KARTA PRZEDMIOTU MIKROBIOLOGIA. 1. Nazwa przedmiotu. 2. Numer kodowy BIO05c. 3. Język, w którym prowadzone są zajęcia polski. 4. Typ kursu obowiązkowy

Transkrypt

1 Projekt OPERACJA SUKCES unikatowy model kształcenia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Medycznego w Łodzi odpowiedzią na potrzeby gospodarki opartej na wiedzy współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego, w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki. KARTA PRZEDMIOTU 1. Nazwa przedmiotu MIKROBIOLOGIA 2. Numer kodowy BIO05c 3. Język, w którym prowadzone są zajęcia polski 4. Typ kursu obowiązkowy 5. Grupa treści kształcenia nauki podstawowe 6. Poziom studiów według klasyfikacji bolońskiej studia magisterskie 7. Rok studiów/semestr III rok/semestr 5 8. Formuła przedmiotu wykłady/ćwiczenia 9. Liczba godzin zajęć Rodzaj zajęć z uwzględnieniem podziału godzin wykłady w wymiarze 28 godzin: 14 wykładów po 2 godziny; ćwiczenia w wymiarze 32 godzin: 10 ćwiczeń po 3 godz. i 1 ćwiczenie 2-godzinne Liczba punktów ECTS

2 12. Jednostka dydaktyczna prowadząca przedmiot Zakład Mikrobiologii i Laboratoryjnej Immunologii Medycznej Katedra Immunologii Klinicznej i Mikrobiologii 13. Imię i nazwisko osoby egzaminującej lub zaliczającej przedmiot Prof. nadzw. dr hab. n. med. Janina Łucja Grzegorczyk 14. Osoby prowadzące zajęcia. Pracownicy etatowi Zakładu: Prof. nadzw. dr hab. n. med. Janina Łucja Grzegorczyk, dr n. med. Małgorzata Brauncajs, dr n. med. Agnieszka Kiryszewska, mgr Magdalena Kujawiak, mgr Anna Michalak, dr n. med. Beata Zarzycka, dr n. med. Izabela Szczerba, doktoranci. 15. Wymagania wstępne i wymagania równoległe Zaliczenie przedmiotów: biochemii, fizjologii i biologii molekularnej 16. Zaliczenie przedmiotu jest wymagane przed rozpoczęciem zajęć z: chorób zakaźnych, mikrobiologii klinicznej, immunologii klinicznej 17. Cele i założenia nauczania przedmiotu Zapoznanie studentów z systematyką drobnoustrojów, fizjologiczną florą bakteryjną, charakterystyką bakterii chorobotwórczych i względnie chorobotwórczych, wirusów chorobotwórczych dla człowieka oraz mechanizmami chorobotwórczości wirusów i bakterii, udziałem bakterii w etiologii chorób oraz zawodowymi zagrożeniami biologicznymi. Przekazanie wiedzy nt. form wzajemnego oddziaływania w układzie drobnoustrój gospodarz, metod dezynfekcji i sterylizacji, sposobów postępowania aseptycznego i antyseptycznego, antybiotykoterapii i chemioterapii, zasad terapii empirycznej i celowanej, mechanizmów oporności drobnoustrojów na leki, podstaw diagnostyki mikrobiologicznej. 18. Metody dydaktyczne wykłady, ćwiczenia laboratoryjne 19. Wykaz literatury podstawowej i uzupełniającej Literatura podstawowa: Mikrobiologia. Murray P.R., Rosenthal K.S., Pfaller M.A., Elsevier Urban &Partner, Wrocław, 2011 Mikrobiologia Lekarska. Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M., Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa, 2007 Literatura uzupełniająca: Mikrobiologia i choroby zakaźne. Virella G., Urban&Partner, Wrocław, 2000 Mikrobiologia Medyczna. Krótkie wykłady. Irving W., Boswell T., Ala Aldeen D., Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2008 Praktyczny atlas mikrobiologii. Dąbrowska-Szponar M., Garbacz K., Piechowicz L., Gdański Uniwersytet Medyczny, 2012 Mikrobiologia lekarska-preparaty mikroskopowe i pożywki. M. Brauncajs, Z. Krzemiński, opracowanie na stronie UMED, studenci-materiały dydaktyczne-mikrobiologia lekarska

