Podstawy projektowania leków wykład 13

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Podstawy projektowania leków wykład 13"

Transkrypt

1 odstawy projektowania leków wykład 13 Łukasz Berlicki rojektowanie wspomagane komputerowo rojektowanie leków oparte na strukturze często wykorzystuje metody komputerowe, aby: rzeanalizować duŝą liczbę struktur cenić energię wiązania liganda Zaprojektować nowe związki 1

2 Strategie poszukiwania ligandów budowanie łączenie? dokowanie? podejście klasyczne Identyfikacja celu Biblioteka związków Testy in vitro Identyfikacja związku 2

3 film odejście wspomagane komputerowo Identyfikacja celu Struktura celu (krystalografia lub NMR) Biblioteka struktur dokowanie ocena synteza testy in vitro Identyfikacja związku 3

4 Bazy danych związków Bazy publiczne, darmowe: Baza NCI (National Cancer Institute), ok struktur Baza ZINC (Uniwersytet Kalifornijski, San Francisco), ok struktur związków, które moŝna kupić Bazy danych związków w firmach farmaceutycznych Baza ZINC Suma katalogów (295) firm dostarczających związki chemiczne odzielona na bazy częściowe pisuje róŝne stany uprotonowania Format przygotowany do dokowania 4

5 Baza ZINC rogramy do dokowania ZałoŜenia dla dokowania: Rozpuszczalnik pomijany Białko w ustalonej konformacji (sztywne) Ligand moŝe przyjmować róŝne konformacje Typy algorytmów: rzeszukiwanie systematyczne Stochastyczne (Monte Carlo i genetyczne) Dynamika molekularna 5

6 Funkcje oceniające Funkcja oceniająca (scoring function) algorytm oceny stałej wiązania liganda do białka dla danego kompleksu ligand-białko f() ocena aktywności Funkcje oceniające Funkcja oceniająca (scoring function) algorytm oceny stałej wiązania liganda do białka dla danego kompleksu ligand-białko f( )= ocena aktywności 6

7 Funkcje oceniające Typy funkcji oceniających: Bazujące na energii oddziaływania (force field-based) - obliczonej na podstawie równań opisujących mechanikę molekularną (z zastosowaniem pola siłowego). Empiryczne (empirical) równia opisujące poszczególne oddziaływania opracowane na podstawie znanych kompleksów ligand-białko Bazujące na wiedzy (knowledge-based) równania korelujące znane aktywności inhibitorowe z strukturami kompleksów na podstawie odległości poszczególnych par atomów. Konsensusowe (consensus scoring) połączenie kilku funkcji oceniających. rogramy do dokowania 7

8 Virtual screening vs HTS oszukiwanie inhibitorów fosfatazy tyrozyn białkowych (protein tyrosine phosphatase, T 1B) wielkoskalowe testy przesiewowe (HTS) związków, 300 związków o aktywności < 300 µm, 85 przetestowanych związków IC 50 < 100 µm, Współczynnik sukcesu (hit rate) = % virtual screening (program DCK v. 3.5) związków, 365 struktur z wysokimi ocenami, 127 przetestowanych związków IC 50 < 100 µm, Współczynnik sukcesu (hit rate) = 34.8 % Ligandy receptora dopaminowego D 3 Virtual screening związków (baza NCI) Dopasowanie do farmakoforu związków pasujących do farmakoforu 8

9 Ligandy receptora dopaminowego D 3 Dokowanie do 4 konformacji receptora Wybrano 20 związków, które reprezentowały nowe chemotypy i miały wysoką ocenę dla dokowań dla co najmniej 2 konformacji receptora Ligandy receptora dopaminowego D 3 8 związków wykazywało aktywność < 0.5 µm Najbardziej aktywny związek miał K i = 11 nm 9

10 Antagoniści receptora neurokininy 1 Receptor neurokininy 1 jest GCR dpowiada za wiązanie neurotransmiterów i przekazywanie bólu. Struktura krystaliczna nie jest znana Dla potrzeb virtual screening opracowano model na podstawie homologii Antagoniści receptora neurokiniky 1 Zastosowano 8 strukturalnych baz danych związki Filtry: masa molowa i ilość wiązań rotowalnych związków Filtry: cechy hydrofobowe i donor/akceptor wiązania wodorowego związków Dopasowanie do farmakoforu związków 10

11 Antagoniści receptora neurokiniky 1 Dokowanie do modelu receptora (program FlexX) i ocena (Drug Score) związków o najwyŝszej ocenie sprawdzonych ręcznie 7 związków wybranych do testów IC 50 = 250 nm Inhibitory kinazy Chk związków z bazy danych AstraZeneca Zastosowanie filtrów: masa molowa < 601 liczba wiązań rotowalnych < związków, becność pary donor/akceptor wiązania wodorowego (motyw wiąŝący) związków Dokowanie do miejsca wiązania AT 11

12 Inhibitory kinazy Chk1 cena dokowania na podstawie funkcji konsensusowej pracowanie funkcji konsensusowej na podstawie oceny inhibitorów kinazy CDk2 (100 inhibitorów wśród związków) Sprawdzenie róŝnych kombinacji funkcji oceniających pozwoliło wskazać tą, która wskazywała najwięcej inhibitorów. Kombinacja funkcji FlexX i MF wskazywała 45% inhibitorów w 5% najlepszych wyników. Inhibitory kinazy Chk1 Na podstawie oceny funkcją konsensusową wybrano 250 związków rzetestowani 103 związków 36 związków miało aktywność w zakresie 0.11 do 68 µm. 12

