Analiza promotorów genów
|
|
- Witold Stankiewicz
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 - rozpoznanie - dojrzewanie - transport - inicjację - dojrzewanie - aktywację Analiza promotorów genów Marcin Łukaszewicz, Jan Szopa* Instytut Genetyki i Mikrobiologii, *Instytut Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Wrocławskiego, ul. Przybyszewskiego 63/77, Wrocław; * szopa@ibmb. uni. wroc.pl Streszczenie. Aktualnie tworzone organizmy transgeniczne charakteryzują się między innymi wysokim stopniem specjalizacji. Wprowadza się pojedyncze lub wielogenowe konstrukty w celu precyzyjnej regulacji krytycznej reakcji lub całego szlaku metabolicznego. Stopień specjalizacji konstruktu, a tym samym i organizmu transgenicznego, zwiększa się przez zastosowanie coraz lepiej poznawanych cis-regulatorowych sekwencji genów. Zatem regulacja poszczególnego zmienianego szlaku jest precyzyjna nie tylko co do określonej reakcji, ale również kontrolowana odnośnie do czasu i miejsca jej zajścia. Tekst zamieszczony w rozdziale opisuje wieloaspektowy charakter izolacji oraz badania, jak również zastosowania promotora jako sekwencji regulatorowej genu. Obok odsyłaczy do wielu baz danych, w których można uzyskać informacje o charakterystyce dowolnej sekwencji, w rozdziale zamieszczono dane pochodzące z badań własnych, które weryfikują eksperymentalnie wyniki poszukiwań in silico. Słowa kluczowe: geny reporterowe, organizmy transgeniczne, promotor genu Wstęp Regulacja ekspresji genów jest bardzo skomplikowaną siecią oddziaływań. Otrzymanie kodowanego przez gen aktywnego białka mogącego oddziaływać na procesy metaboliczne jest procesem wieloetapowym, obejmującym: przez czynniki transkrypcyjne (TF) promotora i regulacją transkrypcji genu, RNA (wycinanie intronów, tworzenie czapeczki, poliadenylacjo), mrna z jądra do cytoplazmy, translacji, translację i degradację mrna, i transport białka do odpowiednich kompartmentów, i dezaktywację białka, degradację białka. Wszystkie te etapy podlegają precyzyjnej regulacji. Ponieważ każdy kolejny etap zależy od poprzedniego, kluczowym elementem jest rozpoczęcie procesu w ogóle, czyli transkrypcja. Kolejne etapy wpływają na precyzję regulacji, mogą 69
2
3 - CAAT Analiza promotorów genów su. Badania eksperymentalne sugerują, że najważniejsze elementy rozpoznawane przez czynniki transkrypcyjne, wpływające na ekspresję danego genu, znajdują się najczęściej w regionie od 500 do 2000 par zasad poprzedzających miejsce inicjacji transkrypcji. W jaki sposób czynniki transkrypcyjne rozpoznają promotor, a polimeraza początek i kierunek transkrypcji? Przy końcu 3' promotora odpowiedzialnego za transkrypcję (blisko początku transkrypcji) znajdują się sekwencje rozpoznawane przez kompleks polimerazy RNA II. Analiza sekwencji i zgromadzone dane eksperymentalne pozwoliły na opracowanie tablic częstości występowania jednego z czterech nukleotydów w obrębie konserwowanych sekwencji, na przykład w TATA box (tabela 1). Do takich konserwowanych sekwencji zaliczamy (tabela 2): box. Sekwencja znajdująca się około -80 nt od początku transkryptu (+1). Odpowiedzialna za wydajność transkrypcji i jej orientację, u roślin występuje jako AGGA box, Tabela 1. TATA-box HMM na podstawie 134 sekwencji niepowiązanych promotorów roślinnych elements/: Pozycja % A 31,6 16,3 0 90, ,9 57,1 100,0 27,6 69,4 11,2 24,5 2,, %C 24,5 60,2 3, 0 2, 1 0, 0 0, 0 0, 0 0, 0 0, 0 3, 1 39,8 52,0 % G 15,3 10,2 0, 0 2, 0 1, 0 0, 0 0,0 0,0 2, 0 13,3 37,8 21,4 % T 28,6 13,3 94,9 5, 1 99,0 5, 1 42,9 0, 0 70,4 14,3 11,2 2, 1 Konsensus T A T A W A W A Tabela 2. Konserwowane elementy w obrębie promotora Motyw CAAT box TATA box GC box CAP (czapeczka) Sekwencja (konsensus) GGCCAATCT TATAA GGGCGG TAC 71
4
5 - ; Analiza promotorów genów Otrzymane cdna można wyznakować, np. radioaktywnie, a następnie metodą hybrydyzacji z biblioteki genomowej wyłowić klon zawierający sekwencję promotora. Celem potwierdzenia, że fragment genomowy rzeczywiście odpowiada sekwencji cdna, poddaje się go reakcji sekwencjonowania, po czym można klonować promotor i zająć się jego analizą. Najprostszy sposób izolacji promotora genu, gdy znana jest sekwencja cdna, polega na wykorzystaniu techniki nazywanej RACE (Rapid Amplification of cdna Ends) do powielenia szukanego fragmentu przy użyciu PCR z jednym swoistym primerem i drugim homopolimerowym. Sekwencję genomową, używaną dalej jako matrycę, przygotowuje