3 20. Forma i warunki zaliczenia przedmiotu, w tym zasady dopuszczenia do egzaminu Zaliczenia cząstkowe: Znajomość materiału teoretycznego dotyczącego każdego ćwiczenia jest sprawdzana w formie pisemnej (tzw. kartkówki), polegającej na odpowiedzi na pięć pytań. Kolokwia (2): z mikrobiologii ogólnej (pytania otwarte) i szczegółowej. Warunki dopuszczenia do egzaminu: zaliczenie wszystkich ćwiczeń, seminariów i kolokwiów. Egzamin: Egzamin końcowy składa się z części praktycznej i części teoretycznej. Część praktyczna odbywa się tylko w jednym terminie, tj. na ostatnim ćwiczeniu i nie ma możliwości jej powtarzania. Niezaliczenie ćwiczeń do dnia poprzedzającego termin egzaminu praktycznego oznacza niedopuszczenie do obu części egzaminu. Część teoretyczna jest pisemna, w postaci testu. Obowiązuje znajomość materiału z wykładów i ćwiczeń, oraz materiału z zalecanych podręczników. 21. Treści merytoryczne budujące wiedzę WYKŁAD 1. WSTĘP DO MIKROBIOLOGII. Rys historyczny i złożoność współczesnej mikrobiologii. Pojęcie infekcjologii. Podział drobnoustrojów. Znaczenie mikrobiologii i diagnostyki mikrobiologicznej we współczesnej medycynie. Broń biologiczna. WYKŁAD 2. PODSTAWY MIKROBIOLOGII cz. I. Klasyfikacja, budowa i rozmnażanie bakterii. Wzrost i śmierć komórki bakteryjnej. Powstawanie i rola biofilmu spojrzenie mikrobiologa i lekarza. Metabolizm bakterii. WYKŁAD 3. PODSTAWY MIKROBIOLOGII cz. II. Translokacja bakterii. Mechanizmy transferu genów między bakteriami. Metody identyfikacji bakterii ze szczególnym uwzględnieniem zastosowania cytometrii przepływowej w bakteriologii; diagnostyka molekularna. WYKŁAD 4. KOMENSALE I PASOŻYTNICZA FLORA MIKROBIOLOGICZNA CZŁOWIEKA. Drobnoustroje kolonizujące skórę. Drobnoustroje kolonizujące drogi oddechowe. Drobnoustroje kolonizujące przewód pokarmowy. Drobnoustroje kolonizujące układ moczowo-płciowy. Mechanizmy patogenezy bakteryjnej. WYKŁAD 5. BAKTERIE GRAM(+) JAKO PATOGENY LUDZKIE. Ziarenkowce rodzaj Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Peptococcus, Peptostreptococcuseptococcus. Pałeczki rodzaj Actinomyces, Corynebacterium, Mycobacterium, Nocardia. Laseczki tlenowe rodzaj Bacillus. Laseczki beztlenowe rodzaj Clostridium. Pałeczki rodzaj Listeria, Lactobacillus, Erysipelothrix, Gardnerella. WYKŁAD 6. BAKTERIE GRAM (-) JAKO PATOGENY LUDZKIE. Ziarenkowce rodzaj Neisseria. Krętki rodzaj Leptospira, Borrelia, Treponema. Pałeczki jelitowe rodzina Enterobacteriaceae; rodzaj- Vibrio, Pseudomonas. Pałeczki beztlenowe rodzaj Bacterioides, Fusobacterium, Prevotella, Porphyromonas. Riketsje, Chlamydie, Mykoplazmy. WYKŁAD 7. NATURALNE PEPTYDY DROBNOUSTROJOWE (PAD) I ANTYBIOTYKI. Występowanie w przyrodzie, klasyfikacja, struktura, mechanizmy działania. Powstawanie i mechanizmy oporności na PAD i antybiotyki. Mechanizmy warunkujące oporność biofilmów bakteryjnych na czynniki antymikrobiologiczne. WYKŁAD 8. PODSTAWY WIRUSOLOGII. Klasyfikacja, budowa, replikacja. Relacja wirus-komórka gospodarza. Zakażenia cytolityczne zniszczenie komórki. Zakażenia nielityczne bez zniszczenia komórki. Zakażenia latentne. Diagnostyka laboratoryjna w wirusologii. WYKŁAD 9. WIRUSY JAKO PATOGENY CZŁOWIEKA cz. I. Wirusy DNA: o genomie w postaci jednoniciowego DNA, o genomie dwuniciowego DNA. Hepadnawirusy: WZWB i WZWD. WYKŁAD 10. WIRUSY JAKO PATOGENY CZŁOWIEKA cz. II. Wirusy RNA: o genomie w postaci jednoniciowego RNA o dodatniej i ujemnej polarności, o genomie w