13 Inhibitory kinazy FGFR Kinaza FGFR (Fibroblast Growth Factor Receptor 1 Kinase) pełni rolę w rozwoju róŝnych nowotworów. Miejsce aktywne moŝe przyjmować dwie konformacje Zastosowano bazę ZINC z 2.2 mln związków. Dokowanie przeprowadzono do obu konformacji przy uŝyciu programu Glide. Inhibitory kinazy FGFR Wszystkie związki (2.2 mln) z bazy ZINC zostały zadokowane w trybie standardowej precyzji do obu konformacji najlepiej ocenionych związków zadokowano ponownie w trybie wysokiej precyzji do obu konformacji najlepiej ocenionych związków zadokowano do innych kinaz (EGFR, InsR, VEGFR2, Src i MEK). 100 najlepiej ocenionych związków, które nie były dobrze ocenione dla innych kinaz. rzetestowano 24 związki. 2 związki wykazywały aktywność (IC i 50 µm). 13

14 Inhibitory kinazy FGFR Inhibitory kinazy FGFR omimo zastosowania procedury zwiększającej selektywność otrzymane związki nie wykazywały znaczącej selektywności. 14

15 ptymalizacja podejście klasyczne Synteza analogów testy in vitro biodostępność Badania kliniczne LEK ptymalizacja wspomagana komputerowo Struktura kompleksu Analiza miejsca wiązania ptymalizacja struktury synteza testy in vitro biodostępność testy kliniczne LEK 15

16 Strategie optymalizacji Łączenie fragmentów Budowanie Strategie optymalizacji rzyłączanie atomów Zalety: DuŜa róŝnorodność strukturalna związków Efektywne wykorzystanie wszystkich moŝliwych oddziaływań Brak konieczności uŝycia bazy danych fragmentów Wady: Zaprojektowane związki mogą być trudne do syntezy lub niestabilne rzyłączanie fragmentów Zalety: Związki składają się z fragmentów, które są syntezowalne Wady: RóŜnorodność strukturalna związków zaleŝy od wykorzystanej bazy 16

17 rogramy do projektowania GENSTAR atomy rozbudowuje cząsteczki na bazie struktury enzymu GRUBUILD fragmenty wzrost sekwencyjny GRW aminokwasy wzrost sekwencyjny GRWML fragmenty wzrost sekwencyjny poszukiwanie stochastyczne HK fragmenty łączenie fragmentów LEGEND atomy poszukiwanie stochastyczne LUDI fragmenty poszukiwanie kombinatoryczne MCSS fragmenty próbkowanie stochastyczne R-LIGAND fragmenty wzrost sekwencyjny R-SELECT fragmenty podejście szkielet-linker SKELGEN małe fragmenty poszukiwanie Monte-Carlo SRUT fragmenty wzrost sekwencyjny poszukiwanie kombinatoryczne rogram LUDI Znajdowanie potencjalnych miejsc oddziaływania: Lipofilowe (zielone) Donor wiązania wodorowego (czerwone) Akceptor wiązania wodorowego (niebieskie) Nakładanie fragmentów na miejsca oddziaływania rzyłączanie kolejnych fragmentów (nakładających się z cząsteczką bazową i miejscami oddziaływania) 17

18 Inhibitory syntetazy glutaminy H H GS / AT GS / NH 3 H H H H GS / AT H Inhibitory syntetazy glutaminy - + NH 3 S NH + + NH 3 NH H NH 3 1µM 0.6µM 1.6µM 25µM - - NH 3 + H N H H + - NH 3 + NH 3 - NH 3 + H - - NH 3 + S NH2 21µM 40µM 54µM 51µM H + + NH 3 NH + 3 NH 3 160µM 800µM 1100µM 18

19 Inhibitory syntetazy glutaminy cena kompleksów inhibitor-enzym SCRE ,50 3,50 4,50 5,50 6,50 pki 0-50 LUDI_1 LUDI_2 LUDI_3 2,50 3,50 4,50 pki 5,50 6,50 SCRE ,50 3,50 4,50 5,50 6,50 pki LUDI_1 LUDI_2 LUDI_3 2,50 3,50 4,50 pki 5,50 6,50 SCRE D_SCRE MF_SCRE G_SCRE CHEMSCRE F_SCRE Inhibitory SCRE D_SCRE MF_SCRE G_SCRE CHEMSCRE F_SCRE Fosforylowane inhibitory Inhibitory syntetazy glutaminy Miejsca oddziaływania (program LUDI) 19

20 Inhibitory syntetazy glutaminy Struktury zaprojektowanych związków H N H H H H H H H H N N N H H N H H H H H NH NH N H N H N H H H H H H NH H H H H H H H NH 2 H NH2 N H H N Inhibitory syntetazy glutaminy Struktura kompleksu enzym-inhibitor H R H K i [µm] E. coli M. tuberculosis kukurydza -CH ND 1.1 -CH CH 2 H CH(CH 3 ) CH 2 CH 2 55 ND 320 -CH 2 CH 2 CH 970 ND ND 20

