Nowe formy cyfrowego publikowania naukowego

Plan wykładu Innowacyjność publikowania naukowego; Publikowanie rozwinięte i jego narzędzia; Przykłady realizacji: nowe środowisko badawcze; Wnioski. 2

Zmiany powodowane przez cyfryzację publikacji (Treloar 1999) doskonalenie: nawigacji w obrębie dokumentów i pomiędzy nimi; szybkości publikowania i rozpowszechniania informacji; zwielokrotnienie: struktur i nowych form treści (multimedia); połączeń pomiędzy dokumentami, ich częściami oraz ich zasobami; objętości publikacji, pozwalając na jej (niemal) dowolny rozmiar; możliwości funkcji wyszukiwawczych; dostępności, w tym stosowanie nowych modeli dystrybucji; transformacja: tekstu w hipertekst; stabilności (niezmienność) tekstu w kierunku dokumentu dynamicznego; dokumentu tradycyjnego w dokument interaktywny; publikacji tradycyjnych w nowe rodzaje publikacji; sposobów kontroli jakości, w tym recenzowania w szczególności. 3

Destrukcja publikowania naukowego? Bill Cope&Mary Kalantzis (2009): destrukcja publikacji naukowej: prepublikowanie niszczy publikacje; Michael Nielsen (2009): publikowanie naukowe w trakcie wielkich zmian technologicznych, wydawcy muszą się dostosować lub zniknąć; Krzysztof Migoń (2009): zmianom ulegają procesy, reguły i techniki pisania i czytania, pojęcie autorstwa i zasady edytorstwa; Michael Clarke (2010): prawdopodobieństwo destrukcji zależy od możliwości zastąpienia funkcji czasopism przez inne środki komunikacji. 4

Zmiany oznaczają innowację Definicja Zbigniewa Pietrasińskiego (1971): innowacje to zmiany celowo wprowadzane przez człowieka lub zaprojektowane przez niego układy cybernetyczne, które polegają na zastępowaniu dotychczasowych stanów rzeczy innymi. 5

Jaka jest innowacyjność publikowania naukowego? Nowe tendencje i koncepcje publikacji naukowych 6

Model Henderson - Clark 7

Etap 1: cyfryzacja w paradygmacie druku (innowacja modularna) Badania z 2008 r. czasopism amerykańskich i zachodnioeuropejskich (Cox&Cox): 96% czasopism STM ma wersje elektroniczne; 86,5% czasopism z nauk humanistycznych i społecznych ma wersje elektroniczne. Sytuacja ogólnoświatowa: 62% czasopism wykazanych w Ulrich s Periodicals Dictionary ma wersję elektroniczną. W Polsce: ok. 50% czasopism naukowych dostępnych jest w Sieci. Konsolidacja rynku: w 2005 r. 5 wydawnictw posiadało 53% światowego rynku, następnych 15 30% rynku (Brown, Boulderstone 2008). 8

Etap 2: w kierunku dokuwersum? (innowacja radykalna) Zmiany następują od elektronicznych kopii wersji drukowanych artykułów do pełnego wykorzystania środowiska cyfrowego: wyjście z cienia Oldenburga (Guédon 2001) i koniec kopiowania strony druku (PDF); Coraz większa rola udostępniania danych z badań; uchwycenie full scholarly record (Van de Sompel 2004); Strukturyzacja tekstu i powiązania z ontologiami pozwalają traktować Web jak wielką, ustrukturyzowaną publikację: dane są ze sobą powiązane, a ich semantyka (znaczenie, struktura) znana (Hunter 2006); Dokuwersum: wszechświat dokumentów, globalna biblioteka cyfrowa, globalny metadokument (Nelson 9 1974).

Semantyka publikacji Dwie metodologie rozbudowy semantyki (Teresa Velden, Carl Lagoze 2009): Związana z rozwojem sztucznej inteligencji, służąca budowie maszynowych reprezentacji struktur wiedzy (tzw. ontologii); Związana z technologiami Webu 2.0, podkreśla znaczenie struktur definiowanych w locie przez użytkowników chmury tagów, folksonomie, zakładki, mechanizm Wiki i in. 10

Publikowanie semantyczne wszystkie działania, które zwiększają możliwości zrozumienia treści opublikowanego artykułu naukowego, ułatwiają jego automatyczne wyszukanie, umożliwiają tworzenie powiązań z podobnymi semantycznie artykułami, dają dostęp do danych zawartych w artykule lub ułatwiają integrację danych z wielu artykułów (Shotton 2009). 11

Publikowanie rozwinięte David Shotton (2009): zwiększanie możliwości zrozumienia treści naukowych: przez ludzi (naukowców); przez maszyny (systemy komputerowe), a przez to: ułatwienie automatycznego wyszukania treści; tworzenie powiązań pomiędzy zasobami podobnymi semantycznie; dostęp do danych związanych z artykułem oraz integracja danych z wielu badań. 12

