(12) TŁUMACZENIE PATENTU EUROPEJSKIEGO (19) PL (11) PL/EP (96) Data i numer zgłoszenia patentu europejskiego:

Transkrypt

1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) TŁUMACZENIE PATENTU EUROPEJSKIEGO (19) PL (11) PL/EP Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (96) Data i numer zgłoszenia patentu europejskiego: (97) O udzieleniu patentu europejskiego ogłoszono: Europejski Biuletyn Patentowy 2014/17 EP B1 (13) (51) T3 Int.Cl. G01N 33/574 ( ) A61K 39/395 ( ) C12Q 1/68 ( ) (54) Tytuł wynalazku: Prognozowanie odpowiedzi na inhibitor dimeryzacji HER oparte na niskiej ekspresji HER3 (30) Pierwszeństwo: US P US P US (43) Zgłoszenie ogłoszono: w Europejskim Biuletynie Patentowym nr 2009/51 (45) O złożeniu tłumaczenia patentu ogłoszono: Wiadomości Urzędu Patentowego 2014/09 (73) Uprawniony z patentu: Genentech, Inc., South San Francisco, US F. Hoffmann-La Roche AG, Basel, CH (72) Twórca(y) wynalazku: PL/EP T3 LUKAS C. AMLER, Foster City, US MERRILL BIRKNER, San Francisco, US CHIN-YU LIN, Redwood City, US JOACHIM MOECKS, Mannheim, DE ANDREAS STRAUSS, Penzberg, DE (74) Pełnomocnik: rzecz. pat. Piotr Godlewski JWP RZECZNICY PATENTOWI DOROTA RZĄŻEWSKA SP. J. ul. Żelazna 28/30 Sienna Center Warszawa Uwaga: W ciągu dziewięciu miesięcy od publikacji informacji o udzieleniu patentu europejskiego, każda osoba może wnieść do Europejskiego Urzędu Patentowego sprzeciw dotyczący udzielonego patentu europejskiego. Sprzeciw wnosi się w formie uzasadnionego na piśmie oświadczenia. Uważa się go za wniesiony dopiero z chwilą wniesienia opłaty za sprzeciw (Art. 99 (1) Konwencji o udzielaniu patentów europejskich).

2 19838/14/P-RO/PG EP Prognozowanie odpowiedzi na inhbitor dimeryzacji HER oparte na niskiej ekspresji HER3 [0001] Wynalazek dotyczy zastosowania niskich HER3 jako kryterium wyboru dla leczenia pacjentów z nowotworami, takich jak pacjenci z rakiem jajnika, inhibitorem HER, takim jak pertuzumab. [0002] Ponadto, wynalazek dotyczy zastosowania wysokiego HER3 jako kryterium wyboru dla leczenia pacjentów z nowotworami ze środkiem chemioterapeutycznym, na przykład gemcytabiną. Receptory HER i przeciwciała przeciwko nim [0003] Rodzina HER receptorowych kinaz tyrozynowych stanowi ważne mediatory wzrostu, różnicowania i przeżywanie komórek. Rodzina receptorów obejmuje czterech odrębnych przedstawicieli, obejmujących receptor naskórkowego czynnika wzrostu (EGFR, ErbB1, lub HER1), HER2 (ErbB2 lub p185 neu ), HER3 (ErbB3) i HER4 (ErbB4 lub tyro2). [0004] EGFR, kodowanemu przez gen erbb1, przypisano udział w przyczynach nowotworów złośliwych u ludzi. W szczególności, zwiększoną ekspresję EGFR obserwowano w raku sutka, pęcherza, płuc, głowy, szyi i żołądka, jak również w glejakach. Zwiększonej ekspresji receptora EGFR często towarzyszy zwiększone wytwarzanie liganda EGFR przez te same komórki nowotworowe, transformującego czynnika wzrostu alfa (TGF-α), prowadząc do aktywacji receptora na autokrynnym szlaku stymulacji. Baselga i Mendelsohn, Pharmac. Ther. 64: (1994). Przeciwciała monoklonalne skierowane przeciw EGFR lub jego ligandom, TGF-α i EGF, oceniano jako środki terapeutyczne w leczeniu takich nowotworów złośliwych. Patrz np. Baselga i Mendelsohn, wyżej; Masui i współpracownicy, Cancer Research 44: (1984); i Wu i współpracownicy, J. Clin. Invest. 95: (1995). [0005] Drugiego przedstawiciela rodziny HER, p185 neu, pierwotnie zidentyfikowano jako produkt transformującego genu nerwiaka niedojrzałego chemicznie traktowanych szczurów. Zaktywowana postać protoonkogenu neu powstaje w wyniku punktowej mutacji (walina do kwasu glutaminowego) w transbłonowym regionie kodowanego białka. Amplifikację ludzkiego homologu neu obserwuje się w rakach sutka i jajnika i jest ona skorelowana ze złą prognozą (Slamon i współpracownicy, Science, 235: (1987); Slamon i współpracownicy, Science 244: (1989) i Patent US nr ). Dotychczas nie donoszono dla nowotworów ludzkich o mutacji punktowej, analogicznej do tej w protoonkogenie neu. Nadekspresję HER2 (często, ale nie zawsze z powodu amplifikacji genu) obserwowano również w innych rakach, obejmujących raka żołądka, śluzówki macicy (endometrium), gruczołu ślinowego, płuc, nerki, okrężnicy, tarczycy, trzustki i pęcherza moczowego. Patrz, między innymi, King i współpracownicy, Science, 229:974 (1985); Yokota i współpracownicy, Lancet: 1: (1986); Fukushige i współpracownicy, Mol Cell Biol., 6: (1986); Guerin i współpracownicy, Oncogene Res., 3:21-31 (1988);

3 - 2 - Cohen i współpracownicy, Oncogene, 4:81-88 (1989); Yonemura i współpracownicy, Cancer Res., 51:1034 (1991); Borst i współpracownicy, Gynecol. Oncol., 38:364 (1990); Weiner i współpracownicy, Cancer Res., 50: (1990); Kern i współpracownicy, Cancer Res., 50:5184 (1990); Park i współpracownicy, Cancer Res., 49:6605 (1989); Zhau i współpracownicy, Mol. Carcinog., 3: (1990); Aasland i współpracownicy Br. J. Cancer 57: (1988); Williams i współpracownicy Pathobiology 59:46-52 (1991); i McCann i współpracownicy, Cancer, 65:88-92 (1990). HER2 może ulegać nadekspresji w raku prostaty (Gu i współpracownicy, Cancer Lett. 99: (1996); Ross i współpracownicy, Hum. Pathol. 28: (1997); Ross i współpracownicy, Cancer 79: (1997) i Sadasivan i współpracownicy, J. Urol. 150: (1993)). [0006] Opisano przeciwciała skierowane przeciwko białkowym produktom p185 neu szczura i HER2 człowieka. [0007] Drebin i współpracownicy otrzymali przeciwciała skierowane przeciw produktowi genu neu szczura, p185 neu patrz, na przykład, Drebin i współpracownicy, Cell 41: (1985); Myers i współpracownicy, Meth. Enzym. 198: (1991); i WO94/ Drebin i współpracownicy Oncogene 2: (1988) donoszą, że w wyniku stosowania mieszanin przeciwciał reaktywnych wobec dwóch odrębnych regionów p185 neu uzyskuje się synergistyczne działanie przeciwnowotworowe wobec transformowanych neu komórek NIH- 3T3 wszczepionych myszom atymicznym (ang. nude). Patrz również Patent US nr , wydany 20 października 1998 r. [0008] Hudziak i współpracownicy, Mol. Cell. Biol. 9(3): (1989) opisują tworzenie panelu przeciwciał HER2, które scharakteryzowano stosując linię komórek ludzkiego nowotworu sutka, SK-BR-3. Względną proliferację komórkową komórek SK-BR-3 po ekspozycji na przeciwciała określano przez wybarwianie fioletem krystalicznym monowarstw po 72 godzinach. Stosując to oznaczenie, maksymalne hamowanie otrzymano dla przeciwciała nazwanego 4D5, które hamowało proliferację komórkową o 56%. Inne przeciwciała w panelu obniżały proliferację komórkową w tym oznaczeniu w mniejszym stopniu. Stwierdzono ponadto, że przeciwciało 4D5 uwrażliwia linie komórkowe nowotworu sutka, w których zachodzi nadekspresja HER2, na cytotoksyczne działanie TNF-α. Patrz również Patent US nr , wydany 14 października 1997 r. Przeciwciała skierowane przeciw HER2, omówione w Hudziak i współpracownicy, scharakteryzowano ponadto w Fendly i współpracownicy, Cancer Research 50: (1990); Kotts i współpracownicy, In Vitro 26 (3): 59A (1990); Sarup i współpracownicy, Growth Regulation 1: (1991); Shepard i współpracownicy, J. Clin. Immunol. 11(3): (1991); Kumar i współpracownicy, Mol. Cell. Biol. 11(2): (1991); Lewis i współpracownicy, Cancer Immunol. Immunother. 37: (1993); Pietras i współpracownicy, Oncogene 9: (1994); Vitetta i współpracownicy, Cancer Research 54: (1994); Sliwkowski i współpracownicy, J. Biol. Chem. 269 (20): (1994); Scott i współpracownicy, J. Biol. Chem. 266: (1991); D'souza i współpracownicy, Proc. Natl. Acad. Sci. 91: (1994); Lewis i współpracownicy, Cancer Research 56: (1996); i Schaefer i współpracownicy, Oncogene 15: (1997).

