Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 1 z 20 dr Maciej Szkulmowski

Transkrypt

1 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 1 z 20 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o osiągnięciach dydaktycznych, współpracy naukowej i popularyzacji nauki Załącznik nr 3 do wniosku dra Macieja Szkulmowskiego z dnia 21 maja 2014 o przeprowadzenie postępowania habilitacyjnego w dziedzinie nauk fizycznych w dyscyplinie fizyka. I. Wykaz publikacji stanowiących osiągnięcie naukowe, o którym mowa w art. 16 ust. 2 ustawy. A) Tytuł osiągnięcia naukowego: Spektralno-czasowa tomografia optyczna OCT (STdOCT). B) Publikacje wchodzące w skład osiągnięcia naukowego: IB.1. IB.2. M. Szkulmowski, A. Szkulmowska, T. Bajraszewski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Flow velocity estimation using joint Spectral and Time domain Optical Coherence Tomography, Optics Express 16 (2008) Impact factor: 3.880, liczba cytowań: 88. Szacunkowy udział 60%: opracowanie metody obrazowania za pomocą spektralnoczasowej tomografii optycznej OCT (STdOCT), zaprojektowanie eksperymentów, opracowanie wyników pomiarów oraz przygotowanie A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, D. Szlag, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Threedimensional quantitative imaging of retinal and choroidal blood flow velocity using joint Spectral and Time domain Optical Coherence Tomography, Optics Express 17(13) (2009) Impact factor: 3.278, liczba cytowań: 50. Szacunkowy udział 40%: przystosowanie metody STdOCT do wykorzystania w pomiarach przepływu krwi w oku ludzkim in-vivo, pomoc przy eksperymentach, opracowanie wyników pomiarów oraz współudział w przygotowaniu finalnej wersji

2 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 2 z 20 IB.3. M. Szkulmowski, I. Grulkowski, D. Szlag, A. Szkulmowska, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Flow velocity estimation by complex ambiguity free joint Spectral and Time domain Optical Coherence Tomography, Optics Express 17(16) (2009) Impact factor: 3.278, liczba cytowań: 18. Szacunkowy udział 65%: opracowanie wersji metody STdOCT pozwalającej na obrazowanie przepływów krwi w oku ludzkim in-vivo jednocześnie z podwojeniem zakresu obrazowania, zaprojektowanie eksperymentów, opracowanie danych pomiarowych oraz przygotowanie IB.4. M. Szkulmowski, I. Gorczynska, D. Szlag, M. Sylwestrzak, A. Kowalczyk, and M. Wojtkowski, Efficient reduction of speckle noise in Optical Coherence Tomography, Optics Express 20(2) (2012) Impact factor: 3.587, liczba cytowań: 18. Szacunkowy udział 70%: opracowanie metody redukcji szumu plamkowego oraz jej opisanie teoretycznego i połączenie z metodą STdOCT w celu jednoczesnego obrazowania przepływów krwi w oku ludzkim in-vivo, zaprojektowanie i przeprowadzenie eksperymentów, opracowanie danych pomiarowych oraz przygotowanie IB.5. B. F. Kennedy, M. Wojtkowski, M. Szkulmowski, K. M. Kennedy, K. Karnowski, and D. D. Sampson, Improved measurement of vibration amplitude in dynamic optical coherence elastography, Biomedical Optics Express 3(12) (2012) Impact factor: 2.333, liczba cytowań: 6. Szacunkowy udział 35%: pomoc merytoryczna przy opracowaniu wersji metody STdOCT do pomiarów wibracji w badaniach próbek materiałowych i biologicznych, pomoc przy jej opisaniu teoretycznym oraz pomoc przy przygotowaniu finalnej wersji IB.6. IB.7. M. Szkulmowski and M. Wojtkowski, Averaging techniques for OCT imaging, Optics Express 21(8) (2013) Impact factor: 3.587, liczba cytowań: 3. Szacunkowy udział 95%: prace teoretyczne i eksperymentalne przy porównaniu metody STdOCT z innymi technikami obrazowania OCT, przygotowanie i przeprowadzenie eksperymentów, opracowanie danych pomiarowych oraz przygotowanie A. Bouwens, D. Szlag, M. Szkulmowski, T. Bolmont, M. Wojtkowski, and T. Lasser, Quantitative lateral and axial flow imaging with optical coherence microscopy, Optics Express 21(15) (2013) Impact factor: 3.587, liczba cytowań: 1. Szacunkowy udział 20%: opracowanie części algorytmów do generacji tomogramów, wykonanie części eksperymentów oraz współtworzenie

3 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 3 z 20 II. Wykaz innych (nie wchodzących w skład osiągnięcia wymienionego w pkt I) opublikowanych prac naukowych oraz wskaźniki dokonań naukowych. A) Publikacje naukowe w czasopismach znajdujących się w bazie Journal Citation Reports IIA.1. P. Targowski, M. Wojtkowski, A. Kowalczyk, T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, Complex spectral OCT in human eye imaging in vivo, Optics Communications 229 (2004) Szacunkowy udział 10%: współtworzenie IIA.2. M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, T. Bajraszewski, I. Gorczyńska, P. Targowski, W. Wasilewski, A. Kowalczyk, C. Radzewicz Quality improvement for high resolution in vivo images by Spectral domain Optical Coherence Tomography with supercontinuum source Optics Communications, 246 (2005) Szacunkowy udział 70%: opracowanie głównej idei pracy, stworzenie oprogramowania i zaimplementowanie algorytmów do analizy danych oraz przygotowanie IIA.3. P. Targowski, I. Gorczyńska, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, A. Kowalczyk, Improved Complex Spectral domain OCT for in vivo eye imaging, Optics Communications, 249 (2005) Szacunkowy udział 25%: opracowanie i zaimplementowani części algorytmów do analizy danych oraz współtworzenie IIA.4. A. Szkulmowska, M. Wojtkowski, I. Gorczynska, T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, P. Targowski, A. Kowalczyk, J.J. Kaluzny, Coherent noise free ophthalmic imaging by Spectral Optical Coherence Tomography, J. Phys. D: Appl.Phys 38, (2005) Szacunkowy udział 15%: współtworzenie IIA.5. M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, A. Szkulmowska, P. Targowski, A. Kowalczyk, Efficient residual error reduction in Complex Spectral Optical Coherence Tomography with arbitrary or unknown phase, Optica Applicata 36 (2006) Szacunkowy udział 70%: opracowanie głównej idei pracy, stworzenie oprogramowania do analizy danych oraz przygotowanie IIA.6. B. J. Kaluzny, A. Szkulmowska, J. J. Kaluzny, T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, In vivo imaging of posterior capsule opacification and the results of laser capsulotomy using the novel technique of spectral optical coherence tomography, Journal of Cataract & Refractive Surgery 32 (2006) Szacunkowy udział 25%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi

4 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 4 z 20 IIA.7. B. J. Kaluzny, J. J. Kaluzny, A. Szkulmowska, I. Gorczynska, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, P. Targowski and A. Kowalczyk, "Spectral optical coherence tomography: a new imaging technique in contact lens practice," Ophthalmic Physiol Opt 26 (2006) Szacunkowy udział 25%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIA.8. B. J. Kałużny, J. J. Kałużny, A. Szkulmowska, I. Gorczyńska, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, M. Wojtkowski, P. Targowski, Spectral optical coherence tomography: a novel technique for cornea imaging, Cornea 25 (2006) Szacunkowy udział 25%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIA.9. P. Targowski, T. Bajraszewski, I. Gorczyńska, M. Góra, A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, J.J. Kaluzny, B.J. Kaluzny, A. Kowalczyk Spectral Optical Coherence Tomography for Nondestructive Examinations, Optica Applicata, 36 (2006) Szacunkowy udział 15%: opracowanie i zaimplementowanie algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie IIA.10. M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, B. Sikorski, T. Bajraszewski, V. J. Srinivasan, A. Szkulmowska, J. J. Kałużny, J. G. Fujimoto, A. Kowalczyk Analysis of posterior retinal layers in soct images of the normal retina and retinal pathologies, Journal of Biomedical Optics 12 (2007) Szacunkowy udział 70%: opracowanie opisanej metody segmentacji obrazów tomograficznych, stworzenie oprogramowania do analizy danych, zaimplementowanie algorytmów do generacji tomogramów oraz przygotowanie IIA.11. J. J. Kaluzny, A. Szkulmowska, T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, B. J. Kaluzny, I. Gorczynska, P. Targowski, and M. Wojtkowski, "Retinal imaging by spectral optical coherence tomography," European journal of ophthalmology 17 (2007) Szacunkowy udział 15%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIA.12. T. Bajraszewski, M. Wojtkowski, M. Szkulmowski, A. Szkulmowska, R. Huber, A. Kowalczyk, Improved spectral optical coherence tomography using optical frequency comb, Optics Express, 16 (2008) Szacunkowy udział 25%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi

5 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 5 z 20 IIA.13. A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, A. Kowalczyk, Phase-resolved Doppler Optical Coherence Tomography - limitations and improvements, Optics Letters 33 (2008) Szacunkowy udział 40%: stworzenie modelu teoretycznego przedstawianych wyników oraz oprogramowania do analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów oraz współtworzenie IIA.14. B. L. Sikorski, M. Wojtkowski, J. J. Kaluzny, M. Szkulmowski, A. Kowalczyk, "Correlation of Spectral Optical Coherence Tomography with Fluorescein and Indocyanine Green Angiography in Multiple Evanescent White Dot Syndrome", British Journal of Ophthalmology 92 (2008) Szacunkowy udział 25%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji i segmentacji tomogramów oraz współtworzenie IIA.15. B. J. Kałużny, A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, A. Wawrocka, M. R. Krawczynski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Granular Corneal Dystrophy in 830-nm Spectral Optical Coherence Tomography, Cornea 27 (7), (2008). Szacunkowy udział 25%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIA.16. J. J. Kałużny, M. Wojtkowski, B. L. Sikorski, M. Szkulmowski, A. Szkulmowska, T. Bajraszewski, J. G. Fujimoto, J. S. Duker, J. S. Schuman, A. Kowalczyk, Analysis of outer retina reconstructed by high resolution, three-dimensional Spectral Domain Optical Coherence Tomography, Ophthalmic Surg Lasers Imaging 40 (2) (2009) Szacunkowy udział 20%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji i segmentacji tomogramów oraz współtworzenie IIA.17. B. J. Kałużny, A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Fuchs Endothelial Dystrophy in 830-nm Spectral Domain Optical Coherence Tomography, Ophthalmic Surg Lasers Imaging 40 (2) (2009) Szacunkowy udział 25%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIA.18. M. Wojtkowski, B. L. Sikorski, I. Gorczynska, M. Gora, M. Szkulmowski, D. Bukowska, J. Kałuzny, J. G. Fujimoto, A. Kowalczyk Comparison of reflectivity maps and outer retinal topography in retinal disease by 3-D Fourier domain optical coherence tomography, Optics Express, 17(5) (2009) Szacunkowy udział 20%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji i segmentacji tomogramów oraz współtworzenie

6 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 6 z 20 IIA.19. I. Grulkowski, M. Gora, M. Szkulmowski, I. Gorczynska, D. Szlag, S. Marcos, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski Anterior segment imaging with Spectral OCT system using a high-speed CMOS camera Optics Express, 17(6) (2009) Szacunkowy udział 20%: udział w konstruowaniu urządzenia pomiarowego, stworzenie oprogramowania do akwizycji i analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów z podwojonym zakresem obrazowania oraz współtworzenie IIA.20. M. Gora, K. Karnowski, M. Szkulmowski, B. J. Kaluzny, R. Huber, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Ultra high-speed swept source OCT imaging of the anterior segment of human eye at 200 khz with adjustable imaging range Optics Express 17(17) (2009) Szacunkowy udział 25%: współtworzenie oprogramowania do akwizycji i analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów, opracowanie algorytmu korekcji geometrycznych dystorsji w obrazach 3D oraz współtworzenie IIA.21. I. Grulkowski, I. Gorczynska, M. Szkulmowski, D. Szlag, A. Szkulmowska, R. A. Leitgeb, A. Kowalczyk, and M. Wojtkowski, Scanning protocols dedicated to smart velocity ranging in Spectral OCT, Optics Express 17(26) (2009) Szacunkowy udział 30%: przystosowanie metody STdOCT do opisywanych w pracy protokołów skanowania, współtworzenie oprogramowania do akwizycji i analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów oraz współtworzenie IIA.22. B. Sikorski, D. Bukowska, J. J. Kaluzny, M. Szkulmowski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Drusen with Accompanying Fluid underneath the Sensory Retina, Ophthalmology 118(1) (2011) Szacunkowy udział 20%: stworzenie oprogramowania do akwizycji i analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji i segmentacji tomogramów, oraz współtworzenie IIA.23. K. Karnowski, B. J. Kałużny, M. Szkulmowski, M. Gora, and M. Wojtkowski, Corneal topography with high-speed swept source OCT in clinical examination, Biomedical Optics Express 2(9) (2011) Szacunkowy udział 25%: współtworzenie oprogramowania do akwizycji i analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów, opracowanie algorytmu korekcji geometrycznych dystorsji w obrazach 3D oraz współtworzenie IIA.24. S. Ortiz, D. Siedlecki, P. Pérez-Merino, N. Chia, A. de Castro, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, and S. Marcos, Corneal topography from spectral optical coherence tomography (soct), Biomedical Optics Express, 2(12) (2011) Szacunkowy udział 15%: udział w konstruowaniu urządzenia pomiarowego, stworzenie oprogramowania do akwizycji i analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów z podwojonym zakresem obrazowania oraz współtworzenie

