Tytuł: Rola motywu HPD w obrębie J domeny białka JAC1 w oddziaływaniu z mitochondrialnym białkiem HSP70.

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Tytuł: Rola motywu HPD w obrębie J domeny białka JAC1 w oddziaływaniu z mitochondrialnym białkiem HSP70."

Transkrypt

1 Tytuł: Rola motywu HPD w obrębie J domeny białka JAC1 w oddziaływaniu z mitochondrialnym białkiem HSP70. Autor: Agnieszka Kaszuba Opiekun: mgr inż. Leszek Ciesielski Klasa III Szkoła: I Akademickie Liceum Ogólnokształcące w Gdyni

2 STRESZCZENIE Centra żelazowo siarkowe występują w białkach wszystkich organizmów żywych, miedzy innymi w tak ważnych biomolekułach, jakimi są enzymy mitochondrialnego łańcucha oddechowego. W komórkach eukariotycznych do syntezy centrów dochodzi w obrębie mitochondrii. W moich badaniach skupiłam się na motywie HPD w obrębie domeny J białka Jac1 i jego roli w procesie tworzenia centrów. Według literatury (2) białko Jac1 łączy się z białkiem Isu1, które stanowi rusztowanie molekularne. Do tak utworzonego kompleksu przyłącza się białko Hsp70, które zostaje aktywowane przez motyw HPD znajdujący się w domenie J białka Jac1. W wyniku tego oddziaływania Hsp70 zmienia swój kształt i trwale łączy się białkiem Isu1. Na początku moich badań postawiłam hipotezę, iż motyw HPD pełni kluczową rolę w procesie formowania centrów Fe/S. W celu jej zweryfikowania zaplanowałam dwa doświadczenia. Pierwszym z nich był pomiar aktywności ATPazowej, ponieważ Jac1 stymuluje Hsp70, w skutek czego dochodzi do hydrolizy ATP do ADP, a to prowadzi do trwałego związania Isu1. Takie badanie pozwoliło mi zbadać, czy stopień hydrolizy ulegnie zmianie, jeśli motyw HPD będzie zawierał określone mutacje, a co za tym idzie wywnioskować, czy Hsp70 został uaktywniony przed białko Jac1. Drugim doświadczeniem była precypitacja kompleksów białkowych. Do studzienek wykonanego przeze mnie żelu poliakrylamidowego zostało naniesione 10 prób. W każdej z nich białko Jac1 w motywie HPD zawierało określone mutacje tabela nr 2. Pozwoliło mi to sprawdzić, czy zostaną uformowane kompleksy miedzy białkiem rusztowania molekularnego a Hsp70. Po wykonaniu tych doświadczeń, analizie wyników, zweryfikowałam swoją hipotezę. Zgodnie z moimi oczekiwaniami motyw HPD w obrębie J domeny białka Jac1 odgrywa kluczową rolę w procesie tworzenia centrów Fe/S. Problem syntezy centrów Fe/S jest niezwykle ważny, ponieważ ma bezpośredni związek z funkcjonowaniem organizmów jako całości. Moje badania przeprowadziłam pod opieką dr Rafała Dutkiewicza i mgr Mateusza Manickiego w Pracowni Biochemii Ewolucyjnej Katedry Biologii Molekularnej i Komórkowej Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii UG i GUMed. WSTĘP Centra żelazowo-siarkowe są konserwowanymi ewolucyjnie kofaktorami białek (1). Są niezbędne do funkcjonowania organizmów. Budujące je atomy żelaza i siarki mogą przyjmować wiele stopni utlenienia, tym samym czyniąc z centrów żelazowo-siarkowych precyzyjne i wieloaspektowe miejsca kontrolowanej wymiany elektronów, będącej podstawą bardzo wielu reakcji chemicznych (4). Wolna siarka oraz wolne atomy żelaza są toksyczne dla komórek, centra Fe/S nie są więc spontanicznie formowane, lecz ich synteza opiera się na skoordynowanym działaniu układu wyspecjalizowanych białek. Do formowania centrów żelazowo-siarkowych dochodzi w obrębie białkowego rusztowania molekularnego i współdziałaniu współpracujących z nim partnerów białkowych. Gotowe centrum jest następnie przekazywane przez system białek przenośnikowych do docelowych akceptorów (2). Chociaż molekularne podstawy tych procesów nie zostały do dziś dobrze poznane, to wiadomo, że kluczowym etapem inicjacji transportu gotowego centrum jest interakcja białka rusztowania molekularnego z białkiem opiekuńczym. W modelowym organizmie eukariotycznym, drożdżach Saccharomyces cerevisiae, do syntezy centrów dochodzi w obrębie mitochondrii. Rusztowanie molekularne stanowi białko Isu1, a współpracują z nim białka opiekuńcze. Z literatury (1) wiadomo, iż są to białka z rodziny Hsp40 (Jac1) i Hsp70 (Ssq1). W swojej pracy weryfikuję rolę motywu HPD w obrębie J domeny białka Jac1 w oddziaływaniu z mitochondrialnym białkiem Hsp70. 1

3 MATERIAŁ I METODY Jac1 stymuluje aktywność białka Hsp70, które z kolei wiąże się do Isu1, inicjując proces transferu centrum żelazowo-siarkowego. Na podstawie literatury (2) wiadomo, że Jac1 aktywuje Hsp70 poprzez działanie tak zwanej domeny-j zawierającej w swojej sekwencji aminokwasowej kluczowy motyw HPD ( H- histydyna; P-prolina; D-kwas asparaginowy). Na skutek takiej interakcji dochodzi do stymulacji aktywności ATPazowej białka Hsp70. W konsekwencji Hsp70 hydrolizuje ATP do ADP. To indukuje zmiany konformacyjne prowadzące do trwałego związania Isu1 przez Hsp70. Dlatego też w moich badaniach posłużyłam się 2 metodami badawczymi. Pierwszą z nich jest pomiar aktywności ATPazowej białka Hsp70. W celu przeprowadzenia takiego badania wykonałam 8 doświadczeń. Białko Jac1 użyte w każdym z tych doświadczeń różniło się rodzajem mutacji w motywie HPD (przygotowany Mix Białek zestawiono w tabeli nr 1). Doświadczenia zostały przeprowadzone w środowisku reakcyjnym, którym był bufor 1x stężony (tabela nr 4). Następnie przygotowałam Mix Reakcyjny (tabela nr 2). Probówki zarówno z Mix-em Białek jak i Mix-em Reakcyjnym zostały umieszczone w termostacie na okres 4 minut w celu podwyższenia temperatury do 25 0 C. Po tym czasie połączyłam niezależnie każdy z przygotowanych Mix-ów Białek z Mix-em Reakcyjnym. Mix Reakcyjny dla każdej wykonanej próby był o takim składzie i ilości (tabela nr 2). Tak przygotowane próbki umieściłam w spektrofotometrze. Zostały dokonane ilościowe pomiary zmiany absorbancji w czasie. Interpretacja tych danych pozwoli mi ustalić stopień hydrolizy ATP dla każdej z tych prób. Tabela nr 1- Przedstawia skład Mix-u Białek użytego w reakcji badania pomiaru aktywności ATPazowej. I II III IV V VI VII VIII BUFOR 2X 125µl 125µl 125µl 125µl 125µl 125µl 125µl 125µl SSQ (HSP70) 5,23µl 5,23µl 5,23µl 5,23µl 5,23µl 5,23µl 5,23µl MGE 6,9µl 6,9µl 6,9µl 6,9µl 6,9µl 6,9µl ISU 1,46 µl 1,46 µl 1,46 µl 1,46 µl 1,46 µl 1,46 µl JAC1WILD TYPE (1:5) 6,15 µl JAC1 HPD/AAA 6,95 µl JAC1 H/A 4,25 µl JAC1 P/A 5,1 µl JAC1 D/A 3,3 µl H 2 O 125 µl 119,77µl 111,94 µl 110,7 µl 110,5 µl 111 µl 110,92 µl 111,2 µl Tabela nr 2 System regeneracji ATP umożliwiający pomiar zmiany ATP w czasie BUFOR 2X 125µl PEP 32,5 µl NADH 8,325 µl LDH 3,5 µl H ,675 µl ATP 3 mm 5 µl Tabela nr 3 Skład Buforu 1x stężonego użytego do reakcji. Odczynnik Stężenie HEPES 40mM Glycerol 5% KCl 100mM DTT 1mM MgCl 2 10mM Tabela nr 4 Skład Buforu 2x stężonego użytego do reakcji Odczynnik Stężenie HEPES 80mM Glycerol 10% KCl 200mM DTT 2mM MgCl 2 20mM 2

4 Aktywność ATPazowa Drugą wykorzystaną przeze mnie metodą jest precypitacja kompleksów białkowych. Pozwala to na wykazanie obecności uformowanych kompleksów białkowych pomiędzy Hsp70, a Isu1. W celu weryfikacji hipotezy, iż HPD jest kluczowym miejscem, dzięki któremu powstaje wiązanie, dokonałam badania efektywności powstawania kompleksów w modelach ze zmienioną sekwencją aminokwasową w tym motywie. Poszczególne aminokwasy zostały zastąpione przez alaninę w różnych wariantach mutacji tego motywu (HPD/AAA, H/A, P/A, D/A). Wykonałam 10 mieszanin reakcyjnych, o składzie i zawartości podanych w tabeli nr 5 oraz 6, które następnie zostały wprowadzone pipetą i umieszone w studzienkach wykonanego żelu poliakrylamidowego oraz ulokowane w aparacie do przeprowadzenia elektroforezy. Metoda ta pozwala mi sprawdzić, czy zostały stworzone kompleksy białkowe. Tabela nr 5- Przedstawia stężenia roztworów białek użytych do reakcji precypitacji kompleksów białkowych Isu1-GST [μm] Ssq1(Hsp70) [μm] Jac1 WT [μm] Jac1 HPD/AAA [μm] Jac1 H/A [μm] Jac1 P/A [μm] Jac1 D/A [μm] GST [μm] ATP [μm] Tabela nr 6- Przedstawia skład 10 mieszanin reakcyjnych użytych do precypitacji kompleksów białkowych Buffer 2x (µl) H 2 O (µl) 41,3 42,9 42,4 41,9 42, ,4 43,9 43,4 44,5 Isu-GST (µl) 2,63 2,63 2,63 2,63 2,63 Ssq1 (µl) 24,14 24,14 24,14 24,14 24,14 24,14 24,14 24,14 24,14 24,14 Jac 1 WT (µl) 3,7 3,7 Jac 1 HPD/AAA(µl) 2,08 2,08 Jac 1 H/A (µl) 2,55 2,55 Jac1 P/A (µl) 3,06 3,06 Jac1 D/A (µl) 1,99 1,99 GST (µl) 1,17 1,17 1,17 1,17 1,17 ATP 92,5 mm (µl) 3,25 3,25 3,25 3,25 3,25 3,25 3,25 3,25 3,25 3,25 WYNIKI Pomiar aktywności ATPazowej białka Hsp70 Wykres nr 1- przedstawia wynik pomiaru aktywności ATPazowej białka Hsp70 0,03 0,028 0,025 0,02 0,015 0,01 0, ,0004 0,0019 0,0042 0,0025 0,0051 0,0065 0,007 I II III IV V VI VII VIII Numery prób 3

5 Wykres nr 1 przedstawia pomiar aktywności ATPazowej białka Hsp70. W próbie nr IV umieszczone zostało białko typu Wild Type, co oznacza, że występował podstawowy skład wszystkich kluczowych aminokwasów. Próby badawcze posiadały mutacje wprowadzone w obrębie całego motywu tj. Jac1 HPD/AAA ( próba nr V, wykres nr 1), lub w jego poszczególnych częściach tj. Jac1 H/A (próba nr VI), Jac1 P/A (próba nr VII, wykres nr 1) oraz Jac1 D/A (próba nr VIII, wykres nr 1). Próby od I-III posiadają różny układ białek. Pokazują, iż białko Hsp70 oraz różny układ białek Isu, Mge, Hsp70, bez dodatku Jac1 (tabela nr 1 wykres nr 1) nie powodują istotnego wzrostu aktywności ATPazowej. Dopiero po uzupełnieniu układu komponentów białkiem Jac1 obserwuje się charakterystyczny wynik tego badania. Po dokonaniu analizy stwierdzam iż największa różnica w stopniu hydrolizy ATP występuje pomiędzy próbami IV a V. Oznacza to, że mutacja wprowadzona w obrębie całego motywu HPD wpływa na znaczne zmniejszenie zużycia ATP w wyniku hydrolizy. Zmiana poszczególnych aminokwasów motywu HPD na alaninę- próby VI, VII oraz VIII powoduje spadek aktywności ATPazowej. Największy występuje w próbie nr VI, co oznacza, że histydyna odgrywa niezwykle dużą rolę w procesie aktywacji białka Hps70, a pozostałe w kolejności to prolina i kwas asparaginowy Precypitacja kompleksów białkowych Ilustracja nr 1 - Przestawia wynik precypitacji kompleksów białkowych na żelu poliakrylamidowym, numery prób odnoszą się do tabeli nr Precypitacja kompleksów białkowych pozwala sprawdzić, czy po wprowadzeniu niekorzystnych mutacji w motywie HPD zostaną uformowane kompleksy oraz jak wpłynie to na ich ilość. Próby zostały dodatkowo wzbogacone o GST. Białko to, łącząc się z kompleksem powoduje jego lepszą wizualizację na żelu. Standardowo białko Jac1 wiąże się do GST poprzez białko Isu1. W moich próbach o numerach 5,7,8,9,10 w celu sprawdzenia, czy i w jakim stopniu białko Jac1 zwiąże się z samym GST, nie zostało dodane białko Isu1. Studzienki o tych numerach stanowią tło dla właściwego badania (próby o numerach 1,2,3,4,6). Analiza żelu wykazała, że białko Jac1, bez pośrednictwa Isu1, tylko w niewielkim stopniu wiąże się z GST. Komponent Isu1 jest niezbędny, aby powstało to związanie. W studzience nr 1 znajduje się próba z białkiem Jac1 WT, która stawowi próbę kontrolną reakcji. Dalszej analizie żelu poddano próby, w których znajdował się zmutowany cały motyw HPD. Prążek jest najmniejszy. Próby 3,4,6 dotyczą mutantów, gdzie alaniną został zamieniony jeden z aminokwasów w układzie HPD. I tak, w próbie nr 3 histydyna została zastąpiona alaniną, w próbie nr 4 prolina alaniną, a w próbie nr 6 kwas asparaginowy alaniną. 4

6 We wszystkich próbach z mutantami wielkość i intensywność prążka znacząco się obniżyła. Kluczowym komponentem HPD okazała się Histydyna. Dyskusja Centra żelazowo-siarkowe to grupy prostetyczne, które uczestniczą w wielu szlakach metabolicznych, jak na przykład oddychanie komórkowe. Budujące je atomy żelaza i siarki mogą przyjmować wiele stopni utlenienia, dzięki czemu centra żelazowo siarkowe to doskonałe miejsca kontrolowanej wymiany elektronów, które jak są warunkiem do przebiegu wielu reakcji chemicznych. Formowanie centrów odbywa się w obrębie białkowego rusztowania molekularnego Isu1, a także współpracujących z nim partnerów białkowych. Poprzez system białek przenośnikowych centrum Fe/S jest ostatecznie przekazywane do docelowych akceptorów. W drożdżach Saccharomyces cerevisiae, na których przeprowadzałam badania, do syntezy centrów dochodzi w obrębie mitochondrii i, mimo iż podstawy tych procesów nie zostały jeszcze dobrze poznane, to wiadomo, że kluczową rolę odrywa współdziałanie Isu1 z białkiem opiekuńczym. Jac1 stymuluje aktywność białka Hsp70 poprzez działanie domeny J, które dostosowując swój kształt, trwale wiąże się z białkiem Isu1. Ilustracja nr 2 Proces tworzenia kompleksu Isu-Hsp70 Rolę znaczącą w procesie aktywacji odgrywa motyw HPD. Białko Hsp70 rozpoczyna hydrolizę ATP do APD w wyniku, czego połączy się ono z białkiem rusztowania molekularnego. W swoich badaniach zweryfikowałam rolę tego motywu. Pomiar aktywności ATPazowej wskazuje na to, czy Hsp70 uaktywnił się i połączył z Isu1, tworząc kompleks. Odnosząc się do wyników tego badania (wykres nr 1), można bez problemu zauważyć, iż HPD jest najważniejszym miejscem, które uaktywnia Hsp70, ponieważ mutacje wprowadzone w jego sekwencji prowadzą do znaczącego spadku hydrolizy ATP próba V wykres 1, a tym samym do zmniejszenia ilości uformowanych kompleksów. Zamieniając odpowiednie aminokwasy na alaninę, można stwierdzić, iż najważniejszym aminokwasem w sekwencji HPD jest histydyna (próba nr VI wykres nr 1). Wynik aktywności ATPazy tej próby spada aż o 82 %. To wyraźnie wskazuje na jej niezbędność w procesie aktywacji. Kolejnymi aminokwasami o istotnym znaczeniu są prolina (próba nr VII wykres 1), gdzie spadek następuje o 77% oraz kwas asparaginowy (próba nr VIII wykres nr 1) o 75%. Jednakże wyniki nie spadają do 0. W celu zbadania tej sytuacji posłużyłam się materiałami i badaniem stymulacji aktywności ATPazy Ssq1 przez oczyszczone białka w warunkach równowagi wykonanymi przez Zespół Pracowni Biochemii Ewolucyjnej z katedry Biologii Molekularnej i Komórkowej na Międzyuczelnianym Wydziale Biotechnologii UG i GUM użyczonymi dzięki uprzejmości dr Rafała Dutkiewicza na potrzeby pracy. Wyniki tych badań zostały przedstawione na wykresie nr 2. 5

7 Wykres nr 2 Przedstawia wyniki badań stymulacji aktywności ATPazy Ssq1 przez oczyszczone białka w warunkach równowagi Badanie zostało przeprowadzone w następujących stężeniach białek Hsp70:Isu:Mge 0,5(µM):10(µM):0,5(µM). Takie próby zostały poddane miareczkowaniu różnymi stężeniami białka Jac1, które zostały zobrazowane na osi X wykresu nr 2. Doświadczenie zostało przeprowadzone w nadmiarze białka Isu1, które jest substratem, aby jego dostępność nie była czynnikiem limitującym. W tym badaniu hipotezę badawczą stanowiło pytanie, czy nadmiary białek Isu1 oraz Jac1 może w pewnym stopniu zrekompensować efekty mutacji w obrębie motywu HPD. Ta hipoteza została zweryfikowana pozytywnie. Wykres ilustrujący wyniki tego doświadczenie pokazuje, że defekt mutacji HPD może być częściowo kompensowany przez nadmiar białek Isu1 oraz Jac1. Precypitacja kompleksów białkowych pozwala wykryć obecność uformowanych kompleksów, jeśli białkowy aktywator w swojej domenie J w motywie HPD zawiera niekorzystne mutacje. Zdjęcie żelu poliakrylamidowego na określonej wysokości widać zmniejszenie intensywności prążka, dzięki któremu obserwuję, czy kompleksy zostały utworzone. Prążek zawierający białko Wild Type zgodnie z oczekiwaniami jest intensywny. Największą różnicę obserwuje się pomiędzy prążkami 1 a 2 (ilustracja nr 1). W kolejnych próbach również zaistniał znaczący spadek intensywności prążka, a tym samym ilości uformowanych kompleksów. Najważniejszym aminokwasem w motywie HPD jest histydyna znajdująca się w próbie nr 3 (analiza prób 3,4,6 na żelu- -ilustracja nr 1). To doświadczenie wskazuje na ważność roli, jaką spełnia motyw HPD w procesie tworzenia centrów żelazowo- siarkowych. W literaturze znajduje się niewiele publikacji dotyczących moich badań, w związku z tym nie mam dostatecznej liczby materiałów porównawczych. Proces formowania centrów Fe/S jest niezwykle ważny. Ma on niezwykle ścisły związek z funkcjonowaniem organizmu. Ze względu na wagę procesów i podjęte badania przez zespoły naukowe, należy oczekiwać w nieodległej przyszłości więcej doniesień naukowych na ten temat. Bibliografia: (1) Manicki Mateusz, Majewska Julia, Ciesielski Szymon, Schilke Brenda, Błenska Anna, Kominek Jacek, Marszałek Jarosław, Craig Elizabeth A., Dutkiewicz Rafał. Overlapping binding sites of the frataxin homologue assembly factor and the heat shock protein 70 transfer factor on the Isu iron-sulfur cluster scaffold protein. Journal of Biological Chemistry 2014 (2) Rafal DutkiewiczaA, Brenda Schilke, Helena Knieszner, Wiliam Walter, Elizabeth A. Craig and Jaroslaw Marszalek Ssq1, a Mitochondrial Hsp70 Involved in Iron Sulfur (Fe/S) Center Biogenesis (3) Roland Lill, Rafal Dutkiewicz, Hans- Peter Elsasser, Anja Hausmann, Daili J. A. Netz, Antonio J. Pierik, Oliver Stehling, Eugen Urzica, Ulrich Muhlenhoff Mechanisms of iron-sulfur protein maturation in mitochondria, cytosol and nucleus of eukaryotes. (4) 6

POLISH ACADEMY OF SCIENCES NENCKI INSTITUTE OF EXPERIMENTAL BIOLOGY EU Centre of Excellence in Neurobiology, BRAINS

POLISH ACADEMY OF SCIENCES NENCKI INSTITUTE OF EXPERIMENTAL BIOLOGY EU Centre of Excellence in Neurobiology, BRAINS POLISH ACADEMY OF SCIENCES NENCKI INSTITUTE OF EXPERIMENTAL BIOLOGY EU Centre of Excellence in Neurobiology, BRAINS Pasteur 3, 02-093 Warsaw, Poland Phone: (48-22) 589 22 07; Fax: (48-22) 822 53 42 E-mail:

Bardziej szczegółowo

Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej

Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej Wprowadzenie: Większość lądowych organizmów kręgowych część jonów amonowych NH + 4, produktu rozpadu białek, wykorzystuje w biosyntezie

Bardziej szczegółowo

1. Oznaczanie aktywności lipazy trzustkowej i jej zależności od stężenia enzymu oraz żółci jako modulatora reakcji enzymatycznej.