Narzędzia rozbudowy semantyki Strukturyzacja treści artykułu: Kodowanie w XML/RDF dla komputerów Podział tekstu na części (IMRaD) Stosowanie ontologii dziedzinowych; Udostępnianie nieprzetworzonych danych z badań: Dołączanie plików danych do artykułów Specjalne czasopisma dla danych naukowych Graficzna wizualizacja treści i multimedia. 13

Artykuł modularny Cell (m.in. abstrakt graficzny) 16

Struktura artykułu - Cell 17

Struktura artykułu - Cell 18

Struktura artykułu - NEJM 19

Struktura artykułu - PLoS 20

Struktura artykułu - PLoS 21

Struktura artykułu PLoS (bibliografia) 22

Nanopublikacje 23

Graficzne wizualizacje danych Obracanie obiektów Modyfikacja orientacji Różne reprezentacje Ułatwiają badania ale jednocześnie... Uzależnione od platformy, wymagają plugin ów lub dodatkowych informacji

Multimedia: grafika 26

Multimedia: nagrania dźwiękowe 27

Pliki kodowane w XML 29

Pliki w XML 30

Zastosowanie ontologii - PLoS 32

Związki z ontologiami 33

Związki z ontologiami 34

Ontologia w XML/RDF 35

Związki z ontologiami Molecular BioSystems 36

Związki z ontologiami - StemBook 38

Związki z ontologiami - kodowanie 41

Dane dołączone do artykułu 43

Dane w Excel StatLink OECD 44

Dane w Excel StatLink OECD 45

Publikacja danych naukowych data papers 47

Data papers c.d. 48

Data papers c.d. 49

Open notebook science (Bradley)

Koncepcje i realizacje (przykłady) Płynne publikowanie: projekt UE + Springer; Publikowanie rozwinięte: DRIVER, SURF; Article of the future Elsevier Rozwinięty artykuł Davida Shottona (2009); Publikowanie w środowisku badawczym: Attwood, Petifier (2009), system UTOPIA; Wzbogacona publikacja internetowa: Breure, Voorbij, Hoogerwerf (2011), np. OCHRE. 51

Koncepcje: płynne publikacje Inicjatywa UE we współpracy ze Springerem; Czasopismo jako kolekcja artefaktów wiedzy, pochodzących ze stron Web, repozytoriów, blogów i innych czasopism (w tym tradycyjnych, recenzowanych); Płynne publikacje zmieniające się w sposób ciągły, zasilane z wielu źródeł; Zalety: szybki obieg nowych idei, optymalizacja procesów tworzenia, oceny i rozpowszechniania informacji. Płynna publikacja (film) tworzenie płynnej publikacji 52

Płynne publikacje 53

Article of the future Elsevier Filmik o przyszłości publikowania 54

Artykuł rozwinięty Shottona 55

Publikowanie w środowisku badawczym Attwood, Petifier (2009): system UTOPIA 56

Środowisko badawcze system UTOPIA (Attwood, Petifier 2009) 57

Środowisko badawcze system UTOPIA Po lewej: artykuł z komentarzem dostępnym wszystkim użytkownikom. Kolory oznaczają obszary zainteresowań Po prawej: sieć z kolorowymi węzłami oznaczającymi opis treści artykułu (metabolity) 58

Rich Internet Publication (RIP) Breure, Voorbij, Hoogerwerf (2011): Nowy rodzaj publikacji elektronicznej, której cechami są integracja informacji, wizualizacja i eksploracja (czytanie nielinearne), typowe dla dokumentów hipermedialnych; Spektrum od publikacji wzbogaconych do prezentacji multimedialnych, bardziej przypominających aplikacje Web, niż artykuły w czasopismach. 59

Przykładowa RIP: OCHRE (aplikacja java) link 60

OCHRE: publikacje 61

OCHRE: katalog tabliczek 62

Środowisko badawcze - COHSE 63

COHSE Strona o ubiorach 64

COHSE połączona z ontologią o ubiorach (czerwone kropki) 65

COHSE Linki od pojęcia wełna (wool) w ontologii 66

COHSE Strona po otwarciu piątego linku 67

COHSE Zbyt wiele linków, więc ontologia proponuje zawężenie terminu 68

COHSE Ta sama strona wg ontologii nazw geograficznych 69

Wnioski Cyfryzacja, w tym stosowanie Internetu w publikowaniu naukowym nie musi powodować zmian całego systemu komunikacji naukowej (innowacja modularna); Publikowanie rozwinięte (innowacja radykalna) jest przejawem zmian zachodzących w nauce; W drodze do dokuwersum radykalnej zmianie ulega proces publikowania oraz formy publikacji jako produktu końcowego procesu naukowego: staje się ona siecią, połączeniem naukowców, danych, metod, hipotez, teorii, faktów, instrumentów, tekstów, szkół, jest efektem współpracy i dyskusji (Weinberger 2011). 70

Dziękuję za uwagę! 71