Małe RNA.
|
|
- Józef Kubicki
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Małe RNA Monika Zakrzewska-Płaczek
2 Małe RNA (small RNAs, srnas) srna nt wyciszanie ekspresji genów: (gene silencing, RNA silencing) post-transkrypcyjne wyciszanie genów (post-transcriptional gene silencing, PTGS) degradacja mrna, inhibicja translacji AAAAA transkrypcyjne wyciszanie genów (transcriptional gene silencing, TGS) epigenetyczne modyfikacje chromatyny RNA Pol modyfikacja histonów, metylacja DNA 2
3 PTGS: post-transkrypcyjne wyciszanie genów Klasy małych RNA: mirna (microrna) rośliny, zwierzęta, wirusy, Protista 20 25nt Drosha (u zwierząt) + Dicer Transkrypcja przez Pol II/Pol III Regulacja stabilności mrna (cięcie mrna), inhibicja translacji mirtrony pochodzące z intronów prekursorów mrna genów kodujących białka; występują u zwierząt; niezależne od Drosha sirna (small interferring RNA) większość działa in cis, za wyjątkiem tasirna exo-sirna (pochodzenia egzogennego) rośliny, grzyby, zwierzęta, Protista 21-24nt Dicer Transgeniczny, wirusowy lub inny egzogenny RNA Post-transkrypcyjna regulacja ekspresji genów, obrona przeciwwirusowa endo-sirna (pochodzenia endogennego) rośliny, grzyby, zwierzęta, Protista ~21nt Dicer Transkrypcja dwukierunkowa lub zbieżna, wiązanie mrna z transkryptami pseudogenów o przeciwnej orientacji Post-transkrypcyjna i transkrypcyjna regulacja ekspresji genów, regulacja aktywności transpozonów tasirna (trans-acting sirna) rośliny 21nt DCL4 TAS RNA cięte przez mirna Regulacja posttranskrypcyjna natsirna (natural antisense transcripts-derived sirna) rośliny 24nt 21nt DCL2 DCL1 Transkrypcja dwukierunkowa indukowana stresem Regulacja genów odpowiedzi na stres 3
4 TGS: transkrypcyjne wyciszanie genów Klasy małych RNA: sirna (small interferring RNA) endo-sirna (pochodzenia endogennego) rośliny, grzyby, zwierzęta, Protista ~21nt Dicer Transkrypcja dwukierunkowa lub zbieżna, wiązanie mrna z transkryptami pseudogenów o przeciwnej orientacji Post-transkrypcyjna i transkrypcyjna regulacja ekspresji genów, regulacja aktywności transpozonów hc-sirna (heterochromatic sirna) rośliny, S. pombe 24-26nt DCL3 Transpozony, powtórzenia Modyfikacja chromatyny pirna (Piwi-interacting RNA) Drosophila, C. elegans, ssaki, Danio rerio 24 30nt niezależne od Dicer Długie pierwotne transkrypty (?) Regulacja aktywności transpozonów, inne nieznane funkcje 4
5 Białka Dicer i Argonaute (AGO): główne elementy szlaku wyciszania RNA Dwuniciowy RNA (double-stranded RNA, dsrna) jest cięty przez Dicer na krótkie dwuniciowe cząsteczki steczki RNA, które sąs wiązane przez jedno z białek rodziny ARGONAUTE. DICER AGO wyciszenie 5
6 Wyciszanie ekspresji genów sirna-posttranskrypcyjne lub transkrypcyjne wyciszanie ekspresji genów AGO AAAn DCL AGO AGO RNA Pol mirna - inhibicja translacji, cięcie mrna AGO AAAn DCL MIR gene RNA Pol AGO AAAn AGO AAAn mrna AAAn RNA Pol 6
7 Dicer i Dicer-like Podczas biogenezy sirna i mirna, białka Dicer lub Dicer-like (DCL) tną długie dsrna lub RNA o strukturze spinki (hairpin) na fragmenty ~ 21 25nt. RIII PAZ RIII Struktura białka Dicer umożliwia równomierne r rozcinanie RNA na fragmenty o takiej samej długod ugości. MacRae,, I.J., Zhou, K., Li, F., Repic,, A., Brooks, A.N., Cande,, W.., Adams, P.D., and Doudna,, J.A. (2006) Science 7
8 Dicer i Dicer-like RIII PAZ konserwowana owana domena wiążą ążąca dsrna (dsrbd- dsrna-binding domain) oddziałuje z końcem 3 3 dsrna PAZ RIII 2 domeny typu RNazy III aktywność endonukleolityczna 5 P P / 3 OH3 MacRae,, I.J., Zhou, K., Li, F., Repic,, A., Brooks, A.N., Cande,, W.., Adams, P.D., and Doudna,, J.A. (2006) Science 8
9 Argonaute Białka ARGONAUTE wiążą srna i mrna PAZ A. thaliana ago1 Argonauta argo N-term PIWI MID Nazwa ARGONAUTE pochodzi od mutanta argonaute1 A. thaliana; który swoim kształtem przypomina ośmiornicężeglarka (Argonauta). Bohmert,, K., Camus,, I., Bellini,, C., Bouchez,, D., Caboche,, M., and Benning,, C. (1998) EMBO J. Song, J.-J., J., Smith, S.K., Hannon, G.J., and Joshua-Tor Tor,, L. (2004) Science 9
10 Argonaute Białka ARGONAUTE wiążą srna i mrna N-term PAZ PIWI MID PAZ oddziałuje z końcem 3 3 srna MID (middle) MID oddziałuje z nukleotydem na końcu 5 5 srna PIWI struktura podobna do RNazyH w niektórych białkach Ago: cięcie cie RNA zwiazanego z srna (slicer activity) 10
11 Dicer i Argonaute u różnych r nych organizmów Species Argonaute-PIWI PIWI-like Argonaute PIWI Dicer-like RdRP Plantae Arabidopsis thaliana Oryza sativa 10 (AGO1-10) (DCL 1-4) Saccharomyces cerevisiae Fungi Schizosaccharomyces pombe Neurospora crassa Aspergillus nidulans Caenorhabditis elegans (Dicer + Drosha) 4 Metazoa Drosophila melanogaster Danio rerio (2 Dicers + Drosha) 2 (Dicer + Drosha) - - Homo sapiens (Dicer + Drosha) - 11
12 U roślin w biogenezie mirna i sirna uczestniczą różne białka DCL AtDCL1 mirna DCL1 AtDCL2-4 sirna DCL4 Rośliny mają 4 (i więcej) białek DCL: większa niż u innych organizmów w liczba białek DCL umożliwia roślinom bardziej precyzyjną i skuteczną obronę przed patogenami. Margis,, R., Fusaro,, A.F., Smith, N.A., Curtin, S.J., Watson, J.M., Finnegan, E.J., and Waterhouse, P.M. (2006) FEBS Lett. 12
13 U roślin w biogenezie mirna i sirna uczestniczą różne białka DCL AtDCL1 mirna DCL1 Arabidopsis thaliana: DCL1 21nt mirna AGO1/7/10 DCL2 22nt sirna DCL3 24nt sirna AGO4/6 DCL4 21nt sirna (tasirna) AGO1 AtDCL2-4 sirna DCL4 13 Bologna N.G., Voinnet O. ( ) Annu. Rev.. Plant Biol.
