Podstawy projektowania leków wykład 13
|
|
- Daniel Stefański
- 7 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 odstawy projektowania leków wykład 13 Łukasz Berlicki rojektowanie wspomagane komputerowo rojektowanie leków oparte na strukturze często wykorzystuje metody komputerowe, aby: rzeanalizować duŝą liczbę struktur cenić energię wiązania liganda Zaprojektować nowe związki 1
2 Strategie poszukiwania ligandów budowanie łączenie? dokowanie? podejście klasyczne Identyfikacja celu Biblioteka związków Testy in vitro Identyfikacja związku 2
3 film odejście wspomagane komputerowo Identyfikacja celu Struktura celu (krystalografia lub NMR) Biblioteka struktur dokowanie ocena synteza testy in vitro Identyfikacja związku 3
4 Bazy danych związków Bazy publiczne, darmowe: Baza NCI (National Cancer Institute), ok struktur Baza ZINC (Uniwersytet Kalifornijski, San Francisco), ok struktur związków, które moŝna kupić Bazy danych związków w firmach farmaceutycznych Baza ZINC Suma katalogów (295) firm dostarczających związki chemiczne odzielona na bazy częściowe pisuje róŝne stany uprotonowania Format przygotowany do dokowania 4
5 Baza ZINC rogramy do dokowania ZałoŜenia dla dokowania: Rozpuszczalnik pomijany Białko w ustalonej konformacji (sztywne) Ligand moŝe przyjmować róŝne konformacje Typy algorytmów: rzeszukiwanie systematyczne Stochastyczne (Monte Carlo i genetyczne) Dynamika molekularna 5
6 Funkcje oceniające Funkcja oceniająca (scoring function) algorytm oceny stałej wiązania liganda do białka dla danego kompleksu ligand-białko f() ocena aktywności Funkcje oceniające Funkcja oceniająca (scoring function) algorytm oceny stałej wiązania liganda do białka dla danego kompleksu ligand-białko f( )= ocena aktywności 6
7 Funkcje oceniające Typy funkcji oceniających: Bazujące na energii oddziaływania (force field-based) - obliczonej na podstawie równań opisujących mechanikę molekularną (z zastosowaniem pola siłowego). Empiryczne (empirical) równia opisujące poszczególne oddziaływania opracowane na podstawie znanych kompleksów ligand-białko Bazujące na wiedzy (knowledge-based) równania korelujące znane aktywności inhibitorowe z strukturami kompleksów na podstawie odległości poszczególnych par atomów. Konsensusowe (consensus scoring) połączenie kilku funkcji oceniających. rogramy do dokowania 7
8 Virtual screening vs HTS oszukiwanie inhibitorów fosfatazy tyrozyn białkowych (protein tyrosine phosphatase, T 1B) wielkoskalowe testy przesiewowe (HTS) związków, 300 związków o aktywności < 300 µm, 85 przetestowanych związków IC 50 < 100 µm, Współczynnik sukcesu (hit rate) = % virtual screening (program DCK v. 3.5) związków, 365 struktur z wysokimi ocenami, 127 przetestowanych związków IC 50 < 100 µm, Współczynnik sukcesu (hit rate) = 34.8 % Ligandy receptora dopaminowego D 3 Virtual screening związków (baza NCI) Dopasowanie do farmakoforu związków pasujących do farmakoforu 8
9 Ligandy receptora dopaminowego D 3 Dokowanie do 4 konformacji receptora Wybrano 20 związków, które reprezentowały nowe chemotypy i miały wysoką ocenę dla dokowań dla co najmniej 2 konformacji receptora Ligandy receptora dopaminowego D 3 8 związków wykazywało aktywność < 0.5 µm Najbardziej aktywny związek miał K i = 11 nm 9
10 Antagoniści receptora neurokininy 1 Receptor neurokininy 1 jest GCR dpowiada za wiązanie neurotransmiterów i przekazywanie bólu. Struktura krystaliczna nie jest znana Dla potrzeb virtual screening opracowano model na podstawie homologii Antagoniści receptora neurokiniky 1 Zastosowano 8 strukturalnych baz danych związki Filtry: masa molowa i ilość wiązań rotowalnych związków Filtry: cechy hydrofobowe i donor/akceptor wiązania wodorowego związków Dopasowanie do farmakoforu związków 10
11 Antagoniści receptora neurokiniky 1 Dokowanie do modelu receptora (program FlexX) i ocena (Drug Score) związków o najwyŝszej ocenie sprawdzonych ręcznie 7 związków wybranych do testów IC 50 = 250 nm Inhibitory kinazy Chk związków z bazy danych AstraZeneca Zastosowanie filtrów: masa molowa < 601 liczba wiązań rotowalnych < związków, becność pary donor/akceptor wiązania wodorowego (motyw wiąŝący) związków Dokowanie do miejsca wiązania AT 11
