1. Pracownia Obrazowania Struktury i Funkcji Tkankowych

Transkrypt

1 1. Pracownia Obrazowania Struktury i Funkcji Tkankowych Zakres usług w Pracowni Obrazowania Struktury i Funkcji Tkankowych Mikroskopowe obrazowanie materiałów biologicznych Projektowanie i wykonywanie badań przy użyciu mikroskopii Przetwarzanie, analiza i wizualizacja danych mikroskopowych Kierownik: Tytus Bernaś Mikroskop dwufotonowy z laserem wyposażonym w OPO (wzbudzenie w zakresie nm) i osprzętem do obrazowania żywych zwierząt (Zeiss GmbH) Mikroskop dwufotonowy z dodatkowym laserem do fotomanipulacji i aparaturą do elektrofizjiologii (Zeiss GmbH) Mikroskop spinning disc (głowica Yokogawa) z 2 kamerami EMCCD (Zeiss GmbH) Skanujący mikroskop elektronowy (SEM) Sigma VP z mikrotomem do obrazowania 3D ( 3DView, Gattan) oraz aparaturą do obrazowania korelacyjnego CLEM (Zeiss GmbH) SP8 - mikroskop konfokalny z białym laserem (Leica GmbH) oraz aparaturą FLIM/FCS (Picoquant) Spektralny mikroskop konfokalny LSM 780 z laserem 355 nm (Zeiss GmbH) SP5 mikroskop konfokalny/dwufotonowy z układem STED (Leica GmbH)* Mikroskop TIRF (Zeiss GmbH)* Stanowisko hodowli komórkowych System do kriopreparatyki próbek do mikroskopii elektronowej Cennik L.p. Usługa Jednostka Cena rozliczeniowa (PLN) 1 Godzina użytkowania mikroskopu w pracowni Godzina 8 2 Godzina użytkowania mikroskopu wraz z pracą technika Godzina 40 *Mikroskopy SP5 i TIRF są dostępne na dotychczasowych zasadach

2 2. Pracownia Obrazowania Mózgu Zakres usług w Pracowni Obrazowania Mózgu Kierownik: Artur Marchewka Opracowywanie pełnego spektrum schematów eksperymentalnych do badań funkcjonalnych mózgu z zastosowaniem oprogramowanie Presentation Przygotowywanie oprogramowania do testowania procedur eksperymentalnych Wykonywanie badań pilotażowych i wsparcie w zakresie przygotowania aplikacji grantowych Kompleksowe badania z użyciem strukturalnego (smri) oraz funkcjonalnego (fmri) rezonansu magnetycznego Opracowywanie sekwencji smri oraz fmri dedykowanych do projektów badawczych Kompleksowe badania z wykorzystaniem elektroencefalografu (EEG) i elektromiografu (EMG) Kompleksowe badania z użyciem symultanicznej rejestracji EEG-fMRI zastosowaniem 64 kanałowych czepków EEG Kompleksowe badania z użyciem symultanicznej rejestracji EMG-fMRI z zastosowaniem 5 kanałowych czepków EMG Badania z użyciem przezczaszkowej stymulacji magnetycznej (TMS) z zastosowaniem systemu neuronawigacji Analizy danych smri, fmri, DTI, SPECT, EEG, EMG przy użyciu oprogramowania Matlab, SPM12, BrainVoyager, FSL, FreeSurfer, BrainVision Analyzer 2 Opracowywanie narzędzi do analizy danych dedykowanych do projektów badawczych Budowa urządzeń dedykowanych do pracy w polu magnetycznym Skaner MRI 3T Siemens TRIO TIM, posiadający: Cewki 32- i 12-kanałowe, kompatybilne z równoległym odczytem ipat Cewkę nadawczo-odbiorcza z polaryzacją kolistą do spektroskopii protonowej Sprzęt i oprogramowanie do prezentacji bodźców wizualnych z wykorzystaniem monitora LCD lub rzutnika dedykowanych do pracy w polu magnetycznym Sprzęt i oprogramowanie do prezentacji bodźców słuchowych Systemy rejestracji odpowiedzi osób badanych w polu magnetycznym 64-kanałowy aparat EEG, z modułami EMG and GSR BrainAmp MR TMS MagPro X100 z systemem neuronawigacji Brainsight Atrapa skanera MR z obsługą prezentacji bodźców w modalności słuchowej i wzrokowej Kompleksowe zaplecze sprzętowe oraz programowe do obsługi paradygmatów eksperymentalnych w środowisku rezonansu magnetycznego Okulary korekcyjne przeznaczone do badań MR Stanowisko do eksportu oraz obróbki wstępnej danych EEG, smri, fmri, DTI, SPECT Specjalistyczne stanowiska komputerowe do analizy ilościowej zarejestrowanych danych (EEG, EMG, smri, fmri, DTI) wyposażone w następujące oprogramowanie: Matlab, SPM12, BrainVoyager QX, FSL, FreeSurfer oraz BrainVision Analyzer 2