1. Oznaczanie aktywności lipazy trzustkowej i jej zależności od stężenia enzymu oraz żółci jako modulatora reakcji enzymatycznej. ĆWICZENIE OZNACZANIE AKTYWNOŚCI LIPAZY TRZUSTKOWEJ I JEJ ZALEŻNOŚCI OD STĘŻENIA ENZYMU ORAZ ŻÓŁCI JAKO MODULATORA REAKCJI ENZYMATYCZNEJ. INHIBICJA KOMPETYCYJNA DEHYDROGENAZY BURSZTYNIANOWEJ. 1. Oznaczanie

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Czas trwania lekcji: 2x 45 minut Cele lekcji: 1. Ogólny zapoznanie

Bardziej szczegółowo

47 Olimpiada Biologiczna

47 Olimpiada Biologiczna 47 Olimpiada Biologiczna Pracownia biochemiczna zasady oceniania rozwia zan zadan Część A. Identyfikacja zawartości trzech probówek zawierających cukry (0 21 pkt) Zadanie A.1 (0 13 pkt) Tabela 1 (0 7 pkt)

Bardziej szczegółowo

BADANIE WŁASNOŚCI KOENZYMÓW OKSYDOREDUKTAZ

BADANIE WŁASNOŚCI KOENZYMÓW OKSYDOREDUKTAZ KATEDRA BIOCHEMII Wydział Biologii i Ochrony Środowiska BADANIE WŁASNOŚCI KOENZYMÓW OKSYDOREDUKTAZ ĆWICZENIE 2 Nukleotydy pirydynowe (NAD +, NADP + ) pełnią funkcję koenzymów dehydrogenaz przenosząc jony

Bardziej szczegółowo

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II 10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502

Bardziej szczegółowo

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R

TaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej

Bardziej szczegółowo

Badanie procesów zwijania i agregacji GFP i jego mutantów. Monika Olasek, Zakład Biofizyki IFD UW

Badanie procesów zwijania i agregacji GFP i jego mutantów. Monika Olasek, Zakład Biofizyki IFD UW Badanie procesów zwijania i agregacji GFP i jego mutantów. Monika Olasek, Zakład Biofizyki IFD UW Plan O Green Fluorescent Protein i jego mutantach Absorpcyjne badanie agregacji EGFP Emisyjne badanie agregacji

Bardziej szczegółowo

Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów

Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego

Bardziej szczegółowo

ĆWICZENIA Z MECHANIZMÓW DZIAŁANIA WYBRANYCH GRUP LEKÓW

ĆWICZENIA Z MECHANIZMÓW DZIAŁANIA WYBRANYCH GRUP LEKÓW UNIWERSYTET MARII CURIE-SKŁODOWSKIEJ WYDZIAŁ BIOLOGII I BIOTECHNOLOGII ZAKŁAD BIOLOGII MOLEKULARNEJ ĆWICZENIA Z MECHANIZMÓW DZIAŁANIA WYBRANYCH GRUP LEKÓW dla studentów I roku II 0 biotechnologii medycznej

Bardziej szczegółowo

Przemiana materii i energii - Biologia.net.pl

Przemiana materii i energii - Biologia.net.pl Ogół przemian biochemicznych, które zachodzą w komórce składają się na jej metabolizm. Wyróżnia się dwa antagonistyczne procesy metabolizmu: anabolizm i katabolizm. Szlak metaboliczny w komórce, to szereg

Bardziej szczegółowo

Mitochondrialne Hsp70 funkcja i ewolucja. Jarosław Marszałek

Mitochondrialne Hsp70 funkcja i ewolucja. Jarosław Marszałek Mitochondrialne Hsp70 funkcja i ewolucja STRESZCZENIE Zdolność do cyklicznego oddziaływania z substratami białkowymi umożliwiła białkom opiekuńczym Hsp70 udział w różnorodnych procesach komórkowych takich

Bardziej szczegółowo

Laboratorium 5. Wpływ temperatury na aktywność enzymów. Inaktywacja termiczna

Laboratorium 5. Wpływ temperatury na aktywność enzymów. Inaktywacja termiczna Laboratorium 5 Wpływ temperatury na aktywność enzymów. Inaktywacja termiczna Prowadzący: dr inż. Karolina Labus 1. CZĘŚĆ TEORETYCZNA Szybkość reakcji enzymatycznej zależy przede wszystkim od stężenia substratu

Bardziej szczegółowo

Bliskie spotkania z biologią METABOLIZM. dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW. Instytut Biologii Eksperymetalnej, Zakład Biochemii i Biologii Komórki

Bliskie spotkania z biologią METABOLIZM. dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW. Instytut Biologii Eksperymetalnej, Zakład Biochemii i Biologii Komórki Bliskie spotkania z biologią METABOLIZM dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW Instytut Biologii Eksperymetalnej, Zakład Biochemii i Biologii Komórki Metabolizm całokształt przemian biochemicznych i towarzyszących

Bardziej szczegółowo

Laboratorium 8. Badanie stresu oksydacyjnego jako efektu działania czynników toksycznych

Laboratorium 8. Badanie stresu oksydacyjnego jako efektu działania czynników toksycznych Laboratorium 8 Badanie stresu oksydacyjnego jako efektu działania czynników toksycznych Literatura zalecana: Jakubowska A., Ocena toksyczności wybranych cieczy jonowych. Rozprawa doktorska, str. 28 31.

Bardziej szczegółowo

KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY

KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY Ćwiczenie nr 2 KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY I. Kinetyka hydrolizy sacharozy reakcja chemiczna Zasada: Sacharoza w środowisku kwaśnym ulega hydrolizie z wytworzeniem -D-glukozy i -D-fruktozy. Jest to reakcja

Bardziej szczegółowo

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany 1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy

Bardziej szczegółowo

dr hab. Mikołaj Olejniczak, prof. UAM Zakład Biochemii 16 grudnia 2018, Poznań

dr hab. Mikołaj Olejniczak, prof. UAM Zakład Biochemii 16 grudnia 2018, Poznań dr hab. Mikołaj Olejniczak, prof. UAM Zakład Biochemii 16 grudnia 2018, Poznań Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Michała Rażewa zatytułowanej Badania strukturalne drożdżowego degradosomu mitochondrialnego

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.

Bardziej szczegółowo

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:

Bardziej szczegółowo

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

Bardziej szczegółowo

TATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe

TATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów

Bardziej szczegółowo

Zasady oceniania rozwiązań zadań 48 Olimpiada Biologiczna Etap centralny

Zasady oceniania rozwiązań zadań 48 Olimpiada Biologiczna Etap centralny Zasady oceniania rozwiązań zadań 48 Olimpiada Biologiczna Etap centralny Zadanie 1 1 pkt. za prawidłowe podanie typów dla obydwu zwierząt oznaczonych literami A oraz B. A. ramienionogi, B. mięczaki A.

Bardziej szczegółowo

KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY (REAKCJA ENZYMATYCZNA I CHEMICZNA)

KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY (REAKCJA ENZYMATYCZNA I CHEMICZNA) Ćwiczenie nr 2 KINETYKA HYDROLIZY SACHAROZY (REAKCJA ENZYMATYCZNA I CHEMICZNA) ĆWICZENIE PRAKTYCZNE I. Kinetyka hydrolizy sacharozy reakcja chemiczna Zasada: Sacharoza w środowisku kwaśnym ulega hydrolizie

Bardziej szczegółowo

Reakcje zachodzące w komórkach

Reakcje zachodzące w komórkach Reakcje zachodzące w komórkach W każdej sekundzie we wszystkich organizmach żywych zachodzi niezliczona ilość reakcji metabolicznych. Metabolizm (gr. metabole - przemiana) to przemiany materii i energii

Bardziej szczegółowo

Enzymy katalizatory biologiczne

Enzymy katalizatory biologiczne Enzymy katalizatory biologiczne Kataliza zjawisko polegające na obniżeniu energii aktywacji reakcji i zwiększeniu szybkości reakcji chemicznej i/lub skierowaniu reakcji na jedną z termodynamicznie możliwych

Bardziej szczegółowo

Technika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów. Wstęp:

Technika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów. Wstęp: Technika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów Wstęp: Wśród technik biologii molekularnej jedną z najczęściej stosowanych jest technika fluorescencyjna. Stosując technikę fluorescencyjną można

Bardziej szczegółowo

Przegląd budowy i funkcji białek

Przegląd budowy i funkcji białek Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,

Bardziej szczegółowo

Katalaza scripted inquiry wersja dla nauczyciela

Katalaza scripted inquiry wersja dla nauczyciela Katalaza scripted inquiry wersja dla nauczyciela 1. Odniesienie do podstawy programowej 1 a) Cele kształcenia stanowią cele zajęć, możliwe dodatkowe cele wykraczające poza zapisy podstawy (opis umiejętności

Bardziej szczegółowo

ANALIZA TŁUSZCZÓW WŁAŚCIWYCH CZ II

ANALIZA TŁUSZCZÓW WŁAŚCIWYCH CZ II KATEDRA BIOCHEMII Wydział Biologii i Ochrony Środowiska ANALIZA TŁUSZCZÓW WŁAŚCIWYCH CZ II ĆWICZENIE 8 ZADANIE 1 HYDROLIZA LIPIDÓW MLEKA ZA POMOCĄ LIPAZY TRZUSTKOWEJ Lipazy (EC 3.1) to enzymy należące

Bardziej szczegółowo

Formalny opis rozprawy

Formalny opis rozprawy Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Agnieszki Kłosowskiej pt Mechanizm współdziałania białek Hsp70 i Hsp104 w procesie reaktywacji zagregowanych białek Przedstawiona mi do recenzji praca doktorska dotyczy

Bardziej szczegółowo

Joanna Bereta, Aleksander Ko j Zarys biochemii. Seria Wydawnicza Wydziału Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego

Joanna Bereta, Aleksander Ko j Zarys biochemii. Seria Wydawnicza Wydziału Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego Joanna Bereta, Aleksander Ko j Zarys biochemii Seria Wydawnicza Wydziału Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego Copyright by Wydział Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii

Bardziej szczegółowo

BADANIE WŁAŚCIWOŚCI FIZYKOCHEMICZNYCH AMINOKWASÓW

BADANIE WŁAŚCIWOŚCI FIZYKOCHEMICZNYCH AMINOKWASÓW BADANIE WŁAŚIWŚI FIZYKEMIZNY AMINKWASÓW IDENTYFIKAJA AMINKWASÓW BIAŁKA, JAK I WLNE AMINKWASY REAGUJĄ ZA PŚREDNITWEM GRUP: -N 2 I Z NINYDRYNĄ, DINITRFLURBENZENEM I KWASEM AZTWYM (III). WYSTĘPWANIE W STRUKTURZE

Bardziej szczegółowo

TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów

TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja

Bardziej szczegółowo

Wykład 5. Remodeling chromatyny

Wykład 5. Remodeling chromatyny Wykład 5 Remodeling chromatyny 1 Plan wykładu: 1. Przebudowa chromatyny 2. Struktura, funkcje oraz mechanizm działania kompleksów remodelujących chromatynę 3. Charakterystyka kompleksów typu SWI/SNF 4.

Bardziej szczegółowo

Próba kontrolna (PK) 1000 l 1000 l

Próba kontrolna (PK) 1000 l 1000 l Ćwiczenie 10. A. Oznaczanie stężenia bilirubiny całkowitej w surowicy krwi. Wymagane zagadnienia teoretyczne 1. Biosynteza hemu - metabolity pośrednie syntezy hemu. 2. Katabolizm hemu - powstawanie barwników

Bardziej szczegółowo

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:

Bardziej szczegółowo

SEMINARIUM 8:

SEMINARIUM 8: SEMINARIUM 8: 24.11. 2016 Mikroelementy i pierwiastki śladowe, definicje, udział w metabolizmie ustroju reakcje biochemiczne zależne od aktywacji/inhibicji przy udziale mikroelementów i pierwiastków śladowych,

Bardziej szczegółowo

XLII Liceum Ogólnokształcące im. M. Konopnickiej w Warszawie

XLII Liceum Ogólnokształcące im. M. Konopnickiej w Warszawie II etap konkursu Piramida - biologia - doświadczenie Imię i Nazwisko członków zespołu: 1.. 2.. Katalaza 3.. Katalaza to enzym umożliwiający rozkład nadtlenku wodoru (H 2 O 2 ). Występuje ona w różnych

Bardziej szczegółowo

Nukleotydy w układach biologicznych

Nukleotydy w układach biologicznych Nukleotydy w układach biologicznych Schemat 1. Dinukleotyd nikotynoamidoadeninowy Schemat 2. Dinukleotyd NADP + Dinukleotydy NAD +, NADP + i FAD uczestniczą w procesach biochemicznych, w trakcie których

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

1. Właściwości białek

1. Właściwości białek 1. Właściwości białek a. 1. Cele lekcji i. a) Wiadomości Uczeń zna: Uczeń: właściwości białek, proces denaturacji białek, reakcje charakterystyczne dla białek. ii. b) Umiejętności rozróżnia reakcje charakterystyczne

Bardziej szczegółowo

Inżynieria Genetyczna ćw. 3

Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny

Bardziej szczegółowo

Oddychanie komórkowe. Pozyskiwanie i przetwarzanie energii w komórkach roślinnych. Oddychanie zachodzi w mitochondriach Wykład 7.

Oddychanie komórkowe. Pozyskiwanie i przetwarzanie energii w komórkach roślinnych. Oddychanie zachodzi w mitochondriach Wykład 7. Wykład 7. Pozyskiwanie i przetwarzanie energii w komórkach roślinnych Literatura dodatkowa: Oddychanie to wielostopniowy proces utleniania substratów związany z wytwarzaniem w komórce metabolicznie użytecznej

Bardziej szczegółowo

oksydacyjna ADP + Pi + (energia z utleniania zredukowanych nukleotydów ) ATP

oksydacyjna ADP + Pi + (energia z utleniania zredukowanych nukleotydów ) ATP Życie - wymaga nakładu energii źródłem - promienie świetlne - wykorzystywane do fotosyntezy - magazynowanie energii w wiązaniach chemicznych Wszystkie organizmy (a zwierzęce wyłącznie) pozyskują energię

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie metody Lowry ego do oznaczenia białka w cukrze białym

Zastosowanie metody Lowry ego do oznaczenia białka w cukrze białym Zastosowanie metody Lowry ego do oznaczenia białka w cukrze białym Dr inż. Bożena Wnuk Mgr inż. Anna Wysocka Seminarium Aktualne zagadnienia dotyczące jakości w przemyśle cukrowniczym Łódź 10 11 czerwca

Bardziej szczegółowo

data ĆWICZENIE 7 DYSTRYBUCJA TKANKOWA AMIDOHYDROLAZ

data ĆWICZENIE 7 DYSTRYBUCJA TKANKOWA AMIDOHYDROLAZ Imię i nazwisko Uzyskane punkty Nr albumu data /3 podpis asystenta ĆWICZENIE 7 DYSTRYBUCJA TKANKOWA AMIDOHYDROLAZ Amidohydrolazy (E.C.3.5.1 oraz E.C.3.5.2) są enzymami z grupy hydrolaz o szerokim powinowactwie

Bardziej szczegółowo

Bliskie spotkania z biologią METABOLIZM. dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW. Instytut Biologii Eksperymetalnej, Zakład Biochemii i Biologii Komórki

Bliskie spotkania z biologią METABOLIZM. dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW. Instytut Biologii Eksperymetalnej, Zakład Biochemii i Biologii Komórki Bliskie spotkania z biologią METABOLIZM dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW Instytut Biologii Eksperymetalnej, Zakład Biochemii i Biologii Komórki Metabolizm całokształt przemian biochemicznych i towarzyszących

Bardziej szczegółowo

A. B. Co warto wiedzieć o aminokwasach?

A. B. Co warto wiedzieć o aminokwasach? A. B. Co warto wiedzieć o aminokwasach? a) 1. Cele lekcji a. a) Wiadomości Uczeń zna pojęcia: asymetryczny atom węgla, L-aminokwas, peptyd, reakcja kondensacji, aminokwas białkowy, aminokwas egzogenny

Bardziej szczegółowo

prof. dr hab. Maciej Ugorski Efekty kształcenia 2 Posiada podstawowe wiadomości z zakresu enzymologii BC_1A_W04

prof. dr hab. Maciej Ugorski Efekty kształcenia 2 Posiada podstawowe wiadomości z zakresu enzymologii BC_1A_W04 BIOCHEMIA (BC) Kod przedmiotu Nazwa przedmiotu Kierunek Poziom studiów Profil Rodzaj przedmiotu Semestr studiów 2 ECTS 5 Formy zajęć Osoba odpowiedzialna za przedmiot Język Wymagania wstępne Skrócony opis

Bardziej szczegółowo

Sprawozdzanie z ćwiczenia nr 3 - Kinetyka enzymatyczna

Sprawozdzanie z ćwiczenia nr 3 - Kinetyka enzymatyczna Sprawozdzanie z ćwiczenia nr 3 - Kinetyka enzymatyczna Imię i nazwisko..... Data... UZYSKANE WYNIKI LICZBOWE (wartości liczbowe i wymiar) Stała Michaelisa dla H 2 O 2, Km:... Prędkość maksymalna Vmax:...

Bardziej szczegółowo

Wydział Przyrodniczo-Techniczny UO Kierunek studiów: Biotechnologia licencjat Rok akademicki 2009/2010

Wydział Przyrodniczo-Techniczny UO Kierunek studiów: Biotechnologia licencjat Rok akademicki 2009/2010 Kierunek studiów: Biotechnologia licencjat 6.15 BCH2 II Typ studiów: stacjonarne Semestr: IV Liczba punktow ECTS: 5 Jednostka organizacyjna prowadząca przedmiot: Samodzielna Katedra Biotechnologii i Biologii

Bardziej szczegółowo

Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples

Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples from Hsp70 molecular chaperones, αa-crystallin, and sericin Badanie metodą dynamiki molekularnej zależności

Bardziej szczegółowo

PRACOWNIA ANALIZY ILOŚCIOWEJ. Analiza substancji biologicznie aktywnej w preparacie farmaceutycznym kwas acetylosalicylowy

PRACOWNIA ANALIZY ILOŚCIOWEJ. Analiza substancji biologicznie aktywnej w preparacie farmaceutycznym kwas acetylosalicylowy PRACOWNIA ANALIZY ILOŚCIOWEJ Analiza substancji biologicznie aktywnej w preparacie farmaceutycznym kwas acetylosalicylowy Ćwiczenie obejmuje: 1. Oznaczenie jakościowe kwasu acetylosalicylowego 2. Przygotowanie

Bardziej szczegółowo

CEL ĆWICZENIA: Zapoznanie się z przykładową procedurą odsalania oczyszczanych preparatów enzymatycznych w procesie klasycznej filtracji żelowej.

CEL ĆWICZENIA: Zapoznanie się z przykładową procedurą odsalania oczyszczanych preparatów enzymatycznych w procesie klasycznej filtracji żelowej. LABORATORIUM 3 Filtracja żelowa preparatu oksydazy polifenolowej (PPO) oczyszczanego w procesie wysalania siarczanem amonu z wykorzystaniem złoża Sephadex G-50 CEL ĆWICZENIA: Zapoznanie się z przykładową

Bardziej szczegółowo

Sirtuiny - eliksir młodości nowej generacji?

Sirtuiny - eliksir młodości nowej generacji? WYKŁAD: 4 Sirtuiny - eliksir młodości nowej generacji? Prof. dr hab. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej 1 Dieta niskokaloryczna (calorie restriction,cr) 2 3 4 Zdjęcie 2. Stuletnia mieszkanka

Bardziej szczegółowo

Dr hab. Anna Bębenek Warszawa,

Dr hab. Anna Bębenek Warszawa, Dr hab. Anna Bębenek Warszawa, 14.01. 2018 Instytut Biochemii i Biofizyki PAN Ul. Pawińskiego 5a 02-106 Warszawa Recenzja pracy doktorskiej Pana mgr Michała Płachty Pod Tytułem Regulacja funkcjonowania

Bardziej szczegółowo

Co ma wspólnego ludzka dwunastnica z proszkiem do. prania?

Co ma wspólnego ludzka dwunastnica z proszkiem do. prania? 1 Co ma wspólnego ludzka dwunastnica z proszkiem do prania? Czas trwania zajęć: 45 minut Potencjalne pytania badawcze: 1. Czy lipazy zawarte w proszku do prania rozkładają tłuszcze roślinne? 2. Jaka jest

Bardziej szczegółowo

Podstawy biologii. Informacja, struktura i metabolizm.