12 Inhibitory kinazy Chk1 cena dokowania na podstawie funkcji konsensusowej pracowanie funkcji konsensusowej na podstawie oceny inhibitorów kinazy CDk2 (100 inhibitorów wśród związków) Sprawdzenie róŝnych kombinacji funkcji oceniających pozwoliło wskazać tą, która wskazywała najwięcej inhibitorów. Kombinacja funkcji FlexX i MF wskazywała 45% inhibitorów w 5% najlepszych wyników. Inhibitory kinazy Chk1 Na podstawie oceny funkcją konsensusową wybrano 250 związków rzetestowani 103 związków 36 związków miało aktywność w zakresie 0.11 do 68 µm. 12
13 Inhibitory kinazy FGFR Kinaza FGFR (Fibroblast Growth Factor Receptor 1 Kinase) pełni rolę w rozwoju róŝnych nowotworów. Miejsce aktywne moŝe przyjmować dwie konformacje Zastosowano bazę ZINC z 2.2 mln związków. Dokowanie przeprowadzono do obu konformacji przy uŝyciu programu Glide. Inhibitory kinazy FGFR Wszystkie związki (2.2 mln) z bazy ZINC zostały zadokowane w trybie standardowej precyzji do obu konformacji najlepiej ocenionych związków zadokowano ponownie w trybie wysokiej precyzji do obu konformacji najlepiej ocenionych związków zadokowano do innych kinaz (EGFR, InsR, VEGFR2, Src i MEK). 100 najlepiej ocenionych związków, które nie były dobrze ocenione dla innych kinaz. rzetestowano 24 związki. 2 związki wykazywały aktywność (IC i 50 µm). 13
14 Inhibitory kinazy FGFR Inhibitory kinazy FGFR omimo zastosowania procedury zwiększającej selektywność otrzymane związki nie wykazywały znaczącej selektywności. 14
15 ptymalizacja podejście klasyczne Synteza analogów testy in vitro biodostępność Badania kliniczne LEK ptymalizacja wspomagana komputerowo Struktura kompleksu Analiza miejsca wiązania ptymalizacja struktury synteza testy in vitro biodostępność testy kliniczne LEK 15
16 Strategie optymalizacji Łączenie fragmentów Budowanie Strategie optymalizacji rzyłączanie atomów Zalety: DuŜa róŝnorodność strukturalna związków Efektywne wykorzystanie wszystkich moŝliwych oddziaływań Brak konieczności uŝycia bazy danych fragmentów Wady: Zaprojektowane związki mogą być trudne do syntezy lub niestabilne rzyłączanie fragmentów Zalety: Związki składają się z fragmentów, które są syntezowalne Wady: RóŜnorodność strukturalna związków zaleŝy od wykorzystanej bazy 16
17 rogramy do projektowania GENSTAR atomy rozbudowuje cząsteczki na bazie struktury enzymu GRUBUILD fragmenty wzrost sekwencyjny GRW aminokwasy wzrost sekwencyjny GRWML fragmenty wzrost sekwencyjny poszukiwanie stochastyczne HK fragmenty łączenie fragmentów LEGEND atomy poszukiwanie stochastyczne LUDI fragmenty poszukiwanie kombinatoryczne MCSS fragmenty próbkowanie stochastyczne R-LIGAND fragmenty wzrost sekwencyjny R-SELECT fragmenty podejście szkielet-linker SKELGEN małe fragmenty poszukiwanie Monte-Carlo SRUT fragmenty wzrost sekwencyjny poszukiwanie kombinatoryczne rogram LUDI Znajdowanie potencjalnych miejsc oddziaływania: Lipofilowe (zielone) Donor wiązania wodorowego (czerwone) Akceptor wiązania wodorowego (niebieskie) Nakładanie fragmentów na miejsca oddziaływania rzyłączanie kolejnych fragmentów (nakładających się z cząsteczką bazową i miejscami oddziaływania) 17
18 Inhibitory syntetazy glutaminy H H GS / AT GS / NH 3 H H H H GS / AT H Inhibitory syntetazy glutaminy - + NH 3 S NH + + NH 3 NH H NH 3 1µM 0.6µM 1.6µM 25µM - - NH 3 + H N H H + - NH 3 + NH 3 - NH 3 + H - - NH 3 + S NH2 21µM 40µM 54µM 51µM H + + NH 3 NH + 3 NH 3 160µM 800µM 1100µM 18
19 Inhibitory syntetazy glutaminy cena kompleksów inhibitor-enzym SCRE ,50 3,50 4,50 5,50 6,50 pki 0-50 LUDI_1 LUDI_2 LUDI_3 2,50 3,50 4,50 pki 5,50 6,50 SCRE ,50 3,50 4,50 5,50 6,50 pki LUDI_1 LUDI_2 LUDI_3 2,50 3,50 4,50 pki 5,50 6,50 SCRE D_SCRE MF_SCRE G_SCRE CHEMSCRE F_SCRE Inhibitory SCRE D_SCRE MF_SCRE G_SCRE CHEMSCRE F_SCRE Fosforylowane inhibitory Inhibitory syntetazy glutaminy Miejsca oddziaływania (program LUDI) 19
20 Inhibitory syntetazy glutaminy Struktury zaprojektowanych związków H N H H H H H H H H N N N H H N H H H H H NH NH N H N H N H H H H H H NH H H H H H H H NH 2 H NH2 N H H N Inhibitory syntetazy glutaminy Struktura kompleksu enzym-inhibitor H R H K i [µm] E. coli M. tuberculosis kukurydza -CH ND 1.1 -CH CH 2 H CH(CH 3 ) CH 2 CH 2 55 ND 320 -CH 2 CH 2 CH 970 ND ND 20
21 odsumowanie Wspomagane komputerowo poszukiwanie nowych cząsteczek aktywnych jest znacząco wydajniejsze niŝ klasyczne techniki HTS. rojektowanie nowych cząsteczek prowadzi do struktur trudnych do otrzymania innymi metodami. 21
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład VI Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład IV Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 12
Podstawy projektowania leków wykład 12 Łukasz Berlicki Projektowanie wspomagane komputerowo Ligand-based design QSAR i 3D-QSAR Structure-based design projektowanie oparte na strukturze celu molekularnego
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 1
Podstawy projektowania leków wykład 1 Łukasz Berlicki Sprawy techniczne E-mail: lukasz.berlicki@pwr.edu.pl Konsultacje: p.322a/a2, wtorek, piątek, godz. 10-12 Egzamin, 27 stycznia, godz. 15.15 Poprawa
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowania leków
Komputerowe wspomaganie projektowania leków MECHANIKA MOLEKULARNA I KWANTOWA W MM korzysta się z równań wynikających z praw fizyki klasycznej i stosuje się je do jader atomów z pominięciem elektronów,
Bardziej szczegółowoDokowanie molekularne. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski
molekularne Wstęp Dokowanie metoda modelowania molekularnego, pozwalająca na znalezienie położenia (i konformacji) liganda w miejscu wiążącym receptora. Informacja ta pozwala na ocenę energii swobodnej
Bardziej szczegółowoQSAR i związki z innymi metodami. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski
QSAR i związki z innymi metodami Wstęp QSAR Quantitative Structure-Activity Relationship. Jest to metoda polegająca na znalezieniu (i analizie) zależności pomiędzy strukturą chemiczną (geometria cząsteczki,
Bardziej szczegółowoLek od pomysłu do wdrożenia
Lek od pomysłu do wdrożenia Lek od pomysłu do wdrożenia KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU
Bardziej szczegółowoBadanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych
Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Agnieszka Obarska-Kosińska Prof. dr hab. Bogdan Lesyng Promotorzy: Dr hab. Janusz Bujnicki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej,
Bardziej szczegółowoStructure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State
Maura Malińska Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski Promotorzy: prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, prof. dr hab. Andrzej Kutner Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the
Bardziej szczegółowoZakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej
Badania struktury i aktywności nietypowego enzymu dekapującego ze Świdrowca nagany Białko TbALPH1 zostało zidentyfikowane jako enzym dekapujący w pasożytniczym pierwotniaku, świdrowcu nagany Trypasonoma
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 9
Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne
Bardziej szczegółowocz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Prof. dr hab. Sławomir Filipek Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii 1 Strategie projektowania leków
Bardziej szczegółowok = Ae -E a/rt Teoria stanu przejściowego Podstawy projektowania leków wykład Łukasz Berlicki
odstawy projektowania leków wykład 8 Łukasz Berlicki Teoria stanu przejściowego Stan przejściowy stan o najwyŝszej energii potencjalnej znajdujący się na ścieŝce reakcji. Energia aktywacji róŝnica energii
Bardziej szczegółowoStrategie projektowania leków
Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego znana 1D i 3D QSAR
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 6
Podstawy projektowania leków wykład 6 Łukasz Berlicki Peptydy i peptydomimetyki Peptydy oligomery zbudowane z aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym. Peptydomimetyki cząsteczki naśladujące strukturę
Bardziej szczegółowoBioinformatyka II Modelowanie struktury białek
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 14
Podstawy projektowania leków wykład 14 Łukasz Berlicki Korzystne właściwości leków Wysoka aktywność i selektywność Dostępność syntetyczna Brak grup chemicznie reaktywnych MoŜliwość podawania doustnego
Bardziej szczegółowoBioinformatyka II Modelowanie struktury białek
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,
Bardziej szczegółowoPrzewidywanie struktur białek
Łukasz Ołdziejewski Wydział Chemii UW Przewidywanie struktur białek czyli droga do projektowania indywidualnych leków Sprawozdanie studenckie 2007/2008 1 Indywidualność jednostki KaŜdy człowiek jest indywidualnym
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład II Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoDotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano.
Chemia teoretyczna to dział chemii zaliczany do chemii fizycznej, zajmujący się zagadnieniami związanymi z wiedzą chemiczną od strony teoretycznej, tj. bez wykonywania eksperymentów na stole laboratoryjnym.
Bardziej szczegółowoProjektowanie Nowych Chemoterapeutyków
Jan Mazerski Katedra Technologii Leków i Biochemii Wydział Chemiczny Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków XV. QSAR 3D QSAR w przestrzeni Rozwój metod ustalania struktury 3D dla białek i ich kompleksów.
Bardziej szczegółowoOrganizacja tkanek - narządy
Organizacja tkanek - narządy Architektura skóry tkanki kręgowców zbiór wielu typów komórek danej tkanki i spoza tej tkanki (wnikają podczas rozwoju lub stale, w trakcie Ŝycia ) neurony komórki glejowe,
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 10
Bioinformatyka wykład 10 21.XII.2010 białkowa bioinformatyka strukturalna, c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2011-01-17 1 Regiony nieuporządkowane disordered regions trudna definicja trudne do przewidzenia
Bardziej szczegółowoMetody dokowania ligandów
Metody dokowania ligandów Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.
Bioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 18.01.11 1 Struktura natywna minimum energii swobodnej F = U TS Prawdopodobieństwo stanu ~ exp(-f/k
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012
Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2013-01-21 1 Plan wykładu regiony nieuporządkowane sposoby przedstawienia struktur białkowych powierzchnia
Bardziej szczegółowocz. VI leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. VI leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe Prof. dr hab. Sławomir Filipek Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Uniwersytet Warszawski
Bardziej szczegółowoWykład 5-6. leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe
Wykład 5-6 leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe Budowa i działanie wirusów Wirusy RNA: grypa, rotawirus, SARS, wir. zap. wątroby A i C, Ebola, HIV Wirusy DNA: - ospa prawdziwa (smallpox), - ospa wietrzna
Bardziej szczegółowoO C E N A rozprawy doktorskiej mgr Pauliny Fortuny pt. Projektowanie i synteza inhibitorów oddziaływania białko-białko dla układów
Wrocław, 2017-05-18 Dr hab. Piotr Stefanowicz tel. 71 375 7213 piotr.stefanowicz@chem.uni.wroc.pl O C E N A rozprawy doktorskiej mgr Pauliny Fortuny pt. Projektowanie i synteza inhibitorów oddziaływania
Bardziej szczegółowoOddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych
Bardziej szczegółowoŻwirki i Wigury 93, Warszawa TEL.: , FAX: , E- MAIL: Dr hab. Joanna T
Żwirki i Wigury 93, 02-089 Warszawa TEL.: + 48 22 55 40 800, FAX: +48 22 55 40 801, E- MAIL: sekretariat@uw.edu.pl www.cent.uw.edu.pl Dr hab. Joanna Trylska, prof. UW tel. (22) 5540843 e- mail: joanna@cent.uw.edu.pl
Bardziej szczegółowoProjektowanie leków Drug design
Bioinformatyka Wykład 12. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Projektowanie leków Drug design Wykład 12, 2011 1 Historia projektowania leków Odkrywanie leków:
Bardziej szczegółowoFarmakofory. metody QSAR
Farmakofory metody QSAR Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego
Bardziej szczegółowoMECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN
MECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN Jaka jest rola kinaz MA (generalnie)? Do czego służy roślinom (lub generalnie) fosfolipaza D? Czy u roślin występują hormony peptydowe? Wymień znane Ci rodzaje receptorów
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 10.I.2008
Bioinformatyka wykład 10.I.2008 Przewidywanie struktur białek krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-10 1 Plan wykładu pole siłowe - opis energetyczny struktur białka proces zwijania się białek przewidywanie
Bardziej szczegółowoUniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Wydział
Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Kierunek i poziom studiów: Chemia II stopień Sylabus modułu: : Przedmiot C związany ze specjalnością (0310-CH-S2-003) Nazwa wariantu modułu (opcjonalnie): Chemoinformatyka
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowania leków
Komputerowe wspomaganie projektowania leków MECHANIKA MOLEKULARNA I KWANTOWA W MM korzysta się z równań wynikających z praw fizyki klasycznej i stosuje się je do jader atomów z pominięciem elektronów,
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 11
Podstawy projektowania leków wykład 11 Łukasz Berlicki QSAR i 3D QSAR 1964, C. Hansch i T. Fujita: QSAR 1984, P. Andrews: wkład grup funkcyjnych do oddziaływania z celem molekularnym 1985, P. Goodford:
Bardziej szczegółowoGeometria cząsteczek wieloatomowych. Hybrydyzacja orbitali atomowych.
Geometria cząsteczek wieloatomowych. Hybrydyzacja orbitali atomowych. Geometria cząsteczek Geometria cząsteczek decyduje zarówno o ich właściwościach fizycznych jak i chemicznych, np. temperaturze wrzenia,
Bardziej szczegółowoPROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA. prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego
PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego W trakcie studiów II stopnia student kierunku Energetyka i Chemia
Bardziej szczegółowoGrafy i sieci wybrane zagadnienia wykład 3: modele służące porównywaniu sieci
Grafy i sieci wybrane zagadnienia wykład 3: modele służące porównywaniu sieci prof. dr hab. inż. Marta Kasprzak Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska Plan wykładu 1. Sieci jako modele interakcji
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 3.I.2008
Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur
Bardziej szczegółowoWykład 11 Równowaga kwasowo-zasadowa
Wykład 11 Równowaga kwasowo-zasadowa JS Skala ph Skala ph ilościowa skala kwasowości i zasadowości roztworów wodnych związków chemicznych. Skala ta jest oparta na aktywności jonów hydroniowych [H3O+] w
Bardziej szczegółowoKARTA PRZEDMIOTU. Informacje ogólne WYDZIAŁ MATEMATYCZNO-PRZYRODNICZY. SZKOŁA NAUK ŚCISŁYCH UNIWERSYTET KARDYNAŁA STEFANA WYSZYŃSKIEGO W WARSZAWIE
1 2 4 5 6 7 8 8.0 Kod przedmiotu Nazwa przedmiotu Jednostka Punkty ECTS Język wykładowy polski Poziom przedmiotu podstawowy K_W01 2 wiedza Symbole efektów kształcenia K_U01 2 umiejętności K_K01 11 kompetencje
Bardziej szczegółowoWiązania kowalencyjne
Wiązania kowalencyjne (pierw. o dużej E + pierw. o dużej E), E < 1,8 TERIE WIĄZANIA KWALENCYJNEG Teoria hybrydyzacji orbitali atomowych Teoria orbitali molekularnych Teoria pola ligandów YBRYDYZACJA RBITALI
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.
Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 11.01.11 1 Dopasowanie strukturalne (alignment) odległość: d ij = (x i -x J ) 2 + (y i -y J ) 2
Bardziej szczegółowoTransport elektronów w biomolekułach
Transport elektronów w biomolekułach Równanie Arrheniusa, energia aktywacji Większość reakcji chemicznych zachodzi ze stałą szybkości (k) zaleŝną od temperatury (T) i energii aktywacji ( G*) tej reakcji,
Bardziej szczegółowoChemiczne składniki komórek
Chemiczne składniki komórek Pierwiastki chemiczne w komórkach: - makroelementy (pierwiastki biogenne) H, O, C, N, S, P Ca, Mg, K, Na, Cl >1% suchej masy - mikroelementy Fe, Cu, Mn, Mo, B, Zn, Co, J, F
Bardziej szczegółowoPOWSZECHNE KRAJOWE ZASADY WYCENY (PKZW)
POWSZECHNE KRAJOWE ZASADY WYCENY (PKZW) NOTA INTERPETACYJNA NR 1 NI 1 ZASTOSOWANIE PODEJŚCIA PORÓWNAWCZEGO W WYCENIE NIERUCHOMOŚCI 1. WPROWADZENIE...2 2. PRZEDMIOT I ZAKRES STOSOWANIA NOTY...2 3. ZAŁOśENIA
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoĆwiczenie nr 2 Komputerowe modelowanie cząsteczek związków chemicznych przy uŝyciu programu HyperChem Lite
Ćwiczenie nr 2 Komputerowe modelowanie cząsteczek związków chemicznych przy uŝyciu programu HyperChem Lite Część teoretyczna Cel ćwiczenia 1) Zapoznanie studentów z modelowaniem molekularnym 2) Zapoznanie
Bardziej szczegółowoEnzymy katalizatory biologiczne
Enzymy katalizatory biologiczne Kataliza zjawisko polegające na obniżeniu energii aktywacji reakcji i zwiększeniu szybkości reakcji chemicznej i/lub skierowaniu reakcji na jedną z termodynamicznie możliwych
Bardziej szczegółowoSTECHIOMETRIA SPALANIA
STECHIOMETRIA SPALANIA Mole i kilomole Masa atomowa pierwiastka to średnia waŝona mas wszystkich jego naturalnych izotopów w stosunku do 1/12 masy izotopu węgla: 1/12 126 C ~ 1,66 10-27 kg Liczba Avogadra
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury
Bardziej szczegółowoENZYMY W CHEMII. Michał Rachwalski. Uniwersytet Łódzki, Wydział Chemii, Katedra Chemii Organicznej i Stosowanej
ENZYMY W CHEMII Michał Rachwalski Uniwersytet Łódzki, Wydział Chemii, Katedra Chemii rganicznej i Stosowanej Czym są enzymy? Enzymy są białkami zawierającymi od 60 do 1000 reszt aminokwasów; Enzymy są
Bardziej szczegółowoCele molekularne leków. Podstawy projektowania leków wykład
Podstawy projektowania leków wykład 9 Łukasz Berlicki Cele molekularne leków Jedną z głównych klas celów molekularnych są receptory sprzęŝone z białkami G (G protein-coupled receptors, GPCR). 1 Leki Ok.
Bardziej szczegółowoFizyka i Ŝycie cz. I impresje molekularne. śycie z molekularnego punktu widzenia. Cząsteczka chemiczna
Fizyka i Ŝycie cz. I impresje molekularne Poznawanie zjawiska Ŝycia to fascynujące miejsce spotkań wielu dziedzin nauki: biologii biochemii chemii fizyki matematyki informatyki oraz 7 stycznia 2010 Maciej
Bardziej szczegółowoZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ
ZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ Prof. Krzysztof Nieszporek Kierownik Zakładu Prof. Krzysztof Woliński Prof. Paweł Szabelski Dr Mariusz Barczak Dr Damian Nieckarz Dr Przemysław Podkościelny prof. Krzysztof Woliński
Bardziej szczegółowoWydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, Wrocław. Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, r.
Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, 50-370 Wrocław Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, 18.01.2016 r. Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Pauliny Klimentowskiej pt. Krystalochemia wybranych
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 10
Podstawy projektowania leków wykład 10 Łukasz Berlicki Od eksperymentu do teorii 1964, C. Hansch i T. Fujita: QSAR 1984, P. Andrews: wkład grup funkcyjnych do oddziaływania z celem molekularnym 1985, P.
Bardziej szczegółowoWYKŁAD NR 3 OPIS DRGAŃ NORMALNYCH UJĘCIE KLASYCZNE I KWANTOWE.
1 WYKŁAD NR 3 OPIS DRGAŃ NORMALNYCH UJĘCIE KLASYCZNE I KWANTOWE. Współrzędne wewnętrzne 2 F=-fq q ξ i F i =-f ij x j U = 1 2 fq2 U = 1 2 ij f ij ξ i ξ j 3 Najczęściej stosowaną metodą obliczania drgań
Bardziej szczegółowoKombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk
Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność
Bardziej szczegółowoPrzegląd budowy i funkcji białek
Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 14. Maria Bełtowska-Brzezinska KINETYKA REAKCJI ENZYMATYCZNYCH
Ćwiczenie 14 aria Bełtowska-Brzezinska KINETYKA REAKCJI ENZYATYCZNYCH Zagadnienia: Podstawowe pojęcia kinetyki chemicznej (szybkość reakcji, reakcje elementarne, rząd reakcji). Równania kinetyczne prostych
Bardziej szczegółowoCzy można zastosować ultradźwięki do niszczenia tkanki nowotworowej?
