Molekularne metody diagnostyki mikrobiologicznej

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Molekularne metody diagnostyki mikrobiologicznej"

Transkrypt

1 diagnostyka laboratoryjna Journal of Laboratory Diagnostics 2009 Volume 45 Number Praca poglądowa Review Article Molekularne metody diagnostyki mikrobiologicznej Katarzyna Kondak Katedra i Zakład Mikrobiologii we Wrocławiu Streszczenie Kliniczna mikrobiologia przechodzi nową erę. Metody molekularne oparte na technikach hybrydyzacji kwasów nukleinowych, PCR i innych są najnowszymi metodami stosowanymi w identyfikacji patogenów. Umożliwiają bezpośrednie wykrywanie czynnika etiologicznego w materiale klinicznym bez konieczności hodowli danego szczepu. Dodatkowo: metody te są czułe i szybkie, dlatego stanowią doskonałe narzędzie diagnostyczne przyszłości. Molecular methods in microbiological diagnostics Summary Clinical microbiology is the midst of a new era. Molecular methods based on nucleic acid hybridization, polymerase chain reaction (PCR) and other are the newest techniques of the detection or typing of infectious agents. They make direct detection of the etiologic factor in clinical material possible without the necessity of the strains isolation. Additionally: these methods are sensitive and rapid therefore they are proved to be the perfect diagnosis tools for the future Słowa kluczowe: chipy DNA, hybrydyzacja kwasów nukleinowych, metody molekularne, reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) Key words: chip DNA, hybridization nucleic acid, molecular methods, polymerase chain reaction (PCR) Wstęp Najnowocześniejszymi metodami diagnostyki chorób infekcyjnych wykorzystywanymi w laboratorium mikrobiologicznym są metody molekularne. Metody te pozwalają bezpośrednio wykryć czynnik etiologiczny w materiale klinicznym (bez konieczności hodowli danego szczepu), pozwalają także na identyfikację i typowanie mikroorganizmów, wykrywanie nowych mechanizmów oporności na leki oraz np. śledzenie ewolucji mikroorganizmów. Metody molekularne zawdzięczają swój rozwój odkryciom w latach siedemdziesiątych metod hybrydyzacji DNA. W latach osiemdziesiątych szeroko rozwinęły się techniki sekwencjonowania DNA oraz enzymatycznego powielania DNA (PCR), a w latach dziewięćdziesiątych na rynku pojawiły się już pierwsze komercyjne zestawy diagnostyczne oraz aparaty, które umożliwiają i ułatwiają diagnostykę molekularną w szpitalnych laboratoriach [12]. Najczęstszymi sekwencjami DNA używanymi do identyfikacji patogenów są geny, które kodują rybosomalny RNA (rrna) dużej i małej podjednostki rybosomu. Ponieważ geny te występują u wszystkich organizmów z wyjątkiem wirusów, izolacja rrna, sekwencjonowanie rrna lub fragmentu genomu, który koduje te cząsteczki, jest jedną z najlepszych metod klasyfikacji bakterii i organizmów wyższych. Obecnie techniki molekularne z powodzeniem uzupełniają tradycyjne metody diagnostyki mikrobiologicznej, a w przyszłości będą prawdopodobnie rutynowo stosowane w większości laboratoriów. Przegląd metod molekularnych stosowanych w diagnostyce mikrobiologicznej Metody wykorzystywane do wykrywania drobnoustrojów w głównej mierze oparte są na hybrydyzacji kwasów nukleinowych, która polega na komplementarnym łączeniu się ze sobą nukleotydów wg reguły Watsona-Cricka. Nukleotydy znajdujące się na obu niciach kwasu nukleinowego łączą się za pomocą wiązań wodorowych (adenina-tymina i guaninacytozyna dla DNA oraz adenina-uracyl i guanina-cytozyna dla RNA). Metody hybrydyzacyjne są to więc metody identyfikacyjne oparte na badaniu homologii fragmentów kwasu nukleinowego. Sondy genetyczne Przykładem zastosowania tych właściwości w mikrobiologii jest metoda hybrydyzacji kwasów nukleinowych z wykorzystaniem sond genetycznych krótkich, jednoniciowych 325

2 Molekularne metody diagnostyki mikrobiologicznej fragmentów DNA, o określonej sekwencji nukleotydowej, unikalnej dla danego mikroorganizmu. Sondy są całkowicie lub częściowo komplementarne do fragmentu sekwencji poszukiwanego genu. Kwas nukleinowy, który pełni rolę sondy genetycznej jest znakowany za pomocą enzymu, barwnika fluorescencyjnego radioaktywnych izotopów biotyny lub digoksygeniny. Ze względu na dużą aktywność własną i krótki czas rozpadu, z izotopów radioaktywnych najczęściej jest stosowany izotop fosforu 32 P, który jest wbudowany w łańcuch nukleotydowy głównie jako dctp. Biotyna i digoksygenina są stosowane wtedy, kiedy chce się uniknąć ryzyka związanego z użyciem izotopu radioaktywnego. Po odpowiednim przygotowaniu materiału i dodaniu znakowanej sondy genetycznej następuje hybrydyzacja sondy z komplementarną cząsteczką kwasu, a tak powstały kompleks wykrywany jest za pomocą odpowiednich metod. Metoda pośrednia służy do detekcji sygnału sond nieradioaktywnych. Wykorzystuje przeciwciała skierowane przeciwko biotynie lub digoksygeninie, które są dodatkowo sprzężone z enzymem. Najczęściej stosowanymi enzymami są: fosfataza alkaliczna (AP) i peroksydaza chrzanowa (HRP). Enzymy te katalizują reakcję przekształcenia bezbarwnego substratu w barwny produkt (reakcja barwna) lub też wywołujących emisję światła w momencie utworzenia kompleksu: sonda-badany materiał (chemiluminescencja). Metoda bezpośrednia służy do detekcji sygnału sondy radioaktywnej lub znakowanej barwnikiem fluorescencyjnym. W pierwszym przypadku detekcja powoduje zaczernienie się kliszy radioaktywnej (autoradiografia), a w drugim przypadku detekcja sygnału sondy polega na odczycie przez odpowiednie czytniki intensywności fluorescencji, która pochodzi ze znakowanego fluorescencyjnie badanego DNA [26, 34]. Zdolność różnicująca takiej analizy związana jest bezpośrednio z liczbą, a także wielkością fragmentów, które zostały uwidocznione (połączyły się z sondą). Zaletami tak skonstruowanych sond jest wysoka powtarzalność otrzymanych wyników oraz możliwość poddania analizie wszystkich szczepów, które posiadają miejsca homologiczne do sekwencji sondy. Wadą zaś jest to, iż użycie sond wymaga doświadczenia technicznego od wykonawców, głównie wtedy, gdy sondy znakowane są pierwiastkami radioaktywnymi. Zdolność wykrywania określonych kwasów nukleinowych stała się podstawą podziału sond genetycznych na sondy DNA i RNA. Sondy DNA charakteryzują się tym, że fragmentem docelowym jest DNA, który występuje w liczbie kilku kopii w komórce. Zaletą takich sond jest wysoka czułość, ponieważ mogą one rozpoznawać konserwatywne geny dla danego mikroorganizmu, np. geny kodujące toksynę, antygen lub oporność na antybiotyki [34]. Wadą sondy DNA jest brak możliwości wykrywania pojedynczej matrycy w badanym materiale, ponieważ pojedynczy produkt hybrydyzacji nie daje wyraźnego i rzetelnego sygnału. Sondy DNA stosowane są z powodzeniem do identyfikacji M. avium, M. intracellulare i M. tuberculosis [34]. Sondy RNA charakteryzuje komplementarność do charakterystycznej dla identyfikacji mikroorganizmu sekwencji rybosomalnego RNA (rrna). Pojedyncza nić rrna nie wymaga już przeprowadzenia procesu denaturacji, oprócz tego (w przeciwieństwie do DNA) występuje w bardzo dużej liczbie kopii w komórce (od 1000 do ), dzięki czemu sondy tak skonstruowane charakteryzują się dużo wyższą czułością niż sondy DNA. Sondy RNA (rrna) pozwalają wykryć każdą komórkową formę życia, a ponieważ wykrywają wysoce konserwatywne obszary oraz takie, które podlegają niewielkim zmianom, umożliwiają określenie podobieństwa genetycznego między gatunkami. Sondy rrna w oparciu o 16S i 23S RNA (ze względu na konserwatywny charakter genów) stosowane są do wykrywania gatunków należących do jednego taksonu. Chipy DNA Obecnie w badaniach molekularnych stosowane są także sondy DNA upakowane na podłożu stałym z dość dużą gęstością [26, 34]. Sondy takie określane są w literaturze jako chipy DNA (ang. DNA chip), niekiedy również jako mikrowiązki DNA (ang. DNA miccroarray) lub wiązki genów (ang. gene array) [26]. Podłożami stosowanymi do produkcji chipów są: płytki szklane, krzemowe lub plastikowe [14, 22, 26, 34] o niskiej fluorescencji, a także silikon [22, 34], membrany nylonowe [22] bądź nitrocelulozowe o niewielkich wymiarach (od 1 do kilku cm²) [26, 34]; charakteryzuje je sztywna, podatna na chemiczną modyfikację powierzchnia. Na podłoża te naniesione są w regularnych odległościach mikroskopowej wielkości pola (ang. spots) zawierające różniące się od siebie sekwencją sondy DNA. Zasadą działania chipów jest odwrócenie techniki Southern blot. Wiązka sond o znanej sekwencji zakotwiczona na stałym podłożu poddawana jest działaniu nieznanych fragmentów badanego DNA, wcześniej amplifikowanego i znakowanego. W momencie powstania kompleksu: sonda-badany materiał tworzy się sygnał, który jest wykrywany za pomocą wcześniej już opisanych metod. Zaletą chipów DNA jest możliwość równoczesnego prowadzenia reakcji hybrydyzacji przez sondy DNA (każda o innej sekwencji), co pozwala ocenić obecność określonego genu, a także określić ekspresję tysięcy genów w jednym eksperymencie. Chipy DNA stwarzają możliwość szybkiej diagnostyki infekcji bakteryjnych wywołanych przez takie czynniki etiologiczne jak: C. pneumoniae, Legionella spp., H. pylori, Mycoplasma spp.[34]. Znajdują one również zastosowanie w diagnostyce wirusów: HIV, HBV, HCV [22, 33, 34]. Fukushima M. i wsp. wykorzystali metodę chipów DNA w identyfikacji M. intracellulare, M. avium i M. kansasii [14]. Bekal S. i wsp. za pomocą tej metody określali obecność genów wirulencji E. coli [4] np. fim A1, fim A2 (kodujących fimbrie) czy cdt2, cdt3 (odpowiedzialne za pozajelitowe infekcje). Wg tych samych autorów za pomocą chipów DNA możliwe jest rozróżnienie różnych wariantów homologicznego genu. Natomiast Kessler N. i wsp. ocenili metodę chipów DNA jako czułą i pozwalającą na pewną identyfikację wirusa grypy [22]. Chipy DNA oka- 326

