Spis treści. Definicja
|
|
- Kinga Krzemińska
- 7 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Spis treści 1 Definicja 2 Podstawy fizyczne 3 Czynniki wpływające na przebieg elektroforezy 4 Etapy planowania i wykonania elektroforezy 5 Wybór nośnika elektroforetycznego 5.1 Główne rodzaje nośników elektroforetycznych 6 Rodzaje komór elektroforetycznych 6.1 Elektroforeza kapilarna HPCE (ang. high performance capillary electrophoresis) 6.2 Elektroforeza pionowa 6.3 Elektroforeza pozioma 7 Barwienie próbek 7.1 Barwienie fluoroforami 7.2 Znakowanie radioizotopowe 7.3 Immunobarwienie 7.4 Barwienie enzymatyczne 8 Dokumentacja rezultatów rozdziałów elektroforetycznych 9 Analiza ilościowa i jakościowa żeli elektroforetycznych 10 Ogólne reguły przygotowania próbek do elektroforezy 11 Rodzaje elektroforezy 11 Elektroforeza kapilarna 11 Korzyści 12 Elektroforeza natywna 11 Przygotowanie próbki do badań 13 Elektroforeza denaturująca 13.1 Ograniczenie SDS-PAGE 13.2 Elektroforeza w obecności SDS przygotowanie próbki do badań 13.3 Korzyści z wykorzystania SDS 14 Ogniskowanie izoelektryczne, IEF (isoelectric focusing) 14.1 Przygotowanie próbki 15 Dwuwymiarowa SDS-PAGE 16 Immunoelektroforeza 16.1 Immunodetekcja, blotting 16.1 Western blotting (białka) 16.2 Southern blotting (DNA) 16.3 Northern blotting (RNA) 17 Immunoelektroforeza dyfuzyjna Definicja Elektroforeza jest to ruch naładowanych elektrycznie cząstek rozpuszczonych bądź zawieszonych w roztworze elektrolitu w polu elektrycznym pod wpływem przyłożonego napięcia.
2 Podstawy fizyczne W polu elektrycznym E cząsteczka o ładunku q porusza się z prędkością v: gdzie: f współczynnik tarcia (zależny od właściwości cząsteczki, wielkości, masy, kształtu). Definiujemy ruchliwość niezależną od warunków eksperymentu jako: Ponieważ f zależy od masy to ruchliwość μ zależy od stosunku ładunek/masa. Jest to opis idealny, w rzeczywistości molekuła może oddziaływać z medium. W środowisku wodnym, w polu elektrycznym poruszają się jony posiadające otoczkę hydratacyjną. Mamy do czynienia z uporządkowanym układem dipoli wodnych. Uporządkowanie to wpływa na możliwość ruchu jonów, a właściwości otoczki hydratacyjnej zależą od rozmiaru jonu, zgromadzonego na nim ładunku elektrycznego, oraz od siły jonowej i ph elektrolitu. Czynniki wpływające na przebieg elektroforezy Siła jonowa jest zdefiniowana następująco: gdzie: stężenie molowe określonego typu jonów, wartościowość określonego typu jonów. Wraz ze wzrostem siły jonowej początkowo obserwuje się wzrost przewodności jonowej elektrolitu związany ze wzrostem liczby nośników ładunku elektrycznego. Następnie dochodzi do zagęszczenia jonów i decydującą rolę w ruchu w polu elektrycznym odgrywa tarcie występujące pomiędzy otoczkami. Ważny jest odpowiedni skład elektrolitów przeznaczonych do elektroforezy. Przy zbyt wysokim stężeniu jonów następuje ograniczenie ich ruchliwości, przy zbyt niskim można zaobserwować niedobór nośników ładunku elektrycznego i związany z tym wzrost oporności elektrycznej. Temperatura utrzymywanie stałej temperatury jest konieczne dla osiągnięcia powtarzalnych rezultatów separacji elektroforetycznej makromolekuł, ponieważ: a. Wydzielane podczas polimeryzacji akrylamidu ciepło może przyczynić się do powstawania prądów konwekcyjnych i powodować nieregularności w sieciowaniu i porowatości nośnika. b. Nadmiar ciepła uwalnianego podczas elektroforezy może powodować nierównomierne przemieszczanie się frontu elektroforezy. c. Gradient temperatury w nośniku może powodować, że niektóre prążki będą migrować jako dublety, lub będą poszerzone,
3 3. d. Nadmiar ciepła prowadzi do denaturacji białek. e. Przy zastosowaniu zbyt dużych mocy, można zaobserwować topnienie żeli agarozowych, pękanie szklanych płyt czy uszkodzenia aparatu poprzez termiczne odkształcenia jego plastikowych elementów. ph miara stężenia jonów wodorowych. a. Duże znaczenie w przypadku białek i peptydów obdarzonych ładunkiem elektrycznym zależnym od warunków środowiskowych (ph). b. W wyniku zachodzących modyfikacji posttranslacyjnych cząsteczki białka kodowane przez ten sam gen mogą mieć różną wartością punktu izoelektrycznego, pi. Odmienną wartość pi mogą posiadać też izoformy białka będące produktem polimorficznego genu. c. W środowisku o ph < pi białko obdarzone jest ładunkiem dodatnim i migruje w kierunku elektrody ujemnej. d. Aby elektroforetyczna separacja białek była skuteczna koniecznym jest utrzymywanie stałej wartości ph elektrolitu - elektrolit musi być buforowany. e. Kwasy nukleinowe posiadają trwały ładunek ujemny- ich separacja elektroforetyczna jest prostsza Etapy planowania i wykonania elektroforezy Dobrze zaplanowaną elektroforezę możemy podzielić na następujące etapy: Wybór obiektu badań. Wybór metody. Wybór nośnika elektroforetycznego i aparatury. Przygotowanie układu elektroforetycznego. Przygotowanie próbki (np. barwienie, denaturacja, w zależności od wybranej metody). Elektroforeza. Wybarwienie nośnika. Dokumentacja. Analiza ilościowa i/lub jakościowa. Interpretacja wyników. Wybór nośnika elektroforetycznego Elektroforezę można przeprowadzać w roztworach, ale charakteryzuje się ona niską rozdzielczością. Znacznie więcej zastosowań znajduje elektroforeza przeprowadzana w żelach, ze względu na stabilność, powtarzalność, większą rozdzielczość. Istotny jest wybór dobrego podłoża. Nie może ono reagować z białkiem (rozdział ze względu na właściwości fizyczne, a nie chemiczne) i poprzez manipulacje stężeniem powinno dawać możliwość regulacji wielkości porów, a co za tym idzie umożliwiać wybór zakresu separacji cząsteczek. Najczęściej stosuje się żele złożone z wielocukrów: agaroza (agarobioza = galaktoza + 3,6- anhydrogalaktoza poliakryloamid ( akryloamid + N,N -metylenobisakryloamid) Typowy żel poliakryloamidowy wygląda następująco (Rys. Figure 1):
4 Typowy żel poliakrylowy. Główne rodzaje nośników elektroforetycznych Żele agarozowe Rozmiary porowatości agarozy można regulować stosując jej różne stężenia. Im wyższe stężenie tym bogatsze usieciowanie i drobniejsze pory. Zwykle przygotowuje się żele o stężeniach agarozy 0,4-4,0% i stosuje się je w aparatach do elektroforezy poziomej. Zaleta: możliwość separacji dużych makrocząsteczek białkowych, oraz fragmentów kwasów nukleinowych ( bp). Wada: słaba wytrzymałość mechaniczna i trudność utrwalania po rozdziale. Żele poliakrylamidowe umożliwiają separację makrocząsteczek białkowych o masach rzędu 5 kda kda lub polinukleotydów o wielkości par zasad. Przygotowywane są z roztworu monomerów akrylamidu i substancji sieciujących. Jako substancję sieciującą stosuje się N,N.-metylenobisakrylamid (bis-akrylamid). Reakcję polimeryzacji, można zainicjować chemicznie poprzez zastosowanie nadsiarczanu amonu w obecności katalizatora N,N,N.,N.-tetrametyletylenodiaminy (TEMED). Gęstość sieciowania oraz rozmiary porów można regulować poprzez dobór stężenia akrylamidu i bisakrylamidu. Uwaga! Akrylamid w postaci monomerycznej jest bardzo silną neurotoksyną. Jeżeli przedmiotem separacji jest mieszanina białek o zróżnicowanych masach, wskazanym jest zastosowanie żelu gradientowego o narastającej, wraz z dystansem migracji, gęstości sieciowania. Na jego wejściu rozmiary porów są duże i pozwalają migrować zarówno dużym jak i znacznie mniejszym makrocząsteczkom. W tym obszarze pozostają duże makromolekuły. Ze wzrostem dystansu migracji usieciowanie wzrasta i następuje separacja średnich i małych cząsteczek. Rodzaje komór elektroforetycznych (podział ze względu na sposób umieszczenia nośnika elektroforetycznego) Elektroforeza kapilarna HPCE (ang. high performance capillary electrophoresis) Elektrolit wypełnia kapilarę o wewnętrznej średnicy μm i długości cm. Końce kapilary zanurzone są w zasobnikach z elektrolitami. Kapilara wypełniona jest swobodnym elektrolitem (elektroforeza swobodna) lub porowatym nośnikiem (elektroforeza na nośniku).
5 Elektroforeza pionowa Nośnik elektroforetyczny wypełnia szklane rurki lub znajduje się pomiędzy dwoma płytkami rozdzielonymi przekładkami dystansowymi. Górna część nośnika jest przykryta warstwą elektrolitu. Elektroforeza pozioma Nośnik umieszczony jest w płaszczyźnie poziomej. Zaletą tego rozwiązania jest brak wycieków elektrolitu oraz możliwość łatwego odprowadzenia ciepła generowanego w trakcie przepływu prądu. Barwienie próbek Białka najczęściej wybarwia się stosując naturalne barwniki, takie jak błękit kumassi. Barwnik dodawany jest do roztworu utrwalającego położenie białka w żelu.można w ten sposób znaleźć 1 μg białka w prążku. Bardziej czułą metodą jest barwienie srebrem. Metoda ta pozwala oznaczyć 10 ng białka w prążku. Barwienie fluoroforami Barwniki fluorescencyjne (np. ANS lub bromek etydyny) pozwalają na uwidocznienie makrocząsteczek po zakończeniu elektroforezy lub wybarwienie przed separacją. Znaczniki uwidaczniają położenie prążków w świetle UV lub widzialnym. Czułość detekcji jest porównywalna z barwieniem srebrem lub jest nieco lepsza. Znakowanie radioizotopowe Bardzo wysoka czułość detekcji. Znakowanie makrocząsteczek (białek) radioizotopami odbywa się przed procesem separacji elektroforetycznej, często na etapie ich syntezy. Immunobarwienie Selektywne barwienie białek i peptydów na membranach przy zastosowaniu specyficznych przeciwciał znakowanych fluorescencyjnie, enzymatycznie lub radioizotopowo Barwienie enzymatyczne Wizualizacja enzymów, które w wyniku katalizy produkują barwny substrat. Dokumentacja rezultatów rozdziałów elektroforetycznych Znane są następujące metody dokumentacji rozdziałów elektroforetycznych: Suszenie żeli poliakrylamidowych pomiędzy warstwą bibuły i celofanu lub pomiędzy dwoma warstwami celofanu. Żele agarozowe nie poddają się tej formie dokumentowania. Sporządzenie fotografii żelu. a. technika autoradiografii lub autoluminescencji dla makrocząsteczek znakowanych radioizotopowo, lub immunoenzymatycznie z zastosowaniem substratów
6 chromogennych. b. wykorzystanie kamer cyfrowych, obraz przechowywany jest w formie elektronicznej. c. skanery optyczne, umożliwiające przetwarzanie na formę elektroniczną obrazu żeli i membran, detekcja z zastosowaniem znaczników fluorescencyjnych, substratów chromogennych i radioizotopów. Analiza ilościowa i jakościowa żeli elektroforetycznych Analiza jakościowa, mająca na celu pokazanie obecności danego białka i określenie jego względnej migracji w nośniku elektroforetycznym może być wykonana przez porównanie położenia poszczególnych prążków i opisanie zaobserwowanego obrazu. Analiza ilościowa wymaga zastosowania technik rachunkowych, uwzględniających zarówno informację o położeniu analizowanych prążków, jak i o intensywności wybarwienia tych prążków. Do tego celu stosuje się technikę densytometrowania analizowanego żelu, membrany lub ich elektronicznie przetworzonych obrazów. Uzyskane w ten sposób dane liczbowe pozwalają na: określenie masy cząsteczkowej (MW), wartości punktu izolektrycznego (pi) lub liczby par zasad analizowanej makrocząsteczki w porównaniu z zastosowanymi wzorcami; określenie ilości molekuł w prążku na podstawie porównania ze znaną ilością tych molekuł w prążkach na sąsiednich ścieżkach; określenie sekwencji nukleotydów. Ogólne reguły przygotowania próbek do elektroforezy Próbka nie może zawierać zbyt dużej ilości soli. Separacja makrojonów zależy od ich ilości w próbce. Zbyt mała ilość makrojonów, powoduje trudności w ich detekcji, a zbyt duża ich ilość pogarsza warunki separacji. 3. Ilość makrocząsteczek poddających się prawidłowej separacji zależy od grubości nośnika, szerokości ścieżki, objętości nanoszonej próbki oraz od liczby różnych makrocząsteczek w próbce. 4. Często obciąża się próbkę dobrze rozpuszczalną substancją pozbawioną ładunku elektrycznego. Dodatek taki pozwala na umieszczenie próbki bezpośrednio na powierzchni żelu bez zbędnego mieszania jej z elektrolitem. 5. Próbka powinna być zabarwiona tak, aby można było obserwować jej nanoszenie na nośnik. Eliminuje to możliwość pomyłkowego naniesienia dwóch lub więcej próbek na tę samą ścieżkę rozdziału. Rodzaje elektroforezy Elektroforeza kapilarna Umożliwia rozdział próbek o stężeniach attomoli, przy wysokich napięciach:
7 Przyłożenie napięcia powoduje wytwarzanie ciepła co niekorzystnie wpływa na rozdzielczość. Zwykle ograniczenie stosowanego napięcia V. W cienkiej kapilarze stosunek powierzchnia/objętość jest bardzo korzystny jeśli chodzi o dyssypację produkowanego ciepła. Można wtedy używać wyższych napięć. Typowa średnica wewnętrzna kapilary μm, zewnętrzna 300 μm, długość cm. Kapilara wypełniona jest buforem lub żelem. Możliwe napięcie 5-50 kv. Korzyści Rozdział w ciągu kilku minut substancji o stężeniu attomolowym. Niskie zużycie reagentów. Ze względu na możliwość stosowania różnych buforów możliwość rozdziału struktur o wielkości od atomów do całych komórek. Elektroforeza natywna Stosowana w przypadku białek aktywnych biologicznie o prawidłowej strukturze czwartorzędowej Separacja dzięki różnicy ładunków własnych białek Ruchliwość cząsteczek jest związana z ładunkiem netto białka, jego masą i kształtem. Metoda stosowana do wyznaczenia masy białka dzięki porównaniu ruchliwości białka o nieznanej masie z ruchliwością białek o znanej masie i podobnym kształcie. Przygotowanie próbki do badań Próbka powinna być: rozpuszczona w buforze nie powodującym denaturacji separowanych makrocząsteczek. Przygotowywana i przechowywana w niskiej temperaturze - zabezpieczenie przed degradacją proteolityczną. W tym samym celu można do próbki dodać inhibitorów proteaz serynowych (PMSF i EDTA). Pozbawiona nadmiaru soli poprzez dializę lub filtrację żelową. Zrównoważona elektrolitem, który wypełnia nośnik elektroforetyczny. Gęstość próbki można podwyższyć przez dodanie glicerolu (10%) i zabarwić przy pomocy 0,25% błękitu bromofenolu (ang. bromophenol blue). Nie denaturujemy próbki (chemicznie lub termicznie)! Zaletą metody jest możliwość odzyskania cząsteczek białkowych w stanie aktywności biologicznej. Wadą - stosunkowo słaba rozdzielczość. Elektroforeza denaturująca Często spotykana nazwa: SDS-PAGE od SDS polyacrylamide gel electrophoresis Zdenaturowane białko wędruje w polu elektrycznym jako rozwinięty monomer (brak aktywności biologicznej i struktury czwartorzędowej).
8 SDS silny detergent jonowy (ang. sodium dodecyl sulfate) o hydrofobowym łańcuchu węglowym i polarnej siarczanowej głowie. SDS denaturuje białko i nadaje mu ładunek ujemny niezależny od wewnętrznego ładunku białka i masy. Ruchliwość kompleksu białko-sds jest zależna do jego masy. Ograniczenie SDS-PAGE Założenie, ze białka są sferami z równomiernym rozkładem ładunku. Uzyskana ta metodą masę określa się jako masę pozorną, ponieważ odnosi się do porównania z innymi białkami (np. glikoproteiny poruszają się wolniej ze względu na to, że SDS nie wiąże się do części cukrowych). Elektroforeza w obecności SDS przygotowanie próbki do badań Białka zawarte w próbce powinny być zdenaturowane przez dodanie 1-2% SDS (w ph 7,0-9,0) i gotowane w ciągu 3-4 minut. W celu rozbicia wiązań dwusiarczkowych do próbki należy dodatkowo dodać czynnik redukujący: 1% merkaptoetanol lub DTT (ditiotreitol) oraz 10 mm EDTA. Próbka powinna być odsolona (dializa lub filtracja żelowa) i zrównoważona elektrolitem wypełniającym nośnik na który będzie naniesiona. Do próbki można dodać glicerol (10%) oraz błękit bromofenolu (0,25%), uzyskując w ten sposób wyższą gęstość próbki i jej intensywne zabarwienie. Bezpośrednio przed naniesieniem na żel próbkę należy odwirować aby usunąć wszystkie nierozpuszczone składniki. Korzyści z wykorzystania SDS Zdecydowana większość białek jest rozpuszczalna w elektrolitach zawierających SDS, szczególnie po redukcji mostków dwusiarczkowych. Separacja białek odbywa się zgodnie z ich masami cząsteczkowymi. Barwienia kompleksów białko-sds jest znacznie wydajniejsze niż samego białka. Obecność SDS eliminuje enzymatyczną degradację białek w trakcie separacji. Wada białko w formie zdenaturowanej. W wielu przypadkach mostki dwusiarczkowe stabilizują strukturę białek. Za pomocą związków redukujących (beta-merkaptoetanol, DTT) zrywa się utworzone mostki. Analiza elektroforetyczna z zastosowaniem związku redukującego i bez umożliwia ustalenie liczby mostków solnych w białku. Zamiast SDS można użyć mocznika, który wiąże się z białkiem w sposób odwracalny. Wtedy nie nadaje się białku ładunku, w związku z czym porusza się ono zgodnie z własnym wewnętrznym ładunkiem, pomimo stanu zdenaturowanego. Ogniskowanie izoelektryczne, IEF (isoelectric focusing) ph środowiska wpływa na ładunek netto białka (niskie ph dodatni, wysokie ph ujemny). Punkt izoelektryczny pi ph przy którym ładunek netto cząsteczki jest równy 0 (zależnie od składu aminokwasowego i modyfikacji potranslacyjnych). Jest to biofizyczny parametr charakteryzujący białko, który wyznaczamy poprzez ogniskowanie izoelektryczne. W warunkach standardowych (temperatura, skład buforu) pi jest stałe dla danego białka.
9 Uzyskanie stabilnego gradientu ph (trudne ze względu na dyfuzję) odbywa się przy pomocy : a. amfolinów (komercyjnie dostępne, syntetyczne heteropolimery oligoamino- i oligokarboksylowych kwasów, które w polu elektrycznym ustawiają się w kolejności wartości pi tworząc gradient. b. pochodnych akryloamidu zawierających słabe, zasadowe lub kwaśne grupy. Mieszane są razem w obecności akryloamidu tworząc żel poliakryloamidowy. Odpowiednio dobierając pochodne uzyskuje się różne gradienty ph. Można stworzyć bardzo wąski zakres gradientu co umożliwia lepszą rozdzielczość pi białek niż w przypadku amfolitów. Przygotowanie próbki Próbka pozbawiona soli i substancji buforujących (dializa, filtracja żelowa). W przypadkach, gdy białka nie są rozpuszczalne w czystej wodzie, można próbować pozostawić próbkę w buforze sprzyjającym rozpuszczeniu białka. Jednak stężenie jonów i substancji buforujących powyżej 50 mm może być przyczyną kłopotów w uzyskaniu dobrej separacji makrocząsteczek. Białko umieszczone w gradiencie ph migruje do punktu o wartości pi(w obecności markerów o znanym pi). Wypadkowy ładunek makrocząsteczki równa się wtedy zeru i obojętna elektrycznie makrocząsteczka zatrzymuje się nie doznając działania sił pola elektrycznego. Uzyskuje się w ten sposób separację molekuł białkowych zgodnie z ich wartościami pi. Dwuwymiarowa SDS-PAGE Za pomocą elektroforezy jednowymiarowej można rozdzielać do 100 różnych białek. Jeśli w próbce jest ich więcej stosuje się elektroforezę dwukierunkową (2D). Jest ona połączeniem dwóch, a czasami trzech podstawowych rodzajów elektroforezy. Procedura rozpoczyna się od separacji białek techniką ogniskowania izoelektrycznego. Pierwszy kierunek (wymiar) elektroforezy 1D wykonuje się przy pomocy elektroforezy pionowej lub poziomej. Następnie nośnik zawierający rozdzielone białka przenoszony jest na elektroforezę płytową w celu wykonania separacji według mas cząsteczkowych. Na tym etapie może być stosowana elektroforeza denaturująca lub natywna. Po zakończeniu procedury 2D i wybarwieniu żelu uzyskuje się dwuwymiarową mapę rozkładu cząsteczek białek, w funkcji wartości pi oraz masy cząsteczkowej. Metoda umożliwia rozdzielenie kilku tysięcy białek, nawet z ekstraktu bakteryjnego (jest mało prawdopodobne by białka miały te samą masę i pi). Zastosowanie: separacja mutantów białkowych, test, które z białek pojawiają się na kolejnych etapach rozwoju komórki. Immunoelektroforeza Przeciwciała to białka zaprojektowane do rozpoznawania antygenów. Ze względu na ich specyficzność są one molekularnymi próbnikami użytecznymi w badaniach struktury białek,
10 makromolekularnych kompleksów i wirusów. Przeciwciała (uzyskiwane ze zwierząt laboratoryjnych królików i myszy) umożliwiają specyficzną detekcję białek w mieszaninie wiążąc się z antygenem białka, które chcemy zidentyfikować. Immunoelektroforeza jest to połączenie elektroforetycznej separacji cząsteczek z immunodetekcją. Stosowane żele mają duże pory stosownie do wielkości przeciwciał i antygenów. Immunodetekcja służy identyfikacji próbek makromolekuł, niemożliwej do wykonania inną metodą. Immunodetekcja, blotting Przeniesienie próbki na mechanicznie stabilną membranę jest nazywane blottingiem Białko z antygenem wiąże się z membraną nitrocelulozową. Wiązaniu niespecyficznemu zapobiega wysycenie miejsc wiążących niespecyficznie przez białko nie zawierające antygenu, np. BSA. Dodawany roztwór przeciwciała pozwala na specyficzne wiązanie przeciwciała z antygenem. Następnie kompleks jest wiązany z przeciwciałem drugorzędowym, specyficznie wiążącym się z przeciwciałem pierwszorzędowym i połączonym z enzymem, który przerabia dodany substrat w barwny produkt. W ten sposób identyfikuje się położenie antygenu a przez to poszukiwanego białka. Western blotting (białka) SDS-PAGE. Transfer na nitrocelulozę. Zablokowanie niespecyficznego wiązania antygenów. Wiązanie przeciwciał pierwszorzędowych. Wiązanie przeciwciał drugorzędowych. Wizualizacja. Southern blotting (DNA) Trawienie restrykcyjne DNA Elektroforeza na żelu agarozowym Denaturacja w warunkach alkalicznych Przeniesienie na nitrocelulozę Hybrydyzacja ze znacznikami (etykietowane, znane fragmenty DNA lub oligonukleotydy). Northern blotting (RNA) Denaturacja RNA formaldehydem Dalej postępowanie podobne jak w przypadku DNA, membrana nitrocelulozowa zastąpiona przez membranę nylonową. W przypadku polipeptydów membranę nitrocelulozową można zastąpić membraną PVDF.
11 Immunoelektroforeza dyfuzyjna Służy do jakościowego oznaczenia antygenów w serum, ekstraktach komórkowych i innych preparatach. Elektroforetyczny rozdział antygenów w żelu agarozowym. W żelu znajduje się rynna, do której po elektroforezie wlewany jest roztwór przeciwciał 3. Przeciwciała i antygen dyfundują i wiążą się ze sobą wytrącając i tworząc charakterystyczne łuki osadowe.
Metody badania ekspresji genów
Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego
Bardziej szczegółowo- oznaczenia naukowo-badawcze. - jedna z podstawowych technik. - oznaczenia laboratoryjnodiagnostyczne. Elektroforeza. badawczych.
Elektroforeza - jedna z podstawowych technik badawczych - oznaczenia naukowo-badawcze - oznaczenia laboratoryjnodiagnostyczne Annals of the New York Academy of Sciences 928:54-64 (2001) 2001 New York
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA ze stosunkowo wysoką czułością (po odpowiednim
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA ze stosunkowo wysoką czułością (po odpowiednim
Bardziej szczegółowoKatedra Chemii Organicznej, Bioorganicznej i Biotechnologii ELEKTROFOREZA. Prowadzący: mgr inż. Marta Grec Miejsce ćwiczeń: sala 102
Katedra Chemii Organicznej, Bioorganicznej i Biotechnologii ELEKTROFOREZA Prowadzący: mgr inż. Marta Grec Miejsce ćwiczeń: sala 102 1. Wstęp teoretyczny Przyłożenie pola elektrycznego do wodnego roztworu
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu
Bardziej szczegółowoMetody chromatograficzne w chemii i biotechnologii, wykład 6. Łukasz Berlicki
Metody chromatograficzne w chemii i biotechnologii, wykład 6 Łukasz Berlicki Techniki elektromigracyjne Elektroforeza technika analityczna polegająca na rozdzielaniu mieszanin związków przez wymuszenie
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE III. ELEKTROFOREZA W ŻELU POLIAKRYLAMIDOWYM (ANG. POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS - PAGE)
ĆWICZENIE III. ELEKTROFOREZA W ŻELU POLIAKRYLAMIDOWYM (ANG. POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS - PAGE) ELEKTROFOREZA BIAŁEK W ŻELU POLIAKRYLAMIDOWYM W WARUNKACH DENATURUJĄCYCH (SDS-PAGE) DETEKCJA BIAŁEK
Bardziej szczegółowoWYSOKOSPRAWNA ELEKTROFOREZA KAPILARNA (HPCE) + +
WYSOKOSPRAWNA ELEKTROFOREZA KAPILARNA (HPCE) WSTĘP Zjawisko elektroforezy polega na poruszaniu się lub migracji cząstek naładowanych w polu elektrycznym w wyniku przyciągania względnie odpychania. Najprostszy
Bardziej szczegółowoOcena jakościowa reakcji antygen - przeciwciało. Mariusz Kaczmarek
Ocena jakościowa reakcji antygen - przeciwciało Mariusz Kaczmarek Antygeny Immunogenność - zdolność do wzbudzenia przeciwko sobie odpowiedzi odpornościowej swoistej; Antygenowość - zdolność do reagowania
Bardziej szczegółowoWyścigi w polu elektrycznym
Wyścigi w polu elektrycznym - czyli słów kilka o nowoczesnych technikach elektromigracyjnych Paweł Kubalczyk Katedra Chemii Środowiska Wydział Chemii UŁ Mieszaniny Mieszanina to układ dwóch lub więcej
Bardziej szczegółowoSPECYFIKACJA TECHNICZNA AGAROZ
SPECYFIKACJA TECHNICZNA AGAROZ D1 LOW EEO i D1 MEDIUM EEO, D1 HIGH EEO D1 LOW EEO GQT; (Genetic Quality Tested) D2 HIGH GELLING TEMPERATURE D5 HIGH STRENGTH GEL Agaroza LM Agaroza LM GQT; (Genetic Quality
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu
Bardziej szczegółowoELEKTROFORETYCZNY ROZDZIAŁ
POLITECHNIKA ŁÓDZKA INSTRUKCJA Z LABORATORIUM W ZAKŁADZIE BIOFIZYKI Ćwiczenie 2 ELEKTROFORETYCZNY ROZDZIAŁ BIAŁEK I. WSTĘP TEORETYCZNY Elektroforeza jest ruchem fazy rozproszonej względem fazy rozpraszanej,
Bardziej szczegółowoELEKTROFOREZA BIAŁEK W ŻELU POLIAKRYLAMIDOWYM W WARUNKACH DENATURUJĄCYCH
ELEKTROFOREZA BIAŁEK W ŻELU POLIAKRYLAMIDOWYM W WARUNKACH DENATURUJĄCYCH WPROWADZENIE Elektroforeza od ponad 60 lat pozostaje najczęściej stosowaną metodą izolacji makrocząstek w układach biologicznych
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoElektroforeza kwasów nukleinowych
Elektroforeza kwasów nukleinowych Elektroforeza jest podstawową techniką wizualizacji kwasów nukleinowych pozwala bezpośrednio identyfikować cząsteczki DNA i jest stosunkowo czuła (po odpowiednim wybarwieniu
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.
Bardziej szczegółowoProteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Bardziej szczegółowoWestern Blot. Praktyczny poradnik.
Western Blot. Praktyczny poradnik. Western Blot jest techniką powszechnie stosowaną w biologii molekularnej w różnych laboratoriach na całym świecie. W przeciwieństwie do hybrydyzacji Southern i Northern,
Bardziej szczegółowoProteomika. Złożoność proteomów
Proteomika Złożoność proteomów Źródła złożoności Złożoność jakościowa pojedynczych białek geny alternatywnie złożone transkrypty, modyfikacje potranslacyjne przycinanie, itp. struktura Oddziaływania z
Bardziej szczegółowoELEKTROFOREZA ŻELOWA KOLAGENU
ELEKTROFOREZA ŻELOWA KOLAGENU I. PRZYGOTOWANIE ŻELU POLIAKRYLAMIDOWEGO DO ELEKTROFOREZY BIAŁEK W WARUNKACH DENATURUJĄCYCH (SDS-PAGE) Żele poliakrylamidowe do elektroforezy wytwarza się poprzez wolnorodnikową
Bardziej szczegółowoELEKTROFOREZA PRZYKŁADY ZASTOSOWAŃ. Opracowanie zbiorowe pod redakcją Bogdana Walkowiaka i Violetty Kochmańskiej
ELEKTROFOREZA PRZYKŁADY ZASTOSOWAŃ Opracowanie zbiorowe pod redakcją Bogdana Walkowiaka i Violetty Kochmańskiej SPIS TREŚCI OBJAŚNIENIA SKRÓTÓW UŻYWANYCH W OPRACOWANIU...3 WSTĘP...5 ELEKTROFOREZA JAKO
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoBADANIE WŁASCIWOSCI FIZYKOCHEMICZNYCH KWASÓW NUKLEINOWYCH
BADANIE WŁASCIWOSCI FIZYKOCHEMICZNYCH KWASÓW NUKLEINOWYCH ROZPUSZCZALNOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH Kwasy nukleinowe mają charakter polianionowy, wynikający z bogactwa reszt fosforanowych w ich strukturze, dzięki
Bardziej szczegółowoNA ŻELU POLIAKRYLAMIDOWYM
Z48 ELEKTROFOREZA BIAŁEK NA ŻELU POLIAKRYLAMIDOWYM Terminem elektroforeza określa się zjawisko migracji cząstek lub cząsteczek w polu elektrycznym w zależności od posiadanego ładunku. Elektroforeza jako
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE I. ELEKTROFOREZA ŻELOWA BARWNIKÓW SPOŻYWCZYCH. µ = ν / E ELEKTROFOREZA
ĆWICZENIE I. ELEKTROFOREZA ŻELOWA BARWNIKÓW SPOŻYWCZYCH ELEKTROFOREZA Elektroforeza jest ruchem fazy rozproszonej względem fazy rozpraszanej, zachodzącym pod wpływem przyłożonej zewnętrznie różnicy potencjałów
Bardziej szczegółowoetyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Bardziej szczegółowoKatedra Mikrobiologii PG. Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego
Nowoczesne metody diagnostyczne Molekularne metody fenotypowe analiza białek dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego
Bardziej szczegółowoELEKTROFOREZA ŻELOWA BARWNIKÓW SPOŻYWCZYCH
ELEKTROFOREZA ŻELOWA BARWNIKÓW SPOŻYWCZYCH Instrukcja wykonana w Katedrze Chemii Środowiska ELEKTROFOREZA Elektroforeza jest ruchem fazy rozproszonej względem fazy rozpraszanej, zachodzącym pod wpływem
Bardziej szczegółowoGenetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16
Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Farmacja 2016
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Farmacja 2016 Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa farmacjamolekularna@wum.edu.pl
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE II. PRZYGOTOWANIE ŻELU POLIAKRYLAMIDOWEGO DO ELEKTROFOREZY BIAŁEK W WARUNKACH DENATURUJĄCYCH (SDS-PAGE)
ĆWICZENIE II. ELEKTROFOREZA W ŻELU POLIAKRYLAMIDOWYM (ANG. POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS - PAGE) PRZYGOTOWANIE ŻELU POLIAKRYLAMIDOWEGO DO ELEKTROFOREZY BIAŁEK W WARUNKACH DENATURUJĄCYCH (SDS-PAGE)
Bardziej szczegółowoTaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R
TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE I - BIAŁKA. Celem ćwiczenia jest zapoznanie się z właściwościami fizykochemicznymi białek i ich reakcjami charakterystycznymi.
ĆWICZENIE I - BIAŁKA Celem ćwiczenia jest zapoznanie się z właściwościami fizykochemicznymi białek i ich reakcjami charakterystycznymi. Odczynniki: - wodny 1% roztwór siarczanu(vi) miedzi(ii), - 10% wodny
Bardziej szczegółowoTechniki immunochemiczne. opierają się na specyficznych oddziaływaniach między antygenami a przeciwciałami
Techniki immunochemiczne opierają się na specyficznych oddziaływaniach między antygenami a przeciwciałami Oznaczanie immunochemiczne RIA - ( ang. Radio Immuno Assay) techniki radioimmunologiczne EIA -
Bardziej szczegółowoChemiczne składniki komórek
Chemiczne składniki komórek Pierwiastki chemiczne w komórkach: - makroelementy (pierwiastki biogenne) H, O, C, N, S, P Ca, Mg, K, Na, Cl >1% suchej masy - mikroelementy Fe, Cu, Mn, Mo, B, Zn, Co, J, F
Bardziej szczegółowoSKUTECZNOŚĆ IZOLACJI JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?
SKUTECZNOŚĆ IZOLACJI Wydajność izolacji- ilość otrzymanego kwasu nukleinowego Efektywność izolacji- jakość otrzymanego kwasu nukleinowego w stosunku do ilości Powtarzalność izolacji- zoptymalizowanie procedury
Bardziej szczegółowoLaboratorium z Konwersji Energii. Ogniwo Paliwowe PEM
Laboratorium z Konwersji Energii Ogniwo Paliwowe PEM 1.0 WSTĘP Ogniwo paliwowe typu PEM (ang. PEM FC) Ogniwa paliwowe są urządzeniami elektro chemicznymi, stanowiącymi przełom w dziedzinie źródeł energii,
Bardziej szczegółowoInżynieria Środowiska
ROZTWORY BUFOROWE Roztworami buforowymi nazywamy takie roztwory, w których stężenie jonów wodorowych nie ulega większym zmianom ani pod wpływem rozcieńczania wodą, ani pod wpływem dodatku nieznacznych
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 3
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoEKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?
EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH Wytrącanie etanolem Rozpuszczenie kwasu nukleinowego w fazie wodnej (met. fenol/chloroform) Wiązanie ze złożem krzemionkowym za pomocą substancji chaotropowych: jodek
Bardziej szczegółowoJAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?
Podstawowe miary masy i objętości stosowane przy oznaczaniu ilości kwasów nukleinowych : 1g (1) 1l (1) 1mg (1g x 10-3 ) 1ml (1l x 10-3 ) 1μg (1g x 10-6 ) 1μl (1l x 10-6 ) 1ng (1g x 10-9 ) 1pg (1g x 10-12
Bardziej szczegółowoPrzemiana materii i energii - Biologia.net.pl
Ogół przemian biochemicznych, które zachodzą w komórce składają się na jej metabolizm. Wyróżnia się dwa antagonistyczne procesy metabolizmu: anabolizm i katabolizm. Szlak metaboliczny w komórce, to szereg
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa Ćwiczenie 3 Izolacja i rozdział
Bardziej szczegółowoPROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7
Poznań, dnia 28.04.2014 r. BioVentures Institute Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością ul. Promienista 83 60 141 Poznań Zapytanie ofertowe nr 01/2014 Projekt Nowa technologia wytwarzania szczepionek
Bardziej szczegółowoElektroforeza kapilarna oznaczanie benzoesanu sodu w próbkach wodnych + +
Elektroforeza kapilarna oznaczanie benzoesanu sodu w próbkach wodnych Instrukcja do ćwiczeń opracowana w Katedrze Chemii Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego. 1. Wstęp Zjawisko elektroforezy polega na poruszaniu
Bardziej szczegółowoPowodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:
Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji
Bardziej szczegółowoHYDROLIZA SOLI. 1. Hydroliza soli mocnej zasady i słabego kwasu. Przykładem jest octan sodu, dla którego reakcja hydrolizy przebiega następująco:
HYDROLIZA SOLI Hydroliza to reakcja chemiczna zachodząca między jonami słabo zdysocjowanej wody i jonami dobrze zdysocjowanej soli słabego kwasu lub słabej zasady. Reakcji hydrolizy mogą ulegać następujące
Bardziej szczegółowoWYZNACZANIE ROZMIARÓW
POLITECHNIKA ŁÓDZKA INSTRUKCJA Z LABORATORIUM W ZAKŁADZIE BIOFIZYKI Ćwiczenie 6 WYZNACZANIE ROZMIARÓW MAKROCZĄSTECZEK I. WSTĘP TEORETYCZNY Procesy zachodzące między atomami lub cząsteczkami w skali molekularnej
Bardziej szczegółowoUkłady zdyspergowane. Wykład 6
Układy zdyspergowane Wykład 6 Treśd Podwójna warstwa elektryczna Zjawiska elektrokinetyczne Potencjał zeta Nowoczesne metody oznaczania Stabilnośd dyspersji Stabilnośd dyspersji koloidalnej jest wypadkową
Bardziej szczegółowoCZYNNIKI WPŁYWAJĄCE NA SZYBKOŚĆ REAKCJI CHEMICZNYCH. ILOŚCIOWE ZBADANIE SZYBKOŚCI ROZPADU NADTLENKU WODORU.
CZYNNIKI WPŁYWAJĄCE NA SZYBKOŚĆ REAKCJI CHEMICZNYCH. ILOŚCIOWE ZBADANIE SZYBKOŚCI ROZPADU NADTLENKU WODORU. Projekt zrealizowany w ramach Mazowieckiego programu stypendialnego dla uczniów szczególnie uzdolnionych
Bardziej szczegółowoJaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo?
Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych sekwencjach nukleotydów
Bardziej szczegółowoChemia klasa VII Wymagania edukacyjne na poszczególne oceny Semestr II
Chemia klasa VII Wymagania edukacyjne na poszczególne oceny Semestr II Łączenie się atomów. Równania reakcji Ocena dopuszczająca [1] Ocena dostateczna [1 + 2] Ocena dobra [1 + 2 + 3] Ocena bardzo dobra
Bardziej szczegółowoELEKTROFOREZA DWUWYMIAROWA 2-DE BIAŁEK
ELEKTROFOREZA DWUWYMIAROWA 2-DE BIAŁEK WPROWADZENIE Dwuwymiarowa elektroforeza żelowa jest metodą znaną od lat 70-tych ubiegłego wieku. Obecnie jest powszechnie stosowaną metodą rozdziału pozwalającą na
Bardziej szczegółowoPODSTAWY CHEMII INŻYNIERIA BIOMEDYCZNA. Wykład 2
PODSTAWY CEMII INŻYNIERIA BIOMEDYCZNA Wykład Plan wykładu II,III Woda jako rozpuszczalnik Zjawisko dysocjacji Równowaga w roztworach elektrolitów i co z tego wynika Bufory ydroliza soli Roztwory (wodne)-
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 2. Charakteryzacja niskotemperaturowego czujnika tlenu. (na prawach rękopisu)
Ćwiczenie 2. Charakteryzacja niskotemperaturowego czujnika tlenu (na prawach rękopisu) W analityce procesowej istotne jest określenie stężeń rozpuszczonych w cieczach gazów. Gazy rozpuszczają się w cieczach
Bardziej szczegółowoSpis treści. Wstęp. Obiekt. Pracownia Biologii Molekularnej. Część II. Ekspresja i oczyszczanie białek
Pracownia Biologii Molekularnej Część II Ekspresja i oczyszczanie białek Spis treści 1 Wstęp 2 Obiekt 3 Namnażanie białka w komórkach bakterii Escherichia Coli 3.1 Pożywki do hodowli 3.2 Rozwój hodowli
Bardziej szczegółowoPrędkości cieczy w rurce są odwrotnie proporcjonalne do powierzchni przekrojów rurki.
Spis treści 1 Podstawowe definicje 11 Równanie ciągłości 12 Równanie Bernoulliego 13 Lepkość 131 Definicje 2 Roztwory wodne makrocząsteczek biologicznych 3 Rodzaje przepływów 4 Wyznaczania lepkości i oznaczanie
Bardziej szczegółowoQUALANOD SPECIFICATIONS UPDATE SHEET No. 16 Edition Page 1/1
QUALANOD SPECIFICATIONS UPDATE SHEET No. 16 Edition 01.07.2010 21.11.2012 Page 1/1 Temat: INSPEKCJE RUTYNOWE Propozycja: Komitet Techniczny Uchwała QUALANOD: Spotkanie odbyte w październiku 2012 Data zastosowania:
Bardziej szczegółowo2. Przygotowanie materiału dla chromatografii cieczowej
2. Przygotowanie materiału dla chromatografii cieczowej W zależności od celów i potrzeb stawianych badaniom stosowane są różne techniki ekstrakcji i separacji biomolekuł. W przypadku prac analitycznych
Bardziej szczegółowoSpis treści. Aparatura
Spis treści Aparatura I. Podstawowe wyposażenie laboratoryjne... 13 I.I. Probówki i naczynia laboratoryjne... 13 I.II. Pipety... 17 I.II.I. Rodzaje pipet automatycznych... 17 I.II.II. Techniki pipetowania...
Bardziej szczegółowo2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*
Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56
Bardziej szczegółowoObliczenia chemiczne. Zakład Chemii Medycznej Pomorski Uniwersytet Medyczny
Obliczenia chemiczne Zakład Chemii Medycznej Pomorski Uniwersytet Medyczny 1 STĘŻENIA ROZTWORÓW Stężenia procentowe Procent masowo-masowy (wagowo-wagowy) (% m/m) (% w/w) liczba gramów substancji rozpuszczonej
Bardziej szczegółowoprotos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.)
Białka 1 protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.) cząsteczki życia materiał budulcowy materii ożywionej oraz wirusów wielkocząsteczkowe biopolimery o masie od kilku tysięcy do kilku milionów jednostek
Bardziej szczegółowoPróba kontrolna (PK) 1000 l 1000 l
Ćwiczenie 10. A. Oznaczanie stężenia bilirubiny całkowitej w surowicy krwi. Wymagane zagadnienia teoretyczne 1. Biosynteza hemu - metabolity pośrednie syntezy hemu. 2. Katabolizm hemu - powstawanie barwników
Bardziej szczegółowon liczba moli elektronów E siła elektromotoryczna ogniwa F = en A stała Faradaya C/mol
Zmiana entalpii swobodnej G podczas reakcji w której zachodzi przepływ elektronów jest pracą nieobjętościową i może być wyrażona jako iloczyn napięcie i ładunku. na przykład procesy oksydo-redukcyjne zachodzące
Bardziej szczegółowoIdentyfikacja substancji pochodzenia roślinnego z użyciem detektora CORONA CAD
Identyfikacja substancji pochodzenia roślinnego z użyciem detektora CORONA CAD Przemysław Malec Department of Plant Physiology and Biochemistry, Faculty of Biochemistry, Biophysics and Biotechnology, Jagiellonian
Bardziej szczegółowoIzolacja białek cytoplazmatycznych i jądrowych. Oznaczanie białka metodą Bradforda.
Ćwiczenie 1. Izolacja białek cytoplazmatycznych i jądrowych. Oznaczanie białka metodą Bradforda. Wymagane zagadnienia teoretyczne: Naturalne peptydy, ich funkcje biologiczne Poziomy uporządkowania przestrzennego
Bardziej szczegółowoTransport przez błony
Transport przez błony Transport bierny Nie wymaga nakładu energii Transport aktywny Wymaga nakładu energii Dyfuzja prosta Dyfuzja ułatwiona Przenośniki Kanały jonowe Transport przez pory w błonie jądrowej
Bardziej szczegółowoELEKTROFOREZA JAKO METODA ANALIZY BIAŁEK
Ćwiczenie 2 ELEKTROFOREZA JAKO METODA ANALIZY BIAŁEK 2.1.CEL ĆWICZENIA Zapoznanie się z techniką elektroforezy białek, w szczególności elektroforezy w żelu poliakrylamidowym w warunkach denaturujących
Bardziej szczegółoworelacje ilościowe ( masowe,objętościowe i molowe ) dotyczące połączeń 1. pierwiastków w związkach chemicznych 2. związków chemicznych w reakcjach
1 STECHIOMETRIA INTERPRETACJA ILOŚCIOWA ZJAWISK CHEMICZNYCH relacje ilościowe ( masowe,objętościowe i molowe ) dotyczące połączeń 1. pierwiastków w związkach chemicznych 2. związków chemicznych w reakcjach
Bardziej szczegółowoĆWICZENIA Z BIOCHEMII
ĆWICZENIA Z BIOCHEMII D U STUDENTfiW WYDZIAŁU LEKARSKIEGO Pod redakcją Piotra Laidlera, Barbary Piekarskiej, Marii Wróbel WYDAWNICTWO UNIWERSYTETU JAGIELLOŃSKIEGO ĆWICZENIA Z BIOCHEMII DLA STUDENTÓW WYDZIAŁU
Bardziej szczegółowoSPIS TREŚCI OD AUTORÓW... 5
SPIS TREŚCI OD AUTORÓW... 5 BIAŁKA 1. Wprowadzenie... 7 2. Aminokwasy jednostki strukturalne białek... 7 2.1. Klasyfikacja aminokwasów... 9 2.1.1. Aminokwasy białkowe i niebiałkowe... 9 2.1.2. Zdolność
Bardziej szczegółowoNanotechnologie w diagnostyce
Nanotechnologie w diagnostyce Diagnostyka endoskopowa Nanotechnologie mogą być przydatne w diagnostyce niedostępnych miejsc w badaniach endoskopowych. Temu mogą służyć mikrokamery wielkości antybiotyku,
Bardziej szczegółowoMultipol Standard. Aparat do jednoczesnego wylewania do 6 żeli poliakrylamidowych. Instrukcja Obsługi. Numer katalogowy:
Multipol Standard Aparat do jednoczesnego wylewania do 6 żeli poliakrylamidowych Instrukcja Obsługi Numer katalogowy: 101-150 Aby uzys k ać pomoc techniczną : T 22 668 71 47 Spis treści 1. Informacje ogólne
Bardziej szczegółowoCE1. Elektroforeza kapilarna dobór warunków rozdzielania CE2. Elektroforeza kapilarna oznaczanie homocysteiny w próbkach wodnych + +
CE1. Elektroforeza kapilarna dobór warunków rozdzielania CE2. Elektroforeza kapilarna oznaczanie homocysteiny w próbkach wodnych Instrukcja do ćwiczeń opracowana w Katedrze Chemii Środowiska Uniwersytetu
Bardziej szczegółowoWYMAGANIA EDUKACYJNE
GIMNAZJUM NR 2 W RYCZOWIE WYMAGANIA EDUKACYJNE niezbędne do uzyskania poszczególnych śródrocznych i rocznych ocen klasyfikacyjnych z CHEMII w klasie II gimnazjum str. 1 Wymagania edukacyjne niezbędne do
Bardziej szczegółowoTemat 7. Równowagi jonowe w roztworach słabych elektrolitów, stała dysocjacji, ph
Temat 7. Równowagi jonowe w roztworach słabych elektrolitów, stała dysocjacji, ph Dysocjacja elektrolitów W drugiej połowie XIX wieku szwedzki chemik S.A. Arrhenius doświadczalnie udowodnił, że substancje
Bardziej szczegółowodla której jest spełniony warunek równowagi: [H + ] [X ] / [HX] = K
RÓWNOWAGI W ROZTWORACH Szwedzki chemik Svante Arrhenius w 1887 roku jako pierwszy wykazał, że procesowi rozpuszczania wielu substancji towarzyszy dysocjacja, czyli rozpad cząsteczek na jony naładowane
Bardziej szczegółowoMetody badań składu chemicznego
Wydział Inżynierii Materiałowej i Ceramiki Kierunek: Inżynieria Materiałowa Metody badań składu chemicznego Ćwiczenie : Elektrochemiczna analiza śladów (woltamperometria) (Sprawozdanie drukować dwustronnie
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych
Nr kat. PK15 Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania w moczu lub w kulturach komórkowych na 50 reakcji PCR (50µl), włączając w to kontrole Detekcja oparta jest na amplifikacji fragmentu genu crp (cysteine
Bardziej szczegółowoLABORATORIUM FIZYKI PAŃSTWOWEJ WYŻSZEJ SZKOŁY ZAWODOWEJ W NYSIE. Ćwiczenie nr 2 Temat: Wyznaczenie współczynnika elektrochemicznego i stałej Faradaya.
LABOATOIUM FIZYKI PAŃSTWOWEJ WYŻSZEJ SZKOŁY ZAWODOWEJ W NYSIE Ćwiczenie nr Temat: Wyznaczenie współczynnika elektrochemicznego i stałej Faradaya.. Wprowadzenie Proces rozpadu drobin związków chemicznych
Bardziej szczegółowoMINITRANS. Zestaw do elektrotransferu równoległego białek i kwasów nukleinowych z żelu na membrany. Instrukcja Obsługi. Numer katalogowy: 111-100
MINITRANS Zestaw do elektrotransferu równoległego białek i kwasów nukleinowych z żelu na membrany Instrukcja Obsługi Numer katalogowy: 111-100 Aby uzys k ać pomoc techniczną (+48) 22 668 71 47 Spis treści
Bardziej szczegółowoSZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab
SZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab CZĄSTECZKA I RÓWNANIE REKCJI CHEMICZNEJ potrafi powiedzieć co to jest: wiązanie chemiczne, wiązanie jonowe, wiązanie
Bardziej szczegółowoWłaściwości błony komórkowej
Właściwości błony komórkowej płynność asymetria selektywna przepuszczalność Transport przez błony Cząsteczki < 150Da Błony - selektywnie przepuszczalne RóŜnice składu jonowego między wnętrzem komórki ssaka
Bardziej szczegółowoWymagania edukacyjne na poszczególne roczne oceny klasyfikacyjne z przedmiotu chemia dla klasy 7 w r. szk. 2019/2020
Wymagania edukacyjne na poszczególne roczne oceny klasyfikacyjne z przedmiotu chemia dla klasy 7 w r. szk. 2019/2020 Ocenę niedostateczną otrzymuje uczeń, który nie opanował wymagań na ocenę dopuszczającą.
Bardziej szczegółowoKryteria oceniania z chemii kl VII
Kryteria oceniania z chemii kl VII Ocena dopuszczająca -stosuje zasady BHP w pracowni -nazywa sprzęt laboratoryjny i szkło oraz określa ich przeznaczenie -opisuje właściwości substancji używanych na co
Bardziej szczegółowoELEKTROFOREZA. Wykonanie ćwiczenia 8. ELEKTROFOREZA BARWNIKÓW W ŻELU AGAROZOWYM
Wykonanie ćwiczenia 8. ELEKTROFOREZA BARWNIKÓW W ŻELU AGAROZOWYM Zadania: 1. Wykonać elektroforezę poziomą wybranych barwników w żelu agarozowym przy trzech różnych wartościach ph roztworów buforowych.
Bardziej szczegółowoDHPLC. Denaturing high performance liquid chromatography. Wiktoria Stańczyk Zofia Kołeczko
DHPLC Denaturing high performance liquid chromatography Wiktoria Stańczyk Zofia Kołeczko Mini-słowniczek SNP (Single Nucleotide Polymorphism) - zmienność sekwencji DNA; HET - analiza heterodupleksów; HPLC
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE 3: CHROMATOGRAFIA PLANARNA
ĆWICZENIE 3: CHROMATOGRAFIA PLANARNA Chromatografia jest to metoda chemicznej analizy instrumentalnej, w której dokonuje się podziału substancji (w przeciwprądzie) między fazę nieruchomą i fazę ruchomą.
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU ELEKTROFOREZA
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU ELEKTROFOREZA SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków)
ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) Celem ćwiczenia jest wprowadzenie mutacji punktowej do genu
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU. Czym są choroby prionowe?
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Czym są choroby prionowe? SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy.
Bardziej szczegółowoMetody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi
Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego
Bardziej szczegółowo