EDA projekt Database of B-agent wykorzystanie w epidemiologii

Transkrypt

1 EDA projekt Database of B-agent wykorzystanie w epidemiologii

2 Cele I fazy projektu: Stworzenie sieci nowoczesnych laboratoriów biologicznych Stworzenie wspólnej bazy danych poszczególnych szczepów bakterii Poprawa przygotowania państw EU do diagnostyki zagrożeń biologicznych Wymiana protokołów badawczych oraz doświadczeń Wymiana kolekcji szczepów pomiędzy poszczególnymi państwami uczestniczącymi w projekcie. Wspólne projekty naukowe i publikacje.

3 Realizacja celi I fazy projektu: Stworzenie sieci nowoczesnych laboratoriów biologicznych Stworzono sieć laboratoriów

4 Realizacja celi I fazy projektu: Stworzenie wspólnej bazy danych poszczególnych szczepów bakterii Na bazie Wojskowego Instytutu Higieny i Epidemiologii utworzono bazę danych czynników biologicznych Baza zawiera około 3000 charakterystyk identyfikacyjnych patogenów Charakterystyki identyfikacyjne zarówno molekularne, jak również biochemiczne oraz inne (leko wrażliwość/oporność)

5 Realizacja celi I fazy projektu: Poprawa przygotowania państw EU do diagnostyki zagrożeń biologicznych W wyniku realizacji projektu Wojskowy Instytut Higieny i Epidemiologii poszerzył zdolność identyfikacyjną czynników biologicznych

6 Poszerzenie zdolności identyfikacyjną czynników biologicznych o patogeny wywołujące następujące choroby: Gorączka Q Bruceloza Nosacizna Melioidoza Rodencjoza Analiza SNP oraz MLVA szczepów tularemii będących w kolekcji WIHiE źródło baza danych EDA Legionelloza

7 Realizacja celi I fazy projektu: Wspólne projekty naukowe i publikacje. Wspólna publikacja naukowa będąca rezultatem I fazy realizacji projektu:

8 Dochodzenie epidemiologiczne Postępowanie prowadzone w celu wykrycia: Czynnika etiologicznego, Sposobu dostarczenia, Dróg szerzenia, Mechanizmów szerzenia się choroby, Utrzymywania się szczepów epidemicznych czy endemicznych w środowisku, Wrażliwości na środki lecznicze, Wrażliwości na środki dekontaminacyjne. Źródło: Phenotypic and genetic analyses of 111 clinical and environmental O1, O139, and non O1/O139 Vibrio cholerae strains from different geographical areas. R. E. SELLEK, M. NIEMCEWICZ, J. S. OLSEN, O. BASSY, P. LORENZO, L. MARTÍ, A. ROSZKOWIAK, J. KOCIK 2 AND J. C. CABRIA

9 Czynnik etiologiczny Pełna identyfikacja czynnika biologicznego Techniki biologii molekularnej: 16s 23s MLVA MLST SNP Sekwencjonowanie genomu Źródło: Baza danych czynników biologicznych EDA

10 Czynnik etiologiczny Pełna identyfikacja czynnika biologicznego Cel: Potwierdzenie obecności czynnika biologicznego Wykluczenie ewentualnego szczepu endemicznego Identyfikacja taksonomiczna patogenu Źródło: Baza danych czynników biologicznych EDA

11 Czynnik etiologiczny Pełna identyfikacja czynnika biologicznego Cel cd: Wskazanie różnic genetycznych ze szczepem referencyjnym mogące mieć wpływ na: B.melitensis T Patogenność, Zaraźliwość, Oporność na środowisko i środki terapeutyczne, Itd.. Źródło: Baza danych czynników biologicznych EDA B. ceti T (5) B. suis T B. microti B. pinipedialis T (3) (2) B. neotomae T (1) (4) B. ovis T GTs bibliographic data GTs VRC1 (1) No of changes 1 strain 2 strains 4 strains Brucella MLVA panel 1

12 Dochodzenie kryminalne Postępowanie prowadzone w celu wykrycia: Źródła pochodzenia czynnika etiologicznego, Pomoc w ustaleniu sprawcy (ów), Przeprowadzenie dochodzenia epidemiologicznego. B. melitensis B. abortus B. ovis 1 1 B. suis Bruc013 Bruc007 Bruc006 Bruc B. ceti Bruc015 6 B. pinnipedialis B. canis Bruc West Mediterranean East Mediterranean Bruc004 Bruc003 Bruc005 Bruc American Bruc008 GTs MLVA8 (panel 1) VRC1 Brucella (colorless) Bibliographic data* (colored) *brucella published data V2 (2010). Bruc011 Bruc002 Bruc001 B. neotomae Bruc B. microti Źródło: Baza danych czynników biologicznych EDA

13 Dochodzenie kryminalne Bazy danych do wykorzystania: Dostępne online: MVLA Itd.. Specjalistyczne: Database of biological agents Europejska Agencja Obrony Inne zarówno cywilne, jak i wojskowe

14 Dochodzenie kryminalne MLVA Yersinia pseudotuberculosis Źródło: Baza danych czynników biologicznych EDA

15 Dziękuje za uwagę