7 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 7 z 20 IIA.25. D. Bukowska, D. Rumiński, D. Szlag, I. Grulkowski, J. Włodarczyk, M. Szkulmowski, G. Wilczyński, I. Gorczyńska, M. Wojtkowski, Multi-parametric imaging of murine brain using spectral and time domain optical coherence tomography Journal of Biomedical Optics 17(10) (2012) Szacunkowy udział 20%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów oraz wykonanie części eksperymentów oraz współtworzenie IIA.26. M. Sylwestrzak, D. Szlag, M. Szkulmowski, I. Gorczynska, D. Bukowska, M. Wojtkowski, P. Targowski, Four-dimensional structural and Doppler optical coherence tomography imaging on graphics processing units, Journal of Biomedical Optics 17(10) (2012) Szacunkowy udział 15%: opracowanie części algorytmów do generacji tomogramów, wykonanie części eksperymentów oraz współtworzenie IIA.27. D. M. Bukowska, L. Derzsi, S. Tamborski, M. Szkulmowski, P. Garstecki, M. Wojtkowski, Assessment of the flow velocity of blood cells in a microfluidic device using joint spectral and time domain optical coherence tomography, Optics Express 21(20) (2013) Szacunkowy udział 15%: opracowanie części algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie IIA.28. K. Komar, P. Stremplewski, M. Motoczyńska, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, Multimodal instrument for high-sensitivity autofluorescence and spectral optical coherence tomography of the human eye fundus, Biomedical Optics Express 4(11) (2013) Szacunkowy udział 15%: opracowanie części algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie oprogramowania pomiarowego. IIA.29. B. J. Kaluzny, M. Szkulmowski, D. M. Bukowska, and M. Wojtkowski, Spectral OCT with speckle contrast reduction for evaluation of the healing process after PRK and transepithelial PRK, Biomedical Optics Express 5(4) (2014) Szacunkowy udział 40%: opracowanie metody redukcji szumu plamkowego oraz jej opisanie teoretycznego i połączenie z metodą STdOCT, zaprojektowanie i przeprowadzenie eksperymentów oraz przygotowanie finalnej wersji B) Wynalazki oraz wzory użytkowe i przemysłowe, które uzyskały ochronę i zostały wystawione na międzynarodowych lub krajowych wystawach lub targach. IIB.1. Patent: M. Wojtkowski, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, Spectral optical coherence tomography (SOCT), EP Patent No B1, przyznany IIB.2. Patent: T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, P. Dalasiński, M. Wojtkowski, Apparatus for optical coherence tomography and non-interferometric imaging, EP Patent No B1, przyznany

8 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 8 z 20 IIB.3. Zgłoszenie patentowe: M. Wojtkowski, P. Wojdas, M. Szkulmowski, Optical set for examining of objects and method for examining of objects, date of filing: , EP Application No , EP A1; WO A1; US A1. IIB.4. Zgłoszenie patentowe: T. Bajraszewski, P. Targowski, P. Dalasiński, M. Szkulmowski, P. Wojdas, Method and apparatus for spectral optical coherence tomography, date of filing: , EP Application No ; EP A1; WO A1. IIB.5. Zgłoszenie patentowe: M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, A. Szkulmowska, T. Bajraszewski, Simultaneous complex ambiguity removal and velocity estimation, date of filing: , EP Application No ; EP A1; WO A1; US A1. IIB.6. Zgłoszenie patentowe: T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, Optical coherence tomography apparatus and method, date of filing: , EP Application No ; EP A1; WO A1. IIB.7. Zgłoszenie patentowe: T. Bajraszewski, P. Targowski, P. Dalasiński, M. Szkulmowski, P. Wojdas, Method and apparatus for optical coherence tomography, date of filing: ; WO A1. IIB.8. Zgłoszenie patentowe: B. J. Kałużny, K. Karnowski, M. Wojtkowski, M. Szkulmowski, "Sposób i urządzenie do pomiaru ciśnienia wewnątrzgałkowego i właściwości biomechanicznych rogówki", Zgłoszenie numer P z dnia 11 marca 2011 r. IIB.9. Zgłoszenie patentowe: M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, D. Szlag, M. Wojtkowski, A. Kowalczyk, "Optical coherence tomography apparatus and method with speckle suppression", date of filing: , WO A1. IIB.10. Zgłoszenie patentowe: T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, M. Różański, Takushi Yoshida, Numerical and hardware phase correction, date of filing: , JP C) Monografie, publikacje naukowe w czasopismach międzynarodowych lub krajowych innych niż znajdujące się w bazie, o której mowa w pkt II A. IIC.1. P. Targowski, M. Wojtkowski, A. Kowalczyk, T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, Complex spectral OCT in human eye imaging in vivo, Proc. SPIE 5140 (2003) Szacunkowy udział 10%: współtworzenie IIC.2. T. Bajraszewski, M. Wojtkowski, P. Targowski, M. Szkulmowski, A. Kowalczyk, Threedimensional in vivo imaging by spectral OCT, Proc. SPIE 5316 (2004) Szacunkowy udział 20%: opracowanie i zaimplementowanie części algorytmów do analizy danych oraz współtworzenie IIC.3. M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, P. Targowski, A. Kowalczyk Spectral shaping and least square iterative deconvolution in spectral OCT, Proc. SPIE 5316 (2004) Szacunkowy udział 70%: opracowanie głównej idei pracy, stworzenie oprogramowania i zaimplementowanie algorytmów do analizy danych oraz przygotowanie