4 - 3 - [0009] Rekombinowana, humanizowana wersja mysiego HER2, przeciwciała 4D5, (humab4d5-8, rhumab HER2, Trastuzumab lub HERCEPTIN, Patent US nr ) jest klinicznie aktywna u pacjentów z przerzutowymi rakami sutka nadeksprymującymi HER2, którzy uprzednio przeszli intensywną terapię przeciwrakową (Baselga i współpracownicy, J. Clin. Oncol. 14: (1996)). Trastuzumab uzyskał zatwierdzenie do sprzedaży z Food and Drug Administration 25 września 1998 r. do leczenia pacjentów z przerzutowym rakiem sutka w nowotworach, w których zachodzi nadekspresja białka HER2. [0010] Inne przeciwciała przeciw HER2 o różnych właściwościach opisano w Tagliabue i współpracownicy, Int. J. Cancer 47: (1991); McKenzie i współpracownicy, Oncogene 4: (1989); Maier i współpracownicy, Cancer Res. 51: (1991); Bacus i współpracownicy, Molecular Carcinogenesis 3: (1990); Stancovski i współpracownicy, PNAS (USA) 88: (1991); Bacus i współpracownicy, Cancer Research 52: (1992); Xu i współpracownicy, Int. J. Cancer 53: (1993); WO94/00136; Kasprzyk i współpracownicy, Cancer Research 52: (1992); Hancock i współpracownicy, Cancer Res. 51: (1991); Shawver i współpracownicy, Cancer Res. 54: (1994); Arteaga i współpracownicy, Cancer Res. 54: (1994); Harwerth i współpracownicy, J. Biol. Chem. 267: (1992); Patent US nr i Klapper i współpracownicy, Oncogene 14: (1997). [0011] W wyniku przesiewowych poszukiwań homologii zidentyfikowano dwóch innych przedstawicieli rodziny receptorów HER, HER3 (Patenty US nr i , jak również Kraus i współpracownicy, PNAS (USA) 86: (1989)) i HER4 (europejskie zgłoszenie patentowe numer ; Plowman i współpracownicy, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: (1993) i Plowman i współpracownicy, Nature 366: (1993)). Obydwa z tych receptorów wykazują zwiększoną ekspresję w co najmniej niektórych liniach komórkowych raka sutka. [0012] Ogólnie receptory HER występują w różnych kombinacjach w komórkach i uważa się, że heterodimeryzacja zwiększa różnorodność komórkowych odpowiedzi na szereg różnorodnych ligandów HER (Earp i współpracownicy, Breast Cancer Research and Treatment 35: (1995)). EGFR jest wiązany przez sześć różnych ligandów: naskórkowy czynnik wzrostu (EGF), transformujący czynnik wzrostu alfa (TGF-α), amfiregulinę, wiążący heparynę naskórkowy czynnik wzrostu, betacelulinę i epiregulinę (Groenen i współpracownicy, Growth Factors 11: (1994)). Rodzina białek heregulin, powstających w wyniku alternatywnego splicingu pojedynczego genu, jest ligandami dla HER3 i HER4. Rodzina heregulin obejmuje hereguliny alfa, beta i gamma (Holmes i współpracownicy, Science 256: (1992); Patent US nr ; i Schaefer i współpracownicy, Oncogene 15: (1997)); czynniki różnicowania neu (NDF), glejowe czynniki wzrostu (GGF); aktywność indukującą receptory acetylocholinowe (ARIA) i czynnik neuronów czuciowych i ruchowych (SMDF). Prace przeglądowe patrz Groenen i współpracownicy, Growth Factors 11: (1994); Lemke, G. Molec. & Cell. Neurosci. 7: (1996) i Lee i współpracownicy, Pharm. Rev. 47: (1995). Ostatnio zidentyfikowano trzy dodatkowe ligandy HER: neuregulinę-2 (NRG-2), o której donoszono,

5 - 4 - że wiąże albo HER3 albo HER4 (Chang i współpracownicy, Nature 387: (1997); i Carraway i współpracownicy, Nature 387: (1997)); neuregulinę-3, która wiąże HER4 (Zhang i współpracownicy, PNAS (USA) 94 (18): (1997)); i neuregulinę-4, która wiąże HER4 (Harari i współpracownicy, Oncogene 18: (1999)) HB-EGF, betacelulina i epiregulina również wiążą się z HER4. [0013] Podczas gdy EGF i TGFα nie wiążą HER2, EGF stymuluje EGFR i HER2 do tworzenia heterodimeru, co aktywuje EGFR i skutkuje transfosforylacją HER2 w heterodimerze. Dimeryzacja i/lub transfosforylacja wydaje się aktywować kinazę tyrozynową HER2. Patrz Earp i współpracownicy, wyżej. Podobnie, gdy HER3 ulega koekspresji z HER2, tworzony jest aktywny kompleks sygnałowy i przeciwciała skierowane przeciw HER2 są zdolne do niszczenia tego kompleksu (Sliwkowski i współpracownicy, J. Biol. Chem. 269 (20): (1994)). Dodatkowo, powinowactwo HER3 wobec hereguliny (HRG) zwiększa się do stanu wyższego powinowactwa, jeśli ulega koekspresji z HER2. Odnośnie kompleksu białek HER2-HER3, patrz również Levi i współpracownicy, Journal of Neuroscience 15: (1995); Morrissey i współpracownicy, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92: (1995); i Lewis i współpracownicy, Cancer Res. 56: (1996). HER4, podobnie jak HER3, tworzy aktywny kompleks sygnałowy z HER2 (Carraway i Cantley, Cell 78: 5-8 (1994)). [0014] Publikacje patentowe związane z HER przeciwciałami obejmują: US , US , US US , US , US , US , US , US , US2002/ A1, US , US , US US , US , US , US , US , US2004/ A1 US , US , US , US , WO98/17797, US , US , US , US , US , US , WO99/31140, US2003/ A1, US2003/ A1, US2005/ A1, US , US2003/ A1, WO99/48527, US2002/ A1 WO01/00245, US2003/ , US2004/ A1, WO00/69460, WO01/00238, WO01/15730, US B1 US B1, WO01/00244, US2002/ A1, WO01/89566, US2002/ , US2003/ , WO 04/24866, US2004/ , US2003/ A1, WO03/087131, US2003/ , WO2004/008099A2, US2004/ , WO2004/048525, US2004/ A1, US , US , US , US , US , WO 87/07646, WO 89/10412, WO 91/05264, EP B1, EP B1, US , EP B1, EP A2, US 2002/ A1, WO 91/02062, US , US , EP B1, WO 93/03741, EP B1, EP A1, US , US , US , WO 93/12220, WO 93/16185, US , WO 93/21319, WO 93/21232, US , WO 94/22478, US , US , WO 96/07321 US , US , EP , WO 96/16673, US , US , US , WO 97/00271, US , US , US , WO 96/40789, US , US , WO 97/20858, WO 97/38731 US , US , WO 98/02463, US , WO 98/18489, WO 98/33914, US WO 98/45479, US B1, US 2003/ , WO 99/55367, WO 01/20033, US 2002/ A1, WO 00/78347, WO 01/09187, WO 01/21192, WO 01/32155, WO

