Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków"

Transkrypt

1 Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych (CeNT-III)

2 Piśmiennictwo m.in.

3 Klasyfikacje leków według: Efektu farmakologicznego przeciwbólowe, antyalergiczne, antybiotyki Struktury chemicznej penicyliny, opiaty, benzodiazepiny, steroidy Docelowego układu w organizmie np. leki antyhistaminowe blokują wytwarzanie lub uwalnianie histaminy Miejsca akcji leku np. antycholinesterazy - hamują rozkład ACh przez acetylocholinesterazę (AChE) Stosowane w leczeniu choroby Alzheimera AChE YASARA Ach_drugs.sce

4 Miejsca działania leków komórka bakteryjna komórka zwierzęca Białka (glikoproteiny): enzymy i receptory komórkowe Kwasy nukleinowe (DNA i RNA np. rybosom) Lipidy: tworzenie tunelu w błonie (grzybobójcze) lub jako przenośnik jonów

5 Wiązanie leków do białek - enzymy Wiązanie do enzymów - substraty - inhibitory Działanie leków - inhibitory współzawodnicze (odwracalne) - Inhibitory niewspółzawodnicze - nieodwracalne - odwracalne (allosteryczne)

6 Wiązanie leków do białek - receptory Wiązanie do receptorów - agoniści - antagoniści - odwrotni agoniści Działanie leków - pobudzają receptor - agoniści / częściowi agoniści - blokują receptor - antagoniści - inwersyjni agoniści

7 Adaptacja liganda podczas wiązania konformacja bioaktywna YASARA Ach.sce

8 Konformacja bioaktywna liganda Molecular Conceptor

9 Adaptacja enzymu podczas wiązania reszty katalityczne

10 Duże zmiany konformacyjne Glucose hexokinase

11 Zmiany konformacyjne enzymów podczas wiązania ligandów Shikimate dehydrogenase from Helicobacter pylori Struktura bez kofaktora (PDB id:3phh) z kofaktorem (PDB id: 3PHI) Indukowane dopasowanie baza Protein Data Bank (PDB)

12 Bazy strukturalne danych Protein Data Bank (PDB) Format pliku PDB Bazy leków (DrugBank, PubChem)

13 Protein Data Bank (PDB)

14 Format pliku PDB na przykładzie pliku 1FXV.pdb HEADER HYDROLASE 27-SEP-00 1FXV TITLE PENICILLIN ACYLASE MUTANT IMPAIRED IN CATALYSIS WITH TITLE 2 PENICILLIN G IN THE ACTIVE SITE COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: PENICILLIN ACYLASE; COMPND 3 CHAIN: A; COMPND 4 FRAGMENT: ALPHA SUBUNIT; COMPND 5 EC: ; COMPND 6 ENGINEERED: YES; COMPND 7 MOL_ID: 2; COMPND 8 MOLECULE: PENICILLIN ACYLASE; COMPND 9 CHAIN: B; COMPND 10 FRAGMENT: BETA SUBUNIT; COMPND 11 EC: ; COMPND 12 ENGINEERED: YES; COMPND 13 MUTATION: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ESCHERICHIA COLI; SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 562; SOURCE 4 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562; SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID; SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PEC; SOURCE 8 MOL_ID: 2; FXV.pdb

15 Bazy leków (DrugBank)

16 Bazy leków (PubChem) pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

17 Siły molekularnego oddziaływania Wiązanie wodorowe Oddziaływania elektronów - (nie tylko benzen-benzen) Oddziaływania elektrostatyczne mieszane Przykład oddziaływań w leku Hydrofobowe = van der Waalsa + entropia H S

18 Siły tworzące strukturę III-rzędową białka wiązania kowalencyjne: S S (Cys... Cys) (siła wiązania 250 kj/mol) oddziaływania jonowe: CO H 3 N (Asp... Lys) (siła wiązania 20 kj/mol) wiązania wodorowe: O-H... O(H) (Ser... Ser) siła wiązania 7-30 kj/mol - stackingowe: Ph... Ph (Phe... Phe) siła wiązania 8-12 kj/mol oddziaływania van der Waalsa: C... C (każdy atom) siła wiązania 2 kj/mol wiązania wodorowe i oddziaływania van der Waalsa są bardzo powszechne (także do oddziaływań z otaczającą wodą) i one decydują o III-rzędowej strukturze białka + oddziaływanie ze środowiskiem woda/błona (efekty entropowe)

19 Efekty polaryzacji ładunku Oddziaływania pomiędzy molekułami niepolarnymi siły van der Waalsa Niestabilne ładunki cząstkowe Stabilne ładunki cząstkowe Oddziaływania stackingowe

20 Wiązania w łańcuchach bocznych Leu Leu Ser Gln Val Val Asp Lys

21 Miejsce aktywne enzymu kofaktor NAD+ jest potrzebny do zajścia reakcji YASARA dehydrogenase

22 Wykład 2

23 Aminokwasy Notacja jedno- i trójliterowa

24 Wiązanie peptydowe Dipeptyd Gly-Gly (GG) Wiązanie peptydowe jest płaskie i sztywne Tripeptyd Ala-Gly-Phe (AGF)

25 Met-enkefalina - jeden z endogennych środków przeciwbólowych Notacja jednoliterowa: YGGFM Morfina działa na ten sam receptor Podobieństwo? YASARA enkephalin_morph