3 Cennik L.p. Usługa Jednostka Cena rozliczeniowa (PLN) 1 Badanie MRI (sekwencje strukturalne i funkcjonalne) 1 Godzina Symultaniczne rejestracje fmri- EEG/EMG 1 Godzina Badanie EEG 2 Godzina Badanie TMS/Neuronawigacja 2 Godzina Koszt obejmuje: konsultację paradygmatu badawczego oraz sekwencji w badaniach pilotażowych, obsługę technika elektroradiologii w zakresie 1.5h dla 1h czasu pracy skanera MR, wykorzystanie pełnego zaplecza badawczego oraz eksport danych w formacie IMA. Cena nie uwzględnia jakościowego opisu radiologicznego oraz analizy danych. 2 Koszt obejmuje: konsultację paradygmatu badawczego oraz wykorzystanie pełnego zaplecza badawczego. Cena nie uwzględnia obligatoryjnego ubezpieczenia osoby badanej, oraz w przypadku badań TMS obligatoryjnej opieki medycznej podczas eksperymentu. Typowe sekwencje w badaniach MR obejmujące: sekwencję strukturalną T1 oraz T2 zależną (~10 min.), sekwencję zależną od dyfuzji (DWI, ~20min.), sekwencje funkcjonalne EPI (~30 min.). Ceny dodatkowych usług (ekspertyzy, tworzenie oprogramowania, analizy danych, wizualizacja wyników) ustalane są w sposób indywidualny.

4 3. Pracownia Badań Przedklinicznych o Podwyższonym Standardzie Kierownik: Urszula Wojda Zakres usług w Pracowni Badań Przedklinicznych Projektowanie, koordynacja i prowadzenie badań przedklinicznych Testy substancji o aktywności neuroprotekcyjnej lub antynowotworowej w hodowlach komórkowych Badania toksykologiczne: preparatyka histologiczna i analiza histopatologiczna tkanek zwierzęcych Badania farmakokinetyczne w modelach mysich Utrzymanie linii komórkowych i myszy w eksperymencie Zakładanie i prowadzenie pierwotnych hodowli mysich neuronów hipokampalnych i korowych Otrzymywanie standardowych i nowych mysich modeli chorób neurodegeneracyjnych i nowotworowych (modyfikacje farmakologiczne, przeszczepianie komórek immunodefetywnym myszom) Wysokoprzepustowa analiza poziomu białek w lizatach komórkowych (Turbo TM immunoblotting) System stanowisk hodowli komórkowych w standardzie BSL-2 (Biosafety level 2) wyposażonych w inkubatory, komorę laminarną, fluorescencyjny mikroskop z modułem WiFi do obrazowania komórek w inkubatorze, licznik komórek z funkcjami cytomertii Muse (Merck-Millipore) i czytnik mikropłytek Pokój bytowy dla zwierząt utrzymywanych w systemie indywidualnie wentylowanych klatek, w standardzie SPF (Specific Pathogen Free), dostosowany do zasad GLP (Good Laboratory Practice) Pokój operacyjny do wykonywania zabiegów chirurgicznych u myszy oraz pobierania neuronów mózgu do hodowli pierwotnych, wyposażony w operacyjny mikroskop stereoskopowy i Pomieszczenie sekcyjne Zautomatyzowany system do preparatyki histologicznej (procesor tkankowy, stacja do zatapiania, mikrotom, komputerowy automat do barwienia) Mikroskop fluorescencyjny z zespołami zmotoryzowanymi (Eclipse Ni-U, Nikon) System do immunoblottingu i dokumentacji próbek (TransBlot Turbo Transfer i ChemiDoc MP Imaging System, BioRad) Cennik 1 L.p. Usługa Jednostka Cena rozliczeniowa (PLN) 1 Utrzymanie w hodowli 1 linii komórkowej przez 1 miesiąc (1 butelka 75 ml) Szt Test MTT i wyznaczenie IC50 dla 1-3 związków i 1 linii komórkowej Szt Cytometria przepływowa: oznaczenie profilu cyklu komórkowego i markerów apoptozy (10 próbek) Szt Utrzymanie zwierzęcia w klatce IVC podczas doświadczenia 1 osobnik/dzień 1,60