21 odsumowanie Wspomagane komputerowo poszukiwanie nowych cząsteczek aktywnych jest znacząco wydajniejsze niŝ klasyczne techniki HTS. rojektowanie nowych cząsteczek prowadzi do struktur trudnych do otrzymania innymi metodami. 21

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład VI Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład IV Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 12

Podstawy projektowania leków wykład 12 Podstawy projektowania leków wykład 12 Łukasz Berlicki Projektowanie wspomagane komputerowo Ligand-based design QSAR i 3D-QSAR Structure-based design projektowanie oparte na strukturze celu molekularnego

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 1

Podstawy projektowania leków wykład 1 Podstawy projektowania leków wykład 1 Łukasz Berlicki Sprawy techniczne E-mail: lukasz.berlicki@pwr.edu.pl Konsultacje: p.322a/a2, wtorek, piątek, godz. 10-12 Egzamin, 27 stycznia, godz. 15.15 Poprawa

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowania leków

Komputerowe wspomaganie projektowania leków Komputerowe wspomaganie projektowania leków MECHANIKA MOLEKULARNA I KWANTOWA W MM korzysta się z równań wynikających z praw fizyki klasycznej i stosuje się je do jader atomów z pominięciem elektronów,

Bardziej szczegółowo

Dokowanie molekularne. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski

Dokowanie molekularne. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski molekularne Wstęp Dokowanie metoda modelowania molekularnego, pozwalająca na znalezienie położenia (i konformacji) liganda w miejscu wiążącym receptora. Informacja ta pozwala na ocenę energii swobodnej

Bardziej szczegółowo

QSAR i związki z innymi metodami. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski

QSAR i związki z innymi metodami. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski QSAR i związki z innymi metodami Wstęp QSAR Quantitative Structure-Activity Relationship. Jest to metoda polegająca na znalezieniu (i analizie) zależności pomiędzy strukturą chemiczną (geometria cząsteczki,

Bardziej szczegółowo

Lek od pomysłu do wdrożenia

Lek od pomysłu do wdrożenia Lek od pomysłu do wdrożenia Lek od pomysłu do wdrożenia KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU

Bardziej szczegółowo

Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych

Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Agnieszka Obarska-Kosińska Prof. dr hab. Bogdan Lesyng Promotorzy: Dr hab. Janusz Bujnicki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej,

Bardziej szczegółowo

Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State

Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State Maura Malińska Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski Promotorzy: prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, prof. dr hab. Andrzej Kutner Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the

Bardziej szczegółowo

Zakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej

Zakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej Badania struktury i aktywności nietypowego enzymu dekapującego ze Świdrowca nagany Białko TbALPH1 zostało zidentyfikowane jako enzym dekapujący w pasożytniczym pierwotniaku, świdrowcu nagany Trypasonoma

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 9

Bioinformatyka wykład 9 Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne

Bardziej szczegółowo

cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne

cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Prof. dr hab. Sławomir Filipek Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii 1 Strategie projektowania leków

Bardziej szczegółowo

k = Ae -E a/rt Teoria stanu przejściowego Podstawy projektowania leków wykład Łukasz Berlicki

k = Ae -E a/rt Teoria stanu przejściowego Podstawy projektowania leków wykład Łukasz Berlicki odstawy projektowania leków wykład 8 Łukasz Berlicki Teoria stanu przejściowego Stan przejściowy stan o najwyŝszej energii potencjalnej znajdujący się na ścieŝce reakcji. Energia aktywacji róŝnica energii

Bardziej szczegółowo

Strategie projektowania leków

Strategie projektowania leków Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego znana 1D i 3D QSAR

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 6

Podstawy projektowania leków wykład 6 Podstawy projektowania leków wykład 6 Łukasz Berlicki Peptydy i peptydomimetyki Peptydy oligomery zbudowane z aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym. Peptydomimetyki cząsteczki naśladujące strukturę

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 14

Podstawy projektowania leków wykład 14 Podstawy projektowania leków wykład 14 Łukasz Berlicki Korzystne właściwości leków Wysoka aktywność i selektywność Dostępność syntetyczna Brak grup chemicznie reaktywnych MoŜliwość podawania doustnego

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,

Bardziej szczegółowo

Przewidywanie struktur białek

Przewidywanie struktur białek Łukasz Ołdziejewski Wydział Chemii UW Przewidywanie struktur białek czyli droga do projektowania indywidualnych leków Sprawozdanie studenckie 2007/2008 1 Indywidualność jednostki KaŜdy człowiek jest indywidualnym

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład II Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Dotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano.

Dotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano. Chemia teoretyczna to dział chemii zaliczany do chemii fizycznej, zajmujący się zagadnieniami związanymi z wiedzą chemiczną od strony teoretycznej, tj. bez wykonywania eksperymentów na stole laboratoryjnym.

Bardziej szczegółowo

Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków

Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków Jan Mazerski Katedra Technologii Leków i Biochemii Wydział Chemiczny Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków XV. QSAR 3D QSAR w przestrzeni Rozwój metod ustalania struktury 3D dla białek i ich kompleksów.