6 - 5-01/53354, WO 01/56604, WO 01/76630, WO02/05791, WO 02/11677, US , US2002/ A1, US 2003/ A1, WO 02/44413, US 2002/ , US B2, WO 02/45653, WO 02/055106, US 2003/ , US 2003/ , WO 02/087619, WO 03/006509, WO03/012072, WO 03/028638, US 2003/ , WO 03/041736, EP , US 2003/ , US 2004/ , US , US , EP B1, US 2003/ , US 2003/ , US B1, WO 00/61145, WO 00/61185, US B1, WO 01/05425, WO 01/64246, US 2003/ , US 2002/ A1 US , WO 01/76586, US 2003/ , WO 01/87336, US 2002/ A1, WO 01/87334, WO 02/05791, WO 02/09754, US 2003/ , US 2002/ , WO 02/055106, WO 02/070008, WO 02/ i WO 03/ Środki diagnostyczne [0015] Pacjenci leczeni przeciwciałem HER2 trastuzumabem wybiera się do terapii w oparciu o nadekspresję/amplifikację HER2. Patrz, na przykład, WO99/31140 (Paton i współpracownicy US2003/ A1 (Hellmann, S.), i US2003/ (Paton i współpracownicy); jak również WO01/89566, US2002/ , i US2003/ (Mass i współpracownicy). Patrz, również, US2003/ , Cohen i współpracownicy, dotyczące immunohistochemii (IHC) i fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) do wykrywania nadekspresji i amplifikacji HER2. [0016] WO2004/ i US2004/024815A1 (Bacus i współpracownicy), jak również US 2003/ (Crosby i Smith), dotyczą określenia lub przewidywania odpowiedzi na terapię trastuzumabem. US2004/013297A1 (Bacus i współpracownicy) dotyczy określenia lub przewidywania odpowiedzi na terapię ABX0303 przeciwciałem EGFR. WO2004/ (Bacus i współpracownicy) dotyczy określenia odpowiedzi na GW572016, małą cząsteczkę, EGFR-HER2 inhibitor kinazy tyrozynowej. WO2004/063709, Amler i współpracownicy, dotyczy biomarkerów i sposobów do określenia czułości na inhibitor EGFR, erlotynib HCl. US2004/ , Cobleigh i współpracownicy, dotyczy markerów ekspresji genu dla prognoz raka sutka. [0017] Pacjenci leczeni pertuzumabem mogą być wybierani do terapii w oparciu o aktywację lub dimeryzację HER. Publikcje patentowe dotyczące pertuzumabu i wyboru pacjentów do terapii ponadto obejmują: WO01/00245 (Adams i współpracownicy); US2003/ (Sliwkowski, M.); US2004/ A1 (Sliwkowski, M.); jak również WO2004/008099A2, i US2004/ (Bossenmaier i współpracownicy). [0018] Cronin i współpracownicy Am. J. Path. 164(1): (2004) opisuje pomiar ekspresji genu w archiwizowanych tkankach zatopionych w parafinie. Ma i współpracownicy Cancer Cell 5: (2004) opisują profilowanie genu przez mikromacierz oliogonukleotydową genu stosując izolowane RNA z wycinków tkanki nowotworowej pobranych z archiwizowanych biopsji pierwotnych. [0019] Pertuzumab (również znany jako rekombinowane ludzkie przeciwciało monoklonalne 2C4; OMNITARG, Genentech, Inc, South San Francisco) przedstawia pierwszy w nowej klasie środków znanych jako inhibitory dimeryzacji HER (HDI) i funkcjonuje tak, aby

7 - 6 - hamować zdolność HER2 do tworzenia aktywnych heterodimerów z innymi receptorami HER (takimi jak EGFR/HER1, HER3 i HER4) i jest aktywny niezależnie od poziomów ekspresji HER2. Patrz, na przykład, Harari i Yarden, Oncogene 19: (2000; Yarden i Sliwkowski Nat Rev Mol Cell Biol, 2: (2001); Sliwkowski Nat Strcut Biol 10:158-9); Cho, i współpracownicy, Nature 421: (2003); i Malik, i współpracownicy Pro Am Soc Cancer Res 44:176-7 (2003). [0020] Wykazano, że blokowanie przez pertuzumab tworzenia heterodimerów HER2-HER3 w komórkach nowotworowych hamuje istotną sygnalizację komórkową, co prowadzi do zmniejszonej proliferacji nowotworu i przeżycia (Agus i współpracownicy Cancer Cell 2: (2002)). [0021] Pertuzumab poddano badaniu jako samodzielny środek w klinice w badaniu fazy Ia u pacjentów z zaawansowanymi rakami i badaniami fazy II u pacjentów z rakiem jajnika i sutka, jak również raka płuc i prostaty. W badaniu fazy I, pacjentom z nieuleczalnymi, miejscowo zaawansowanymi, nawracającymi lub przerzutowymi guzami litymi, które rozwijają się podczas lub po standardowej terapii leczenia pertuzumabem, podawanym dożylnie co 3 tygodnie. Pertuzumab ogólnie był dobrze tolerowany. Cofanie się guza osiągnięto u 3 z 20 pacjentów ocenianych pod kątem odpowiedzi. U dwóch pacjentów potwierdzono częściowe odpowiedzi. Stabilną chorobę trwającą dłużej niż 2,5 miesiąca zaobserwowano u 6 z 21 pacjentów (Agus i współpracownicy Pro Am Soc Clin Oncol 22:192 (2003)). W dawkach 2,0-15 mg/kg, farmakokinetyka pertuzumabu była liniowa, i średni klirens był w zakresie od 2,69 do 3,74 ml/dzień/kg i średni końcowy czas półtrwania eliminacji był w zakresie 15,3 do 27,6 dni. Przeciwciał przeciw pertuzumabowi nie wykryto (Allison i współpracownicy Pro Am Soc Clin Oncol 22:197 (2003)). [0022] Sergina i współpracownicy donoszą, że markerem biologicznym, przy pomocy którego ocenia się skuteczność inhibitorów HER kinazy tyrozynowej (TKIs) powinna być transfosforylacja HER3 raczej niż autofosforylacja. Sergina i współpracownicy Nature 445(7126): (2007). [0023] Jazaeri i współpracownicy ocenili profile ekspresji genu związane z odpowiedzią na chemioterapię w rakach nabłonkowych jajnika. Jazaeri i współpracownicy Clin. Cancer Res. 11(17): (2005). [0024] Tanner i współpracownicy donoszą, że HER3 prognozuje przeżycie w raku jajnika. Tanner i współpracownicy J. Clin. Oncol. 24(26): (2006). Streszczenie wynalazku [0025] Zgłoszenie dotyczy, co najmniej w części, nieoczekiwanej obserwacji, że pacjenci z nowotworami (np. pacjenci z nowotworami jajnika), u których rak eksprymuje HER3 na niskim poziomie odpowiadają lepiej w ludzkich badaniach klinicznych na inhibitor dimeryzacji HER niż ci pacjenci, u których rak eksprymuje HER3 na wysokim poziomie. Ogólnie, u takich pacjentów jest wyższy stosunek HER2:HER3 (w wyniku niskiego poziomu HER3), tak że ocena względnych poziomów zarówno HER2 jak i HER3 dostarcza dodatkowe środki do wyboru pacjentów do terapii z inhibitorem dimeryzacji HER.

8 - 7 - [0026] Wynalazek zdefiniowano w zastrzeżeniach. [0027] Korzystny test do pomiaru ekspresji HER3 obejmuje łańcuchową reakcję polimerazy (PCR), najkorzystniej ilościową reakcję łańcuchową polimerazy w czasie rzeczywistym (qrt-pcr). [0028] Inhibitor dimeryzacji HER2 jest przeciwciałem, najkorzystniej przeciwciałem HER2, takim jak pertuzumab. [0029] Korzystnie tu typ raka do leczenia lub diagnozowania jest wybrany z grupy składającej się z raka jajnika, raka otrzewnej, raka jajowodu, przerzutowego raka sutka (MBC), nie drobnokomórkowego raka płuc (NSCLC), raka prostaty, i raka okrężnicy. Najkorzystniej, typem raka tu leczonego lub diagnozowanego jest rak jajnika, rak otrzewnej, lub rak jajowodu. Typ nowotworu może być oporny na chemioterapię, oporny na platynę, zaawansowany, oporny na leczenie, i/lub nawracający. Sposób może wydłużyć przeżycie, obejmując czas przeżycia bez progresji choroby (PFS) i całkowity czas przeżycia (OS) u pacjenta. [0030] Inhibitor HER może być podawany jako samodzielny środek przeciw-rakowy, lub może być połączony z jednym lub większą ilością innych terapii. W jednym przykładzie wykonania inhibitor dimeryzacji HER2 jest podawany z jednym lub większą ilością środków chemioterapeutycznych, takich jak gemcytabina, karboplatyna, paklitaksel, docetaksel, topotekan, i liposomalna doksorubicyna, i korzystnie antymetabolit, taki jak gemcytabina. Inhibitor dimeryzacji HER2 może być również połączony z trastuzumabem, erlotynibem, lub bewacizumabem. [0031] W kolejnym aspekcie, wynalazek dotyczy sposobu leczenia pacjenta z rakiem jajnika, otrzewnej, lub jajowodu, obejmującego podawanie pacjentowi terapeutycznie skutecznej ilości pertuzumabu, przy czym rak pacjenta eksprymuje HER3 na poziomie niższym niż 25-ty percentyl dla ekspresji HER3 w raku jajnika, otrzewnej, lub jajowodu. [0032] Wynalazek tu ponadto dotyczy sposobu wyboru terapii dla pacjenta z typem raka, który jest w stanie odpowiedzieć inhibitorowi dimeryzacji HER, obejmującego określenie ekspresji HER3 w próbce raka u pacjenta i wybranie inhibitora dimeryzacji HER2 jako terapii, jeśli próbka raka eksprymuje HER3 na poziomie niższym niż 25-ty percentyl ekspresji HER3 w typie raka. [0033] Również opisano wyrób wytwarzany obejmujący, zapakowane razem, kompozycję farmaceutyczną zawierającą inhibitor dimeryzacji HER2 w dopuszczalnym farmaceutycznie nośniku i etykietę informującą, że inhibitor lub kompozycja farmaceutyczna jest wskazana do leczenia pacjenta z typem raka, który jest w stanie odpowiedzieć na inhibitor dimeryzacji HER, przy czym rak pacjenta eksprymuje HER3 na poziomie niższym niż 25-ty percentyl ekspresji HER3 w typie raka. [0034] Również opisano sposób wytwarzania inhibitora dimeryzacji HER lub jego kompozycji farmaceutycznej, obejmujący połączenie w opakowaniu inhibitora lub kompozycji farmaceutycznej i etykiety informującej, że inhibitor lub kompozycja