9 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 9 z 20 IIC.4. K. Stefański, K. Tomczyk, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, P. Targowski, A. Kowalczyk, The spectral domain optical coherence tomography image extracting without phase measurement, Proc. SPIE 5690 (2005) Szacunkowy udział 20%: opracowanie i zaimplementowanie części algorytmów do analizy danych oraz współtworzenie IIC.5. M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, A. Szkulmowska, P. Targowski, A. Kowalczyk, Full range complex spectral domain optical coherence tomography with arbitrary or unknown phase, Proc. SPIE 5690 (2005) Szacunkowy udział 70%: opracowanie głównej idei pracy, stworzenie oprogramowania i zaimplementowanie algorytmów do analizy danych oraz przygotowanie IIC.6. A. Szkulmowska, I. Gorczyńska, M. Szkulmowski, P. Targowski, A. Kowalczyk, B. J. Kałużny, High resolution Spectral Optical Coherence Tomography for clinical imaging of the anterior segment of the eye, Proc. SPIE 5861 (2005) 1-6. Szacunkowy udział 25%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIC.7. I. Gorczyńska, A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, P. Targowski, Jakub J. Kałużny, M. Wojtkowski, J. G. Fujimoto and A. Kowalczyk, Standard versus high resolution Spectral Optical Coherence Tomography in imaging of retinal pathologies, Proc. SPIE 5861 (2005) Szacunkowy udział 25%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIC.8. T. Bajraszewski, I. Gorczyńska, A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, P. Targowski, A. Kowalczyk, Spectral Optical Coherence Tomography in ophthalmology, Proc. SPIE 5959 (2005) Szacunkowy udział 20%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIC.9. P. Targowski, T. Bajraszewski, I. Gorczyńska, A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, A. Kowalczyk, J.J. Kaluzny, B.J. Kaluzny Spectral Optical Coherence Tomography for Ophthalmologic Applications, Proc. SPIE 6047, (2005) 6047M1. Szacunkowy udział 20%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIC.10. P. Targowski, M. Góra, T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, B. Rouba, T. Łękawa- Wysłouch, L. Tymińska-Widmer Optical Coherence Tomography for Tracking Canvas Deformation, Laser Chemistry, 2006, Article ID Szacunkowy udział 15%: opracowanie i zaimplementowanie algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie

10 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 10 z 20 IIC.11. M. Szkulmowski, M. Góra, M. Targowska, B. Rouba, D. Stifter, E. Breuer, P. Targowski, Zastosowanie tomografii optycznej do badania stratygrafii obrazów olejnych, "Techniki analityczne w konserwacji zabytków", Wydawnictwo Instytutu Maszyn Przepływowych, Gdańsk 2006, s Szacunkowy udział 30%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIC.12. I. Gorczyńska, M. Wojtkowski, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, B. Rouba, A. Kowalczyk, P. Targowski, "Varnish Thickness Determination by Spectral Optical Coherence Tomography", LACONA VI Proceedings (2007), Szacunkowy udział 20%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIC.13. M. Wojtkowski, B. Kaluzny, A. Szkulmowska, T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, P. Targowski, and A. Kowalczyk Three-dimensional imaging of eye surface pathologies and contact lens fit with high-resolution spectral optical coherence tomography, Proc. SPIE 6426 (2007) 64260S. Szacunkowy udział 20%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIC.14. T. Bajraszewski, M. Wojtkowski, A. Szkulmowska, W. Fojt, M. Szkulmowski, and A. Kowalczyk Fourier domain optical coherence tomography using optical frequency comb, Proc. SPIE 6429 (2007) 64291F. Szacunkowy udział 25%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIC.15. M. Wojtkowski, A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, W. Fojt, and A. Kowalczyk Doppler Spectral Optical Coherence Tomography with optical frequency shift, Proc. SPIE 6627 (2007) Szacunkowy udział 45%: opracowanie metody obrazowania za pomocą spektralnoczasowej tomografii optycznej OCT (STdOCT), zaprojektowanie eksperymentów oraz przygotowanie IIC.16. P. Targowski, M. Góra, T. Bajraszewski, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, A. Kowalczyk, B. Rouba, L. Tymińska-Widmer, M. Iwanicka, Optical coherence tomography for structural imaging of artworks, Lasers in the Conservation of Artworks, LACONA VII Proceedings (2008) Szacunkowy udział 20%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi

11 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 11 z 20 IIC.17. A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Retinal blood flow analysis using joint Spectral and Time domain Optical Coherence Tomography, Proc. SPIE 6844 (2008) 68440K. Szacunkowy udział 40%: przystosowanie metody STdOCT do wykorzystania w pomiarach przepływu krwi w oku ludzkim in-vivo, pomoc przy eksperymentach oraz współudział w przygotowaniu finalnej wersji IIC.18. B. Sikorski, M. Szkulmowski, J.J. Kałużny, T. Bajraszewski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Mapping of photoreceptor dysfunction using high resolution, three-dimensional Spectral Optical Coherence Tomography, Proc. SPIE 6844 (2008) 68440J. Szacunkowy udział 30%: stworzenie oprogramowania do analizy danych, opracowanie i zaimplementowanie algorytmów do generacji i segmentacji tomogramów oraz współtworzenie IIC.19. M. Wojtkowski, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, A. Szkulmowska, A. Kowalczyk, Simultaneous analysis of extinction and flow velocities with joint Spectral and Time domain OCT, Proc. SPIE 6847 (2008) Szacunkowy udział 40%: przystosowanie metody STdOCT do wykorzystania w pomiarach przepływu krwi w oku ludzkim in-vivo przy jednoczesnym pomiarze ekstynkcji światła w funkcji długości fali, pomoc przy eksperymentach oraz współudział w przygotowaniu finalnej wersji IIC.20. M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, A. Szkulmowska, A.Kowalczyk, Flow velocity analysis with joint Spectral and Time domain OCT, Proc. SPIE 6847 (2008) 68471K. Szacunkowy udział 70%: opracowanie metody obrazowania za pomocą spektralnoczasowe tomografii optycznej OCT (STdOCT), zaprojektowanie eksperymentów oraz przygotowanie IIC.21. S. Tamborski, D. Bukowska, M. Szkulmowski, A. Szkulmowska, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Simultaneous analysis of flow velocity and spectroscopic properties of scattering media with the use of joint Spectral and Time domain OCT, Photonics Letters of Poland 1(2) (2009) Szacunkowy udział 25%: przystosowanie metody STdOCT do wykorzystania w pomiarach przepływu krwi w oku ludzkim in-vivo przy jednoczesnym pomiarze ekstynkcji światła w funkcji długości fali, pomoc przy eksperymentach oraz współudział w przygotowaniu finalnej wersji IIC.22. K. Karnowski, M. Gora, B. Kaluzny, R. Huber, M. Szkulmowski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Swept source OCT imaging of human anterior segment at 200 khz, Proc. SPIE 7163 (2009) Szacunkowy udział 20%: współtworzenie oprogramowania do akwizycji i analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów, opracowanie algorytmu korekcji geometrycznych dystorsji w obrazach 3D oraz współtworzenie