4 postaci dwuniciowego RNA. Patogeny mniejsze od wirusów- wiroidy, priony. WYKŁAD 11. LUDZKI WIRUS UPOŚLEDZENIA ODPORNOŚCI HIV. Budowa, drogi zakażenia, chorobotwórczość. Zespół AIDS epidemiologia, patogeneza, przebieg kliniczny, diagnostyka. WYKŁAD 12. ODPOWIEDŹ ORGANIZMU LUDZKIEGO W ZAKAŻENIACH WIRUSOWYCH I BAKTERYJNYCH. Znaczenie obrony przeciwzakaźnej w zależności od drobnoustroju. Bariery chroniące przed zakażeniem. Unikanie odpowiedzi immunologicznej przez bakterie. Odpowiedź przeciwwirusowa. Unikanie odpowiedzi immunologicznej przez wirusy. WYKŁAD 13. SZCZEPIONKI PRZECIW DROBNOUSTROJOM. Szczepionki bakteryjne. Szczepionki wirusowe. Programy i kalendarz szczepień. WYKŁAD 14. ZAKAŻENIA SZPITALNE. Etiologia zakażeń szpitalnych. Akty prawne. Organizacja i zadania Zespołu Zakażeń Szpitalnych. Wdrażanie procedur zapobiegających zakażeniom szpitalnym. Znaczenie nadzoru, kontroli, szkoleń personelu. 22. Zagadnienia integrujące wiedzę podstawową i kliniczną na zajęciach z mikrobiologii Związek między zakażeniem wywołanym przez poszczególne gatunki wirusów i bakterii a głównymi objawami klinicznymi. Dobieranie odpowiednich materiałów klinicznych do badań mikrobiologicznych w zależności od rodzaju objawów klinicznych i miejsca toczącego się procesu chorobowego. Ustalanie właściwego doboru leków w oparciu o uzyskane wyniki badań mikrobiologicznych i antybiogram. Zakażenia szpitalne, sposoby ich monitorowania i ograniczania. Genetyczne mechanizmy nabywania lekooporności przez drobnoustroje oraz podstawowe pojęcia z zakresu genetyki. 23. Efekty kształcenia umiejętności i kompetencje Student po zakończeniu kursu Mikrobiologii powinien: klasyfikować wirusy i bakterie oraz omawiać ich budowę, cechy biologiczne i mechanizmy chorobotwórczości; opisywać budowę komórki bakteryjnej i cząstki wirusowej, wskazać różnice biologiczne między tymi zarazkami; wymieniać i krótko charakteryzować gatunki wirusów i bakterii będących najczęstszymi czynnikami etiologicznymi zakażeń człowieka; wyjaśniać podstawy epidemiologii zakażeń bakteryjnych i wirusowych, a także dróg szerzenia się zakażeń w organizmie człowieka; wyjaśniać pojęcie rezerwuaru zarazka, źródła, dróg i wrót zakażenia; wymieniać metody terapii zakażeń bakteryjnych i wirusowych oraz zagadnienie powstawania oporności tych zarazków na leki; opisywać skład i zastosowanie szczepionek oraz surowic odpornościowych; wyjaśniać pojęcie fizjologicznej flory bakteryjnej człowieka; wyjaśniać reakcję układu odpornościowego na zakażenie; umieć pobierać i przesłać różne materiały kliniczne do badań laboratoryjnych oraz opanować podstawowe zasady diagnostyki mikrobiologicznej i serologicznej; potrafić przygotować preparat i rozpoznać patogeny pod mikroskopem; interpretować wyniki badań mikrobiologicznych; stosować się do zasad aseptyki i antyseptyki; potrafić powiązać obraz uszkodzeń tkankowych i narządowych z objawami klinicznymi choroby, wywiadem i wynikami oznaczeń laboratoryjnych oraz opisać konsekwencje rozwijających się zmian

