Prezentacja przygotowana dla studentów I roku kierunku GENETYKA. Studia stacjonarne II stopnia. Rok akademicki 2016/2017

Transkrypt

1 Prezentacja przygotowana dla studentów I roku kierunku GENETYKA Studia stacjonarne II stopnia Rok akademicki 2016/2017

2 Po pierwszym semestrze nauki, Student wybiera katedrę, zakład lub pracownię, w której planuje przygotować pracę magisterską

3 Aby ułatwić Państwu ten wybór, na kolejnych slajdach przedstawiono poszczególne jednostki, wraz z przygotowanymi specjalnie dla Państwa propozycjami tematów prac magisterskich, planowanych do realizacji na kierunku Genetyka w roku akademickim 2016/2017

4 Zachęcamy do zapoznania się z propozycjami oraz do wizyt w poszczególnych jednostkach, zwłaszcza w tych, których oferty nie mieli Państwo okazji poznać podczas zajęć w tym semestrze.

5 KATEDRA CYTOBIOCHEMII

6 Katedra Cytobiochemii pracownicy samodzielni: prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska (kierownik Katedry) prof. dr hab. Magdalena Bryś, dr hab. Anna Krześlak, prof. nadzw. UŁ, dr hab. Małgorzata Rogalińska TEMATY BADAWCZE Sygnalizacja estrogenowa w patofizjologii jelit Ekspresja receptorów związanych z białkami G w raku endometrium Zmienność genów naprawy DNA w raku prostaty Epigenetyczna regulacja receptora androgenów w raku piersi Czynniki genetyczne wpływające na niepłodność mężczyzn

7 Katedra Cytobiochemii TEMATY BADAWCZE Rola białek Polycomb w regulacji ekspresji genów związanych z transformacją nowotworową Białka TET i O-GlcNAc transferaza w progresji raka piersi i endometrium Udział mitochondrialnej izoformy O-GlcNAc transferazy w metabolizmie komórek nowotworowych Poszukiwanie nowych, naturalnych związków anty-nowotworowych indukujących apoptozę komórek białaczkowych; personalizacja terapii przewlekłej białaczki limfocytowej

8 Katedra Cytobiochemii MATERIAŁ Nowotwory endometrium, jelita grubego, piersi, prostaty, tarczycy, białaczka limfocytowa B-komórkowa, choroby zapalne jelit METODY Hodowle komórkowe, modele zwierzęce Real-Time PCR Western blotting ChiP (chromatin immunoprecipitation) interferencja RNA wektory plazmidowe do wyciszania lub nadekspresji genów obrazowanie immunofluorescencyjne sekwencjonowanie DNA testy oceniające przeżywalność, proliferację i zdolność komórek do migracji

9 KATEDRA GENETYKI MOLEKULARNEJ

10 Proponowane tematy prac magisterskich: Autofagia jako cel terapii chorób oczu Apoptoza, autofagia, starzenie i senscencja, a zdolność proliferacyjna komórek rogówki Epigenetyczna regulacja reakcji na uszkodzenia DNA w migrenie Udział RUNX2 w reakcji komórki na uszkodzenia DNA i różnicowaniu osteoblastów Wzajemna zależność autofagii i stanu zapalnego w tętniakach wewnątrzczaszkowych

11 Proponowane tematy prac magisterskich: Efektywność naprawy jedno i dwuniciowych pęknięć DNA w raku endometrium Naprawa DNA w warunkach hipoksji Znaczenie sumoilacji białek w naprawie DNA Analiza cytotoksycznych i antyproliferacyjnych właściwości związków modulujących homeostazę redoks w komórkach nowotworowych i prawidłowych Badanie mechanizmu uwrażliwiania komórek nowotworowych na chemioterapię za pomocą nowych inhibitorów naprawy DNA Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ

12 Proponowane tematy prac magisterskich: Aspekty genetyczne i epigenetyczne szlaku syntezy katabolitów tryptofanu w zaburzeniach depresyjnych Aspekty genetyczne i epigenetyczne stresu oksydacyjnego i nitryzacyjnego w zaburzeniach depresyjnych Ekstrakty z korzeni transformowanych, jako potencjalne stymulatory apoptozy komórek guzów litych Białka naprawy pęknięć dwuniciowych DNA jako cele dla spersonalizowanej terapii przeciwnowotworowej opartej na syntetycznej letalności Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ

13 PRACOWNIA CYTOGENETYKI

14 Pracownia Cytogenetyki dr hab. Renata Kontek prof. nadzw. UŁ pok. A307) dr hab. Alina Błaszczyk prof. nadzw. UŁ pok. A308) dr Beata Marciniak adiunkt pok. A333) Tematyka badawcza: badania właściwości biologicznych związków pochodzenia naturalnego (potencjalnych biofarmaceutyków) oraz nowozsyntetyzowanych związków chemicznych o charakterze przeciwnowotoworowym: cytotoksyczność stres oksydacyjny indukcja apoptozy i nekrozy stopień proliferacji komórek (indeks mitotyczny, cykl komórkowy) genotoksyczność związków o potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej: badania indukcji uszkodzeń DNA i ich naprawy w warunkach in vitro badanie indukcji aberracji chromosomowych i mikrojąder oraz zaburzeń w przebiegu mitozy) Materiał badawczy: prawidłowe (limfocyty) i nowotworowe komórki człowieka Metody: hodowle komórkowe, test MTT, test komety (analiza uszkodzeń i naprawy DNA), cytometria przepływowa, podwójne barwienia fluorochromami, mikroskopia świetlna i fluorescencyjna, metoda TUNEL, metody immunofluorescencyjne pozwalające na analizę struktur komórkowych (np. mikrotubul i wrzeciona podziałowego), badanie poziomu stresu oksydacyjnego w komórkach

15 Pracownia Cytogenetyki Instytut Biologii eksperymentalnej Tematyka planowanych prac magisterskich: Badanie stopnia cytotoksyczności naturalnych substancji bioaktywnych występujących w rokitniku zwyczajnym Indukcja apoptozy i nekrozy po działaniu pochodnych furylowych aminofosfonianów na wybrane typy komórek nowotworowych człowieka Badanie biologicznych właściwości nowych pochodnych kwasu rycynolowego związków o potencjalnych właściwościach przeciwnowotworowych Obraz komety (metoda elektroforezy pojedynczych komórek w żelu agarozowym) Metoda podwójnych barwień fluorochromami (rozróżnianie komórek żywych, apoptotycznych i nekrotycznych) Test MTT (ocena cytotoksyczności związków chemicznych)

16 KATEDRA CYTOFIZJOLOGII

17

18

19 N C H C H N = N = N O H N S H N N H O

20 ZAKŁAD GENETYKI DROBNOUSTROJÓW

21 Zakład Genetyki Drobnoustrojów dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ - kierownik zakładu, dr Anita Ciesielska, dr Aleksandra Strzelczyk, dr Paulina Jęcz Oznaczanie aktywności biologicznej nowosyntetyzowanych pochodnych tiosemikarbazydów jako potencjalnych leków antybakteryjnych - Małocząsteczkowe związki (masa <400) - Syntetyzowane w wyniku reakcji hydrazydu kwasu heterokarboksylowego z odpowiednim izotiocyjanianem - Siarkoorganiczne odpowiedniki semikarbazydów hydrazydów kwasu karbaminowego (aminomocznika) ogólny wzór tiosemikarbazydu Wykazują właściwości: antybakteryjne, przeciwgrzybicze, przeciwwirusowe, przeciwpasożytnicze, owadobójcze i chwastobójcze, przeciwnowotworowe, przeciwzapalne, antydepresyjne

