Karta modułu/przedmiotu

Transkrypt

1 Karta modułu/przedmiotu Informacje ogólne o module/przedmiocie. Poziom kształcenia: jednolite studia magisterskie 1. Kierunek studiów: analityka medyczna 3. Forma studiów: stacjonarne 4. Rok: III 5. Semestr: V i VI. Nazwa modułu/przedmiotu: diagnostyka mikrobiologiczna 7. Status modułu/przedmiotu: obowiązkowy 8. Jednostka realizująca moduł/przedmiot: Katedra i Zakład Mikrobiologii i Wirusologii 9. Prowadzący moduł/przedmiot (imię, nazwisko, adres ): dr hab. n. med. Tomasz J. Wąsik, prof. nadzw. SUM; twasik@sum.edu.pl 10. Cel kształcenia: Poznanie etiologii chorób zakaźnych. Zdobycie wiedzy teoretycznej i umiejętności praktycznych niezbędnych do prowadzenia laboratoryjnej zmierzającej do wykrycia i identyfikacji zakażeń wirusowych, bakteryjnych i grzybiczych. Analiza i interpretacja uzyskanych wyników badań, w tym badań dotyczących antybiotyko- i chemioterapii oraz oporności drobnoustrojów. Wyciągnięcie wniosków natury epidemiologicznej w placówkach ochrony zdrowia, opartych na analizie zakażeń szpitalnych i monitorowaniu patogenów alarmowych. 11. Wymagania wstępne w zakresie wiedzy, umiejętności i innych kompetencji: znajomość organizacji materii ożywionej; znajomość podstawowych procesów metabolicznych komórki; znajomość podstawowych pojęć i metod serologicznych, umiejętność zasad mikroskopowania, umiejętność posługiwania się drobnym sprzętem laboratoryjnym 1. Efekty kształcenia Numer efektu kształcenia Efekty kształcenia Student, który zaliczył moduł/przedmiot: 01 Zna morfologię, fizjologię, metabolizm, genetykę, mechanizmy chorobotwórczości oraz ogólne zasady nowoczesnej taksonomii wirusów bakterii oraz grzybów. 0 Zna zasady rodzajów drobnoustrojów oraz umie dobrać odpowiednie podłoża i metody diagnostyczne do ich identyfikacji gatunkowej 03 Zna rodzaje i charakterystykę materiałów klinicznych do badań mikrobiologicznych, szczegółowe zasady i metodykę ich pobierania, przesyłania i przechowywania oraz potrafi przeszkolić pacjenta, pielęgniarkę lub lekarza w jaki sposób właściwie pobrać materiał do badań mikrobiologicznych 04 Umie zaplanować, wykonać i badania z zastosowaniem wirusologicznej, bakteriologicznej i mykologicznej z uwzględnieniem metod: mikroskopowych, hodowlanych, Odniesienie do efektów kształcenia dla programu K_W30 K_W31 K_W31 K_U5 Odniesienie do efektów kształcenia dla obszaru M_W01 M_W03 M_W09 M_W10 M_W03 M_W05 M_W07 M_W09 M_W10 M_W03 M_W05 M_W07 M_W09 M_W10 M_U0 M_U05 M_U07 M_U08

2 biochemicznych, serologicznych, biologicznych, molekularnych 05 Zna metody oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki oraz metody wykrywania oporności drobnoustrojów stosowane w badaniach diagnostycznych. Umie je odpowiednio dobierać, zastosować i uzyskane wyniki 0 Posługuje się umiejętnie normami prawnymi polskimi i europejskimi, wytycznymi i rekomendacjami KORLD oraz EUCAST wymaganymi w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej 13. Formy zajęć w odniesieniu do efektów kształcenia K_W3 K_U M_W05 M_W07 M_W09 M_W10 M_U04 M_U05 M_U07 M_U08 Forma zajęć dydaktycznych Numer efektu ćwiczenia ćwiczenia kształcenia wykład seminarium inne e-learning laboratoryjne praktyczne 01 X X 0 X X 03 X X 04 X X 05 X X 0 X X 14. Treści programowe Forma zajęć: Wykłady Liczba godzin W1 Czynniki ryzyka chorób zakaźnych W Klasyfikacja, budowa i znaczenie bakterii W3 Przemiany metaboliczne bakterii W4 Genetyka bakterii W5 Komensala i pasożytnicza mikroflora człowieka W Mechanizmy patogenezy chorób bakteryjnych W7 Diagnostyka molekularna zakażeń bakteryjnych W8 Wirusy jako komórkowe patogeny obligatoryjne, budowa i klasyfikacja W9 Mechanizmy patogenezy chorób wirusowych W10 Epidemiologia zakażeń wirusowych W11 Wykorzystanie reakcji czynnej i biernej odpowiedzi przeciwzakaźnej w diagnostyce mikrobiologicznej W1 Czynna i bierna profilaktyka chorób zakaźnych W13 Diagnostyka efektywności antybiotyko- i chemioterapii chorób zakaźnych W14 Mechanizmy lekooporności bakterii i wirusów W15 Wykrywanie lekooporności bakterii i wirusów Łącznie Forma zajęć: ćwiczenia praktyczne C1 Organizacja pracowni mikrobiologicznej. Sterylizacja i dezynfekcja. Pojęcia: sterylizacja, sanityzacja, dezynfekcja, aseptyka, antyseptyka, skażenie, zakażenie. Metody sterylizacji i urządzenia sterylizujące. Dobór metod sterylizacji w zależności od wyjaławianego materiału. Metody kontroli urządzeń sterylizujących. Zasady kontroli jałowości materiałów wyjaławianych. Zasady 8

3 funkcjonowania centralnej sterylizatorni. Środki dezynfekcyjne podział, przykłady. Mechanizm i zakres działania środków dezynfekujących. Dezynfekcja skóry i tkanek. Higiena rąk, środki ochrony osobistej. Odpady medyczne. C Budowa komórki bakteryjnej i metody barwienia komórek bakteryjnych. Budowa i funkcja ściany komórkowej bakterii gramdodatnich i gramujemnych. Budowa i funkcje tworów wewnętrznych komórki bakteryjnej. Otoczki, rzęski, fimbrie i przetrwalniki bakteryjne. Proste i złożone metody wybarwiania komórek bakteryjnych. C3 Zasady mikroskopowania i morfologia bakterii. Rodzaje mikroskopów, zasada ich działania, zastosowanie. Wielkość bakterii, grzybów, 4 krwinek, wirusów. Kształty bakterii i ich układy przestrzenne. C4 Fizjologia i zasady hodowli drobnoustrojów. Rodzaje pożywek i ich zastosowanie. Wymogi stawiane pożywkom bakteriologicznym. Pojęcie hodowli i kolonii bakteryjnej. Hodowla czysta i mieszana. Techniki posiewów bakteriologicznych. Typy wzrostu na pożywkach, jako cecha różnicująca. C5 Zasady bakteriologicznej. Rodzaje materiałów pobieranych do badań bakteriologicznych. Zasady pobierania i przesyłania materiałów do badań. Tok badania bakteriologicznego z uwzględnieniem metod: mikroskopowych, hodowlanych, biochemicznych, serologicznych, biologicznych, molekularnych i określania lekowrażliwości C Antybiotyki i chemioterapeutyki podział na grupy, mechanizmy, sposób i spektrum działania. Mechanizmy bakteryjnej oporności na 4 antybiotyki i chemiotrapeutyki. Terapia empiryczna. Pojęcia MIC, MBC. C7 Badanie lekowrażliwości drobnoustrojów - metody jakościowe i ilościowe (krążkowo dyfuzyjna, kolejnych rozcieńczeń w bulionie lub 4 podłożu stałym, E-testów, automatyczne, molekularne). C8 Rodzaje: Staphylococcus, Micrococcus systematyka. Występowanie, morfologia, fizjologia i podział gronkowców. Wymagania wzrostowe i podłoża różnicujące. Czynniki odpowiedzialne za chorobotwórczość gronkowców (enzymy i toksyny). Chorobotwórczość gronkowców i jej uwarunkowania, nosicielstwo. Gronkowcowe zatrucia pokarmowe. Profilaktyka i zasady leczenia schorzeń gronkowcowych. Zasady gronkowców. C9 Rodzaje: Streptococcus, Enterococcus systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia paciorkowców. Wymagania wzrostowe i podłoża różnicujące. Zasady bakteriologicznej i serologicznej. Odczyn Dicków, próba Schultza-Charltona, ASO i ich interpretacja. Cechy warunkujące chorobotwórczość paciorkowców. Schorzenia wywoływane przez paciorkowcowe, powikłania, leczenie i profilaktyka. C10 Rodzaje: Treponema, Borrelia, Leptospira. - systematyka Występowanie, morfologia i fizjologia bakterii należących do w/w rodzajów. Gatunki patogenne, schorzenia, profilaktyka. Diagnostyka bakteriologiczna. Diagnostyka serologiczna kiły: odczyny klasyczne 1 (VDRL, USR), nowoczesne swoiste (odczyn immobilizacji Nelsona- Mayera), odczyny immunofluorescencyjne (FTA, FTA-ABS), odczyn OWD. C11 Rodzaj: Neisseria, Moraxella systematyka. Występowanie, morfologia

4 C1 C13 C14 C15 C1 C17 C18 C19 C0 C1 C i fizjologia. Schorzenia, diagnostyka, leczenie i profilaktyka. Rodzaj: Helicobacter i Campylobacter systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia. Schorzenia, diagnostyka, leczenie i profilaktyka. Grzyby (Candida, Cryptococcus, Trichophyton, Epidermophyton, Aspergillus, Penicillium, Mucor, Geotrichum, Fusarium, Cladosporium, Alternaria,) promieniowce (Actinomyces i Nocardia) - systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia w/w drobnoustrojów. Chorobotwórczość (grzybice powierzchniowe i głębokie) i schorzenia. Diagnostyka mikrobiologiczna i serologiczna, leczenie i profilaktyka. Rodzaj Mycobacterium - systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia prątków. Chorobotwórczość, leczenie i profilaktyka przeciwgruźlicza. Diagnostyka mikrobiologiczna prątków. Rodzaje: Corynebacterium, Listeria, Erysipelothrix Lactobacillus systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia. Chorobotwórczość i profilaktyka. Diagnostyka bakteriologiczna i serologiczna (próba Eleka, odczyn Schicka). Probiotyki otrzymywanie i zastosowanie. Laseczki tlenowe i beztlenowe (rodzaje: Bacillus, Clostridium,). Występowanie, morfologia i fizjologia. Schorzenia wywoływane przez laseczki tlenowe i beztlenowe. Charakterystyka produkowanych przez nie egzotoksyn. Diagnostyka bakteriologiczna i serologiczna schorzeń wywoływanych przez laseczki tlenowe i beztlenowe. Wykorzystanie anatoksyn w profilaktyce i leczeniu schorzeń wywołanych przez laseczki. Pałeczki gramujemne z rodziny Enterobacteriaceae - rodzaje: Escherichia, Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Salmonella, Shigella. - systematyka. Systematyka, występowanie, morfologia i fizjologia. Chorobotwórczość, leczenie i profilaktyka. Diagnostyka bakteriologiczna i serologiczna, szczepy ESBL. Pałeczki gramujemne niefermentujące: Pseudomonas, Stenotrophomonas, Acinetobacter systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia. Chorobotwórczość, leczenie i profilaktyka. Diagnostyka bakteriologiczna. Pałeczki auksotroficzne Haemophilus, Brucella, Legionella systematyka. Występowanie, morfologia i fizjologia. Chorobotwórczość, leczenie i profilaktyka. Diagnostyka bakteriologiczna Badanie aktywności preparatów bakteriobójczych i bakteriostatycznych metodą seryjnych rozcieńczeń i studzienkową. Szczepionki, surowice odpornościowe i diagnostyczne - sposoby ich pozyskiwania, podziały i zastosowanie. Kalendarz szczepień. Zakażenia układu moczowego. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia zakażeń cewki, pęcherza moczowego i miedniczek nerkowych. Badanie bakteriologiczne moczu (ilościowe i jakościowe). Interpretacja wyników badań mikrobiologicznych. Zakażenia skóry i tkanek miękkich. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia. Badanie bakteriologiczne ropy. Interpretacja wyników badań mikrobiologicznych. Zapalenie opon mózgowo rdzeniowych i mózgu. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia. Badanie mikrobiologiczne płynu mózgowo rdzeniowego. Bakteriemia i posocznica. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia. Badanie bakteriologiczne krwi. Interpretacja wyników 1 4 4

5 C3 C4 C5 C Łącznie badań mikrobiologicznych. Zakażenia przewodu pokarmowego. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia. Badanie bakteriologiczne kału. Interpretacja wyników badań mikrobiologicznych. Zakażenia górnych dróg oddechowych. Patogeneza, symptomatologia epidemiologia. Badanie bakteriologiczne wymazów z gardła i/lub nosa. Interpretacja wyników badań mikrobiologicznych. Zakażenia dolnych dróg oddechowych. Patogeneza, symptomatologia i epidemiologia. Badanie bakteriologiczne plwociny. Interpretacja wyników badań mikrobiologicznych. Zakażenia szpitalne i dochodzenie epidemiologiczne. Badanie czystości mikrobiologicznej powietrza, powierzchni płaskich i sprzętu, rąk. Badanie zjawiska nosicielstwa. Łączna liczba godzin z przedmiotu 15. Metody kształcenia Wykład 15.. Ćwiczenia praktyczne Wykład informacyjny, wykład problemowy Ćwiczenia przedmiotowe, objaśnienie, pokaz, pokaz z użyciem komputera, praca z książką 1. Sposoby weryfikacji efektów kształcenia i sposoby oceny Numer efektu kształcenia 01 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami, ocena Warunki zaliczenia 0% poprawnych odpowiedzi 0 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami, ocena 0% poprawnych odpowiedzi 03 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami, ocena 0% poprawnych odpowiedzi 04 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami, ocena 0% poprawnych odpowiedzi 05 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami, ocena 0% poprawnych odpowiedzi 0 Sprawdzian pisemny opisowy z pytaniami, ocena 0% poprawnych odpowiedzi 17. Obciążenie pracą studenta Forma aktywności Przeciętna liczba godzin na zrealizowanie aktywności udział w wykładach 30 Godziny kontaktowe z nauczycielem akademickim: udział w ćwiczeniach 10 Samodzielna praca studenta łącznie 150 przygotowanie do ćwiczeń 5 przygotowanie do repetytoriów 8 Przygotowanie do egzaminu praktycznego 0 Przygotowanie do egzaminu teoretycznego 0

6 łącznie 100 Łącznie 50 Sumaryczna liczba punktów ECTS dla przedmiotu Sumaryczne wskaźniki charakteryzujące przedmiot Liczba punktów ECTS, którą student uzyskuje na zajęciach wymagających bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich Liczba punktów ECTS, którą student uzyskuje w ramach zajęć o charakterze 4 praktycznym 19. Literatura Podstawowa 1. Heczko PB., Wróblewska M., Pietrzyk A. Mikrobiologia Lekarska, Wyd. Lek. PZWL, Warszawa 014. ISBN Szewczyk E. Diagnostyka bakteriologiczna. Wyd. Nauk. PWN, Warszawa 013. ISBN Uzupełniająca 1. Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA.: Mikrobiologia. Elsevier Urban & Partner Wrocław 011,. Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M.: Mikrobiologia lekarska, Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa 007; 3. Gladwin M., Trattler B.: Mikrobiologia kliniczna, D.W. Publishing Co., Cleveland, USA Virella G.: Mikrobiologia i choroby zakaźne, Urban & Partner, Wrocław; Przondo-Mordarska A.: Podstawowe procedury laboratoryjne w bakteriologii klinicznej, Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa, Inne przydatne informacje o module/przedmiocie 0.1. Liczebność grup 10 osób 0.. Materiały do zajęć podręczniki, zeszyt gładki, ołówek, gumka, kredki 0.3. Miejsce odbywania się zajęć Katedra i Zakład Mikrobiologii i Wirusologii Wydziału Farmaceutycznego z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach, Sosnowiec, ul. Jagiellońska 4 pok Miejsce i godzina konsultacji Katedra i Zakład Mikrobiologii i Wirusologii Wydziału Farmaceutycznego z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej w Sosnowcu Śląskiego Uniwersytetu Medycznego w Katowicach, Sosnowiec, ul. Jagiellońska 4; Poniedziałek, Inne studenci nie przynoszą na zajęcie fartucha 1. Formy oceny szczegóły Efekt Na ocenę Na ocenę 3 Na ocenę 4 Na ocenę 5 01 Nie spełnia wymagań Zna podstawy morfologii, fizjologii, metabolizmu, genetyki, chorobotwórczości oraz ogólnych zasad nowoczesnej Zna podstawy oraz potrafi omówić pojęcia z zakresu morfologii, fizjologii, metabolizmu, genetyki, chorobotwórczości Zna podstawy oraz potrafi omówić szczegółowo i pojęcia z zakresu morfologii, fizjologii, metabolizmu, genetyki,

7 0 Nie spełnia wymagań 03 Nie spełnia wymagań 04 Nie spełnia wymagań taksonomii wirusów bakterii oraz grzybów. Zna podstawowe zasad rodzajów drobnoustrojów oraz umie dobrać odpowiednie podłoża i metody diagnostyczne do ich identyfikacji gatunkowej Zna rodzaje i charakterystykę materiałów klinicznych używanych do badań mikrobiologicznych. Zna zasady i metody ich pobierania, przesyłania i przechowywania. Umie zaplanować i wykonać badania z zastosowaniem wirusologicznej, bakteriologicznej i mykologicznej z uwzględnieniem metod: mikroskopowych, hodowlanych, biochemicznych, serologicznych, biologicznych, molekularnych oraz ogólnych zasad nowoczesnej taksonomii wirusów bakterii oraz grzybów. Zna i potrafi wyjaśnić zasady rodzajów drobnoustrojów oraz umie dobrać odpowiednie podłoża i metody diagnostyczne do ich identyfikacji gatunkowej Zna rodzaje i charakterystykę materiałów klinicznych używanych do badań mikrobiologicznych. Zna szczegółowe zasady i metody ich pobierania, przesyłania i przechowywania oraz potrafi przeszkolić pacjenta, pielęgniarki lub lekarza w jaki sposób właściwie pobrać materiał do badań mikrobiologicznych Umie zaplanować, wykonać i badania z zastosowaniem wirusologicznej, bakteriologicznej i mykologicznej z uwzględnieniem metod: mikroskopowych, hodowlanych, biochemicznych, serologicznych, biologicznych, molekularnych chorobotwórczości oraz ogólnych zasad nowoczesnej taksonomii wirusów bakterii oraz grzybów Zna wszystkie powszechnie stosowane metody rodzajów drobnoustrojów oraz umie dobrać i otrzymane posiewy na odpowiednich podłożach. Umie zastosować, wykonać i omówić różne metody diagnostyczne stosowane do ich identyfikacji gatunkowej Zna rodzaje i charakterystykę materiałów klinicznych używanych do badań mikrobiologicznych. Zna szczegółowe zasady i metody ich pobierania, przesyłania i przechowywania. Umie pobrać materiał oraz potrafi przeszkolić pacjenta, pielęgniarki lub lekarza w zasadach pobierania materiału. Umie zaplanować, wykonać i badania z zastosowaniem wirusologicznej, bakteriologicznej i mykologicznej z uwzględnieniem metod: mikroskopowych, hodowlanych, biochemicznych, serologicznych, biologicznych, molekularnych. Potrafi

8 05 Nie spełnia wymagań Zna metody oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki oraz metody wykrywania oporności drobnoustrojów stosowane w badaniach diagnostycznych. Umie odpowiednio dobrać i zastosować te metody Zna metody oraz potrafi wykonać oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki oraz metody wykrywania oporności drobnoustrojów stosowane w badaniach diagnostycznych. Umie odpowiednio dobierać, zastosować i uzyskanych wyników badań wyjaśnić i omówić mechanizmy i reakcje zachodzące w stosowanych metodach Zna metody oraz potrafi omówić szczegółowo i wykonać badania oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki. Zna metody i potrafi wykonać badania wykrywania oporności drobnoustrojów. Umie odpowiednio dobierać, zastosować i uzyskanych wyników badań. Potrafi wyjaśnić i omówić mechanizmy i reakcje zachodzące w stosowanych metodach. 0 Nie spełnia wymagań Posługuje się normami prawnymi polskimi i europejskimi, wytycznymi i rekomendacjami KORLD oraz EUCAST wymaganymi w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej Posługuje się umiejętnie oraz potrafi dobrać i zastosować odpowiednie normy prawne polskie i europejskie oraz wytyczne i rekomendacje KORLD oraz EUCAST wymagane w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej Posługuje się umiejętnie oraz potrafi dobrać, zastosować i normy prawne polskie i europejskie, oraz wytyczne i rekomendacje KORLD oraz EUCAST wymagane w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej. * ocena celująca wiedza i umiejętności wykraczają poza wymagania określone dla oceny 5 bardzo dobry