3 K. Kondak zały się narzędziem użytecznym w klinicznej diagnostyce infekcji wywołanych wirusem HPV [20, 23], przy czym według niektórych autorów detekcja wirusa HPV była niższa w porównaniu z detekcją tego wirusa za pomocą metody PCR (opisanej w dalszej części pracy) [20]. Oprócz wykorzystania w diagnostyce, chipy DNA stosowane są także do badania ludzkiego genomu [34], wykrywania mutacji [26] i genotypowania [33]. Chipy DNA w zależności od gęstości upakowania (wielkości jaką zajmuje pojedyncza sonda DNA) dzielimy na zawierające makrozwiązki (plamki DNA o średnicy 300 mm na jedną sondę) i mikrozwiązki (plamki DNA o średnicy poniżej 200 mm na jedną sondę). W zależności od długości sond wyróżnia się dwa rodzaje macierzy (chipów): cdna oraz oligonukleotydowe [26, 34]. Te pierwsze to naturalne odcinki cdna o długości jednostek nukleotydowych, natomiast te drugie to syntetyczne oligonukleotydy (niemodyfikowane, krótkie fragmenty naturalnego DNA) długości jednostek nukleotydowych, których 5 koniec jest związany z podłożem. Otrzymywane są na drodze syntezy chemicznej bezpośrednio na chipie (in situ) lub oddzielnie, a następnie nanoszone na podłoże i przyłączane w odpowiednich miejscach. Macierze takie dobrze zastępują elektroforezę, ponieważ charakteryzują się bardzo wysokim stopniem uporządkowania, gdyż oligonukleotydy sąsiadujące ze sobą w pionie lub poziomie mogą różnić się tylko jednym nukleotydem. Zhou W. i wsp. stwierdzają nawet, że metoda ta jest bardziej czuła od elektroforezy. Podkreślają również, że dużą zaletą macierzy oligonukleotydowych jest możliwość wielokrotnego użycia oraz umieszczenia na jednej, małej powierzchni nawet kilkuset tysięcy sekwencji, których hybrydyzację można przeprowadzić w jednym czasie [40]. Macierze oligonukleotydowe wykorzystywane są w diagnostyce mikrobiologicznej, medycznej, genetycznej i farmakogenomice [26], a także do sekwencjonowania kwasów nukleinowych, monitorowania ekspresji genów, wykrywania na szeroką skalę mutacji i polimorfizmu [33, 34]. W zakresie diagnostyki mikrobiologicznej, macierze te znajdują zastosowanie w wykrywaniu N. gonorrhoeae [34, 40] oraz w badaniu oporności M. tuberculosis na rifamycynę [9, 16, 30, 34]. Gilbert G. L. wykorzystał metodę detekcji DNA za pomocą macierzy oligonukleotydowych do zidentyfikowania 54 różnych szczepów Mycobacterium, używając 82 unikalnych sekwencji 16S rrna i wszystkich znanych mutacji związanych z rifamycyno- i izoniazydoopornością. Uznał jednocześnie, że obecnie metoda ta jest stosunkowo mało czuła, dlatego chętnie stosowana tylko w przypadku charakteryzowania izolatów [16]. Z kolei Park H. i wsp. podczas identyfikacji rifamycyno- i izoniazydoopornych szczepów M. tuberculosis, ocenili czułość zastosowanych oligonukleotydowych chipów DNA na 93,0% a swoistość na 98,4%, samą metodę uznając za łatwą, szybką, użyteczną, i dokładną [30]. Podobnego zdania byli Deng J. Y. i wsp. badający rifamycyno-oporne szczepy M. tuberculosis [9]. W grupie macierzy oligonukleotydowych wyróżnia się macierze PNA (ang. peptide nucleic acid), w których naturalny szkielet oligonukleotydowy zastępuje szkielet o strukturze oligopeptydu z przyłączonymi zasadami nukleinowymi (A, G, T, C) [26]. Ponieważ PNA charakteryzuje się dużym powinowactwem do sekwencji komplementarnych, swoistość reakcji hybrydyzacji jest obniżona. Zaletą tych macierzy jest jednak odporność na działanie enzymów nukleolitycznych oraz silniejszy sygnał (przy zastosowaniu krótszych sond) wynikający z większej trwałości dupleksu: sonda typu PNAnaturalna sonda DNA niż dupleksu typu: DNA-DNA czy DNA-RNA [26]. Metody oparte na amplifikacji materiału genetycznego W identyfikowaniu mikroorganizmów bardzo przydatne okazały się techniki oparte na amplifikacji materiału genetycznego NAATs (ang. nucleic acid amplification tests). Należą do nich wszystkie techniki (określane w literaturze także jako testy) oparte na reakcji PCR czy LCR. Reakcja służąca amplifikacji (namnożeniu) wybranego, ściśle gatunkowo-swoistego fragmentu DNA in vitro w czasie krótszym niż kilka godzin (powielanie DNA bez klonowania) [34], nazwana została reakcją PCR (ang. polymerase chain reaction reakcja łańcuchowa polimerazy). Za opracowanie tej techniki Karl Mullis otrzymał w 1993 Nagrodę Nobla. Początkowo przeprowadzenie reakcji amplifikacji wymagało dodawania kolejnej porcji polimerazy DNA (pochodzącej z E. coli) w każdym cyklu. Odkrycie termostabilnej polimerazy pochodzącej z bakterii T. aquaticus (żyjącej w gorących źródłach wulkanicznych) pozwala przeprowadzać reakcję amplifikacji bez otwierania próbówki. Reakcja prowadzona jest w aparatach zwanych termocyklerami charakteryzującymi się możliwością szybkich zmian temperatury. W skład standardowej mieszaniny reakcyjnej wchodzą: para primerów, matryca DNA (dwuniciowy odcinek DNA, który chcemy amplifikować), bufor, trifosforany deoksyrybonukleozydów (datp, dctp, dgtp, dttp), termostabilna polimeraza DNA (np. polimeraza Taq), jony Mg 2+ [20]. Primery (czyli startery) to odpowiednio skonstruowane pary oligonukleotydów jednoniciowe fragmenty DNA o długości nukleotydów, które są komplementarne do przeciwstawnych nici DNA. Primery rozpoczynają reakcję amplifikacji pożądanego odcinka DNA poprzez reakcję hybrydyzacji z sekwencjami oskrzydlającymi (krótkie fragmenty DNA po każdej stronie przeznaczonej do powielania) [16, 34]. Sekwencje oskrzydlające nie mogą być większe niż kilka tysięcy par nukleotydów, a dobór odpowiedniej temperatury sprzyja ich dokładnemu dopasowaniu do matrycy DNA. Jeden cykl reakcji PCR składa się z trzech etapów, a każdy z nich przebiega w innej temperaturze [19]. Pierwszym z nich jest denaturacja podwójnej helisy DNA, czyli rozdysocjowanie nici DNA pod wpływem temperatury C w czasie s [19]. Kolejnym etapem jest reakcja hybrydyzacji pojedynczej nici DNA z primerami (temperatura około 50 C). Jako ostatnia przebiega reakcja elongacji (wydłużania) fragmentu DNA. Elongacja przebiega jednocześnie na obu komplementarnych niciach 327