się przez wytrawienie DNA restryktazą Sau3AI do wielkości około 20 kpz, a następnie wyposażeniu końców fragmentów w homopolimer (oligo dc lub dt) w standardowej reakcji z terminalną transferazą. Tak przygotowany DNA genomowy używa się jako matrycę do namnożenia interesującego fragmentu, stosując swoisty primer, będący sekwencją komplementarną do końca 5 ' cdna i drugi primer, którym jest homopolimer komplementarny do końca cząsteczki DNA genomowego (oligo dg lub da). Alternatywą do takiego przygotowania matrycy z adaptorem homopolimerowym jest DNA wytrawiony dowolnym enzymem restrykcyjnym, dającym odcinki o długości kpz, lub fragmentowany do podobnej wielkości mechanicznie i użycie do PCR primera nieswoistego (komercyjny 6-10 nukleotydów) o przypadkowej sekwencji. Drugim primerem jest sekwencja swoista dla cdna. Sau3AI Sau3AI Sau3AI Sau3AI ÿ ÿ ORF ÿ ÿ Fragmetacja genomowego DNA enzymami Ligacja homopolimerów Nested PCR Weryfikacja produktów na żelu i poprzez hybrydyzację Rys. 2. Klonowanie promotora techniką RACE RACE (Rapid Amplification of cdna Ends) to metoda pozwalająca powielić na matrycy fragmentów genowego DNA sekwencje poza końcami znanej ORF (ang. open reading frame, otwartej ramki odczytu), wcześniej klonowanej np. w cdna. Po fragmentacji genomowego DNA restryktazą np. Sau3 Al przy użyciu ligazy przyłączane są do końców homopolimery (oligo dc lub dt). Tak przygotowane fragmenty służą jako matryca do PCR, w którym używa się jednego primera komplementarnego dla homopolimeru, a drugiego komplementa rnego do ORF badanego genu. 73
6 M. Łukaszewicz, J. Szopa Namnożony fragment przed przystąpieniem do sekwencjonowania należy zweryfikować przez hybrydyzację ze znakowanym cdna. Wielkość uzyskiwanych fragmentów promotorów waha się od 600 do 1000 nukleotydów dla matrycy z adaptorem homopolimerowym i od 400 do 600 nukleotydów, gdy jest nim przypadkowa sekwencja 6-10-nukleotydowa. Jeżeli sekwencja promotora jest już znana (np. zsekwencjonowano cały genom badanego organizmu), można go sklonować metodą PCR na matrycy wyizolowanego DNA genomowego. Ze względu na różną jakość izolowanego DNA genomowego modyfikacje typu metylacja lub nadmierna obecność metabolitów takich jak skrobia, kwasy fenolowe i inne, czasami bardzo trudno jest powielić poszukiwany promotor. Warto więc wziąć pod uwagę przeszukanie dostępnych i licznych banków klonów. Jeszcze inną metodą jest zamówienie syntezy sekwencji, którą zamierzamy badać. W najbliższym czasie najprawdopodobniej będzie to najczęstsza metoda, ze względu na szybki spadek cen związany z postępem technologicznym w zakresie syntezy polinukleotydów o dowolnej długości (obecnie około l$/nt). Przed rozpoczęciem badań danego promotora warto przeanalizować dokładniej jego sekwencję. Warunki, w jakich promotor ulega ekspresji, zależą bowiem od czynników transkrypcyjnych, rozpoznających specyficzne sekwencje, które zostały wcześniej scharakteryzowane. Jak znaleźć sekwencje rozpoznawane przez czynnik transkrypcyjny? W jądrze komórkowym DNA jest dość gęsto upakowane, tworząc struktury wyższego rzędu, które utrudniają dostęp do sekwencji rozpoznawanych przez czynnik transkrypcyjny (TF). Do dzisiaj nie wiadomo, w jaki sposób czynniki transkrypcyjne tak szybko znajdują w całym genomie sekwencję docelową. Przypuszcza się, że transkrybowane geny znajdują się w pobliżu porów jądrowych, czyli miejsca wnikania TF z cytozolu do jądra komórkowego. Wiadomo, że w zależności od lokalizacji genu w obrębie chromosomu poziom transkrypcji może się znacznie różnić. Różnice w poziomie ekspresji genu w zależności od jego lokalizacji można zaobserwować, analizując niezależnie transformowane tym samym konstruktem linie roślin transgenicznych. W wyniku transformacji roślin powszechnie stosowanymi metodami (transformacja przy użyciu Agrobacterium, transformacja biolistyczna, elektroporacja) wprowadzana sekwencja integruje się z genomem w sposób najprawdopodobniej przypadkowy. Otrzymane transformanty, które zawierają jedną kopię tego samego transgenu, zwykle znacznie różnią się poziomem ekspresji badanego białka. W związku z tym, badając promotory 74