Podstawy biologii. Informacja, struktura i metabolizm. Podstawy biologii Informacja, struktura i metabolizm. Informacje Kontakt: Paweł Golik Instytut Genetyki i Biotechnologii, Pawińskiego 5A pgolik@igib.uw.edu.pl Informacje, materiały: http://www.igib.uw.edu.pl/

Bardziej szczegółowo

OCENA Rozprawy doktorskiej mgr Aksany Varabyovej Biogeneza dysmutazy ponadtlenkowej 1 w mitochondrialnej przestrzeni międzybłonowej

OCENA Rozprawy doktorskiej mgr Aksany Varabyovej Biogeneza dysmutazy ponadtlenkowej 1 w mitochondrialnej przestrzeni międzybłonowej prof. dr hab. Barbara Zabłocka Pracownia Biologii Molekularnej Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. M. Mossakowskiego PAN ul. Pawińskiego 5, 02-106 Warszawa tel: 22-60 86 486 e-mail: bzablocka@imdik.pan.pl

Bardziej szczegółowo

WŁASNOŚCI SPEKTRALNE NUKLEOTYDÓW PIRYDYNOWYCH (NAD +, NADP + ) OZNACZANIE AKTYWNOŚCI TRANSAMINAZY ALANINOWEJ

WŁASNOŚCI SPEKTRALNE NUKLEOTYDÓW PIRYDYNOWYCH (NAD +, NADP + ) OZNACZANIE AKTYWNOŚCI TRANSAMINAZY ALANINOWEJ WŁASNOŚCI SPEKTRALNE NUKLEOTYDÓW PIRYDYNOWYCH (NAD +, NADP + ) OZNACZANIE AKTYWNOŚCI TRANSAMINAZY ALANINOWEJ WSTĘP Nukleotydy pirydynowe (NAD +, NADP + ) pełnią funkcję koenzymów dehydrogenaz przenosząc

Bardziej szczegółowo

TEORIA KOMÓRKI (dlaczego istnieją osobniki?)

TEORIA KOMÓRKI (dlaczego istnieją osobniki?) Wstęp do biologii 2. TEORIA KOMÓRKI (dlaczego istnieją osobniki?) Jerzy Dzik Instytut Paleobiologii PAN Instytut Zoologii UW 2015 WSPÓLNE WŁAŚCIWOŚCI dzisiejszych organizmów procesy życiowe katalizowane

Bardziej szczegółowo

(węglowodanów i tłuszczów) Podstawowym produktem (nośnikiem energii) - ATP

(węglowodanów i tłuszczów) Podstawowym produktem (nośnikiem energii) - ATP śycie - wymaga nakładu energii źródłem - promienie świetlne - wykorzystywane do fotosyntezy - magazynowanie energii w wiązaniach chemicznych Wszystkie organizmy (a zwierzęce wyłącznie) pozyskują energię

Bardziej szczegółowo

Bliskie spotkania z biologią. METABOLIZM część II. dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW

Bliskie spotkania z biologią. METABOLIZM część II. dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW Bliskie spotkania z biologią METABOLIZM część II dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW Instytut Biologii Eksperymetalnej, Zakład Biochemii i Biologii Komórki METABOLIZM KATABOLIZM - rozkład związków chemicznych

Bardziej szczegółowo

Biologia medyczna, materiały dla studentów

Biologia medyczna, materiały dla studentów Zasada reakcji PCR Reakcja PCR (replikacja in vitro) obejmuje denaturację DNA, przyłączanie starterów (annealing) i syntezę nowych nici DNA (elongacja). 1. Denaturacja: rozplecenie nici DNA, temp. 94 o

Bardziej szczegółowo

Program zajęć z biochemii dla studentów kierunku weterynaria I roku studiów na Wydziale Lekarskim UJ CM w roku akademickim 2013/2014

Program zajęć z biochemii dla studentów kierunku weterynaria I roku studiów na Wydziale Lekarskim UJ CM w roku akademickim 2013/2014 Program zajęć z biochemii dla studentów kierunku weterynaria I roku studiów na Wydziale Lekarskim UJ CM w roku akademickim 2013/2014 S E M E S T R II Tydzień 1 24.02-28.02 2 03.03-07.03 3 10.03-14.03 Wykłady

Bardziej szczegółowo

OZNACZANIE AKTYWNOŚCI ALKALICZNEJ DIFOSFATAZY (PIROFOSFATAZY)

OZNACZANIE AKTYWNOŚCI ALKALICZNEJ DIFOSFATAZY (PIROFOSFATAZY) Ćwiczenie 8 OZNACZANIE AKTYWNOŚCI ALKALICZNEJ DIFOSFATAZY (PIROFOSFATAZY) Część doświadczalna obejmuje: - sączenie Ŝelowe ekstraktu uzyskanego z bielma niedojrzałych nasion kukurydzy - oznaczanie aktywności

Bardziej szczegółowo

Aminokwasy, peptydy i białka. Związki wielofunkcyjne

Aminokwasy, peptydy i białka. Związki wielofunkcyjne Aminokwasy, peptydy i białka Związki wielofunkcyjne Aminokwasy, peptydy i białka Aminokwasy, peptydy i białka: - wiadomości ogólne Aminokwasy: - ogólna charakterystyka - budowa i nazewnictwo - właściwości

Bardziej szczegółowo

a) proces denaturacji białka następuje w probówce: b) proces zachodzący w probówce nr 1 nazywa się:

a) proces denaturacji białka następuje w probówce: b) proces zachodzący w probówce nr 1 nazywa się: Zadanie 1. (4 pkt) Zaprojektuj doświadczenie chemiczne, za pomocą którego można wykryć siarkę w związkach organicznych. a) opisz przebieg doświadczenia b) zapisz przewidywane spostrzeżenia c) napisz równanie

Bardziej szczegółowo

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa Ćwiczenie 3 Izolacja i rozdział

Bardziej szczegółowo

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać

Bardziej szczegółowo

48 Olimpiada Biologiczna Pracownia biochemiczna zasady oceniania rozwiązań zadań

48 Olimpiada Biologiczna Pracownia biochemiczna zasady oceniania rozwiązań zadań 48 Olimpiada Biologiczna Pracownia biochemiczna zasady oceniania rozwiązań zadań Część A. Rozdzielanie i identyfikacja aminokwasów (0 20 pkt) Zadanie A.1 (0 6 pkt) Wskazanie kolejności użycia roztworów

Bardziej szczegółowo

Czynniki wpływające na szybkość reakcji

Czynniki wpływające na szybkość reakcji Czynniki wpływające na szybkość reakcji 1. Cele lekcji a) Wiadomości Uczeń zna: pojęcia: szybkość reakcji, katalizator, inhibitor, kontakt, energia aktywacji, biokatalizator, kataliza homogeniczna, kataliza

Bardziej szczegółowo

Plan działania opracowała Anna Gajos

Plan działania opracowała Anna Gajos Plan działania 15.09-15.10 opracowała Anna Gajos Jakie zagadnienia trzeba opanować z następujących działów: 1. Budowa chemiczna organizmów. 2. Budowa i funkcjonowanie komórki 3. Cykl komórkowy 4. Metabolizm

Bardziej szczegółowo

Kierunek i poziom studiów: Biotechnologia, pierwszy Sylabus modułu: Chemia ogólna (1BT_05)

Kierunek i poziom studiów: Biotechnologia, pierwszy Sylabus modułu: Chemia ogólna (1BT_05) Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Kierunek i poziom studiów: Biotechnologia, pierwszy Sylabus modułu: Chemia ogólna (1BT_05) 1. Informacje ogólne koordynator modułu/wariantu rok akademicki 2014/2015

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego

Bardziej szczegółowo

Laboratorium 4. Określenie aktywności katalitycznej enzymu. Wprowadzenie do metod analitycznych. 1. CZĘŚĆ TEORETYCZNA

Laboratorium 4. Określenie aktywności katalitycznej enzymu. Wprowadzenie do metod analitycznych. 1. CZĘŚĆ TEORETYCZNA Laboratorium 4 Określenie aktywności katalitycznej enzymu. Wprowadzenie do metod analitycznych. Prowadzący: dr inż. Karolina Labus 1. CZĘŚĆ TEORETYCZNA Enzymy to wielkocząsteczkowe, w większości białkowe,

Bardziej szczegółowo

Zestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych

Zestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych Nr kat. PK15 Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania w moczu lub w kulturach komórkowych na 50 reakcji PCR (50µl), włączając w to kontrole Detekcja oparta jest na amplifikacji fragmentu genu crp (cysteine

Bardziej szczegółowo

Protokół: Reakcje charakterystyczne cukrowców

Protokół: Reakcje charakterystyczne cukrowców Protokół: Reakcje charakterystyczne cukrowców 1. Rekcja na obecność cukrów: próba Molischa z -naftolem Jest to najbardziej ogólna reakcja na cukrowce, tak wolne jak i związane. Ujemny jej wynik wyklucza

Bardziej szczegółowo

Kit for rapid detection Legionella pneumophilla

Kit for rapid detection Legionella pneumophilla Kit for rapid detection Legionella pneumophilla Zestaw do szybkiej detekcji bakterii Legionella w próbkach wody opiera się na wykorzystaniu immunomagnetycznych kulek. Są to cząsteczki superparamagnetyczne,

Bardziej szczegółowo

PROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7

PROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7 Poznań, dnia 28.04.2014 r. BioVentures Institute Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością ul. Promienista 83 60 141 Poznań Zapytanie ofertowe nr 01/2014 Projekt Nowa technologia wytwarzania szczepionek

Bardziej szczegółowo

CZYNNIKI WPŁYWAJĄCE NA SZYBKOŚĆ REAKCJI CHEMICZNYCH. ILOŚCIOWE ZBADANIE SZYBKOŚCI ROZPADU NADTLENKU WODORU.

CZYNNIKI WPŁYWAJĄCE NA SZYBKOŚĆ REAKCJI CHEMICZNYCH. ILOŚCIOWE ZBADANIE SZYBKOŚCI ROZPADU NADTLENKU WODORU. CZYNNIKI WPŁYWAJĄCE NA SZYBKOŚĆ REAKCJI CHEMICZNYCH. ILOŚCIOWE ZBADANIE SZYBKOŚCI ROZPADU NADTLENKU WODORU. Projekt zrealizowany w ramach Mazowieckiego programu stypendialnego dla uczniów szczególnie uzdolnionych

Bardziej szczegółowo

Substancje o Znaczeniu Biologicznym

Substancje o Znaczeniu Biologicznym Substancje o Znaczeniu Biologicznym Tłuszcze Jadalne są to tłuszcze, które może spożywać człowiek. Stanowią ważny, wysokoenergetyczny składnik diety. Z chemicznego punktu widzenia głównym składnikiem tłuszczów

Bardziej szczegółowo

Oznaczanie aktywności - i β- amylazy słodu metodą kolorymetryczną

Oznaczanie aktywności - i β- amylazy słodu metodą kolorymetryczną KATEDRA BIOCHEMII Wydział Biologii i Ochrony Środowiska Oznaczanie aktywności - i β- amylazy słodu metodą kolorymetryczną ĆWICZENIE 5 OZNACZANIE AKTYWNOŚCI -AMYLAZY SŁODU METODĄ KOLORYMETRYCZNĄ Enzymy

Bardziej szczegółowo

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6 RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy

Bardziej szczegółowo

The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna

The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna Streszczenie rozprawy doktorskiej pt. The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna mgr Tomasz Turowski, promotor prof. dr hab.

Bardziej szczegółowo

Oznaczenie aktywności aminotransferazy alaninowej.

Oznaczenie aktywności aminotransferazy alaninowej. Oznaczenie aktywności aminotransferazy alaninowej. Zajęcia 3 godzinne w parach, zajęcia 4 godzinne indywidualnie. Cel ćwiczenia Ćwiczenie ma na celu zapoznanie się z metodą oznaczenia aktywności aminotransferazy

Bardziej szczegółowo

Opis zakładanych efektów kształcenia OPIS ZAKŁADANYCH EFEKTÓW KSZTAŁCENIA

Opis zakładanych efektów kształcenia OPIS ZAKŁADANYCH EFEKTÓW KSZTAŁCENIA Załącznik nr 2 do Uchwały Rady Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ z dnia 19czerwca 2018 r. w sprawie zmian programu i planu na BIOCHEMIA na poziomie pierwszego stopnia (według wzoru zawartego

Bardziej szczegółowo

EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?

EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH Wytrącanie etanolem Rozpuszczenie kwasu nukleinowego w fazie wodnej (met. fenol/chloroform) Wiązanie ze złożem krzemionkowym za pomocą substancji chaotropowych: jodek

Bardziej szczegółowo

Instrukcja ćwiczeń Biologia molekularna dla II roku Analityki Medycznej. Reakcja odwrotnej transkrypcji. Projektowanie starterów do reakcji PCR.

Instrukcja ćwiczeń Biologia molekularna dla II roku Analityki Medycznej. Reakcja odwrotnej transkrypcji. Projektowanie starterów do reakcji PCR. INSTRUKCJA Ćwiczenie nr 5 Odczynniki: Sprzęt: 1. 5xNG cdna Buffer 2. 50 µm oligo(dt)20 3. NG dart RT mix l 4. Probówki typu Eppendorf 0,2 ml 5. Woda wolna od RNaz 6. Lód 1. Miniwirówka 2. Termocykler 3.

Bardziej szczegółowo

Metody badania ekspresji genów

Metody badania ekspresji genów Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ ZAJĘĆ SZKOLNEGO KOŁA NAUKOWEGO Z PRZEDMIOTU BIOLOGIA PROWADZONEGO W RAMACH PROJEKTU AKADEMIA UCZNIOWSKA

SCENARIUSZ ZAJĘĆ SZKOLNEGO KOŁA NAUKOWEGO Z PRZEDMIOTU BIOLOGIA PROWADZONEGO W RAMACH PROJEKTU AKADEMIA UCZNIOWSKA SCENARIUSZ ZAJĘĆ SZKOLNEGO KOŁA NAUKOWEGO Z PRZEDMIOTU BIOLOGIA PROWADZONEGO W RAMACH PROJEKTU AKADEMIA UCZNIOWSKA Temat lekcji Jaki owoc ma więcej witaminy C? Na podstawie pracy Anny Majcher oraz jej

Bardziej szczegółowo