4 Molekularne metody diagnostyki mikrobiologicznej matrycy, zaczynając od 3 końca. Polimeraza dobudowuje kolejne nukleotydy w tempie około kilkudziesięciu na sekundę w temperaturze 72 C [19]. Rozpoczęcie całego cyklu od początku wymaga ponownego ogrzania mieszaniny reakcyjnej do temperatury denaturacji. Powielanie DNA następuje w postępie geometrycznym, gdyż każdy cykl PCR pozwala na uzyskanie dwóch cząsteczek potomnych z jednej macierzystej cząsteczki DNA. Wydajność metody PCR jest zatem bardzo duża. Po około 35 cyklach liczba kopii przekracza 68 bilionów [34]. Taka ilość powstałego DNA pozwala na uwidocznienie produktów PCR z wykorzystaniem bromku etydyny, który zabarwia obecne w żelu agarozowym powstałe DNA. Zaletą techniki PCR jest możliwość wykrycia, amplifikacji i identyfikacji bardzo małych ilości materiału genetycznego. Metoda charakteryzuje się bardzo dużą swoistością i czułością. Materiałem do badań może być DNA pochodzący z każdej tkanki (a nawet z jej wycinków zatopionych w parafinie) oraz z płynu ustrojowego. Van Dyck i wsp. ocenili czułość metody PCR na około 95-96,5%, a swoistość na około 98,9-99,5% [39]. Technika PCR znajduje zastosowanie w diagnostyce mikroorganizmów nierosnących lub wolno namnażających się na podłożach sztucznych, a więc takich, które są trudne do diagnostyki za pomocą klasycznych metod hodowlanych. Metoda PCR jest wykorzystywana do wykrywania patogenów układu oddechowego, mimo takich wad jak: niezdolność rozróżniania martwych patogenów od żywych czy możliwość otrzymania wyników fałszywie pozytywnych (niektóre substancje obecne w próbce mogą połączyć się z inhibitorem amplifikacji) [39]. Przykładem wykrywanych metodą PCR mikroorganizmów jest M. tuberculosis, M. avium, M. intracellulare [34, 38]. W przypadku tych patogenów (głównie dwóch ostatnich) bardzo ważne jest ich rozróżnienie ze względu na odrębne leczenie. Metoda ta okazała się szczególnie użyteczna w przypadku diagnostyki M. tuberculosis, ponieważ czas otrzymania wyników metodami tradycyjnymi trwa od 1 do 2 miesięcy, a za pomocą PCR diagnostyka gruźlicy trwa zaledwie 1 dzień [16]. Metodę tę wykorzystuje się do szybkiej identyfikacji penicylinoopornych S. pneumoniae [16]. Technika ta pozwala również wykryć bezpośrednio w wymazach z gardła lub popłuczynach pęcherzykowych czynniki etiologiczne zakażeń układu oddechowego u dzieci i dorosłych, np. M. pneumoniae [10]. Pomocna jest również w identyfikacji całej rodziny Chlamydiaceae w tym: C. pneumoniae [16] oraz C. trachomatis [16, 27, 34, 47, 57]. Z udziałem techniki PCR mogą być także wykryte i zidentyfikowane takie mikroorganizmy jak: C. difficile [29], Helicobacter spp. [5], N. meningitidis [16], N. gonorrhoeae [25, 34, 39], B. pertussis [16]. Za pomocą tej techniki można także wykryć rzadkie, wcześniej rzadko identyfikowane patogeny, takie jak: R. henselae (czynnik etiologiczny angiomatozy), E. chaffeensis (czynnik etiologiczny choroby Whiple a ehrlichiozy) i E. ewingii [1]. Wykrycie dwóch ostatnich możliwe jest dzięki zastosowaniu starterów, które wyznaczają do amplifikacji obszar 16S RNA, występujący u wszystkich gatunków drobnoustrojów i zawierający sekwencje charakterystyczne dla każdego z nich. Technika PCR pozwala także identyfikować we wczesnym stadium choroby (zanim jeszcze wystąpią objawy ze strony układu nerwowego) trudny do diagnostyki patogen: B. burgdorferi obecny w płynie mózgowo-rdzeniowym oraz w moczu [27]. Znajduje ona również zastosowanie w identyfikacji grzybów z rodzaju Candida np. C. glabrata [6] oraz patogenów wirusowych: HBV, HCV, Cytomegalowirusów, Herpeswirusów czy Enterowirusów [34]. Odmianą techniki PCR, która umożliwia równoczesne zastosowanie kilku par gatunkowo specyficznych starterów, prowadząc do amplifikacji kilku odcinków DNA w tym samym czasie jest Multiplex PCR (czyli amplifikacja równoczesna). Dzięki tak dobranym starterom skraca się czas potrzebny do przebadania większych fragmentów DNA. Ginevra C. i wsp. identyfikowali za pomocą tej metody takie mikroorganizmy jak: C. pneumoniae, M. pneumoniae i Legionella spp., oceniając metodę jako czułą, swoistą oraz szybką (całkowity czas zidentyfikowania wszystkich trzech mikroorganizmów wynosił: 6,5 h) [17]. Kamiya i wsp. twierdzą, że jest to dobra metoda do identyfikacji grzybów Candida spp. [21]. Natomiast Mason W. i współpracownicy stwierdzili, że szczepy oksacylinooporne Staphylococcus spp. nie są identyfikowane tą metodą [28]. W przeciwieństwie do techniki PCR, która charakteryzuje się niezdolnością rozróżniania martwych patogenów od żywych, jest jej odmiana, która umożliwia zidentyfikowanie drobnoustroju w formie aktywnej (czyli replikującej się) dzięki czemu można wykazać formę aktywną bądź latentną (utajoną) zakażenia. Oprócz tego metoda ta znajduje zastosowanie w diagnostyce drobnoustrojów, których materiałem genetycznym jest RNA (wirusy). Technika ta polega na przeprowadzeniu procesu odwrotnej transkrypcji (przepisanie mrna na cdna) przed właściwą reakcją PCR i nosi nazwę RT-PCR (ang. reverse transcription PCR) [8]. Po przepisaniu mrna na cdna (na matrycy RNA powstaje dwuniciowy DNA) ma miejsce amplifikacja cdna podczas reakcji PCR. Otrzymane produkty poddawane są elektroforezie w żelu akrylamidowym. Kolejnym etapem jest poszukiwanie różnic między próbką kontrolną a badaną. Następnie przeprowadzana jest reamplifikacja i sekwencjonowanie prążków w celu porównania ich z już istniejącymi bazami sekwencji genetycznych znanych już genów. Technika ta nosi nazwę pokazu różnicowego (ang. differential display) i znalazła szerokie zastosowanie głównie w diagnostyce odzwierzęcych chorób człowieka, np. w wykrywaniu E. chaffeensis [13]. De Paula i wsp. dodatkowo podkreślają, że metoda RT- PCR jest szybka, czuła i prosta [8]. Dzięki rozwojowi molekularnych sond hybrydyzacyjnych, takich jak: TaqMan czy Molecular Beacons (produkowane przez firmę Rohe Molecular Systems), umożliwiony został monitoring amplifikacji kwasów nukleinowych w czasie rzeczywistym w warunkach klinicznych [34]. Do tego celu wykorzystuje się sondy znakowane barwnikami fluorescencyjnymi [33], które hybrydyzują z sekwencjami wewnętrznymi 328