Bardziej szczegółowo

Organizacja tkanek - narządy

Organizacja tkanek - narządy Organizacja tkanek - narządy Architektura skóry tkanki kręgowców zbiór wielu typów komórek danej tkanki i spoza tej tkanki (wnikają podczas rozwoju lub stale, w trakcie Ŝycia ) neurony komórki glejowe,

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 10

Bioinformatyka wykład 10 Bioinformatyka wykład 10 21.XII.2010 białkowa bioinformatyka strukturalna, c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2011-01-17 1 Regiony nieuporządkowane disordered regions trudna definicja trudne do przewidzenia

Bardziej szczegółowo

Metody dokowania ligandów

Metody dokowania ligandów Metody dokowania ligandów Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.

Bioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. Bioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 18.01.11 1 Struktura natywna minimum energii swobodnej F = U TS Prawdopodobieństwo stanu ~ exp(-f/k

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012

Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2013-01-21 1 Plan wykładu regiony nieuporządkowane sposoby przedstawienia struktur białkowych powierzchnia

Bardziej szczegółowo

cz. VI leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe

cz. VI leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. VI leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe Prof. dr hab. Sławomir Filipek Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Uniwersytet Warszawski

Bardziej szczegółowo

Wykład 5-6. leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe

Wykład 5-6. leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe Wykład 5-6 leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe Budowa i działanie wirusów Wirusy RNA: grypa, rotawirus, SARS, wir. zap. wątroby A i C, Ebola, HIV Wirusy DNA: - ospa prawdziwa (smallpox), - ospa wietrzna

Bardziej szczegółowo

O C E N A rozprawy doktorskiej mgr Pauliny Fortuny pt. Projektowanie i synteza inhibitorów oddziaływania białko-białko dla układów

O C E N A rozprawy doktorskiej mgr Pauliny Fortuny pt. Projektowanie i synteza inhibitorów oddziaływania białko-białko dla układów Wrocław, 2017-05-18 Dr hab. Piotr Stefanowicz tel. 71 375 7213 piotr.stefanowicz@chem.uni.wroc.pl O C E N A rozprawy doktorskiej mgr Pauliny Fortuny pt. Projektowanie i synteza inhibitorów oddziaływania

Bardziej szczegółowo

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych

Bardziej szczegółowo

Żwirki i Wigury 93, Warszawa TEL.: , FAX: , E- MAIL: Dr hab. Joanna T

Żwirki i Wigury 93, Warszawa TEL.: , FAX: , E- MAIL:   Dr hab. Joanna T Żwirki i Wigury 93, 02-089 Warszawa TEL.: + 48 22 55 40 800, FAX: +48 22 55 40 801, E- MAIL: sekretariat@uw.edu.pl www.cent.uw.edu.pl Dr hab. Joanna Trylska, prof. UW tel. (22) 5540843 e- mail: joanna@cent.uw.edu.pl

Bardziej szczegółowo

Projektowanie leków Drug design

Projektowanie leków Drug design Bioinformatyka Wykład 12. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Projektowanie leków Drug design Wykład 12, 2011 1 Historia projektowania leków Odkrywanie leków:

Bardziej szczegółowo

Farmakofory. metody QSAR

Farmakofory. metody QSAR Farmakofory metody QSAR Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego

Bardziej szczegółowo

MECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN

MECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN MECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN Jaka jest rola kinaz MA (generalnie)? Do czego służy roślinom (lub generalnie) fosfolipaza D? Czy u roślin występują hormony peptydowe? Wymień znane Ci rodzaje receptorów

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 10.I.2008

Bioinformatyka wykład 10.I.2008 Bioinformatyka wykład 10.I.2008 Przewidywanie struktur białek krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-10 1 Plan wykładu pole siłowe - opis energetyczny struktur białka proces zwijania się białek przewidywanie

Bardziej szczegółowo

Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Wydział

Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Wydział Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Kierunek i poziom studiów: Chemia II stopień Sylabus modułu: : Przedmiot C związany ze specjalnością (0310-CH-S2-003) Nazwa wariantu modułu (opcjonalnie): Chemoinformatyka

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowania leków

Komputerowe wspomaganie projektowania leków Komputerowe wspomaganie projektowania leków MECHANIKA MOLEKULARNA I KWANTOWA W MM korzysta się z równań wynikających z praw fizyki klasycznej i stosuje się je do jader atomów z pominięciem elektronów,

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 11

Podstawy projektowania leków wykład 11 Podstawy projektowania leków wykład 11 Łukasz Berlicki QSAR i 3D QSAR 1964, C. Hansch i T. Fujita: QSAR 1984, P. Andrews: wkład grup funkcyjnych do oddziaływania z celem molekularnym 1985, P. Goodford:

Bardziej szczegółowo

Geometria cząsteczek wieloatomowych. Hybrydyzacja orbitali atomowych.

Geometria cząsteczek wieloatomowych. Hybrydyzacja orbitali atomowych. Geometria cząsteczek wieloatomowych. Hybrydyzacja orbitali atomowych. Geometria cząsteczek Geometria cząsteczek decyduje zarówno o ich właściwościach fizycznych jak i chemicznych, np. temperaturze wrzenia,

Bardziej szczegółowo

PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA. prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego

PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA. prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA prowadzonych na Wydziałach Chemii i Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego W trakcie studiów II stopnia student kierunku Energetyka i Chemia

Bardziej szczegółowo

Grafy i sieci wybrane zagadnienia wykład 3: modele służące porównywaniu sieci

Grafy i sieci wybrane zagadnienia wykład 3: modele służące porównywaniu sieci Grafy i sieci wybrane zagadnienia wykład 3: modele służące porównywaniu sieci prof. dr hab. inż. Marta Kasprzak Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska Plan wykładu 1. Sieci jako modele interakcji

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 3.I.2008

Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur

Bardziej szczegółowo

Wykład 11 Równowaga kwasowo-zasadowa

Wykład 11 Równowaga kwasowo-zasadowa Wykład 11 Równowaga kwasowo-zasadowa JS Skala ph Skala ph ilościowa skala kwasowości i zasadowości roztworów wodnych związków chemicznych. Skala ta jest oparta na aktywności jonów hydroniowych [H3O+] w

Bardziej szczegółowo

KARTA PRZEDMIOTU. Informacje ogólne WYDZIAŁ MATEMATYCZNO-PRZYRODNICZY. SZKOŁA NAUK ŚCISŁYCH UNIWERSYTET KARDYNAŁA STEFANA WYSZYŃSKIEGO W WARSZAWIE

KARTA PRZEDMIOTU. Informacje ogólne WYDZIAŁ MATEMATYCZNO-PRZYRODNICZY. SZKOŁA NAUK ŚCISŁYCH UNIWERSYTET KARDYNAŁA STEFANA WYSZYŃSKIEGO W WARSZAWIE 1 2 4 5 6 7 8 8.0 Kod przedmiotu Nazwa przedmiotu Jednostka Punkty ECTS Język wykładowy polski Poziom przedmiotu podstawowy K_W01 2 wiedza Symbole efektów kształcenia K_U01 2 umiejętności K_K01 11 kompetencje

Bardziej szczegółowo

Wiązania kowalencyjne

Wiązania kowalencyjne Wiązania kowalencyjne (pierw. o dużej E + pierw. o dużej E), E < 1,8 TERIE WIĄZANIA KWALENCYJNEG Teoria hybrydyzacji orbitali atomowych Teoria orbitali molekularnych Teoria pola ligandów YBRYDYZACJA RBITALI

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.

Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 11.01.11 1 Dopasowanie strukturalne (alignment) odległość: d ij = (x i -x J ) 2 + (y i -y J ) 2

Bardziej szczegółowo

Transport elektronów w biomolekułach

Transport elektronów w biomolekułach Transport elektronów w biomolekułach Równanie Arrheniusa, energia aktywacji Większość reakcji chemicznych zachodzi ze stałą szybkości (k) zaleŝną od temperatury (T) i energii aktywacji ( G*) tej reakcji,

Bardziej szczegółowo

Chemiczne składniki komórek

Chemiczne składniki komórek Chemiczne składniki komórek Pierwiastki chemiczne w komórkach: - makroelementy (pierwiastki biogenne) H, O, C, N, S, P Ca, Mg, K, Na, Cl >1% suchej masy - mikroelementy Fe, Cu, Mn, Mo, B, Zn, Co, J, F

Bardziej szczegółowo

POWSZECHNE KRAJOWE ZASADY WYCENY (PKZW)

POWSZECHNE KRAJOWE ZASADY WYCENY (PKZW) POWSZECHNE KRAJOWE ZASADY WYCENY (PKZW) NOTA INTERPETACYJNA NR 1 NI 1 ZASTOSOWANIE PODEJŚCIA PORÓWNAWCZEGO W WYCENIE NIERUCHOMOŚCI 1. WPROWADZENIE...2 2. PRZEDMIOT I ZAKRES STOSOWANIA NOTY...2 3. ZAŁOśENIA

Bardziej szczegółowo

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II 10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych... Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie nr 2 Komputerowe modelowanie cząsteczek związków chemicznych przy uŝyciu programu HyperChem Lite

Ćwiczenie nr 2 Komputerowe modelowanie cząsteczek związków chemicznych przy uŝyciu programu HyperChem Lite Ćwiczenie nr 2 Komputerowe modelowanie cząsteczek związków chemicznych przy uŝyciu programu HyperChem Lite Część teoretyczna Cel ćwiczenia 1) Zapoznanie studentów z modelowaniem molekularnym 2) Zapoznanie

Bardziej szczegółowo

Enzymy katalizatory biologiczne

Enzymy katalizatory biologiczne Enzymy katalizatory biologiczne Kataliza zjawisko polegające na obniżeniu energii aktywacji reakcji i zwiększeniu szybkości reakcji chemicznej i/lub skierowaniu reakcji na jedną z termodynamicznie możliwych

Bardziej szczegółowo

STECHIOMETRIA SPALANIA

STECHIOMETRIA SPALANIA STECHIOMETRIA SPALANIA Mole i kilomole Masa atomowa pierwiastka to średnia waŝona mas wszystkich jego naturalnych izotopów w stosunku do 1/12 masy izotopu węgla: 1/12 126 C ~ 1,66 10-27 kg Liczba Avogadra

Bardziej szczegółowo

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury

Bardziej szczegółowo

ENZYMY W CHEMII. Michał Rachwalski. Uniwersytet Łódzki, Wydział Chemii, Katedra Chemii Organicznej i Stosowanej

ENZYMY W CHEMII. Michał Rachwalski. Uniwersytet Łódzki, Wydział Chemii, Katedra Chemii Organicznej i Stosowanej ENZYMY W CHEMII Michał Rachwalski Uniwersytet Łódzki, Wydział Chemii, Katedra Chemii rganicznej i Stosowanej Czym są enzymy? Enzymy są białkami zawierającymi od 60 do 1000 reszt aminokwasów; Enzymy są

Bardziej szczegółowo

Cele molekularne leków. Podstawy projektowania leków wykład

Cele molekularne leków. Podstawy projektowania leków wykład Podstawy projektowania leków wykład 9 Łukasz Berlicki Cele molekularne leków Jedną z głównych klas celów molekularnych są receptory sprzęŝone z białkami G (G protein-coupled receptors, GPCR). 1 Leki Ok.

