Transkrypt

1 Punktacja za publikacjê naukow¹ wg MNiSW: (2010) Index Copernicus ICV = 9,00 (2009) Impact Factor ISI = 0,108 (2010)

2 RADA REDAKCYJNA JACEK BIELECKI (Uniwersytet Warszawski), RYSZARD CHRÓST (Uniwersytet Warszawski), JERZY D UGOÑSKI (Uniwersytet ódzki), DANUTA DZIER ANOWSKA (Centrum Zdrowia Dziecka), EUGENIA GOSPODAREK (Collegium Medicum UMK w Bydgoszczy), JERZY HREBENDA (Uniwersytet Warszawski), WALERIA HRYNIEWICZ (Narodowy Instytut Leków), MAREK JAKÓBISIAK (Warszawski Uniwersytet Medyczny), ANDRZEJ PASZEWSKI (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN), ANDRZEJ PIEKAROWICZ (Uniwersytet Warszawski), ANTONI RÓ ALSKI (Uniwersytet ódzki), ALEKSANDRA SK ODOWSKA (Uniwersytet Warszawski), BOHDAN STAROŒCIAK (Warszawski Uniwersytet Medyczny), BOGUS AW SZEWCZYK (Uniwersytet Gdañski), EL BIETA TRAFNY (Wojskowy Instytut Higieny i Epidemiologii), STANIS AWA TYLEWSKA-WIERZBANOWSKA (Pañstwowy Zak³ad Higieny), GRZEGORZ WÊGRZYN (Uniwersytet Gdañski), PIOTR ZIELENKIEWICZ (Uniwersytet Warszawski) REDAKCJA JERZY HREBENDA (redaktor naczelny), JACEK BIELECKI (zastêpca), BOHDAN STAROŒCIAK (sekretarz), MARTA BRZÓSTKOWSKA (korekta tekstów angielskich) Adresy redakcji Redaktorzy: Instytut Mikrobiologii, Wydzia³ Biologii, Uniwersytet Warszawski ul. Miecznikowa 1, Warszawa, tel. (22) /304, fax (22) j.hrebenda@biol.uw.edu.pl; jbielecki@biol.uw.edu.pl Sekretarz Zak³ad Mikrobiologii Farmaceutycznej, Warszawski Uniwersytet Medyczny ul. Oczki 3 (parter), Warszawa, tel. (22) , (22) zmf@wum.edu.pl PUBLIKACJE METODYCZNE I STANDARDY Redaktor odpowiedzialny: STEFANIA GIEDRYS-KALEMBA (Pomorska Akademia Medyczna w Szczecinie) Adres Redaktora dzia³u Publikacje Metodyczne i Standardy Katedra i Zak³ad Mikrobiologii i Immunologii Pomorskiej Akademii Medycznej, Al. Powstañców Wlkp. 72, Szczecin, tel./fax: (91) , 52, lub fax: (91) , kalemba@mp.pl lub kalemba@sci.pam.szczecin.pl Stali recenzenci: JERZY D UGOÑSKI (Uniwersytet ódzki), WALERIA HRYNIEWICZ (Narodowy Instytut Leków), JÓZEF KUR (Politechnika Gdañska), EUGENIUSZ MA AFIEJ (Instytut Centrum Zdrowia Matki Polki), ANNA PRZONDO-MORDARSKA (Akademia Medyczna we Wroc³awiu) CZASOPISMO WYDAWANE Z FINANSOW POMOC MINISTERSTWA NAUKI I SZKOLNICTWA WY SZEGO ISBN Informacja o zdjêciu na ok³adce: Komórki Bacillus subtilis (BR-1-S) wnikaj¹ce do komórki linii Int 407 Fotografia: J. Wiœniewski Zak³ad Mikrobiologii Stosowanej Instytut Mikrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego POLSKIE TOWARZYSTWO MIKROBIOLOGÓW Nak³ad egz., Objêtoœæ 10 arkuszy wyd., Papier offser 80 g Sk³ad i druk: Zak³ad Wyd. Letter Quality, tel , , letter.quality@neostrada.pl; projekt ok³adki: Jerzy Grzegorkiewicz

3 POST. MIKROBIOL., 2011, 50, 1, ZASTOSOWANIE WEKTORÓW BAKTERYJNYCH W BIOLOGII MOLEKULARNEJ I W MEDYCYNIE Ma³gorzata Joanna Staworzyñska 1, Rados³aw Stachowiak 1 *, Jacek Bielecki 1 1 Zak³ad Mikrobiologii Stosowanej, Instytut Mikrobiologii, Wydzia³ Biologii UW ul. Miecznikowa 1, Warszawa Wp³ynê³o w listopadzie 2010 r. 1. Wprowadzenie. 2. Zastosowania wektorów bakteryjnych Wektory jako podstawowe narzêdzie do klonowania Klasyczne wektory Wektory komercyjne, nowe strategie Wektory s³u ¹ce do przenoszenia genów miêdzy organizmami Transport genów do komórek eukariotycznych Wektory ekspresyjne Nadprodukcja bia³ek Cechy, które powinien spe³niaæ wektor ekspresyjny Przyk³ady wektorów ekspresyjnych Produkcja insuliny Produkcja szczepionek nowej generacji Wektory nios¹ce geny reporterowe. 3. Podsumowanie Applications of bacterial vectors in molecular biology and medicine Abstract: Bacterial vectors are DNA molecules, that are the basic tool of genetic engineering. They are used as vehicles to transfer and multiply foreign DNA in a target organism. They allow to process genetic modifications in organisms by transfer of genes from one organism to another. Scientists use bacterial vectors to produce proteins, as well as for various types of biological research. The most important criteria to be fulfilled by vectors are: the possibility of autonomous replication within the host cell, posession of selection markers and multiple restriction enzyme site (cloning site), that allow to insert the DNA fragment. Today it is technically possible to construct vectors containing many different properties such as: type of host range, size of DNA fragment that can be inserted into a vector, number of vector copies in the target cell and many types of marker genes that allow to differ between recombinated and not recombinated cells. The most commonly used vectors are plasmids. 1. Introduction. 2. Applications of bacterial vectors Vectors as basic tool for DNA cloning Convential vectors Commercial vectors, new strategies Vectors as a tool for gene transfer between organisms Gene transfer to eucaryotic cells Expression vectors Protein overexpression Properties of a succesfull expression vector Examples for expression vectors Production of insulin Production of new generation vaccines Vectors with reporter genes. 3. Summary S³owa kluczowe: klonowanie, nadprodukcja bia³ek, wektor bakteryjny Key words: cloning, protein overproduction, bacterial vectors 1. Wprowadzenie Stosowanymi w biotechnologii wektorami s¹ ró - nego rodzaju noœniki DNA, które wykorzystuje siê w celu klonowania genów i ich wprowadzania do komórek drobnoustrojów gospodarzy [24]. Je eli uda³oby siê wprowadziæ do komórki dowolnego organizmu niczym niechroniony fragment DNA, to wkrótce zosta³by on strawiony do pojedynczych nukleotydów. Natomiast wektory pozwalaj¹ nie tylko na wprowadzenie fragmentu DNA, ale maj¹ równie zdolnoœæ do autonomicznej replikacji w danym typie komórek i dziêki temu zapewniaj¹ powielanie wprowadzonego fragmentu DNA oraz umo liwiaj¹ ekspresjê genów w nim zawartych [48]. Do czasów opracowania metod in ynierii genetycznej pewne manipulacje polegaj¹ce na wyodrêbnianiu genów i ich przenoszeniu z jednej komórki do drugiej mia³y bardzo ograniczony zasiêg. Eksperymenty wykonywano jedynie na bakteriach, wykorzystuj¹c bakteriofagi i metodê transdukcji. Dopiero wprowadzenie metody rekombinacji i klonowania DNA pozwoli³o na przenoszenie materia³u genetycznego na wiêksz¹ skalê. G³ówne etapy takiego doœwiadczenia, przedstawiono na rys. 1. Polegaj¹ one na wyizolowaniu fragmentu DNA, który ma zostaæ sklonowany, pofragmentowaniu DNA przy u yciu enzymów restrykcyjnych, po³¹czeniu fragmentów DNA z wektorem za pomoc¹ ligazy i wprowadzaniu cz¹steczek rekombinowanego DNA do komórek, w których ulegaj¹ one powieleniu [48]. Nastêpnie przeprowadza siê selekcjê klonów komórek zawieraj¹cych zrekombinowany DNA, aby mo na praktycznie wykorzystywaæ w ten sposób otrzymane klony. Do klonowania stosuje siê g³ównie dwa rodzaje wektorów: plazmidowe (pochodzenia bakteryjnego) i pochodzenia wirusowego. W tej pracy skoncentrowano siê g³ównie na wektorach pochodzenia bakteryjnego. We wspó³czesnej biotechnologii rekombinowane szczepy drobnoustrojów wykorzystywane s¹ bardzo * Autor korespondencyjny: Zak³ad Mikrobiologii Stosowanej, Instytut Mikrobiologii, Wydzia³ Biologii UW; ul. Miecznikowa 1, Warszawa; tel ; radeks@biol.uw.edu.pl

4 4 ZASTOSOWANIE WEKTORÓW BAKTERYJNYCH W BIOLOGII MOLEKULARNEJ I W MEDYCYNIE Rys. 1. Ogólny schemat klonowania Wektor zawiera miejsce inicjacji replikacji (ori), marker selekcyjny (np. gen opornoœci na antybiotyk) oraz miejsce MCS (multiple cloning site), które jest sekwencj¹ DNA zawieraj¹c¹ wiele miejsc rozpoznawanych przez enzymy restrykcyjne. Zarówno wektor oraz klonowany fragment DNA trawione s¹ odpowiednimi enzymami restrykcyjnymi (symbol no yczek na rysunku), które pozostawiaj¹ kompatybilne koñce. Nastêpnie przeprowadzana jest ligacja obu fragmentów. czêsto jako narzêdzia produkcyjne. Znajduj¹ one zastosowania w laboratoriach gdzie mog¹ byæ u ywane w celu poznawania funkcji genów lub bia³ek ró nych organizmów. W medycynie szczególnie wa nym osi¹gniêciem jest wykorzystywanie szczepów rekombinowanych do biosyntezy bia³ek lub hormonów ludzkich, które maj¹ du e znaczenie terapeutyczne. Coraz czêœciej s³yszy siê te o wykorzystywaniu technik rekombinacji DNA do otrzymywania rekombinowanych szczepionek, które stosuje siê do szczepieñ ochronnych ludzi i zwierz¹t [24]. Aby wektor by³ u yteczny, powinien spe³niæ kilka podstawowych warunków. Musi byæ zdolny do autonomicznej replikacji w swoistym gospodarzu i posiadaæ miejsca restrykcyjne umo liwiaj¹ce odpowiednie wstawienie fragmentu DNA. Wektor powinien równie nieœæ gen markerowy pozwalaj¹cy na selekcjê, czyli odró nienie komórek gospodarza, które pobra³y zrekombinowany wektor, od tych, które go nie pobra³y [20]. Obecnie dysponujemy du ¹ gam¹ wektorów o ró - nych cechach, takich jak zakres gospodarza, wielkoœæ fragmentu DNA (który mo e byæ niesiony przez wektor), liczba kopii plazmidu, miejsca rozpoznawane przez enzymy restrykcyjne, iloœæ i typ genów markerowych [20]. Ze wzglêdu na rodzaj gospodarza mo na podzieliæ wektory miêdzy innymi na bakteryjne, grzybowe, komórek ssaków, komórek roœlinnych, komórek owadzich [24]. Wektory mo emy te opisywaæ ze wzglêdu na funkcjê, jak¹ spe³niaj¹ w komórkach gospodarza, na przyk³ad wektory ogólnego stosowania do klonowania genów (np. pbr322, puc), wektory u³atwiaj¹ce sklonowanie produktów reakcji PCR ³añcuchowa reakcja polimerazy; polymerase chain reaction (np. pdrive, TOPO wektory), wektory ekspresyjne do efektywnej syntezy bia³ka (np. seria pgem), wektory umo liwiaj¹ce produkcjê bia³ek ludzkich (np. zawieraj¹ce gen insuliny). W niniejszej pracy przedstawiono podstawowe w³aœciwoœci wektorów bakteryjnych oraz mo liwoœci, jakie daje ich zastosowanie. Opisano zarówno wektory klasyczne, które jako pierwsze stosowane by³y w biotechnologii, jak i najnowsze wektory znajduj¹ce obecnie zastosowanie w ró nych dziedzinach. Wymienione s¹ równie cechy, jakie powinien spe³niaæ wektor ekspresyjny oraz pokrótce przedstawiono wykorzystanie wektorów bakteryjnych nios¹cych geny reporterowe, umo liwiaj¹ce prost¹ obserwacjê ekspresji innych genów w komórce. 2. Zastosowania wektorów bakteryjnych 2.1. Wektory jako podstawowe narzêdzie do klonowania Podstawowym zastosowaniem wektorów bakteryjnych jest u ycie ich jako narzêdzi do klonowania. Pomys³ takiego zastosowania powsta³ wkrótce po tym jak odkryto istnienie bia³ek przecinaj¹cych DNA w specyficznych miejscach nazywanych enzymami restrykcyjnymi. Enzymy restrykcyjne rozcinaj¹ d³ugie cz¹steczki DNA na specyficzne fragmenty, którymi mo na ³atwo manipulowaæ. Drugim niezbêdnym narzêdziem w laboratorium biologicznym s¹ ligazy, czyli enzymy pozwalaj¹ce na ³¹czenie fragmentów nici DNA. Ligazy katalizuj¹ tworzenie wi¹zañ fosfodiestrowych w obszarach zerwania nici DNA przy wykorzystaniu energii ATP lub NAD +. Zastosowanie enzymów restrykcyjnych oraz ligaz DNA umo liwia wycinanie fragmentów DNA, a nastêpnie ich ligacjê z DNA noœnikowym, czyli wektorem oraz póÿniejszy transfer tak zrekombinowanego DNA do komórek bakteryjnych, gdzie mo na tworzyæ ich setki tysiêcy kopii, klonów. To z kolei umo liwia izolacjê sklonowanych fragmentów DNA na du ¹ skalê. Du e iloœci specyficznych sekwencji DNA mog¹ byæ nastêpnie wykorzystywane do ró nych celów izolacji genów, analizy ich organizacji i ekspresji, odczytania sekwencji nukleotydowej [2].

5 MA GORZATA JOANNA STAWORZYÑSKA, RADOS AW STACHOWIAK, JACEK BIELECKI 5 Mo liwoœæ wyizolowania i sklonowania specyficznych fragmentów DNA otworzy³a nowy rozdzia³ w medycynie genetycznej, biologii molekularnej i komórkowej oraz w biochemii. Sklonowanie wybranego fragmentu DNA umo liwi³o szukanie mutacji i polimorfizmów zwi¹zanych z dan¹ chorob¹, identyfikowanie ekspresji genów w wybranych tkankach oraz warunków ekspresji genów [28]. Z biegiem czasu stworzono bardzo wiele wektorów s³u ¹cych do klonowania, które staj¹ siê coraz bardziej wyspecjalizowane, s¹ zdolne do przenoszenia coraz wiêkszych fragmentów DNA i umo liwiaj¹ przeprowadzanie skomplikowanych badañ [20] Klasyczne wektory Wektor pbr322. Jednym z pierwszych najlepiej poznanych i czêsto wykorzystywanych wektorów bakteryjnych by³ plazmid pbr322 (rys. 2). Jest to ma³y plazmid (4366 pz), który zosta³ skonstruowany przez Bolivara i Rodrigueza w 1976 roku. Mo na do niego wstawiaæ fragmenty DNA do 10 kpz [10]. Zawiera on miejsce inicjacji replikacji origin of replication pozwalaj¹ce na replikacjê w jedynym gospodarzu Escherichia coli. pbr322 jest stabilnym plazmidem, normalnie wystêpuj¹cym w iloœci kopii na komórkê (po dodaniu do pod³o a chloramfenikolu liczba kopii mo e wzrosn¹æ nawet do ). Zawiera dwa geny opornoœci: na ampicylinê (w obrêbie genu $-laktamazy) i tetracyklinê. W obrêbie genu tetracykliny znajduj¹ siê miejsca restrykcyjne BamHI, HindIII, i SalI, natomiast w obrêbie genu opornoœci na ampicylinê miejsce restrykcyjne PstI. Oprócz tego Rys. 2. Mapa plazmidu pbr322 Zaznaczono: rep replikon pozwalaj¹cy na replikacjê plamidu (z plazmidu pmb1), rop fragment koduj¹cy bia³ko Rop, amp gen $-laktamazy nios¹cy opornoœæ na ampicylinê, tet gen opornoœci na tetracyklinê. plazmid pbr322 zawiera te miejsce restrykcyjne EcoRI, poza rejonem koduj¹cego DNA [10]. Plazmid pbr322 sta³ siê prekursorem wielu nowszych, coraz bardziej doskonalszych wektorów. Udoskonalone zosta³y miêdzy innymi metody selekcji klonów zawieraj¹cych zrekombinowany DNA, dodano nowe miejsca umo liwiaj¹ce klonowanie (MCS multiple cloning site), zwiêkszono liczbê kopii plazmidów w komórce oraz skonstruowano wektory wielofunkcyjne, s³u ¹ce do szczegó³owej analizy genów [21]. Wektor puc. Przyk³adami takich ulepszonych plazmidów s¹ plazmidy puc18 i puc19. Wektory te ró - ni¹ siê od siebie jedynie odwrotn¹ orientacj¹ polilinkera w genie lacz [24]. Zosta³y one skonstruowane na Uniwersytecie w Kalifornii przez naukowców Messinga i Vieira. Przy ich konstrukcji oparto siê o plazmid pbr322 i maj¹ one 40% wspólnego z nim DNA. S¹ to ma³e plazmidy o wielkoœci 2686 pz, nios¹ce gen opornoœci na ampicylinê oraz N-koñcowy fragment genu lacz. Miejsce inicjacji replikacji w plazmidach puc pochodzi, tak jak w przypadku plazmidu pbr322, z plazmidu pmb1 (rep pmb1). W plazmidach puc obecna jest jednak pojedyncza mutacja punktowa w miejscu inicjacji replikacji oraz brak jest genu rop. To powoduje, e plazmidy puc wystêpuj¹ w wiêkszej liczbie kopii na komórkê (do 500 kopii) ni plazmid pbr322. Ich zalet¹ w stosunku do pbr322 jest równie to, e zawieraj¹ polilinker, w którym znajduj¹ siê sekwencje rozpoznawane przez wiele enzymów restrykcyjnych [20]. Kolejn¹ zalet¹ tych plazmidów jest prostszy sposób selekcji komórek zawieraj¹cych zrekombinowane DNA. Kolonie komórek zawieraj¹cych plazmid puc z dodatkowo wstawionym DNA bêd¹ mia³y bowiem inny kolor, od tych które zawieraj¹ sam, niezmieniony plazmid puc (selekcja na bia³oniebieskie kolonie). Bezpoœrednia selekcja pozytywnych rekombinantów jest mo liwa dziêki zjawisku "-komplementacji. W tego typu doœwiadczeniach stosuje siê szczepy bakteryjne, posiadaj¹ce pojedyncz¹ delecjê w genie lacz (mutacja we fragmencie lacz") kodowanym na chromosomie bakteryjnym. Takie szczepy (np. DH5a) produkuj¹ jedynie defektywn¹ formê enzymu $-galaktozydazy. Stosuj¹c plazmidy zawieraj¹ce fragment tego genu (lacz") nastêpuje komplementacja mutacji na chromosomie, powstaje aktywna forma $-galaktozydazy z podjednostki LacZS kodowanej na chromosomie oraz LacZ" kodowanej na plazmidzie. Aby zaobserwowanie tego zjawiska by³o mo liwe, komórki wysiewa siê na pod³o e zawieraj¹ce induktor IPTG (izopropylo-$-tiogalaktopiranozyd) umo liwiaj¹cy transkrypcjê genu lacz, oraz chromogenny substrat dla $-galaktozydazy zwi¹zek X-Gal (5-bromo-4-chloro-3-indolylo-$-D-galaktopiranozyd). Kolonie komórek zawieraj¹ce plazmid z nieprzerwanym

6 6 ZASTOSOWANIE WEKTORÓW BAKTERYJNYCH W BIOLOGII MOLEKULARNEJ I W MEDYCYNIE Rys. 3. Mapa plazmidu pdrive firmy Qiagen Zaznaczono geny: kan opornoœci na kanamycynê, amp gen lacz nios¹cy opornoœæ na ampicylinê, miejsce inicjacji replikacji oraz promotory T7 i SP6. Na rysunku zaznaczono równie miejsce do klonowania, które jest przerwane, a jego sekwencja na koñcu 3 zawiera uracyl (U), co pozwala na bezpoœrednie u ycie produktów reakcji PCR (reakcja PCR z polimeraz¹ Taq) do ligacji z wektorem. fragmentem genu lacz (lacz") s¹ zdolne do komplementacji i wytwarzaj¹ $-galaktozydazê, która powoduje rozszczepienie X-gal, przez co na pod³o u selekcyjnym komórki bêd¹ zabarwione na niebiesko. Wstawienie fragmentu DNA w miejsce MCS powoduje przerwanie genu lacz", komórki na pod³o u selekcyjnym bêd¹ wówczas bia³e, poniewa nie powstanie funkcjonalna $-galaktozydaza. Natomiast gen opornoœci na ampicylinê jest markerem pozwalaj¹cym na ³atw¹ selekcjê bakterii zawieraj¹cych zarówno plazmid zrekombinowany jak i niezrekombinowany [24, 32] Wektory komercyjne, nowe strategie warunek jest polimeraza Taq, wyizolowana z bakterii Thermus aquaticus [29]. Nie mo na stosowaæ natomiast polimeraz takich jak np. polimeraza Pfu z Pyrococcus furiosus, która nie dodaje dodatkowej adenozyny. Wektor pdrive ma formê liniow¹ i na jego koñcach wystêpuje uracyl komplementarny do adenozyny znajduj¹cej siê na zewnêtrznych fragmentach produktów po reakcji PCR z wykorzystaniem polimerazy Taq. Konstrukcja wektora znacznie upraszcza procedurê klonowania, poniewa wektor pdrive jest ju przygotowany do bezpoœredniego zastosowania w reakcji ligacji z produktem reakcji PCR. Wektor pdrive niesie gen opornoœci na kanamycynê i ampicylinê. Prost¹ selekcjê umo liwia gen lacz (selekcja na bia³o-niebieskie kolonie) [57]. Wektory pgem T i pgem T easy. Wektory pgem T (rys. 4) i pgem T easy s¹ wektorami o zastosowaniu podobnym do zastosowania wektorów pdrive. S¹ równie narzêdziami u³atwiaj¹cymi pracê przy klonowaniu produktów reakcji PCR. Oba wektory wystêpuj¹ w formie zlinearyzowanej, a na swoich koñcach maj¹ do³¹czon¹ tyminê, która poprawia wydajnoœæ ligacji produktu PCR z wektorem. W ten sposób zapobiega siê recyrkulizacji wektora i zapewnia kompatybilne sekwencje dla produktu PCR namno onego odpowiednimi, termostabilnymi polimerazami, które na koñcach 3 produktu PCR dodaj¹ pojedyncz¹ adeninê. Wektory te wystêpuj¹ w komórce w du ej liczbie kopii [56]. Wektory TOPO. Kolejnym wektorem u³atwiaj¹cym pracê w laboratorium jest miêdzy innymi wektor zawieraj¹cy enzym topoizomerazê I (produkowany jest Obecnie wektory do klonowania czêsto tworzone s¹ w laboratoriach ró nych firm komercyjnych. S¹ to wektory skonstruowane tak by w maksymalnym stopniu u³atwiæ i przyspieszyæ pracê w laboratorium, s¹ tworzone do konkretnych zastosowañ, jak na przyk³ad wektory do szybkiego klonowania produktów reakcji PCR. Przyk³adami takich wektorów analizowanymi w pracy s¹ wektory pdrive, pgem T i pgem T easy oraz wektory z topoizomeraz¹. Wektor pdrive. Wektor pdrive (rys. 3) pozwala na szybkie wykorzystanie produktów reakcji PCR. Fakt, e na koñcach niektórych produktów reakcji PCR pozostawiona jest adenozyna, pozwoli³ na skonstruowanie wektora, który z wysok¹ specyficznoœci¹ hybrydyzuje z produktami PCR. Do reakcji PCR konieczne jest wówczas zastosowanie odpowiedniej polimerazy, która na koñcach nowosyntetyzowanych nici do³¹cz¹ dodatkow¹ zasadê adenozynê. Polimeraz¹, która spe³nia ten Rys. 4. Mapa wektora pgem T firmy Promega Zaznaczono geny: amp opornoœci na ampicylinê, origin replikacji, lacz oraz promotory T7 i SP6. Zaznaczono równie miejsce do klonowania, które jest przerwane, a jego sekwencja na koñcu 3 zawiera tymidynê (T), co pozwala na szybk¹ ligacjê odpowiednich produktów po reakcji PCR z wektorem.

7 MA GORZATA JOANNA STAWORZYÑSKA, RADOS AW STACHOWIAK, JACEK BIELECKI 7 Rys. 5. Zastosowanie wektora TOPO TA w procesie klonowania Wektor TOPO TA jest zlinearyzowany, a na obu koñcach do reszty 3 fosforanowej (oznaczenie P na rysunku) ma do³¹czon¹ topoizomerazê I (TOPO). Topoizomeraza I rozpoznaje specyficzn¹ sekwencjê DNA (miejsca oznaczone *) i pozwala na po³¹czenie wektora TOPO TA z produktem PCR o lepkich koñcach (A na rysunku oznacza dodatkow¹ adenozynê), amplifikowanym polimeraz¹ Taq. Po ligacji topoizomeraza I uwalnia DNA, a wektor TOPO TA zawiera wstawiony produkt PCR. przez firmê Invitrogen pod nazw¹ TOPO vector). Wektor ten jest zlinearyzowany, a na obu koñcach do reszty 3 fosforanowej ma do³¹czon¹ wi¹zaniem kowalencyjnym topoizomerazê I. Biologiczn¹ funkcj¹ topoizomerazy I jest nacinanie oraz ponowne ³¹czenie DNA podczas procesu replikacji. Topoizomeraza I wykorzystywana w TOPO wektorach pochodzi z wirusa ospy krowiej vaccina virus. Enzym ten rozpoznaje sekwencjê 5 (C/T)CCTT 3 i tworzy wi¹zanie kowalencyjne z grupami fosforanowymi do³¹czonymi do 3 tyminy. Nacina jedn¹ z nici DNA, pozwalaj¹c na rozwiniêcie DNA. Nastêpnie enzym religuje koñce rozciêtych nici i uwalnia DNA. Forma liniowa wektorów TOPO pozwala na proste przeprowadzenie ligacji wektora z kompatybilnymi koñcami produktu PCR. Produkt PCR mo e byæ amplifikowany zarówno z u yciem polimerazy Taq (rys. 5), zostawiaj¹cej lepkie koñce (dodatkowa adenozyna), jak i polimeraz zostawiaj¹cych têpe koñce (rys. 6). Ligacja nastêpuje w zaledwie po 5 minutach, w temperaturze pokojowej [53]. Wektory BAC. Wektory zwane BAC (bacterial artificial chromosomes) czyli sztuczne chromosomy bakteryjne s¹ bakteryjnymi systemami do klonowania, których g³ówn¹ zalet¹ jest mo liwoœæ klonowania na nich du ych fragmentów obcego DNA (do 300 kpz). Znakomicie nadaj¹ siê do tworzenia bibliotek genomowych, pozwalaj¹ na zawarcie ca³ego genomu danego organizmu w stosunkowo niewielkiej liczbie klonów. Skonstruowane s¹ one na bazie wektora plazmidowego F wystêpuj¹cego powszechnie u E. coli. Czynnik F u E. coli determinuje p³eæ bakterii, jest plazmidem o wielkoœci oko³o 100 kpz, który koduje ponad 60 bia- ³ek [48]. Wektor BAC ma wielkoœæ 7,5 kpz i z genów, które wystêpowa³y pierwotnie na wyjœciowym plazmidzie, zawiera miêdzy innymi geny para i parb odpowiedzialne za replikacjê. Replikacja czynnika F podlega œcis³ej kontroli systemów reguluj¹cych E. coli i w wektorze BAC zapewnia to utrzymywanie jego niskiej liczby kopii. To pozwala na stabilne utrzymywanie du ych insertów DNA oraz obni a ryzyko rekombinacji miêdzy fragmentami DNA niesionymi przez wektor. Geny para i parb s¹ odpowiedzialne za prawid³ow¹ segregacjê plazmidów do komórek potomnych. Uniemo liwiaj¹ one wspó³wystêpowanie systemów BAC w pojedynczej komórce, co jest zalet¹ w porównaniu do wektorów dro d owych YAC (yeast artificial chromosome; sztuczne chromosomy dro d owe) [40]. Rys. 6. Zastosowanie wektora Zero Blunt TOPO w procesie klonowania Wektor Zero Blunt TOPO jest zlinearyzowany, a na obu koñcach do reszty 3 fosforanowej (oznaczenie P na rysunku) ma do³¹czon¹ topoizomerazê I (TOPO). Topoizomeraza I rozpoznaje specyficzn¹ sekwencjê DNA (miejsca oznaczone *) i pozwala na po³¹czenie wektora Zero Blunt TOPO z produktem PCR o têpych koñcach. Po ligacji topoizomeraza I uwalnia DNA, a wektor Zero Blunt TOPO zawiera wstawiony produkt PCR.

8 8 ZASTOSOWANIE WEKTORÓW BAKTERYJNYCH W BIOLOGII MOLEKULARNEJ I W MEDYCYNIE 2.2. Wektory s³u ¹ce do przenoszenia genów miêdzy organizmami Wa nym zastosowaniem wektorów bakteryjnych jest wykorzystanie ich do przenoszenia genów miêdzy ró nymi organizmami, równie takimi, które nie s¹ ze sob¹ spokrewnione. Wektory umo liwiaj¹ce przenoszenie DNA w ten sposób nazywane s¹ wektorami wahad³owymi. Zawieraj¹ one systemy replikacyjne pozwalaj¹ce im na replikacjê w dwóch ró nych organizmach. W ten sposób mo na je przenosiæ miêdzy tymi organizmami bez potrzeby jakiejkolwiek modyfikacji wektora. Jako przyk³ady mo na wymieniæ miêdzy innymi wektory maj¹ce zdolnoœæ replikacji w E. coli i Bacillus subtilis, w E. coli i dro d ach, w E. coli i komórkach ssaków oraz wiele innych [25]. Najwa niejszymi cechami wektorów s³u ¹cych do przenoszenia genów miêdzy organizmami jest oprócz posiadania miejsca inicjacji replikacji dla obu gospodarzy, posiadanie markerów selekcyjnych, dziêki którym mo na przeprowadziæ selekcjê zarówno w jednym jak i w drugim gospodarzu. Aby osi¹gn¹æ stabilne utrzymywanie siê i ekspresjê genów w danym organizmie b¹dÿ tkance stworzono wektory integracyjne. Wystêpuj¹ one w bardzo niskiej liczbie kopii (na ogó³ jedna kopia) na komórkê [25]. Wektory te zawieraj¹ sekwencje rekombinacyjne, homologiczne do sekwencji w chromosomie gospodarza, które umo liwiaj¹ integracjê w odpowiednim miejscu w chromosomie Transport genów do komórek eukariotycznych Czêsto zachodzi potrzeba wykorzystania wektorów nie tylko w celu ekspresji genów w ró nych komórkach bakteryjnych, lecz równie w komórkach eukariotycznych. Wektory bakteryjne na przyk³ad w postaci plazmidu s¹ wtedy noœnikami fragmentu DNA, który ma zostaæ umieszczony w komórce eukariotycznej. Istnieje jednak równie potrzeba u ycia kolejnego wektora, który pozwoli na dostarczenie plazmidu do komórki. W tym celu wykorzystywane s¹ zazwyczaj komórki bakteryjne takie jak Listeria monocytogenes lub E. coli z wklonowanymi genami pochodz¹cymi od bakterii z rodzaju Listeria lub Yersinia. Dziêki takim systemom mo na dostarczyæ do komórek eukariotycznych bia³ka [14] lub DNA [11], które mog¹ równie pe³niæ funkcjê indukowania odpowiedzi immunologicznej organizmu (szczepionki nowej generacji) [8]. D i e t r i c h i wsp. [7] przedstawiaj¹ wykorzystanie atenuownego szczepu bakterii L. monocytogenes w celu dostarczenia przez wektor bakteryjny genu koduj¹cego antygen do cytozolu makrofagów. Gen lizyny faga L. monocytogenes znajduje siê pod kontrol¹ promotora genu acta, dziêki czemu po wnikniêciu do cytozolu makrofagów komórki bakteryjne s¹ lizowane. Umo liwia to uwolnienie plazmidów wektorów ekspresyjnych, które znajdowa³y siê w cytoplazmie komórek L. monocytogenes. Plazmidy ulegaj¹ ekspresji w j¹drze makrofagów, a jest to mo liwe, poniewa zawieraj¹ eukariotyczne promotory. W ten sposób uzyskano efektywn¹ ekspresjê wklonowanych genów reporterowych oraz prezentacjê antygenu. Podobne zastosowania s¹ opisane w pracy S p r e n g a i wsp. [41], gdzie prezentowane s¹ dwa systemy pozwalaj¹ce na dostarczenie rekombinowanych bia³ek lub DNA do komórek eukariotycznych. Jeden z nich wykorzystuje atenuowane szczepy bakterii gramujemnych, które umo liwiaj¹ sekrecjê heterologicznych antygenów przez system sekrecji hemolizyny z E. coli. Drugi system opiera siê na opisanym powy ej wykorzystaniu bakterii L. monocytogenes pozwalaj¹cym na dostarczenie wektora ekspresyjnego do cytoplazmy komórek prezentuj¹cych antygen, takich jak makrofagi. Ciekawym przyk³adem wykorzystania metody in- ynierii genetycznej jest indukowanie komórkowej odpowiedzi immunologicznej w komórkach ssaków lub projektowanie szczepionek przeciw patogenom wewn¹trzkomórkowym. H i g g i n s i wsp. [14] opisuj¹ wykorzystanie bakterii E. coli produkuj¹cej cytoplazmatyczne, zrekombinowane bia³ko listeriolizyny, które pozwala na dostarczenie innych bia³ek do cytozolu makrofagów w komórkach ssaków. Przy u yciu takiego systemu mo na dostarczyæ do cytozolu dowolne bia³ko, które mo e byæ nastêpnie wytwarzane przez E. coli, bez potrzeby uprzedniego jego oczyszczania Wektory ekspresyjne Wektory bakteryjne mog¹ byæ wykorzystywane jako narzêdzie do produkcji bia³ek oraz ich ewentualnego póÿniejszego oczyszczania (wektory ekspresyjne), jak i do analizy lokalizacji bia³ek w komórce wektory zawieraj¹ce geny reporterowe, np. gen koduj¹cy zielone bia³ko fluorescencyjne GFP (green fluorescent protein), które bêd¹ opisane w kolejnym rozdziale. W ró nego rodzaju badaniach nad bia³kami wektory ekspresyjne mog¹ byæ wykorzystywane do produkcji bia³ek do celów poznawczych takich jak analizy funkcjonalne i strukturalne, lub aplikacyjnych terapia i profilaktyka chorób organicznych i zakaÿnych. Umo liwiaj¹ one nadprodukcjê bia³ek, które na ogó³ w organizmach ywych wystêpuj¹ w iloœci niewystarczaj¹cej by umo liwiæ ich izolacjê na du ¹ skalê [42] Nadprodukcja bia³ek Do nadprodukcji okreœlonego bia³ka niezbêdne s¹ trzy elementy dobrany gospodarz, którym na ogó³ jest organizm modelowy E. coli, w³aœciwy wektor oraz

9 MA GORZATA JOANNA STAWORZYÑSKA, RADOS AW STACHOWIAK, JACEK BIELECKI 9 odpowiednio namno ony gen b¹dÿ fragment genu, koduj¹cy oczyszczane bia³ko [42]. W³aœciwy gospodarz wraz z wektorem, który w nim poprawnie funkcjonuje stanowi¹ razem system ekspresyjny [39]. Przy tworzeniu systemu ekspresyjnego nie bez znaczenia jest wybór odpowiedniego gospodarza, który powinien spe³niaæ pewne kryteria. Po ¹dane jest, aby by³ zdolny do szybkiego wzrostu na tanich substratach, jego genom powinien byæ dobrze scharakteryzowany, a u ywany szczep nie powinien byæ patogenny. Najczêœciej stosowanymi s¹ systemy ekspresyjne, w których gospodarzem jest E. coli. Jest to modelowy organizm, dla którego metody hodowli s¹ dobrze opracowane, a jego genom jest scharakteryzowany o wiele lepiej ni innych mikroorganizmów [1]. Gospodarz musi byæ odpowiednio dobrany w stosunku do genu bia³ka, tak by by³ on efektywnie eksprymowany. Wa - ne jest miêdzy innymi, aby nie wystêpowa³y znaczne ró nice w czêstotliwoœci wystêpowania poszczególnych kodonów gospodarza w stosunku do genu bia³ka, mrna powinno byæ stabilne, translacja mrna powinna przebiegaæ efektywnie [26]. Gospodarz musi umo liwiaæ poprawne przeprowadzanie procesów takich jak modyfikacje posttranslacyjne bia³ek, fa³dowanie bia³ek, sekrecjê bia³ek do pod³o a. Powstaj¹ce w du ej iloœci bia³ko nie powinno byæ równie toksyczne w stosunku do gospodarza [26]. Mimo e E. coli posiada bardzo wiele zalet, niejednokrotnie konieczne jest u ycie organizmu innego gatunku jako gospodarza. W przypadku, gdy nie mo emy jako gospodarza wykorzystaæ szczepu E. coli alternatyw¹ mog¹ byæ bakterie z rodzaju Bacillus, Streptomyces, czy gatunki Lactococcus lactis, Corynebacterium glutamicum. Ze wzglêdu na pewne modyfikacje posttranslacyjne zdarza siê, e niezbêdnym jest zastosowanie gospodarzy innych ni bakteryjne (np. grzyby z typu workowców lub grzyby strzêpkowe, komórki owadzie, mysie lub ludzkie linie komórek ssaczych) [42] Cechy, które powinien spe³niaæ wektor ekspresyjny Charakterystyczne w³aœciwoœci wektorów ekspresyjnych zosta³y schematycznie przedstawione na rys. 7. Ka dy wektor ekspresyjny zawiera sekwencjê promotorow¹ inicjacji transkrypcji, która jest umieszczona powy ej miejsca wklonowania obcego fragmentu DNA. Za miejscem inicjacji transkrypcji znajduje siê sekwencja nazywana miejscem wi¹zania rybosomu (Shine Dalgarno), poni ej której znajduje siê miejsce insercji klonowanego DNA. Na pocz¹tku fragmentu obcego DNA znajduje siê kodon AUG inicjuj¹cy translacjê, a na koñcu kodon stop, który jest terminatorem syntezy polipeptydu. Oprócz tych sekwencji wektory posiadaj¹ równie miejsce inicjacji replikacji oraz Rys. 7. Cechy charakterystyczne wektora ekspresyjnego gen umo liwiaj¹cy przeprowadzenie selekcji. Szersz¹ analizê poszczególnych elementów wektorów ekspresyjnych przedstawiono w dalszej czêœci pracy. Promotor. W eksperymentach s³u ¹cych nadprodukcji bia³ek g³ówny cel stanowi otrzymanie du ej iloœci badanego bia³ka. W wiêkszoœci przypadków wa ne jest by nadprodukowane bia³ko stanowi³o 10 30% wszystkich bia³ek w komórce. W zwi¹zku z tym zastosowany promotor powinien byæ silny, ale jednoczeœnie powinien wykazywaæ minimaln¹ ekspresjê podstawow¹ [26]. Oprócz tego optymaln¹ sytuacj¹ jest gdy indukcja promotora jest prosta i mo liwa przy u yciu tanich substratów, które nie s¹ stosowane w standardowych pod³o ach [13]. Znaczniki. Znaczniki, które s¹ do³¹czane do rekombinowanych bia³ek maj¹ na celu u³atwienie ich oczyszczania, detekcji, lub zwiêkszenia rozpuszczalnoœci. Znacznikiem mo e byæ krótki peptyd, domena, b¹dÿ ca³e bia³ko. Znacznik powinien wykazywaæ du e powinowactwo do z³o a, na którym bêdzie oczyszczane bia³ko, pozwalaæ na elucjê substancjami niskocz¹steczkowymi, mieæ niewielki wp³yw na aktywnoœæ i strukturê trzeciorzêdow¹ bia³ka, jak i ³atw¹ wykrywalnoœæ [45]. Wa nymi cechami znaczników jest równie mo - liwoœæ ich jednoetapowej adsorpcji na z³o u, ³atwe i specyficzne usuniêcie ich w celu otrzymania natywnego bia³ka oraz mo liwoœæ zastosowania do ró nych bia³ek. Jednak ka dy ze znaczników w czasie oczyszczania wymaga specyficznych warunków, które mog¹ wp³ywaæ na w³aœciwoœci bia³ka. Z tego powodu istniej¹ ró ne strategie u ywane przy produkcji bia³ek na du ¹ skalê. Jedn¹ z nich jest u ywanie ma³ych znaczników, które nie powinny wp³ywaæ na oczyszczane bia³ko, takich jak: poly-arg, FLAG-, poli-his, S-tag. W niektórych wypadkach ma³e znaczniki nie

10 10 ZASTOSOWANIE WEKTORÓW BAKTERYJNYCH W BIOLOGII MOLEKULARNEJ I W MEDYCYNIE Cechy charakterystyczne niektórych najczêœciej u ywanych znaczników [wg 43, 45, 32] Tabela I Znacznik Poly-Arg Poly-His FLAG Strep-tag S-tag Opis i w³aœciwoœci znacznik poliargininowy, sk³ada siê z piêciu do szeœciu arginin, oczyszczany na z³o u kationowymiennym SP-Sephadex, mo e wp³ywaæ na strukturê trzeciorzêdow¹ bia³ka znacznik polihistydynowy, oczyszczany na z³o u niklowym Ni 2+ -NTA, lub Co 2+ -CMA, umo liwia oczyszczanie w warunkach natywnych i denaturuj¹cych, elucja zachodzi w ³agodnych warunkach, z³o e jest tanie, specyficznoœæ IMAC jest mniejsza ni innych metod chromatografii powinowactwa, nie zwiêksza rozpuszczalnoœci bia³ka znacznik wykorzystuj¹cy krótki, hydrofilowy oœmioaminokwasowy peptyd, wi¹ e siê do przeciwcia³a M1, mo e byæ przy³¹czony do bia³ka na C- lub N-koñcu, mo e byæ u ywany w ró nego typu komórkach, ma wysok¹ specyficznoœæ, oczyszczanie zachodzi w warunkach niedenaturuj¹cych, z³o e jest drogie znacznik sk³adaj¹cy siê z nonapeptydu, wi¹ e siê do streptawidyny, ma wysok¹ specyficznoœæ, eluowany w ³agodnych warunkach, stosowane z³o e jest drogie 15-aminokwasowy fragment rybonukleazy A, ma wysok¹ specyficznoœæ, pozwala na proste wykrycie iloœci rekombinowanego bia³ka mniejszych ni 1 fmol, elucja nastêpuje w surowych warunkach, z³o e jest drogie, znacznik nie zwiêksza rozpuszczalnoœci bia³ka musz¹ byæ usuwane z bia³ka. Czasem lepsz¹ strategi¹ jest u ycie du ych peptydów lub bia³ek jako znaczników. Zalet¹ tego typu znaczników jest nadawanie przez nie bia³ku rozpuszczalnoœci, wad¹ natomiast, e w wiêkszoœci przypadków musz¹ byæ z produkowanego bia³ka usuniête [44]. Niestety nie istniej¹ znaczniki idealne, które spe³nia- ³yby wszystkie po ¹dane kryteria. Niekiedy optymalnym rozwi¹zaniem jest wiêc stosowanie jednoczeœnie dwóch lub wiêcej znaczników [47]. W zwi¹zku z zapotrzebowaniem na ró nego rodzaju znaczniki pracowano nad ich konstrukcj¹ ju w latach 80 i 90. Bior¹c pod uwagê tak du ¹ iloœæ kryteriów, które powinny byæ spe³nione przez dobry znacznik nie jest zaskoczeniem fakt, e nadal istnieje potrzeba konstruowania nowych, coraz lepiej nadaj¹cych siê do konkretnych doœwiadczeñ znaczników [45]. Znaczniki, które s¹ najczêœciej stosowane zaprezentowano w tabeli I. Terminatory procesu transkrypcji oraz translacji. W wektorach ekspresyjnych terminator transkrypcji umieszcza siê na ogó³ poni ej eksprymowanego genu (co zwiêksza stabilnoœæ plazmidu zapobiegaj¹c transkrypcji przez miejsce startu replikacji) [38] oraz powy ej (aby zminimalizowaæ ekspresjê podstawow¹) [13]. W organizmach prokariotycznych terminacja transkrypcji mo e byæ powodowana przez dwa mechanizmy: Rho-zale ny b¹dÿ Rho-niezale ny. W mechanizmie Rho-zale nym terminacja tranksrypcji zale y od heksamerycznego bia³ka Rho powoduj¹cego uwolnienie powstaj¹cego mrna z matrycy [26]. Terminatory Rho-niezale ne sk³adaj¹ siê natomiast z odwróconych sekwencji nukleotydowych, po których nastêpuje ci¹g nukleotydów adenylowych. Po przejœciu polimerazy RNA przez sekwencjê odwróconych powtórzeñ mrna tworzy strukturê szpilki do w³osów, co powoduje zatrzymanie siê enzymu. Ci¹g nukleotydów urydynylowych znajduj¹cy siê za sekwencj¹ odwróconych powtórzeñ s³abo oddzia³uje z nukleotydami adenylowymi na nici matrycowej, przez co polimeraza oddysocjowuje. W wektorach ekspresyjnych wykorzystuje siê terminatory Rho-niezale ne [38]. Najwiêksze efekty terminacji translacji uzyskuje siê stosuj¹c przed³u ony kodon stop UAAU lub kilka kolejnych kodonów stop umieszczonych jeden za drugim [35]. Markery selekcyjne. Najczêœciej w wektorach ekspresyjnych stosowane s¹ jako markery selekcyjne geny warunkuj¹ce opornoœæ na antybiotyki (np. ampicylinê, kanamycynê, chloramfenikol, tetracyklinê). Alternatywnymi strategiami mog¹ byæ miêdzy innymi systemy trucizna-antidotum (np. system hok/sok z plazmidu R1), które zapewniaj¹ stabilny rozdzia³ plazmidów miêdzy komórkami potomnymi [42] Przyk³ady wektorów ekspresyjnych Plazmid pub110. Wektor pub oraz jego pochodne s¹ plazmidami pochodz¹cymi z bakterii Staphylococcus aureus przystosowanymi do wykorzystania w pracach z B. subtilis. Ze wzglêdu na mo liwoœæ u ywania tych wektorów przy pracy z B. subtilis maj¹ one wiele zalet. Mog¹ byæ u ywane do analizy procesu sporulacji, kie³kowania przetrwalników i transformacji. Równoczeœnie wektory te daj¹ mo liwoœæ porównywania systemu ekspresji genów z B. subtilis w stosunku do E. coli. Zalet¹ u ycia B. subtilis jest te fakt, e bakteria ta jest niepatogenna oraz nie wystêpuje w naturalnej mikroflorze cz³owieka [12]. Ponadto B. subtilis jest bakteri¹ doœæ dobrze poznan¹, która nie posiada zewnêtrznej b³ony, co upraszcza sekrecjê i oczyszczanie produkowanego bia³ka [9]. Poza tym szczepy Bacillus s¹ czêsto u ywane do produkcji antybiotyków, enzymów, insektycydów, jak i w procesach fermentacji.

11 MA GORZATA JOANNA STAWORZYÑSKA, RADOS AW STACHOWIAK, JACEK BIELECKI 11 Rys 8. Schematyczne mapy ró nych wektorów typu pet Zaznaczono: ori miejsce inicjacji replikacji, f1 origin, promotor T7, gen laci, amp gen opornoœci na ampicylinê, kan gen opornoœci na kanamycynê. A: wektory pet-3a-d, pet-12a-c, pet-14b, pet-17b, pet-17xb B: wektory pet-21(+), pet-21a-d(+), pet-22b(+), pet-25b(+), pet-31b(+), pet-32a-c(+), pet-32 Ek/LIC, pet-32 Xa/LIC, pet-43.1a-c(+) C: wektory pet-24+, pet-24a-d(+), pet-26b(+), pet-27b(+), pet-28a-c(+), pet-29a-c(+), pet-30a-c(+), pet-30 LIC, pet-33b(+), pet-34b(+), pet-35b(+), pet-36b(+), pet-37b(+), pet-38b(+), pet-39b(+), pet-40b(+), pet-41a-c(+), pet-42a-c(+) Wektor pub110 zawiera geny opornoœci na bleomycynê i kanamycnê. Jest on stabilny w komórkach B. subtilis, wystêpuje w liczbie kopii oko³o 50 na chromosom [19]. Gryczan i wsp. [12] wykazali, e jest on utrzymywany w komórkach B. subtilis, nawet przy braku kanamycyny w pod³o u. Mo na go izolowaæ na du ¹ skalê, w B. subtilis replikuje siê autonomicznie i jest wówczas wysokokopiowy. Ustalono wiele miejsc restrykcyjnych dla tego plazmidu. pub110 daje siê ³atwo transformowaæ do komórek gospodarza i pozwala na efektywn¹ selekcjê zrekombinowanych komórek [12]. Problemami pojawiaj¹cymi siê w pracy z B. subtilis jako z organizmem do produkcji bia³ek s¹ czêsto: niestabilnoœæ strukturalna zrekombinowanego plazmidu oraz niestabilnoœæ rekombinowanych bia³ek wydzielanych do pod³o a. Przyczyna molekularnej niestabilnoœci jest u nich zwi¹zana ze sposobem replikacji plazmidów wed³ug modelu tocz¹cego siê ko³a. Powstaje wówczas jednoniciowe DNA oraz krótkie sekwencje powtórzone (direct repeats), co mo e prowadziæ do delecji jednego z dwóch powtórzeñ i inwersji fragmentu DNA umieszczonego miêdzy nimi. Ta obserwacja doprowadzi³a do rozwoju grupy wektorów nios¹cych kasetê ekspresyjn¹ umieszczon¹ w œrodku genów takich jak amye, thrc, laca, pyrd. W miejscach w chromosomie, gdzie znajduj¹ siê wy ej wymienione geny, wektory te umo liwiaj¹ stabiln¹ integracjê sekwencji DNA [30]. Kolejnym problemem zwi¹zanym z prac¹ z B. subtilis jest produkcja przez tê bakteriê pozakomórkowych proteaz, które rozpoznaj¹ i degraduj¹ wiêkszoœæ heterologicznych bia³ek wydzielanych do pod³o a [9]. Problem ten mo na rozwi¹zaæ przez wprowadzanie mutacji typu null w genach koduj¹cych proteazy. Zosta³y stworzone szczepy z szeœcioma lub nawet oœmioma tego typu mutacjami. Alternatywnym rozwi¹zaniem tego problemu by³oby zidentyfikowanie i znalezienie gospodarza, który nie wydziela³by proteaz [30]. Wektory pet. Wektory typu pet s¹ interesuj¹cymi narzêdziami wykorzystywanymi do klonowania i nadprodukcji bia³ek w E. coli. Wszystkie s¹ pochodnymi plazmidu pbr322. S¹ skonstruowane w oparciu o system promotora T7 [43], geny klonowane na tym wektorze znajduj¹ siê pod kontrol¹ sygna³ów transkrypcyjnych i translacyjnych pochodz¹cych z bakteriofaga T7. Natomiast ekspresja kontrolowana jest przez operon laktozowy i jej inicjacja nastêpuje przez dodanie IPTG do pod³o a. Istnieje wiele wektorów serii pet (rys. 8), które w zale noœci od celu wykorzystania, mog¹ ró niæ siê na przyk³ad sekwencj¹ liderow¹, sygna³ami ekspresyjnymi, miejscami restrykcyjnymi, genami nios¹cymi opornoœæ na antybiotyki oraz znacznikami dodawanymi do bia³ek. Mo na wyró niæ dwie g³ówne grupy wektorów pet pe³ni¹cych funkcje wektorów transkrypcyjnych lub translacyjnych. Wektory transkrypcyjne pozwalaj¹ na ekspresjê docelowego RNA, ale nie zawieraj¹ sygna³ów translacyjnych. S¹ przydatne w wypadku, gdy po ¹dane jest uzyskanie bia³ek kodowanych przez geny, które posiadaj¹ w³asne sygna³y translacyjne. Wektory translacyjne natomiast same zawieraj¹ sygna³y inicjacji translacji. Wektory pet mog¹ umo liwiaj¹ ró nego rodzaju zastosowania, miêdzy innymi: pet-31b(+) wysokowydajna produkcja peptydów i ma³ych bia³ek pet-32a-c produkcja rozpuszczalnych, aktywnych bia³ek w E. coli pet-33b produkcja docelowych bia³ek nadaj¹cych siê do wyznakowania P 32 pet-44a-c dodawanie sekwencji Nus Tag oraz N- i C-terminalnej metki His Tag pet-45b(+) dodawanie metki histydynowej przy sekwencji terminalnej bia³ka [52 54]. Wektory pqe. Wektory typu pqe (rys. 9) s³u ¹ do klonowania i ekspresji genów, s¹ alternatyw¹ dla wektorów typu pet. Umo liwiaj¹ one dodanie do badanych bia³ek metki histydynowej. Stworzono równie wektory pqe z podwójn¹ metk¹ zawieraj¹ce, oprócz metki histydynowej w czêœci N-terminalnej, Tag*100 w czêœci C-terminalnej. Wektory te osi¹gaj¹ wysoki

12 12 ZASTOSOWANIE WEKTORÓW BAKTERYJNYCH W BIOLOGII MOLEKULARNEJ I W MEDYCYNIE poniewa chromatyna otaczaj¹ca miejsce integracjii istotnie wp³ywa na ekspresjê genów w takim uk³adzie oraz wystêpuje tendencja do wyciszania ekspresji [50]. W takiej sytuacji korzystne jest u ycie systemu do klonowania BAC, poniewa jest on mniej wra liwy na stopieñ upakowania i aktywnoœci chromatyny otaczaj¹cej miejsce integracji [3] Produkcja insuliny Rys. 9. Mapa plazmidu pqe-100 firmy Qiagen Zaznaczono: promotor T5 (PT5), operator lac (lac O), miejsce wi¹zania rybosomu (RBS), kodon startowy (ATG), metka histydynowa (6xHis), miejsce wielokrotnego klonowania (MCS), metka Tag 100, kodon stop, origin replikacji (Col E1), amp gen opornoœci na ampicylinê. poziom ekspresji w E. coli, a metkowane mo e byæ ka de bia³ko. Metka histydynowa umo liwia oczyszczenie bia³ka na matrycy Ni 2+ -NTA i jego immobilizacjê. Z kolei metka Tag*100 w czêœci C-terminalnej jest rozpoznawan¹ przez przeciwcia³a monoklonalne, co pozwala na bardzo specyficzn¹ detekcjê bia³ka (przy u yciu antymysich przeciwcia³ skoniugowanych z IgG) [58]. Zastosowanie wektorów BAC w nadprodukcji bia- ³ek. Opracowanie systemów do klonowania BAC mia- ³o doœæ du y zwi¹zek z projektem odczytania sekwencji ludzkiego genomu Human Genome Project. Przy realizacji tego projektu niezbêdne by³o tworzenie map fizycznych ludzkich chromosomów, które pozwala³yby na izolacjê, sekwencjonowanie oraz inne manipulacje na fragmentach DNA. Pocz¹tkowo w odpowiedzi na te potrzeby zosta³y rozwiniête systemy YAC. Stwarza³y one jednak pewne problemy w stosowaniu. Przeszkod¹ by³ równie fakt, e praca z komórkami dro d owymi by³a bardziej skomplikowana ni z dobrze poznanym organizmem modelowym jakim jest E. coli. Wykorzystanie systemów BAC u³atwi³o prace badawcze i pozwoli³o na klonowanie wiêkszych ni dotychczas fragmentów DNA [40]. Wektory typu BAC odgrywaj¹ wa n¹ rolê przy produkcji bia³ek w komórkach ssaków [3]. Jednym z punktów krytycznych w produkcji rekombinowanych bia³ek jest izolacja pojedynczych komórek, które pozwalaj¹ na ekspresjê genów i otrzymywanie bia³ka w du ych iloœciach. Na ogó³ stosuje siê wektory zawieraj¹ce promotor, konkretny gen oraz marker selekcyjny. Jednak metoda ta nie jest wystarczaj¹co skuteczna, Pierwszym bia³kiem z organizmu ssaków produkowanym w komórkach bakteryjnych dziêki wykorzystaniu techniki rekombinacji DNA by³a ludzka insulina [17, 34]. Ludzka insulina jest bardzo wa nym lekiem dla pacjentów chorych na cukrzycê. Insulina produkowana jest przez komórki $ wyspy Langerhansa. BodŸcem do jej produkcji jest zwiêkszone stê enie glukozy we krwi (np. po spo yciu posi³ku). Insulina wp³ywa na komórki efektorowe miocyty, adipocyty, hepatocyty, przez co zwiêksza siê transport glukozy do wnêtrza komórek i jednoczeœnie obni a poziom glukozy we krwi. Niedobór insuliny u chorych na cukrzycê powoduje zaburzenia gospodarki wêglowodanowej. Zastosowanie w leczeniu chorych ludzkiej insuliny ma znaczn¹ przewagê nad stosowaniem insuliny zwierzêcej (uzyskiwanej od ciel¹t b¹dÿ œwiñ). Insulina zwierzêca wprawdzie nieznacznie ró ni siê od insuliny produkowanej w organizmie ludzkim, ale jej podawanie mo e powodowaæ u pacjenta produkcjê przeciwcia³ skierowanych przeciwko insulinie zwierzêcej. W ten sposób dzia³anie takiej insuliny by³oby obni one oraz mog³oby powodowaæ stan zapalny. Ludzka insulina produkowana w bakteriach jest identyczna do tej, która jest produkowana w organizmie cz³owieka. Jest wiêc du o lepiej tolerowana przez pacjenta. Prace nad otrzymaniem preparatu ludzkiej insuliny zosta³y podjête ju w 1978 roku przez wspó³pracuj¹ce ze sob¹ firmy Eli Lilly i Genentech. Fragmenty DNA koduj¹ce ³añcuch A i B insuliny zosta³y oddzielnie wklonowane do plazmidu pbr322 i umieszczone w fuzji z genem $-galaktozydazy [21]. Pierwszym preparatem zawieraj¹cym ludzk¹ insulinê dostêpnym dla pacjentów by³ lek lispro, który na rynku ukaza³ siê w 1996 roku. Nadal jednak opracowywane s¹ leki, które maj¹ coraz lepsze w³aœciwoœci takie jak wiêksza stabilnoœæ, mniejsza zmiennoœæ, tworzone s¹ analogi o krótkim b¹dÿ d³ugim dzia³aniu. Ma to na celu jak najlepsze dostosowanie indywidualnej terapii do pacjenta [46] Produkcja szczepionek nowej generacji Jednym z nowoczesnych i bardzo wa nych zastosowañ wektorów bakteryjnych jest ich wykorzystanie do produkcji szczepionek nowej generacji. Obecnie nadal znakomit¹ wiêkszoœæ szczepionek, które s¹ sto-

13 MA GORZATA JOANNA STAWORZYÑSKA, RADOS AW STACHOWIAK, JACEK BIELECKI 13 sowane zarówno w medycynie jak i w weterynarii stanowi¹ szczepionki tradycyjne, skonstruowane w oparciu o wykorzystywanie atenuowanych lub zabitych mikroorganizmów albo oczyszczonych toksyn bakteryjnych [37]. Konstruowane s¹ one na ogó³ poprzez pasa owanie mikroorganizmów patogennych na pod- ³o ach stwarzaj¹cych nieoptymalne warunki wzrostu, b¹dÿ przez poddawanie ich mutagenezie chemicznej lub fizycznej. Mutacje powstaj¹ce w ten sposób w genomie s¹ przypadkowe i zawsze istnieje pewne ryzyko rewersji szczepu do pe³nej zjadliwoœci. Wykorzystanie metod rekombinacji DNA pozwala na wprowadzanie œciœle zdefiniowanych mutacji, co znacznie zmniejsza szansê rewersji szczepu do typu wirulentnego [33]. Nowe strategie tworzenia szczepionek polegaj¹ na wykorzystaniu mikrooganizmów zmodyfikowanych genetycznie, rekombinowanych bia³ek oraz stosowaniu zarówno wektorów bakteryjnych jak i wirusowych. Dziêki temu staje siê mo liwe projektowanie szczepionek, które zapewniaj¹ wy sz¹ efektywnoœæ oraz bezpieczeñstwo dla pacjenta [22], a ponadto znacznie redukuj¹ koszty [9]. Istotnymi zaletami szczepionek nowej generacji jest zwiêkszona immunogennoœæ, ³atwoœæ przechowywania i podawania, brak koniecznoœci stosowania adiuwantów, mo liwoœæ indukcji konkretnego typu odpowiedzi, mo liwoœæ immunizacji wieloma antygenami równoczeœnie i teoretyczna mo liwoœæ prezentacji antygenów w natywnej postaci [33]. Bardzo wa nym etapem przy konstrukcji szczepionek jest wybór sposobu umieszczenia heterologicznych genów w komórkach noœnika. Mo na wykorzystaæ tu plazmidy, które po dostarczeniu do komórki docelowej bêd¹ wystêpowa³y w cytoplazmie w ró nej iloœci kopii. Zalet¹ takiego podejœcia jest mo liwoœæ, w zale noœci od liczby kopii plazmidu, sterowania iloœci¹ produktu obcego genu. Wad¹ natomiast to, e plazmidy w warunkach in vivo bez presji selekcyjnej nie s¹ stabilnie utrzymywane. Aby omin¹æ ten problem mo na zaopatrzyæ wektory w geny metabolizmu podstawowego, które komplementuj¹ chromosomalne delecje w analogicznych genach. Alternatywnym podejœciem jest zastosowanie wektorów, które pozwalaj¹ na insercjê obcego genu do chromosomu szczepu noœnikowego (co jednoczeœnie eliminuje problem niestabilnoœci plazmidu). Niestety czêsto zdarza siê, e iloœæ powstaj¹cego produktu mo e byæ niewystarczaj¹ca do indukcji odpowiednio silnej odpowiedzi immunologicznej. Ekspresja obcych genów na ogó³ kontrolowana jest przez promotory szczepu noœnikowego. Jeœli jest zbyt silna to du a iloœæ powstaj¹cego produktu obcego genu w komórce mo e byæ dla niej toksyczna. Z tego wzglêdu zosta³y rozwiniête systemy zawieraj¹ce promotory, które mog¹ byæ aktywowane in vivo, dopiero gdy mirkroorganizm noœnikowy dotrze do konkretnej niszy ekologicznej gospodarza. Wówczas, nawet jeœli powstanie zabójcza iloœæ heterologicznego antygenu dla komórki noœnikowej, nie zostanie zaburzona indukcja w³aœciwej odpowiedzi immunologicznej [33]. W celu dostarczenia heterologicznego antygenu do komórek eukariotycznych nie wystarczy jednak sam wek'tor bakteryjny w postaci plazmidu, potrzebny jest jeszcze jeden wektor, którym jest najczêœciej zrekombinowany szczep bakteryjny, pozwalaj¹cy na dostarczenie plazmidu do cytoplazmy komórki. Szczepem noœnikowym mo e byæ prawdopodobnie ka dy scharakteryzowany patogen, którego biologia jest dostatecznie dobrze poznana. Wœród szczepów noœnikowych wyró nia siê g³ównie bakterie nale ¹ce do gatunków Mycobacterium bovis i Salmonella enterica oraz rodzajów: Vibrio, Shigella, Listeria [33]. Mikroorganizmem noœnikowym o interesuj¹cych w³aœciowoœciach, które mog¹ byæ wykorzystane do konstrukcji szczepionki, jest L. monocytogenes. Bakteria ta to Gram-dodatnia pa³eczka, która jest fakultatywnie wewn¹trzkomórkowym patogenem zdolnym do wnikania, prze ywania oraz namna ania siê w komórkach eukariotycznych. Ma ona doœæ unikalny cykl yciowy, a jej g³ównym czynnikiem wirulencji jest listeriolizyna O (LLO). LLO kodowana przez gen hly, jest pozakomórkowo wydzielan¹ hemolizyn¹. Powoduje ona zniszczenie b³ony fagolizosomu i pozwala bakterii na wydostanie siê do cytopazmy [16]. Przy konstruowaniu szczepionek wykorzystuje siê atenuowane delecyjnie szczepy Listeria, które s¹ niezdolne do rozprzestrzeniania miêdzykomórkowego. Poza tym rozwijane s¹ systemy oparte na wykorzystaniu rekombinowanych szczepów, takich jak E. coli, B. subtilis, Mycobacterium bovis i Salmonella Typhimurium nios¹cych gen hly z Listeria [16]. Listeria w trakcie infekcji atakuje komórki prezentuj¹ce antygen APC antigen presenting cells. W ten sposób Listeria mo e wywieraæ bardzo du y efekt na odpowiedÿ immunologiczn¹ i jest przez to bardzo wygodnym narzêdziem przy produkcji szczepionek. Indukowana przez infekcjê L. monocytogenes odpowiedÿ immunologiczna obejmuje aktywacjê neutrofili, makrofagów, komórek NK, limfocytów CD4 +, limfocytów CD8 + oraz produkcjê wielu cytokin [18]. L. monocytogenes mo e byæ równie wykorzystana w produkcji szczepionek przeciwnowotworowych. Próbê jej skonstruowania podjê³a miêdzy innymi firma advaxis w celu uzyskania szczepionki przeciwko rakowi szyjki macicy, wywo³ywanemu przez wirus HPV (Human Papilloma Virus) (preparat Lovaxin C, obecnie w fazie testów klinicznych). W bakterii zosta³ umieszczony plazmid zawieraj¹cy gen koduj¹cy wybrany antygen komórki rakowej [51].

14 14 ZASTOSOWANIE WEKTORÓW BAKTERYJNYCH W BIOLOGII MOLEKULARNEJ I W MEDYCYNIE 2.4. Wektory nios¹ce geny reporterowe Geny reporterowe to geny koduj¹ce bia³ka, których obecnoœæ mo na w ³atwy sposób zbadaæ w komórce. Metodami in ynierii genetycznej tworzy siê ich fuzje z genami b¹dÿ promotorami genów, których aktywnoœæ jest obiektem zainteresowañ. Ca³oœæ umieszcza siê na wektorze ekspresyjnym. Pozwoli on na wyra enie bia³ka kodowanego przez gen reporterowy w danym uk³adzie. Istnieje wiele ró nych genów reporterowych, których aktywnoœæ bada siê metodami autoradiograficznymi, spektrofotometrycznymi, bioi chemoluminescencyjnymi. Najczêœciej u ywanymi genami s¹ $-galaktozydaza, acetylotransferaza chloramfenikolu, lucyferaza, $-glukoronidaza, oraz zielone bia³ko fluorescencyjne (GFP) [20]. Geny reporterowe s¹ wa nym narzêdziem u ywanym w medycynie na przyk³ad w celu badania zmian na poziomie komórkowym lub molekularnym zwi¹zanych z chorobami nowotworowymi w zwierzêtach modelowych in vivo. Pomagaj¹ one w zrozumieniu mechanizmów chorób nowotworowych oraz rozwijaniu efektywnych terapii [6]. Bia³ka fluorescencyjne. Bia³ka fluorescencyjne umo - liwiaj¹ obserwacjê ekspresji genów przy yciowo, np. w organizmie myszy. Coraz czêœciej d¹ y siê do prowadzania obserwacji na zwierzêtach multireporterowych, w których umieszcza siê kilka genów reporterowych w jednym locus. Wtedy bardzo przydatne okazuj¹ siê wektory typu BAC, ze wzglêdu na ich du ¹ wielkoœæ, która pozwala na bli sz¹ prawdzie obserwacjê endogennej ekspresji genów. Jako przyk³ady tego typu wektorów mog¹ s³u yæ m.in. wektory GM i SP opisane w pracy Maye a [27], s³u ¹ce do obserwacji ekspresji genów w organizmach myszy: Trap (Tartrate Resistant Acid Phosphatase) w osteoklastach, Dmp1 (Dentin Matrix Protein-1) i Ibsp (Integrin Binding Sialoprotein) w osteocytach i osteoblastach [27]. Najczêœciej wykorzystywanym bia³kiem fluorescencyjnym w badaniach biologicznych jest zielone bia³ko fluorescencyjne GFP wyizolowane z organizmu meduzy Aequorea victoria. Ze wzglêdu na swoje w³aœciwoœci, takie jak stabilnoœæ oraz to, e jego chromofor powstaje w wyniku autokatalitycznej cyklizacji aminokwasów, która wymaga jedynie obecnoœci tlenu, jest ono wyj¹tkowo u yteczne. Bia³ko GFP jest czêsto wykorzystywane miêdzy innymi do analizy lokalizacji bia³ek obecnych w ywych komórkach, wzajemnych interakcji bia³ek oraz jako gen reporterowy w monitorowaniu wzoru i poziomu ekspresji genów [4, 5]. Jak dot¹d stworzono wiele mutantów bia³ka GFP na przyk³ad: o zwiêkszonej fluorescencji, emituj¹cych œwiat³o o innej d³ugoœci fali ni dzikie bia³ko GFP, systemy te umo liwiaj¹ obserwacjê nawet do 3 bia³ek na raz w komórce. Jednak s¹ one tworzone g³ównie do badañ na du ych komórkach eukariotycznych i nie nadaj¹ siê do u ycia w komórkach mikroorganizmów, ze wzglêdu na zbyt ma³¹ jasnoœæ bia³ek GFP w tych komórkach. Aby prowadziæ obserwacjê jednoczeœnie dwóch bia³ek w komórkach mikroorganizmów potrzeba systemów z wysokofluorescencyjnym bia³kiem GFP. Seria tego typu systemów zosta³a opisana w pracy L e w i s a [23]. Wektory te pozwalaj¹ na tworzenie zarówno N- jak i C-koñcowych fuzji genów badanych bia³ek z genami reporterowymi gfpmut1 oraz gfpuv. Opisane bia³ka reporterowe mog¹ byæ te umiejscowione w tej samej komórce, poniewa maj¹ ró ne widma wzbudzenia [23]. 3. Podsumowanie W dzisiejszych czasach rozwój nauki i postêp techniki nastêpuje bardzo szybko. Wiedza genetyczna, posiadana przez nas jak i dostêpne technologie pozwalaj¹ osi¹gaæ cele, które kiedyœ by³y niemo liwymi do realizacji. Wykorzystanie praktyczne badañ z takich dziedzin naukowych jak in ynieria genetyczna i biotechnologia spowodowa³o rozwój przemys³u biotechnologicznego oraz postêp w medycynie. Nic wiêc dziwnego, e biotechnologia jest obecnie bardzo dynamicznie rozwijaj¹c¹ siê dziedzin¹ gospodarki XXI wieku. Wektory bakteryjne s¹ wa nymi narzêdziami biotechnologii, pozwalaj¹cymi na wiele istotnych zastosowañ. Wykorzystywane s¹ na ró nych etapach pracy w laboratorium. Ich najbardziej podstawowym u yciem jest wykorzystanie jako wektorów do klonowania. Stosowanie wektorów pozwala na tworzenie bibliotek genowych ró nych organizmów, a w konsekwencji u³atwi³o i nadal u³atwia poznanie genomów wielu organizmów jak i przeszukiwanie bibliotek genowych pod k¹tem znalezienia odpowiednich genów. Wektory bakteryjne s¹ kluczowym narzêdziem przy przenoszeniu DNA miêdzy ró nymi organizmami. Taki transfer genów pozwala na produkcjê ró nego rodzaju bia³ek w organizmach, które naturalnie ich nie wytwarzaj¹. Godne podkreœlenia s¹ przede wszystkim bia³ka o znaczeniu terapeutycznym wykorzystywane w medycynie. Nie bez znaczenia jest te wp³yw wektorów bakteryjnych na postêp w przemyœle biotechnologicznym. W laboratorium wektory s¹ równie czêsto wykorzystywane przy prowadzeniu wielu rodzajów badañ, a bardzo wa nym ich zastosowaniem jest niesienie genów reporterowych umo liwiaj¹cych obserwacjê procesów zachodz¹cych w ró nych organizmach. Wektory s¹ tak e wygodnymi systemami kieruj¹cymi ekspresj¹ badanych genów. Pozwalaj¹ one na utrzymywanie ekspresji na minimalnym poziomie w stanie represji, jednoczeœnie umo liwiaj¹c szybk¹ i prost¹ indukcjê ekspresji genu.

15 MA GORZATA JOANNA STAWORZYÑSKA, RADOS AW STACHOWIAK, JACEK BIELECKI 15 Nale y podkreœliæ, e wektory bakteryjne u³atwiaj¹ bardzo wiele aspektów pracy biotechnologa i wiele technik wykorzystywanych w laboratoriach biologicznych na ca³ym œwiecie, które bez u ycia wektorów bakteryjnych nie by³yby mo liwe do zastosowania. Piœmiennictwo 1. Baneyx F.: Recombinant protein expression in Escherichia coli. Curr. Opin. Biotechnol. 10, (1999) 2. Berg J.M., Tymoczko J.L., Stryer L.: Biochemia. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa, 2005, s.143, s. 144, s Blaas L., Musteanu M., Eferl R., Bauer A., Casanova E.: Bacterial artificial chromosomes improve recombinant protein production in mammalian cells. BMC Biotechnol. 9, 3 (2009) 4. Brewczyñski K., Fronk J.: Wykorzystanie zielonego bia³ka fluorescencyjnego GFP w badaniach biologicznych. Post. Biol. Kom. 31, (2004) 5. Brewczyñski K., Fronk J.: Zielone bia³ko fluorescencyjne GFP struktura i w³aœciwoœci. Post. Biol. Kom. 31, (2004) 6. Contag C.H., Jenkins D., Contag P.R., Negrin R.S.: Use of Reporter Genes for Optical Measurements of Neoplastic Disease In vivo. Neoplasia, 2, (2000) 7. Dietrich G., Bubert A., Gentschev I., Sokolovic Z., Simm A., Catic A., Kaufmann S.H., Hess J., Szalay A.A., Goebel W.: Delivery of antigen-encoding plasmid DNA into the cytosol of macrophages by attenuated suicide Listeria monocytogenes. Nat. Biotechnol. 18, (1998) 8. Dietrich G., Viret J.F., Gentschev I.: Haemolysin A and listeriolysin two vaccine delivery tools for the induction of cellmediated immunity. Int. J. Parasitol. 33, (2003) 9. Ferreira L.C., Ferreira R.C., Schumann W.: Bacillus subtilis as a tool for vaccine development: from antigen factories to delivery vectors. An. Acad. Bras. Cienc. 77, (2005) 10. Glick B.R., Pasternak J.J.: Molecular Biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. American Society for Microbiology, Washington, 2003, s Grillot-Courvalin C., Goussard S., Courvalin P.: Wild-type intracellular bacteria deliver DNA into mammalian cells. Cell. Microbiol. 4, (2002) 12. Gryczan T.J., Contente S., Dubnau D.: Characterization of Staphylococcus aureus plasmids introduced by transformation into Bacillus subtilis. J. Bacteriol. 134, (1978) 13. Hanning G., Makrides S.C.: Strategies for optimizing heterologous protein expression in Escherichia coli. Trends Biotechnol. 16, (1998) 14. Higgins D.E., Shastri N., Portnoy D.A.: Delivery of protein to the cytosol of macrophages using Escherichia coli K-12. Mol. Microbiol. 31, (1999) 15. Hoffman R.M., Yang M.: Dual-color, whole-body imaging in mice. Nat. Biotechnol. 23, 790 (2005) 16. Jagielski T., Osiñska O.A., Bielecki J.: Molekularne determinanty wirulencji Listeria monocytogenes. Post. Mikrobiol. 45, (2006) 17. Johnson I.S.: Human insulin from recombinant DNA technology. Science, 219, (1983) 18. Kaufmann S.H.: Immunity to intracellular bacteria. Annu. Rev. Immunol. 11, (1993) 19. Keggins K.M., Lovett P.S., Duvall E.J.: Molecular cloning of genetically active fragments of Bacillus DNA in Bacillus subtilis and properties of the vector plasmid pub110. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 75, (1978) 20. Klug W.S., Cummings M.R., Spencer C.A.: Concepts of genetics. Prentice Hall, Upper Saddle River, NJ, 2006 s. 8, s Ladisch M.R., Kohlmann K.L.: Recombinant Human Insulin. Biotechnol. Prog. 8, (1992) 22. Leclerc C.: New technologies for vaccine development. Med. Sci. (Paris), 23, (2007) 23. Lewis P.J., Marston A.L.: GFP vectors for controlled expression and dual labelling of protein fusions in Bacillus subtilis. Gene, 227, (1999) 24. Libudzisz Z., Kowal K., akowska Z. (red.): Mikrobiologia techniczna. Tom 1. Mikroorganizmy i œrodowiska ich wystêpowania. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa, 2008, s. 317, s Madigan M.T., Martinko J.M., Brock T.D.: Brock Biology of microorganisms. Pearson Prentice Hall, San Francisco, USA, 2006, s. 975, s Makrides S.C.: Strategies for achieving high-level expression of genes in Escherichia coli. Microbiol. Rev. 60, (1996) 27. Maye P., Stover M.L., Liu Y., Rowe D.W., Gong S., Lichtler A.C.: A BAC-bacterial recombination method to generate physically linked multiple gene reporter DNA constructs. BMC Biotechnol. 9, 20 (2009) 28. Miles J.S., Wolf C.R.: Principles of DNA cloning. BMJ, 299, (1989) 29. Mülhardt C.: Der Experimentator: Molekularbiologie / Genomics. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg, 2009, s Nguyen H.D., Nguyen Q.A., Ferreira R.C., Ferreira L.C., Tran L.T., Schumann W.: Construction of plasmid-based expression vectors for Bacillus subtilis exhibiting full structural stability. Plasmid, 54, (2005) 31. Nuc P., Nuc K.: Produkcja rekombinowanych bia³ek w Escherichia coli. Post. Biochem. 52, (2006) 32. Pasternak J.J.: An introduction to Human Molecular Genetics: Mechanisms of Inherited Diseases. Wiley-Liss, New Jersey, 2005, s Pawelec D.P., Jagusztyn-Krynicka E.K.: Atenuowane szczepy Salmonella enterica noœniki heterologicznych antygenów. Post. Mikrobiol. 39, (2000) 34. Petrides D., Sapidou E., Calandranis J.: Computer-aided process analysis and economic evaluation for biosynthetic human insulin production A case study. Biotechnol. Bioengineering, 48, (2004) 35. Poole E.S., Brown C.M., Tate W.P.: The identity of the base following the stop codon determines the efficiency of in vivo translational termination in Escherichia coli. EMBO J. 14, (1995) 36. Rosenberg A.H., Lade B.N., Chui D.S., Lin S.W., Dunn J.J., Studier F.W.: Vectors for selective expression of cloned DNAs by T7 RNA polymerase. Gene, 56, (1987) 37. Roth J.A., Henderson L.M.: New technology for improved vaccine safety and efficacy. Vet. Clin. North Am. Food Anim. Pract. 17, (2001) 38. Schumann W., Ferreira L.C.: Production of recombinant proteins in Escherichia coli. Genet. Mol. Biol. 27, (2004) 39. Sêktas M.: Ekspresja genów klonowanych w wektorach plazmidowych w zrekombinowanych szczepach Escherichia coli. Kosmos, 51, (2002) 40. Shizuya H., Kouros-Mehr H.: The development and applications of the bacterial artificial chromosome cloning system. Keio J. Med. 50, (2001) 41. Spreng S., Dietrich G., Niewiesk S., ter Meulen V., Gentschev I., Goebel W.: Novel bacterial systems for the delivery of recombinant protein or DNA. FEMS Immunol. Med. Microbiol. 27, (2000)

16 16 ZASTOSOWANIE WEKTORÓW BAKTERYJNYCH W BIOLOGII MOLEKULARNEJ I W MEDYCYNIE 42. Staroñ A., Grabowska A., Jagusztyn-Krynicka E.K.: Nadprodukcja i oczyszczanie rekombinowanych, heterologicznych bia³ek w komórkach Escherichia coli. Post. Mikrobiol. 47, (2008) 43. Studier F.W., Moffat B.A.: Use of bacteriophage T7 RNA polymerase to direct selective high-level expression of cloned genes. J. Mol. Biol. 189, (1986) 44. Terpe K., Overview of tag protein fusions: from molecular and biochemical fundaments to commercial systems. Appl. Microbiol. Biotechnol. 60, (2003) 45. Terpe K.: Protein-Affinität-Tags. Biospektrum (Heidelb.), 4, (2007) 46. Vajo Z., Fawcett J., Duckworth W.C.: Recombinant DNA Technology in the Treatment of Diabetes: Insulin Analogs. Endocr. Rev. 22, (2001) 47. Waugh D.S.: Making the most of affinity tags. Trends. Biotechnol. 23, (2005) 48. Wêgleñski P.: Genetyka molekularna. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa, 2007, s. 110, s. 116, s Winter P.C., Hickey G.I., Fletcher H.L.: Genetyka. Wyd. Naukowe PWN, Warszawa, 2004, s Wurm F.M.: Production of recombinant protein therapeutics in cultivated mammalian cells. Nat. Biotechnol. 22, (2004) ród³a internetowe: uses_list.html strona internetowa firmy Advaxis, ( ) strona internetowa firmy Novagen, ( ) Services/Applications/Cloning/PCR-cloning/PCRC-Misc/ The-Technology-Behind-TOPO-Cloning.html strona internetowa firmy Invitrogen, ( ) strona internetowa firmy Novagen, pet System manual ( ) strona internetowa firmy Novagen, Protein expression, pet System tutorial ( ) strona internetowa firmy Promega, The pgem -T and pgem -T Easy Vector Systems. Promega Notes Magazine 58, 36 (1996), ( ) strona internetowa firmy Qiagen, Qiagen PCR Cloning Handbook, ( ) pro2.pdf strona internetowa firmy Qiagen, ( )

17 POST. MIKROBIOL., 2011, 50, 1, ROLA RAMNOLIPIDÓW W ŒRODOWISKU NATURALNYM ukasz awniczak 1, Katarzyna Czaczyk 2, Miko³aj Owsianiak 1, 3, ukasz Chrzanowski 1 * 1 Politechnika Poznañska, Instytut Technologii i In ynierii Chemicznej, Zak³ad Chemii Organicznej, pl. M. Sk³odowskiej-Curie 2, Poznañ 2 Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Katedra Biotechnologii i Mikrobiologii ywnoœci, ul. Wojska Polskiego 48, Poznañ 3 obecny adres: Section for Quantitative Sustainability Assessment, Department of Management Engineering, Technical University of Denmark, Produktionstorvet, Building 424, DK-2800 Kgs. Lyngby, Denmark Wp³ynê³o w listopadzie 2010 r. 1. Wstêp. 2. Rys historyczny od pierwszej izolacji do chwili obecnej. 3. Czynniki wp³ywaj¹ce na produkcjê ramnolipidów. 4. Ramnolipidy a biodegradacja substratów wêglowodorowych. 5. Ramnolipidy a mobilnoœæ komórek bakteryjnych. 6. Rola ramnolipidów w tworzeniu biofilmu. 7. Genetyczne dowody na ró norodnoœæ roli ramnolipidów. 8. Podsumowanie Role of rhamnolipids in the natural environment Abstract: Rhamnolipids are glycolipidic surfactants of bacterial origin. In the past 20 years rhamnolipids were often associated with the mediation of uptake of hydrophobic substrates by bacterial cells. Recent research has provided evidence that rhamnolipids primarily play a role in surface-associated modes of bacterial mobility and are involved in biofilm development. This review gives an insight into the current state of knowledge on these roles of the rhamnolipid biosurfactants. 1. Introduction. 2. Historical view from the first isolation until present. 3. Factors affecting rhamnolipid production. 4. Role of rhamnolipids in the biodegradation of hydrocarbons. 5. Role of rhamnolipids in bacterial mobility. 6. Role of rhamnolipids in biofilm development. 7. Genetic evidence for multiple roles of rhamnolipids. 8. Summary S³owa kluczowe: biofilm, biosurfaktant, ramnolipidy Key words: biofilm, biosurfactant, rhamnolipids 1. Wstêp Wiedza jest nieodwracalna, nie mo e cofn¹æ siê w mrok s³odkiej ignorancji Stanis³aw Lem G³os Pana Biosurfaktanty, czyli zwi¹zki powierzchniowoczynne pochodzenia mikrobiologicznego, to temat, który przyci¹gn¹³ uwagê ogromnej liczby badaczy na ca³ym œwiecie. Wœród szeregu prac naukowych poœwiêconych tej tematyce wyró niæ mo na te koncentruj¹ce siê na produkcji oraz izolacji nowych biosurfaktantów [92, 111], podejmuj¹ce opis budowy chemicznej danego zwi¹zku wraz z rozbudowan¹ czêœci¹ analityczn¹ [5, 91, 124] oraz te dotycz¹ce analizy otrzymanych biosurfaktantów pod wzglêdem ich w³aœciwoœci fizyko-chemicznych, szczególnie w³aœciwoœci powierzchniowo-czynnych [84]. Innym analizowanym aspektem by³o porównanie klasycznych surfaktantów syntetycznych i biosurfaktantów [85, 86]. Okaza³o siê, e surfaktanty pochodzenia biologicznego wykazuj¹ szereg zalet, takich jak: ma³e obci¹ enie œrodowiska naturalnego, wysoka biodegradowalnoœæ, stosunkowo niskie koszty wytwarzania przy masowej produkcji, mo liwoœæ produkowania biosurfaktantów in situ, niskie wartoœci krytycznego stê enia micelarnego (CMC) oraz wysoka skutecznoœæ solubilizacji. Wiele prac dotyczy³o mo liwoœci praktycznego zastosowania biosurfaktantów w dziedzinach takich jak: farmacja, ochrona roœlin, medycyna, przemys³ kosmetyczny i spo ywczy [32, 43, 88]. Szczególnie du o uwagi poœwiêcono wykorzystaniu biosurfaktantów w technikach remediacyjnych, zwi¹zanych z usuwaniem ska eñ ropopochodnych ze œrodowiska naturalnego [45, 103]. W za³o eniu biosurfaktanty mia³y stanowiæ pomost ³¹cz¹cy yj¹ce w œrodowisku hydrofilowym mikroorganizmy z nierozpuszczalnymi w wodzie, hydrofobowymi wêglowodorami. Spodziewano siê, e wydzielanie biosurfaktantów przez mikroorganizmy zwi¹zane jest przede wszystkim z naturalnie wykszta³conym mechanizmem pozyskiwania substratów. Zwiêkszenie rozpuszczalnoœci ropopochodnych zwiêkszaæ mia³o ich biodostêpnoœæ, co w konsekwencji przyczyni³oby siê do intensywniejszego przebiegu procesów biodegradacyjnych [95]. Alternatywnie modyfikacja w³aœciwoœci powierzchniowych samych mikroorganizmów * Autor korespondencyjny: Politechnika Poznañska, Instytut Technologii i In ynierii Chemicznej, Zak³ad Chemii Organicznej, pl. M. Sk³odowskiej-Curie 2, Poznañ; tel.: ; fax.: ; lukasz.chrzanowski@put.poznan.pl

18 18 UKASZ AWNICZAK, KATARZYNA CZACZYK, MIKO AJ OWSIANIAK, UKASZ CHRZANOWSKI przez biosurfaktanty mia³a byæ odpowiedzialna za zwiêkszenie kontaktu komórek ze Ÿród³em wêgla [71, 148]. Obiecuj¹cych rezultatów oczekiwano zw³aszcza w odniesieniu do wielopierœcieniowych wêglowodorów aromatycznych (WWA), stanowi¹cych niebezpieczne i trudne do usuniêcia ska enie œrodowiska [89]. Faktycznie, czêœæ badaczy zaobserwowa³a w przeprowadzonych eksperymentach zwiêkszenie skutecznoœci usuwania zanieczyszczeñ po dodaniu biosurfaktantów [149]. Jednak e równie czêsto obserwowano brak wp³ywu lub negatywny efekt dodatku biosurfaktantów [42, 67]. Obecnie, po ponad dwudziestu latach badañ, sposób postrzegania roli biosurfaktantów w funkcjonowaniu mikroorganizmów zmienia siê diametralnie [15, 138]. Na przyk³adzie ramnolipidów, najlepiej poznanego biosurfaktantu, postaramy siê zbli yæ do najbardziej aktualnej odpowiedzi na pytanie: po co mikroorganizmy produkuj¹ biosurfaktanty? 2. Rys historyczny od pierwszej izolacji do chwili obecnej Ramnolipidy s¹ glikolipidami, w sk³ad których wchodzi cukier ramnoza i kwas $-hydroksydekanowy. Produkowane s¹ g³ównie przez bakterie Gram-ujemne z rodzaju Pseudomonas, wystêpuj¹ce powszechnie w œrodowisku wodnym i glebowym. W 1946 roku pojawia siê pierwsze doniesienie literaturowe o ramnolipidach produkowanych przez bakterie Pseudomonas pyocyanea [9], jednoczeœnie opisane zostaje pierwsze ich praktyczne zastosowanie. Pe³niejszy opis budowy wyizolowanych ramnolipdów pojawia siê nieco póÿniej w pracy Jarvisa i Johnsona [72]. W nastêpnych latach zwrócono uwagê na wysoce efektywn¹ produkcjê ramnolipidów przez bakterie z gatunku Pseudomonas aeruginosa [57]. Zainteresowanie t¹ tematyk¹ rozwija siê w latach szeœædziesi¹tych i siedemdziesi¹tych. Scharakteryzowano strukturê chemiczn¹ pierwszych ramnolipidów, identyfikuj¹c je jako typ R2, charakteryzuj¹cy siê dwiema cz¹steczkami ramnozy [39]. Prowadzono tak e intensywne badania nad optymalnymi warunkami do produkcji i wydzielania tych biosurfaktantów przez ró ne szczepy [119]. W 1971 r. wyizolowany zostaje zupe³nie nowy ramnolipid zbudowany z jednej cz¹steczki ramnozy (typ R1). W ci¹gu kolejnych lat pojawia siê coraz wiêcej homologów, nieznacznie ró ni¹cych siê struktur¹. Opisano równie pochodne obu wymienionych wczeœniej glikolipidów, które posiada³y dodatkow¹ resztê kwasu "-dekenowego, nazwane jako ramnolipidy typu A i B [146]. W póÿniejszych eksperymentach uda³o siê wyizolowaæ metylowe pochodne ramnolipidów R1 i R2 [63], oraz warianty pozbawione jednej cz¹steczki kwasu $-hydroksydekanowego, opisane jako typy R3 i R4 [131]. Gwa³towny rozwój technik analitycznych na przestrzeni ostatniej dekady zaowocowa³ odkryciem wielu zupe³nie nowych struktur, których liczba wynosi obecnie ponad 60 [1]. 3. Czynniki wp³ywaj¹ce na produkcjê ramnolipidów W latach 80 i 90 ubieg³ego wieku poszukiwano skutecznych metod produkcji du ych iloœci biosurfaktantów. Opisano wtedy szereg czynników maj¹cych istotny wp³yw na efektywnoœæ wytwarzania ramnolipidów. Zauwa ono, e s¹ one najwydajniej produkowane przy ograniczeniu Ÿróde³ azotu [32, 53, 97]. W fazie stacjonarnej, kiedy azot jest wyczerpywany, dochodzi do akumulacji ramnolipidów w medium hodowlanym [90]. Inne badania donosz¹, e do nadprodukcji ramnolipidów dochodzi równie w przypadku ograniczonej dostêpnoœci makroelementów np. fosforu [98] lub mikroelementów. Z wczeœniejszych badañ wynika³o, e rodzaj substratu jest równie wa nym czynnikiem wp³ywaj¹cym na efektywnoœæ produkcji i rodzaj otrzymywanych ramnolipidów. PóŸniejsze badania nie potwierdzi³y ró nicy w strukturze biosurfaktantu otrzymanego podczas hodowli na hydrofilowych i hydrofobowych substratach [111]. Wielu naukowców otrzyma³o ramnolipidy podczas hodowli na hydrofobowych substratach (oleje i t³uszcze) [24, 91]. Wielu innych uzyska³o podobne rezultaty stosuj¹c hydrofilowe Ÿród³a wêgla np. cukry [52] lub glicerol, co da³o o wiele lepsze rezultaty ni hodowla na hydrofobowych substratach [5]. Doniesiono tak e, e mo liwa jest efektywna synteza z innych, hydrofilowych Ÿróde³ wêgla takich jak etanol [92]. Obecnie znanych jest wiele prac opisuj¹cych efektywne metody produkcji ramnolipidów z ró nych, czêsto odpadowych substratów przy u yciu innowacyjnych rozwi¹zañ technologicznych [88, 115]. 4. Ramnolipidy a biodegradacja substratów wêglowodorowych Produkcja biosurfaktantów przez mikroorganizmy podczas wzrostu na hydrofobowych Ÿród³ach wêgla zwróci³a szczególn¹ uwagê badaczy, gdy dostrze ono w tym aspekt interesuj¹cy z punktu widzenia technik bioremediacyjnych. Biodostêpnoœæ zanieczyszczeñ w œrodowisku naturalnym jest jednym z kluczowych czynników ograniczaj¹cych postêp procesów biodegradacyjnych [139]. Zatem w przypadku szczepów zdolnych do biodegradacji zwi¹zków ropopochodnych zdolnoœæ do produkcji biosurfaktantów jest prawdopodobnie integraln¹ cech¹ tych mikroorganizmów. Wydzielanie ramnolipidów prowadziæ mia³o do solu-

19 ROLA RAMNOLIPIDÓW W ŒRODOWISKU NATURALNYM 19 bilizacji hydrofobowych zwi¹zków, co jednoznacznie skojarzono ze stymulowaniem procesów biodegradacyjnych [64]. St¹d te brak genów odpowiedzialnych za syntezê ramnolipidów niektórzy badacze powi¹zali bezpoœrednio z niezdolnoœci¹ do wzrostu na hydrofobowych Ÿród³ach wêgla, takich jak np. n-alkany [78, 106]. Podczas wielu testów biodegradacyjnych starano siê zwiêkszyæ biodostêpnoœæ substratu poprzez dodawanie biosurfaktantów. Wykazano, e dodatek ramnolipidów w iloœci 300 mg/l stymulowa³ biodegradacjê oktadekanu [147]. Ci sami badacze [148] przeprowadzili badania, w których dodatek ramnolipidów w ma³ych iloœciach stymulowa³ biodegradacjê heksadekanu dla czêœci szczepów, jednak u innych spowodowa³ inhibicjê procesów degradacyjnych oktadekanu. Zaobserwowano wtedy równie, e dodatek ramnolipidów przyczynia³ siê do znacznego wzrostu efektywnoœci procesów degradacyjnych dla szczepów niezdolnych do produkcji w³asnego biosurfaktantu. Wiele prac wskazywa³o zarówno na pozytywne jak i negatywne skutki dodatku biosurfaktantów na degradacjê hydrofobowych substratów przez szczepy œrodowiskowe [108]. W zwi¹zku z licznymi sprzecznoœciami w doniesieniach literaturowych badacze zaczêli wnikliwie przygl¹daæ siê nie tylko interakcjom pomiêdzy ramnolipidami i zanieczyszczeniami, gdy równie istotnym zacz¹³ siê wydawaæ wp³yw biosurfaktantów na mikroorganizmy. Zauwa ono wyraÿny wp³yw dodawanego biosurfaktantu na zmiany w hydrofobowoœci komórek bakteryjnych badanych szczepów [147, 148]. Zaprzestano doszukiwania siê prostych zale noœci pomiêdzy degraduj¹cymi mikroorganizmami, ramnolipidami i hydrofobowymi substratami a zaczêto traktowaæ je jako zale noœci wielop³aszczyznowe. Kolejne lata to okres badañ nad wp³ywem ramnolipidów na w³aœciwoœci powierzchniowe poszczególnych szczepów bakteryjnych powi¹zane z efektywnoœci¹ procesów biodegradacyjnych. W poszukiwaniu odpowiedzi na kolejne pytania prowadzono liczne próby analizy skomplikowanych zale noœci pomiêdzy biosurfaktantami, mikroorganizmami i ksenobiotykami, aby znaleÿæ optymalne warunki do prowadzenia procesów biodegradacyjnych [100]. Na podstawie przeprowadzonych eksperymentów i analizy kinetyki procesów biodegradacyjnych okreœlono ró ne mechanizmy poboru substratów przez mikroorganizmy: bezpoœredni kontakt komórki z hydrofobowym Ÿród³em wêgla lub pobór wêglowodorów, które przesz³y do fazy wodnej pod wp³ywem surfaktantów [14, 66, 125]. Zdolnoœæ do produkcji biosurfaktantów i zmiany napiêcia powierzchniowego powi¹zano z mechanizmem u³atwionego transportu hydrofobowych substratów do roztworu wodnego. Solubilizacja zwi¹zków z fazy olejowej i transportowanie ich do wnêtrza roztworu wodnego prowadzi³aby do znacznej redukcji czynnika dyfuzyjnego jako parametru ograniczaj¹cego przebieg procesów biodegradacyjnych [89]. Z kolei w³aœciwoœci powierzchniowe szczepów, w szczególnoœci zmiany hydrofobowoœci powi¹zano z mechanizmem bezpoœredniego poboru substratu z fazy olejowej [22]. Zmiany te, bêd¹ce np. wynikiem adsorpcji ramnolipidów czy innych surfaktantów na powierzchni komórki, stanowi³y alternatywn¹ metodê pokonania czynników limituj¹cych wynikaj¹cych z transportu [20, 21]. Zwiêkszenie biodegradacji mog³o zatem wynikaæ ze zwiêkszonej solubilizacji hydrofobowego Ÿród³a wêgla lub te z powodu modyfikacji zewnêtrznych struktur komórkowych, co z kolei mog³o przyczyniaæ siê do ³atwiejszego kontaktu miêdzy wêglowodorowym substratem a komórkami [66, 77, 147]. Przeprowadzone badania nie doprowadzi³y jednak do uzyskania jednoznacznych rezultatów. PóŸniejsze prace sugeruj¹, e obserwowany wzrost efektywnoœci procesów biodegradacyjnych móg³ byæ efektem jednoczesnego wystêpowania obydwu zjawisk. Wiele eksperymentów potwierdza, e zarówno mechanizm bezpoœredniego poboru substratu z fazy olejowej, jak i wspomagana biosurfaktantami solubilizacja hydrofobowych substratów w roztworze wodnym wystêpuj¹ podczas biodegradacji WWA [12, 33]. Przeprowadzono eksperymenty, w których ponad szeœædziesi¹t szczepów bakteryjnych wyizolowanych z gleby o ró nym stopniu zanieczyszczenia ropopochodnymi zosta³o przebadanych pod wzglêdem preferowanego mechanizmu poboru substratów [13]. Uzyskano wyniki sugeruj¹ce, e aden z mechanizmów nie dominuje jednoznacznie nad drugim. Dla po³owy badanych szczepów stwierdzono wystêpowanie wy³¹cznie bezpoœredniego poboru substratu z fazy olejowej, podczas gdy pozosta³a po³owa wykazywa³a mechanizm opieraj¹cy siê o transport u³atwiony wystêpowaniem biosurfaktantu. Co ciekawe, autorzy zaobserwowali dla czêœci badanych szczepów brak powi¹zania pomiêdzy hydrofobowoœci¹ komórek bakteryjnych, efektywnoœci¹ produkcji biosurfaktantów, a rodzajem Ÿród³a wêgla. Bardzo zbli one rezultaty uzyskano po hodowli na hydrofobowym heksadekanie i hydrofilowym glicerolu. Wywnioskowano, e warunki œrodowiskowe panuj¹ce w miejscu wzrostu mikroorganizmów kszta³tuj¹ okreœlone mechanizmy poboru substratu. Rozwiniêcie powierzchni ciek³ej fazy wêglowodorowej w danym œrodowisku bêdzie najprawdopodobniej owocowa³o pojawieniem siê szczepów o bezpoœrednim sposobie poboru substratu z fazy olejowej. Wykazano, e transfer masy jest najwiêkszy gdy mikroorganizmy rosn¹ w bezpoœrednim otoczeniu kropli wêglowodorów [75]. Natomiast dla œrodowiska bogatego w wodê, gdzie dominowaæ bêd¹ szczepy o hydrofilowych w³aœciwoœciach

20 20 UKASZ AWNICZAK, KATARZYNA CZACZYK, MIKO AJ OWSIANIAK, UKASZ CHRZANOWSKI powierzchniowych, przewa aæ bêdzie mechanizm oparty o biosurfaktanty, przy czym w takich uk³adach proces emulgowania zanieczyszczeñ dominuje nad procesem solubilizacji. Pewn¹ ciekawostk¹ s¹ bakterie pobieraj¹ce olej w postaci mikrokropli [127]. Autorzy zwracaj¹ uwagê na fakt, e biosurfaktanty produkowane s¹ zarówno przez hydrofilowe, jak i hydrofobowe szczepy, niezale nie od rodzaju Ÿród³a wêgla, co mo e sugerowaæ, e ich rola wykracza dalece poza pocz¹tkowo przyjête ramy. Pojawia siê te wiele doniesieñ literaturowych sugeruj¹cych, e czêsto biodegradacja przebiega bez udzia³u biosurfaktantów. Przyk³adowo, w 2004 r. zaobserwowano, e produkcja biosurfaktantów jest zupe³nie nie zwi¹zana z efektywnoœci¹ procesu biodegradacji hydrofobowych substratów takich jak WWA [74]. St¹d te próby znalezienia korelacji pomiêdzy hydrofobowoœci¹, a efektywnoœci¹ procesów biodegradacyjnych powiod³y siê jedynie w nielicznych badaniach [17, 104, 105]. Na tym etapie pojawi³y siê badania œrodowiskowe o zupe³nie innym wymiarze. Zauwa ono, e chocia pojedyncze szczepy stanowi¹ bardzo wygodny materia³ do modelowych badañ, to próby przeniesienia prawid³owoœci zaobserwowanych w warunkach laboratoryjnych do uk³adów rzeczywistych koñczy³y siê w wiêkszoœci przypadków niepowodzeniem, zw³aszcza dla œrodowiska glebowego [114]. Nale y podkreœliæ, e aden mikroorganizm nie jest samotn¹ wysp¹, a procesy degradacyjne przebiegaj¹ce w œrodowisku naturalnym przebiegaj¹ z udzia³em wyspecjalizowanych zespo³ów mikroorganizmów, zwanych konsorcjami, lub przynajmniej przez kultury mieszane. Obecnie niewiele jest prac opisuj¹cych wp³yw ramnolipidów lub szczepów zdolnych do ich produkcji na konsorcja œrodowiskowe. Jednak e wykazano, e dodatek mikroorganizmów zdolnych do produkcji ramnolipidów praktycznie nie wp³ywa na biodegradacjê zwi¹zków ropopochodnych przeprowadzon¹ w œrodowisku glebowym [71]. Przyczyn¹ by³y najprawdopodobniej trudnoœci w przystosowaniu siê drobnoustrojów do nowego œrodowiska. Badania nad wp³ywem ramnolipidów na efektywnoœæ biodegradacji oleju napêdowego przez 218 konsorcjów œrodowiskowych wykaza³y, e dodatek biosurfaktantu w równym stopniu zwiêksza³, zmniejsza³ lub pozostawa³ bez wp³ywu na przebieg procesów degradacyjnych [109]. Zaobserwowano równie ca³kowity brak korelacji pomiêdzy hydrofobowoœci¹ komórek w konsorcjach, a ubytkiem oleju napêdowego. Podobne obserwacje poczyniono w innych badaniach [18, 19]. Prowadzi to do wniosku, e w wiêkszoœci przypadków dodatek ramnolipidów nie jest istotnym czynnikiem z punktu widzenia efektywnoœci procesów biodegradacyjnych. Powrócono zatem do alternatywnych koncepcji z poprzednich lat [99]. Stwierdzono, e biosurfaktanty te mog¹ uczestniczyæ w wielu innych procesach [23], a wspomaganie mechanizmu pobierania substratu jest prawdopodobnie tylko jednym z obserwowanych zjawisk oraz innych mechanizmów adaptacyjnych [38]. Kolejne lata badañ to etap analizy funkcji ramnolipidów z perspektywy kolonizowania otoczenia, tworzenia i rozpadu biofilmów bakteryjnych oraz specyficznej aktywnoœci wobec innych organizmów. 5. Ramnolipidy a mobilnoœæ komórek bakteryjnych W przypadku wyczerpywania sk³adników pokarmowych w œrodowisku mo liwe s¹ dwa scenariusze: mikroorganizmy wykszta³caj¹ nowe mechanizmy pozyskiwania substratów dot¹d dla nich niedostêpnych lub opuszczaj¹ œrodowisko w poszukiwaniu lepszych warunków. Pocz¹tkowo uwa ano, e ramnolipidy s¹ wykorzystywane g³ównie do zwiêkszenia biodostêpnoœci potencjalnych Ÿróde³ wêgla [5], jednak wydzielanie wielkocz¹steczkowych produktów wy³¹cznie w celu pobrania niskocz¹steczkowych substratów wydaje siê nieuzasadnione z punktu widzenia bilansu energetycznego komórki. Œrednia masa cz¹steczkowa ramnolipidów wynosi 650 g/mol, a przyk³adowo masa cz¹steczkowa heksadekanu to 226 g/mol. Ma³o prawdopodobnym jest by raz wydzielone cz¹steczki ramnolipidów ponownie powróci³y do komórki wraz z heksadekanem. Mog¹ siê one przyczyniaæ do wymywania potencjalnego substratu z najbli szego otoczenia komórek, lub te, zgodnie z za³o eniami drugiego scenariusza, do przemieszczenia samych mikroorganizmów. W œwietle najnowszych odkryæ to w³aœnie mobilnoœæ komórek ma najwy szy priorytet [134, 138]. Na przyk³adzie P. aeruginosa wielu badaczy wykaza³o, e komórki bakteryjne s¹ zdolne do trzech ró nych rodzajów ruchu: p³ywania za spraw¹ rzêsek, ruchu drgaj¹cego (twitching) opartego na pili typu IV oraz wzrostu rozpe³zliwego (swarming) [35, 79]. P. aeruginosa posiada pojedyncz¹, polarn¹ wiæ, która pozwala komórkom p³ywaæ w œrodowisku wodnym. Wiæ wraz z uk³adem chemoreceptorów i systemem przekazywania bodÿców jest wykorzystywana przez bakterie w procesach reagowania na sygna³y z otoczenia [132]. W przypadku poruszania siê po powierzchni mo liwy jest ruch typu drgaj¹cego przy pomocy pili typu IV [29, 141]. Uwa a siê, e u podstaw tego zjawiska le y tendencja do rozci¹gania i kurczenia siê pili, co wprawia komórki w ruch. Synteza i formowanie pili wymaga wielu genów, a warunki œrodowiskowe potrzebne do ich uaktywnienia nie zosta³y do koñca poznane [65]. S¹ one istotnym elementem budowy komórki, bior¹cym udzia³ w infekcyjnych atakach drobnoustrojów i przyczepianiu siê do powierzchni abiotycznych [55, 101].