7 Analiza promotorów genów w transformowanych roślinach, należy użyć do ich analizy kilku niezależnych linii transformantów. Czynniki transkrypcyjne regulujące aktywność promotora rozpoznają swoiście określone sekwencje. Istnieje kilka metod poszukiwania miejsc wiązania czynników trankrypcyjnych. Miejsce wiązania nawet nieznanych czynników transkrypcyjnych w obrębie badanego genu można ustalić przy pomocy metody określanej jako footprinting. Metoda ta polega na radioaktywnym wyznakowaniu badanego DNA, związaniu czynnika transkrypcyjnego, częściowym trawieniu nieswoistą DNazą I lub fragmentacji DNA w reakcji wolnorodnikowej i rozdziale na denaturującym żelu poliakrylamidowym powstałych fragmentów kwasu nukleinowego. W wyniku trawienia badana cząsteczka DNA jest przecięta w każdym możliwym miejscu oprócz tych chronionych przez oddziałujące białko, co prowadzi do powstania fragmentów o różnej długości, widocznych na żelu rozdzielającym w postaci prążków. Porównanie wzoru prążków próby kontrolnej (bez związanych czynników transkrypcyjnych) do wzoru prążków próby badanej pozwala dokładnie określić miejsce związania czynnika transkrypcyjnego, który chroni cząsteczkę DNA przed DNazą. Na żelu uwidocznione jest to jako miejsce, w którym nie ma prążków. Inną metodą jest gel shift. Wykorzystuje ona różnice w prędkości migracji w żelu niedenaturującym wolnej cząsteczki DNA i cząsteczki DNA w połączeniu z białkiem. Metoda ta nie pozwala na zlokalizowanie miejsca wiązania, można jednak za jej pomocą przetestować wiele różnych krótkich sekwencji, co pozwala precyzyjnie zidentyfikować miejsca wiązania TF do DNA. Dysponując oczyszczonym czynnikiem transkrypcyjnym można w dość prosty sposób poznać całą gamę rozpoznawanych przez niego sekwencji, stosując metodę SELEX (Systematic Evolution of Ligands by Exponential enrichment). W pierwszym etapie syntetyzuje się całą kolekcję różnych sekwencji. Możliwa jest synteza puli zawierającej 1015 sekwencji. Czynnik transkrypcyjny immobilizuje się na złożu w kolumnie, którą przemywa się zsyntetyzowaną pulą fragmentów DNA. Po wymyciu związanych z kolumną fragmentów powiela się je w reakcji PCR, a następnie znowu nanosi na kolumnę. Cykl ten powtarza się aż do uzyskania czystej puli sekwencji specyficznie wiązanej przez immobilizowany na kolumnie czynnik transkrypcyjny. Poznanie sekwencji rozpoznawanych przez czynniki transkrypcyjne oraz bodźców stymulujących syntezę określonych czynników teoretycznie powinno umożliwić na podstawie analizy sekwencji promotora identyfikację warunków, w jakich dany gen będzie ulegał ekspresji. 75
8
9 Analiza promotorów genów sekwencji jest bardzo duże. Poza analizowaną sekwencją, definiowanym parametrem jest wartość progowa (w przedziale od 0 do 1) podobieństwa znalezionych motywów do tablic w bazach danych. Od wysokości zadanej wartości progowej zależy liczba znalezionych miejsc potencjalnie rozpoznawanych przez ujęte w bazie danych czynniki transkrypcyjne. Niestety dotychczas nie ma skutecznych metod wyodrębnienia trafień fałszywie pozytywnych. W rezultacie dysponujemy obszerną listą potencjalnych czynników, których efekt należy wery fikować eksperymentalnie. Dodatkowo lista czynników wzrośnie, jeżeli sekwencję poddamy analizie przez różne bazy danych i programy. Matlnspector, aby zmniejszyć liczbę pokazywanych czynników transkrypcyjnych, pogrupował bazę czynników w rodziny o podobnych właściwościach (Cartharius i in. 2005). Większość programów umożliwia wybór bazy danych czynników transkrypcyjnych. Należy sobie postawić pytanie, czy analizując promotor roślinny, korzystać wyłącznie z baz danych zawierających roślinne czynniki transkrypcyjne? Nasze doświadczenie wskazuje, że mimo konieczności żmudnej selekcji przez eksperymentatora ze znacznie obszerniejszej listy, warto przeprowadzić taką analizę także przy użyciu innych baz. Istnieje wiele przykładów pokazujących, że np. niektóre białka drożdży można funkcjonalnie zastąpić ich odpowiednikami z ludzkiego genomu. Podobnie może być z czynnikami transkrypcyjnymi. Dobrym przykładem jest znalezienie w obrębie promotora izoformy 20R białka z ziemniaka funkcjonalnej domeny MRE (ang. Metal Responsive Element) z genomu mysiego odpowiedzialnej za regulację odpowiedzi na jony metali pozytywnie zwery fikowanej eksperymentalnie (Aksamit i in. 2005). Inną strategią do identy fikacji potencjalnych motywów mających istotny wpływ na regulację ekspresji promotora jest porównanie sekwencji grupy promotorów o domniemanej podobnej regulacji. Wykorzystuje się obecnie dwie metody do identy fikacji grupy koregulowanych promotorów. Jedna z nich opiera się na założeniu, że zmiany ilości transkryptów obserwowane na mikrochipach odzwierciedlają