5 5 Nekropsja (perfuzja lub dekapitacja z pobieraniem organów do 1 osobnik analizy histopatologicznej mysz/szczur 60/130 6 Założenie i prowadzenie pierwotnych hodowli neuronów mózgu myszy lub szczura ( 1 płytka 24-dołkowa przez 14 dni) Szt Farmakokinetyka: uzyskanie prób do wyznaczenia krzywej PK Szt Histologia: przygotowanie 1-20 bloczków parafinowych z pobranych organów Szt Histologia: przygotowanie 20 preparatów mikroskopowych z 1 bloczka parafinowego Szt Barwienie histologiczne 20 preparatów Szt Znakowanie immunohistochemiczne lub immunocytochemiczne Szt preparatów 12 Analiza i dokumentacja 1 preparatu mikroskopowego Szt Immunoblotting i analiza wyników z użyciem systemu TransBlot Turbo Transfer i ChemiDoc MP (BioRad), 4 żele 15-dołkowe Szt ceny nie obejmują kosztu zakupu linii komórkowej, zwierząt, I-rzędowych przeciwciał i niestandardowych odczynników zakup ustalany indywidualne 2 Przy większej liczbie próbek cena do ustalenia

6 4. Pracownia Modeli Zwierzęcych Kierownik: Witold Konopka Oferta usług badawczych Otrzymywanie transgenicznych i nokautowych modeli zwierzęcych (myszy i szczury) Projektowanie i wytwarzanie wektorów wirusowych (lentiwirusowych, AAV) Lokalna modyfikacja genetyczna w różnych obszarach mózgu, np. w hipokampie Doświadczenia optogenetyczne in vivo Długoterminowe doświadczenia metaboliczne Badanie pamięci i uczenia się w klatkach IntelliCage Bankowanie komórek i zarodków Przechowywanie zbankowanych komórek Laboratorium transgenezy (najważniejsze wyposażenie: mikroskop odwrócony ZEISS, mikromanipulator Eppendorf) Klatki metaboliczne (TSE systems) Aparatura do badań optogenetycznych in vivo Klatki IntelliCage do zautomatyzowanych badań behawioralnych (TSE systems) Ultrawirówka Optima L-100 XP, rotor SW 32 Ti, Beckman Coulter Aparatura do zamrażania zarodków (zamrażarka kriogeniczna ICE CUBE), system automatycznie dopełnialnych zbiorników do przechowywania zamrożonych próbek w ciekłym azocie Cennik L.p. Usługa Jednostka rozliczeniowa Cena (PLN) 1 Produkcja wektora wirusowego z oznaczeniem miana (lenti, AAV) szt Otrzymanie transgenicznej myszy szt Otrzymanie transgenicznego szczura szt Genotypowanie (przeliczenie na 1 reakcję) ( 1 cena za izolację i pierwszą reakcję/cena za każdą kolejną szt. 13/10 1 reakcję) 5 Mrożenie zarodków mysich/szczurzych szt Mrożenie nasienia myszy szt Mrożenie nasienia szczura szt Przechowywanie próbek (bankowanie) na dotychczasowych zasadach