14 sirna strażnicy genomu ochrona genomu przed obcym materiałem em genetycznym (exo( exo-sirna): transgenicznym wirusowym (VIGS viral induced gene silencing) endo-sirna sirna: wyciszanie transpozonów i sekwencji powtórzonych utrzymywanie niektórych genów w stanie epigenetycznie nieaktywnym 14 Lam, E., Kato, N., and Lawton, M. (2001). Nature
15 Exo-siRNA: wyciszanie transgenów Transgeny wprowadzane sztucznie sąs często wyciszane przez sirna Wyciszenie może e być wywołane: bardzo wysokim poziomem ekspresji transgenu dwuniciowym RNA pochodzącym cym z ekspresji transgenu nieprawidłowymi RNA pochodzącymi cymi z ekspresji transgenu Transgeny są wyciszane post-trans transkrypcyjnie i transkrypcyjnie sirna-posttranskrypcyjne lub transkrypcyjne wyciszanie ekspresji genów AGO AAAn DCL RISC (RNA-induced silencing complex) AGO AGO RNA Pol 15
16 Post-transkrypcyjne transkrypcyjne wyciszanie genów w u roślin transgene-induced post-transcriptional transcriptional silencing Eksperymenty modyfikacji koloru kwiatów petunii (Petunia hybrida) - odkrycie mechanizmu wyciszania genów jądro komórkowe komórka roślinna DNA Agrobacterium tumefaciens na powierzchni komórki roślinnej Martha Hawes, University of Arizona 16
17 Manipulacja ekspresją genu syntazy chalkonowej: zmiana pigmentacji kwiatów w petunii CHS Dzikie kwiaty petunii zawierają antocyjaniny nadające purpurową barwę syntaza chalkonowa (CHS) enzym szlaku biosyntezy antocyjanin antocyjaniny 17 Aksamit-Stachurska et al. BMC Biotechnology 2008 Foto: Richard Jorgensen
18 Oczekiwanie synteza RNA o prawidłowej orientacji pogłę łębi barwę kwiatów... gen PRO ORF mrna translacja mrna transgen konstrukt o orientacji sens mrna dodatkowa translacja mrna mrna 18
19 a a synteza RNA o odwróconej orientacji zablokuje syntezę barwnika gen PRO ORF mrna translacja mrna transgen konstrukt o orientacji sens mrna dodatkowa translacja mrna mrna transgen konstrukt o orientacji antysens RNA antysensowny tworzenie dupleksów w RNA sens-antysens inhibicja translacji 19
20 Nieoczekiwanie, wprowadzenie zarówno konstruktów sens jak i antysens prowadzi do inhibicji syntezy barwnika rośliny zawierające transgen CHS CaMV 35S pro : CHS lub CaMV 35S pro : sens antysens CHS 20 Foto: Richard Jorgensen
21 W modyfikowanych roślinach nie dochodzi do syntezy ani endogennej ani transgenicznej CHS purpurowe kwiaty białe kwiaty Zjawisko wyciszania zarówno sztucznie wprowadzonego genu, jak i jego endogennego odpowiednika nazywamy kosupresją transgeniczny RNA endogenny RNA RNase protection 21 Napoli,, C., Lemieux,, C., and Jorgensen, R. R (1990) Plant Cell
22 Kosupresja jest wynikiem produkcji sirna typ dziki PRO gen ORF mrna translacja mrna roślina transgeniczna kosupresja mrna AGO AGO AAAA konstrukt sens PRO gen ORF mrna produkcja sirna AGO AAAA De Paoli, E., Dorantes-Acosta, A., Zhai, J., Accerbi,, M., Jeong,, D.-H., Park, S., Meyers, B.C., Jorgensen, R.A., and Green, P.J. (2009). 09). RNA 22
23 VIGS - viral induced gene silencing wirusowa polimeraza RNA zależna od RNA wirusowy ssrna wirusowy dsrna DCL4 Większość roślinnych wirusów to wirusy RNA, których replikacja odbywa się poprzez dsrna dsrna jest cięty przez DCL4 powstają sirna które wiążą się z AGO1 wyciszenie replikacji wirusa AGO1 AGO1 23
24 VIGS - viral induced gene silencing Obrona przeciwwirusowa u roślin: głównie na poziomie wyciszania RNA TRV: 21-nt (DCL4), 24-nt sirna (DCL3) TCV (Turnip Crinkle Virus): 22-nt sirna (DCL2) degradacja wirusowego RNA: 21-nt i 24-nt sirna WT Arabidopsis inokulowany TRV Podwójny mutant dcl2-dcl4 dcl4 inokulowany TRV Waterhouse, P.M. and Fusaro,, A.F. (2006) Science. Wyciszanie wirusa TRV Tobacco Rattle Virus (wirus nekrotycznej kędzierzawki tytoniu) w roślinach A. thaliana dzikiego typu zapobiega objawom choroby. Mutanty dcl są niezdolne do zahamowania infekcji. Mutanty biogenezy sirna są mniej odporne na choroby wirusowe Deleris,, A., Gallego-Bartolome Bartolome,, J., Bao,, J., Kasschau,, K., Carrington, J.C., and Voinnet,, O. (2006) Science 24
25 Infekcja wirusowa powoduje akumulację sirna Małe e RNA komplementarne do wirusowego RNA są obecne zarówno w liściach inokulowanych, jak i w młodszych m dystalnych liściach (ale nie w liściach kontrolnych) liść inokulowany liść dystalny dni po inokulacji liść inokulowany Northern blot Hamilton, A.J., and Baulcombe,, D.C. (1999) Science 25
26 Infekcja wirusowa powoduje akumulację sirna AGO DCL liść inokulowany 26
27 Sygnał wyciszający cy może e rozprzestrzeniać się w całej roślinie poprzez floem wyciszenie inokulowany liść Voinnet,, O., and Baulcombe,, D. (1997) Nature egzogenne sirna 21 i 24nt (PTGS) wyciszanie transgenu GFP endogenne 24nt sirna (TGS poprzez remodelowanie chromatyny, pochodzą z transpozonów i innych zmetylowanych rejonów genomu) mirna (PTGS) Sarkies P., Miska E.A. (2014) Nat. Rev.. MCB 27
28 Mutanty biogenezy sirna są mniej odporne na choroby wirusowe i patogeny bakteryjne Wyciszanie wirusa TRV Tobacco Rattle Virus (wirus nekrotycznej kędzierzawki tytoniu) w roślinach A. thaliana dzikiego typu zapobiega objawom choroby. Mutanty dcl są niezdolne do zahamowania infekcji. WT Arabidopsis inokulowany TRV Podwójny mutant dcl2-dcl4 dcl4 inokulowany TRV Deleris,, A., Gallego-Bartolome Bartolome,, J., Bao,, J., Kasschau,, K., Carrington, J.C., and Voinnet,, O. (2006) Science Navarro, L., Jay, F., Nomura, K., He, S.Y., and Voinnet,, O. (2008) Science A. thaliana dzikiego typu (La-er) i mutanty biogenezy srna (dcl1-9 i hen1-1) inokulowane bakteriami Pseudomonas. 28
29 VIGS - podsumowanie Wyciszanie ekspresji genów za pośrednictwem sirna jest ważnym mechanizmem obrony roślin przed patogenami wirusami i bakteriami sirna hamują replikację wirusową u roślin (również u zwierząt - Drosophila melanogaster) sirna działają ogólnoustrojowo u roślin mogą się przemieszczać poprzez wiązki przewodzące Większość wirusów wytwarza białka supresorowe,, hamujące szlak wyciszania 29