zmiany w aktywności promotorów (koekspresja = koregulacja). Geny łączy się więc w grupy (ang. clusters), jeżeli obserwuje się wysoką korelację dodatnią między poziomem ich transkryptów. Założenie to nie jest do końca prawdziwe z wielu względów, np. indukcja dla różnych genów może być przesunięta w czasie, mrna może mieć różną stabilność, w wyniku indukcji jednym czynnikiem może dochodzić do kaskady zdarzeń, w której efekcie indukowane sąpromotory nie posiadające homologicznych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych. Druga metoda grupowania genów oparta jest na wyszukiwaniu homologów u innych gatunków na podstawie sekwencji kodujących. Niezależnie od metody grupowania, na podstawie pogrupowanych sekwencji kodujących należy wyszukać w bazie danych odpowiednie promotory. Następnie porównuje się sekwencje promotorów celem znalezienia konserwowanych sekwencji. W ten sposób, używając do wyszukiwania sekwencji kodujących 77
10
11 Analiza promotorów genów Jak transformować rośliny? Wyróżnia się dwa typy transformacji: czasową i stałą. W transformacji czasowej wprowadzony do komórek DNA ulega ekspresji, którą bada się w ciągu h. Zaletą jest szybki wynik oraz brak konieczności selekcji i regeneracji transformowanych roślin. Najczęściej wykorzystywanymi metodami do transformacji czasowej roślin jest transformacja przy użyciu strzelby genetycznej i elektroporacji. Przy transformacji stałej dochodzi do integracji z genomem (chromosomem) wprowadzanego konstruktu. Najchętniej stosowana jest metoda przy użyciu Agrobacterium. Metoda ta jest stosunkowo prosta i wydajna. Zwykle dość czasochłonne jest uzyskanie konstruktu, który przygotowuje się w specjalnym plazmidzie binarnym, wprowadzanym do Agrobacterium. Niestety nie wszystkie gatunki roślin można transformować Agrobacterium, dla pozostałych trzeba stosować strzelbę genetyczną lub elektroporację. Najtrudniejszym etapem otrzymywania roślin transgenicznych jest ich regeneracja z pojedynczych komórek zawierających badany konstrukt. Powstające wśród regenerowanych roślin wariacje somaklonalne utrudniają otrzymanie wyrównanej odmiany o wyjściowym fenotypie. Dotychczas najczęściej wykorzystywane metody prowadzone są przez hodowlę tkanki kallusowej na podłożu selekcyjnym (zawierającym najczęściej antybiotyk - kanamycynę lub neomycynę). Pasażowanie komórek w postaci tkanki kallusowej prowadzi jednak do mutacji somaklonalnych, co utrudnia otrzymywanie wyrównanej odmiany o wyjściowym fenotypie. Dlatego też poszukiwane są metody, w których nie dopuszcza się do powstania kallusa. U Arabidopsis można transformować pączki kwiatowe i selekcjonować siewki, wysiewając nasiona na podłoże zawierające czynnik selekcyjny (najczęściej antybiotyk - kanamycynę). Jakie geny reporterowe zastosować? Białka reporterowe mają łatwą do oznaczenia aktywność enzymatyczną w teście o wysokim stopniu amplifikacji, a zatem także o wysokiej czułości. W badaniach promotorów roślinnych najpowszechniej wykorzystywanym białkiem wciąż jeszcze jest gen kodujący P-glukuronidazę (GUS). W zależności od zastosowanego substratu możliwe jest albo wybarwienie na ciemnoniebiesko tkanki, w której białko uległo ekspresji (analiza jakościowa, histochemiczna lokalizacja ekspresji), bądź badanie aktywności enzymatycznej ekstraktów bardzo czułą metodą fluorescencyjną (analiza ilościowa). W metodzie z GUS ważne jest utrzymanie właściwego, obojętnego odczynu reakcji (ph 7,0), gdyż w środowisku kwaśnym substrat ulega rozpadowi pod wpływem endogennych glukozydaz i daje fałszywie pozytywny.wynik reakcji. 79
12
13 Analiza promotorów genów Aktywność wielu czynników, ze względu na ich specyfikę działania, trudno potwierdzić eksperymentalnie. Weryfikacja eksperymentalna pokazuje, że mniej niż połowa testowanych czynników modyfikuje ekspresję reportera (tabela 3). Najtrudniejszym etapem może się okazać analiza znaczenia fizjologicznego otrzymanych wyników. Dzięki badaniom promotorów różnymi metodami, pozyskujemy informacje dotyczące lokalizacji ekspresji genu oraz warunków, w jakich może dojść do indukcji lub represji promotora. W wielu przypadkach ekspresja jednego genu jest powiązana w różny sposób z szeregiem szlaków metabolicznych. W dodatku często zdarza się, że istnieje wiele izoform kodujących białka o takiej samej aktywności enzymatycznej, których obecność może mieć głównie sens z precyzyjną regulacją. Powiązanie wszystkich wyników w spójną