26 Wiązania wodorowe w białkach budowa -helisy budowa -kartki YASARA 1crn.pdb

27 Struktura II- i III-rzędowa białek Pętle między helisami -helisa, i+4 -helisa = helisa (pełny obrót co 3.6 aminokwasu i 13 wiązań w pętli wiązania wodorowego) mioglobina 3 10 helisa, i+3 -helisa, i+5

28 Wykres Ramachandrana skręcona -kartka kolagen

29 Wykres Ramachandrana przykłady białek

30 Struktury nad-ii-rzędowe i foldy

31 Proces zwijania się białka Tylko z uwzględnieniem entropii Woda w głębi roztworu: Silne wiązania wodorowe, słabe efekty orientacyjne mobilność (duża entropia) Woda przy powierzchni hydrofobowej: Słabe wiązania wodorowe, silne efekty orientacyjne stabilność (mała entropia)

32 Proces zwijania się białka - energetyka Potencjał termodynamiczny: G = H - T S Minima kinetyczne i termodynamiczne podczas zwijania białka Paradoks Levinthala: Czas potrzebny na sprawdzenie wszystkich konformacji białka jest większy niż wiek wszechświata.

33 Proces zwijania się białka udział chaperonów Białko chaperonowe Hsp70

34 Proces zwijania się białka misfolding Schemat misfoldingu i powstawania agregatów Enzymy z węzłami: struktury prawidłowo zwinięte! PDB: 1YVE, 1XD3, 1UAJ. 1uaj.pdb

35 Proces zwijania się białka amyloidy Powstawanie amyloidów Amyloidy są termodynamicznie trwalsze niż natywne białko! Także są celami leków. Wczesne formy amyloidów - najbardziej szkodliwe?

36 Krystalografia dopasowywanie do map gęstości elektronowej

37 Dopasowywanie struktury do więzów z NMR Przypisywanie NOE Usuwanie szumów/ znajdowanie dodatkowych więzów Przypisywanie NOE Usuwanie szumów/ znajdowanie dodatkowych więzów

38 Analiza konformacyjna małych cząsteczek Zidentyfikowanie "uprzywilejowanych" konformacji cząsteczki (okolice minimum energetycznego). Niezbędne posiadanie oddzielnego algorytmu do generowania początkowych konformacji cząsteczki (do późniejszej minimalizacji). W przypadku bardzo wielu minimów znajduje się wszystkie "dostępne" minima (bariery kinetyczne lub termodynamiczne). Względne populacje cząsteczek dla każdego z minimów wyznacza się z rozkładu Boltzmanna (wagi statystyczne powinny uwzględniać nie tylko energie ale i wszystkie oscylacje i rotacje); efekt rozpuszczalnika (w postaci poprawki G solv )

39 1) Systematyczne przeszukiwanie należy znaleźć wszystkie wiązania obrotowe w cząsteczce długości wiązań i kąty pozostają niezmienione każde z wiązań jest kolejno obracane o stały kąt (np. 30 ) każda wygenerowana konformacja podlega minimalizacji do swojego lokalnego minimum liczba konformacji N 360 i 1 0 Struktury z bardzo wysokimi energiami można odrzucić bez minimalizacji; Można sprawdzać częściowo skonstruowane cząsteczki czy są poprawne (np. nakładanie się dwu łańcuchów bocznych) przed konstrukcją pozostałych części cząsteczki (usuwanie niektórych gałęzi z grafu).

40 Molekuły cykliczne Dla tych pseudo-acyklicznych cząsteczek sprawdza się dodatkowo czy pierścienie są prawidłowo zamknięte (długość wiązania, kąty płaskie i/lub torsyjne). Testy te (odrzucenie lub przyjęcie struktury) można wykonywać dopiero po zbudowaniu całego pierścienia. Dla maksymalnej wydajności kolejność obracanych wiązań ustala się od jednego końca cząsteczki do drugiego (najmniej poruszeń atomów). Równowaga pomiędzy wielkością kąta 0 a dostępnymi zasobami obliczeniowymi. Kryterium bump check 2 Å.