30 Exo-siRNA u zwierząt: dsrna najsilniejszy inicjator wyciszania modyfikacje genetyczne nicienia C. elegans: Wprowadzanie do organizmów nicieni Caenorhabditis elegans RNA o prawidłowej lub odwróconej orientacji, oraz dwuniciowych RNA, odpowiadających sekwencji genu unc-22, kodującego miofilamentowe białko komórek mięśniowych. Wyciszenie unc-22 powoduje fenotyp kurczenia ciała (twitching) RNA sens bez zmian fenotypowych RNA antysens bez zmian fenotypowych dsrna fenotyp twitching 30 Fire, A. et al., (1998) Nature
31 Exo-siRNA u zwierząt: U ssaków w i C. elegans tylko jedno białko Dicer,, odpowiada za biogenezę zarówno sirna,, jak i mirna Drosophila melanogaster: Dcr1 mirna Dcr2 sirna, wiązane przez AGO2 obrona przeciwwirusowa egzogenny dsrna wirusowy dsrna cięcie cie mrna obrona przeciwwirusowa 31 Okamura K. & Lai E.C. (2008) Mol Cell Biol
32 Efekt wyciszenia jest wzmacniany przez amplifikację sirna RdRP polimeraza RNA zależna od RNA (RNA-dependent RNA Polymerase) DCL RdRP 1-rzędowy sirna Wyciszenie może się rozprzestrzeniać poza miejsce infekcji wirusowej dzięki aktywności RdRP (RNA-dependent RNA polymerase) i biogenezie 2-rzędowych sirna. DCL 2-rzędowy sirna 32
33 Efekt wyciszenia jest wzmacniany przez amplifikację sirna 1 sirna 1 sirna primary Argonaute 2 sirna 2 sirna 33 Ghildiyal & Zamore (2009) Nat Rev Genet
34 Endo-siRNA sirna: 34 Ghildiyal & Zamore (2009) Nat Rev Genet
35 Większość endogennych sirna powstaje z transpozonów i powtórzeń sekwencji DNA Chromosom Centromer małe RNA transpozony retrotranspozony Wysoko-przepustowe sekwencjonowanie małych RNA Większość sirna w komórce pochodzi z sekwencji transpozonowych i powtórzonych. U Arabidopsis thaliana duże zagęszczenie tego typu sekwencji występuje w rejonach centromerowych chromosomów. Kasschau,, K.D., Fahlgren,, N., Chapman, E.J., Sullivan, C.M., Cumbie,, J.S., Givan,, S.A., and Carrington, J.C. (2007) PLoS Biol 35
36 Endo-siRNA u roślin: cis-acting sirna (casirna, hc-sirna sirna) trans-acting acting sirna (tasirna) natural antisense sirna (natsirna) 36 Ghildiyal & Zamore (2009) Nat Rev Genet
37 tasirna: : roślinne endogenne sirna gen TAS tasirna trans-acting acting sirna specyficzne dla roślin kodowane przez geny TAS obróbka bka pierwotnego transkryptu jest inicjowana przez mirna transkrypcja locus TAS przez polimerazę RNA II RNA Pol II AGO wiązanie przez mirna i cięcie rekrutacja RDR6 RDR6 synteza drugiej nici RNA przez RDR6 (RNA-dependent RNA polymerase) 37
38 biogeneza tasirna c.d. dsrna jest cięty przez DCL4 na serię krótszych dsrna, uwalniając wiele cząsteczek tasirna z jednego genu TAS. 38
39 Z jednego genu TAS powstaje wiele cząsteczek tasirna miejsce cięcia pierwotnego transkryptu przy udziale mirna kluczowe dla zapewnienia specyficzności tasirna; DCL4 zaczyna ciąć prekursor dokładnie w tym miejscu i tnie w odstępach 21nt tasirna mogą powstawać z obu nici RNA DCL4 przesuwa się wzdłuż dsrna, odmierzając i tnąc 39 Allen, E., Xie,, Z., Gustafson, A M., and Carrington, J.C. (2005) Cell
40 Zaburzenia biogenezy tasirna zaburzenia rozwoju mutacja rdr6-15: brak tasirna Arabidopsis 4 rodziny genów TAS TAS1 i TAS2 tasirna PPR TAS3 tasirna czynniki transkrypcyjne ARF zip-1 (AGO7): brak TAS3 tasirna TAS4 tasirnas czynniki transkrypcyjne MYB Northern Mutacje rdr6 i zip, podobnie jak dcl4 i tas3, przyspieszają zmiany rozwojowe przyspieszone przejście z fazy juwenilnej do dorosłej: wydłużone liście, wywinięte pod spód d brzegi blaszek liściowych Fahlgren,, N., Montgomery, T.A., Howell, M.D., Allen, E., Dvorak, S.K., Alexander, A A.L., and Carrington, J.C. (2006) Curr.. Biol. 40
41 natsirna: : roślinne endogenne sirna natsirna natural antisense-transcript transcript derived sirna cis-acting pochodzą z zachodzących cych na siebie transkryptów genów w związanych zanych ze stresem zachodzące ce na siebie sekwencje sąsiadujących genów wyciszenie komplementarne względem siebie transkrypty NAT (natural antisense) tworzą dsrna AGO AGO Wg Katiyar-Agarwal Agarwal,, S., Morgan, R., Dahlbeck,, D., Borsani,, O., Villegas Jr.. A., Zhu, J.-K., Staskawicz,, B.J., and Jin, H. (2006) Proc. Natl.. Acad. Sci.. USA 41
42 natsirna: : roślinne endogenne sirna syntetyzowane w odpowiedzi na stres np. wysokie zasolenie gleby biogeneza: DCL2 i/lub DCL1, RDR6 (polimeraza( SGS3 (bia( białko wiążą i polimeraza RNA IV polimeraza RNA zależna od RNA), ążące RNA) ), 24 nt natsirna cięcie cie jednej z cząsteczek mrna,, druga służy s y jako matryca do syntezy 2-rz2 rzędowych 21nt natsirna przez RDR6 i DCL1 A. thaliana: lsirna (long sirna) 30-40nt również powstają z transkryptów NAT inne białka uczestniczą w biogenezie 42 Ghildiyal & Zamore (2009) Nat Rev Genet
43 Roślinne polimerazy RNA RNA DNA polimeraza RNA enzym występowanie funkcja Polimeraza RNA I wszystkie Eucaryota synteza rrna Polimeraza RNA II wszystkie Eucaryota synteza mrna, microrna Polimeraza RNA III wszystkie Eucaryota synteza trna, 5S rrna Polimeraza RNA IV rośliny biogeneza sirna Polimeraza RNA V rośliny rekrutacja białek AGO do DNA 43
44 Transkrypcyjne wyciszanie genów (TGS): hc-sirna małe RNA mogą hamować transkrypcję określonych genów w poprzez kowalencyjne modyfikacje DNA lub białek histonowych białka histonowe transkrypcja DNA wyciszenie Ten rodzaj wyciszenia jest często związany ze stale nieaktywnym transkrypcyjnie DNA, włączając rejony centromerowe i transpozony, ale również zachodzi w genach. 44
45 Transkrypcyjne wyciszanie genów (TGS) CaMV 35S pro : KAN ekspresja genu oporności na kanamycynę TGS u roślin odkryto podczas doświadczeń mających na celu wprowadzenie więcej niż jednej modyfikacji genetycznej poprzez krzyżowanie roślin CaMV 35S pro : HYG ekspresja genu oporności na higromycynę Based on Matzke, M., Primig, M., Trnovsky, J., Matzke, A. (1989) EMBO J. 45
46 Transkrypcyjne wyciszanie genów (TGS) x CaMV 35S pro : KAN CaMV 35S pro : HYG oczekiwane wyniki: selekcja na kanamycynie: 50% Kan R selekcja na higromycynie: 50% Hyg R selekcja na Kan + Hyg: 25% Kan R and Hyg R Based on Matzke, M., Primig, M., Trnovsky, J., Matzke, A. (1989) EMBO J. 46
47 Transkrypcyjne wyciszanie genów (TGS) CaMV 35S pro : KAN W niektórych przypadkach jeden z wprowadzonych genów był wyciszany w roślinach potomnych mających obie modyfikacje CaMV 35S pro : HYG obserwowane wyniki: selekcja na kanamycynie: 50% Kan R selekcja na higromycynie: 0% Hyg R selekcja na Kan + Hyg: 0% Kan R and Hyg R Based on Matzke, M., Primig, M., Trnovsky, J., Matzke, A. (1989) EMBO J. 47
48 Transkrypcyjne wyciszanie genów (TGS) CaMV 35S pro : KAN W niektórych przypadkach jeden z wprowadzonych genów był wyciszany w roślinach potomnych mających obie modyfikacje CaMV CaMV35S pro :: HYG metylacja DNA CaMV 35S pro : HYG DNA w rejonie promotora wyciszonego genu jest metylowane Based on Matzke, M., Primig, M., Trnovsky, J., Matzke, A. (1989) EMBO J. 48
49 sirna mogą wyciszać DNA za pośrednictwem enzymów metylujących cytozyny lub modyfikujących białka histonowe O N NH2 N ~ cytozyna O N metylotransferaza NH2 N ~ CH3 5-metylocytozyna DNA może być kowalencyjnie modyfikowany w reakcji metylacji cytozyny W mechanizm transkrypcyjnego wyciszania DNA przez sirna zaangażowane sąs dwie specyficzne dla roślin polimerazy RNA: Pol IV i Pol V AGO metylotransferaza DNA modyfikacja histonów metylacja DNA 49
50 Polimerazy RNA IV i V uczestniczą w transkrypcyjnym wyciszaniu genów RNA Pol IV Polimeraza RNA IV uczestniczy w biogenezie sirna. modyfikacja histonów metylacja DNA RNA Pol V Niekodujące transkrypty polimerazy RNA V nakierowują maszynerię wyciszającą do odpowiednich sekwencji DNA. 50
51 Polimerazy RNA IV i V uczestniczą w transkrypcyjnym wyciszaniu genów Polimeraza RNA IV uczestniczy w biogenezie sirna. Haag J.R., Pikaard C.S., ( ) Nat Rev Mol Cell Biol Niekodujące transkrypty polimerazy RNA V nakierowują maszynerię wyciszającą do odpowiednich sekwencji DNA. 51
52 sirna - podsumowanie Szlak sirna wycisza egzogenny, obcy DNA, transpozony oraz sekwencje powtórzone sirna powstają dzięki aktywności białek typu Dicer,, które tną dsrna sirna są wiązane przez białka z rodziny AGO i tworzą kompleksy wyciszające (RISC) Kompleksy wyciszające mogą działać potranskrypcyjnie,, poprzez cięcie mrna lub inhibicję translacji Kompleksy wyciszające mogą zmieniać strukturę chromatyny poprzez metylację DNA lub modyfikację białek histonowych 52
53 microrna - mirna uważa się, że mirna wyewoluowały z sirna powstają i dojrzewają w podobny (do pewnego stopnia) sposób mirna są kodowane przez specyficzne geny MIR,, ale wpływają na ekspresję innych genów są cząsteczkami regulatorowymi działającymi in trans mirna u roślin (również u zwierząt) regulują procesy rozwojowe i fizjologiczne 53
54 microrna - mirna microrna działaja poprzez cięcie mrna lub inhibicję translacji gen MIR Inhibicja translacji AGO AAAn DCL RNA Pol II cięcie cie mrna AGO AAAn AGO AAAn mrna AAAn RNA Pol II 54
55 microrna - mirna aktywna translacja inhibicja inicjacji translacji degradacja mrna inhibicja translacji 55 Stefani G., Slack F. J., (2008) Mol Cell Biol
56 microrna - mirna aktywna translacja degradacja mrna 56 Stefani G., Slack F. J., (2008) Mol Cell Biol
57 Destabilization of target mrna is the predominant reason for reduced protein output. Step 1. Initial effect of mirnas: : inhibition of translation at the initiation step without mrna decay. Step 2. mrna deadenylation by PAN2 PAN3 PAN3 and CCR4 NOT complexes recruited by mirisc as a consequence of translation inhibition that makes poly(a) ) tail more accessible. Step3. Stimulated deadenylation potentiates the effect on translational inhibition and leads to decay of target mrnas through the recruitment of the decapping machinery. 57
58 Geny MIR: : transkrypcja długich d cząsteczek pri-mi mirna z których powstają mirna mirna są kodowane przez geny MIR pierwotne transkrypty mirna (pri-mirna) tworzą drugorzędowe, dwuniciowe struktury, które są rozpoznawane i cięte przez białka Dicer (u roślin DCL1) nić mirna* jest degradowana MIR gene 5' pri-mirna 3' DCL1 5' mirna 3' mirna* mirna mrna target 58
59 Biogeneza mirna u roślin transkrypcja DNA pri-mirna HYL1: oddziaływanie z DCL1 cięcie cie mirna mirna* HEN1: metylotransferaza, metylacja mirna/mirna mirna* HST (HASTY( HASTY): eksport mirna/mirna mirna* do cytoplazmy, homolog eksportyny 5 metylacja eksport tworzenie kompleksu RISC jądro komórkowe cytoplazma mrna Mallory A., Vaucheret H. (2006) Nature Genet. cięcie cie mrna 59
60 Biogeneza mirna u zwierząt DNA transkrypcja pri-mirna Drosha+DGCR8 (Pasha cięcie cie pri-mirna pre-mirna Pasha): jądro komórkowe cięcie cie pre-mirna EXP5 (eksportyna 5): eksport pre-mirna do cytoplazmy cytoplazma eksport pre-mirna Dicer: cięcie cie pre-mirna mirna/mirna mirna* cięcie cie mirna/mirna mirna* tworzenie kompleksu RISC Wg: Ding X.C., Weiler J., Grosshans H. (2009) Trends in Biotechnology 60
61 Biogeneza mirna u roślin i zwierząt eksport z jądra j komórkowego do cytoplazmy pri-mirna pri-mirna MIRTRONY 61 Carthew R. W., Sontheimer E. J., (2009) Cell
62 Mirtrony występuj pują u D. melanogaster, C. elegans,, ssaków lariat powstaja z intronów wyciętych z pre-mrna podczas składania mrna (splicing) niezależne ne od Drosha rozcięcie cie struktury lariatu (debranching) prowadzi do powstania pre-mirna pre-mirna mirna biogeneza mirna 62 Kim V. N., Han J., Siomi M.C. (2009) Mol Cell Biol
63 Niektóre mirna są konserwowanymi ewolucyjnie regulatorami ekspresji genów Factors Factors Blisko połowa spośród genów regulowanych przez mirna to czynniki transkrypcyjne Fahlgren,, N., Howell, M.D., Kasschau,, K.D., Chapman, E.J., Sullivan, C.M., Cumbie,, J.S., Givan,, S.A., Law, T.F., Grant, S.R., Dangl,, J.L., and Carrington, J.C. (2007) PLoS ONE. 63
64 Przykłady genów regulowanych przez mirna u roślin rodzina mirna rodzina genów regulowanych przez mirna funkcja 156 czynniki transkrypcyjne SPL Synchronizacja procesów rozwojowych 160 czynniki transkrypcyjne ARF Odpowiedź na auksyny, procesy rozwojowe 165 czynniki transkrypcyjne HD-ZIPIII Rozwój, polaryzacja 172 czynniki transkrypcyjne AP2 Synchronizacja procesów rozwojowych, floral organ identity 390 TAS3 (tasirna regulują ekspresję czynników transkrypcyjnych ARF) Odpowiedź na auksyny, procesy rozwojowe 395 Transport siarczanów Asymilacja siarki 399 Ubikwitynacja białek Asymilacja fosforu 64 Wg Willmann,, M.R., and Poethig,, R.S. (2007) Curr. Opin.. Plant Biol.
65 mirna - podsumowanie Uważa się, że mirna regulują większość procesów biologicznych zarówno u roślin jak i zwierząt, kontrolując ekspresję specyficznych genów działając in trans mirna regulują procesy rozwojowe: np. u A. thaliana mir156 i mir172 regulują procesy kwitnienia; u C. elegans wyciszenie lin-14 przez lin-4 jest potrzebne do prawidłowego rozwoju mirna działają głównie poprzez obniżenie poziomu mrna, ale również poprzez inhibicję translacji 65
66 Małe RNA niezależne od Dicer: pirna ~25-30 nt,, 2 -O-metylowane 2 końce 3 3 występuj pują u zwierząt, zidentyfikowane w liniach komórek rozrodczych D. melanogaster wiążą się z białkami PIWI: Piwi, Aubergine,, Ago3 D. melanogaster MILI, MIWI, MIWI2 mysie HILI, HIWI1, HIWI2 ludzkie C. elegans 21U RNA 21 nt wiąż ąże e PRG-1 (Piwi Piwi-related gene 1) metylacja końca 3 3 wyciszanie transpozonów i powtórze rzeń DNA, u ssaków metylacja DNA sekwencji transpozonowych 66 Ghildiyal & Zamore (2009) Nat Rev Genet
67 67 Ghildiyal & Zamore (2009) Nat Rev Genet
68 Małe RNA niezależne od Dicer prirna primal small RNAs zidentyfikowane u S.pombe tworzenie/utrzymywanie heterochromatyny w rejonach centromerowych Triman: : 3-5 egzorybonukleaza obróbka prekursorów prirna i sirna 68
69 Podsumowanie Wyciszanie genów w za pośrednictwem małych RNA odgrywa istotną rolę zarówno w regulacji ekspresji, jak i w zachowaniu integralności genomów organizmów żywych. Specyficzność wyciszenia określonych genów zapewniona jest dzięki komplementarności zasad między małym wyciszającym cym RNA, a RNA ulegającym wyciszeniu. Za pośrednictwem sirna wyciszane sąs m.in. regiony bogatej w powtórzenia DNA heterochromatyny, sekwencje transpozonowe,, wirusy i inne patogeny. mirna i tasirna regulują m.in. ekspresję genów związanych zanych z zegarem biologicznym, rozwojem, reakcją na stres. 69
Świat małych RNA. Monika Zakrzewska-Płaczek
Świat małych RNA Monika Zakrzewska-Płaczek monika.z@ibb.waw.pl Małe RNA (small RNAs, srnas) srna 21-30 nt wyciszanie ekspresji genów: (gene silencing, RNA silencing) post-transkrypcyjne wyciszanie genów
Bardziej szczegółowoEndo-siRNA: 32 Ghildiyal & Zamore (2009) Nat Rev Genet
Endo-siRNA sirna: 32 Ghildiyal & Zamore (2009) Nat Rev Genet Większość endogennych sirna powstaje z transpozonów i powtórzeń sekwencji DNA Chromosom Centromer małe RNA transpozony retrotranspozony Wysoko-przepustowe
Bardziej szczegółowoMałe RNA i epigenetyczna regulacja ekspresji genów
Małe RNA i epigenetyczna regulacja ekspresji genów Monika Zakrzewska-Płaczek monika.z@ibb.waw.pl Małe RNA (small RNAs, srnas) srna 21-30 nt wyciszanie ekspresji genów: (gene silencing, RNA silencing) post-transkrypcyjne
Bardziej szczegółowoMałe RNA i mechanizmy epigenetycznej regulacji ekspresji genów. dr Monika Zakrzewska-Płaczek
Małe RNA i mechanizmy epigenetycznej regulacji ekspresji genów dr Monika Zakrzewska-Płaczek monika.z@ibb.waw.pl Małe RNA (small RNAs, srnas, smrnas) srna 21-30 nt wyciszanie ekspresji genów: Specyficzność
Bardziej szczegółowoBadanie funkcji genu
Badanie funkcji genu Funkcję genu można zbadać różnymi sposobami Przypadkowa analizy funkcji genu MUTACJA FENOTYP GEN Strategia ukierunkowanej analizy funkcji genu GEN 1. wprowadzenie mutacji w genie 2.
Bardziej szczegółowoTRANSLACJA II etap ekspresji genów
TRANSLACJA II etap ekspresji genów Tłumaczenie informacji genetycznej zawartej w mrna (po transkrypcji z DNA) na aminokwasy budujące konkretne białko. trna Operon (wg. Jacob i Monod) Zgrupowane w jednym
Bardziej szczegółowoArabidopsis thaliana jako organizm modelowy
Arabidopsis thaliana jako organizm modelowy Arabidopsis thaliana mały jednoroczny chwast z rodziny Brassicaceae (krzyżowe) odkryty w XVI w przez Johannesa Thala thaliana w 1873 zidentyfikowano pierwszego
Bardziej szczegółowoBadanie funkcji genu
Badanie funkcji genu Funkcję genu można zbadać różnymi sposobami Przypadkowa analizy funkcji genu MUTACJA FENOTYP GEN Strategia ukierunkowanej analizy funkcji genu GEN 1. wprowadzenie mutacji w genie 2.
Bardziej szczegółowoODKRYCIE POLIMERAZY RNA IV
ODKRYCIE POLIMERAZY RNA IV Ewa Róg-ZieliR Zielińska POLIMERAZY RNA U eukariota występuj pują trzy podstawowe rodzaje polimeraz RNA zależnych od DNA Wszystkie te polimerazy są złożone one z około o 12-17
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Budowa rybosomu Translacja
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoThe Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna
Streszczenie rozprawy doktorskiej pt. The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna mgr Tomasz Turowski, promotor prof. dr hab.