sieć oddziaływań jest zadaniem trudnym ze względu na bardzo dużą ilość tych powiązań. Nikt nie jest w stanie śledzić na bieżąco gromadzonej informacji. Aby skorzystać z bazy danych, trzeba wiedzieć ojej istnieniu, a-jak oszacowano - w 2004 roku nowa baza danych powstawała co drugi dzień. Dlatego też kluczowym elementem dla dalszego postępu będzie linkowanie " nowych informacji. Innymi słowy, nowa informacja bez wskazania jak największej ilości powiązań z istniejącymi danymi będzie mało przydatna. Tak jak baza danych czynników transkrypcyjnych jest ściśle powiązana z bazą danych rozpoznawanych przez nie sekwencji, kolejnym krokiem będzie połączenie tych baz z regulowanymi przez czynniki transkrypcyjne enzymami i szlakami metabolicznymi. Programy takie są powoli tworzone, np. Niestety jest to baza komercyjna i nowe programy są udostępniane odpłatnie. Z tabeli 3 wynika, że pośród 10 sekwencji zidentyfikowanych in silico w promotorze 16R genu rodziny tylko 5 ma najprawdopodobniej znaczenie fizjologiczne. Doświadczalna weryfikacja potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych dla promotora 20R potwierdziła tylko 4 miejsca aktywacji na 12 sekwencji znalezionych in silico. Zatem wiarygodność bazy danych czynników transkrypcyjnych kształtuje się na poziomie 30-50%. 81
14
15 Analiza promotorów genów Literatura Aksamit A., Korobczak A., Skała J., Łukaszewicz M., Szopa J The gene expression specificity in response to stress is promoter dependent. Plant Cell Physiol. (in press) Alvarado M.C., Zsigmond L.M., Kovacs I., Cseplo A., Kończ C., Szabados L.M Gene Trapping with firefly luciferase in Arabidopsis. Tagging of Stress-Responsive Genes. Plant Physiol. 134: Cartharius K., Freeh K., Grote K., Klocke B., Haltmeier M., Klingenhoff A., Frisch M., Bayerlein M., Werner T Matlnspector and beyond: promoter analysis based on transcription factor binding sites. Bioinformatics. (in press) Galperin, M.Y The Molecular Biology Database Collection: 2005 update. Nucl. Acids Res. 33, Database issue D5-D24. Grandjean O., Vernoux T., Laufs P., Belcram K., Mizukami Y., Traas J In vivo analysis of cell division, cell growth, and differentiation at the shoot apical meristem in Arabidopsis. Plant Cell 16: Prestridge D.S Computer software for eukaryotic promoter analysis. Methods Mol. Biol. 130: Szabados L., Kovacs I., Abraham E., Oberschall A., Nagy R., Zsigmond L., Krasovskaja I., Kerekes I., Ben-Haim A., Kończ C Arabidopsis genome project in Hungary: generating T-DNA tagged Arabidopsis genes. Plant Physiol. Biochem. 38: S98. Wagner A Genes regulated cooperatively by one or more transcription factors and their identification in whole eukaryotic genomes. Bioinformatics 15:
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Bardziej szczegółowoProteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Bardziej szczegółowoTATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe
Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów
Bardziej szczegółowoTRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów
Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Kolokwium (14pkt) Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================
Bardziej szczegółowoPrzeglądanie bibliotek
Przeglądanie bibliotek Czyli jak złapać (i sklonować) ciekawy gen? Klonowanie genów w oparciu o identyczność lub podobieństwo ich sekwencji do znanego już DNA Sonda homologiczna (komplementarna w 100%)
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoTransformacja pośrednia składa się z trzech etapów:
Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie
Bardziej szczegółowo2014-03-26. Analiza sekwencji promotorów
2014-03-26 Analiza sekwencji promotorów 1 2014-03-26 TFy tworzą zawiły układ regulacyjny, na który składają się różne oddziaływania białko białko poprzez wytworzenie PĘTLI Specyficzne TFy Ogólne TFy Benfey,
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 3
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoMetody analizy genomu
Metody analizy genomu 1. Mapowanie restrykcyjne. 2. Sondy do rozpoznawania DNA 3. FISH 4. Odczytanie sekwencji DNA 5. Interpretacja sekwencji DNA genomu 6. Transkryptom 7. Proteom 1. Mapy restrykcyjne
Bardziej szczegółowoThe Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna
Streszczenie rozprawy doktorskiej pt. The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna mgr Tomasz Turowski, promotor prof. dr hab.