7 5. Pracownia Neurobiologii Molekularnej Kierownik: Bożena Kamińska Zakres usług w Pracowni Neurobiologii Molekularnej Izolowanie czystych hodowli glejowych; Wysokoprzepustowe testowanie związków o aktywności przeciwnowotworowej; Wysokoprzepustowe badanie globalnej i specyficznej ekspresji genów (mikromacierze ekpresyjne, ilościowy PCR, RNA-seq) Wysokoprzepustowe badanie profili ekpresji cytokin Wysokoprzepustowe badanie profili modyfikacji epigenetycznych Sekwencjonowanie całych genomów. Stanowisko hodowli komórek (4 komory laminarne, 4 inkubatory, 2 liczniki komórek, system do dokumentowania w kontraście fazowym i fluorescencji w czasie rzeczywistym, mikroskopy fluorescencyjne), System mikrodysekcji laserowej Arcturus, Skaner mikromacierzy Gene Atlas Affymetrix, Stacje do pomiaru ekspresji genów w czasie rzeczywistym (Life Technologies HT7900, Quantum Studio, Step One) Aparat do automatycznej izolacji i analizy RNA/DNA Qiagen. Sekwenator NGS Illumina 1500 i stanowisko do przygotowywania bibiliotek Cennik L.p. Usługa Jednostka rozliczeniowa 1 Izolowanie czystych populacji komórek nerwowych (mikroglej, astrocyty, oligdendrocyty) z mózgu myszy i szczura; 6 mln kom. 2 Wysoce oczyszczone hodowle szczurzych lub mysich astrocytów, 1mln komórek 3 Wysokoprzepustowe testowanie związków o aktywności przeciwnowotworowej (IC50, ocena typu śmierci) 14 dni roboczych, ceny za liczbę badanych związków na 1 linię kom., powyżej 300 związków cena do ustalenia Cena (w zł) Szt Szt. 200 <100 zw zw Wykorzystanie aparatu do mikrodysekcji laserowej Godz. 4,00 5 Wykorzystanie aparatu do pomiaru qpcr, 1 cykl PCR/płytka Szt. 3, Analiza ekspresji genów qpcr (zaprojektowanie i walidacja starterów, wykonanie i analiza ilościowa), Panel 10 genów, w Szt tym 2 kontrolne/20 próbek/10 dni roboczych 7 Globalna analiza ekspresji genów: mikromacierz Gene Atlas, 1 macierz/1 próbka/7 dni roboczych Szt Globalna analiza ekspresji genów: mikromacierz Gene Atlas Affymetrix z analizą bioinformatyczną; 1 macierz/ 1 próbka; Szt dni roboczych 9 Izolacja RNA + globalna analiza ekspresji genów: mikromacierz 2800 Szt. Gene Atlas Affymetrix 1 macierz/1 próbka/7 dni roboczych 10 Sekwencjonowanie całego transkryptomu z analizą bioinformatyczną, 1 próbka/1 cykl /10 dni roboczych Szt

8 11 Sekwencjonowanie całego transkryptomu z zaawansowaną analizą bioinformatyczną, 1 próbka/1 cykl/15 dni roboczych Szt Głębokie sekwencjonowanie całego genomu + analiza bioinformatyczną, 1 próbka/1 cykl/ 20 dni roboczych Szt Przygotowanie bibliotek po immunoprecypitacji chromatyny, głębokie sekwencjonowanie DNA (chip-seq) z analizą bioinformatyczną, 1 próbka/1 cykl/20 dni roboczych Szt Pracownia dysponuje repozytorium 20 linii komórek nowotworowych: glejaków, czerniaków, raka płuc A549, HeLa, HL60 i udostępni bez kosztów. W przypadku specyficznych linii lub gryzoni niestandardowych ceny nie obejmują kosztu zakupu linii komórkowej ani gryzoni. 2 Istnieje możliwość zastosowania ryczałtu korzystania z aparatu qpcr: 200 PLN za 3 mies. 3 Dla >40 macierzy cena i czas realizacji do ustalenia 4 Przy większej liczbie próbek i multipleksowaniu cena i termin do ustalenia