12 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 12 z 20 IIC.23. M. Szkulmowski, I. Grulkowski, D. Szlag, A. Szkulmowska, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Simultaneous complex ambiguity removal and quantitative flow velocity estimation with joint spectral and time domain OCT, Proc. SPIE 7168 (2009) 71681K. Szacunkowy udział 65%: opracowanie wersji metody STdOCT pozwalającej na obrazowanie przepływów krwi w oku ludzkim in-vivo jednocześnie z podwojeniem zakresu obrazowania, zaprojektowanie eksperymentów oraz przygotowanie IIC.24. A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, D. Szlag, D. Bukowska, S. Tamborski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Three-dimensional retinal blood flow analysis using joint spectral and time domain optical coherence tomography, Proc. SPIE 7163 (2009) 71630Q. Szacunkowy udział 40%: przystosowanie metody STdOCT do wykorzystania w pomiarach przepływu krwi w oku ludzkim in-vivo, pomoc przy eksperymentach oraz współudział w przygotowaniu finalnej wersji IIC.25. I. Grulkowski, A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, M. Gora, D. Szlag, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Segmentation of flowing particles using joint spectral and time domain optical coherence tomography, Proc. SPIE 7168 (2009) 71680C. Szacunkowy udział 30%: współudział w przystosowaniu metody STdOCT do segmentacji cieczy, opracowanie i zaimplementowanie algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie IIC.26. M. Sylwestrzak, M. Szkulmowski, D. Szlag, P. Targowski Real-time imaging for Spectral Optical Coherence Tomography with massively parallel data processing, Photonics Letters of Poland 2(3) (2010) Szacunkowy udział 15%: opracowanie części algorytmów do generacji tomogramów, wykonanie części eksperymentów oraz współtworzenie manuskryptu IIC.27. I. Gorczynska, M. Szkulmowski, I. Grulkowski, A. Szkulmowska, D. Szlag, J. G. Fujimoto, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Blood flow measurement and slow flow detection in retinal vessels with joint spectral and time domain method in ultrahigh-speed OCT, Proc. SPIE 7550 (2010) 75501Y. Szacunkowy udział 30%: przystosowanie metody STdOCT do opisywanych w pracy protokołów skanowania, współtworzenie oprogramowania do akwizycji i analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów oraz współtworzenie IIC.28. D. Bukowska, A. Szkulmowska, I. Grulkowski, S. Tamborski, M. Szkulmowski, Reiner Leitgeb, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Observation of blood optical inhomogeneity using joint spectral and time domain OCT, Proc. SPIE 7554 (2010) Szacunkowy udział 20%: współudział w przystosowaniu metody STdOCT do pomiaru parametrów reologicznych krwi, opracowanie i zaimplementowanie algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie

13 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 13 z 20 IIC.29. I. Grulkowski, M. Szkulmowski, D. Bukowska, S. Tamborski, I. Gorczynska, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, True velocity mapping using joint spectral and time domain optical coherence tomography, Proc. SPIE 7550 (2010) 75500G. Szacunkowy udział 30%: współudział w przystosowaniu metody STdOCT do pomiaru całkowitego przepływu cieczy, opracowanie i zaimplementowanie algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie IIC.30. M. Szkulmowski, A. Szkulmowska, D. Szlag, I. Grulkowski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Real-time bulk motion insensitive flow segmentation algorithm for Doppler spectral optical coherence tomography, Proc. SPIE 7554 (2010) Szacunkowy udział 70%: opracowanie metody segmentacji obrazów tomograficznych z wykorzystaniem metody STdOCT, stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów oraz przygotowanie IIC.31. M. Wojtkowski, I. Grulkowski, A. Szkulmowska, M. Szkulmowski, A. Kowalczyk, Highspeed optical coherence imaging: towards the structure and the physiology of living tissue, Proc. SPIE 7790 (2010) 77900T. Szacunkowy udział 20%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów oraz przygotowanie IIC.32. M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, D. Szlag, I. Grulkowski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Segmented scanning protocols for speckle contrast reduction in Spectral OCT images, Proc. SPIE 7889 (2011) 78891W. Szacunkowy udział 80%: opracowanie metody redukcji szumu plamkowego oraz jej opisanie teoretyczne i połączenie z metodą STdOCT w celu jednoczesnego obrazowania przepływów krwi w oku ludzkim in-vivo, zaprojektowanie i przeprowadzenie eksperymentów oraz przygotowanie IIC.33. I. Grulkowski, G. Wilczynski, D. Bukowska, M. Szkulmowski, J. Wlodarczyk, K. Karnowski, D. Ruminski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Cortical blood flow imaging of mouse stroke model by high-speed Spectral OCT, Proc. SPIE 7883 (2011) Szacunkowy udział 15%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów, wykonanie części eksperymentów oraz współtworzenie IIC.34. D. Bukowska, I. Grulkowski, G. Wilczynski, S. Tamborski, D. Ruminski, J. Wlodarczyk, D. Szlag, M. Szkulmowski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Volumetric Doppler imaging of small animal brain using spectral and time domain optical coherence tomography, Proc. SPIE 7889 (2011) Szacunkowy udział 15%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi algorytmami do generacji tomogramów oraz wykonanie części eksperymentów oraz współtworzenie