Bardziej szczegółowoTECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
Bardziej szczegółowoMapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej
Mapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej rozdzielczości jest sekwencja nukleotydowa -mapowanie fizyczne genomu
Bardziej szczegółowoĆwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie. Prowadzący: mgr Anna Pawlik i mgr Maciej Dylewski. Część teoretyczna:
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================
Bardziej szczegółowoMetody badania ekspresji genów
Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego
Bardziej szczegółowoPowodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:
Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji
Bardziej szczegółowoMetody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA
Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA 1. Metoda chemicznej degradacji DNA (metoda Maxama i Gilberta 1977) 2. Metoda terminacji syntezy łańcucha DNA - klasyczna metoda Sangera (Sanger
Bardziej szczegółowoCo to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2
ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoWykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
Bardziej szczegółowoBUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO
BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna z Biotechnologią ===============================================================================================
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Przedmiot: Katedra Biologii Molekularnej Biologia
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Transgeneza - genetycznie zmodyfikowane oraganizmy 2. Medycyna i ochrona zdrowia 3. Genomika poznawanie genomów Przełom XX i
Bardziej szczegółowoOznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna
Inżynieria genetyczna i technologia rekombinowanego DNA Dr n. biol. Urszula Wasik Zakład Biologii Medycznej Inżynieria genetyczna świadoma, celowa, kontrolowana ingerencja w materiał genetyczny organizmów
Bardziej szczegółowoAnalizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny
Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom
Bardziej szczegółowoRok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie
Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury
Bardziej szczegółowoSYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki
SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna z elementami inżynierii genetycznej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)
Bardziej szczegółowoSYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki
SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek) Nazwa jednostki realizującej
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoMetody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO
Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,
Bardziej szczegółowoSylabus Biologia molekularna
Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Program kształcenia Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Analityka Medyczna, studia jednolite magisterskie, studia stacjonarne
Bardziej szczegółowoWYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE. Ewa Waszkowska ekspert UPRP
WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE Ewa Waszkowska ekspert UPRP Źródła informacji w biotechnologii projekt SLING Warszawa, 9-10.12.2010 PLAN WYSTĄPIENIA Umocowania prawne Wynalazki biotechnologiczne Statystyka
Bardziej szczegółowoTechniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne
Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów
Bardziej szczegółowoBadanie funkcji genu
Badanie funkcji genu Funkcję genu można zbadać różnymi sposobami Przypadkowa analizy funkcji genu MUTACJA FENOTYP GEN Strategia ukierunkowanej analizy funkcji genu GEN 1. wprowadzenie mutacji w genie 2.
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna, materiały dla studentów
Zasada reakcji PCR Reakcja PCR (replikacja in vitro) obejmuje denaturację DNA, przyłączanie starterów (annealing) i syntezę nowych nici DNA (elongacja). 1. Denaturacja: rozplecenie nici DNA, temp. 94 o
Bardziej szczegółowoGENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoWYKŁAD: Klasyczny przepływ informacji ( Dogmat) Klasyczny przepływ informacji. Ekspresja genów realizacja informacji zawartej w genach
WYKŁAD: Ekspresja genów realizacja informacji zawartej w genach Prof. hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej Klasyczny przepływ informacji ( Dogmat) Białka Retrowirusy Białka Klasyczny
Bardziej szczegółowoGENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna Podstawy
Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina
Bardziej szczegółowoMetody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi
Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Ekspresja genów jest regulowana
Bardziej szczegółowoBiologia molekularna z genetyką
Biologia molekularna z genetyką P. Golik i M. Koper Konwersatorium 3: Analiza genetyczna eukariontów Saccharomyces cerevisiae Makrokierunek: Bioinformatyka i Biologia Systemów; 2016 Opracowano na podstawie
Bardziej szczegółowoBadanie funkcji genu
Badanie funkcji genu Funkcję genu można zbadać różnymi sposobami Przypadkowa analizy funkcji genu MUTACJA FENOTYP GEN Strategia ukierunkowanej analizy funkcji genu GEN 1. wprowadzenie mutacji w genie 2.