41 2) Budowanie z modułów Bardziej wydajne niż systematyczne przeszukiwanie bo istnieje dużo mniej możliwych kombinacji, szczególnie do molekuł cyklicznych. Program do automatycznej procedury budowania z modułów decyduje o podziale cząsteczki (substructure search algorithm). Fragmenty (templates) są już wcześniej sprawdzone i istnieje baza z ich możliwymi konformacjami (np. konformacje krzesełkowa, łódkowa i skręcona łódka dla cykloheksanu). Search tree jak w poprzedniej metodzie. Eliminacja całych gałęzi również możliwa. Bazę fragmentów generuje się na podstawie dostępnych struktur w bazie X-ray, bądź przez systematyczne przeszukiwanie

42 3) Algorytmy genetyczne [Goldberg, 1989] [Judson et al., 1993] Chromosomy otrzymane z kątów torsyjnych wiązań obrotowych:

43 Algorytmy genetyczne c.d. W pierwszym kroku tworzy się "populację" możliwych rozwiązań (odpowiada przypadkowo wygenerowanym konformacjom cząsteczki) oblicza się "przystosowanie" (fitness) (energia cząsteczki) każdego członka populacji nowa populacja jest generowana z osobników najlepiej przystosowanych (prawdopodobieństwo wyboru proporcjonalne do fitness) używając metod reprodukcji, krzyżowania (crossover) i mutacji. Miejsce krzyżowania jest wybierane przypadkowo: prawdopodobieństwa krzyżowania i mutacji są niewielkie najlepsza struktura jest kopiowana bez zmian do kolejnej populacji stosowane do szukania minimum globalnego (teoretycznie) lub dużej liczby prawie optymalnych rozwiązań

44 Modelowanie - elementy pola siłowego Drgania wiązań Drgania kątów płaskich Niewłaściwe kąty torsyjne, np. odchylenie od Energia potencjalna poszczególnych elementów pola siłowego: U bond bond k ( r r i angle U angle k i ( i 0 i) i i i 2 0 i) tors U płaszczyzny tors k [ 1 cos( n i i )] Zmiany kątów torsyjnych U Coulomb i i j i q q i j 4 0 r ij 2 Oddziaływania elektrostatyczne Oddziaływania van der Waalsa U vdw i j i ij 4 ij rij ij rij Potencjał Lennarda-Jonesa (lub potencjał 6-12) YASARA 12 6

45 Skala czasowa ruchów białek modelowanie pełnoatomowe Krok czasowy dynamiki molekularnej: 1 fs = s

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład II Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład IV Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Optymalizacja optymalizacji

Optymalizacja optymalizacji 7 maja 2008 Wstęp Optymalizacja lokalna Optymalizacja globalna Algorytmy genetyczne Badane czasteczki Wykorzystane oprogramowanie (Algorytm genetyczny) 2 Sieć neuronowa Pochodne met-enkefaliny Optymalizacja

Bardziej szczegółowo

Chemiczne składniki komórek

Chemiczne składniki komórek Chemiczne składniki komórek Pierwiastki chemiczne w komórkach: - makroelementy (pierwiastki biogenne) H, O, C, N, S, P Ca, Mg, K, Na, Cl >1% suchej masy - mikroelementy Fe, Cu, Mn, Mo, B, Zn, Co, J, F

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład VI Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Przegląd budowy i funkcji białek

Przegląd budowy i funkcji białek Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,

Bardziej szczegółowo

Struktura i funkcja białek (I mgr)

Struktura i funkcja białek (I mgr) Struktura i funkcja białek (I mgr) Dr Filip Jeleń fj@protein.pl http://www.protein.pl/ Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer Biochemia Carl Branden, John Tooze Introduction to Protein Structure

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowania leków

Komputerowe wspomaganie projektowania leków Komputerowe wspomaganie projektowania leków MECHANIKA MOLEKULARNA I KWANTOWA W MM korzysta się z równań wynikających z praw fizyki klasycznej i stosuje się je do jader atomów z pominięciem elektronów,

Bardziej szczegółowo

Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów

Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 12

Podstawy projektowania leków wykład 12 Podstawy projektowania leków wykład 12 Łukasz Berlicki Projektowanie wspomagane komputerowo Ligand-based design QSAR i 3D-QSAR Structure-based design projektowanie oparte na strukturze celu molekularnego

Bardziej szczegółowo

Dokowanie molekularne. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski

Dokowanie molekularne. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski molekularne Wstęp Dokowanie metoda modelowania molekularnego, pozwalająca na znalezienie położenia (i konformacji) liganda w miejscu wiążącym receptora. Informacja ta pozwala na ocenę energii swobodnej

Bardziej szczegółowo

Różne typy wiązań mają ta sama przyczynę: energia powstającej stabilnej cząsteczki jest mniejsza niż sumaryczna energia tworzących ją, oddalonych

Różne typy wiązań mają ta sama przyczynę: energia powstającej stabilnej cząsteczki jest mniejsza niż sumaryczna energia tworzących ją, oddalonych Wiązania atomowe Atomy wieloelektronowe, obsadzanie stanów elektronowych, układ poziomów energii. Przykładowe konfiguracje elektronów, gazy szlachetne, litowce, chlorowce, układ okresowy pierwiastków,

Bardziej szczegółowo

4.1 Hierarchiczna budowa białek

4.1 Hierarchiczna budowa białek Spis treści 4.1 ierarchiczna budowa białek... 51 4.1.1 Struktura pierwszorzędowa... 51 4.1.2 Struktura drugorzędowa... 53 4.1.3 Struktura trzeciorzędowa... 60 4.1.4 Rodzaje oddziaływań stabilizujących

Bardziej szczegółowo

Budowa aminokwasów i białek

Budowa aminokwasów i białek Biofizyka Ćwiczenia 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Budowa aminokwasów i białek E.Banachowicz 1 Ogólna budowa aminokwasów α w neutralnym p α N 2 COO N

Bardziej szczegółowo

QSAR i związki z innymi metodami. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski

QSAR i związki z innymi metodami. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski QSAR i związki z innymi metodami Wstęp QSAR Quantitative Structure-Activity Relationship. Jest to metoda polegająca na znalezieniu (i analizie) zależności pomiędzy strukturą chemiczną (geometria cząsteczki,

Bardziej szczegółowo

Atomy wieloelektronowe

Atomy wieloelektronowe Wiązania atomowe Atomy wieloelektronowe, obsadzanie stanów elektronowych, układ poziomów energii. Przykładowe konfiguracje elektronów, gazy szlachetne, litowce, chlorowce, układ okresowy pierwiastków,

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 3.I.2008

Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.

Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 11.01.11 1 Dopasowanie strukturalne (alignment) odległość: d ij = (x i -x J ) 2 + (y i -y J ) 2

Bardziej szczegółowo

Do zapisu danych w pliku PDB używa się znaków ASCII o graficznej reprezentacji czyli:

Do zapisu danych w pliku PDB używa się znaków ASCII o graficznej reprezentacji czyli: plik PDB Do zapisu danych w pliku PDB używa się znaków ASCII o graficznej reprezentacji czyli: abcdefghijklmnopqrstuvwxyzabcdefghijklmnopqrstuvwxyz 1234567890 ` - = [ ] \ ; ',. / ~! @ # $ % ^ & * ( ) _

Bardziej szczegółowo

Model wiązania kowalencyjnego cząsteczka H 2

Model wiązania kowalencyjnego cząsteczka H 2 Model wiązania kowalencyjnego cząsteczka H 2 + Współrzędne elektronu i protonów Orbitale wiążący i antywiążący otrzymane jako kombinacje orbitali atomowych Orbital wiążący duża gęstość ładunku między jądrami

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,

Bardziej szczegółowo

21. Wstęp do chemii a-aminokwasów

21. Wstęp do chemii a-aminokwasów 21. Wstęp do chemii a-aminokwasów Chemia rganiczna, dr hab. inż. Mariola Koszytkowska-Stawińska, WChem PW; 2016/2017 1 21.1. Budowa ogólna a-aminokwasów i klasyfikacja peptydów H 2 N H kwas 2-aminooctowy

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę

Bardziej szczegółowo

46 i 47. Wstęp do chemii -aminokwasów

46 i 47. Wstęp do chemii -aminokwasów 46 i 47. Wstęp do chemii -aminokwasów Chemia rganiczna, dr hab. inż. Mariola Koszytkowska-Stawińska, WChem PW; 2017/2018 1 21.1. Budowa ogólna -aminokwasów i klasyfikacja peptydów H 2 H H 2 R H R R 1 H

Bardziej szczegółowo

Dokowanie molekularne. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1

Dokowanie molekularne. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Dokowanie molekularne Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Zarys Oddziaływanie ligand-receptor Modelowanie struktury receptora Reprezentacja makromolekuł Opis energii oddziaływań ligand-receptor

Bardziej szczegółowo

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność

Bardziej szczegółowo

Modelowanie białek ab initio / de novo

Modelowanie białek ab initio / de novo Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych

Bardziej szczegółowo

protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.)

protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.) Białka 1 protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.) cząsteczki życia materiał budulcowy materii ożywionej oraz wirusów wielkocząsteczkowe biopolimery o masie od kilku tysięcy do kilku milionów jednostek

Bardziej szczegółowo

Elementy teorii powierzchni metali

Elementy teorii powierzchni metali prof. dr hab. Adam Kiejna Elementy teorii powierzchni metali Wykład 4 v.16 Wiązanie metaliczne Wiązanie metaliczne Zajmujemy się tylko metalami dlatego w zasadzie interesuje nas tylko wiązanie metaliczne.

Bardziej szczegółowo

Strategie projektowania leków

Strategie projektowania leków Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego znana 1D i 3D QSAR

Bardziej szczegółowo

- parametry geometryczne badanego związku: współrzędne i typy atomów, ich masy, ładunki, prędkości początkowe itp. (w NAMD plik.

- parametry geometryczne badanego związku: współrzędne i typy atomów, ich masy, ładunki, prędkości początkowe itp. (w NAMD plik. Avogadro Tworzenie i manipulacja modelami związków chemicznych. W symulacjach dynamiki molekularnej kluczowych elementem jest przygotowanie układu do symulacji tzn. stworzyć pliki wejściowe zawierające

Bardziej szczegółowo

Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State

Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State Maura Malińska Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski Promotorzy: prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, prof. dr hab. Andrzej Kutner Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the

Bardziej szczegółowo

Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych

Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Agnieszka Obarska-Kosińska Prof. dr hab. Bogdan Lesyng Promotorzy: Dr hab. Janusz Bujnicki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej,

Bardziej szczegółowo

Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Wydział

Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Wydział Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Kierunek i poziom studiów: Chemia II stopień Sylabus modułu: : Przedmiot C związany ze specjalnością (0310-CH-S2-003) Nazwa wariantu modułu (opcjonalnie): Chemoinformatyka

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 9

Bioinformatyka wykład 9 Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. z sylabusu... (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka.

Bioinformatyka. z sylabusu... (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka. Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2006 1 Co to jest Bioinformatyka? Zastosowanie technologii

Bardziej szczegółowo

Wykład z Chemii Ogólnej

Wykład z Chemii Ogólnej Wykład z Chemii Ogólnej Część 2 Budowa materii: od atomów do układów molekularnych 2.3. WIĄZANIA CHEMICZNE i ODDZIAŁYWANIA Katedra i Zakład Chemii Fizycznej Collegium Medicum w Bydgoszczy Uniwersytet Mikołaja

Bardziej szczegółowo

cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne

cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Prof. dr hab. Sławomir Filipek Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii 1 Strategie projektowania leków

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012

Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2013-01-21 1 Plan wykładu regiony nieuporządkowane sposoby przedstawienia struktur białkowych powierzchnia

Bardziej szczegółowo

Program MC. Obliczyć radialną funkcję korelacji. Zrobić jej wykres. Odczytać z wykresu wartość radialnej funkcji korelacji w punkcie r=

Program MC. Obliczyć radialną funkcję korelacji. Zrobić jej wykres. Odczytać z wykresu wartość radialnej funkcji korelacji w punkcie r= Program MC Napisać program symulujący twarde kule w zespole kanonicznym. Dla N > 100 twardych kul. Gęstość liczbowa 0.1 < N/V < 0.4. Zrobić obliczenia dla 2,3 różnych wartości gęstości. Obliczyć radialną

Bardziej szczegółowo

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II 10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona

Bardziej szczegółowo

Modelowanie białek ab initio / de novo

Modelowanie białek ab initio / de novo Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych

Bardziej szczegółowo

Chemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, Spis treści

Chemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, Spis treści Chemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, 2010 Spis treści Przedmowa IX 1. WYBRANE ZAGADNIENIA CHEMII NIEORGANICZNEJ 1 1.1. Wprowadzenie 1 1.2. Niezbędne pierwiastki

Bardziej szczegółowo

Struktura biomakromolekuł chemia biologiczna III rok

Struktura biomakromolekuł chemia biologiczna III rok truktura biomakromolekuł chemia biologiczna III rok jak są zbudowane białka? dlaczego białka są tak zbudowane? co z tego wynika? 508 13 604 liczba struktur dostępnych w Protein Data Bank wynosi aktualnie

Bardziej szczegółowo

UNIWERSYTET O P O L S K I

UNIWERSYTET O P O L S K I UIWERSYTET P L S K I Właściwości konformacyjne -metyloamidu kwasu (3-acetamido-1-pirazolo-5-karboksylowego) Monika Porada Anna Kusakiewicz-Dawid Dawid Siodłak Zakopane, 216 Związki zawierające pierścień

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 4 Jak działają geny?

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 10

Bioinformatyka wykład 10 Bioinformatyka wykład 10 21.XII.2010 białkowa bioinformatyka strukturalna, c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2011-01-17 1 Regiony nieuporządkowane disordered regions trudna definicja trudne do przewidzenia

Bardziej szczegółowo

Wyznaczanie struktury długich łańcuchów RNA za pomocą Jądrowego Rezonansu Magnetycznego. Marta Szachniuk Politechnika Poznańska

Wyznaczanie struktury długich łańcuchów RNA za pomocą Jądrowego Rezonansu Magnetycznego. Marta Szachniuk Politechnika Poznańska Wyznaczanie struktury długich łańcuchów RNA za pomocą Jądrowego Rezonansu Magnetycznego Marta Szachniuk Politechnika Poznańska Plan prezentacji 1. Wprowadzenie do problematyki badań: cel i zasadność projektu.

Bardziej szczegółowo

Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl

Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Wszelkie treści i zasoby edukacyjne publikowane na łamach Portalu www.szkolnictwo.pl mogą byd wykorzystywane przez jego Użytkowników

Bardziej szczegółowo

Lek od pomysłu do wdrożenia

Lek od pomysłu do wdrożenia Lek od pomysłu do wdrożenia Lek od pomysłu do wdrożenia KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU

Bardziej szczegółowo

Algorytm genetyczny (genetic algorithm)-

Algorytm genetyczny (genetic algorithm)- Optymalizacja W praktyce inżynierskiej często zachodzi potrzeba znalezienia parametrów, dla których system/urządzenie będzie działać w sposób optymalny. Klasyczne podejście do optymalizacji: sformułowanie

Bardziej szczegółowo

ALGORYTMY GENETYCZNE ćwiczenia

ALGORYTMY GENETYCZNE ćwiczenia ćwiczenia Wykorzystaj algorytmy genetyczne do wyznaczenia minimum globalnego funkcji testowej: 1. Wylosuj dwuwymiarową tablicę 100x2 liczb 8-bitowych z zakresu [-100; +100] reprezentujących inicjalną populację

Bardziej szczegółowo

Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków

Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków Jan Mazerski Katedra Technologii Leków i Biochemii Wydział Chemiczny Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków XV. QSAR 3D QSAR w przestrzeni Rozwój metod ustalania struktury 3D dla białek i ich kompleksów.

Bardziej szczegółowo

CORAZ BLIŻEJ ISTOTY ŻYCIA WERSJA A. imię i nazwisko :. klasa :.. ilość punktów :.

CORAZ BLIŻEJ ISTOTY ŻYCIA WERSJA A. imię i nazwisko :. klasa :.. ilość punktów :. CORAZ BLIŻEJ ISTOTY ŻYCIA WERSJA A imię i nazwisko :. klasa :.. ilość punktów :. Zadanie 1 Przeanalizuj schemat i wykonaj polecenia. a. Wymień cztery struktury występujące zarówno w komórce roślinnej,

Bardziej szczegółowo

Chemiczne składniki komórek

Chemiczne składniki komórek Chemiczne składniki komórek Komórki wykorzystują prawa fizyki i chemii, aby przeżyć Zbudowane z takich samych pierwiastków i związków jak materia nieożywiona Chemia komórki dominują: H 2 O związki organiczne

Bardziej szczegółowo

Modelowanie molekularne

Modelowanie molekularne Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 8

Bioinformatyka wykład 8 Bioinformatyka wykład 8 2.XII.2008 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2009-01-08 1 Lecture outline, Dec. 6th protein structures why? protein structures geometry and physics

Bardziej szczegółowo

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

Bardziej szczegółowo

RECEPTORY GPCR STRUKTURY, DZIAŁANIE, LEKI. Sławomir Filipek

RECEPTORY GPCR STRUKTURY, DZIAŁANIE, LEKI. Sławomir Filipek RECEPTORY GPCR STRUKTURY, DZIAŁANIE, LEKI Sławomir Filipek Pracownia Biomodelowania www.biomodellab.eu Wydział Chemii, Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych, Uniwersytet Warszawski Receptory GPCR (G-protein-coupled

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. z sylabusu...

Bioinformatyka. z sylabusu... Bioinformatyka Wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2008 1 Co to jest Bioinformatyka? Zastosowanie technologii informacji do

Bardziej szczegółowo

Badanie oddziaływań związków biologicznie aktywnych z modelowymi membranami lipidowymi

Badanie oddziaływań związków biologicznie aktywnych z modelowymi membranami lipidowymi UNIWERSYTET JAGIELLOŃSKI W KRAKOWIE WYDZIAŁ CHEMII STRESZCZENIE ROZPRAWY DOKTORSKIEJ Badanie oddziaływań związków biologicznie aktywnych z modelowymi membranami lipidowymi Marcelina Gorczyca Promotorzy:

Bardziej szczegółowo

Modelowanie molekularne w projektowaniu leków

Modelowanie molekularne w projektowaniu leków Modelowanie molekularne w projektowaniu leków Wykład I Wstęp (o czym będę a o czym nie będę mówić) Opis układu Solwent (woda z rozpuszczonymi jonami i innymi substancjami) Ligand (potencjalny lek) Makromolekuła

Bardziej szczegółowo

Żwirki i Wigury 93, Warszawa TEL.: , FAX: , E- MAIL: Dr hab. Joanna T

Żwirki i Wigury 93, Warszawa TEL.: , FAX: , E- MAIL:   Dr hab. Joanna T Żwirki i Wigury 93, 02-089 Warszawa TEL.: + 48 22 55 40 800, FAX: +48 22 55 40 801, E- MAIL: sekretariat@uw.edu.pl www.cent.uw.edu.pl Dr hab. Joanna Trylska, prof. UW tel. (22) 5540843 e- mail: joanna@cent.uw.edu.pl

Bardziej szczegółowo

Algorytmy genetyczne. Paweł Cieśla. 8 stycznia 2009

Algorytmy genetyczne. Paweł Cieśla. 8 stycznia 2009 Algorytmy genetyczne Paweł Cieśla 8 stycznia 2009 Genetyka - nauka o dziedziczeniu cech pomiędzy pokoleniami. Geny są czynnikami, które decydują o wyglądzie, zachowaniu, rozmnażaniu każdego żywego organizmu.

Bardziej szczegółowo

Krystalografia. Analiza wyników rentgenowskiej analizy strukturalnej i sposób ich prezentacji

Krystalografia. Analiza wyników rentgenowskiej analizy strukturalnej i sposób ich prezentacji Krystalografia Analiza wyników rentgenowskiej analizy strukturalnej i sposób ich prezentacji Opis geometrii Symetria: kryształu: grupa przestrzenna cząsteczki: grupa punktowa Parametry geometryczne współrzędne

Bardziej szczegółowo

S. Baran - Podstawy fizyki materii skondensowanej Wiązania chemiczne w ciałach stałych. Wiązania chemiczne w ciałach stałych

S. Baran - Podstawy fizyki materii skondensowanej Wiązania chemiczne w ciałach stałych. Wiązania chemiczne w ciałach stałych Wiązania chemiczne w ciałach stałych Wiązania chemiczne w ciałach stałych typ kowalencyjne jonowe metaliczne Van der Waalsa wodorowe siła* silne silne silne pochodzenie uwspólnienie e- (pary e-) przez

Bardziej szczegółowo

Chemia I Semestr I (1 )

Chemia I Semestr I (1 ) 1/ 6 Inżyniera Materiałowa Chemia I Semestr I (1 ) Osoba odpowiedzialna za przedmiot: dr inż. Maciej Walewski. 2/ 6 Wykład Program 1. Atomy i cząsteczki: Materia, masa, energia. Cząstki elementarne. Atom,

Bardziej szczegółowo

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury

Bardziej szczegółowo

Przewidywanie struktur białek

Przewidywanie struktur białek Łukasz Ołdziejewski Wydział Chemii UW Przewidywanie struktur białek czyli droga do projektowania indywidualnych leków Sprawozdanie studenckie 2007/2008 1 Indywidualność jednostki KaŜdy człowiek jest indywidualnym

Bardziej szczegółowo

Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD

Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Analityki Medycznej Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD Aleksandra Kotynia PRACA DOKTORSKA

Bardziej szczegółowo

Definicja immobilizacji

Definicja immobilizacji Definicja immobilizacji Immobilizacja technika unieruchamiania biokatalizatorów / enzymów na nośnikach, stosowana powszechnie w badaniach naukowych i przemyśle (chemicznym, spożywczym) Problemy związane

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne)

Scenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne) Joanna Wieczorek Scenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne) Strona 1 Temat: Budowa i funkcje kwasów nukleinowych Cel ogólny lekcji: Poznanie budowy i funkcji: DNA i RNA Cele szczegółowe:

Bardziej szczegółowo

Wiązania kowalencyjne

Wiązania kowalencyjne Wiązania kowalencyjne (pierw. o dużej E + pierw. o dużej E), E < 1,8 TERIE WIĄZANIA KWALENCYJNEG Teoria hybrydyzacji orbitali atomowych Teoria orbitali molekularnych Teoria pola ligandów YBRYDYZACJA RBITALI

Bardziej szczegółowo

A. B. Co warto wiedzieć o aminokwasach?

A. B. Co warto wiedzieć o aminokwasach? A. B. Co warto wiedzieć o aminokwasach? a) 1. Cele lekcji a. a) Wiadomości Uczeń zna pojęcia: asymetryczny atom węgla, L-aminokwas, peptyd, reakcja kondensacji, aminokwas białkowy, aminokwas egzogenny

Bardziej szczegółowo

Modelowanie molekularne

Modelowanie molekularne Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii

Bardziej szczegółowo

cz. III leki przeciwzapalne

cz. III leki przeciwzapalne Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. III leki przeciwzapalne Prof. dr hab. Sławomir Filipek Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Uniwersytet Warszawski 1 Leki przeciwzapalne

Bardziej szczegółowo

Wykład 3. Makrocząsteczki w roztworze i w stanie skondensowanym.

Wykład 3. Makrocząsteczki w roztworze i w stanie skondensowanym. Wykład 3 Makrocząsteczki w roztworze i w stanie skondensowanym. Roztwory polimerów Zakresy stężeń: a) odległości pomiędzy środkami masy kłębków większe niż średnice kłębków b) odległości

Bardziej szczegółowo

Właściwości materii. Bogdan Walkowiak. Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka. 18 listopada 2014 Biophysics 1

Właściwości materii. Bogdan Walkowiak. Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka. 18 listopada 2014 Biophysics 1 Wykład 8 Właściwości materii Bogdan Walkowiak Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka 18 listopada 2014 Biophysics 1 Właściwości elektryczne Właściwości elektryczne zależą

Bardziej szczegółowo

Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples

Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples from Hsp70 molecular chaperones, αa-crystallin, and sericin Badanie metodą dynamiki molekularnej zależności

Bardziej szczegółowo

Zagadnienia omawiane na wykładzie:

Zagadnienia omawiane na wykładzie: Zagadnienia omawiane na wykładzie: 1. Podsumowanie metody modelowania molekularnego 2. Analiza wyników symulacji dynamiki molekularneji weryfikacja modelu 3. Optymalizacja struktury na przykładziebiałka

Bardziej szczegółowo

Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin

Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin 1. Zapisz konfigurację elektronową dla atomu helu (dwa elektrony) i wyjaśnij, dlaczego cząsteczka wodoru jest stabilna, a cząsteczka

Bardziej szczegółowo

Modelowanie rozpoznawania w układzie lek-receptor

Modelowanie rozpoznawania w układzie lek-receptor Modelowanie rozpoznawania w układzie lek-receptor rok model autor 1890 1958 2003 klucza i zamka (lock-and-key) komplementarność indukowanego dopasowania (induced fit) tolerancja zespołu konformacji (ensemble

Bardziej szczegółowo

Metody dokowania ligandów

Metody dokowania ligandów Metody dokowania ligandów Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego

Bardziej szczegółowo

Orbitale typu σ i typu π

Orbitale typu σ i typu π Orbitale typu σ i typu π Dwa odpowiadające sobie orbitale sąsiednich atomów tworzą kombinacje: wiążącą i antywiążącą. W rezultacie mogą powstać orbitale o rozkładzie przestrzennym dwojakiego typu: σ -

Bardziej szczegółowo

Wiązania chemiczne. Związek klasyfikacji ciał krystalicznych z charakterem wiązań atomowych. 5 typów wiązań

Wiązania chemiczne. Związek klasyfikacji ciał krystalicznych z charakterem wiązań atomowych. 5 typów wiązań Wiązania chemiczne Związek klasyfikacji ciał krystalicznych z charakterem wiązań atomowych 5 typów wiązań wodorowe A - H - A, jonowe ( np. KCl ) molekularne (pomiędzy atomami gazów szlachetnych i małymi

Bardziej szczegółowo

Metody analizy fizykochemicznej związków kompleksowych"

Metody analizy fizykochemicznej związków kompleksowych Metody analizy fizykochemicznej związków kompleksowych" Aleksandra Dąbrowska (4 h) Wykład 1: Spektroskopia IR i UV-Vis w analizie chemicznej związków chemicznych Wprowadzenie metoda analityczna; sygnał

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 4: Modelowanie reakcji chemicznych. Stan przejściowy.

Ćwiczenie 4: Modelowanie reakcji chemicznych. Stan przejściowy. Ćwiczenie 4: Modelowanie reakcji chemicznych. Stan przejściowy. Celem ćwiczenia jest wymodelowanie przebiegu reakcji chemicznej podstawienia nukleofilowego zachodzącego zgodnie z mechanizmem SN2. Wprowadzenie:

Bardziej szczegółowo

Biomolekuły (3) Bogdan Walkowiak. Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka. piątek, 7 listopada 2014 Biofizyka

Biomolekuły (3) Bogdan Walkowiak. Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka. piątek, 7 listopada 2014 Biofizyka Wykład 3 Biomolekuły (3) Bogdan Walkowiak Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka 1 Monomery i Polimery (1) Biomolekuły dzielimy na 4 klasy: białka kwasy nukleinowe wielocukry

Bardziej szczegółowo

Aminokwasy, peptydy i białka. Związki wielofunkcyjne

Aminokwasy, peptydy i białka. Związki wielofunkcyjne Aminokwasy, peptydy i białka Związki wielofunkcyjne Aminokwasy, peptydy i białka Aminokwasy, peptydy i białka: - wiadomości ogólne Aminokwasy: - ogólna charakterystyka - budowa i nazewnictwo - właściwości

Bardziej szczegółowo

2. Produkty żywnościowe zawierające białka Mięso, nabiał (mleko, twarogi, sery), jaja, fasola, bób (rośliny strączkowe)

2. Produkty żywnościowe zawierające białka Mięso, nabiał (mleko, twarogi, sery), jaja, fasola, bób (rośliny strączkowe) BIAŁKA 1. Funkcja białek w organizmie Budulcowa mięśnie (miozyna), krew (hemoglobina, fibrynogen), włosy (keratyna), skóra, chrząstki, ścięgna (kolagen), białka współtworzą wszystkie organelle komórkowe

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK.

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK. SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK. SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

Modelowanie białek ab initio / de novo

Modelowanie białek ab initio / de novo Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych

Bardziej szczegółowo

Elementy bioinformatyki. Aminokwasy, białka, receptory. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1

Elementy bioinformatyki. Aminokwasy, białka, receptory. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Elementy bioinformatyki. Aminokwasy, białka, receptory Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Tematy istoria odkrywania białek Budowa białek Budowa aminokwasów Właściwości aminokwasów

Bardziej szczegółowo

Temat Ocena dopuszczająca Ocena dostateczna Ocena dobra Ocena bardzo dobra Ocena celująca. Uczeń:

Temat Ocena dopuszczająca Ocena dostateczna Ocena dobra Ocena bardzo dobra Ocena celująca. Uczeń: Chemia - klasa I (część 2) Wymagania edukacyjne Temat Ocena dopuszczająca Ocena dostateczna Ocena dobra Ocena bardzo dobra Ocena celująca Dział 1. Chemia nieorganiczna Lekcja organizacyjna. Zapoznanie

Bardziej szczegółowo

Cz. I Materiał powtórzeniowy do sprawdzianu dla klas II LO - Wiązania chemiczne + przykładowe zadania i proponowane rozwiązania

Cz. I Materiał powtórzeniowy do sprawdzianu dla klas II LO - Wiązania chemiczne + przykładowe zadania i proponowane rozwiązania Cz. I Materiał powtórzeniowy do sprawdzianu dla klas II LO - Wiązania chemiczne + przykładowe zadania i proponowane rozwiązania I. Elektroujemność pierwiastków i elektronowa teoria wiązań Lewisa-Kossela

Bardziej szczegółowo

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność PROJEKTOWANIE MOLEKULARNE I BIOINFORMATYKA W trakcie egzaminu licencjackiego student udziela ustnych

Bardziej szczegółowo

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA W trakcie egzaminu licencjackiego student udziela ustnych odpowiedzi na pytania

Bardziej szczegółowo