Czy można zastosować ultradźwięki do niszczenia tkanki nowotworowej? Bezpośrednie działanie mało efektywne, efekty uboczne ( T), problemy z selektywnością In vitro działanie na wyizolowane DNA degradacja
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Bardziej szczegółowoInformacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów
Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego
Bardziej szczegółowoOddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych
Bardziej szczegółowoWskaż grupy reakcji, do których można zaliczyć proces opisany w informacji wstępnej. A. I i III B. I i IV C. II i III D. II i IV
Informacja do zadań 1. i 2. Proces spalania pewnego węglowodoru przebiega według równania: C 4 H 8(g) + 6O 2(g) 4CO 2(g) + 4H 2 O (g) + energia cieplna Zadanie 1. (1 pkt) Procesy chemiczne można zakwalifikować
Bardziej szczegółowoModelowanie molekularne
Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii
Bardziej szczegółowoOptymalizacja optymalizacji
7 maja 2008 Wstęp Optymalizacja lokalna Optymalizacja globalna Algorytmy genetyczne Badane czasteczki Wykorzystane oprogramowanie (Algorytm genetyczny) 2 Sieć neuronowa Pochodne met-enkefaliny Optymalizacja
Bardziej szczegółowoMultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński
MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,
Bardziej szczegółowoCF 3. Praca ma charakter eksperymentalny, powstałe produkty będą analizowane głównie metodami NMR (1D, 2D).
Tematy prac magisterskich 2017/2018 Prof. dr hab. Henryk Koroniak Zakład Syntezy i Struktury Związków rganicznych Zespół Dydaktyczny Chemii rganicznej i Bioorganicznej 1. Synteza fosfonianowych pochodnych
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 2 Przejawy wiązań wodorowych w spektroskopii IR i NMR
Ćwiczenie 2 Przejawy wiązań wodorowych w spektroskopii IR i NMR Szczególnym i bardzo charakterystycznym rodzajem oddziaływań międzycząsteczkowych jest wiązanie wodorowe. Powstaje ono między molekułami,
Bardziej szczegółowoDOBÓR ŚRODKÓW TRANSPORTOWYCH DLA GOSPODARSTWA PRZY POMOCY PROGRAMU AGREGAT - 2
InŜynieria Rolnicza 14/2005 Michał Cupiał, Maciej Kuboń Katedra InŜynierii Rolniczej i Informatyki Akademia Rolnicza im. Hugona Kołłątaja w Krakowie DOBÓR ŚRODKÓW TRANSPORTOWYCH DLA GOSPODARSTWA PRZY POMOCY
Bardziej szczegółowoCzęść A wprowadzenie do programu Mercury
Część A wprowadzenie do programu Mercury Mercury program graficzny do wizualizacji i analizy geometrii cząsteczek i kryształów. Zbiory wejściowe do tego programu o rozszerzeniu res, cif (mol lub pdb) zawierają
Bardziej szczegółowoCzęść III: Poszukiwanie chemoterapeutyków
5. MECHANIZM DZIAŁANIA LEKÓW NA POZIOMIE MOLEKULARNYM Chociaż każda grupa leków posiada swój indywidualny mechanizm działania, to jednak możliwe jest znalezienie elementów wspólnych występujących we wszystkich
Bardziej szczegółowoDoświadczenia firmy ze współpracy z instytucjami naukowymi w zakresie komercjalizacji badań
Doświadczenia firmy ze współpracy z instytucjami naukowymi w zakresie komercjalizacji badań Justyna Supel 21 kwietnia 2010 roku, hotel Andel s, ul.pawia 3. Kraków Konferencja pt. Pracownik naukowy na rynku
Bardziej szczegółowoRysunki pochodzą z książki Chemia medyczna, G.L. Patrick, WNT. Odwołanie do wykładu z STL
Rysunki pochodzą z książki Chemia medyczna, G.L. Patrick, WNT Odwołanie do wykładu z STL Izolacja z surowców naturalnych jak np. rośliny, tkanki zwierzęce Lek naturalny Lek biotechnologiczny Lek syntetyczny
Bardziej szczegółowoSeria 2, ćwiczenia do wykładu Od eksperymentu do poznania materii
Seria 2, ćwiczenia do wykładu Od eksperymentu do poznania materii 8.1.21 Zad. 1. Obliczyć ciśnienie potrzebne do przemiany grafitu w diament w temperaturze 25 o C. Objętość właściwa (odwrotność gęstości)
Bardziej szczegółoworelacje ilościowe ( masowe,objętościowe i molowe ) dotyczące połączeń 1. pierwiastków w związkach chemicznych 2. związków chemicznych w reakcjach
1 STECHIOMETRIA INTERPRETACJA ILOŚCIOWA ZJAWISK CHEMICZNYCH relacje ilościowe ( masowe,objętościowe i molowe ) dotyczące połączeń 1. pierwiastków w związkach chemicznych 2. związków chemicznych w reakcjach
Bardziej szczegółowoZastosowania algorytmów genetycznych w badaniach struktury związków biologicznie czynnych
Dr hab. inż. Halina Szatyłowicz Zakład Chemii Fizycznej Wydział Chemiczny Politechniki Warszawskiej Warszawa, 19.08.2015 Recenzja rozprawy doktorskiej pt. Zastosowania algorytmów genetycznych w badaniach
Bardziej szczegółowoKomputerowo wspomagane projektowanie leków przykłady sukcesów i porażek. Marcin Najgebauer
Komputerowo wspomagane projektowanie leków przykłady sukcesów i porażek Marcin Najgebauer Historia Cóż jest trucizną? Wszystko jest trucizną i nic nie jest trucizną. Tylko dawka czyni, że dana substancja
Bardziej szczegółowoWstęp. Krystalografia geometryczna
Wstęp Przedmiot badań krystalografii. Wprowadzenie do opisu struktury kryształów. Definicja sieci Bravais go i bazy atomowej, komórki prymitywnej i elementarnej. Podstawowe typy komórek elementarnych.
Bardziej szczegółowona podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das
na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das wykonała: Marta Szynczewska bioinformatyka Uniwersytet Jagielloński Struktura I-rzędowa
Bardziej szczegółowoDokowanie molekularne. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1
Dokowanie molekularne Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Zarys Oddziaływanie ligand-receptor Modelowanie struktury receptora Reprezentacja makromolekuł Opis energii oddziaływań ligand-receptor
Bardziej szczegółowoKARTA PRZEDMIOTU. Informacje ogólne WYDZIAŁ MATEMATYCZNO-PRZYRODNICZY. SZKOŁA NAUK ŚCISŁYCH UNIWERSYTET KARDYNAŁA STEFANA WYSZYŃSKIEGO W WARSZAWIE
1 3 4 5 6 7 8 8.0 Kod przedmiotu Nazwa przedmiotu Jednostka Punkty ECTS Język wykładowy Poziom przedmiotu Symbole efektów kształcenia Symbole efektów dla obszaru kształcenia Symbole efektów kierunkowych
Bardziej szczegółowoPodstawowe pojęcia i prawa chemiczne, Obliczenia na podstawie wzorów chemicznych
Podstawowe pojęcia i prawa chemiczne, Obliczenia na podstawie wzorów chemicznych 1. Wielkości i jednostki stosowane do wyrażania ilości materii 1.1 Masa atomowa, cząsteczkowa, mol Masa atomowa Atomy mają
Bardziej szczegółowo1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej?
Tematy opisowe 1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej? 2. Omów pomiar potencjału na granicy faz elektroda/roztwór elektrolitu. Podaj przykład, omów skale potencjału i elektrody
Bardziej szczegółowoBUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO
BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i
Bardziej szczegółowoCz. I Stechiometria - Zadania do samodzielnego wykonania
Cz. I Stechiometria - Zadania do samodzielnego wykonania A. Ustalenie wzoru rzeczywistego związku chemicznego na podstawie składu procentowego. Zadanie i metoda rozwiązania Ustal wzór rzeczywisty związku
Bardziej szczegółowoWoda. Najpospolitsza czy najbardziej niezwykła substancja Świata?
Woda Najpospolitsza czy najbardziej niezwykła substancja Świata? Cel wykładu Odpowiedź na pytanie zawarte w tytule A także próby odpowiedzi na pytania typu: Dlaczego woda jest mokra a lód śliski? Dlaczego
Bardziej szczegółowoNiezwykłe światło. ultrakrótkie impulsy laserowe. Piotr Fita
Niezwykłe światło ultrakrótkie impulsy laserowe Laboratorium Procesów Ultraszybkich Zakład Optyki Wydział Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego Światło Fala elektromagnetyczna Dla światła widzialnego długość
Bardziej szczegółowoDefinicje. Najprostszy schemat blokowy. Schemat dokładniejszy
Definicje owanie i symulacja owanie zastosowanie określonej metodologii do stworzenia i weryfikacji modelu dla danego rzeczywistego Symulacja zastosowanie symulatora, w którym zaimplementowano model, do
Bardziej szczegółowoALGORYTMY GENETYCZNE (wykład + ćwiczenia)
ALGORYTMY GENETYCZNE (wykład + ćwiczenia) Prof. dr hab. Krzysztof Dems Treści programowe: 1. Metody rozwiązywania problemów matematycznych i informatycznych.. Elementarny algorytm genetyczny: definicja
Bardziej szczegółowoZałącznik numer 1. PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA
Załącznik numer 1 Uchwały nr 2/02/2018 Zarządu Samorządu Studentów Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego z 21.02.2018 Prodziekan Krasnodębska-Ostręga zwraca się do RW Chemii o zaakceptowanie zmian
Bardziej szczegółowo