Bardziej szczegółowomikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii
Zawartość 139371 1. Wstęp zarys historii genetyki, czyli od genetyki klasycznej do genomiki 2. Chromosomy i podziały jądra komórkowego 2.1. Budowa chromosomu 2.2. Barwienie prążkowe chromosomów 2.3. Mitoza
Bardziej szczegółowoPorównywanie i dopasowywanie sekwencji
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek pojawiła się nowa możliwość śledzenia ewolucji na poziomie molekularnym Ewolucja
Bardziej szczegółowoTaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925
TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA
Bardziej szczegółowoSkładniki diety a stabilność struktury DNA
Składniki diety a stabilność struktury DNA 1 DNA jedyna makrocząsteczka, której synteza jest ściśle kontrolowana, a powstałe błędy są naprawiane DNA jedyna makrocząsteczka naprawiana in vivo Replikacja
Bardziej szczegółowoTRANSLACJA II etap ekspresji genów
TRANSLACJA II etap ekspresji genów Tłumaczenie informacji genetycznej zawartej w mrna (po transkrypcji z DNA) na aminokwasy budujące konkretne białko. trna Operon (wg. Jacob i Monod) Zgrupowane w jednym
Bardziej szczegółowoBiotechnologia i inżynieria genetyczna
Wersja A Test podsumowujący rozdział II i inżynieria genetyczna..................................... Imię i nazwisko.............................. Data Klasa oniższy test składa się z 16 zadań. rzy każdym
Bardziej szczegółowoZestawy do izolacji DNA i RNA
Syngen kolumienki.pl Gotowe zestawy do izolacji i oczyszczania kwasów nukleinowych Zestawy do izolacji DNA i RNA Katalog produktów 2012-13 kolumienki.pl Syngen Biotech Sp. z o.o., 54-116 Wrocław, ul. Ostródzka
Bardziej szczegółowoBloki licencjackie i studia magisterskie na Kierunkach: Biotechnologia, specjalność Biotechnologia roślinna oraz Genetyka
Bloki licencjackie i studia magisterskie na Kierunkach: Biotechnologia, specjalność Biotechnologia roślinna oraz Genetyka INSTYTUT BIOLOGII EKSPERYMENTALNEJ W Katedrze Genetyki Ogólnej, Biologii Molekularnej
Bardziej szczegółowoDane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska
Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych
Bardziej szczegółowoSylabus Biologia molekularna
Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Program kształcenia Farmacja, jednolite studia magisterskie, forma studiów: stacjonarne
Bardziej szczegółowo2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy
Metody analizy DNA 1. Budowa DNA. 2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy 3. Klonowanie in vivo a. w bakteriach, wektory plazmidowe b. w fagach, kosmidy c. w drożdżach,
Bardziej szczegółowoRegulacja Ekspresji Genów
Regulacja Ekspresji Genów Wprowadzenie o Ekspresja genu jest to złożony proces jego transkrypcji do mrna, o Obróbki tego mrna, a następnie o Translacji do białka. 4/17/2019 2 4/17/2019 3 E 1 GEN 3 Promotor
Bardziej szczegółowoTematyka zajęć z biologii
Tematyka zajęć z biologii klasy: I Lp. Temat zajęć Zakres treści 1 Zapoznanie z przedmiotowym systemem oceniania, wymaganiami edukacyjnymi i podstawą programową Podstawowe zagadnienia materiału nauczania
Bardziej szczegółowoGENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Bardziej szczegółowoWykład 5. Remodeling chromatyny
Wykład 5 Remodeling chromatyny 1 Plan wykładu: 1. Przebudowa chromatyny 2. Struktura, funkcje oraz mechanizm działania kompleksów remodelujących chromatynę 3. Charakterystyka kompleksów typu SWI/SNF 4.