9 - 8 - farmaceutyczna jest wskazana do leczenia pacjenta z typem raka, który jest w stanie odpowiedzieć na inhibitor dimeryzacji HER, przy czym rak pacjenta eksprymuje HER3 na poziomie niższym niż 25-ty percentyl ekspresji HER3 w typie raka. [0035] Oprócz powyższych odkryć (wynalazków), ludzkie dane kliniczne tu dostarczone wykazały, że pacjentów z rakami (np. pacjenci z rakiem jajnika), których rak eksprymuje HER3 na wysokim poziomie, wykazują lepszą kliniczną odpowiedź na środek chemioterapeutyczny, taki jak gemcytabina, niż ci pacjenci, których rak eksprymuje HER3 na niskim poziomie. [0036] W odniesieniu do tego kolejnego aspektu wynalazku, wynalazek dostarcza sposób wyboru terapii dla pacjenta z typem raka, który może odpowiadać na środek chemioterapeutyczny obejmujący określenie ekspresji HER3 w próbce raka od pacjenta i środka chemioterapeutycznego jako terapii, jeśli próbka raka eksprymuje HER3 na poziomie wyższym niż 25-ty percentyl ekspresji HER3 w typie raka. Korzystnie typem raka jest rak jajnika, otrzewnej lub jajowodu, obejmujący opornego na platynę raka jajnika, otrzewnej lub jajowodu, jak również zaawansowanego, opornego na leczenie, lub nawracającego raka jajnika. Korzystnie wybranym środkiem chemioterapeutycznym jest antymetabolit, taki jak gemcytabina. [0037] Wynalazek również dotyczy leczenia pacjenta z typem raka, który jest w stanie odpowiedzieć na środek chemioterapeutyczny, obejmującego podawanie terapeutycznie skutecznej ilości środka chemioterapeutycznego pacjentowi, przy czym rak pacjenta eksprymuje HER3 na poziomie wyższym niż 75-ty percentyl ekspresji HER3 w typie raka. Korzystny test do pomiaru ekspresji HER3 obejmuje łańcuchową reakcję polimerazy (PCR), najkorzystniej ilościowa reakcję łańcuchową polimerazy w czasie rzeczywistym (qrt-pcr). [0038] Korzystnie środkiem chemioterapeutycznym jest antymetabolit, najkorzystniej gemcytabina. [0039] Korzystnie typem raka do leczenia lub diagnozowania według tego kolejnego aspektu wynalazku jest rak jajnika, rak otrzewnej, lub rak jajowodu. Typ nowotworu może być oporny na chemioterapię, oporny na platynę, zaawansowany, oporny na leczenie, i/lub nawracający. Sposób może wydłużyć czas przeżycia, obejmując czas przeżycia bez progresji choroby (PFS) i całkowity czas przeżycia (OS) u pacjenta [0040] W kolejnym aspekcie, wynalazek dotyczy leczenia pacjenta z rakiem jajnika, otrzewnej lub jajowodu, obejmujący podawanie pacjentowi terapeutycznie skutecznej ilości gemcytabiny, przy czym rak pacjenta eksprymuje HER3 na poziomie wyższym niż 75-ty percentyl ekspresji HER3 w raku jajnika, otrzewnej, lub jajowodu. [0041] Również opisano wyrób wytwarzany obejmujący, zapakowane razem, kompozycję farmaceutyczną zawierającą środek chemioterapeutyczny (taki jak gemcytabina) w dopuszczalnym farmaceutycznie nośniku i etykietę informującą, że środek chemioterapeutyczny lub kompozycja farmaceutyczna jest wskazana do leczenia pacjenta z typem raka, przy czym rak pacjenta eksprymuje HER3 na poziomie wyższym niż 75-ty percentyl ekspresji HER3 w typie raka.

10 - 9 - [0042] Również opisano sposób wytwarzania środka chemioterapeutycznego (takiego jak gemcytabina) lub jego kompozycji farmaceutycznej, obejmujący połączenie w opakowaniu środka chemioterapeutycznego lub kompozycji farmaceutycznej i etykiety informującej, że środek chemioterapeutyczny lub kompozycja farmaceutyczna jest wskazana do leczenia pacjenta z typem raka, przy czym rak pacjenta eksprymuje HER3 na poziomie wyższym niż 25-ty percentyl ekspresji HER3 w typie raka. Krótki opis rysunków [0043] Figura 1 dostarcza schemat struktury białka HER2, i sekwencje aminokwasowe Domen I-IV (SEQ ID Nos.19-22, odpowiednio) w jego domenie zewnątrzkomórkowej. Figury 2A i 2B przedstawiają dopasowania sekwencji aminokwasowych zmiennych lekkich (V L ) (Fig. 2A) i zmiennych ciężkich (V H ) (Fig. 2B) domen mysiego przeciwciała monoklonalnego 2C4 (SEQ ID Nos. 1 i 2, odpowiednio); V L i V H domeny wariantu 574/pertuzumabu (SEQ ID Nos. 3 i 4, odpowiednio), i V L i V H ludzkich konsensusowych zrębów (hum κi, lekka kappa podgrupa I; humiii, ciężka podgrupa III) (SEQ ID Nos. 5 i 6, odpowiednio). Gwiazdki identyfikują różnice w domenach zmiennych pertuzumabu i mysiego przeciwciała monoklonalnego 2C4 lub pomiędzy zmiennymi domenami pertuzumabu i zrębem ludzkim. Regiony Determinujące Komplementarność (CDR) są w nawiasach. Figury 3A i 3B przedstawiają sekwencje aminokwasowe pertuzumabu łańcucha lekkiego (Fig. 3A; SEQ ID NO. 13) i łańcucha ciężkiego (Fig. 3B; SEQ ID No. 14). CDR są pogrubione. Obliczona masa cząsteczkowa łańcucha lekkiego i łańcucha ciężkiego wynosi 23526,22 Da i 49216,56 Da (cysteiny w postaci zredukowanej). Ugrupowanie węglowodanowe przyłączone jest do Asn 299 łańcucha ciężkiego. Figura 4 przedstawia, schematycznie, wiązanie 2C4 w heterodimerycznym miejscu wiązania HER2, zapobiegając w ten sposób heterodimeryzacji z aktywowanym EGFR lub HER3. Figura 5 przedstawia sprzężenie HER2/HER3 do szlaków MAPK i Akt. Figura 6 porównuje różne działania trastuzumabu i pertuzumabu. Figury 7A i 7B przedstawiają sekwencje aminokwasowe łańcucha lekkiego trastuzumabu (Fig. 7A; SEQ ID No. 15) i łańcucha ciężkiego (Fig. 7B; SEQ ID No. 16), odpowiednio. Figury 8A i 8B przedstawiają wariantową sekwencję łańcucha lekkiego pertuzumabu (Fig. 8A; SEQ ID No. 17) i wariantową sekwencję łańcucha ciężkiego pertuzumabu (Fig. 8B; SEQ ID No. 18), odpowiednio. Fig. 9 przedstawia projekt/schemat badania dla próby klinicznej w Przykładzie 1 obejmujący pacjentów z opornym na platynę rakiem jajnika, pierwotnego raka otrzewnej, lub raka jajowodu leczonych z albo gemcytabiną i placebo lub gemcytabiną i pertuzumabem. Fig. 10A przedstawia czas przeżycia bez progresji choroby (PFS) dla wszystkich pacjentów z badania w Przykładzie 1.

11 Fig. 10B jest zaktualizowaną wersją Fig. 10A. PFS oceniano stosując warstwowy model Coxa i stratyfikowany test Long mk przez randomizację czynników stratyfikacji (ECOG PS, liczba wcześniejszych trybów dla choroby opornej na platynę, i mierzalność choroby). Fig. 11A przedstawia PFS według przewidywanego stanu pher2. Fig. 11B jest zaktualizowaną wersją Fig. 11A. Fig. 12A przedstawia PFS na podstawie odcięcia qrt-pcr EGFR (HER1). Fig. 12B jest innym przedstawieniem PFS za pomocą odcięcia wrt-pcr EGFR (HER1), również wskazując liczbę osobników w grupach HER1 (wysoki) i HER1 (niski) przy różnych wartościach odcięcia EGFR. Fig. 13A przedstawia PFS za pomocą odcięcia qrt-pcr HER2. Fig. 13B jest innym przedstawieniem PFS za pomocą odcięcia qrt-pcr HER2, również wskazując liczbę osobników w grupach HER1 (Wysoki) i HER1 (Niski) przy różnych wartościach odcięcia HER2. Fig. 14A przedstawia PFS za pomocą odcięcia qrt-pcr HER3. Fig. 14B jest innym przedstawieniem PFS za pomocą odcięcia qrt-pcr HER3, również wskazując liczbę osobników w grupach HER3 (Wysoki) i HER3 (Niski) dla różnych wartości odcięcia HER3. Fig. 15A przedstawia PFS za pomocą podgrup HER3. Aktywność pertuzumabu jest największa u pacjentów z guzami o niskiej ekspresji HER3 i mającymi skłonność do wzrastania w miarę zmniejszania poziomu ekspresji genu HER3. Fig. 15B jest innym przedstawieniem PFS za pomocą poziomów qrt-pcr HER3. Fig. 16A demonstruje PFS za pomocą podgrup HER3. Dane przedstawiają, że może występować negatywne oddziaływanie pomiędzy pertuzumabem i gemcytabiną u pacjentów z guzami eksprymującymi wysokie HER3. Fig. 16B jest innym przedstawieniem PFS za pomocą poziomów qrt-pcr HER3. Dane ponadto potwierdzają, że może występować negatywne oddziaływanie pomiędzy pertuzumabem i gemcytabiną u pacjentów z guzami eksprymującymi wysokie HER3. Fig. 17A przedstawia PFS za pomocą podgrup HER3; podgrupy wysokiej ekspresji HER3, i podgrupy niskiej ekspresji HER3. Fig. 17B jest zaktualizowaną wersją PFS za pomocą poziomów qrt-pcr HER3 przedstawione na Fig. 17B. Fig. 18A ponadto przedstawia PFS za pomocą podgrup HER3. Fig. 18B jest zaktualizowaną wersją analizy PFS za pomocą kwartyli ekspresji HER3, przedstawione na Fig. 18A.

12 Fig. 19A przedstawia PFS za pomocą HER3 qrt-pcr z 50/50 rozszczepieniem; z niską ekspresją HER3 w niższym niż 50-tym percentylu, i wysoką ekspresją HER3 w wyższym niż lub równym 50-temu percentylowi. Fig. 19B jest zaktualizowaną wersją PFS za pomocą HER3 qrt-pcr z 50/50 rozszczepieniem, przedstawione na Fig. 19A. Fig. 20A przedstawia PFS za pomocą HER3 qrt-pcr z 25/75 rozszczepieniem; z niską ekspresją HER3 w niższym niż 25-tym percentylu, i wysoką ekspresją HER3 w wyższym niż lub równym 25-temu percentylowi. Fig. 20B jest zaktualizowaną wersją PFS za pomocą HER3 qrt-pcr z 25/75 rozszczepieniem, przedstawione na Fig. 20A. Fig. 21A przedstawia wstępne dane dla całkowitego czasu przeżycia (OS) u wszystkich pacjentów. Dane w oparciu o 46/130 zdarzeń. Fig. 21B jest zaktualizowanym wykresem danych OS, oceniano stosując warstwowy model Coxa i stratyfikowany test log rank przez randomizację czynników stratyfikacji (ECOG PS, liczba wcześniejszych trybów dla choroby opornej na platynę, i mierzalność choroby). Fig. 22A ilustruje wstępne dane dla OS za pomocą HER3 w qrt-pcr. Dane w oparciu o 43/119 zdarzeń. Fig. 22B jest zaktualizowanym wykresem danych OS za pomocą HER3 w qrt-pcr z 50/50 rozszczepieniem, z niską ekspresją HER3 w niższym niż 50-tym percentylu, i wysoką ekspresją HER3 w wyższym niż lub równym 25-temu percentylowi. Fig. 23A przedstawia PFS za pomocą HER3 qrt-pcr porównując wysokie wobec niskich współczynników ryzyka (HR). Fig. 23B jest zaktualizowanym wykresem PFS za pomocą HER3 qrt-pcr porównując wysokie wobec niskich współczynników ryzyka (HR). Fig. 24A przedstawia pełen zestaw danych dla pertuzumabu opornego na platynę raka jajnika w Przykładzie 1, z PFS za pomocą qrt-pcr HER3. Uwaga: HR i log-rank p-wartości nie dostosowano do wielokrotnego porównania. Fig. 24B jest innym zestawem danych dla pertuzumabu opornego na platynę raka jajnika, z PFS za pomocą qrt-pcr HER3. Tak jak na Fig. 24A, HR i log-rank p-wartości nie dostosowano do wielokrotnego porównania. Fig. 25 przedstawia PFS i OS za pomocą HER3 qrt-pcr dla pacjentów leczonych jak w Przykładzie 2 samodzielnym środkiem pertuzumabem. Pacjenci z wysokim HER3 byli pacjentami w wyższym niż i równym 75-temu percentylowi; pacjenci z niskim HER3 byli tymi mniej niż w 75 - tym percentylu. Mediana przeżycia dla pacjentów z niskim eksprymowaniem wynosiła 3,31 lat (95% Cl, 1,93-4,69); mediana przeżycia wynosiła 1,80 lat dla pacjentów z wysokim HER3 eksprymowaniem (95% Cl, 0,83 do 2,78).

13 Fig. 26A przedstawia HER3 kalibrowany znormalizowany współczynnik; zakres ekspresji jest około krotny. CPs są pomiędzy około 23 i 30 dla większości próbek. Fig. 26B jest inną figurą przedstawiającą zakres kalibrowanego znormalizowanego współczynnika ekspresji HER3. Zakres ten wynosi około krotnie. CPs są pomiędzy około 23 i 30 dla większości próbek. Fig. 27 przedstawia proces roboczy LIGHTCYCLER 2.0 pertuzumab qrt-pcr in vitro testu diagnostycznego (IVD). Fig. 28 przedstawia proces roboczy testu pertuzumabu IVD i analizę z jednym markerem i wzorcem. Fig. 29A dostarcza PFS za pomocą percentyli HER2:HER3 dla pacjentów leczonych w Przykładzie 1. Fig. 29B jest inną figurą przedstawiającą PFS za pomocą Percentyli HER2:HER3 dla pacjentów leczonych w Przykładzie 1. Uwaga: HRs i log-rank p-wartości nie były dostosowane dla wielokrotnego porównania. Fig. 30A ocenia PFS przez stosunek HER2:HER3 dla Przykładu 1 stosując wykresy Kaplan Meyer specyficznie dla pacjentów ze stosunkami HER2 do HER3 wyższymi niż mediana, lub wyższymi niż 75-ty percentyl. Fig. 30B jest zaktualizowanym przedstawieniem PFS za pomocą stosunku HER2:HER3 dla Przykładu 1 stosując wykresy Kaplan Meyer specyficznie dla pacjentów ze stosunkami HER2 do HER3 wyższymi niż mediana, lub wyższymi niż 75-ty percentyl. Fig. 31A ocenia PFS za pomocą podgrup kwartylowych stosunku HER2:HER3, ponownie z Przykładu 1. Fig. 31B jest innym podsumowaniem analizy PFS za pomocą kwartyli HER2/HER3 nawracającego raka jajnika. Fig. 32 przedstawia wykresy PFS Kaplana-Meiera dla osobników z rakiem jajnika mającymi poziomy HER3 mniejsze niż mediana i równe lub większe niż mediana, odpowiednio, leczonych jak opisano w Przykładzie 3. Fig. 33 przedstawia wykres PFS Kaplana-Meiera dla osobników z rakiem jajnika, leczonych chemioterapią lub pertuzumabem w grupie pacjentów z poziomami HER3 mniejszymi niż mediana i równymi lub więcej niż mediana, odpowiednio. Figura 34 przedstawia wykresy PFS Kaplana-Meiera dla osobników z rakiem jajnika, leczonych pertuzumabem i chemioterapią lub tylko pertuzumabem, dla stosunków HER2/HER3 poniżej mediany i równych lub większych niż mediana, odpowiednio. Figura 35 przedstawia wykres PFS Kaplana-Meiera dla osobników z rakiem jajnika, leczonych chemioterapią lub pertuzumabem, dla stosunków HER2/HER3 poniżej mediany i równych lub większych niż mediana, odpowiednio.

14 Szczegółowy opis korzystnych przykładów wykonania I. Definicje [0044] "Receptor HER" oznacza receptorową białkową kinazę tyrozynową, która należy do rodziny receptorów HER i obejmuje receptory EGFR, HER2, HER3 i HER4. Receptor HER ogólnie zawiera domenę zewnątrzkomórkową, która może wiązać ligand HER i/lub dimeryzować z inną cząsteczką receptora HER; lipofilną domenę transbłonową; zachowywaną ewolucyjnie wewnątrzkomórkową domenę kinazy tyrozynowej; i domenę sygnałową końca karboksylowego, mającą kilka reszt tyrozyny, które mogą być fosforylowane. Receptor HER może być receptorem HER o "sekwencji natywnej" lub jego "wariantem sekwencji aminokwasowej". Korzystnie receptorem HER jest ludzki receptor HER o sekwencji natywnej. [0045] Terminy "ErbB1, "HER1", "receptor naskórkowego czynnika wzrostu" i "EGFR" są tu stosowane zamiennie i dotyczą EGFR jak ujawniono, na przykład, w Carpenter i współpracownicy, Ann. Rev. Biochem. 56: (1987), włączając jego naturalnie występujące postacie mutacyjne (np. mutanta delecyjnego EGFR, jak w Humphrey i współpracownicy, PNAS (USA) 87: (1990)). erbb1 dotyczy genu kodującego produkt białka EGFR. [0046] Wyrażenia "ErbB2" i "HER2" są stosowane zamiennie i dotyczą ludzkiego białka HER2 opisanego, na przykład, w Semba i współpracownicy, PNAS (USA) 82: (1985) i Yamamoto i współpracownicy, Nature 319: (1986) (numer dostępu GenBank X03363). Termin "erbb2" dotyczy genu kodującego ludzki ErbB2, a "neu" dotyczy genu kodującego szczurzy p185 neu. Korzystny HER2 jest ludzkim HER2 o natywnej sekwencji. [0047] "Zewnątrzkomórkowa domena HER2" lub "HER2 ECD" dotyczy domeny HER2, która znajduje się na zewnątrz komórki, albo zakotwiczona do błony komórkowej lub w krążeniu, włączając jej fragmenty. W jednym z przykładów wykonania, zewnątrzkomórkowa domena HER2 może zawierać cztery domeny: "domenę I" (reszty aminokwasowe około 1-195; SEQ ID NO:19), "domenę II" (reszty aminokwasowe od około ; SEQ ID NO:20), "domenę III" (reszty aminokwasowe od około ; SEQ ID NO:21) i "domenę IV" (reszty aminokwasowe od około ; SEQ ID NO:22) (numerowanie reszt bez peptydu sygnałowego). Patrz Garrett i współpracownicy, Mol. Cell. 11: (2003), Cho i współpracownicy, Nature 421: (2003), Franklin i współpracownicy, Cancer Cell 5: (2004) i Plowman i współpracownicy, Proc. Natl. Acad. Sci. 90: (1993), jak również tu Fig. 1. [0048] "ErbB3" i "HER3" dotyczą polipeptydu receptorowego, jak ujawniono, na przykład, w Patentach US nr i , jak również Kraus i współpracownicy, PNAS (USA) 86: (1989). [0049] Terminy "ErbB4" i "HER4" dotyczą polipeptydu receptorowego, jak ujawniono, na przykład, w Zgłoszeniu Patentowym EP nr ; Plowman i współpracownicy, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90: (1993); i Plowman i współpracownicy, Nature, 366:

15 (1993), włączając jego izoformy, np. jak ujawniono w WO99/19488, opublikowanym 22 kwietnia [0050] "Ligand HER" oznacza polipeptyd, który wiąże się do i/lub aktywuje receptor HER. Ligandem HER będącym szczególnym przedmiotem zainteresowania jest ludzki ligand HER o natywnej sekwencji, taki jak naskórkowy czynnik wzrostu (EGF) (Savage i współpracownicy, J. Biol. Chem. 247: (1972)); transformujący czynnik wzrostu alfa (TGF-α) (Marquardt i współpracownicy, Science 223: (1984)); amfiregulina, znana również jako autokrynny czynnik wzrostu schwanomy lub keratynocytów (Shoyab i współpracownicy, Science 243: (1989); Kimura i współpracownicy, Nature 348: (1990); i Cook i współpracownicy, Mol. Cell. Biol. 11: (1991)); betacelulina (Shing i współpracownicy, Science 259: (1993); i Sasada i współpracownicy, Biochem. Biophys. Res. Commun. 190:1173 (1993)); naskórkowy czynnik wzrostu wiążący heparynę (HB-EGF) (Higashiyama i współpracownicy, Science 251: (1991)); epiregulina (Toyoda i współpracownicy, J. Biol., Chem. 270: (1995); i Komurasaki i współpracownicy, Oncogene 15: (1997)); heregulina (patrz poniżej); neuregulina-2 (NRG-2) (Carraway i współpracownicy, Nature 387: (1997)); neuregulina-3 (NRG-3) (Zhang i współpracownicy, Proc. Natl. Acad. Sci. 94: (1997)); neuregulina-4 (NRG-4) (Harari i współpracownicy, Oncogene 18: (1999)); i crypto (CR-1) (Kannan i współpracownicy, J. Biol. Chem. 272(6): (1997)). Ligandy HER wiążące EGFR, obejmują EGF, TGF-α, amfiregulinę, betacelulinę, HB-EGF i epiregulinę. Ligandy HER wiążące HER3 obejmują hereguliny. Ligandy HER zdolne do wiązania HER4 obejmują betacelulinę, epiregulinę, HB-EGF, NRG-2, NRG-3, NRG-4 i hereguliny. [0051] "Heregulina" (HRG), jeśli tu stosowane, dotyczy polipeptydu kodowanego przez produkt genu hereguliny, jak ujawniono w Patencie US nr lub Marchionni i współpracownicy, Nature, 362: (1993). Przykłady heregulin obejmują heregulinę-α, heregulinę-β1, heregulinę-β2 i heregulinę-β3 (Holmes i współpracownicy, Science, 256: (1992); i Patent US nr ); czynnik różnicujący neu (NDF) (Peles i współpracownicy, Cell 69: (1992)); receptor acetylocholiny pobudzający aktywność (ARIA) (Falls i współpracownicy, Cell 72: (1993)); czynniki wzrostu komórek glejowych (GGF) (Marchionni i współpracownicy, Nature, 362: (1993)); czynnik pochodzący z neuronów sensorycznych i motorycznych (SMDF) (Ho i współpracownicy, J. Biol. Chem. 270: (1995)); γ-heregulinę (Schaefer i współpracownicy, Oncogene 15: (1997)). [0052] "Dimer HER" oznacza tu dimer związany niekowalencyjnie, zawierający co najmniej dwa receptory HER. Takie kompleksy mogą się tworzyć, gdy komórka eksprymująca dwa lub większą ilość receptorów HER eksponowana jest na ligand HER i mogą być izolowane za pomocą immunoprecypitacji i analizowane SDS-PAGE, jak opisano, na przykład, w Sliwkowski i współpracownicy, J. Biol. Chem., 269(20): (1994). Inne białka, takie jak podjednostka receptora cytokiny (np. gp130) mogą być połączone z dimerem. Korzystnie, dimer HER zawiera HER2.

16 [0053] "Heterodimer HER" oznacza tu heterodimer połączony niekowalencyjnie, zawierający co najmniej dwa różne receptory HER, tak jak heterodimery EGFR-HER2, HER2-HER3 lub HER2-HER4. [0054] "Inhibitor HER" oznacza środek, który zakłóca aktywację lub funkcjonowanie HER. Przykłady inhibitorów HER obejmują przeciwciała HER (np. przeciwciała EGFR, HER2, HER3 lub HER4); leki ukierunkowane na EGFR; małocząsteczkowych antagonistów HER; inhibitory kinazy tyrozynowej HER; dualne inhibitory kinaz tyrozynowych HER2 i EGFR, takie jak lapatynib/gw572016; cząsteczki antysensowne (patrz, na przykład, WO2004/87207); i/lub środki wiążące się do lub zakłócające funkcjonowanie cząsteczek sygnałowych poniżej, takich jak MAPK lub Akt (patrz Fig. 5). Korzystnie, inhibitor HER jest przeciwciałem lub małą cząsteczką, która wiąże się do receptora HER. [0055] "Inhibitor dimeryzacji HER" oznacza środek, który hamuje tworzenie dimeru HER lub heterodimeru HER. Korzystnie inhibitor dimeryzacji HER jest inhibitorem dimeryzacji HER2 i/lub hamuje heterodimeryzację HER. Korzystnie, inhibitor dimeryzacji HER jest przeciwciałem, na przykład przeciwciałem, które wiąże się do HER2 w jego heterodimerycznym miejscu wiązania. Najkorzystniejszym inhibitorem dimeryzacji HER jest tu pertuzumab lub MAb 2C4. Wiązanie 2C4 do heterodimerycznego miejsca wiązania na HER2 zilustrowano na Fig. 4. Inne przykłady inhibitorów dimeryzacji HER obejmują przeciwciała, które wiążą się do EGFR i hamują jego dimeryzację z jednym lub większą liczbą innych receptorów HER (na przykład przeciwciało monoklonalne EGFR 806, MAb 806, które wiąże się do zaktywowanego lub "niezwiązanego" EGFR; patrz Johns i współpracownicy, J Biol. Chem. 279(29): (2004)); przeciwciała, które wiążą się do HER3 i hamują jego dimeryzację z jednym lub większą liczbą innych receptorów HER; przeciwciała, które wiążą się do HER4 i hamują jego dimeryzację z jednym lub większą liczbą innych receptorów HER; peptydowe inhibitory dimeryzacji (Patent US nr ); antysensowne inhibitory dimeryzacji; itd. [0056 "Inhibitor dimeryzacji HER2" oznacza środek, który hamuje tworzenie dimeru lub heterodimeru zawierającego HER2. [0057] "Przeciwciało HER" oznacza przeciwciało, które wiąże się do receptora HER. Ewentualnie, przeciwciało HER ponadto zakłóca aktywację lub działanie HER. Korzystnie, przeciwciało HER wiąże do receptora HER2. Przeciwciałem HER2, będącym tu przedmiotem szczególnego zainteresowania jest pertuzumab. Innym przykładem przeciwciała HER2 jest trastuzumab. Przykłady przeciwciał EGFR obejmują cetuksymab i ABX0303. [0058] "Aktywacja HER" dotyczy aktywacji lub fosforylacji dowolnego jednego lub większej ilości receptorów HER. Ogólnie, aktywacja HER skutkuje przekazywaniem sygnału (np. tego spowodowanego przez wewnątrzkomórkową domenę kinazową receptora HER, fosforylację reszt tyrozyny w receptorze HER lub polipeptydzie substratu). Aktywacja HER może być mediowana wiązaniem liganda HER do dimeru HER, zawierającego receptor HER, będący przedmiotem zainteresowania. Wiązanie liganda HER do dimeru HER może aktywować domenę kinazową jednego lub większej ilości receptorów HER w dimerze, prowadząc do

17 fosforylacji reszt tyrozyny w jednym lub większej ilości receptorów HER i/lub fosforylacji reszt tyrozyny w dodatkowym polipeptydzie (polipeptydach) substratu, takich jak wewnątrzkomórkowe kinazy Akt lub MAPK, patrz na przykład Fig. 5. [0059] "Fosforylacja" dotyczy dodawania jednej lub większej ilości grup fosforanowych do białka, takiego jak receptor HER, lub jego substrat. [0060] Przeciwciało, które "hamuje dimeryzację HER" oznacza przeciwciało, które hamuje lub zakłóca tworzenie dimeru HER. Korzystnie, takie przeciwciało wiąże się do HER2 w jego heterodimerycznym miejscu wiązania. Najkorzystniejszym przeciwciałem hamującym dimeryzację jest pertuzumab lub MAb 2C4. Wiązanie 2C4 do heterodimerycznego miejsca wiązania na HER2 zilustrowano na Fig. 4. Inne przykłady przeciwciał, które hamują dimeryzację HER obejmują przeciwciała, które wiążą się do EGFR i hamują jego dimeryzację z jednym lub większą liczbą innych receptorów HER (na przykład, przeciwciało monoklonalne EGFR 806, MAb 806, które wiąże się do zaktywowanego lub "niezwiązanego" EGFR; patrz Johns i współpracownicy, J. Biol. Chem. 279(29): (2004)); przeciwciała, które wiążą się do HER3 i hamują jego dimeryzację z jednym lub większą liczbą innych receptorów HER; i przeciwciała, które wiążą się do HER4 i hamują jego dimeryzację z jednym lub większą liczbą innych receptorów HER. [0061] Przeciwciało, które "blokuje aktywację receptora HER ligandem skuteczniej niż trastuzumab" oznacza takie, które zmniejsza lub eliminuje aktywację receptora (receptorów) HER lub dimera (dimerów) HER ligandem HER skuteczniej (na przykład, co najmniej około 2 razy skuteczniej) niż trastuzumab. Korzystnie, przeciwciało takie blokuje aktywację receptora HER ligandem HER co najmniej tak skutecznie, jak mysie przeciwciało monoklonalne 2C4 lub jego fragment Fab, lub jak pertuzumab lub jego fragment Fab. Można ocenić zdolność przeciwciała do blokowania aktywacji receptora HER ligandem przez bezpośrednie badanie dimerów HER lub przez ocenę aktywacji HER lub sygnalizowania w dół, które wynika z dimeryzacji HER i/lub przez ocenę miejsca wiązania przeciwciało-her2, itd. Testy do badania przesiewowego pod kątem przeciwciał o zdolności do hamowania aktywacji receptora HER przez ligand skuteczniej niż trastuzumab opisano w Agus i współpracownicy, Cancer Cell 2: (2002) i WO01/00245 (Adams i współpracownicy). Jedynie tytułem przykładu, można oznaczyć: hamowanie tworzenia dimeru HER (patrz, np. Fig. 1A-B z Agus i współpracownicy, Cancer Cell 2: (2002); i WO01/00245); zmniejszanie aktywacji liganda HER komórek, które eksprymują dimery HER (WO01/00245 i Fig. 2A-B z Agus i współpracownicy, Cancer Cell 2: (2002), na przykład); blokowanie wiązania liganda HER do komórek, które eksprymują dimery HER (WO01/00245, i Fig. 2E z Agus i współpracownicy, Cancer Cell 2: (2002), na przykład); hamowanie wzrostu komórkowego komórek nowotworowych (np. komórek MCF7, MDA-MD-134, ZR-75-1, MD-MB-175, T-47D), które eksprymują dimery HER w obecności (lub nieobecności) liganda HER (WO01/00245 i Fig. 3A-D z Agus i współpracownicy, Cancer Cell 2: (2002), na przykład); hamowanie sygnalizowania w dół (na przykład, hamowanie zależnej od HRG fosforylacji AKT lub hamowanie zależnej od HRG lub TGFα fosforylacji MAPK) (patrz WO01/00245 i Fig. 2C-D z Agus i

18 współpracownicy, Cancer Cell 2: (2002), na przykład). Można również oceniać czy przeciwciało hamuje dimeryzację HER przez badanie miejsca wiązania przeciwciało-her2, na przykład, przez ocenę struktury lub modelu, takiego jak struktura krystaliczna przeciwciała związanego do HER2 (patrz, na przykład, Franklin i współpracownicy, Cancer Cell 5: (2004)). [0062] "Heterodimeryczne miejsce wiązania" na HER2 dotyczy regionu w zewnątrzkomórkowej domenie HER2, które kontaktuje się lub wchodzi w interakcje z regionem w zewnątrzkomórkowej domenie EGFR, HER3 lub HER4 podczas tworzenia z nimi dimerów. Region znajduje się w Domenie II HER2. Franklin i współpracownicy, Cancer Cell 5: (2004). [0063] Przeciwciało HER2 może "hamować fosforylację AKT zależną od HRG" i/lub hamować" fosforylację MAPK zależną od HRG lub TGFα" skuteczniej (na przykład, co najmniej 2-krotnie skuteczniej) niż trastuzumab (patrz Agus i współpracownicy, Cancer Cell 2: (2002) i WO01/00245, tytułem przykładu). [0064] Przeciwciało HER2 może być tym, które, podobnie jak pertuzumab, "nie hamuje rozszczepiania ektodomeny HER2" (Molina i współpracownicy, Cancer Res. 61: (2001)). Z drugiej strony, trastuzumab może hamować rozszczepianie ektodomeny HER2. [0065] Przeciwciało HER2, które "wiąże się do heterodimerycznego miejsca wiązania" HER2, wiąże się do reszt w domenie II (i ewentualnie wiąże się również do reszt w innych domenach domeny zewnątrzkomórkowej HER2, takich jak domeny I i III) i może sterycznie przeszkadzać, co najmniej do pewnego stopnia, w tworzeniu heterodimeru HER2-EGFR, HER2-HER3 lub HER2-HER4. Franklin i współpracownicy, Cancer Cell 5: (2004) charakteryzuje strukturę krystaliczną HER2-pertuzumabu, zdeponowaną w RCSB Protein Data Bank (Kod ID IS78), ilustrującą przykładowe przeciwciało, które wiąże się do heterodimerycznego miejsca wiązania HER2. [0066] Przeciwciało, które "wiąże się do domeny II" HER2 wiąże się do reszt w domenie II i ewentualnie do reszt w innej domenie (domenach) HER2, takich jak domeny I i III. Korzystnie, przeciwciało, które wiąże się do domeny II wiąże się do połączenia między domenami I, II i III HER2. [0067] Białkowa "ekspresja" dotyczy konwersji informacji zakodowanej w genie do matrycowego RNA (mrna) i następnie do białka. [0068] Tutaj, próbka lub komórka która "eksprymuje" białko będące przedmiotem zainteresowania (takie jak HER3 i/lub HER2) jest taką, w której mrna kodujący białko lub białko obejmujące jego fragmenty, jest określana jako obecna w próbce czy komórce. [0069] Próbka, komórka, guz lub rak, która "eksprymuje HER3 na poziomie niższym niż poziom mediany dla ekspresji HER3" w typie raka jest taką, w której poziom ekspresji HER3 jest uważany za "niski poziom HER3" dla znawcy dla tego typu raka. Ogólnie, taki poziom będzie w zakresie od około 0 do mniej niż około 50%, względem poziomów HER3 w

19 populacji próbek, komórek, guzów, lub raków tego samego typu raka. Na przykład, populację, która jest stosowana do osiągnięcia średniego poziomu ekspresji mogą stanowić ogólnie próbki raka jajnika, lub ich podgrupy, takie jak raka jajnika opornego na chemioterapię, raka jajnika opornego na platynę, jak również zaawansowanego, opornego na leczenie lub nawracającego raka jajnika. Opisane tutaj przykłady wykazują, jak można określić średni poziom ekspresji. Może to stanowić bezwzględną wartość ekspresji. Tak więc, w odniesieniu do Fig. 17 tu, odcięcie dla pacjentów z rakiem jajnika opornym na platynę uważanego za eksprymującego HER3 na niskim poziomie może wynosić około 2,28 lub mniej (mniej niż 50-ty percentyl); około 1,88 lub mniej (mniej niż 45-ty percentyl); około 1,71 lub mniej (mniej niż 40-ty percentyl); około 1,57 lub mniej (mniej niż 35-ty percentyl); około 1,4 lub mniej (mniej niż 30-ty percentyl); około 1,19 lub mniej (mniej niż 25-ty percentyl); około 0,99 lub mniej (mniej niż 20-ty percentyl), itd. Takie bezwzględne wartości będą określone ilościowo w teście w specjalnych warunkach, takim jak qrt-pcr tu ujawniony, i najkorzystniej teście qrt-pcr jak w Przykładzie 1. Korzystnie, poziom ekspresji HER3 jest mniejszy niż 50-ty percentyl, i najkorzystniej mniejszy niż 30-ty lub 25- ty percentyl. [0070] Wyrażenia "HER2:HER3" lub "HER2 do HER3" dotyczą tu poziomu ekspresji HER2 względem poziomu ekspresji HER3 w próbce, komórce, guzie lub raku. Taki poziom (poziomy) ekspresji może być określony ilościowo stosując różnorodne z różnych technik takich jak te tu ujawnione. Podczas gdy może to być obliczone jako stosunek ekspresji HER2 do ekspresji HER3, wynalazek rozważa różne inne sposoby oceny poziomów HER2 i HER3, aby wybrać tu pacjentów do terapii, włączając w to, ale bez ograniczania, stosowania drzewa decyzyjnego, gdzie pacjenci są wybierani, jeśli ich ekspresja HER2 i/lub HER3 przekracza lub jest poniżej pewnych odcięć (ang. cut-off), itp. Takie różne inne sposoby do porównywania HER2 do HER3 są tu objęte wyrażeniami "HER2:HER3" lub "HER2 do HER3". [0071] Próbka, komórka, guz lub rak, który "eksprymuje HER2:HER3 na poziomie, który jest wyższy niż 25-ty percentyl dla ekspresji HER2:HER3" w typie raka stanowi ta, w której stosunek ekspresji HER2 względem ekspresji HER3 nie jest "niskim poziomem HER2:HER3" dla tego typu raka. Korzystnie, taki poziom będzie w zakresie od wyższego niż około 25% do około 100%, względem poziomów HER2:HER3 w populacji próbek, komórek, guzów lub raków tego samego typu raka. Na przykład, populację, która jest stosowana do osiągnięcia takich poziomów ekspresji mogą stanowić ogólnie próbki raka jajnika, lub ich podgrupy, takie jak raka jajnika opornego na chemioterapię, raka jajnika opornego na platynę, jak również zaawansowanego, opornego na leczenie lub nawracającego raka jajnika. Opisane tutaj przykłady wykazują, jak można określić percentyl poziomu ekspresji. W jednym przykładzie wykonania, poziom HER2:HER3 stanowi bezwzględną wartość ekspresji. Tak więc, odnosząc się tu do Fig. 29, wartość graniczna dla pacjentów z opornym na platynę rakiem jajnika eksprymującym HER2:HER3 na tym poziomu może wynosić około 0,82 lub więcej (więcej niż 25-ty percentyl); około 0,90 lub więcej (więcej niż 30-ty percentyl); około 1,06 lub więcej (więcej niż 35-ty percentyl); około 1,13 lub więcej (więcej niż 40-ty percentyl); około 1,26 lub więcej (więcej niż 45-ty percentyl); około 1,53 lub więcej (więcej

20 niż 50-ty percentyl); około 1,70 lub więcej (więcej niż 55-ty percentyl); około 1,86 lub więcej (więcej niż 60-ty percentyl); około 2,15 lub więcej (więcej niż 65-ty percentyl); około 2,49 lub więcej (więcej niż 70-ty percentyl); około 2,62 lub więcej (więcej niż 75-ty percentyl); około 2,92 lub więcej (więcej niż 80-ty percentyl), itd. Takie wartości bezwzględne będą określone ilościowo w teście w specjalnych warunkach, takim jak qrt-pcr tu ujawniony, i najkorzystniej teście qrt-pcr jak w Przykładzie 1. W jednym przykładzie wykonania, poziom ekspresji HER2:HER3 jest większy niż 50-ty percentyl, korzystnie większy niż 70-ty percentyl i najkorzystniej większy niż 75-ty percentyl. Pacjenci, których rak eksprymuje HER2:HER3 na poziomach jak tu opisano może lub nie może nadeksprymować HER2. [0072] Technika "reakcji łańcuchowej polimerazy" lub "PCR" tu stosowana ogólnie dotyczy procedury, w której niewielkie ilości konkretnego fragmentu kwasu nukleinowego, RNA i/lub DNA są amplifikowane, jak opisano w Patencie US Nr/nr wydanym 28 lipca Ogólnie, informacja o sekwencji z końców regionu będącego przedmiotem zainteresowania lub spoza musi być dostępna tak, aby móc zaprojektować startery oligonukleotydowe; te startery będą identyczne lub podobne w sekwencji do przeciwnych nici matrycy do amplifikacji. Nukleotydy z 5 końca dwóch starterów mogą pokrywać się z końcami zamplifikowanego materiału. PCR można stosować do amplifikacji sekwencji specyficznych dla RNA, specyficznych sekwencji DNA z całkowitego genomowego DNA i cdna transkrybowanego z całkowitego komórkowego RNA, sekwencji bakteriofaga lub plazmidu, itp. Patrz ogólnie Mullis i współpracownicy, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51: 263 (1987); Erlich, wyd., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989). Jak tu stosowane, PCR jest uważany za jeden, ale nie jedyny, przykład metody reakcji polimerazy kwasu nukleinowego dla amplifikacji próbki badanej kwasu nukleinowego, obejmujący wykorzystanie znanego kwasu nukleinowego (DNA lub RNA) jako startera i wykorzystanie polimerazy kwasu nukleinowego do amplifikacji lub wygenerowania konkretnego fragmentu kwasu nukleinowego lub do amplifikacji lub wygenerowania konkretnego fragmentu kwasu nukleinowego, który jest komplementarny do danego kwasu nukleinowego. [0073] "Ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy w czasie rzeczywistym" lub "qrt-pcr" dotyczy postaci PCR, w której ilość produktu PCR mierzy się na każdym etapie w reakcji PCR. Metodę tę opisano w różnych publikacjach, w tym Cronin i współpracownicy, Am. J. Pathol. 164 (1): (2004); i Ma i współpracownicy, Cancer Cell 5: (2004). [0074] Termin "mikromacierz" dotyczy uporządkowanego rozmieszczenia elementów macierzy hybrydyzowalnej, korzystnie sond polinukleotydowych na substracie. [0075] Termin "polinukleotyd," użyty w liczbie pojedynczej lub mnogiej, ogólnie dotyczy dowolnego polirybonukleotydu lub polideoksyrybonukleotydu, który może być niezmodyfikowanym RNA lub DNA lub zmodyfikowanym RNA lub DNA. Tak więc, na przykład, polinukleotydy jak tu zdefiniowano obejmują, bez ograniczania, jedno- i dwuniciowy DNA, DNA zawierający regiony jedno- i dwuniciowe, jedno- i dwuniciowy RNA i RNA zawierający regiony jedno- i dwuniciowe, hybrydowe cząsteczki zawierające DNA i RNA, które mogą być jednoniciowe lub, bardziej typowo, dwuniciowe lub mogą zawierać regiony jedno- i dwuniciowe. Ponadto, termin "polinukleotyd" tu stosowany dotyczy