Bardziej szczegółowoGen eukariotyczny. Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne
Gen eukariotyczny Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne Definicja genu Region DNA, który określa dziedziczoną cechę organizmu; zwykle koduje pojedyncze białko lub RNA. Zawiera całą funkcjonalną
Bardziej szczegółowoGen eukariotyczny. Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne
Gen eukariotyczny Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne Literatura Allison, r. 13 Brown, r. 12.2 Definicja genu Region DNA, który określa dziedziczoną cechę organizmu; zwykle koduje pojedyncze
Bardziej szczegółowoMarek Figlerowicz 1, Agata Tyczewska 1, Magdalena Figlerowicz 2
PRZEGL EPIDEMIOL 2006; 60: 693 700 Marek Figlerowicz 1, Agata Tyczewska 1, Magdalena Figlerowicz 2 Wpływ małych regulatorowych RNA na przebieg zakażeń wirusowych nowe strategie leczenia zakażeń HCV 1 Zespół
Bardziej szczegółowoWykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
Bardziej szczegółowoGen eukariotyczny. Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne
Gen eukariotyczny Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne Literatura Allison, r. 13 Brown, r. 12.2 Poziom RNA w komórce dojrzewanie/obróbka synteza degradacja Rys. dr Monika Zakrzewska-Płaczek,
Bardziej szczegółowoTRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów
Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja
Bardziej szczegółowoTATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe
Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów
Bardziej szczegółowoBadanie funkcji genu
Badanie funkcji genu Funkcję genu można zbadać różnymi sposobami Przypadkowa analizy funkcji genu MUTACJA FENOTYP GEN Strategia ukierunkowanej analizy funkcji genu GEN 1. wprowadzenie mutacji w genie 2.
Bardziej szczegółowoGen eukariotyczny. Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne
Gen eukariotyczny Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne 1 Klasyczne wyobrażenie genu fragment DNA, który koduje funkcjonalny mrna Wszystkie transkrypty mrna mają niekodujące fragmenty 5 i 3 końcowe
Bardziej szczegółowoRegulacja ekspresji genów. Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego.
Regulacja ekspresji genów Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Problem: jak sprawić aby z jednej komórki powstał wielokomórkowy
Bardziej szczegółowoWARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS
WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS KOLOKWIA; 15% KOLOKWIA-MIN; 21% WEJŚCIÓWKI; 6% WEJŚCIÓWKI-MIN; 5% EGZAMIN; 27% EGZAMIN-MIN; 26% WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS kolokwium I 12% poprawa kolokwium
Bardziej szczegółowoGen eukariotyczny. Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne
Gen eukariotyczny Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne 1 Definicja genu } Region DNA, który określa dziedziczoną cechę organizmu; zwykle koduje pojedyncze białko lub RNA. } Zawiera całą funkcjonalną
Bardziej szczegółowoGen eukariotyczny. Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne
Gen eukariotyczny Działanie i regulacja etapy posttranskrypcyjne 1 Geny eukariotyczne Procesy transkrypcji i translacji są rozdzielone w przestrzeni i czasie Każdy gen ma własny promotor, nie występują
Bardziej szczegółowosrna: małe cząsteczki o dużych możliwościach
Plan srna: małe cząsteczki o dużych możliwościach Marek Daniel Koter, Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin Wydział Ogrodnictwa, Biotechnologii i Architektury Krajobrazu Szkoła
Bardziej szczegółowoWykład 5. Remodeling chromatyny
Wykład 5 Remodeling chromatyny 1 Plan wykładu: 1. Przebudowa chromatyny 2. Struktura, funkcje oraz mechanizm działania kompleksów remodelujących chromatynę 3. Charakterystyka kompleksów typu SWI/SNF 4.
Bardziej szczegółowoDNA musi współdziałać z białkami!
DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji
Bardziej szczegółowoZgodnie z tzw. modelem interpunkcji trna, cząsteczki mt-trna wyznaczają miejsca
Tytuł pracy: Autor: Promotor rozprawy: Recenzenci: Funkcje białek ELAC2 i SUV3 u ssaków i ryb Danio rerio. Praca doktorska wykonana w Instytucie Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii UW Lien Brzeźniak
Bardziej szczegółowoDNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro
DNA- kwas deoksyrybonukleinowy: DNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro RNA- kwasy rybonukleinowe: RNA matrycowy (mrna) transkrybowany
Bardziej szczegółowoWYKŁAD: Klasyczny przepływ informacji ( Dogmat) Klasyczny przepływ informacji. Ekspresja genów realizacja informacji zawartej w genach
WYKŁAD: Ekspresja genów realizacja informacji zawartej w genach Prof. hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej Klasyczny przepływ informacji ( Dogmat) Białka Retrowirusy Białka Klasyczny
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Bardziej szczegółowoCałogenomowa analiza niskocząsteczkowych RNA, pochodzących z trna w Arabidopsis thaliana
UNIWERSYTET IM. ADAMA MICKIEWICZA Wydział Biologii Całogenomowa analiza niskocząsteczkowych RNA, pochodzących z trna w Arabidopsis thaliana Agnieszka Thompson Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury
Bardziej szczegółowoJak działają geny. Podstawy biologii molekularnej genu
Jak działają geny Podstawy biologii molekularnej genu Uniwersalność życia Podstawowe mechanizmy są takie same u wszystkich znanych organizmów budowa DNA i RNA kod genetyczny repertuar aminokwasów budujących
Bardziej szczegółowoINICJACJA ELONGACJA TERMINACJA
INICJACJA ELONGACJA TERMINACJA 2007 by National Academy of Sciences Kornberg R D PNAS 2007;104:12955-12961 Struktura chromatyny pozwala na różny sposób odczytania informacji zawartej w DNA. Możliwe staje
Bardziej szczegółowoEkspresja informacji genetycznej
Ekspresja informacji genetycznej Informacja o budowie i funkcjonowaniu organizmu jest zakodowana w sekwencji nukleotydów cząsteczek DNA i podzielona na dużą liczbę genów. Gen jest odcinkiem DNA kodującym
Bardziej szczegółowoHistoria informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją).
Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją). Czym jest życie? metabolizm + informacja (replikacja) 2 Cząsteczki organiczne mog y powstać w atmosferze pierwotnej
Bardziej szczegółowoSkładniki diety a stabilność struktury DNA
Składniki diety a stabilność struktury DNA 1 DNA jedyna makrocząsteczka, której synteza jest ściśle kontrolowana, a powstałe błędy są naprawiane DNA jedyna makrocząsteczka naprawiana in vivo Replikacja
Bardziej szczegółowoTHE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE
THE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE Anna Czarnecka Źródło: Intercellular signaling from the endoplasmatic reticulum to the nucleus: the unfolded protein response in yeast and mammals Ch. Patil & P. Walter The
Bardziej szczegółowomirna i zmiany faz wzrostu wegetatywnego
mirna i zmiany faz wzrostu wegetatywnego mir156 reguluje ekspresję genów SPL (SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN-LIKE) Defekty morfologiczne wywołane nadekspresją mirna w Arabidopsis" mirna156 mirna166
Bardziej szczegółowoDr hab. Anna Bębenek Warszawa,
Dr hab. Anna Bębenek Warszawa, 14.01. 2018 Instytut Biochemii i Biofizyki PAN Ul. Pawińskiego 5a 02-106 Warszawa Recenzja pracy doktorskiej Pana mgr Michała Płachty Pod Tytułem Regulacja funkcjonowania
Bardziej szczegółowoEpigenetyczna regulacja ekspresji genów w trakcie rozwoju zwierząt i roślin
Epigenetyczna regulacja ekspresji genów w trakcie rozwoju zwierząt i roślin Rozwój jest z natury epigenetyczny te same geny w różnych tkankach i komórkach utrzymywane są w stanie aktywnym lub wyciszonym
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Transgeneza - genetycznie zmodyfikowane oraganizmy 2. Medycyna i ochrona zdrowia 3. Genomika poznawanie genomów Przełom XX i
Bardziej szczegółowoNowe oblicze RNA. Józef Dulak. Zakład Biotechnologii Medycznej Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytet Jagielloński
Nowe oblicze RNA Józef Dulak DMB Zakład Biotechnologii Medycznej Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytet Jagielloński biotka.mol.uj.edu.pl/~hemeoxygenase 9 grudnia 2006 Regulacja ekspresji
Bardziej szczegółowoTranskrypcja i obróbka RNA. Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego.