Bardziej szczegółowoBadanie dynamiki białek jądrowych w żywych komórkach metodą mikroskopii konfokalnej
Badanie dynamiki białek jądrowych w żywych komórkach metodą mikroskopii konfokalnej PRAKTIKUM Z BIOLOGII KOMÓRKI () ćwiczenie prowadzone we współpracy z Pracownią Biofizyki Komórki Badanie dynamiki białek
Bardziej szczegółowoTHE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE
THE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE Anna Czarnecka Źródło: Intercellular signaling from the endoplasmatic reticulum to the nucleus: the unfolded protein response in yeast and mammals Ch. Patil & P. Walter The
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoZgodnie z tzw. modelem interpunkcji trna, cząsteczki mt-trna wyznaczają miejsca
Tytuł pracy: Autor: Promotor rozprawy: Recenzenci: Funkcje białek ELAC2 i SUV3 u ssaków i ryb Danio rerio. Praca doktorska wykonana w Instytucie Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii UW Lien Brzeźniak
Bardziej szczegółowoKLONOWANIE DNA REKOMBINACJA DNA WEKTORY
KLONOWANIE DNA Klonowanie DNA jest techniką powielania fragmentów DNA DNA można powielać w komórkach (replikacja in vivo) W probówce (PCR) Do przeniesienia fragmentu DNA do komórek gospodarza potrzebny
Bardziej szczegółowoDominika Stelmach Gr. 10B2
Dominika Stelmach Gr. 10B2 Czym jest DNA? Wielkocząsteczkowy organiczny związek chemiczny z grupy kwasów nukleinowych Zawiera kwas deoksyrybonukleoinowy U organizmów eukariotycznych zlokalizowany w jądrze
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Budowa rybosomu Translacja
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoBiologia molekularna
Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Program kształcenia Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Analityka Medyczna, studia jednolite magisterskie, studia stacjonarne i niestacjonarne
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Metody genetyki molekularnej
Bardziej szczegółowoGeny i działania na nich
Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których
Bardziej szczegółowo7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej
7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II BAZA DANYCH NCBI 1. NCBI 2. Dane gromadzone przez NCBI 3. Przegląd baz danych NCBI: Publikacje naukowe Projekty analizy genomów OMIM: fenotypy człowieka
Bardziej szczegółowodostateczny oraz: wyjaśnia, z czego wynika komplementarność zasad przedstawia graficznie regułę
WYMAGANIA EDUKACYJNE Z BIOLOGII ZAKRES PODSTAWOWY KLASA I Dział Zakres wymagań na poszczególne oceny szkolne programowy dopuszczający dostateczny dobry bardzo dobry celujący Od genu do cechy określa rolę
Bardziej szczegółowoKsięgarnia PWN: B. Alberts, D. Bray, K. Hopkin, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, P. Walter Podstawy biologii komórki. Cz.
Księgarnia PWN: B. Alberts, D. Bray, K. Hopkin, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, P. Walter Podstawy biologii komórki. Cz. 1 ROZDZIAŁ 1. KOMÓRKI WPROWADZENIE 1 Jedność i różnorodność komórek 1
Bardziej szczegółowoSpecjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych
Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych Studia magisterskie przedmioty specjalizacyjne Bioinformatyka w analizie genomu Diagnostyka molekularna Elementy biosyntezy
Bardziej szczegółowoTaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R
TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej
Bardziej szczegółowoDNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro
DNA- kwas deoksyrybonukleinowy: DNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro RNA- kwasy rybonukleinowe: RNA matrycowy (mrna) transkrybowany
Bardziej szczegółowoWARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS
WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS KOLOKWIA; 15% KOLOKWIA-MIN; 21% WEJŚCIÓWKI; 6% WEJŚCIÓWKI-MIN; 5% EGZAMIN; 27% EGZAMIN-MIN; 26% WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS kolokwium I 12% poprawa kolokwium
Bardziej szczegółowoOcena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF
Agnieszka Gładysz Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF Katedra i Zakład Biochemii i Chemii Klinicznej Akademia Medyczna Prof.
Bardziej szczegółowoMETODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII
METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII AUTOR: MAGDALENA DUDEK Taksonomia jest nauką, której głównym celem jest badanie, opisywanie oraz klasyfikacja organizmów. W oparciu o różnice i podobieństwa łączy
Bardziej szczegółowoWykład 1. Od atomów do komórek
Wykład 1. Od atomów do komórek Skład chemiczny komórek roślinnych Składniki mineralne (nieorganiczne) - popiół Substancje organiczne (sucha masa) - węglowodany - lipidy - kwasy nukleinowe - białka Woda
Bardziej szczegółowoPrzybliżone algorytmy analizy ekspresji genów.
Przybliżone algorytmy analizy ekspresji genów. Opracowanie i implementacja algorytmu analizy danych uzyskanych z eksperymentu biologicznego. 20.06.04 Seminarium - SKISR 1 Wstęp. Dane wejściowe dla programu
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 4 Jak działają geny?
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Transkrypcja RNA
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Transkrypcja RNA SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowo