do wykonania badania potrzebujemy wycinek tkanki nowotworowej (bloczek parafinowy) i wykonane z niego preparaty histopatologiczne (szkiełka) oraz 4 ml krwi obwodowej, pobranej na EDTA. W ramach badania określamy także predyspozycję do zachorowania na nowotwór, a zatem analizujemy germinalne mutacje w genach BRCA1; BRCA2; MLH1; MSH2; PMS2 Badane geny: ABL1; ALK; APC; AR; ATM; BRAF; BRCA1; BRCA2; CCND1; CCND2; CCND3; CDH1; CDK4; CDK6; CDKN2A; CHEK2; CSF1R; CTNNB1; DDR2; EGFR; ERBB2; ERBB4; EZH2; FBXW7; FGFR1; FGFR2; FGFR3; FLT3; GNA11; GNAQ; HNF1A; HRAS; IDH1; IDH2; IGF1R; JAK1; JAK2; JAK3; KDR; KIT; KRAS; MAP2K1; MET; MLH1; MPL; MSH2; NOTCH1; NPM1; NRAS; PDGFRA; PDGFRB; PIK3CA; PMS2; PTEN; PTPN11; RB1; RET; SMAD4; SMARCB1; SMO; SRC; TERT; TP53; VHL Oraz markery niestabilności mikrosatelitarnej: BAT-25; BAT-26; BAT-40; MONO-27, NR-21; NR-24. Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze ABL1 Przewlekła białaczka szpikowa AD 30 ALK Neuroblastoma AD 33 APC Rodzinna polipowatość gruczolakowata, Zespół Gardnera, Guzy desmoidalne AD 682 AR Zespół opornosci na androgeny XL 129 ATM Rak piersi, Ataksja-Telangiektazja AD/AR 907 BAT-25 -
Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze BRAF Zespół LEOPARD, Zespół Noonan, Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 131 BRCA1 Rak piersi, Rak jajnika, Czerniak, Rak prostaty AD 2651 BRCA2 Rak piersi, Rak jajnika, Rak trzustki, Guz Wilmsa, Anemia Fanconiego, Medulloblastoma, Glejak AD/AR 3135 CCND1 Rak jelita grubego AD 1 CCND2 Leukoencefalopatia megalencefaliczna AD 8 CDH1 Rozlany rak żołądka, Rak piersi AD 146 CDK4 Czerniak AD 5 CDK6 Microcephaly AR 1 CDKN2A Czerniak, Rak trzustki, Rak płuca, Zespół predyspozycji do nowotworów AD 81 CHEK2 Rak prostaty, Rak piersi i jajnika AD/AR 215 CSF1R Leukoencefalopatia AD 56 CTNNB1 Witreoretinopatia wysiękowa AD 85 DDR2 Dysplazja kręgosłupowo-nasadowa AR 10 EGFR Rak płuc, Choroby zapalne skóry i jelit, Ostra białaczka szpikowa AD/AR 53 ERBB2 Gruczolak płuc, rak żołądka, glejak rak jajnika, nerwiak zarodkowy (zmiany somatyczne) - 34 ERBB4 Stwardnienie zanikowe boczne, zespół wielotorbielowatych jajników AD 9 EZH2 Zespół Weavera, Neuroblastoma AD 26 FBXW7 Możliwa rola w rozwoju mięśniakomięsaka prążkowanokomórkowego, nowotworach jajnika i piersi. - 14 FGFR1 Hipogonadyzm hipogonadotropowy, Zespół Pfeiffera AD/DG/MG 84 FGFR2 Zespół Aperta, Zespół Pfeiffera Jackson-Weissa, Zespół Coruzon AD 91 FGFR3 FLT3 Zespół łzowo-uszno-zębowo-palcowy, Zespół Muenkego, Zespół Crouzona z rogowaceniem ciemnym, kamptodaktylia, wysoki wzrost, niedosłuch (Zespół CATSHL) Somatyczna ostra białaczka limfoblastyczna somatyczna; somatyczna ostra białaczka szpikowa, o zredukowanej przeżywalności; somatyczna ostra białaczka szpikowa AD/AR 52-38 GNA11 Hipokalcemia, Hiperkalcemia hipokalciuryczna AD 10 GNAQ Wrodzone somatyczne mozaikowe malformacje kapilarne (znamiona koloru czerwonego wina); somatyczny, mozaikowy zespół Sturge'a-Webera; somatyczny czerniak naczyniówki - 5 HNF1A Rak nerki, Gruczolakowatość wątroby, Cukrzyca typu MODY AD 67 HRAS IDH1 IDH2 Zespół Costello, Miopatia z nadmiarem wrzecionek mięśniowych, Neuroblastoma, Rak pęcherza moczowego Podatność na rozwój glejaka somatycznego; zespół Maffucciego; choroba Olliera; rak dróg żółciowych; ostra białczka szpikowa bez nieprawidłowości cytogenetycznych; pierwotne zwłóknienie szpiku; chrzęstniakomięsak Acyduria 2-hydroksyglutarowa; zespół Maffucciego; choroba Olliera; rak dróg żółciowych; ostra białczka szpikowa bez nieprawidłowości cytogenetycznych; pierwotne zwłóknienie szpiku; glejak somatyczny AD 42-6 - 10 IGF1R Oporność na IGF1 AD/AR 9 JAK1 Zespół hiper-ige, Zmiany somatyczne w nowotworach - 3
Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze JAK2 Choroba Crohna; nadpłytkowość samoistna; czerwienica prawdziwa; pierwotne zwłóknienie szpiku; ostra białaczka szpikowa; inne choroby szpiku kostnego; zespół Budda- Chiariego spowodowany podstawową chorobą szpiku kostnego AD/SM 10 JAK3 Ciężki złożony niedobór odporności T(-) B(+) NK(-) AR 25 KDR KIT Naczyniak krwionośny włośniczkowy młodzieńczy; podatność na rozwój naczyniaka krwionośnego włośniczkowego młodzieńczego Guzy stromalne przewodu pokarmowego, Zespół Leigh, Paraganglioma, Kardiomiopatia rozstrzeniowa AD 1 AD 73 KRAS Zespół Noonan, Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 63 MAP2K1 Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 45 MET Rak nerki, Niedosłuch AD/AR 22 MLH1 Zespół Lyncha, Rak jelita grubego (Zespół CoLoN) AD/AR 753 MPL Trombocytemia, amegakariotyczna trombocytopenia AD/AR 22 MSH2 Zespół Lyncha, Zespół Muir-Torre AD/AR 744 NOTCH1 Wady zastawki aortalnej AD 51 NPM1 Ostra białaczka promielocytowa; ostra białczka szpikowa bez nieprawidłowości cytogenetycznych; chłoniak anaplastyczny z dużych komórek - 8 NRAS Zespół Noonan AD 31 PDGFRA PDGFRB Idiopatyczny zespół hipereozynofilowy oporny na imatynib; przewlekla białaczka eozynofilowa związana z PDGFRA/z rearanżacją genu w obrębie PDGFRA/ przewlekla białaczka eozynofilowa z rearanżacją FIP1L1-PDGFRA ; Nowotwory podścieliskowe przewodu pokarmowego (zmiany somatyczne); włókniste polipy zapalne przewodu pokarmowego Rodzinne idiopatczne zwapnienie zwojów podstawy 4; przewlekla białaczka eozynofilowa związana z PDGFRB/z rearanżacją genu w obrębie PDGFRB; zespół przerostu Kosaki, Miofibromatoza noworodków 1; Zespół przedwczesnego starzenia typu Penttinen; - 22 AD 14 PIK3CA Zespół Cowden AD 85 PMS2 Zespół Lyncha AD/AR 224 PTEN Zespół Cowden AD 405 PTPN11 Zespół Noonan, Zespół LEOPARD AD 123 RB1 Siatkówczak AD 222 RET Pheochromocytoma, Mnoga gruczolakowatość wewnątrzwydzielnicza, Rak rdzeniasty tarczycy, Choroba Hirschprunga AD/AR 110 SMAD4 Polipowatość młodzieńcza, Zespół Myhre AD 156 SMARCB1 Zespół predyspozycji do guzów rabdoidnych, Neurofibromatoza AD 26 SMO Liczne somatyczne raki podstawnokomórkowe; somatczny mozaikowy zespół Curry'egp- Jones'a - 4 SRC Trombocytopenia 6; somatyczny zaawansowany rak jelita grubego AD 2 TERT Anemia aplastyczna, Włóknienie płuc, Dyskeratoza AD/AR 42 TP53 Zespół Li-Fraumeni, Rak piersi, Chłoniak nieziarniczy, Rak nadnerczy, Rak prostaty AD 378 VHL Zespół von Hippel-Lindau, Erytrocytoza AD/AR 185
Metodologia Informacja na temat metody badania: W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji. Informacja na temat klasyfikacji wariantów: W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako warianty potencjalnie patogenne i patogenne, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii: Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby. Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne. Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany. Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria: wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą
wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu: określony w analizach bioinformatycznych potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna) zmiana de novo/dziedziczna częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna) częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbnsfp, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor). Ograniczenia badania: Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qpcr lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych, to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego. Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl. Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics. Jak zlecić badanie
Informacja na temat metody badania: Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki i konsekwencje przeprowadzenia badania. Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy. KONSULTACJA LEKARSKA REJESTRACJA MATERIAŁ DO BADAŃ POBRANIE KRWI Wybranie właściwego testu genetycznego lub indywidualnego zestawu genów Wypełnienie formularza zlecenia testu. Formularz wypełnia pacjent lub wybrany przez niego lekarz. Badania wykonujemy w oparciu o DNA, który izolujemy z przesłanej nam krwi. Dopuszczamy możliwość przesyłania DNA przez certyfikowane jednostki medyczne; w takich przypadkach prosimy o kontakt. Krew (4ml na EDTA) należy oddać w jednym ze współpracujących z nami punktów pobrań: https://badamygeny.pl/#!/lab oratoria Na pobranie należy zabrać wydrukowany i podpisany formularz zlecenia badania. OPŁACENIE TESTU Po wykonaniu testu WYNIK BADANIA KONSULTACJA LEKARSKA zostanie przekazany osobie zlecającej test pacjentowi lub wybranemu przez niego lekarzowi Jak przekazać materiał do badania? Badanie genetyczne z krwi: 1. Krew należy pobrać do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo: osoba dorosła - ok. 4 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) dzieci ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) niemowlę ok. 1,5-2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C) 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) klejącą). 3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf 4. Jeśli Pacjent miał przetaczaną krew, należy odczekać min. 2 miesiące przed pobraniem krwi do badania genetycznego. Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie nowotworu): 1. Należy pobrać łącznie 4 ml krwi do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4 C. 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci: bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej, albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową. 4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/badamy_geny/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf