Szczegółowy program zajęć z mikrobiologii 2015/2016 kierunek: analityka medyczna

Transkrypt

1 Zalecane podręczniki: (najnowsze wydania) Szczegółowy program zajęć z mikrobiologii 2015/2016 kierunek: analityka medyczna - Murray P. R., Rosenthal K.S., Pfaller M.A.: Mikrobiologia. wyd. I polskie, red. A.Przondo-Mordarska, G.Martirosian, A. Szkaradkiewicz - Heczko P. B., Wróblewska M., Pietrzyk A.: Mikrobiologia lekarska - PZWL. - Diagnostyka bakteriologiczna E. Szewczyk - Antybiotykoterapia praktyczna D. Dzierżanowska - Zakażenia szpitalne D. Dzierżanowska, J. Jeljaszewicz - Wirusologia L. Collie, J. Oxford - Choroby przenoszone drogą płciową T. Mroczkowski 1a. Podstawy różnicowania bakterii i grzybów. Historia mikrobiologii. Ogólna systematyka drobnoustrojów. Morfologia bakterii i grzybów: kształt, wymiary, budowa komórki bakteryjnej, struktury powierzchniowe (fimbrie, rzęski, slime, otoczki) i wewnątrzkomórkowe (nukleoid, rybosomy, mezosomy, plazmidy, transpozony, przetrwalniki, ziarnistości). Podział bakterii na Gram-dodatnie i Gram-ujemne, różnice w budowie ich ściany komórkowej. Drobnoustroje z defektywną ścianą komórkową: mykoplazmy, protoplasty, sferoplasty, formy L. Podstawowe cechy różnicujące komórkę Procaryota i Eucaryota. Metody badania morfologii drobnoustrojów badania mikroskopowe: preparaty przyżyciowe i barwione. Zastosowanie różnych typów mikroskopów w mikrobiologii. Metody barwienia podziały, zastosowanie praktyczne (metoda Grama, Ziehl-Neelsena, Neissera, Giemsy, Lőfflera, metoda pozytywna, negatywna, pozytywno-negatywna). Ogólna systematyka drobnoustrojów: królestwo, typ, klasa, rząd, rodzina, rodzaj, gatunek; szczep, biotyp, serotyp, serowar, serogrupa. Podstawowe grupy bakterii Gram-dodatnich: ziarniaki: Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Peptostreptococcus; laseczki: Bacillus, Clostridium; pałeczki: Corynebacterium, Listeria, Lactobacillus, Propionibacterium; prątki: Mycobacterium; promieniowce: Actinomyces, Nocardia, Streptomyces. Podstawowe grupy bakterii Gram-ujemnych: ziarniaki: Neisseria spp., Veilonella spp.; różne grupy pałeczek: z rodziny Enterobacteriaceae (E coli, Klebsiella, Salmonella...), niefermentujace: Pseudomonas, Acinetobacter; inne: Vibrio, Campylobacter, Helicobacter, Haemophilus, Bordetella, Gardnerella, Legionella..., beztlenowe: Bacteroides, Fusobacterium...; krętki Treponema, Borrelia; riketsje; chlamydie; mykoplazmy. Omówienie zasad BHP w pracowni mikrobiologicznej. Mycie rąk. Omówienie zasad wykonywania i barwienia preparatów. Wykonanie i oglądanie preparatów przyżyciowych kropla wisząca. Wykonanie preparatów barwionych z hodowli płynnej i stałej metodą Grama, Ziehl-Neelsena, Lőfflera, Neissera, metodą pozytywnonegatywną. Oglądanie preparatów bezpośrednich z różnych materiałów klinicznych: ropa, plwocina, krew, wymaz z pochwy. Badanie ruchu bakterii posiew na podłoża półpłynne i stałe. 1b. Podstawy różnicowania bakterii i grzybów. Technika mikroskopii immersyjnej. Ocena mikroskopowa wykonanych preparatów. Ocena wielkości i morfologii drobnoustrojów oraz różnicowanie poszczególnych grup drobnoustrojów na podstawie preparatów własnych i pokazowych. Odczytanie zdolności ruchu bakterii. 2a. Metody hodowli bakterii i grzybów. Fizjologia drobnoustrojów wymagania odżywcze (skład chemiczny komórki bakteryjnej, różne zapotrzebowanie na składniki pokarmowe); metabolizm zapotrzebowanie na źródło węgla i źródło energii (autotrofy, heterotrofy, chemolitotrofy, chemoorganotrofy); zapotrzebowanie na tlen (bezwzględne tlenowce, względne beztlenowce, beztlenowce, mikroaerofile); wpływ temperatury (psychrofile, mezofile, termofile), ph, ciśnienia, potencjału oksydoredukcyjnego na wzrost bakterii. Różnice w zapotrzebowaniu wzrostowym różnych grup drobnoustrojów (większość bakterii podłoża sztuczne; riketsje, chlamydie namnażanie w żywych komórkach). Podłoża do hodowli bakterii i grzybów podziały, przykłady (płynne stałe, półpłynne; proste wzbogacone, wybiórczo-różnicujące, wybiórczo-namnażające, specjalne, podłoża chromogenne); Wykorzystanie metabolizmu i różnych podłoży do różnicowania drobnoustrojów. Metody hodowli bakterii beztlenowych i wymagających zwiększonej atmosfery CO 2 proste testy, szeregi biochemiczne, podłoża selektywne, chromogenne Wzrost i rozmnażanie bakterii i grzybów cykle rozwojowe, fazy namnażania, szybkość wzrostu poszczególnych drobnoustrojów na podłożach sztucznych. Różnicowanie drobnoustrojów na podstawie rodzaju wzrostu na podłożach płynnych (zmętnienie) i stałych (kolonie). Zmienność bakterii genotyp, fenotyp, mutacja, rekombinacja (koniugacja, transdukcja, transformacja). Znaczenie praktyczne różnych zmian w genotypie (zmiana cech morfologicznych, biochemicznych, chorobotwórczości, wrażliwości na antybiotyki). 1

2 Film. API. Wizyta w pożywkarni i pracowni bakteriologicznej przygotowanie szkła i pożywek, wykorzystanie podłoży w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej. Oglądanie różnych podłoży do hodowli drobnoustrojów przed i po posiewie. Ocena wzrostu bakterii i grzybów na podłożach stałych i płynnych charakterystyka morfologiczna i biochemiczna kolonii. Metody hodowli bakterii beztlenowych i wymagających zwiększonej atmosfery CO 2. Zasady przygotowywania podłoży sztucznych (szkło, odczynniki, podłoża gotowe) i wykonywania posiewów. Techniki posiewów mikrobiologicznych. Wykonanie posiewów z różnych materiałów na podłoża stałe i płynne. Wykonanie testu na rozkład indolu i malonianu. Wykonanie testu API. 2b. Podstawowe metody identyfikacji bakterii i grzybów. Wykonanie prostych testów biochemicznych: KOH, katalaza, oksydaza. Identyfikacja drobnoustrojów na podłożach chromogennych. Odczytanie testu na rozkład indolu i malonianu. Odczytanie testu API metodą manualną i komputerową (ATB). Odczyt testów: VITEK 2 Compact, Mycoplasma Duo, Candifast. 3a. Podstawy wirusologii. Podstawowe cechy wirusów różniące je od innych drobnoustrojów. Budowa i wymiary wirusów. Właściwości i udział poszczególnych struktur wirusów w patomechanizmie zakażenia, w diagnostyce, do produkcji szczepionek. Fazy replikacji wirusów, wpływ typu replikacji na przebieg zakażenia wirusowego. Priony. Metody namnażania wirusów (hodowle komórkowe, zarodki ptasie, wrażliwe zwierzęta). Metody wykrywania namnożonych wirusów: efekt cytopatyczny, metoda łysinkowa, odczyn hemaglutynacji, odczyn hemadsorpcji, odczyn neutralizacji, metody mikroskopowe. Bakteriofagi, mykofagi i ich zastosowanie w medycynie. Liza i lizogenia. Podstawowe taksony wirusów: dsdna: Herpesviridae (Human herpesvirus - HHV-1, HHV-2, HHV-3 (VZV), HHV-4 (EBV), HHV-5 (CMV), HHV-6, HHV-7, HHV-8; Adenoviridae (Human adenovirus -HAdV-A, -B, -C, -D, -E, -F); Polyomaviridae (BK polyomavirus - BKPyV, JCPyV); Papillomaviridae (Human papillomavirus - HPV); Poxviridae: (Vaccinia virus - VACV, Variola Variola virus -VARV, wirus mięczaka zakaźnego - Molluscum contagiosum virus (MOCV),), ssdna: Parvoviridae (B19 virus - B19V) używające odwrotnej transkryptazy: Hepadnaviridae (Hepatitis B virus HBV); Retroviridae (Human immunodificiency virus - HIV-1, HIV-2, Primate T-lymphotropic virus - PTLV-1, PTLV-2 (HTLV) dsrna: Reoviridae (Rotavirus A RV-A, Rotavirus B RV-B, Colorado thick fever virus- (CTFV) ssrna(-): Orthomyxoviridae (Influenza A- FLUAV, Influenza B - FLUBV, Influenza C - FLUCV); Paramyxoviridae (Human parainfluenza virus - HPIV-1, HPIV-3, Measles virus MEV, Mumps virus MuV, Human respiratory syncytial virus HRSV); Rabdoviridae (Vesicular stomatitis New Jersey virus VSNJV, Rabies virus RABV); Bornaviridae (Borna disease virus BDV); Filoviridae (Za Seoul virus SEO; Zaire Ebola Virus, Marburg virus); Bunyaviridae (Hantaan virus HTNV, Dobrava-Belgrad virus DOBV, Puumala virus PUUV, Sin Nombre virus SNV, Rift Valley fever virus RVFV); Arenaviridae (Lassa virus - LASV, Junin virus JUNV, Machupo virus MACV, Guanarito virus GTOV, Sabia virus SABV), Hepatitis delta virus - HDV; Picornaviridae (enterowirusy: Coxackie, Echo Polio; rinowirusy: Human rhinovirus - HRV-A, HRV-B; Hepatitis A virus HAV, Foot-and-mouth disease virus FMD); Calciviridae (Norovirus (Norwalk virus) - NV, Sapporo virus SV); Astroviridae Human astrovirus HastV); ssrna(+): Coronaviridae (Coronavirus, SARS, Torovirus); Togaviridae (Rubella virus - RUBV); Flaviviridae (Tick-borne encephalitis virus TBEV, Yellow fever virus - YFV, Dengue virus - DENV, West Nile virus- WNV, Hepatitis C virus HCV); Hepeviridae: Hepatitis E virus; Filmy. HPV od patogenezy do immunoprofilaktyki raka szyjki macicy. Skuteczna inaktywacja wirusów powodujących zapalenie wątroby typu B. Omówienie zasad hodowli wirusów w hodowlach komórkowych, na zarodkach kurzych i wrażliwych zwierzętach. Demonstracja hodowli komórkowych: efekt cytopatyczny, hemadsorpcja. Oglądanie dodatniego odczynu IF w kierunku wirusa wścieklizny (tkanka mózgowej chorego zwierzęcia). Wykrywanie wirusów metodą hemaglutynacji - odczyn szkiełkowy (jakościowy) i probówkowy (ustalenie miana wirusa). Wykrywanie DNA wirusa HPV metodą PCR + hybrydyzacja in situ. Pobieranie wymazów z nosa, gardła, ucha, skóry, wykonanie posiewów redukcyjnych. 2

3 3.b Związki wzajemne między drobnoustrojami a człowiekiem. Formy współżycia między drobnoustrojami: synergizm, antagonizm, obojętność przykłady. Współżycie drobnoustrojów z organizmem: symbioza, komensalizm, saprofityzm, oportunizm, pasożytnictwo, nosicielstwo, antybioza. Fzjologiczna Mikrobiota (flora) człowieka - skóra, układ oddechowy, pokarmowy, moczowo-płciowy. Rola i uwarunkowania najczęściej występujących drobnoustrojów. Chorobotwórczość (zjadliwość) drobnoustrojów zakaźność, inwazyjność, toksyczność. Czynniki warunkujące chorobotwórczość: struktury powierzchniowe (fimbrie, otoczki, substancje śluzowe, białka adhezyjne), toksyny (egzotoksyny, endotoksyny, enterotoksyny, mechanizmy działania toksyn), enzymy (np. koagulaza, hialuronidaza.). Terminy związane z zakażeniem, zapaleniem i epidemiologią chorób infekcyjnych: adhezja, kolonizacja, kontaminacja, inwazja, ewazja, zakażenie (ostre, przewlekłe, oportunistyczne, miejscowe, układowe, uogólnione, bezobjawowe, objawowe, latentne, mieszane, pierwotne, reinfekcja, superinfekcja, szpitalne, pozaszpitalne, endogenne, egzogenne, wrodzone, nabyte, antroponoza, antropozoonoza, zoonoza, sapronoza, bakteriemia, posocznica, intoksykacja, zarażenie, rezerwuar zarazka, źródło zakażenia, wrota zakażenia, okres wylegania, epidemia, endemia, pandemia, współczynnik zachorowalności, wskaźniki: zapadalność, chorobowość, umieralność, śmiertelność. Film. Higieniczne odkażanie rąk. Odczytanie posiewów wykonanych z różnych miejsc występowania drobnoustrojów w organizmie. Wstępna identyfikacja wychowywanych drobnoustrojów ocena morfologii kolonii, preparaty z hodowli, proste testy identyfikujące (katalaza, CF). Interpretacja wyniku. Przykłady współżycia drobnoustrojów bakterie tlenowe i beztlenowe, posiew z mamką. 4a. Podstawy wykrywania zakażeń. Cel i znaczenie badania mikrobiologicznego. Zasady pobierania materiału do badań mikrobiologicznych: okres pobierania, rodzaje materiałów, sposoby pobierania, przechowywania i transportu, skierowanie do pracowni mikrobiologicznej. Opracowanie materiału w pracowni bakteriologicznej wykonanie i znaczenie praktyczne poszczególnych etapów: - badanie mikroskopowe - preparat bezpośredni barwiony metodą Grama lub inną ewentualnie wykazanie antygenu bezpośrednio w materiale metodami serologicznymi lub genetycznymi; - posiewy na odpowiednie podłoża bakteriologiczne; - identyfikacja wyhodowanych drobnoustrojów - preparat z hodowli, ocena morfologii kolonii, badanie cech biochemicznych, badanie serologiczne, typowanie fagowe, sondy molekularne; - oznaczenie wrażliwości na antybiotyki; - badanie zjadliwości drobnoustrojów (metody in vivo i in vitro); Wiarygodność wyniku - błędy przedlaboratoryjne, błędy laboratoryjne, kliniczna interpretacja wyniku badania bakteriologicznego. Oznaczanie miana przeciwciał w surowicy różne odczyny serologiczne. Oglądanie różnych typów wymazów i naczyń do pobierania materiału oraz podłoży transportowych. Omówienie i wypełnienie skierowania na badanie bakteriologiczne. Przeprowadzenie i omówienie badania bakteriologicznego na przykładzie badania ropy preparat bezpośredni, posiew na podłoża: agar z krwią, McConkeya, Chapmana, tioglikolanowe; różnicowanie wyrosłych kolonii (gronkowce koagulaza, E coli szereg biochemiczny), antybiogram. Oglądanie preparatów bezpośrednich z różnych materiałów. Oglądanie hodowli z różnych materiałów w pracowni bakteriologicznej. Oglądanie surowic wzorcowych do różnicowania bakterii. Pobranie materiałów z powierzchni nieożywionych, posiewów odciskowych palców przed i po umyciu i dezynfekcji, część wstępna badania czystości powietrza. Pobranie próbek z powierzchni metodą odciskową płytkami agarowymi z meniskiem wypukłym podłoża typu Count-Tact. Wysianie Sporalu. 4b. Metody niszczenia drobnoustrojów poza organizmem ludzkim. Sanityzacja, dezynfekcja, sterylizacja definicja, praktyczne zastosowanie. Dezynfekcja: * fizyczna: termiczna (pasteryzacja, tyndalizacja, dekoktacja -gotowanie), promieniowanie UV; *chemiczna: kwasy, zasady, alkohole, aldehydy, związki zawierające aktywny chlor i jod, pochodne fenolowe, detergenty i mydła, związki utleniające, związki metali ciężkich, barwniki, inne, zasady doboru preparatów dezynfekcyjnych, Sterylizacja: * wysokotemperaturowa (suche gorące powietrze odpowiednie piece, para wodna w nadciśnieniu sterylizator parowy /autoklaw/, spalanie - spalarnie, wyżarzanie eza), * niskotemperaturowa (gazowa tlenkiem etylenu lub formaldehydem, fumigacja); 3

4 * promieniowanie przenikliwe; * chemiczna: środki odkażające aldehydy, chlorowce, nadboran potasowy; * mechaniczna: filtry; * plazmowa; Kontrola procesu sterylizacji: wskaźniki fizyczne, chemiczne, biologiczne. Metody badania bakteryjnego zanieczyszczenia powietrza i powierzchni, sprzętu: metoda opadowa samoistna i z wymuszonym obiegiem, wymazy przydatność w praktyce (wady i zalety). Film. Zwalczanie zakażeń szpitalnych. Higiena w szpitalu. Oglądanie wskaźników chemicznych kontrolujących proces sterylizacji. Oglądanie i interpretacja posiewów odciskowych palców i wymazów z powierzchni. Omówienie zasad dezynfekcji i sterylizacji w laboratorium mikrobiologicznym. Najczęściej stosowane chemiczne środki dezynfekujące i sterylizujące - prospekty. Demonstracja różnego typu aparatury do wyjaławiania, w tym stosowanej w laboratorium mikrobiologicznym. Analiza posiewów odciskowych palców i wymazów z powierzchni nieożywionych. Ocena jakościowa i ilościowa stopnia zanieczyszczenia powierzchni. Odczytanie badania zanieczyszczenia powietrza metodą opadową. Odczytanie posiewów sporotestów A i S. Wstępna identyfikacja wyhodowanych drobnoustrojów. Oglądanie płytki z przykładem działania promieniowania UV i środków dezynfekcyjnych. 5a. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych. Ogólna charakterystyka i podział substancji działających na drobnoustroje - chemioterapeutyki, antybiotyki: beta-laktamowe (penicyliny, cefalosporyny, monobaktamy, karbapenemy, inhibitory beta-laktamaz), aminoglikozydy, chinolony, tetracykliny, makrolidy, linkozamidy, glikopeptydy, inne. Sposób działania (bakteriobójczy, bakteriostatyczny), zakres działania (wąskie, szerokie spektrum), mechanizm działania poszczególnych grup antybiotyków (hamowanie syntezy ściany komórkowej, uszkodzenie błony cytoplazmatycznej, blokowanie syntezy białek, blokowanie syntezy DNA, konkurencyjne wnikanie w łańcuch metaboliczny). Uboczne działanie antybiotyków alergiczne, toksyczne, biologiczne, efekt poantybiotykowy. Metody badania wrażliwości bakterii na antybiotyki in vitro - antybiogramy: metoda dyfuzyjno-krążkowa, metody kolejnych rozcieńczeń w podłożu stałym i płynnym, E-testy. Znaczenie kliniczne MIC i MBC. Aktualne rekomendacje określania wrażliwości bakterii na antybiotyki. Omówienie zasad wykonywania antybiogramów. Wykonanie antybiogramu metodą dyfuzjno-krążkową wg wytycznych EUCAST - przygotowanie odpowiedniego inoculum, posiew na odpowiednie podłoże, dobór właściwych krążków. Formularz antybiogramu. Zasady odczytywania i interpretacja wyników antybiogramów wykonanych metodą dyfuzyjno-krążkową (wrażliwy, średnio-wrażliwy, oporny) oraz kolejnych rozcieńczeń (ustalenie MIC) dla różnych rodzajów/grup drobnoustrojów. 5b. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych. Odczytanie i interpretacja wyników antybiogramów pochodzących z rutynowej diagnostyki. Odczytanie wartości MIC na podstawie E-testu. Obliczenie wskaźnika MBQ dla antybiotyków beta-laktamowych oraz omówienie jego znaczenia w praktyce klinicznej. 6a. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych. Leki stosowane w zakażeniach wywołanych przez prątki gruźlicy, beztlenowce, bakterie atypowe. Wskazania i zasady racjonalnej terapii: terapia empiryczna, terapia celowana, terapia deeskalacyjna. Aktualne problemy antybiotykoterapii narastanie oporności, zmienność czynników etiologicznych zakażeń. Mechanizmy powstawania oporności bakterii na antybiotyki - oporność naturalna, oporność nabyta: związana z chromosomem mutacje, związana z plazmidami i transpozonami koniugacja, transdukcja, transformacja, selekcja szczepów opornych. Ekspresja fenotypowa oporności na antybiotyki - synteza enzymu degradującego, modyfikacja miejsca docelowego działania, zaburzenie barier przepuszczalności, ominięcie ogniwa zablokowanego przez enzym, wypływ antybiotyku. Mechanizmy oporności na poszczególne grupy antybiotyków i chemioterapeutyków (β-laktamy, glikopeptydy, aminoglikozydy, makrolidy, linkozaminy, streptograminy, fluorochinolony). Mechanizmy oporności występujące u klinicznie ważnych patogenów: Staphylococcus, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Enterococcus, Haemophilus influenzae, E. coli, Klebsiella, Proteus, Pseudomonas, Acinetobacter. Film: Oznaczanie MRSA. 4

5 Odczyt i interpretacja kliniczna mechanizmów oporności występujących u szczepów izolowanych z bieżącej diagnostyki: betaklaktamazy ESBL i AmpC, KPC, MBL, mechanizm MLS B, szczepy MRSA, VISA, HLAR, VRE. Odczytanie lekowrażliwości prątków metoda dodawania leku do podłoża. Odczytanie lekowrażliwości bakterii atypowych Mycoplasma/Ureaplasma test Mycoplasma DUO. Odczytanie wrażliwości wybranych bakterii beztlenowych za pomocą E-test (oznaczenie MIC). Odczyt i interpretacja kliniczna mechanizmów oporności występujących u szczepów izolowanych z bieżącej diagnostyki: betaklaktamazy ESBL i AmpC, KPC, MBL, mechanizm MLS B, szczepy MRSA, VISA, HLAR, VRE. 6b. Zakażenia wirusowe. Chemioterapia zakażeń wirusowych. Przypomnienie budowy i sposobów namnażania wirusów oraz mechanizmów odporności w zakażeniach wirusowych. Ogólne wskazania i zasady diagnostyki wirusologicznej izolacja wirusa: - rodzaj, okres pobierania, przechowywanie, transport materiałów; - opracowanie materiału w pracowni wirusologicznej namnażanie na wrażliwych żywych komórkach, identyfikacja wirusa w mikroskopie lub odczynami serologicznymi; Zastosowanie odczynów serologicznych w diagnostyce schorzeń wirusowych (odczyny wiązania dopełniacza, neutralizacji, zahamowania hemaglutynacji lub hemadsorpcji, immunofluorescencji, immnuenzymatyczne, radioimmunologiczne, lateksowe): - do rozpoznania namnożonego wirusa - do określenia miana przeciwciał w surowicy - do wykrycia antygenu wirusowego w surowicy Zastosowanie biologii molekularnej w diagnostyce wirusologicznej. Epidemiologia i diagnostyka zakażeń WZW, HIV, grypy, wścieklizny. Zakażenia wywoływane przez priony. Leki przeciwwirusowe. Film: Zakażenia HIV. Wykrycie swoistych przeciwciał w odczynie zahamowania hemaglutynacji (grypa, świnka, odra). Wykrycie antygenu HBS metodą Elisa. Możliwości diagnostyki różnych zakażeń wirusowych prospekty. RT-PCR: wirus BK, CMV. Wykrywanie zakażenia wirusem Epsteina-Barr. Oznaczanie genotypu wirusa HPV. 7a. Zakażenia grzybicze. Chemioterapia zakażeń grzybiczych. Przypomnienie morfologii grzybów budowa, rozmnażanie. Praktyczna klasyfikacja grzybów dermatofity, drożdżaki i grzyby drożdżopodobne, pleśnie, grzyby dimorficzne przykłady. Występowanie grzybów w środowisku i normalnej mikroflorze człowieka. Zakażenia wywoływane przez Candida, Cryptococcus, Pityrosporum, Trichosporon, Geotrichum, Aspergillus, dermatofity. Czynniki wpływające na rozwój grzybic. Kliniczne postacie grzybic. Odporność w zakażeniach grzybiczych. Ogólny schemat badania mykologicznego: preparat bezpośredni (formy inwazyjne),hodowle, różnicowanie cech morfologicznych i biochemicznych, diagnostyka serologiczna, testy skórne, próba biologiczna. Mykotoksyny. Leki przeciwgrzybiczne: podział, mechanizmy działania, główni przedstawiciele, zastosowanie poszczególnych grup leków. Ocena morfologii kolonii grzybów na podłożu Sabourauda oraz Dermasel (ocena wzrostu dermatofitów) Oglądanie preparatów bezpośrednich w laktofenolu ocena obecności strzępek grzybni w materiale pobranym od pacjenta. Wykonanie i ocena preparatów bezpośrednich z plwociny. Ocena morfologii grzybów w hodowli szkiełkowej. Ocena morfologii grzybów w preparacie z KOH. Odczytanie testu filamentacji. Wykonanie testu biochemicznego (asymilacja, fermentacja). Wykonanie mykogramu. Odczytanie testu biochemicznego Candifast 7a. Zakażenia grzybicze. Chemioterapia zakażeń grzybiczych. Odczytanie antymykogramu metody półilościowe Candifast, system R14 Micronaut (stosowanym w ciężkich grzybicach układowych), E testy. Wykrywanie antygenów rozpuszczalnych Aspergillus i Candida w surowicy pacjenta metodą ELISA przykłady wyników badań, omówienie zastosowania i znaczenia klinicznego. Oznaczanie DNA Aspergillus i Pneumocystis jirovecii metodą Real-Time PCR w BAL-u, plwocinie, popłuczynach oskrzelowych zastosowanie metody w praktyce klinicznej, przykładowe wyniki. Odczytanie testu biochemicznego (asymilacja, fermentacja) API. Omówienie zasad wykonywania lekowrażliwości grzybów. Wykrywanie antygenów grzybiczych. 5

6 8a. Ziarniaki Gram-dodatnie i Gram-ujemne tlenowe/ względnie beztlenowe Ziarniaki Gram-dodatnie, katalazo-dodatnie: Micrococcus, Staphylococcus, Stomatococcus Ziarniaki Gram-dodatnie, katalazo-ujemne: Streptococcus, Enterococcus, Aerococcus, Gemella Ziarniaki Gram-ujemne: Neisseria, Moraxella Występowanie, cechy charakterystyczne, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń. Diagnostyka zakażeń wywołanych przez Staphylococcus (S. aureus, S. epidermidis, inne CNS), S. saprophyticus). Cechy charakterystyczne bakterii należących do rodziny Micrococcaecae, odróżnienie od gronkowców chorobotwórczych. Podział gronkowców na koagulazo(+) i koagulazo (-). Odróżnienie S. saprophyticus od S. epidermidis (test z nowobiocyną). Mechanizmy oporności gronkowców na antybiotyki β-laktamowe oraz na glikopeptydy. Leczenie zakażeń wywołanych przez Staphylococcus (S. aureus, S. epidermidis, inne CNS). Występowanie, cechy charakterystyczne, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń. Struktura antygenowa S. pyogenes. Diagnostyka zakażeń wywołanych przez Streptococcus (grupy serologiczne: A S. pyogenes, B S. agalactiae, C S. equisimilis, G różne szczepy, S. pneumoniae, grupa viridans ), Enterococcus (E. faecalis, E. faecium), Neisseria (N. meningitidis, komensalne gatunki występujące fizjologicznie w jamie ustnej), Moraxella catarrhalis. Mechanizmy wrodzonej i nabytej oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki wśród szczepów należących do rodziny Streptococcus i Enterococcus. Leczenie zakażeń o etiologii Streptococcus (grupy serologiczne: A S. pyogenes, B S. agalactiae, C S. equisimilis, G różne szczepy, S. pneumoniae, grupa viridans ), Enterococcus (E. faecalis, E. faecium), Neisseria (N. meningitidis, komensalne gatunki występujące fizjologicznie w jamie ustnej), Moraxella catarrhalis. Omówienie algorytmów postępowania identyfikującego ziarniaki Gram-dodatnie i Gram-ujemne. Ocena morfologii różnych kolonii gronkowców na agarze zwykłym, agarze z krwią i podłożu Chapmana. Wykonanie testu na obecność katalazy. Różnicowanie gronkowców: wykonanie testu sprawdzającego wytwarzanie czynnika zlepnego (clumping factor, CF) oraz testu probówkowego na wytwarzania koagulazy, ocena wytwarzania DNA-zy. Ocena antybiogramów z gronkowcami: PSSA (wrażliwe na penicylinę), MSSA (wytwarzają penicylinazę), MRSA (oporne na metycylinę gen meca), wypisanie wyniku. Różnicowanie paciorkowców: ocena morfologii kolonii i typu hemolizy paciorkowców hemolizujących, zieleniących i niehemolizujących, test na katalazę, oglądanie zestawu do różnicowania serologicznego paciorkowców hemolizujących (Streptokit), ocena testu na optochinę do różnicowania pneumokoków od paciorkowców zieleniących. Demonstracja badania poziomu ASO, testu CAMP. Ocena antybiogramów z paciorkowcami hemolizującymi i pneumokokami, wypisanie wyniku. Różnicowanie enterokoków: wzrost na agarze zwykłym, agarze z krwią i D-Coccosel, wykonanie testu PYR. Ocena antybiogramu z enterokoków i HLAR, wypisanie wyniku. Oglądanie preparatów bezpośrednich z zakażenia dwoinkami zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych. Oglądanie zestawu do określenia grupy serologicznej Neisseria meningitidis Próba odróżnienia Moraxella catarrhalis od Neisseria za pomocą krążka z glukozą. Odczytanie testu probówkowego na wytwarzanie koagulazy przez gronkowce. Wstępna identyfikacja przygotowanych szczepów i wykonanie antybiogramów. Oglądanie zestawów do różnicowania biochemicznego w/w drobnoustrojów. Oglądanie preparatów bezpośrednich z czyraka zakażenie gronkowcowe. 8b. Ziarniaki Gram-dodatnie i Gram-ujemne tlenowe/względnie beztlenowe Kontynuacja ćwiczenia 8a. Odczytanie nastawionych poprzedniego dnia testów różnicujących i antybiogramów. 9a. Pałeczki Gram-ujemne i Gram-dodatnie tlenowe/ względnie beztlenowe Pałeczki Gram-ujemne jelitowe (duże) względnie beztlenowe z rodziny Enterobacteriaceae: Escherichia coli, Salmonella, Shigella, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Proteus, Morganella, Providencia, Yersinia). Pałeczki oksydazo-dodatnie, fermentujące: Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas, Campylobacter, Helicobacter.. Pałeczki Gram-ujemne niefermentujące niewybredne tlenowe: Pseudomonas, Stenotrophomonas, Burkholderia, Acinetobacter, Alcaligenes, Moraxella, Flavobacterium. Kokopałeczki Gram-ujemne (małe): Francisella, Pasteurella, Brucella, Bordetella, Gardnerella, Haemophilus, Legionella Występowanie, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń, zasady diagnostyki zakażeń wywołanych przez Escherichia coli (szczepy ETEC, EPEC, EIEC, EHEC), Shigella (S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii. S. sonnei), Salmonella (serotypy S. typhi (D) dur brzuszny, S. paratyphi (A, B, C) dury rzekome, salmonelozy - serotypy: S. enteritidis, S. agona, S. typhimurium, S. heidelberg..., Klebsiella (K. pneumoniae, K. oxytoca, K. rhinoscleromatis, K. ozenae), Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Haemophilus influenzae. Podział bakterii Gram-dodatnich: Firmicutes, Actinobacteria Pałeczki Gram-dodatnie przetrwalnikujące: Bacillus (B. anthracis, B. cereus) Pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujące: Corynebacterium - maczugowce, Mycobacterium - prątki, Erysipelothrix, Listeria. Rozgałęzione pałeczki promieniowce: Nocardia, Streptomyces, Rhodococcus, Actinomadura. Zakażenia wywoływane przez prątki kwasooporne Mycobacterium: podział, morfologia i fizjologia prątków, postacie kliniczne, diagnostyka w gruźlicy (opracowanie materiału, homogenizacja, preparaty bezpośrednie, hodowle, próba biologiczna, system Bactec 6

7 460, sondy molekularne, leki przeciwprątkowe, lekooporność. Odporność (szczepienia, próba tuberkulinowa) i epidemiologia w gruźlicy. Zakażenia wywoływane przez Nocardia asteroides, diagnostyka, leczenie. Zakażenia wywoływane przez Corynebacterium diphtheriae diagnostyka, leczenie, profilaktyka, odporność. Wykonanie preparatów z hodowli różnych pałeczek Gram-ujemnych. Ocena wyglądu kolonii różnych pałeczek Gram-ujemnych na podłożu Mc Conkeya kolonie laktozo-dodatnie (E coli), laktozo-ujemne (Salmonella, Shigella, Proteus, Yersinia), śluzowe (Klebsiella). Ocena wyglądu kolonii Salmonella na podłożu SS. Ocena wyglądu kolonii Pseudomonas oraz Acinetobacter na różnych podłożach (agar zwykły, agar z krwią, Pyocyanosel) Wykonanie testu na wytwarzanie oksydazy u szczepów Pseudomonas aeruginosa i Acinetobacter baumannii. Ocena wyglądu kolonii Helicobacter pylori i Campylobacter jejuni wykonanie testu ureazowego. Ocena wyglądu kolonii Haemophilus na agarze czekoladowym wykonanie testów różnicujących. Różnicowanie pałeczek Gram-ujemnych na podstawie cech biochemicznych wykonanie prostych testów oraz testów API. Oglądanie hodowli maczugowców rzekomobłoniczych na agarze z krwią oraz podłożu Löfflera. Wykonanie preparatów barwionych metodą Grama i Neissera z maczugowców błonicy i rzekomobłoniczych. Wykonanie preparatów barwionych metodą Grama oraz hodowli na agarze zwykłym (mikrokolonie) promieniowców Nocardia. Wstępna identyfikacja przygotowanych szczepów i wykonanie antybiogramów. Barwienie prątków gruźlicy w preparatach bezpośrednich metodą Ziehl-Neelsena i fluorescencyjnych. Oglądanie hodowli prątków na podłożu Lövensteina-Jensena i lekooporności. Test niacynowy. Wykrywanie prątków metodą RT-PCR. 9b. Pałeczki Gram-ujemne i Gram-dodatnie tlenowe/ względnie beztlenowe Film: Trąd Odczytanie prostych testów biochemicznych oraz API i antybiogramów wykonanych dla różnych pałeczek. Wykonanie typowania serologicznego E. coli EPEC. Omówienie zestawów do typowania serologicznego Salmonella, Shigella. Odczytanie odczynu Widala. Oglądanie typowania fagowego bakterii. Odczytanie antybiogramów wykonanych dla różnych pałeczek, wypisanie wyniku. Oznaczanie przeciwciał przeciwko Bordetella pertussis. Wykonanie posiewów z płytki nazębnej, kału, skóry twarzy w kierunku bezwzględnych beztlenowców. 10a. Zakażenia odzwierzęce antropozoonozy. Prezentacje własne studentów. Czynniki etiologiczne chorób odzwierzęcych: bakterie, wirusy, inne. Choroby wywołane przez pałeczki Gram-ujemne: bruceloza (Brucella abortus, B. melitensis), tularemia (Francisella tularensis), dżuma (Yersinia pestis), jersiniozy (Yersinia enterocolitica i Y. pseudotuberculosis), Pastereuella multocida. Choroby wywołane przez pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujace: listerioza (Listeria monocytogenes), różyca (Erisipelothrix rhusiopathiae.) Choroby wywołane przez bakterie spiralne: leptospirozy (Leptospira interrogans serotypy: L. icterohaemorrhagiae choroba Weila, L grippotyphosa gorączka błotna, ), borelioza z Lyme (Borrelia burgdorferi), dur powrotny ( Borrelia recurrentis), choroba kociego pazura (Bartonella henselae), goraczka Q (Coxiella burnetii), riketsjozy - dur plamisty (Rickettsia prowazeki) oraz inne gorączki, erlichioza (Ehrlichia), papuzica (Chlamydophila psittaci). Choroby wywołane przez pałeczki Gram-dodatnie, przetrwalnikujace laseczki): wąglik (Bacillus anthracis). Czynniki warunkujące chorobotwórczość w/w drobnoustrojów, postacie kliniczne, specyfika diagnostyki w poszczególnych schorzeniach (preparat bezpośredni, hodowle na odpowiednich podłożach, identyfikacja, badania serologiczne, próby skórnoalergiczne), epidemiologia i profilaktyka. Wykrywanie Borrelia burgdorferi metodą IF, Elisa i westernblot. 10b. Bakterie beztlenowe Ziarniaki Gram-dodatnie: Peptostreptococcus, Parvimonas (Micromonas), Anaerococcus, Peptoniphilus, Finegoldia. Ziarniaki Gram-ujemne: Veilonella; Pałeczki Gram-ujemne nieprzetrwalnikujące: Bacteroides, Porphyromonas, Prevotella, Fusobacterium, Leptotrichia; Pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujące: Actinomyces, Propionibacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Bifidobacterium, Mobiluncus; Pałeczki Gram-dodatnie przetrwalnikujące (laseczki): Clostridium. Występowanie bakterii beztlenowych we florze fizjologicznej człowieka. Uwarunkowania zakażeń wywołanych przez bakterie beztlenowe, czynniki sprzyjające, czynniki warunkujące chorobotwórczość, postacie kliniczne zakażeń beztlenowcami, wskazania, rodzaje materiałów i transport na badania w kierunku beztlenowców. 7

8 Zasady badania bakteriologicznego w kierunku beztlenowców: pobieranie materiału, transport (odpowiednie podłoże transportowe), ocena preparatu bezpośredniego barwionego metodą Grama, posiewy na odpowiednie podłoża w warunkach beztlenowych, kontrola wzrostu w warunkach beztlenowych (równoległy przesiew na podłoża tlenowe i beztlenowe), identyfikacja biochemiczna, ocena wrażliwości beztlenowców na antybiotyki. Zakażenia wywoływane przez beztlenowe promieniowce Actinomyces israeli (promienica) oraz przez laseczki z rodzaju Clostridium (C. tetani, C. difficile, C. botulinum, C. perfringens i inne) chorobotwórczość, diagnostyka, epidemiologia, leczenie. Mechanizmy odpornościowe w zakażeniach wywołanych przez beztlenowce. Film: Podstawowe metody hodowli beztlenowców. Hodowle beztlenowców pokaz w pracowni diagnostycznej. Wykonanie i oglądanie preparatów bezpośrednich barwionych metodą Grama z beztlenowcami (z płytki nazębnej, kieszonki dziąsłowej, kału). Wykonanie przesiewów (w celu wyizolowania bakterii beztlenowych) i/lub preparatów z hodowli oraz API z wykonanych tydzień wcześniej posiewów. Oglądanie hodowli z bakteriami beztlenowymi (charakterystyczna woń). Wykonanie preparatów z hodowli Actinomyces i laseczek Clostridium. Wykonanie preparatów z hodowli Propionibacterium acnes ze zmiany trądzikowej. Różnicowanie biochemiczne przygotowanych szczepów bakterii beztlenowych (API, VITEK 2 Compact). Odczyt antybiogramu z bakterii beztlenowych, wypisanie wyniku. 11a. Bakterie beztlenowe Ocena własnych hodowli z bakteriami beztlenowymi Wykonanie preparatów z hodowli Różnicowanie biochemiczne (API) bakterii beztlenowych oraz patogenów przewodu pokarmowego. 11b. Zakażenia układu pokarmowego. Zatrucia pokarmowe Przypomnienie flory fizjologicznej przewodu pokarmowego i miejscowych mechanizmów obronnych. Czynniki etiologiczne (bakterie, wirusy, pasożyty), postacie kliniczne, epidemiologia, leczenie zakażeń przewodu pokarmowego i zatruć pokarmowych. Zasady badań mikrobiologicznych w chorobach przewodu pokarmowego: - badanie kału i wymazów z odbytu na podłożach wybiórczo-różnicujących, badanie biochemiczne, typowanie serologiczne, typowanie fagowe; - posiew krwi, moczu, żółci, kału, odczyny serologiczne (dur i paradury); - wykrycie toksyn (Clostridium botulinum, Clostridium difficile, S aureus); - wykrycie antygenu w kale (Rota-, Adeno-, Norovirus, ); Profilaktyka zakażeń jelitowych: badanie nosicielstwa Salmonella, Shigella, badanie stopnia zanieczyszczenia wody miano coli. Wykonanie preparatów i posiewu własnych wymazów z odbytu lub kału na podłoża bakteriologiczne. Oglądanie preparatów i dodatnich posiewów w kierunku patogenów układu pokarmowego. Odczytanie odczynu Widala. Ocena stopnia zanieczyszczenia wody (demonstracja). Izolacja Clostridium difficile, potwierdzenie toksynotwórczości. Oglądanie dodatnich posiewów w kierunku Campylobacter. Wykrywanie antygenu Helicobacter pylori w kale testem ImmunoCard STAT! HpSA. Prezentacja i omówienie wyników badań oznaczania przeciwciał IgG przeciwko Helicobacter pylori metodą IF oraz przeciwciał przeciwko specyficznym antygenom testem Westernblot. Ocena wykonanych testów biochemicznych dla patogenów układu pokarmowego. Wykonanie badania serologicznego celem wykrycia patogennych E coli. Ustalenie serotypu Salmonella, Shigella. Wykrycie antygenów rota-, adenowirusów, Helicobacter pylori. Wykrywanie przeciwciał przeciwko Helicobacter pylori. 12a. Zakażenia dróg oddechowych i oka Przypomnienie flory fizjologicznej układu oddechowego oraz mechanizmów obrony przed zakażeniem. Najczęstsze postaci kliniczne zakażeń górnych (URTI) i dolnych (LRTI) dróg oddechowych, czynniki etiologiczne (wirusy, grzyby, bakterie: gronkowce, paciorkowce, pałeczki Gram-ujemne, inne, drobnoustroje wywołujące atypowe zapalenia płuc: Mycoplasma, Chlamydophila, Chlamydia, Legionella, Coxiella), zakażenia pozaszpitalne i szpitalne. Zasady diagnostyki (posiewy, badania serologiczne, wykrycie antygenu) i leczenia zakażeń układu oddechowego. Chorobotwórczość, diagnostyka, epidemiologia zakażeń wywołanych przez Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis. Zakażenia oka zakażenia wirusowe, grzybicze, bakteryjne, postaci kliniczne, zasady diagnostyki i leczenia. Wykonanie preparatów bezpośrednich i posiewów materiałów z górnych dróg oddechowych. Opracowanie plwociny. 8

9 Oglądanie i ocena preparatów bezpośrednich z plwociny (leukocyty, bakterie, grzyby). Oglądanie hodowli różnych materiałów z dróg oddechowych z udziałem: Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa. Przypomnienie zasad różnicowania w/w drobnoustrojów. Różnicowanie gatunków H influenzae (krążki X, V, XV) oraz Moraxella catarrhalis. Wykrycie antygenu Legionella pneumophila w moczu testem BinaxNOW demonstracja wyniku dodatniego i ujemnego, wykorzystanie testu w praktyce klinicznej. Wykrycie antygenu Streptococcus pneumoniae w moczu testem BinaxNOW demonstracja wyniku dodatniego i ujemnego, wykorzystanie testu w praktyce klinicznej. Wykrycie antygenu Streptococcus pyogenes w materiale od pacjenta (wymaz z gardła, migdałków, rany, zmian skórnych itp.) test QUIKVUE+Strep A omówienie wykonania testu i korzyści dla lekarza i pacjenta wynikających z szybkiego wykrycia obecności paciorkowców beta-hemolizujących gr. A w materiale badanym. Pokaz testu dodatniego i ujemnego. Oznaczanie mrna wirusa RS metodą RT-PCR w BAL-u, surowicy pacjenta zastosowanie testu, przykłady wyników. 12b. Zakażenia dróg oddechowych i oka. Odczyt testów biochemicznych. Wykrywanie antygenów Legionella pneumophila met. immunofluorescencji i ELISA. Ocena antybiogramów wykonanych z w/w drobnoustrojów, wypisanie i interpretacja wyniku. Wykrywanie chlamydii i mykoplazm. 13a. Zakażenia układu moczowo-płciowego Przypomnienie flory fizjologicznej układu moczowo-płciowego Czynniki sprzyjające zakażeniom dróg moczowo-płciowych, postacie kliniczne. Czynniki etiologiczne zakażeń dróg moczowych. Badanie bakteriologiczne moczu zasady i sposoby pobierania moczu, posiewy ilościowe i jakościowe, antybiogram. Flora fizjologiczna, stopnie czystości pochwy. Najczęściej występujące stany zapalne pochwy: drożdżyca, rzęsistkowica, bakteryjna waginoza (Gardnerella vaginalis), chlamydioza (Chlamydia trachomatis), opryszczka (Herpes simplex typ 2). Zasady diagnostyki i leczenia. Zakażenia wewnątrzpłodowe i okołoporodowe (Toxoplasma gondii, Rubella virus, CMV, HSV - TORCH; Treponema pallidum, Streptococcus agalactiae). Wykonanie posiewu moczu ezą kalibrowaną. Ocena biocenozy pochwy. Oglądanie posiewów wymazów z pochwy. Oglądanie hodowli Lactobacillus, Gardnerella vaginalis, Streptococcus agalactiae. Zastosowanie podłoży chromogennych w diagnostyce moczu oraz identyfikacji S. agalactiae (Granada) przykładowe posiewy Przykład szybkiej diagnostyki wykrywanie obecności Streptococcus agalactiae metodą Real-Time PCR w wymazach demonstracja aparatu i omówienie testu. Oznaczanie DNA Chlamydia trachomatis w wymazach z szyjki macicy, pochwy, BAL-u noworodka zastosowanie testu, przykłady wyników. Ocena jakościowych i ilościowych posiewów moczu. Ocena antybiogramów z dróg moczowych, wypisanie i interpretacja wyniku. 13 b. Choroby przenoszone drogą płciową STD Czynniki etiologiczne aktualnie związane z chorobami przenoszonymi drogą płciową: 1.wirusowe: 1.a: HSV, HPV, MCV (wywołują lokalne zmiany w obrębie i okolicy narządów rodnych); 1.b. HIV, HBV, HDV, HCV, HGV, HTLV, HHV 8 (komórka docelowa poza układem płciowym); 2. bakteryjne: Treponema pallidum, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Haemophilus ducreyi, Gardnerella vaginalis; 3. inne: Trichomonas vaginalis, drożdżaki; Kiła morfologia i fizjologia krętka bladego Treponema pallidum, inne krętki wystepujące fizjologicznie i chorobotwórcze, diagnostyka kiły w zależności od okresu choroby (preparat bezpośredni, odczyny serologiczne klasyczne (VDRL, RPR) i nowoczesne (FTA, FTA-ABS, immobilizacyjny), profilaktyka kiły, zakażenia poza kontaktem płciowym. Rzeżączka morfologia i fizjologia dwoinek rzeżączki Neisseria gonorrhoeae, diagnostyka ostrej i przewlekłej rzeżączki (preparat bezpośredni, hodowle, identyfikacja), zakażenia poza kontaktem płciowym. Nierzeżączkowe zapalenia cewki moczowej (NGU) chlamydie, mykoplazmy, diagnostyka. Chemioterapia STD. Filmy: Rzeżączka. Kiła wczesna objawowa. HPV. Oglądanie preparatów bezpośrednich z zakażenia dwoinkami rzeżączki. Oglądanie hodowli dwoinek rzeżączki, wykonanie testu na wytwarzanie oksydazy. Oglądanie odczynu FTA-ABS. Oglądanie zestawu do diagnostyki Ureaplasma. 9

10 Wykrycie Chlamydia trachomatis w preparatach bezpośrednich metodą IF. Oznaczanie genotypu wirusa HPV metodą PCR/hybrydyzacji w wymazach z kanału szyjki macicy, zeskrobin ze zmian chorobowych - przykłady wyników badań, omówienie zastosowania testu. 14a. Neuroinfekcje, zakażenia krwi, wsierdzia, skóry, kości i stawów. Czynniki predysponujące do zakażeń CUN, drogi zakażenia. Zasady pobierania płynu mózgowo-rdzeniowego do badania bakteriologicznego i wirusologicznego. Czynniki etiologiczne zapaleń opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu - - bakteryjne ropne: Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus, Streptococcus agalactiae, pałeczki Gram-ujemne; - bakteryjne nieropne: Mycobacterium tuberculosis, Listeria monocytogenes, Borrelia burgdorferi, Treponema pallidum; - grzybicze: Cryptococcus neoformans, Candida - pasożytnicze: Toxoplasma gondii; - wirusowe (limfocytarne): wirusy neurotropowe enterowirusy: Polio, Coxackie, Echo, arbowirusy, wścieklizny; wirusy nie neurotropowe, mogące dać powikłania mózgowe odry, świnki, różyczki, herpes, adenowirusy, schorzenia latentne CUN; Diagnostyka neuroinfekcji: badanie płynu mózgowo-rdzeniowego (preparaty bezpośrednie, hodowle, wykazanie swoistych antygenów), posiewy innych materiałów, badania serologiczne (wykrycie przeciwciał). Posocznica, bakteriemia, zapalenie wsierdzia uwarunkowania kliniczne, czynniki etiologiczne, diagnostyka bakteriologiczna: zasady pobierania krwi na posiew (czas, objętość, podłoża, liczba próbek itp.), metody hodowli krwi, ocena posiewów, interpretacja wyniku posiewu krwi. Zapalenia skóry, stawów, kości, szpiku czynniki etiologiczne, diagnostyka. Zasady chemioterapii zakażeń CUN i krwi. Demonstracja zestawów i podłoży do pobierania płynu mózgowo-rdzeniowego i krwi. Oglądanie preparatów z zakażeń płynu mózgowo-rdzeniowego i krwi. Hodowle i identyfikacja najczęstszych patogenów CUN i krwi. Opracowanie dodatniej hodowli krwi w systemie monitorowanym. Zestaw do identyfikacji antygenów H. influenzae, E. coli K1, S.agalactiae, N. meningitidis, Cryptococcus bezpośrednio z płynu mózgowo-rdzeniowego- zastosowanie w praktyce klinicznej Ocena posiewów krwi. Ocena antybiogramów, wypisanie i interpretacja wyniku. 14b. Zakażenia zakładowe/szpitalne Definicja zakażenia zakładowego/szpitalnego, przepisy. Źródła i drogi szerzenia się zakażeń zakładowych. Nosicielstwo, kolonizacja, zakażenie. Kliniczne postacie zakażeń zakładowych. Czynniki etiologiczne bakteryjne, wirusowe, grzybicze, pasożytnicze. Charakterystyka drobnoustrojów szpitalnych - zmienność, oporność na antybiotyki. Zakażenia u chorych z niedoborami odporności (transplantacja, choroby nowotworowe, AIDS, dializa, inne) Nadzór, kontrola, zapobieganie zakażeniom szpitalnym rejestracja bierna, czynna. Postępowanie poekspozycyjne. Zasady chemioterapii zakażeń szpitalnych. Film: Zakażenia szpitalne. Oglądanie i odczytanie antybiogramów z zakażeń szpitalnych. Zasady dochodzenia epidemiologicznego w zakażeniach szpitalnych: typowanie fenotypowe i genotypowe szczepów szpitalnych (MRSA, pałeczki Gram-ujemne). Wykrywanie MRSA w materiale bezpośrednim (np. wymaz z nosa) metodą Real-Time PCR w aparacie Gene-Expert demonstracja i zastosowanie testu w codziennej pracy klinicznej. Zapoznanie z aktami prawnymi aktualnie obowiązującymi dotyczącymi zakażeń szpitalnych. Zasady współpracy lekarza z pracownią mikrobiologiczną. 15. a. Odrabianie praktyczne i teoretyczne zajęć. 10