Bioinformatyczne bazy danych - część 2. -przeszukiwanie baz danych -pobieranie danych
|
|
- Łukasz Dobrowolski
- 7 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Bioinformatyczne bazy danych - część 2 -przeszukiwanie baz danych -pobieranie danych
2 Numery dostępowe baz danych (accession number) to ciąg liter i cyfr służących jako etykieta identyfikująca sekwencję czy inny typ danych w bazie. Przykłady (wszystkie dotyczą białka wiążącego retinol RBP4 - retinol-binding protein): X02775 NG_ GenBank sekwencja genomowego DNA RefSeq DNA N EST NM_ RefSeq sekwencja DNA (z transkryptu) X mrna RNA AAC02945 Q KT7 PMID: GenBank UniProtKB/SwissProt Protein Data Bank PubMed Białko Literatura
3 Sprawdź sekwencje o poniższych numerach dostępowych w sekwencyjnych bazach danych EMBL (ENA) i DDBJ: AF L00727 NM_ NC_ Zapoznaj się z opcją wyświetlania rekordu w formie graficznej EMBL / NCBI.
4 Entrez Gene Znajdź geny przez: Wolny tekst np. human muscular dystrophy Niekompletną (częściową) nazwę i podanie więcej niż jednego gatunku np. transporter[title] AND ("Homo sapiens"[orgn] OR "Mus musculus"[orgn]) Numer chromosomu i symbol np. (II[chr] OR 2[chr]) AND adh*[sym] Accession number np. M11313[accn] Nazwę genu (symbol) np. PRNP[sym] Publikację (PubMed ID) np [PMID] Ontologie Genów (GO) np. retinol transporter activity"[go] Chromosom i gatunek np. X[CHR] AND human[orgn] Numery Enzyme Commission (EC) np [EC]
5 Porady dotyczące korzystania z wyszukiwarki Entrez Operatory logiczne AND, OR i NOT powinny być zapisywane wielkimi literami. Domyślnie operator AND łączy dwa wprowadzone terminy. Operatory logiczne działają od lewej do prawej. Jeśli dodasz nawiasy, wprowadzony do nich termin będzie potraktowany jako jedna jednostka. Porównaj wynik wyszukiwania Entrez Gene poniższymi frazami: globin AND promoter OR enhancer globin AND (promoter OR enhancer) Zadania: 1. Gen dla ludzkiego białka lysine demethylase zlokalizowany jest na chromosomie Y. Utwórz zapytanie do bazy NCBI Gene, które da jeden wynik dla właściwego genu. 2. W bazie NCBI Taxonomy znajdź identyfikator dla E. coli K12. Wykorzystując identyfikator i kwalifikator [taxid] znajdź w bazie NCBI Gene rekord dla genu repb, kodującego białko replikacyjne.
6 Entrez Gene zadanie -Wyszukaj w bazie NCBI Gene ludzki gen BRCA1. -Podaj jego lokalizację chromosomową oraz liczbę eksonów. -Podaj długość genu, mrna i kodowanego białka wykorzystując dane z odpowiednich rekordów bazy RefSeq. -Sprawdź informacje dotyczące genu BRCA1 w bazie SNP (single nucleotide polymorphism). -Korzystając z odpowiednich filtrów wyszukiwania sprawdź ile SNPów ma charakter mutacji frame shift a ile powoduje pojawienie się kodonu STOP. OMIM / Entrez Gene Jaki gen związany jest ze śmiertelną bezsennością rodzinną (fatal familial insomnia FFI)? Podaj symbol tego genu, jego lokalizację chromosomową i liczbę eksonów. Jaki jest sposób dziedziczenia FFI? Z jakimi innymi chorobami związany jest ten gen? Sprawdź zmienność genu w bazie danych projektu 1000 genomów. Jakiego rodzaju zmiany w sekwencji genu są najmniej licznie reprezentowane?
7 Kwalifikatory wyszukiwania w Entrez Nucleotide (część bazy GenBank) Działa tylko w bazie Protein
8 Zadania: 1. Wyszukaj w bazie Nucleotide sekwencje o długości 1000 nt. Zawęź wyniki wyszukiwania do szympansa (użyj chimpanzee lub Pan troglodytes ) 2. Wyszukaj sekwencje nukleotydowe szczura w zakresie od 1500 do 2000 nukleotydów. 3. Znajdź sekwencje aminokwasowe białek krowy o ciężarze molekularnym od 5000 do Da. 4. Znajdź sekwencje aminokwasowe świni o długości 300 aminokwasów.