Transkrypcja i obróbka RNA Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Centralny dogmat biologii molekularnej: sekwencja DNA zostaje
Bardziej szczegółowoWykład 1. Od atomów do komórek
Wykład 1. Od atomów do komórek Skład chemiczny komórek roślinnych Składniki mineralne (nieorganiczne) - popiół Substancje organiczne (sucha masa) - węglowodany - lipidy - kwasy nukleinowe - białka Woda
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki molekularnej
Podstawy genetyki molekularnej Materiał genetyczny Materiałem genetycznym są kwasy nukleinowe Materiałem genetycznym organizmów komórkowych jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA) 5 DNA zbudowany jest z nukleotydów
Bardziej szczegółowoZmiany epigenetyczne a dieta
GENO-centryczne teorie mają ograniczony zasięg Klasyczna genetyka nie może wytłumaczyć na przykład : Zmiany epigenetyczne a dieta 1. różnorodności fenotypowej w obrębie populacji; 2. dlaczego bliźniaki
Bardziej szczegółowoPOLIMERAZY DNA- PROCARYOTA
Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna
Bardziej szczegółowoTom 53, 2004 Numer 2 (263) Strony POTRANSKRYPCYJNE WYCISZANIE GENÓW U ROŚLIN
Tom 53, 2004 Numer 2 (263) Strony 193 200 MARTA AROCKA i MAGDALENA WOŁOSZYŃSKA Zakład Biologii Molekularnej Komórki Instytut Biochemii i Biologii Molekularnej, Uniwersytet Wrocławski rzybyszewskiego 63/77,
Bardziej szczegółowoRegulacja Ekspresji Genów
Regulacja Ekspresji Genów Wprowadzenie o Ekspresja genu jest to złożony proces jego transkrypcji do mrna, o Obróbki tego mrna, a następnie o Translacji do białka. 4/17/2019 2 4/17/2019 3 E 1 GEN 3 Promotor
Bardziej szczegółowoBiogeneza roślinnych mikro RNA
Biogeneza roślinnych mikro RNA Łukasz Sobkowiak Bogna Szarzyńska Zofia Szweykowska-Kulińska Zakład Ekspresji Genów, Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet im. Adama
Bardziej szczegółowoBUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO
BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i
Bardziej szczegółowoInformacje dotyczące pracy kontrolnej
Informacje dotyczące pracy kontrolnej Słuchacze, którzy z przyczyn usprawiedliwionych nie przystąpili do pracy kontrolnej lub otrzymali z niej ocenę negatywną zobowiązani są do dnia 06 grudnia 2015 r.
Bardziej szczegółowoNowe oblicze świata RNA
NAUKA 2/2009 93-109 AGATA TYCZEWSKA 1, MAREK FIGLEROWICZ 2 Nowe oblicze świata RNA Wstęp Jednym z najistotniejszych osiągnięć biologii w drugiej połowie XX wieku było poznanie podstaw molekularnych procesu
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
Bardziej szczegółowoTECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
Bardziej szczegółowoWYCISZANIE GENÓW JAKO STRATEGIA BADANIA ICH FUNKCJI W ROŚLINACH ANITA WIŚNIEWSKA*, MARCIN FILIPECKI
WYCISZANIE GENÓW JAKO STRATEGIA BADANIA ICH FUNKCJI W ROŚLINACH GENE SILENCING AS A STRATEGY FOR ANALYSIS OF GENE FUNCTION IN PLANTS ANITA WIŚNIEWSKA*, MARCIN FILIPECKI Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii
Bardziej szczegółowoGeny i działania na nich
Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których
Bardziej szczegółowo1. Na podanej sekwencji przeprowadź proces replikacji, oraz do obu nici proces transkrypcji i translacji, podaj zapis antykodonów.
mrna 1. Na podanej sekwencji przeprowadź proces replikacji, oraz do obu nici proces transkrypcji i translacji, podaj zapis antykodonów. GGA CGC GCT replikacja CCT GCG CGA transkrypcja aminokwasy trna antykodony
Bardziej szczegółowoPOLIMERAZY DNA- PROCARYOTA
Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Transkrypcja RNA
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Transkrypcja RNA SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoTranslacja i proteom komórki
Translacja i proteom komórki 1. Kod genetyczny 2. Budowa rybosomów 3. Inicjacja translacji 4. Elongacja translacji 5. Terminacja translacji 6. Potranslacyjne zmiany polipeptydów 7. Translacja a retikulum
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoMikroRNA: nowe mechanizmy regulacji ekspresji genów
MikroRNA: nowe mechanizmy regulacji ekspresji genów STRESZCZENIE MikroRNA to grupa małych, niekodujących RNA, które w postaci dojrzałej regulują ekspresję genów na poziomie potranskrypcyjnym. Wchodząc
Bardziej szczegółowoZawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów
Zawartość 139585 Wstęp 1. Historia wirusologii 2. Klasyfikacja wirusów 3. Struktura cząstek wirusowych 3.1. Metody określania struktury cząstek wirusowych 3.2. Budowa cząstek wirusowych o strukturze helikalnej
Bardziej szczegółowoRegulacja transkrypcji genów eukariotycznych
Regulacja transkrypcji genów eukariotycznych Dr hab. Marta Koblowska, prof. UW Zakład Biologii Systemów, Wydział Biologii UW Pracownia Analiz Mikromacierzy i Sekwencjonowania UW/IBB PAN Klasyczne wyobrażenie
Bardziej szczegółowoCo to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2
ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH
Bardziej szczegółowoWyciszanie ekspresji genów i nowe narzędzia biologii molekularnej roślin. Gene silencing and new tools in plant molecular biology
Wyciszanie ekspresji genów i nowe narzędzia biologii molekularnej roślin Gene silencing and new tools in plant molecular biology MAREK KOTER1, JACEK HENNIG2 Spis treści: Contents: I. W stęp II. Kosupresja
Bardziej szczegółowoZarówno u organizmów eukariotycznych, jak i prokariotycznych proces replikacji ma charakter semikonserwatywny.