22 Zakład Genetyki Drobnoustrojów Analiza ekspresji genów patogenności chorobotwórczych grzybów skórnych (dermatofitów) w odpowiedzi na czynniki środowiskowe charakterystyczne dla fazy zakażenia. komputerowe analizy genomów dermatofitów Trichophyton Microsporum pomiar ekspresji wybranych genów, w tym transporterów leków z rodziny białek ABC, przy zastosowaniu technik qpcr oraz RNAseq porównawcza analiza proteomu dermatofitów hodowanych w obecności zmiennych parametrów środowiskowych Proteomic analysis Sample preparation 1-D, 2-D SDS-PAGE LC-MS/MS, MALDI TOF/TOF Protein identification using bioinformatic software (eg. Mascot) Transcriptomic analysis RNA libraries preparation sequencing (total reads) Data processing (clean reads) gene assembly Analysis of changes in protein profile analysis of changes in gene expression newly discovered genes Epidermophyton PCA- principal component analysis analysis of contigs, transcript annotation, etc.

23 KATEDRA ANTROPOLOGII

24

25 KATEDRA ZOOLOGII BEZKRĘGOWCÓW I HYDROBIOLOGII

26 dr hab. Michał Grabowski, prof. UŁ dr hab. Karolina Bącela-Spychalska dr Tomasz Mamos Ocena różnorodności biologicznej wykrywanie gatunków kryptycznych DNA barcoding (markery mitochondrialne) Filogeografia ocena dróg i dynamiki rozprzestrzeniania się gatunków inwazyjnych przy pomocy markerów molekularnych Filogeneza molekularna pochodzenie i różnicowanie się fauny bezkręgowej Europy Wykrywanie i molekularna identyfikacja pasożytów zwierząt bezkręgowych źródła grafiki: rgbstock, Senckenberg World of Biodiversity, birdtree.org, StudyBlue, Wikipedia, own works

27 Proponowane tematy prac magisterskich: Filogeneza molekularna wybranych grup skorupiaków wód europejskich rekonstruowana na podstawie markerów mitochondrialnych i jądrowych DNA barkoding skorupiaków w wodach Europy - użyteczność różnych markerów mitochondrialnych w identyfikacji i rozgraniczaniu gatunków źródła grafiki: rgbstock, Senckenberg World of Biodiversity, birdtree.org, StudyBlue, Wikipedia, own works

28 Proponowane tematy prac magisterskich: Polimorfizm markerów mitochondrialnych i jądrowych jako wyznacznik struktury genetycznej inwazyjnych skorupiaków Diagnostyka molekularna pasożytów wewnątrzkomórkowych (mikrosporidioz) inwazyjnych gatunków w Europie źródła grafiki: rgbstock, Senckenberg World of Biodiversity, birdtree.org, StudyBlue, Wikipedia, own works

29 Kierownicy Katedr i Zakładów, do których można zgłaszać się w związku z realizacją pracy magisterskie Prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska Katedra Cytobiochemii Prof. dr hab. Katarzyna Woźniak Katedra Genetyki Molekularnej Prof. dr hab. Janusz Błasiak Zakład Genetyki Molekularnej w Katedrze Genetyki Molekularnej dr hab. Renata Kontek, prof. nadzw. UŁ Pracownia Cytogenetyki w Katedrze Genetyki Ogólnej, Biologii Molekularnej i Biotechnologii Roślin Prof. dr hab. Janusz Maszewski Katedra Cytofizjologii Dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ Zakład Genetyki Drobnoustrojów Dr hab. Aneta Sitek, prof. nadzw. UŁ Katedra Antropologii Dr hab. Michał Grabowski, prof. nadzw. UŁ Zakład Biogeografii i Ekologii Bezkręgowców w Katedrze Zoologii Bezkręgowców i Hydrobiologii

30 Życzę Państwu ciekawych rozmów z pracownikami poszczególnych jednostek. Proszę zapoznać się ze wszystkimi propozycjami, zdobyć jak najwięcej informacji, aby decyzja, którą będziecie musieli podjąć podczas wyboru jednostki była rozważna, a tematyka pracy magisterskiej zgodna z Waszymi zainteresowaniami i oczekiwaniami Limity miejsc w poszczególnych jednostkach zostaną ustalone na początku semestru letniego dr hab. Agnieszka Marczak, prof. nadzw. UŁ Prodziekan Wydziału BiOŚ ds. kierunku Genetyka