9 Narzędzie do zmiany formatu sekwencji Emboss Seqret 1. Wyszukaj w bazie GenBank sekwencję AF Korzystając z opcji Send zapisz na komputerze plik z sekwencją w formacie GenBank (plik z rozszerzeniem.gb). Korzystając z narzędzia emboss seqret przekształć zapisaną sekwencję do formatu EMBL. 2. Wykorzystaj powyższe narzędzie do utworzenia pliku z sekwencją w formacie EMBL i GenBank z pliku w formacie.ab1 (ćwiczenie 2 sekwencja.ab1).
10 Pobieranie wielu sekwencji na podstawie ich numerów dostępowych Batchentrez Znajdź w bazie Pubmed artykuł opisujący ewolucję molekularną białka OmpC bakterii z rodzaju Yersinia. Otwórz pełną wersję artykułu. Poszukaj sekcji Supplementary material i otwórz znajdujący się tam plik. Skopiuj wszystkie numery dostępowe sekwencji rozpoczynające się od KR dla gatunku Yersinia intermedia. Utwórz plik tekstowy z pobranymi numerami. Wykorzystaj utworzony plik do pobrania z bazy GenBank sekwencji w formacie FASTA. Inny sposób to wykorzystanie kwalifikatora [accn].
11 Przeglądarki Genomów NCBI MapViewer Najnowsza łatka (patch) ENSEMBL USCS Porównaj statystyki dla najnowszych genomów referencyjnych człowieka między ENSEMBL a NCBI MapViewer.
12 NCBI MapViewer /OMIM / dbsnp / KEGG Przejdź na stronę MapViewer. Wybierz najnowszą wersję genomu referencyjnego dla człowieka. Otwórz mapę chromosomu nr 7. Jaka jest wielkość tego chromosomu? Ile genów zostało zidentyfikowanych na tym chromosomie? Znajdź region chromosomu 7 związany z mukowiscydozą (cystic fibrosis). Użyj filtru Gene. Z poziomu mapy chromosomu przejdź do bazy OMIM. Otwórz rekord dotyczący genu a następnie przeanalizuj trzy warianty alleliczne.0002,.0003,.0004 pod kątem rodzaju mutacji i wpływu na kodowane białko. Sprawdź rekordy bazy dbsnp odpowiadające poszczególnym wariantom. Z poziomu Entrez Gene przejdź do bazy KEGG i sprawdź rolę kodowanego białka w prawidłowym funkcjonowaniu trzustki.
13 NCBI MapViewer / Entrez Gene 1. Podaj symbole wszystkich genów zlokalizowanych z regionie 11p11.2 genomu człowieka. (skorzystaj z okna wyszukiwania: Region shown ) 2. Pobierz sekwencję genu ARSB kodującego sulfatazę arylową B wraz z regionem 500pz powyżej końca Korzystając z MapViewer znajdź gen kodujący huntingtinę. Mutacja w tym genie powoduje chorobę Huntingtona. Korzystając z Maps & Options wybierz do porównania mapy genowe człowieka, myszy i szczura. Podaj numery chromosomów myszy i szczura, na których zlokalizowane są homologi ludzkiego genu dla huntingtiny.
Bioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl
Bioinformatyka Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Bazy danych biologicznych Bazy danych sekwencji nukleotydowych Pierwotne bazy danych (ang. primary database) Wykorzystywane do zbierania
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Michał Bereta
Bioinformatyka Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Bazy danych biologicznych Bazy danych sekwencji nukleotydowych Pierwotne bazy danych (ang. primary database) Wykorzystywane do zbierania
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II BAZA DANYCH NCBI 1. NCBI 2. Dane gromadzone przez NCBI 3. Przegląd baz danych NCBI: Publikacje naukowe Projekty analizy genomów OMIM: fenotypy człowieka
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Program UGENE
Bioinformatyka Program UGENE www.michalbereta.pl UGENE jest darmowym programem do zadań bioinformatycznych. Można go pobrać ze strony http://ugene.net/. 1 1. Wczytanie rekordu z bazy ENA do programu UGENE
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 5/6. Informacja genetyczna i geny u różnych grup organizmów. Porównywanie sekwencji nukleotydowych w bazie NCBI z wykorzystaniem BLAST.
Ćwiczenie 5/6 Informacja genetyczna i geny u różnych grup organizmów. Porównywanie sekwencji nukleotydowych w bazie NCBI z wykorzystaniem BLAST. Prof. dr hab. Roman Zieliński 1. Informacja genetyczna u
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2)
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) BIOINFORMATYKA HISTORIA 1. 1982 utworzenie bazy danych GenBank (NIH) dane ogólnodostępne sekwencje nukleotydów 2. Wprowadzenie sekwencji z projektu
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1)
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) BIOINFORMATYKA HISTORIA 1. 1982 utworzenie bazy danych GenBank (NIH) dane ogólnodostępne sekwencje nukleotydów 2. Wprowadzenie sekwencji z projektu
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE. Podstawy Bioinformatyki wykład 4
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE Podstawy Bioinformatyki wykład 4 GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 2 GENOMY I ICH ADNOTACJE
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE Podstawy Bioinformatyki wykład 2 PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1 GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC PODSTAWY BIOINFORMATYKI
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) http://bioinformaticsonline.com/file/view/4482/bioinformatics-definitions-and-applications
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Rodzaje Mutacji
Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 3. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Rodzaje Mutacji zmienność sekwencji (sequence variation) mutacje polimorfizm
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS Elementy składowe sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Język Rodzaj Rok studiów /semestr
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Bazy danych. Wykład 3. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka. Wykład 3, Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM
Bioinformatyka Wykład 3. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Bazy danych Wykład 3, 2008 1 Niesekwencyjne BazyDanych bibliograficzne kliniczne ścieżek metabolicznych
Bardziej szczegółowoĆwiczenia nr 5. Wykorzystanie baz danych i narzędzi analitycznych dostępnych online
Techniki molekularne ćw. 5 1 z 13 Ćwiczenia nr 5. Wykorzystanie baz danych i narzędzi analitycznych dostępnych online I. Zasoby NCBI Strona: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ stanowi punkt startowy dla eksploracji
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 12. Diagnostyka molekularna. Poszukiwanie SNPs Odczytywanie danych z sekwencjonowania. Prof. dr hab. Roman Zieliński
Ćwiczenie 12 Diagnostyka molekularna. Poszukiwanie SNPs Odczytywanie danych z sekwencjonowania Prof. dr hab. Roman Zieliński 1. Diagnostyka molekularna 1.1. Pytania i zagadnienia 1.1.1. Jak definiujemy
Bardziej szczegółowoPodstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych
Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie metod obliczeniowych do badania
Bardziej szczegółowoKontakt.
BIOINFORMATYKA i BIOLOGIA OBLICZENIOWA Kontakt Małgorzata.Kotulska@pwr.edu.pl Katedra Inżynierii Biomedycznej WPPT http://www.kotulska-lab.pwr.wroc.pl/forstudents/ D1 pok. 115 Konsultacje : czwartek 17.05-18.55
Bardziej szczegółowoBiologiczne bazy i modele danych
Biologiczne bazy i modele danych Przełom XX i XXI wieku to okres dynamicznego rozwoju programów sekwencjonowania genomów: 1995 genom Haemophilus influenzae 1997 genom E. coli 1997 genom drożdży S. cerevisiae
Bardziej szczegółowoBazy i modele danych
Bazy i modele danych Przełom XX i XXI wieku to okres dynamicznego rozwoju programów sekwencjonowania genomów: 1995 genom Haemophilus influenzae 1997 genom E. coli 1997 genom drożdży S. cerevisiae 1998
Bardziej szczegółowoBiblioteka Wirtualnej Nauki
Biblioteka Wirtualnej Nauki BAZA EBSCO EBSCO Publishing oferuje użytkownikom w Polsce dostęp online do pakietu podstawowego baz danych w ramach projektu Electronic Information for Libraries Direct eifl
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH GENOMY I ICH ADNOTACJE. Pracownia Informatyczna 2
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH GENOMY I ICH ADNOTACJE Pracownia Informatyczna 2 WYBRANE BIOLOGICZNE BAZY DANYCH GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION NCBI Utworzone
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH
http://theta.edu.pl/ Podstawy Bioinformatyki II BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH 1 Czym jest bioinformatyka? 2 Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI Prowadzący: JOANNA SZYDA ADRIAN DROśDś WSTĘP 1. Katedra Genetyki badania bioinformatyczne 2. Tematyka przedmiotu 3. Charakterystyka wykładów 4. Charakterystyka ćwiczeń 5. Informacje
Bardziej szczegółowoDatabase resources of the National Center for Biotechnology Information. Magdalena Malczyk
Database resources of the National Center for Biotechnology Information Magdalena Malczyk NCBI NCBI = National Center for Biotechnology Information Założone w 1998 r. Cel: rozwijanie systemów informatycznych
Bardziej szczegółowoPorównywanie i dopasowywanie sekwencji
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek pojawiła się nowa możliwość śledzenia ewolucji na poziomie molekularnym Ewolucja
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji.