5 patologicznych dla sąsiadujących topograficzni narządów; analizować zjawiska odczynowe, obronne i przystosowawcze oraz zaburzenia regulacji wywoływane przez czynnik etiologiczny. 24. Opis efektów kształcenia na poszczególnych zajęciach w grupach studenckich (10-12 osobowych) Ćwiczenie 1: Mikrobiologia ogólna: pożywki bakteryjne, techniki posiewów, uzyskiwanie czystej hodowli, budowa komórki bakteryjnej, metody barwienia preparatów bakteryjnych. Wiedza: student zna fizjologię bakterii, optymalne warunki dla hodowania bakterii in vitro: wymagania odżywcze (skład chemiczny komórki bakteryjnej, różne zapotrzebowanie na składniki pokarmowe); temperatura (psychrofile, mezofile, termofile), środowisko gazowe (bezwzględne tlenowce, względne beztlenowce, beztlenowce, mikroaerofile, kapnofile), ph i ciśnienie osmotyczne; zna postacie pożywek bakteryjnych (płynne, półpłynne i stałe, proste i wzbogacone, wybiorcze, diagnostyczne i wybiorczodiagnostyczne), techniki wykonywania posiewów, fazy wzrostu hodowli bakteryjnej, metodę uzyskiwania czystej hodowli; omawia wzrost bakterii na pożywkach płynnych (kożuszek, zmętnienie, osad) i na pożywce stałej (różne rodzaje kolonii), wzrost szczepów barwnikotwórczych (zabarwione kolonie, zabarwiona pożywka wokół kolonii), kształty i budowę komórek bakteryjnych (elementy stałe i dodatkowe), metody barwienia preparatów bakteryjnych (proste i złożone, pozytywne i negatywne, pozytywno-negatywne), rodzaje mikroskopów używanych w bakteriologii i ich zastosowanie; zna znaczenie preparatów mikroskopowych w diagnostyce mikrobiologicznej, metody identyfikowania bakterii na podstawie ich cech biochemicznych, budowy antygenowej i budowy DNA. Umiejętności i kompetencje: student potrafi rozróżnić preparaty demonstracyjne, dokonać oceny morfologii komórek bakteryjnych; sporządzić i zabarwić metodą Grama preparaty z hodowli stałej i płynnej, ocenić mikroskopowo w/w preparaty; wykonać posiew redukcyjny hodowli bakteryjnej płynnej na pożywkę agarową; różnicować bakterie na podstawie ich cech biochemicznych - testy API (odczyt wizualny); określić właściwości hemolitycznych bakterii hemoliza typu alfa, beta i gamma. Ćwiczenie 2: Mikrobiologia ogólna Występowanie bakterii w środowisku człowieka i w jego organizmie. Wpływ czynników fizycznych i chemicznych na bakterie. Wiedza: student omawia występowanie bakterii w środowisku człowieka (rezerwuar zarazka, drogi jego rozprzestrzeniania się, źródło zakażenia), występowanie bakterii w organizmie człowieka (stała i przejściowa flora bakteryjna, nosicielstwo bakterii chorobotwórczych), wpływ czynników fizycznych i chemicznych na bakterie; wie na czym polega kontrola bakteriologiczna środowiska człowieka (sanityzacja, antyseptyka, aseptyka, odkażanie, wyjaławianie). Umiejętności i kompetencje: student potrafi ocenić na podstawie doświadczeń występowanie bakterii w powietrzu (badanie metodą sedymentacji) i oszacować liczbę bakterii /m 3 powietrza wg. wzoru Omielańskiego, występowanie bakterii na powierzchni stołu (badanie przy użyciu płytki kontaktowej), występowanie bakterii na odzieży (badanie metodą odciskową),występowanie bakterii na powierzchni skóry; potrafi scharakteryzować wpływ czynników fizycznych i chemicznych na bakterie (temperatury, promieniowania