14 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 14 z 20 IIC.35. D. Rumiński, M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, D. Szlag, M. Wojtkowski, Metody analizy danych w tomografii OCT w celu uzyskania informacji o przepływach w naczyniach krwionośnych - materiały konferencyjne str. 89, PKO, Międzyzdroje, 2011r. Szacunkowy udział 25%: współtworzenie algorytmu segmentacji naczyń krwionośnych, opracowanie i zaimplementowanie algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie IIC.36. M. Sylwestrzak, D. Szlag, M. Szkulmowski, P. Targowski, Real-time massively paralel processing of Spectral Optical Coherence Tomography data on Graphics Processing Units, Proc. SPIE 8091 (2011) 80910V. Szacunkowy udział 15%: opracowanie części algorytmów do generacji tomogramów, wykonanie części eksperymentów oraz współtworzenie IIC.37. D. Rumiński, D. Bukowska, I. Gorczyńska, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, Angiogram visualization and total velocity blood flow assessment based on intensity information analysis of OCT data, Proc. SPIE 8213 (2012) Szacunkowy udział 20%: współtworzenie algorytmu segmentacji naczyń krwionośnych, opracowanie i zaimplementowanie algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie IIC.38. D. Bukowska, M. Szkulmowski, I. Gorczynska, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Microfluidics analysis of blood using joint spectral and time domain optical coherence tomography, Proc. SPIE 8213 (2012) 82132R. Szacunkowy udział 30%: stworzenie oprogramowania do analizy danych z autorskimi IIC.39. M. Szkulmowski, I. M. Gorczynska, D. Szlag, M. D. Wojtkowski, Spectral and time domain OCT a tool for optimal imaging of biological samples, Proc. SPIE 8213 (2012) 82131R. Szacunkowy udział 80%: teoretyczne i eksperymentalne porównanie metody STdOCT z innymi technikami obrazowania OCT, przygotowanie i przeprowadzenie eksperymentów oraz przygotowanie IIC.40. M. Sylwestrzak, D. Szlag, M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, D. Bukowska, M. Wojtkowski, P. Targowski, Real time 3D structural and Doppler OCT imaging on graphics processing units, Proc. SPIE 8571 (2013) 85710Y. Szacunkowy udział 15%: opracowanie części algorytmów do generacji tomogramów, wykonanie części eksperymentów oraz współtworzenie IIC.41. P. Stremplewski, K. Komar, M. Szkulmowski, M. Motoczyńska, M. Wojtkowski, High sensitive fundus autofluorescence imaging combined with speckle-free optical coherence tomography, Proc. SPIE 8571 (2013) Szacunkowy udział 20%: współtworzenie oprogramowania do akwizycji danych i opracowanie algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie

15 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 15 z 20 IIC.42. D. Bukowska, D. Ruminski, B.L. Sikorski, I. Gorczynska, D. Borycki, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, Angio-OCT as a noninvasive tool for three-dimensional vascular network visualization in retinal diseases, Proc. of OSA-SPIE 8802 (2013) 88020H. Szacunkowy udział 10%: współtworzenie oprogramowania do akwizycji danych i opracowanie algorytmów do generacji tomogramów oraz współtworzenie D) Opracowania zbiorowe, katalogi zbiorów, dokumentacja prac badawczych, ekspertyz, utworów i dzieł artystycznych. IID.1. R. A. Leitgeb, M. Szkulmowski, C. Blatter, M. Wojtkowski, Doppler Fourier domain Optical Coherence Tomography for Label-free Tissue Angiography, w 'Optical Coherence Tomography: Technology and Applications 2 nd Edition, Springer, w druku. E) Sumaryczny impact factor według listy Journal Citation Reports (JCR), zgodnie z rokiem opublikowania: F) Liczba cytowań publikacji według bazy Web of Science (WoS): 764 (623 bez autocytowań) G) Indeks Hirscha według bazy Web of Science (WoS): 17 H) Kierowanie międzynarodowymi i krajowymi projektami badawczymi oraz udział w takich projektach IIH.1. Wykonawca, , grant JM Rektora UMK 504-F, Fourierowska fazoczuła tomografia optyczna OCT z zastosowaniem do pomiarów przedniego odcinka oka. IIH.2. Wykonawca, , grant MNiI 2 P05B Wykorzystanie spektralnej tomografii optycznej OCT do diagnozowania wybranych chorób oczu. IIH.3. Wykonawca, , grant MNiI 1 P03B , Numeryczne metody polepszania jakości obrazów w spektralnej tomografii optycznej z użyciem światła częściowo spójnego. IIH.4. Wykonawca, , grant MNiI 1 P03B , Opracowanie metody i budowa urządzenia do analizy i obrazowania półprzezroczystych struktur trójwymiarowych z nanometrową rozdzielczością za pomocą światła o częściowej spójności. IIH.5. Wykonawca, , grant EuroHORCs European Young Investigator, EURYI 01/2008-PL, Structural and functional imaging by Fourier domain Optical Coherence Tomography with optical Frequency Comb method. IIH.6. Wykonawca, , grant JM Rektora UMK 415-F, Szybkie obrazowanie strukturalne i czynnościowe w Spektralnej Tomografii Optycznej z wykorzystaniem wielordzeniowych kart graficznych. IIH.7. Wykonawca, , grant FNP TEAM/2011-8/8, Novel optical techniques for enhanced structural, functional and dynamical imaging of anterior and posterior segments of the eye.