5 K. Kondak powielanego fragmentu oraz startery, które hybrydyzują z sekwencjami zewnętrznymi powielanego fragmentu. Molekular Beacons jest oligonukleotydową sondą o kształcie spinki do włosów, która zawiera fluorofory i jest mocno zasocjowana z wygaszaczem (ang. quencher), który absorbuje fotony [33, 34]. W obecności komplementarnego łańcucha DNA struktura spinki do włosów sondy rozwija się (powodując zwiększenie odległości między sondą fluoroforową a sondą wygaszającą) i wtedy emitowana jest fluorescencja, która może być zmierzona, określając ilość powstałego DNA w danej chwili [13, 33, 34]. Technika, która wykorzystuje takie sondy jest odmianą łańcuchowej reakcji polimeryzacji PCR i nosi nazwę Real-Time PCR. Metoda Real-Time PCR znajduje szerokie zastosowanie w identyfikacji enterokrwotocznych szczepów E. coli [24], Salmonella, Listeria [24], Mycobacterium (w tym M. bovis, M. tuberculosis) [36], Campylobacter spp. [24], C. difficile [29], F. tularensis [35], L. pneumophila [3], N. gonorrhoeae [15] oraz wszystkich koagulazo-negatywnych Staphylococcus [9, 10]. Z wykorzystaniem tej techniki dokonano identyfikacji wirusów: HIV, HCV, HBV [25]; grzybów z rodzaju Candida np. C. glabrata, C. dubliniensis, C. kefyr, C. krusei, C. parapsilosis, C. tropicalis [24] oraz innych grzybów np. Cryptococcus spp. [22], Aspergillus spp. [22, 33]. Real-Time PCR pozwala również na diagnostykę wirusów grypy A i B [37], mikroorganizmów i wirusów weterynaryjnych (oraz wirusów takich jak: FIV, CSFV, FCV) [24], a także badanie oporności na antybiotyki, np. P. aeruginosa [11]. Edwards K. J. i wsp. podkreślają zalety metody Real-Time PCR takie jak: zredukowane ryzyko zanieczyszczenia próbki (ponieważ nie ma konieczności otwierania lightcyklera po amplifikacji) oraz konieczność przeprowadzenia np. jedynie trzech reakcji PCR do scharakteryzowania 15 szczepów CNS [10]. Dieter Klein wymienia dodatkowo takie zalety metody jak: wysoka precyzja, wysoka reproduktywność, wysoka wrażliwość techniczna, szeroki zakres kwantyfikacji, otrzymywanie gotowego wyniku (nie trzeba dokonywać dalszej analizy). Uważa, że ograniczeniami metody są: wzrost ekspotencjalny produktu PCR, wzrost liczby otrzymywanych wariantów wraz z kolejnym cyklem PCR, zwiększające się ryzyko otrzymania wyników fałszywie negatywnych, pokrywanie się spektrum emisji oraz to, że równoczesnych reakcji może być tylko cztery [24]. Podobnego zdania byli Greiner O. i wsp., którzy stwierdzili, że technika ta jest dużo szybsza i precyzyjniejsza niż konwencjonalne procedury identyfikacji mikroorganizmów (do 24 godzin można otrzymać gotowy wynik, materiałem analizowanym może być bezpośrednio badana próbka materiału klinicznego), a swoistość metody wynosi ok % (w temperaturze optymalnej dla primerów, czyli 65ºC). Autorzy stwierdzili, iż metoda ta zwiększa możliwość detekcji genów pochodzących ze szczepów S. pneumoniae, które były przedmiotem badań ich pracy [18]. Zaś Geraats- Peters C.W.M. i wsp. na postawie identyfikacji N. gonorrhoeae, również ocenili tę technikę jako czułą i swoistą [15]. Skrócenie czasu potrzebnego do przebadania większych fragmentów DNA umożliwia odmiana techniki Real-Time PCR zwana Multiplex Real-Time PCR (czyli amplifikacja równoczesna). Technika ta umożliwia zastosowanie kilku par starterów równocześnie, prowadząc w ten sposób do amplifikacji kilku odcinków DNA (w czasie rzeczywistym) w jednej probówce [7]. Za pomocą tej metody Courtney J.W. i wsp. identyfikowali takie mikroorganizmy jak: B. burgdorferi i A. phagocytophilum [7]. Według nich swoistość techniki Multiplex Real-Time PCR jest bardzo duża w stosunku do testowanych przez nich gatunków Borrelia (B. burgdorferi, B. bissettii, B. andersoni, B. parkeri), a także A. phagocytophilum. Zaś DNA pochodzący z takich szczepów jak: A. marginale, R. rickettsii, R. prowazekii, E. coli, E. canis, E. chaffeensis, N. sennetsu oraz B. henselae nie udało się amplifikować za pomocą tej metody. Autorzy stwierdzają, że technika ta jest szybka, czuła i swoista, a jej wadą są: wspomniany wcześniej wzrost ekspotencjalny produktu PCR czy liczby otrzymywanych wariantów (wraz z kolejnym cyklem PCR), zwiększające się ryzyko otrzymania wyników fałszywie negatywnych oraz pokrywanie się spektrum emisji [7]. Qin X. i wsp. [31] porównali metodę Real-Time PCR w identyfikacji P. aeruginosa i innych gram ujemnych pałeczek niefermentujących do metody testów biochemicznych. W zależności od użytego primera odsetek wyników pozytywnych wahał się w granicach: %. Wyniki fałszywie pozytywne zdarzały się w pojedynczych przypadkach i tylko przy użyciu określonego primera. Autorzy ocenili czułość metody na 98,4%, a swoistość na 98,9%. Ponieważ gram ujemne pałeczki niefermentujące są trudne do identyfikacji ze względu na swoją fenotypową różnorodność, metoda Multiplex Real-Time PCR, okazała się bardzo dobrym narzędziem wykorzystywanym w identyfikacji tych mikroorganizmów. Autorzy podkreślają dodatkowo takie zalety techniki jak: tańszy koszt wykonania od tradycyjnych testów biochemicznych, możliwość pełnej automatyzacji diagnostyki oraz dużo krótszy czas wykonania (mniej niż 3 h) w porównaniu z czasem potrzebnym na otrzymanie wyników testów biochemicznych (18-48 h w zależności od potrzebnego czasu inkubacji). Techniką bardzo podobną do PCR, ale wykorzystującą nie dwie, a cztery pary starterów [39] jest reakcja LCR (ang. Ligase Chain Reactions lub Ligase Chain Reaction Amplification reakcja łańcuchowa ligazy). Startery przyłączają się do czterech komplementarnych sekwencji matrycowego DNA (dwa startery na jednej nici DNA). Obszar powstały między parą komplementarnych starterów na jednej i drugiej nici DNA łączy enzym zwany ligazą. W ten sposób podczas jednego cyklu otrzymuje się dwa zligowane produkty, które stanowią matrycę w następnych cyklach reakcji. Metoda LCR znajduje zastosowanie w diagnostyce mikrobiologicznej, zwłaszcza w sytuacji, gdy czynnikiem etiologicznym są: C. trachomatis [39], M. tuberculosis [24, 32] czy N. gonorrhoeae [2]. Bachmann L.H. i wsp. stwierdzili, że technika LCR charakteryzuje się dużą czułością i swoisto- 329