Bardziej szczegółowo

Fizyka i Ŝycie cz. I impresje molekularne. śycie z molekularnego punktu widzenia. Cząsteczka chemiczna

Fizyka i Ŝycie cz. I impresje molekularne. śycie z molekularnego punktu widzenia. Cząsteczka chemiczna Fizyka i Ŝycie cz. I impresje molekularne Poznawanie zjawiska Ŝycia to fascynujące miejsce spotkań wielu dziedzin nauki: biologii biochemii chemii fizyki matematyki informatyki oraz 7 stycznia 2010 Maciej

Bardziej szczegółowo

ZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ

ZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ ZAKŁAD CHEMII TEORETYCZNEJ Prof. Krzysztof Nieszporek Kierownik Zakładu Prof. Krzysztof Woliński Prof. Paweł Szabelski Dr Mariusz Barczak Dr Damian Nieckarz Dr Przemysław Podkościelny prof. Krzysztof Woliński

Bardziej szczegółowo

Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, Wrocław. Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, r.

Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, Wrocław. Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, r. Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, 50-370 Wrocław Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, 18.01.2016 r. Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Pauliny Klimentowskiej pt. Krystalochemia wybranych

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 10

Podstawy projektowania leków wykład 10 Podstawy projektowania leków wykład 10 Łukasz Berlicki Od eksperymentu do teorii 1964, C. Hansch i T. Fujita: QSAR 1984, P. Andrews: wkład grup funkcyjnych do oddziaływania z celem molekularnym 1985, P.

Bardziej szczegółowo

WYKŁAD NR 3 OPIS DRGAŃ NORMALNYCH UJĘCIE KLASYCZNE I KWANTOWE.

WYKŁAD NR 3 OPIS DRGAŃ NORMALNYCH UJĘCIE KLASYCZNE I KWANTOWE. 1 WYKŁAD NR 3 OPIS DRGAŃ NORMALNYCH UJĘCIE KLASYCZNE I KWANTOWE. Współrzędne wewnętrzne 2 F=-fq q ξ i F i =-f ij x j U = 1 2 fq2 U = 1 2 ij f ij ξ i ξ j 3 Najczęściej stosowaną metodą obliczania drgań

Bardziej szczegółowo

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność

Bardziej szczegółowo

Przegląd budowy i funkcji białek

Przegląd budowy i funkcji białek Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 14. Maria Bełtowska-Brzezinska KINETYKA REAKCJI ENZYMATYCZNYCH

Ćwiczenie 14. Maria Bełtowska-Brzezinska KINETYKA REAKCJI ENZYMATYCZNYCH Ćwiczenie 14 aria Bełtowska-Brzezinska KINETYKA REAKCJI ENZYATYCZNYCH Zagadnienia: Podstawowe pojęcia kinetyki chemicznej (szybkość reakcji, reakcje elementarne, rząd reakcji). Równania kinetyczne prostych

Bardziej szczegółowo

Czy można zastosować ultradźwięki do niszczenia tkanki nowotworowej?

Czy można zastosować ultradźwięki do niszczenia tkanki nowotworowej? Czy można zastosować ultradźwięki do niszczenia tkanki nowotworowej? Bezpośrednie działanie mało efektywne, efekty uboczne ( T), problemy z selektywnością In vitro działanie na wyizolowane DNA degradacja

Bardziej szczegółowo

Nowoczesne systemy ekspresji genów

Nowoczesne systemy ekspresji genów Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą

Bardziej szczegółowo

Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów

Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego

Bardziej szczegółowo

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych

Bardziej szczegółowo

Wskaż grupy reakcji, do których można zaliczyć proces opisany w informacji wstępnej. A. I i III B. I i IV C. II i III D. II i IV

Wskaż grupy reakcji, do których można zaliczyć proces opisany w informacji wstępnej. A. I i III B. I i IV C. II i III D. II i IV Informacja do zadań 1. i 2. Proces spalania pewnego węglowodoru przebiega według równania: C 4 H 8(g) + 6O 2(g) 4CO 2(g) + 4H 2 O (g) + energia cieplna Zadanie 1. (1 pkt) Procesy chemiczne można zakwalifikować

Bardziej szczegółowo

Modelowanie molekularne

Modelowanie molekularne Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii

Bardziej szczegółowo

Optymalizacja optymalizacji

Optymalizacja optymalizacji 7 maja 2008 Wstęp Optymalizacja lokalna Optymalizacja globalna Algorytmy genetyczne Badane czasteczki Wykorzystane oprogramowanie (Algorytm genetyczny) 2 Sieć neuronowa Pochodne met-enkefaliny Optymalizacja

Bardziej szczegółowo

MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński

MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,

Bardziej szczegółowo

CF 3. Praca ma charakter eksperymentalny, powstałe produkty będą analizowane głównie metodami NMR (1D, 2D).