UV, dowolnie wybranego preparatu odkażającego), wymienić i opisać metody kontroli procesów wyjaławiania. Ćwiczenie 3: Mikrobiologia szczegółowa -. Ogólna charakterystyka bakterii Gram-dodatnich. Wiedza: student omawia następujące bakterie Gram-dodatnie: Ziarenkowce Gram-dodatnie: względnie beztlenowe (tlenowe): katalazo-dodatnie: Micrococcus, Staphylococcus, Stomatococcus i katalazo-ujemne: Streptococcus, Enterococcus, Aerococcus; bezwzględnie beztlenowe: Peptococcus, Peptostreptococcus; omawia ich występowanie, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń, mechanizmy obronne typ odczynu zapalnego, epidemiologia, diagnostyk, leczenie zakażeń wywołanych przez ziarenkowce Gram-dodatnie. Pałeczki Gram-dodatnie tlenowe i beztlenowe: pałeczki Gram-dodatnie przetrwalnikujące: Bacillus anthracis, B. cereus; pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujące: Corynebacterium spp., Mycobacte-

6 rium (prątki gruźlicy, MOTT), Erysipelothrix, Listeria; rozgałęzione pałeczki słabo kwasooporne promieniowce: Nocardi; omawia zakażenia wywoływane przez Corynebacterium diphtheriae, ich diagnostykę, leczenie, profilaktykę, odporność; pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujące: Actinomyces, Propionibacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Bifidobacterium, Mobiluncus. Pałeczki Gram-dodatnie przetrwalnikujące (laseczki): Clostridium, ich występowanie, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń, mechanizmy obronne typ odczynu zapalnego, epidemiologia, diagnostyka, leczenie zakażeń wywołanych przez pałeczki Gram-dodatnie. Umiejętności i kompetencje: student potrafi wymienić metody diagnostyczne służące do identyfikacji poszczególnych bakterii Gram-dodatnich; potrafi powiązać obraz uszkodzeń tkankowych i narządowych z objawami klinicznymi choroby, wywiadem i wynikami oznaczeń laboratoryjnych oraz opisać konsekwencje rozwijających się zmian patologicznych. Ćwiczenie 4: Mikrobiologia szczegółowa - Ogólna charakterystyka bakterii Gram-ujemnych. Wiedza: student omawia bakterie Gram-ujemne: Ziarenkowce Gram-ujemne: względnie beztlenowe (tlenowe): Neisseria, Moraxella; bezwzględnie beztlenowe: Veilonella; Pałeczki Gram-ujemne: niefermentujące niewybredne tlenowe: Pseudomonas, Stenotrophomonas, Burkholderia, Acinetobacter, Alcaligenes, Flavobacterium; jelitowe (duże) względnie beztlenowe z rodziny Enterobacteriaceae: Escherichia coli, Salmonella, Shigella, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Proteus, Morganella, Providencia, Yersinia); pałeczki oksydazo-dodatnie, fermentujące, względnie beztlenowe: Vibrio, Aeromonas; pałeczki oksydazo-dodatnie, mikroaerofilne: Campylobacter, Helicobacter; wybredne pałeczki Gram-ujemne małe: Francisella, Pasteurella, Brucella, Bordetella, Haemophilus, Legionella; bezwzględnie beztlenowe: Bacteroides, Porphyromonas, Prevotella, Fusobacterium, Leptotrichia. Student zna zasady badania bakteriologicznego w kierunku beztlenowców: pobieranie materiału, transport (odpowiednie podłoże transportowe); dokonuje oceny preparatu bezpośredniego barwionego metodą Grama, zna zasady posiewu na odpowiednie podłoża w warunkach beztlenowych; kontroli wzrostu w warunkach beztlenowych (równoległy przesiew na podłoża w kierunku flory tlenowej i beztlenowej); identyfikacji