16 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 16 z 20 IIH.8. Kierownik, 2011, grant MNiSW IP Iuventus Plus, Zastosowanie spektralno-czasowej tomografii optycznej OCT do analizy procesów dynamicznych w obrazowaniu in-vivo. IIH.9. Kierownik, , grant NCBiR PBS1/A9/20/2013, Rozwój interferometrycznych metod optycznych do badania dynamiki układów biologicznych. I) Międzynarodowe i krajowe nagrody za działalność naukową albo artystyczną III III edycja Konkursu o Nagrody Gospodarcze Wojewody Kujawsko-Pomorskiego w kategorii Wynalazek w dziedzinie produktu lub technologii, Wojewoda Kujawsko- Pomorski, jako członek Zespołu Fizyki Medycznej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. III INNOREG Innowacje dla Regionu Stypendia dla doktorantów ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego. III Zespołowa Nagroda Rektora Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu 1-go stopnia za osiągnięcia uzyskane w dziedzinie naukowo-badawczej i organizacyjnej w 2008 roku. III Stypendium FNP dla młodych naukowców START. III Stypendium FNP dla młodych naukowców START. III Stypendium MNiSW dla wybitnych młodych naukowców. III Zespołowa Nagroda Rektora Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu 1-go stopnia za osiągnięcia uzyskane w dziedzinie organizacyjnej za pozyskiwanie zewnętrznych środków finansowych na realizację zadań statutowych w 2012 roku. III Indywidualna Nagroda Rektora Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu 1- go stopnia za osiągnięcia uzyskane w dziedzinie naukowo-badawczej i organizacyjnej w 2012 roku. J) Wygłoszenie referatów na międzynarodowych i krajowych konferencjach tematycznych IIJ.1. IIJ.2. IIJ.3. IIJ.4. SPIE Photonics West, 2008, San Jose, USA, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, A. Szkulmowska, A. Kowalczyk, Flow velocity analysis with joint Spectral and Time domain OCT. SPIE Photonics West, 2009, San Jose, USA, M. Szkulmowski, I. Grulkowski, D. Szlag, A. Szkulmowska, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Simultaneous complex ambiguity removal and quantitative flow velocity estimation with joint spectral and time domain OCT. SPIE Photonics West, 2010, San Francisco, USA, M. Szkulmowski, A. Szkulmowska, D. Szlag, I. Grulkowski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Real-time bulk motion insensitive flow segmentation algorithm for Doppler Spectral Optical Coherence Tomography. II Konferencja Badań Podstawowych w Okulistyce, 2011, Kraków, Polska, M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, D. Szlag, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Obrazowanie oka ludzkiego in vivo za pomocą tomografii optycznej OCT ze zredukowanym szumem plamkowym.

17 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 17 z 20 IIJ.5. IIJ.6. IIJ.7. SPIE Photonics West, 2011, San Francisco, USA, M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, D. Szlag, I. Grulkowski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Segmented scanning protocols for speckle contrast reduction in Spectral OCT images. SPIE Photonics West, 2012, San Francisco, USA, M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, D. Szlag, M. Wojtkowski, Spectral and Time domain OCT a tool for optimal imaging of biological samples. Advanced Infrared and Raman Spectroscopy (AIRS), 2012, Łochów, Polska, M. Szkulmowski, S. Tamborski, M. Wojtkowski Spectral and time domain OCT as a tool for spectroscopic imaging. III. Dorobek dydaktyczny i popularyzatorski oraz informacja o współpracy międzynarodowej habilitanta A) Uczestnictwo w programach europejskich oraz innych programach międzynarodowych i krajowych BRAK B) Aktywny udział w międzynarodowych i krajowych konferencjach naukowych IIIB.1. SPIE Photonics West, 2004, San Jose, USA, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, P. Targowski, A. Kowalczyk, Spectral Shaping and Least Square Iterative Deconvolution in Spectral OCT, plakat. IIIB.2. SPIE Photonics West, 2005, San Jose, USA, M. Szkulmowski, T. Bajraszewski, A. Szkulmowska, P. Targowski, A. Kowalczyk, Full range complex spectral domain optical coherence tomography with arbitrary or unknown phase, plakat. IIIB.3. ARVO Annual Meeting, 2007, Fort Lauderdale, USA, M. Szkulmowski, B. Sikorski, T. Bajraszewski, J.J. Kałużny, J.S. Schuman, J.S. Duker, J.G. Fujimoto, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Quantitative Analysis of Photoreceptor Impairment by High Resolution, Three-Dimensional Spectral Optical Coherence Tomography, plakat. IIIB.4. SPIE Photonics West, 2008, San Jose, USA, M. Szkulmowski, M. Wojtkowski, A. Szkulmowska, A. Kowalczyk, Flow velocity analysis with joint Spectral and Time domain OCT, referat. IIIB.5. ARVO Annual Meeting, 2008, Fort Lauderdale, USA, M. Szkulmowski, A. Szkulmowska, A. Kowalczyk and M. Wojtkowski, Three- Dimensional Vascular Structure Segmentation with Joint Spectral and Time Domain Optical Coherence Tomography, plakat. IIIB.6. SPIE Photonics West, 2009, San Jose, USA, M. Szkulmowski, I. Grulkowski, D. Szlag, A. Szkulmowska, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Simultaneous complex ambiguity removal and quantitative flow velocity estimation with joint spectral and time domain OCT, referat. IIIB.7. ARVO Annual Meeting, 2010, Fort Lauderdale, USA, M. Szkulmowski, D. Szlag, S. Orłowski, M. Sylwestrzak, A. Szkulmowska, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Three-Dimensional Real-Time Flow Visualization Using Spectral and Time Domain Optical Coherence Tomography, plakat.

18 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 18 z 20 IIIB.8. SPIE Photonics West, 2010, San Francisco, USA, M. Szkulmowski, A. Szkulmowska, D. Szlag, I. Grulkowski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Real-time bulk motion insensitive flow segmentation algorithm for Doppler Spectral Optical Coherence Tomography, referat. IIIB.9. II Konferencja Badań Podstawowych w Okulistyce, 2011, Kraków, Polska, M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, D. Szlag, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Obrazowanie oka ludzkiego in vivo za pomocą tomografii optycznej OCT ze zredukowanym szumem plamkowym, referat. IIIB.10. SPIE Photonics West, 2011, San Francisco, USA, M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, D. Szlag, I. Grulkowski, A. Kowalczyk, M. Wojtkowski, Segmented scanning protocols for speckle contrast reduction in Spectral OCT images, referat. IIIB.11. SPIE Photonics West, 2012, San Francisco, USA, M. Szkulmowski, I. Gorczyńska, D. Szlag, M. Wojtkowski, Spectral and Time domain OCT a tool for optimal imaging of biological samples, referat. IIIB.12. Advanced Infrared and Raman Spectroscopy (AIRS), 2012, Łochów, Polska, M. Szkulmowski, S. Tamborski, M. Wojtkowski Spectral and time domain OCT as a tool for spectroscopic imaging, referat. C) Udział w komitetach organizacyjnych międzynarodowych i krajowych konferencji naukowych BRAK D) Otrzymane nagrody i wyróżnienia inne niż wymienione w pkt II I IIID Dofinansowanie przez The International Society for Optical Engineering (SPIE) pobytu na Annual Meeting SPIE w San Diego, USA. IIID Dofinansowanie przez Urząd Miasta Torunia podróży do USA na konferencję Photonics West w San Jose, USA. IIID Dofinansowanie przez The International Society for Optical Engineering (SPIE) wyjazdu na konferencję Photonics West w San Jose, USA. IIID Stypendium konferencyjne FNP dla młodych naukowców na wyjazd na konferencję Photonics West w San Jose, USA. E) Udział w konsorcjach i sieciach badawczych IIIE.1. Kierownik projektu, konsorcjum do realizacji grantu PBS1/A9/20/2013 w 1 Programie Badań Stosowanych NCBiR, Rozwój interferometrycznych metod optycznych do badania dynamiki układów biologicznych, lata Członkowie konsorcjum: Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Politechnika Poznańska, Instytut Biologii Doświadczalnej im. Nenckiego PAN, Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu, Uniwersytet Warszawski. F) Kierowanie projektami realizowanymi we współpracy z naukowcami z innych ośrodków polskich i zagranicznych oraz we współpracy z przedsiębiorcami, innymi niż wymienione w pkt II H BRAK