CF 3. Praca ma charakter eksperymentalny, powstałe produkty będą analizowane głównie metodami NMR (1D, 2D). Tematy prac magisterskich 2017/2018 Prof. dr hab. Henryk Koroniak Zakład Syntezy i Struktury Związków rganicznych Zespół Dydaktyczny Chemii rganicznej i Bioorganicznej 1. Synteza fosfonianowych pochodnych

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 2 Przejawy wiązań wodorowych w spektroskopii IR i NMR

Ćwiczenie 2 Przejawy wiązań wodorowych w spektroskopii IR i NMR Ćwiczenie 2 Przejawy wiązań wodorowych w spektroskopii IR i NMR Szczególnym i bardzo charakterystycznym rodzajem oddziaływań międzycząsteczkowych jest wiązanie wodorowe. Powstaje ono między molekułami,

Bardziej szczegółowo

DOBÓR ŚRODKÓW TRANSPORTOWYCH DLA GOSPODARSTWA PRZY POMOCY PROGRAMU AGREGAT - 2

DOBÓR ŚRODKÓW TRANSPORTOWYCH DLA GOSPODARSTWA PRZY POMOCY PROGRAMU AGREGAT - 2 InŜynieria Rolnicza 14/2005 Michał Cupiał, Maciej Kuboń Katedra InŜynierii Rolniczej i Informatyki Akademia Rolnicza im. Hugona Kołłątaja w Krakowie DOBÓR ŚRODKÓW TRANSPORTOWYCH DLA GOSPODARSTWA PRZY POMOCY

Bardziej szczegółowo

Część A wprowadzenie do programu Mercury

Część A wprowadzenie do programu Mercury Część A wprowadzenie do programu Mercury Mercury program graficzny do wizualizacji i analizy geometrii cząsteczek i kryształów. Zbiory wejściowe do tego programu o rozszerzeniu res, cif (mol lub pdb) zawierają

Bardziej szczegółowo

Część III: Poszukiwanie chemoterapeutyków

Część III: Poszukiwanie chemoterapeutyków 5. MECHANIZM DZIAŁANIA LEKÓW NA POZIOMIE MOLEKULARNYM Chociaż każda grupa leków posiada swój indywidualny mechanizm działania, to jednak możliwe jest znalezienie elementów wspólnych występujących we wszystkich

Bardziej szczegółowo

Doświadczenia firmy ze współpracy z instytucjami naukowymi w zakresie komercjalizacji badań

Doświadczenia firmy ze współpracy z instytucjami naukowymi w zakresie komercjalizacji badań Doświadczenia firmy ze współpracy z instytucjami naukowymi w zakresie komercjalizacji badań Justyna Supel 21 kwietnia 2010 roku, hotel Andel s, ul.pawia 3. Kraków Konferencja pt. Pracownik naukowy na rynku

Bardziej szczegółowo

Rysunki pochodzą z książki Chemia medyczna, G.L. Patrick, WNT. Odwołanie do wykładu z STL

Rysunki pochodzą z książki Chemia medyczna, G.L. Patrick, WNT. Odwołanie do wykładu z STL Rysunki pochodzą z książki Chemia medyczna, G.L. Patrick, WNT Odwołanie do wykładu z STL Izolacja z surowców naturalnych jak np. rośliny, tkanki zwierzęce Lek naturalny Lek biotechnologiczny Lek syntetyczny

Bardziej szczegółowo

Seria 2, ćwiczenia do wykładu Od eksperymentu do poznania materii

Seria 2, ćwiczenia do wykładu Od eksperymentu do poznania materii Seria 2, ćwiczenia do wykładu Od eksperymentu do poznania materii 8.1.21 Zad. 1. Obliczyć ciśnienie potrzebne do przemiany grafitu w diament w temperaturze 25 o C. Objętość właściwa (odwrotność gęstości)

Bardziej szczegółowo

relacje ilościowe ( masowe,objętościowe i molowe ) dotyczące połączeń 1. pierwiastków w związkach chemicznych 2. związków chemicznych w reakcjach

relacje ilościowe ( masowe,objętościowe i molowe ) dotyczące połączeń 1. pierwiastków w związkach chemicznych 2. związków chemicznych w reakcjach 1 STECHIOMETRIA INTERPRETACJA ILOŚCIOWA ZJAWISK CHEMICZNYCH relacje ilościowe ( masowe,objętościowe i molowe ) dotyczące połączeń 1. pierwiastków w związkach chemicznych 2. związków chemicznych w reakcjach

Bardziej szczegółowo

Zastosowania algorytmów genetycznych w badaniach struktury związków biologicznie czynnych

Zastosowania algorytmów genetycznych w badaniach struktury związków biologicznie czynnych Dr hab. inż. Halina Szatyłowicz Zakład Chemii Fizycznej Wydział Chemiczny Politechniki Warszawskiej Warszawa, 19.08.2015 Recenzja rozprawy doktorskiej pt. Zastosowania algorytmów genetycznych w badaniach

Bardziej szczegółowo

Komputerowo wspomagane projektowanie leków przykłady sukcesów i porażek. Marcin Najgebauer

Komputerowo wspomagane projektowanie leków przykłady sukcesów i porażek. Marcin Najgebauer Komputerowo wspomagane projektowanie leków przykłady sukcesów i porażek Marcin Najgebauer Historia Cóż jest trucizną? Wszystko jest trucizną i nic nie jest trucizną. Tylko dawka czyni, że dana substancja

Bardziej szczegółowo

Wstęp. Krystalografia geometryczna

Wstęp. Krystalografia geometryczna Wstęp Przedmiot badań krystalografii. Wprowadzenie do opisu struktury kryształów. Definicja sieci Bravais go i bazy atomowej, komórki prymitywnej i elementarnej. Podstawowe typy komórek elementarnych.

Bardziej szczegółowo

na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das

na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das wykonała: Marta Szynczewska bioinformatyka Uniwersytet Jagielloński Struktura I-rzędowa

Bardziej szczegółowo

Dokowanie molekularne. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1

Dokowanie molekularne. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Dokowanie molekularne Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Zarys Oddziaływanie ligand-receptor Modelowanie struktury receptora Reprezentacja makromolekuł Opis energii oddziaływań ligand-receptor

Bardziej szczegółowo

KARTA PRZEDMIOTU. Informacje ogólne WYDZIAŁ MATEMATYCZNO-PRZYRODNICZY. SZKOŁA NAUK ŚCISŁYCH UNIWERSYTET KARDYNAŁA STEFANA WYSZYŃSKIEGO W WARSZAWIE

KARTA PRZEDMIOTU. Informacje ogólne WYDZIAŁ MATEMATYCZNO-PRZYRODNICZY. SZKOŁA NAUK ŚCISŁYCH UNIWERSYTET KARDYNAŁA STEFANA WYSZYŃSKIEGO W WARSZAWIE 1 3 4 5 6 7 8 8.0 Kod przedmiotu Nazwa przedmiotu Jednostka Punkty ECTS Język wykładowy Poziom przedmiotu Symbole efektów kształcenia Symbole efektów dla obszaru kształcenia Symbole efektów kierunkowych

Bardziej szczegółowo

Podstawowe pojęcia i prawa chemiczne, Obliczenia na podstawie wzorów chemicznych

Podstawowe pojęcia i prawa chemiczne, Obliczenia na podstawie wzorów chemicznych Podstawowe pojęcia i prawa chemiczne, Obliczenia na podstawie wzorów chemicznych 1. Wielkości i jednostki stosowane do wyrażania ilości materii 1.1 Masa atomowa, cząsteczkowa, mol Masa atomowa Atomy mają

Bardziej szczegółowo

1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej?

1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej? Tematy opisowe 1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej? 2. Omów pomiar potencjału na granicy faz elektroda/roztwór elektrolitu. Podaj przykład, omów skale potencjału i elektrody

Bardziej szczegółowo

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i

Bardziej szczegółowo

Cz. I Stechiometria - Zadania do samodzielnego wykonania

Cz. I Stechiometria - Zadania do samodzielnego wykonania Cz. I Stechiometria - Zadania do samodzielnego wykonania A. Ustalenie wzoru rzeczywistego związku chemicznego na podstawie składu procentowego. Zadanie i metoda rozwiązania Ustal wzór rzeczywisty związku

Bardziej szczegółowo

Woda. Najpospolitsza czy najbardziej niezwykła substancja Świata?

Woda. Najpospolitsza czy najbardziej niezwykła substancja Świata? Woda Najpospolitsza czy najbardziej niezwykła substancja Świata? Cel wykładu Odpowiedź na pytanie zawarte w tytule A także próby odpowiedzi na pytania typu: Dlaczego woda jest mokra a lód śliski? Dlaczego

Bardziej szczegółowo

Niezwykłe światło. ultrakrótkie impulsy laserowe. Piotr Fita

Niezwykłe światło. ultrakrótkie impulsy laserowe. Piotr Fita Niezwykłe światło ultrakrótkie impulsy laserowe Laboratorium Procesów Ultraszybkich Zakład Optyki Wydział Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego Światło Fala elektromagnetyczna Dla światła widzialnego długość

Bardziej szczegółowo

Definicje. Najprostszy schemat blokowy. Schemat dokładniejszy

Definicje. Najprostszy schemat blokowy. Schemat dokładniejszy Definicje owanie i symulacja owanie zastosowanie określonej metodologii do stworzenia i weryfikacji modelu dla danego rzeczywistego Symulacja zastosowanie symulatora, w którym zaimplementowano model, do

Bardziej szczegółowo

ALGORYTMY GENETYCZNE (wykład + ćwiczenia)

ALGORYTMY GENETYCZNE (wykład + ćwiczenia) ALGORYTMY GENETYCZNE (wykład + ćwiczenia) Prof. dr hab. Krzysztof Dems Treści programowe: 1. Metody rozwiązywania problemów matematycznych i informatycznych.. Elementarny algorytm genetyczny: definicja

Bardziej szczegółowo

Załącznik numer 1. PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA

Załącznik numer 1. PROGRAM STUDIÓW II STOPNIA na kierunku ENERGETYKA I CHEMIA JĄDROWA Załącznik numer 1 Uchwały nr 2/02/2018 Zarządu Samorządu Studentów Wydziału Chemii Uniwersytetu Warszawskiego z 21.02.2018 Prodziekan Krasnodębska-Ostręga zwraca się do RW Chemii o zaakceptowanie zmian

Bardziej szczegółowo