6 Molekularne metody diagnostyki mikrobiologicznej ścią w diagnostyce N. gonorrhoeae (materiałem do badania była próbka moczu) [2]. Podobnego zdania byli Koumans E. H. i współpracownicy, którzy stwierdzają dodatkowo, że metoda LCR w diagnostyce zakażeń wywołanych przez C. trachomatis i N. gonorrhoeae charakteryzuje się większą czułością niż np. metoda hodowlana [25]. Podobnego zdania byli Van Dyck E. i wsp., którzy ocenili czułość metody LCR na około 88,9 %, a swoistość na około 99,1 % [39] oraz Rajo M.C. i wsp. [32], którzy ocenili czułość i swoistość tej metody odpowiednio na 55,5% i 100%. Podsumowanie Metody biologii molekularnej oparte na technikach hybrydyzacyjnych i reakcji PCR są narzędziem nowej ery do wykrywania i identyfikacji mikroorganizmów. Są one szczególnie przydatne wtedy, gdy detekcja i identyfikacja patogenów metodami tradycyjnymi są utrudnione lub wręcz niemożliwe. Metody biologii molekularnej uznane są w środowisku naukowym za czułe, szybkie i wiarygodne. Wiarygodność identyfikacji opartej o analizę genomu wynika z komplementarności zasad azotowych, a więc podstawowej budowy kwasu nukleinowego. Dobrana sekwencja nukleotydowa sondy lub starterów wybranych do analizy może być swoista dla rodzaju, gatunku, a nawet określonego szczepu, a możliwość identyfikacji powstałych produktów poprzez detekcję kompleksu: sonda-materiał badany, rozdział elektroforetyczny produktów PCR czy analiza obrazu sprawia, że techniki te są coraz szerzej stosowane. Dynamiczny rozwój metod biologii molekularnej znajduje coraz szersze zastosowanie w laboratorium mikrobiologicznym. Piśmiennictwo 1. Arens MQ, Liddell AM, Buening G i wsp. Detection of Ehrlichia spp. in the Blood of Wild White-Tailed Deer in Missouri by PCR Assay and Serologic Analysis. J Clin Microbiol 2003; 41: Bachmann LH, Desmond RA, Stephens J i wsp. Duration of Persistence of Gonococcal DNA Detected by Ligase Chain Reaction in Men and Women following Recommended Therapy for Uncomplicated Gonorrhea. J Clin Microbiol 2002; 40: Baskova L, Landlinger Ch, Preuner S i wsp. The Pan-AC assay: a single-reaction real-time PCR test for quantitative detection of a broad range of Aspergillus and Candida species. J Med Microbiol 2007; 56: Bekal S, Brousseau R, Masson L i wsp. Rapid Identyfication of Escherichia coli Pathotypes by Virulence Gene Detection with DNA Microarrays. J Clin Microbiol, 2003; 41: Choi YK, Han JH, Joo HS. Identification of Novel Helicobacter Species in Pig Stomachs by PCR and Partial Sequencing. J Clin Microbiol 2001; 39: Correia A, Sampaio P, Almeida J i wsp. Study of Molecular Epidemiology of Candidiasis in Portugal by PCR Fingerprinting of Candida Clinical Isolates. J Clin Microbiol 2004; 42: Courtney JW, Kostelnik LM, Zeidner NS i wsp. Multiplex Real- Time PCR for detection Anaplasma phagocytophilum and Borrelia burdorferi. J Clin Microbiol 2004; 42: De Paula S, Fonseca BA. Dengue: a review of the laboratory tests a clinician must know to achieve a correct diagnosis. Braz J Infect Dis 2004; 8: Deng JY, Zhang XE, Lu HB i wsp. Multiplex Detection of Mutations in Clinical Isolates of Rifampin Resistant Mycobacterium tuberculosis by Short Oligonucleotide Ligation Assay on DNA Chips. J Clin Microbiol 2004; 42: Edwards KJ, Kaufmann ME, Saunders NA. Rapid and Accurate Identification of Coagulase-Negative Staphylococci by Real-Time PCR. J Clin Microbiol 2001; 39: Edwards KJ, Saunders NA. Real-time PCR used to measure stress-induced changes in the expression of the genes of the alginate pathway of Pseudomonas aeruginosa. J Appl Microbiol 2001; 91: Farkas DH. Molecular diagnostic: the best is yet to come. Trends Mol Med 2006; 8: Felek S, Unver A, Stich RW i wsp. Sensitive Detection of Ehrlichia chaffeensis in Cell Culture, Blood, and Tick Specimens by Reverse Transcription PCR. J Clin Microbiol, 2001; 39: Fukushima M, Kakinuma K, Hayashi H i wsp. Detection and identyfikation of Mycobacterium Species Isolates by DNA Microarray. J Clin Microbiol 2003; 41: Geraats-Peters CWM, Hermans MHA i wsp. Specific and Sensitive Detection of Neisseria gonorrhoeae in Clinical Specimens by Real-Time PCR. J Clin Microbiol, 2005; 43: Gilbert GL. Molecular diagnostics in infectious diseases and public health microbiology: cottage industry to postgenomics. Trends Mol Med 2002; 8: Ginevra C, Barranger C, Ros A, i wsp. Development and Evaluation of Chlamylege, a New Commercial Test Allowing Simultaneous Detection and Identification of Legionella, Chlamydophila pneumoniae, and Mycoplasma pneumoniae in Clinical Respiratory Specimens by Multiplex PCR. J Clin Microbiol 2005; 43: Greiner O., Day PJR, Bosshard PP i wsp. Quantitative Detection of Streptococcus pneumoniae in Nasopharyngeal Secretions by Real-Time PCR. J Clin Microbiol 2001; 39: Hartley JC, Kaye S, Stevenson S i wsp. PCR Detection and Molecular Identification of Chlamydiaceae Species. J Clin Microbiol 2001; 39: Jeong Oh T, Jim Kim C, Kyung Woo S i wsp. Development and Clinical Evaluation of a Highly Sensitive DNA Microarray for Detection and Genotyping of Human Papillomaviruses. J Clin Microbiol 2004; 42(7): Kamiya A, Kikuchi A, Tomita Y i wsp. Epidemiological study of Candida species in cutaneous candidiasis based on PCR using a primer mix specific for the DNA topoisomerase II gene. J Dermatol Sci 2005; 37: Kessler N, Ferraris O, Palmer K i wsp. Use of the DNA Flow- Thru Chip, a Three-Dimensional Biochip, for Typing and Subtyping of Influenza Viruses. J Clin Microbiol 2004; 42: Klaassen CHW, Prinsen CFM, De Valk HA, i wsp. DNA microarray Format for Detection and Subtyping of Human Papillomavirus. J Clin Microbiol 2004; 42: Klein D. Quantification using real-time PCR technology: applications and limitations. Trends Mol Med 2002; 8: Koumans EH, Black CM, Markowitz LE i wsp. Comparison of Methods for Detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae Using Commercially Available Nucleic Acid Amplification Tests and a Liquid Pap Smear Medium. J Clin Microbiol 2003; 41: Leśnikowski ZJ, Paradowska E, Przepiórkiewicz M i wsp. DNA chips and theirs applications. Postępy Mikrobiol 2002; 41: Lin T, Oliver JH, Gao L i wsp. Genetic heterogeneity of Borrelia burgdorferi sensu lato in the Southern United States based on Restriction Fragment Length Polymorphism and sequence analysis. J Clin Microbiol 2001; 39:

7 K. Kondak 28. Mason W, Blevins JS, Beenken K i wsp. Multiplex PCR Protocol for the Diagnosis of Staphylococcal Infection. J Clin Microbiol 2001; 39: Moncrief JS, Zheng L, Nevill LM i wsp. Genetic Characterization of Toxin A-Negative, Toxin B-Positive Clostridium difficile Isolates by PCR. J Clin Microbiol 2000; 38: Park H, Chang CL i wsp. Comparison of a Conventional Antimicrobial Susceptibility Assay to an Oligonucleotide Chip System for Detection of Drug Resistance in Mycobacterium tuberculosis Isolates. J Clin Microbiol 2006; 44: Qin X, Emerson J, Stapp J i wsp. Use of Real-Time PCR with Multiple Targets To Identify Pseudomonas aeruginosa and Other Nonfermenting Gram-Negative Bacilli from Patients with Cystic Fibrosis. J Clin Microbiol 2003; 41: Rajo MC, Molino MLPD, Lado Lado FL i wsp. Rapid Diagnosis of Tuberculous Meningitis by Ligase Chain Reaction Amplification. Scand J Infect Dis 2002; 34: Raoult D, Fournier PE, Drancourt M. What does the future hold for clinical microbiology? Nat Rev 2004; 2: Robertson BH, Nicholson JK. New microbiology tools for public health and their implications. Annu Rev Public Health 2005; 26: Splettststoesser WD, Tomaso H, Al Dahouk S, i wsp. Diagnostic procedures in tularaemia with special focus on molecular and immunological techniques. J Vet Med B Infect Dis Vet Public Health 2005; 52: Taylor MJ, Hughes MS, Skuce RA i wsp. Detection of Mycobacterium bovis in bovine clinical specimens using realm-time fluorescence and fluorescence energy transfer probe rapid-cycle PCR. J Clinic Micro 2001; 39: Templeton KE, Scheltinga SA, Beersma ME i wsp. Rapid and sensitive method using multiplex real-time PCR for diagnosis of infections by influenza A and influenza B viruses respiratory syncytial virus, and parainfluenza viruses 1, 2, 3 and 4. J Clin Microbiol 2004; 42: Torrea G, Sechi LA i wsp. PCR-based detection of the Mycobacterium tuberculosis complex in urine of HIV-infected and uninfected pulmonary and extrapulosis patients in Burkina Faso. J Med Microbiol 2005; 54: Van Dyck E, Ieven M, Pattyn S i wsp. Detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae by Enzyme Immunoassay, Culture, and Three Nucleic Acid Amplification Tests. J Clin Microbio 2001; 39: Zhou W, Du W, Cao H, Zhao J i wsp. Detection of grya and pacc Mutations Associated with Ciprofloxacin Resistance in Neisseria gonorrhoeae by Use of Oligonucleotide Biochip Technology. J Clin Microbiol 2004; 42: Adres Autorów: Katedra i Zakład Mikrobiologii we Wrocławiu ul. Chałubińskiego Wrocław (Praca wpłynęła do Redakcji: ) (Praca przekazana do opublikowania: ) 331

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego

Bardziej szczegółowo

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające

Bardziej szczegółowo

PCR. Aleksandra Sałagacka

PCR. Aleksandra Sałagacka PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii

Bardziej szczegółowo

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych

Bardziej szczegółowo

Diagnostyka molekularna w OIT

Diagnostyka molekularna w OIT Diagnostyka molekularna w OIT B A R B A R A A D A M I K K A T E D R A I K L I N I K A A N E S T E Z J O L O G I I I I N T E N S Y W N E J T E R A P I I U N I W E R S Y T E T M E D Y C Z N Y W E W R O C

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan

Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Klasyczna metoda PCR jest metodą jakościową, nie ilościową co np.

Bardziej szczegółowo

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji

Bardziej szczegółowo

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.

Bardziej szczegółowo

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH Detekcja patogenów będących najczęstszą przyczyną infekcji dróg moczowo - płciowych Detekcja wirusa HSV Genotypowanie i screening wirusa HPV Seeplex Detekcja patogenów

Bardziej szczegółowo

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG

dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Metody amplifikacji kwasów nukleinowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej pj j w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Amplifikacja

Bardziej szczegółowo

Metody badania ekspresji genów

Metody badania ekspresji genów Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna Podstawy

Biologia Molekularna Podstawy Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina

Bardziej szczegółowo

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

Mikrosatelitarne sekwencje DNA

Mikrosatelitarne sekwencje DNA Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012

Bardziej szczegółowo

Prowadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II)

Prowadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II) Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ============================================================================

Bardziej szczegółowo

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych Nr kat. PK25N Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do wykrywania spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Zestaw

Bardziej szczegółowo

Diagnostyka mikrobiologiczna swoistych i nieswoistych zakażeń układu oddechowego

Diagnostyka mikrobiologiczna swoistych i nieswoistych zakażeń układu oddechowego Diagnostyka mikrobiologiczna swoistych i nieswoistych zakażeń układu oddechowego Paweł Gruszczyński Zakład Diagnostyki Mikrobiologicznej WCPiT I Zjazd Polskiego Towarzystwa Pneumonologii Dziecięcej Poznań,

Bardziej szczegółowo

PCR łańcuchowa reakcja polimerazy

PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna

Bardziej szczegółowo

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej

Bardziej szczegółowo

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności

Bardziej szczegółowo

Mikrobiologia - Bakteriologia

Mikrobiologia - Bakteriologia Mikrobiologia - Bakteriologia 5050 Bezpośrednie barwienie bakteriologiczne Kwiecień, październik 3-9 zdjęć cyfrowych wybarwionych bezpośrednio preparatów, prezentowane na stronie internetowej Labquality

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Salmonella species

Ampli-LAMP Salmonella species Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego bakterii z rodzaju

Bardziej szczegółowo

CENNIK - DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ

CENNIK - DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ (obowiązuje od 01 czerwca 2015 roku) załącznik nr 4 do regulaminu organizacyjnego CENNIK - DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ Zakład Diagnostyki Mikrobiologicznej - siedziba ul. Św. Józefa 53-59 oraz ul. Konstytucji

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów:

Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie

Bardziej szczegółowo

Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo?

Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych sekwencjach nukleotydów

Bardziej szczegółowo

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane

Bardziej szczegółowo

Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych

Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych Dr n. med. Joanna Walczak- Sztulpa Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu Diagnostyka

Bardziej szczegółowo

CENNIK DIAGNOSTYKA NIEPŁODNOŚCI MĘSKIEJ

CENNIK DIAGNOSTYKA NIEPŁODNOŚCI MĘSKIEJ CENNIK DIAGNOSTYKA NIEPŁODNOŚCI MĘSKIEJ AZOOSPERMIA badanie wykrywa delecje w regionie długiego ramienia chromosomu Y w fragmencie zwanym AZF, będące często przyczyną azoospermii lub oligospermii o podłożu

Bardziej szczegółowo

ZAKRES AKREDYTACJI LABORATORIUM BADAWCZEGO Nr AB 448

ZAKRES AKREDYTACJI LABORATORIUM BADAWCZEGO Nr AB 448 ZAKRES AKREDYTACJI LABORATORIUM BADAWCZEGO Nr AB 448 wydany przez POLSKIE CENTRUM AKREDYTACJI 01-382 Warszawa ul. Szczotkarska 42 Wydanie nr 12, Data wydania: 29 września 2014 r. Nazwa i adres AB 448 WOJEWÓDZKA

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego

Bardziej szczegółowo

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ Strona/ stron 1/8 WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ Symbol oznacza metody akredytowane, zawarte w Zakresie

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Babesia canis

Ampli-LAMP Babesia canis Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego pierwotniaka Babesia canis canis techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-Bc-200 AML-Bc-400

Bardziej szczegółowo

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Załącznik nr 1 do SIWZ Nazwa i adres Wykonawcy Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Przedmiot zamówienia; automatyczny system do diagnostyki molekularnej:

Bardziej szczegółowo

Mikrobiologia - Bakteriologia

Mikrobiologia - Bakteriologia Mikrobiologia - Bakteriologia 5050 Bezpośrednie barwienie bakteriologiczne (sprawdzian wirtualny) Kwiecień, październik 3-9 zdjęć cyfrowych preparatów bezpośrednio wybarwionych, prezentowane na stronie

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR)

AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR) AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzajów Chlamydia i Chlamydophila techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC18-50 BAC18-100 Wielkość

Bardziej szczegółowo

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom

Bardziej szczegółowo

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek

Bardziej szczegółowo

Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie. Pracownia genetyki

Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie. Pracownia genetyki Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie Zadbaliśmy o to, żeby wyposażenie w Klubie Młodego Wynalazcy było w pełni profesjonalne. Ważne jest, aby dzieci i młodzież, wykonując doświadczenia korzystały

Bardziej szczegółowo

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ Strona/ stron 1/7 WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ Symbol oznacza metody akredytowane, zawarte w Zakresie

Bardziej szczegółowo

PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific

PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific Specjalnie dla Was przetestowaliśmy w naszym laboratorium odczynniki firmy Thermo Scientific umożliwiające przeprowadzanie reakcji

Bardziej szczegółowo

dr Agnieszka Pawełczyk Zakład Immunopatologii Chorób Zakaźnych i Pasożytniczych WUM 2016/2017

dr Agnieszka Pawełczyk Zakład Immunopatologii Chorób Zakaźnych i Pasożytniczych WUM 2016/2017 dr Agnieszka Pawełczyk Zakład Immunopatologii Chorób Zakaźnych i Pasożytniczych WUM 2016/2017 Sposób pobudzenia układu immunologicznego Pochodzenie Udział limfocytów Th w pobudzeniu odpowiedzi odpornościowej

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR)

AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR) AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii Borrelia burgdorferi, Anaplasma, Ehrlichia oraz pierwotniaków rodzaju Babesia (B. canis, B. gibsoni,

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR DIAGNOSTICS OF MONOGENIC DISORDERS

TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR DIAGNOSTICS OF MONOGENIC DISORDERS Nowiny Lekarskie 2006, 75, 5, 486 490 ALINA LICZBAŃSKA, ANNA WOŹNIAK, ANNA WAWROCKA, MACIEJ R. KRAWCZYŃSKI TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR

Bardziej szczegółowo

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego

Bardziej szczegółowo

METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII

METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII AUTOR: MAGDALENA DUDEK Taksonomia jest nauką, której głównym celem jest badanie, opisywanie oraz klasyfikacja organizmów. W oparciu o różnice i podobieństwa łączy

Bardziej szczegółowo

Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2014/2015 SEMESTR LETNI

Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2014/2015 SEMESTR LETNI Program ćwiczeń z mikrobiologii dla studentów III roku Oddziału Analityki Medycznej, rok akademicki 2014/2015 SEMESTR LETNI Wykłady (16 godz.): Środa 12.15-13.45 Ćwiczenia (60 godz.) środa: 9.45-12.00

Bardziej szczegółowo

Kurs pt. " MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII "

Kurs pt.  MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII Warszawa, 6 lutego 2011 r. Szanowna Pani! Szanowny Panie! Niniejszym uprzejmie informuję, że organizowany jest Kurs pt. " MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII " Kurs odbędzie się w dniach

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)

Bardziej szczegółowo

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ Strona/ stron 1/6 WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ Symbol oznacza metody akredytowane, zawarte w Zakresie

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII

OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII Opracowanie zestawu do wykrywania DNA Aspergillus flavus za pomocą specjalistycznego sprzętu medycznego. Jednym

Bardziej szczegółowo

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej

Bardziej szczegółowo

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH

DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH DETEKCJA PATOGENÓW DRÓG MOCZOWO-PŁCIOWYCH Detekcja i identyfikacja 7 patogenów dróg moczowo-płciowych Detekcja Neisseria gonorrhoeae i Chlamydia trachomatis Detekcja Trichomonas vaginalis i Mycoplasma

Bardziej szczegółowo

AmpliTest TBEV (Real Time PCR)

AmpliTest TBEV (Real Time PCR) AmpliTest TBEV (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji RNA specyficznych dla TBEV (Tick-borne encephalitis virus) techniką Real Time PCR Nr kat.: RV03-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość pojedynczej

Bardziej szczegółowo

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać

Bardziej szczegółowo

Wirus HPV w ciąży. 1. Co to jest HPV?

Wirus HPV w ciąży. 1. Co to jest HPV? Wirus HPV w ciąży Czy zdajesz sobie sprawę z tego, że rak szyjki macicy jest drugą, najczęstszą chorobą nowotworową u kobiet na świecie a piąta wśród kobiet i mężczyzn łącznie? W samej Polsce, jak donosi

Bardziej szczegółowo

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie Sekwencyjność występowania zaburzeń molekularnych w niedrobnokomórkowym raku płuca

Bardziej szczegółowo

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła

Bardziej szczegółowo

Wykład 14 Biosynteza białek

Wykład 14 Biosynteza białek BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH

Bardziej szczegółowo

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

WYTYCZNE W-0018_001 WYTYCZNE WYDAWANIA RAPORTÓW Z BADAŃ MIKROBIOLOGICZNYCH. Data wprowadzenia: 10-10-2010

WYTYCZNE W-0018_001 WYTYCZNE WYDAWANIA RAPORTÓW Z BADAŃ MIKROBIOLOGICZNYCH. Data wprowadzenia: 10-10-2010 WYDAWANIA RAPORTÓW Z BADAŃ Data wprowadzenia: 1 / 6 Nazwisko Stanowisko Data Podpis Opracował Tadeusz Gadomski Kierownik 10.10.2010 ZaakceptowałBożena Szelągowska Pełnomocnik ds. Zarządzania Jakością 10.10.2010

Bardziej szczegółowo

Molecular diagnostics for your routine. Katalog produktów 2011

Molecular diagnostics for your routine. Katalog produktów 2011 Molecular diagnostics for your routine Katalog produktów 2011 www.geneproof.com Spis treści Molecular diagnostics for your routine Spis treści O firmie... 2 Zalety zestawów GeneProof... 2 Technologia GeneProof...

Bardziej szczegółowo

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu

GENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================

Biologia Molekularna z Biotechnologią =============================================================================================== Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Przedmiot: Katedra Biologii Molekularnej Biologia

Bardziej szczegółowo

Nowoczesne systemy ekspresji genów

Nowoczesne systemy ekspresji genów Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą

Bardziej szczegółowo

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II 10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona

Bardziej szczegółowo

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6 RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy

Bardziej szczegółowo

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany 1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy

Bardziej szczegółowo

Status oznaczenia / pomiaru 1 2 3 4 5 1. Bakteriologiczne badanie krwi. Metoda badawcza

Status oznaczenia / pomiaru 1 2 3 4 5 1. Bakteriologiczne badanie krwi. Metoda badawcza adania materiału klinicznego i sporali. L.p. Rodzaj oznaczenia / pomiaru Metoda badawcza Status oznaczenia / pomiaru 1 2 3 4 5 1. akteriologiczne badanie krwi w kierunku bakterii tlenowych instrukcja badawcza

Bardziej szczegółowo

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej

PCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej

Bardziej szczegółowo

OGŁOSZENIE DODATKOWYCH INFORMACJI, INFORMACJE O NIEKOMPLETNEJ PROCEDURZE LUB SPROSTOWANIE

OGŁOSZENIE DODATKOWYCH INFORMACJI, INFORMACJE O NIEKOMPLETNEJ PROCEDURZE LUB SPROSTOWANIE 1/ 7 ENOTICES_JMY53 - ID:2010-XXXXXX Formularz standardowy 14 PL Publikacja Suplementu do Dziennika Urzędowego Unii Europejskiej 2, rue Mercier, L-2985 Luksemburg Faks (352) 29 29-42670 E-mail: ojs@publications.europa.eu

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

DETEKCJA PATOGENÓW POWODUJĄCYCH ZAPALENIE OPON MÓZGOWO-RDZENIOWYCH

DETEKCJA PATOGENÓW POWODUJĄCYCH ZAPALENIE OPON MÓZGOWO-RDZENIOWYCH DETEKCJA PATOGENÓW POWODUJĄCYCH ZAPALENIE OPON MÓZGOWO-RDZENIOWYCH Detekcja enterowirusów Detekcja sześciu typów ludzkich herpeswirusów (HHV) Detekcja pięciu bakterii Seeplex Detekcja patogenów powodujących

Bardziej szczegółowo

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL PL 220315 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 220315 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 400252 (22) Data zgłoszenia: 06.08.2012 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie sondy TaqMan

Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie sondy TaqMan Anna KOZIOROWSKA, Maria ROMEROWICZ-MISIELAK Uniwersytet Rzeszowski, Polska Zastosowanie transferu energii rezonansu fluorescencji (FRET) w ilościowej metodzie oznaczania ekspresji genów na przykładzie

Bardziej szczegółowo

ŁAŃCUCHOWA REAKCJA POLIMERAZY Z ANALIZĄ W CZASIE RZECZYWISTYM (RT-PCR) REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)

ŁAŃCUCHOWA REAKCJA POLIMERAZY Z ANALIZĄ W CZASIE RZECZYWISTYM (RT-PCR) REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) A N N A L E S A C A D E M I A E M E D I C A E S T E T I N E N S I S R O C Z N I K I P O M O R S K I E J A K A D E M I I M E D Y C Z N E J W S Z C Z E C I N I E 2007, 53, 3, 5 9 KATARZYNA WIEDRO, EWA STACHOWSKA,

Bardziej szczegółowo

Centrum Badań DNA - przykład start-up u w biotechnologii

Centrum Badań DNA - przykład start-up u w biotechnologii Krajowy Lider Innowacji 2008,2009 Centrum Badań DNA - przykład start-up u w biotechnologii Poznański Park Naukowo-Technologiczny Siedziba: Poznań, Laboratorium: Poznań, ul. Mickiewicza 31 Kim jesteśmy?

Bardziej szczegółowo

Zestawy do izolacji DNA i RNA

Zestawy do izolacji DNA i RNA Syngen kolumienki.pl Gotowe zestawy do izolacji i oczyszczania kwasów nukleinowych Zestawy do izolacji DNA i RNA Katalog produktów 2012-13 kolumienki.pl Syngen Biotech Sp. z o.o., 54-116 Wrocław, ul. Ostródzka

Bardziej szczegółowo

Ziemniak Polski 2014 nr 3

Ziemniak Polski 2014 nr 3 40 Ziemniak Polski 2014 nr 3 Ochrona TECHNIKA PCR I JEJ MODYFIKACJE W IDENTYFIKACJI PATOGENÓW ZIEMNIAKA mgr inż. Joanna Chołuj, dr inż. Włodzimierz Przewodowski IHAR PIB, Pracownia Diagnostyki Molekularnej

Bardziej szczegółowo

Załącznik nr 1A do siwz Część I - Zestaw testowy do szybkiej identyfikacji Escherichia coli

Załącznik nr 1A do siwz Część I - Zestaw testowy do szybkiej identyfikacji Escherichia coli Część I - Zestaw testowy do szybkiej identyfikacji Escherichia coli 1. Zestaw testowy do szybkiej identyfikacji Escherichia coli zestaw zawiera: - 50 pasków testowych, - 50 pojemników z tworzywa sztucznego,

Bardziej szczegółowo

mikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii

mikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii Zawartość 139371 1. Wstęp zarys historii genetyki, czyli od genetyki klasycznej do genomiki 2. Chromosomy i podziały jądra komórkowego 2.1. Budowa chromosomu 2.2. Barwienie prążkowe chromosomów 2.3. Mitoza

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Goose Parvovirus

Ampli-LAMP Goose Parvovirus Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego parwowirusa GPV u gęsi techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-GPV-200 AML-GPV-400 Wydanie

Bardziej szczegółowo

Przeglądanie bibliotek

Przeglądanie bibliotek Przeglądanie bibliotek Czyli jak złapać (i sklonować) ciekawy gen? Klonowanie genów w oparciu o identyczność lub podobieństwo ich sekwencji do znanego już DNA Sonda homologiczna (komplementarna w 100%)

Bardziej szczegółowo

LRN - Laboratory Response Network

LRN - Laboratory Response Network LRN - Laboratory Response Network Sieć laboratoriów w USA, które będą zdolne do szybkiej odpowiedzi na zagrożenie związane z uwolnieniem czynników zakaźnych lub w przypadku użycia toksyn lub pojawienia

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji z biologii w szkole ponadgimnazjalnej

Scenariusz lekcji z biologii w szkole ponadgimnazjalnej Scenariusz lekcji z biologii w szkole ponadgimnazjalnej Temat lekcji: Planowanie doświadczeń biologicznych jak prawidłowo zaplanować próbę kontrolną? Cele kształcenia IV etap edukacyjny: 1. Wymagania ogólne:

Bardziej szczegółowo

Zestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP

Zestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP 2014-07-17 Zestaw dydaktyczny EasyGenotyping PCR-RFLP - S. aureus genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP Celem ćwiczenia jest przeprowadzenie typowania genetycznego dostarczonych

Bardziej szczegółowo

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11 PL 214501 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 214501 (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 391458 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/29 (2006.01) Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej

Bardziej szczegółowo

Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego

Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego Nowoczesne metody diagnostyczne Diagnostyka laboratoryjna a wprowadzanie nowych metod diagnostycznych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej

Bardziej szczegółowo

L.p. Nazwa badania. Czas oczekiwania na wynik. Pobranie materiału do badania BADANIA MIKROBIOLOGICZNE - POSIEWY

L.p. Nazwa badania. Czas oczekiwania na wynik. Pobranie materiału do badania BADANIA MIKROBIOLOGICZNE - POSIEWY Krakowski Szpital Specjalistyczny im. Jana Pawła II Ośrodek Nowoczesnej Diagnostyki Laboratoryjnej Pracownia Mikrobiologii ul. Prądnicka 80, 31-202 Kraków Tel. 12 614 24 85, 614 24 08 Załącznik 1 LISTA

Bardziej szczegółowo

Pracownia Diagnostyki Molekularnej. kierownik dr n. med. Janusz Stańczak. tel. (22) tel. (22)

Pracownia Diagnostyki Molekularnej. kierownik dr n. med. Janusz Stańczak. tel. (22) tel. (22) kierownik dr n. med. Janusz Stańczak tel. (22) 33 55 261 tel. (22) 33 55 278 e-mail jstanczak@zakazny.pl 1 / 6 1. Struktura Pracownia Diagnostyki Molekularnej (PDM) zawiera trzy działy: Mikrobiologii Klinicznej,

Bardziej szczegółowo