HIPTEZY WYJAŚIAJĄCE MECHAIZM REPLIKACJI C. Model replikacji semikonserwatywnej zakłada on, że obie nici macierzystej cząsteczki DA są matrycą dla nowych, dosyntetyzowywanych nici REPLIKACJA każda z dwóch
Bardziej szczegółowoProkariota i Eukariota
Prokariota i Eukariota W komórkach organizmów żywych ilość DNA jest zazwyczaj stała i charakterystyczna dla danego gatunku. ILOŚĆ DNA PRZYPADAJĄCA NA APARAT GENETYCZNY WZRASTA WRAZ Z BARDZIEJ FILOGENETYCZNIE
Bardziej szczegółowomikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii
Zawartość 139371 1. Wstęp zarys historii genetyki, czyli od genetyki klasycznej do genomiki 2. Chromosomy i podziały jądra komórkowego 2.1. Budowa chromosomu 2.2. Barwienie prążkowe chromosomów 2.3. Mitoza
Bardziej szczegółowoNUTRIGENOMIKA na co mają geny apetyt. Ewa Róg - Zielińska
NUTRIGENOMIKA na co mają geny apetyt Ewa Róg - Zielińska NUTRIGENOMIKA badanie zależności między żywieniem a odpowiedzią organizmu na poziomie ekspresji genów dieta ma wpływ na każdy etap ekspresji - na
Bardziej szczegółowoWprowadzenie. DNA i białka. W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej.
Wprowadzenie DNA i białka W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej. Białka: łańcuchy złożone z aminokwasów (kilkadziesiąt kilkadziesiąt
Bardziej szczegółowoKomórka eukariotyczna
Komórka eukariotyczna http://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=plik:hela_cells_stained_with_hoechst_33258.jpg cytoplazma + jądro komórkowe = protoplazma W cytoplazmie odbywa się: cała przemiana materii,
Bardziej szczegółowoKwasy nukleinowe. Replikacja
Kwasy nukleinowe Replikacja Białko Helikaza Prymaza SSB Funkcja w replikacji DNA Rozplata podwójną helisę Syntetyzuje starterowy odcinek RNA Stabilizuje regiony jednoniciowe Gyraza DNA Wprowadza ujemne
Bardziej szczegółowoGENOM I JEGO STRUKTURA
GENOM I JEGO STRUKTURA GENOM Ogół materiału genetycznego (kwasu nukleinowego niosącego informację genetyczną) zawartego w pojedynczej części składowej (komórce, cząstce wirusa) organizmu 1 Genom eukariotyczny
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Kolokwium (14pkt) Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN
Bardziej szczegółowoProf. dr.hab. Andrzej Kaczanowski Instytut Zoologii Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego
1 Prof. dr.hab. Andrzej Kaczanowski 26.10. 2017 Instytut Zoologii Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego kaczan@biol.uw.edu.pl Recenzja rozprawy doktorskiej Pani mgr. Julity Gruchoty p.t. Proces rearanżacji
Bardziej szczegółowoBudowa histonów rdzeniowych
Histony rdzeniowe Budowa histonów rdzeniowych Histon H4 Silnie dodatnio naładowany N-koniec białka Globularna hydrofobowa domena odpowiedzialna za oddziaływania histon-histon oraz histon-dna Domena histonowa
Bardziej szczegółowoWprowadzenie do biologii molekularnej.
Wprowadzenie do biologii molekularnej. Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Biologia molekularna zajmuje się badaniem biologicznych
Bardziej szczegółowoRola chromatyny w regulacji ekspresji genów. Monika Zakrzewska-Płaczek
Rola chromatyny w regulacji ekspresji genów Monika Zakrzewska-Płaczek monika.z@ibb.waw.pl Epigenetyczna etyczna regulacja ekspresji genów zmiana ekspresji genu, która zachodzi bez zmiany sekwencji DNA
Bardziej szczegółowoRN Ai interferencja RN A skuteczny sposób na ciszę* RNAi RNA interference an efficient way for silence
RN Ai interferencja RN A skuteczny sposób na ciszę* RNAi RNA interference an efficient way for silence DANIEL BĄK Spis treści: Contents: I. Czym jest interferencja RNA (ang. R N A i)! II. M echanizm RNAi
Bardziej szczegółowoMikrosatelitarne sekwencje DNA
Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012
Bardziej szczegółowoZmiany epigenetyczne a dieta
Zmiany epigenetyczne a dieta Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zmiany epigenetyczne a dieta 1 Chromatyna ulega kondensacji i dekondensacji podczas cyklu komórkowego stopień jej kondensacji wpływa
Bardziej szczegółowoFragment cząsteczki DNA stanowiący matrycę dla syntezy cząsteczki lub podjednostki białka nazywamy GENEM
KONTROLA EKSPRESJI GENU PRZEKAZYWANIE INFORMACJI GENETYCZNEJ Informacja genetyczna - instrukcje kierujące wszystkimi funkcjami komórki lub organizmu zapisane jako określone, swoiste sekwencje nukleotydów
Bardziej szczegółowo2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy
Metody analizy DNA 1. Budowa DNA. 2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy 3. Klonowanie in vivo a. w bakteriach, wektory plazmidowe b. w fagach, kosmidy c. w drożdżach,
Bardziej szczegółowoOcena rozprawy doktorskiej mgr Justyny Kowalczyk
Dr hab. Paweł Bednarek, prof. IChB PAN Instytut Chemii Bioorganicznej PAN ul. Noskowskiego 12/14 61-704 Poznań Ocena rozprawy doktorskiej mgr Justyny Kowalczyk Identyfikacja i charakterystyka nowego regulatora
Bardziej szczegółowoKlonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
Bardziej szczegółowoRola chromatyny w regulacji ekspresji genów. Monika Zakrzewska-Płaczek
Rola chromatyny w regulacji ekspresji genów Monika Zakrzewska-Płaczek monika.z@ibb.waw.pl Co oznacza epigenetyka? Epigenetyczna regulacja ekspresji genów = zmiana ekspresji genu, która zachodzi bez zmiany
Bardziej szczegółowobiałka wiążące specyficzne sekwencje DNA czynniki transkrypcyjne
białka wiążące specyficzne sekwencje DNA czynniki transkrypcyjne http://www.umass.edu/molvis/bme3d/materials/jtat_080510/exploringdna/ch_flex/chapter.htm czynniki transkrypcyjne (aktywatory/represory)
Bardziej szczegółowoBiotechnologia i inżynieria genetyczna
Wersja A Test podsumowujący rozdział II i inżynieria genetyczna..................................... Imię i nazwisko.............................. Data Klasa oniższy test składa się z 16 zadań. rzy każdym
Bardziej szczegółowoETYCZNE ASPEKTY INŻYNIERII GENETYCZNEJ
ETYCZNE ASPEKTY INŻYNIERII GENETYCZNEJ Paweł Bortkiewicz UAM bortpa@amu.edu.pl INŻYNIERIA GENETYCZNA (REKOMBINACJA DNA IN VITRO) zespół technik pozwalających na zamierzone, kontrolowane, przewidziane przez
Bardziej szczegółowoMetody bioinformatyki. Ekspresja genów. prof. dr hab. Jan Mulawka
Metody bioinformatyki Ekspresja genów prof. dr hab. Jan Mulawka Genetyczny skład prawie wszystkich komórek somatycznych organizmów wielokomórkowych jest identyczny. Fenotyp (swoistość tkankowa lub komórkowa)
Bardziej szczegółowo