Bioinformatyka Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji www.michalbereta.pl Załóżmy, że mamy dwie sekwencje, które chcemy dopasować i dodatkowo ocenić wiarygodność tego dopasowania. Interesujące nas pytanie
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. z sylabusu...
Bioinformatyka Wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2010/2011 1 Orientacyjny plan wykładów 1. Przegląd baz danych, formaty danych
Bardziej szczegółowoPrimo wyszukiwarka naukowa
Primo wyszukiwarka naukowa Wyszukiwarka Primo to uniwersalne narzędzie do jednoczesnego przeszukiwania wszystkich zasobów bibliotecznych, zarówno tradycyjnych jak i elektronicznych. Pozwala szybko dotrzeć
Bardziej szczegółowoBudowa kwasów nukleinowych
Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 2. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Budowa kwasów nukleinowych Kwasy nukleinowe (DA i RA) zbudowane są z nukleotydów
Bardziej szczegółowoEntrez, wyszukiwarka dla nauk przyrodniczych: globalna kwerenda
Pomoc Entrez Entrez skupia literaturę naukową, bazy danych DNA i sekwencji białkowych, informacje o strukturach 3D oraz domenach białek, zbiory danych o badaniach na temat populacji, informacje o ekspresji,
Bardziej szczegółowoMiejski System Zarządzania - Katowicka Infrastruktura Informacji Przestrzennej Pozwolenia wodnoprawne i zgłoszenia przydomowych oczyszczalni ścieków
Miejski System Zarządzania - Katowicka Infrastruktura Informacji Przestrzennej Pozwolenia wodnoprawne i zgłoszenia przydomowych oczyszczalni ścieków Instrukcja użytkownika Historia zmian Wersja Data Kto
Bardziej szczegółowoInstrukcja korzystania z portalu Diagnoza Nowej Ery
Instrukcja korzystania z portalu Diagnoza Nowej Ery 1. Przypisanie szkoły do nauczyciela Po zalogowaniu się lub rejestracji nowego konta należy wybrać zakładkę Szkoły u góry ekranu. Przejdziesz do okna
Bardziej szczegółowoPodstawy biologiczne - komórki. Podstawy biologiczne - cząsteczki. Model komórki eukariotycznej. Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej
Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 1: Podstawy bioinformatyki Wydział Informatyki PB Podstawy biologiczne - komórki Wszystkie organizmy zbudowane są z komórek komórka jest skomplikowanym systemem
Bardziej szczegółowoOvidSP - Skrócony opis wyszukiwania - Wyszukiwanie proste i złożone,
OvidSP - Skrócony opis wyszukiwania - Wyszukiwanie proste i złożone, zapisywanie wyników wyszukiwania w bibliotece referencji, tworzenie alertów i powiadomień. Operatory do tworzenia wyszukiwania zaawansowanego:
Bardziej szczegółowoNa komputerach z systemem Windows XP zdarzenia są rejestrowane w trzech następujących dziennikach: Dziennik aplikacji
Podgląd zdarzeń W systemie Windows XP zdarzenie to każde istotne wystąpienie w systemie lub programie, które wymaga powiadomienia użytkownika lub dodania wpisu do dziennika. Usługa Dziennik zdarzeń rejestruje
Bardziej szczegółowoWyciągi. Lista operacji na wyciągu w postaci PDF
Wyciągi Wybór odnośnika Wyciągi dla danego rachunku, dla którego udostępnione są wyciągi elektroniczne umożliwia użytkownikowi wyświetlenie, wydruk oraz pobranie w postaci pliku PDF listy operacji wchodzących
Bardziej szczegółowoBUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO
BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i
Bardziej szczegółowoMiejski System Zarządzania - Katowicka Infrastruktura Informacji Przestrzennej
Miejski System Zarządzania - Katowicka Infrastruktura Informacji Przestrzennej Sport, promocja i turystyka Instrukcja użytkownika Historia zmian Wersja Data Kto Opis zmian 1.0 2013-12-13 MGGP S.A. Utworzenie
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Wykład 2 (12.X.2010) I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) Krzysztof Pawłowski
Bioinformatyka Wykład 2 (12.X.2010) I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) Krzysztof Pawłowski tydzień temu Co to jest bioinformatyka Sekwencjonowanie genomów historia Metagenomika Wykład 2 spis treści
Bardziej szczegółowoDNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro
DNA- kwas deoksyrybonukleinowy: DNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro RNA- kwasy rybonukleinowe: RNA matrycowy (mrna) transkrybowany
Bardziej szczegółowo1. System analizy danych NGS z paneli genów
1. System analizy danych NGS z paneli genów (programistyczny) Sekwenator to instrument odczytujący sekwencję DNA w kilku-kilkudziesieciu probkach na raz. Instrument zapisuje na dysku dane w skompresowanych
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoPolitechnika Wrocławska. BIOINFORMATYKA i BIOLOGIA OBLICZENIOWA
BIOINFORMATYKA i BIOLOGIA OBLICZENIOWA Kontakt Katedra Inżynierii Biomedycznej Konsultacje D1 pok. 115 Poniedziałek 10.00-12.00 Poniedziałek 15.00-17.00 Małgorzata.Kotulska@pwr.edu.pl Materiały: http://www.kotulska-lab.pwr.wroc.pl/forstudents/
Bardziej szczegółowoMS Access - bazy danych
MS Access - bazy danych Ćwiczenia - dla tych co zaczynają... Pamiętaj o następujących zasadach tworzenia struktury bazy danych: baza danych to zbiór informacji na określony temat - niech nazwa pola odzwierciedla
Bardziej szczegółowoLogowanie, wyszukiwanie i zamawianie książek poprzez multiwyszukiwarkę PRIMO w Bibliotece Głównej WAT
Logowanie, wyszukiwanie i zamawianie książek poprzez multiwyszukiwarkę PRIMO w Bibliotece Głównej WAT Ośrodek Informacji Naukowej BG WAT e-mail: oin@wat.edu.pl tel.: 261 839 396 Multiwyszukiwarka Primo
Bardziej szczegółowoBazy danych i R/Bioconductor
Bazy danych i R/Bioconductor Praca z pakietem biomart Zagadnienia RStudio Oprogramowanie BioMart Pakiet biomart wprowadzenie funkcje biomart przykładowe zastosowania RStudio RStudio http://www.rstudio.com/
Bardziej szczegółowoINSTRUKCJA WYSZUKIWANIA
*Uwaga dla użytkowników katalogu OPACWWW W katalogu OPAC widoczne są wszystkie książki wprowadzane od 2004 roku oraz zbiory Mediateki wprowadzane od 2009 roku. Katalog elektroniczny zawiera cały księgozbiór
Bardziej szczegółowoUtwórz strukturę bazy
Utwórz strukturę bazy Ćwiczenie 1. Utwórz plik bazy danych - zapisz pod nazwą Wpłaty.mdb. Zaprojektuj tabelę która będzie zawierać informacje o płatnikach. Nazwij ją Płatnicy. Wprowadź pola: Nazwa pola
Bardziej szczegółowoCitiDirect BE Portal Eksport
CitiDirect BE Portal Eksport CitiService Pomoc Techniczna CitiDirect BE tel. 801 343 978, +48 22 690 15 21 poniedziałek piątek; 8:00 17:00 helpdesk.ebs@citi.com www.citihandlowy.pl Spis treści 1. Wstęp
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoSkrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 67
Spis treści 5 Budowa kwasów nukleinowych... 68 5.1 Nukleotydy... 68 5.2 Łaocuch polinukleotydowy... 71 5.3 Nić komplementarna... 71 6 Centralny dogmat Biologii Molekularnej... 74 7 Przepływ informacji
Bardziej szczegółowoI. Program II. Opis głównych funkcji programu... 19
07-12-18 Spis treści I. Program... 1 1 Panel główny... 1 2 Edycja szablonu filtrów... 3 A) Zakładka Ogólne... 4 B) Zakładka Grupy filtrów... 5 C) Zakładka Kolumny... 17 D) Zakładka Sortowanie... 18 II.
Bardziej szczegółowoANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI
ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI JOANNA SZYDA MAGDALENA FRĄSZCZAK MAGDA MIELCZAREK WSTĘP 1. Katedra Genetyki 2. Pracownia biostatystyki 3. Projekty NGS 4. Charakterystyka
Bardziej szczegółowoCENTRALNA BIBLIOTEKA STATYSTYCZNA http://statlibr.stat.gov.pl/ PRZEWODNIK PO KATALOGU KOMPUTEROWYM SYSTEM ALEPH WERSJA 22
CENTRALNA BIBLIOTEKA STATYSTYCZNA http://statlibr.stat.gov.pl/ PRZEWODNIK PO KATALOGU KOMPUTEROWYM SYSTEM ALEPH WERSJA 22 Warszawa, GRUDZEŃ 2014 Spis treści 1.WSKAZÓWKI TECHNICZNE... 2 2.ZALOGUJ... 3 3.
Bardziej szczegółowoGenerator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1
Przedmiot: Nazwa przedmiotu Nazwa testu: Bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 0 Klasa: V zaoczne WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach
Bardziej szczegółowoJest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka
Wstęp do obsługi biologicznych baz danych i analizy porównawczej białek i genów Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin Pok. 113 CB jan.jastrzebski@uwm.edu.pl bioinformatyka@gmail.com www.ebiology.net
Bardziej szczegółowoScenariusz zajęć WARSZTATY KOMPUTEROWE DLA NAUCZYCIELI. Autor: Maciej Lisak-Zbroński. 1. Grupa: Nauczyciele (uczący różnych przedmiotów)
1. Grupa: Nauczyciele (uczący różnych przedmiotów) 2. Zagadnienie: Internet jako ważne źródło informacji w pracy nauczyciela 3. Temat: Wyszukiwanie informacji w Internecie 4. Czas trwania: 2 godz. lekcyjne
Bardziej szczegółowoWykład 9: HUMAN GENOME PROJECT HUMAN GENOME PROJECT
Wykład 9: Polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP) odrębność genetyczna, która czyni każdego z nas jednostką unikatową Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej HUMAN GENOME
Bardziej szczegółowoI. Interfejs użytkownika.
Ćwiczenia z użytkowania systemu MFG/PRO 1 I. Interfejs użytkownika. MFG/PRO w wersji eb2 umożliwia wybór użytkownikowi jednego z trzech dostępnych interfejsów graficznych: a) tekstowego (wybór z menu:
Bardziej szczegółowoKrótka instrukcja instalacji Adobe Acrobat Reader
Krótka instrukcja instalacji Adobe Acrobat Reader Program Adobe Acrobat Reader jest niezbędny do otwarcia dokumentu e-faktury tp. Jeżeli nie posiadają go Państwo w swoim komputerze, należy go zainstalować.
Bardziej szczegółowoEKSPLOATACJA SYSTEMÓW TECHNICZNYCH - LAB. Wprowadzenie do zajęć
Politechnika Śląska Wydział Organizacji i Zarządzania Katedra Podstaw Systemów Technicznych EKSPLOATACJA SYSTEMÓW TECHNICZNYCH - LAB. Ćwiczenie 1 Wprowadzenie do zajęć Plan ćwiczenia 1. Zapoznanie się
Bardziej szczegółowoMiejski System Zarządzania - Katowicka Infrastruktura Informacji Przestrzennej Formy ochrony przyrody oraz gospodarka zielenią
Miejski System Zarządzania - Katowicka Infrastruktura Informacji Przestrzennej Formy ochrony przyrody oraz gospodarka zielenią Instrukcja użytkownika Historia zmian Wersja Data Kto Opis zmian 1.0 2014-10-19
Bardziej szczegółowoPolitechnika Śląska. Wydział, Automatyki, Elektroniki i Informatyki
Politechnika Śląska Wydział, Automatyki, Elektroniki i Informatyki Wybrane bazy danych adnotacji funkcjonalnych charakterystyka, opis, analiza jako struktury i powiązań. Analiza jakości oraz popularności
Bardziej szczegółowoLokalizacja genów DNA/RNA. Nukleotydy i ich łańcuchy 11/21/2013. Genom ludzki. Struktura genomu. Pirymidyny i Puryny
Genom ludzki Lokalizacja genów Cała informacja genetyczna wdna. Zawiera sekwencje kodujące i niekodujące Rozpoczęty w 1989 Pierwsza wersja w 2000 Koszt $3 mld 3*10 9 bp(base pairs) 20,000 genów 1 Struktura
Bardziej szczegółowoGENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE
GENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE Bioinformatyka, wykład 3 (21.X.2008) krzysztof_pawlowski@sggw.waw.pl tydzień temu Gen??? Biologiczne bazy danych historia Biologiczne bazy danych najważniejsze
Bardziej szczegółowoGenerator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1
Przedmiot: Bioinformatyka Nazwa testu: Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 Nr testu 0 Klasa: WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada...
Bardziej szczegółowoMiejski System Zarządzania - Katowicka Infrastruktura Informacji Przestrzennej
Miejski System Zarządzania - Katowicka Infrastruktura Informacji Przestrzennej Ochrona środowiska - sprawy Instrukcja użytkownika Historia zmian Wersja Data Kto Opis zmian 1.0 2014-10-21 Sygnity S.A Utworzenie
Bardziej szczegółowoMultiwyszukiwarka PRIMO dla KUL jak korzystać?
Multiwyszukiwarka PRIMO dla KUL jak korzystać? Multiwyszukiwarka PRIMO to jedno okienko wyszukiwawcze, za pomocą którego jest możliwość przeszukiwania: - katalogu komputerowego BU KUL - subskrybowanych
Bardziej szczegółowoPrzewodnik po serwisie INFORLEX.PL BIZNES
Przewodnik po serwisie INFORLEX.PL ...3 Nowe dokumenty w Serwisie Kalendarium...5 Wyszukiwanie tekstowe Wyniki wyszukiwania Precyzowanie wyników Sortowanie Wyszukiwanie zaawansowane Wyszukiwanie po identyfikatorze
Bardziej szczegółowoWykonawca systemu: Dr inż. Andrzej Łysko
Katedra Botaniki i Ochrony Przyrody Wydział Biologii Uniwersytetu Szczecińskiego ul. Wąska 13 71-415 Szczecin (91) 444 15 10 agnieszka.popiela@usz.edu.pl Wykonawca systemu: Dr inż. Andrzej Łysko Adresy
Bardziej szczegółowoKonspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej
Seminarium 1 część 1 Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Genom człowieka Genomem nazywamy całkowitą ilość DNA jaka
Bardziej szczegółowoKsięgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka
Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Słowo wstępne XIII Przedmowa XV 1. Bioinformatyka i Internet Andreas D. Baxevanis 1 1.1. Podstawy Internetu 2 1.2. Połączenie z Internetem
Bardziej szczegółowoArchiwum DG 2016 PL-SOFT
2 1 to kompleksowe narzędzie ochrony Twoich danych genealogicznych utworzonych w programie Drzewo genealogiczne. Aplikacja nie wymaga instalacji na komputerze i jest uruchamiana bezpośrednio z dysku USB.
Bardziej szczegółowoISBN 978-83-89244-90-1
ISBN 978-83-89244-90-1 9 788389 244901 Notka biograficzna Aleksandra Gruca jest inżynierem, bioinformatykiem. Od początku swojej pracy naukowej koncentruje się na zagadnieniach związanych z zastosowaniem
Bardziej szczegółowoZapytania do baz danych
Zapytania do baz danych 1. Korzystając z bazy kwerenda pobranej ze strony www.informatykamg.cba.pl. 2. Zobacz w tej bazie jak wyglądają relacje pomiędzy tabelami. Rys. 1 Relacje pomiędzy tabelami. 3. Tworzymy
Bardziej szczegółowoPorównywanie i dopasowywanie sekwencji
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek narodziła się nowa dyscyplina nauki ewolucja molekularna Ewolucja molekularna
Bardziej szczegółowoNawigacja po trasie wycieczki
Nawigacja po trasie wycieczki Publikacja trasy wycieczki za pomocą pliku kml. KML (Keyhole Markup Language) jest to format pliku pozwalający na wizualizację trójwymiarowych danych przestrzennych. Nawigacja
Bardziej szczegółowoWARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS
WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS KOLOKWIA; 15% KOLOKWIA-MIN; 21% WEJŚCIÓWKI; 6% WEJŚCIÓWKI-MIN; 5% EGZAMIN; 27% EGZAMIN-MIN; 26% WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS kolokwium I 12% poprawa kolokwium
Bardziej szczegółowo10/9/2013. Bioinformatyka i Biologia Obliczeniowa. BIOINFORMATYKA Co to jest i po co? Czym będziemy zajmować się na kursie: Tematyka wykładu
Bioinformatyka i Biologia Obliczeniowa Małgorzata.Kotulska@pwr.wroc.pl Instytut InŜynierii Biomedycznej i Pomiarowej D1 pok. 115 Konsultacje: czwartek: godz. 9-11 wtorek 9-11 (preferowane info emailowe
Bardziej szczegółowoKadry Optivum, Płace Optivum
Kadry Optivum, Płace Optivum Jak seryjnie przygotować wykazy absencji pracowników? W celu przygotowania pism zawierających wykazy nieobecności pracowników skorzystamy z mechanizmu Nowe wydruki seryjne.
Bardziej szczegółowoEBSCOhost Wyszukiwanie podstawowe dla Bibliotek akademickich
EBSCOhost Wyszukiwanie podstawowe dla Bibliotek akademickich Szkolenie support.ebsco.com Witamy w szkoleniu EBSCO Publishing dotyczącym Wyszukiwania podstawowego dla Bibliotek akademickich, zwięzłym przewodniku
Bardziej szczegółowoANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI
ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI Joanna Szyda Magdalena Frąszczak Magda Mielczarek WSTĘP 1. Katedra Genetyki 2. Pracownia biostatystyki 3. Projekty NGS 4. Charakterystyka
Bardziej szczegółowoKRAJOWA MAPA ZAGROŻEŃ BEZPIECZEŃSTWA INSTRUKCJA OBSŁUGI
KRAJOWA MAPA ZAGROŻEŃ BEZPIECZEŃSTWA INSTRUKCJA OBSŁUGI Aby skorzystać z możliwości zgłoszenia zagrożenia bezpieczeństwa publicznego na mapie należy wykonać następujące czynności 1. Po wpisaniu adresu
Bardziej szczegółowoINSTRUKCJA IMPORTOWANIA
ul. Bierutowska 15/8, 51-317 W rocław, Polska Tel./fax: +48 (71) 336-08-60 http:// www.astech.home.pl INSTRUKCJA IMPORTOWANIA BAZY DANYCH STEROWNIKA OSTER-2 DO ISTNIEJĄCEJ BAZY DANYCH PROGRAMU PCSCHEMATIC
Bardziej szczegółowoPamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A...
1. Zadanie (0 2 p. ) Porównaj mitozę i mejozę, wpisując do tabeli podane określenia oraz cyfry. ta sama co w komórce macierzystej, o połowę mniejsza niż w komórce macierzystej, gamety, komórki budujące
Bardziej szczegółowoSage Symfonia Sage Symfonia Start Wystawianie nieobsługiwanych w programach e-deklaracji i załączników do e-deklaracji
Sage Symfonia Sage Symfonia Start Wystawianie nieobsługiwanych w programach e-deklaracji i załączników do e-deklaracji 1 Wstęp... 2 2 Lista nieobsługiwanych e-deklaracji i załączników do e-deklaracji...
Bardziej szczegółowoSage Symfonia ERP Wystawianie nieobsługiwanych w programach e-deklaracji i załączników do e-deklaracji
Sage Symfonia ERP Wystawianie nieobsługiwanych w programach e-deklaracji i załączników do e-deklaracji 1 Wstęp... 2 2 Lista nieobsługiwanych e-deklaracji i załączników do e-deklaracji... 2 3 Procedura
Bardziej szczegółowoSkrócona instrukcja. DriveConfigurator Konfigurator produktu firmy SEW-EURODRIVE
Technika napędowa \ Automatyzacja napędów \ Integracja systemowa \ Usługi Skrócona instrukcja DriveConfigurator Konfigurator produktu firmy SEW-EURODRIVE Wydanie 11/2014 20089333/PL SEW-EURODRIVE Driving
Bardziej szczegółowoCo to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2
ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH
Bardziej szczegółowoPropozycja standaryzacji usługi lokalizacji adresu
dr inż. Waldemar Izdebski 1,2 mgr inż. Andrzej Bielasty 2 Propozycja standaryzacji usługi lokalizacji adresu Numery adresowe są jednym z najprostszych elementów danych przestrzennych. Niemniej jednak są
Bardziej szczegółowoCZĘŚĆ III OPISPRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA (OPZ)
INSTYTUT IMMUNOLOGII I TERAPII DOŚWIADCZALNEJ im. Ludwika Hirszfelda Polska Akademia Nauk ul. Rudolfa Weigla 12, 53-114 Wrocław tel. / fax. (4871) 37-09-997, http://www.iitd.pan.wroc.pl NIP: 896-000-56-96;
Bardziej szczegółowoSystem Wymiany Informacji. Instrukcja obsługi mapy
Instrukcja obsługi mapy 1.1 Mapy umożliwia wizualizację systemu gazociągów przesyłowych (SGP) za pomocą interaktywnych map. Poniżej znajduje się opis narzędzi umożliwiających sprawne poruszanie się po
Bardziej szczegółowoDWM-157. Modem USB HSPA+ Podręcznik użytkownika
DWM-157 Modem USB HSPA+ Podręcznik użytkownika Spis treści Podstawowe funkcje modemu D-Link DWM-157... 3 Połączenie z Internetem... 7 Wiadomości SMS... 7 Kontakty..... 9 Krótkie Kody (USSD)... 10 Opcje...
Bardziej szczegółowoBiblioteka Wirtualnej Nauki
Biblioteka Wirtualnej Nauki BAZA SCOPUS Scopus jest największą na świecie bibliograficzną bazą abstraktów i cytowań recenzowanej literatury naukowej, wyposażoną w narzędzia bibliometryczne do śledzenia,
Bardziej szczegółowoWellCommerce Poradnik: Sprzedaż
WellCommerce Poradnik: Sprzedaż Spis treści well W tej części poradnika poznasz funkcje WellCommerce odpowiedzialne za obsługę sprzedaży. 2 Spis treści... 2 Wstęp... 3 Logowanie do panelu administratora...
Bardziej szczegółowo