19 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 19 z 20 G) Udział w komitetach redakcyjnych i radach naukowych czasopism BRAK H) Członkostwo w międzynarodowych i krajowych organizacjach oraz towarzystwach naukowych IIIH.1. The Associacion for Research in Vision and Ophtalmology (ARVO), okres: IIIH.2. International Society of Optical Engineering (SPIE), okres: IIIH.3. European Optical Society, okres: I) Osiągnięcia dydaktyczne i w zakresie popularyzacji nauki lub sztuki IIII.1. Zaawansowane metody analizy danych, ćwiczenia do wykładu, okres: IIII.2. Pracownia przyrządów wirtualnych, pracownia, okres: J) Opieka naukowa nad studentami i lekarzami w toku specjalizacji IIIJ.1. Opieka naukowa nad pracą inżynierską, okres , Instytut Fizyki Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Liczba osób: 1. IIIJ.2. Recenzowanie prac magisterskich, okres , Instytut Fizyki Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, Liczba osób: 5. IIIJ.3. Recenzowanie prac licencjackich, rok 2011, Instytut Fizyki Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, Liczba osób: 1. K) Opieka naukowa nad doktorantami w charakterze opiekuna naukowego lub promotora pomocniczego IIIK.1. Promotor pomocniczy, okres , mgr Danuta Bukowska, rozprawa doktorska pt. Badanie wpływu niejednorodności optycznej ośrodka na informację fazową w spektralnej tomografii optycznej z użyciem światła częściowo spójnego obroniona z wyróżnieniem w 2014, Instytut Fizyki Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. L) Staże w zagranicznych i krajowych ośrodkach naukowych lub akademickich IIIL.1. Visual Optics and Biophotonics Lab, Instituto de Óptica Daza de Valdés, Madryt, Hiszpania , IIIL.2. Laboratoire d'optique Biomedicale, École Polytechnique Fédérale de Lausanne, Lozanna, Szwajcaria , M) Wykonane ekspertyzy lub inne opracowania na zamówienie BRAK N) Udział w zespołach eksperckich i konkursowych BRAK O) Recenzowanie projektów międzynarodowych i krajowych IIIO.1. Fundacja na rzecz Nauki Polskiej, projekt POMOST, od 2012, recenzji: 1

20 Załącznik 3 Wykaz opublikowanych prac naukowych oraz informacja o pozostałych osiągnięciach Strona 20 z 20 P) Recenzowanie publikacji w czasopismach międzynarodowych i krajowych IIIP.1. Optics Communications, (IF 1.486), od 2007, recenzji: 1 IIIP.2. Optics Express, (IF 3.587), od 2008, recenzji: 19 IIIP.3. Journal of Biophotonics, (IF 4.343), od 2009, recenzji: 1 IIIP.4. Optics Letters, (IF 3.399), od 2010, recenzji: 14 IIIP.5. Photonics Letters of Poland, od 2011, recenzji: 1 IIIP.6. IEEE Transactions on Medical Imaging, (IF 3.643), od 2011, recenzji: 2 IIIP.7. Journal of Biomedical Optics, (IF 3.157), od 2012, recenzji: 3 IIIP.8. Biomedical Optics Express, (IF 2.333), od 2012, recenzji: 2 IIIP.9. Transactions on Biomedical Engineering, (IF 2.348), od 2012, recenzji: 2 IIIP.10. Biomedical Engineering/BMT, (IF 1.157), od 2013, recenzji: 1 IIIP.11. MICCAI 2014 Conference, od 2014, recenzji: 1 Q) Inne osiągnięcia, nie wymienione w pkt III A III P IIIQ , Przekazanie partnerowi przemysłowemu (OPTOPOL Technology S.A) know-how oraz wdrożenie do produkcji przemysłowej spektralnego tomografu optycznego SOCT Copernicus. IIIQ , Przekazanie partnerowi przemysłowemu (OPTOPOL Technology S.A) know-how dotyczącego jednoczesnego podwajania zakresu pomiarowego i wyznaczania prędkości przepływu w spektralnym tomografie optycznym OCT. IIIQ , Przekazanie partnerowi przemysłowemu (OPTOPOL Technology S.A) knowhow i prototypu dopplerowskiego spektralnego tomografu optycznego. IIIQ , Przekazanie partnerowi przemysłowemu (OPTOPOL Technology S.A) know-how dotyczącego obrazowania ze zredukowanym szumem plamkowym w spektralnym tomografie optycznym OCT. IIIQ , Założenie wspólnie z prof. dr. hab. Andrzejem Kowalczykiem, dr. hab. Maciejem Wojtkowskim, dr Anną Szkulmowską i dr Iwoną Gorczyńską spółki spin-off AM2M sp. z o.o. zajmującej się komercjalizacją wyników naukowych. W 2013 roku spółka uzyskała tytuł Lidera Innowacji województwa kujawsko-pomorskiego. IIIQ , Przekazanie partnerowi przemysłowemu (OPTOPOL Technology S.A) know-how dotyczącego numerycznej korekcji dystorsji fazy w spektralnym tomografie optycznym OCT.