biochemicznej; oceny wrażliwości beztlenowców na antybiotyki. Umiejętności i kompetencje: student potrafi różnicować w/w drobnoustroje metodą mikroskopową, makroskopową; potrafi wymienić metody diagnostyczne służące do identyfikacji poszczególnych bakterii Gram-ujemnych; potrafi powiązać obraz uszkodzeń tkankowych i narządowych z objawami klinicznymi choroby, wywiadem i wynikami oznaczeń laboratoryjnych oraz opisać konsekwencje rozwijających się zmian patologicznych. Ćwiczenie 5: Zakażenia dróg oddechowych. Wiedza: student posiada wiedzę na temat flory fizjologicznej układu oddechowego oraz mechanizmów obrony przed zakażeniem; najczęstszych postaci klinicznych zakażeń górnych (URTI) i dolnych (LRTI) dróg oddechowych; zna czynniki etiologiczne: wirusy (grypa A, B, C, paragrypa 1-4, RSV, metapneumowirus, adenowirusy, RV, enterowirusy, koronawirusy, bocawirus), bakterie: gronkowce, paciorkowce, pałeczki Gram-ujemne (Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa) i inne, drobnoustroje wywołujące atypowe zapalenia płuc: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Chlamydophila psittaci, Chlamydia trachomatis, Legionella, Coxiella), zakażenia pozaszpitalne i szpitalne; zna zasady diagnostyki (posiewy, badania serologiczne, wykrycie antygenu) i leczenia zakażeń układu oddechowego; posiada wiedzę w zakresie chorobotwórczości, diagnostyki, epidemiologii zakażeń wywołanych przez Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis oraz inne w/w drobnoustroje. Umiejętności i kompetencje: student ocenia preparaty wykonane z materiałów pobranych z dróg oddechowych; wymienia czynniki etiologiczne zakażeń dróg oddechowych; różnicuje w/w patogeny i metody diagnostyczne wykorzystywane do ich identyfikacji; ocenia antybiogramy wykonane z niektó-

7 rych w/w drobnoustrojów i interpretuje wynik. Ćwiczenie 6: Zakażenia układu pokarmowego. Zatrucia pokarmowe. Wiedza: student posiada wiedzę na temat flory fizjologicznej przewodu pokarmowego i miejscowych mechanizmów obronnych; czynników etiologicznych (bakterie, wirusy), postaci klinicznych, epidemiologii, leczenia zakażeń przewodu pokarmowego i zatruć pokarmowych; zna zasady badań mikrobiologicznych w chorobach przewodu pokarmowego: badanie kału i wymazów z odbytu na podłożach wybiórczo-różnicujących, badanie biochemiczne, typowanie serologiczne, posiew krwi, moczu, kału, odczyny serologiczne (dur i paradury), wykrywanie toksyn (Clostridium botulinum, Clostridium difficile, S. aureus, B. cereus), wykrywanie antygenu w kale (Rotavirus, Adenovirus), wykrywanie przeciwciał IgG przeciwko Helicobacter pylori metodą IF oraz testem Westernblot; Omawia profilaktykę zakażeń (badanie nosicielstwa w kierunku Salmonella, Shigella). Umiejętności i kompetencje: student wymienia czynniki etiologiczne zakażeń przewodu pokarmowego i zatruć pokarmowych; różnicuje w/w patogeny i metody diagnostyczne wykorzystywane do ich identyfikacji; ocenia antybiogramy wykonane z w/w drobnoustrojów i interpretuje wynik. Ćwiczenie 7: Zakażenia układu moczowo-płciowego. Wiedza: student posiada wiedzę na temat flory fizjologicznej układu moczowo-płciowego; czynników sprzyjających zakażeniom dróg moczowo-płciowych, postacie kliniczne; czynniki etiologicznych i metody leczenia zakażeń dróg moczowych; badania bakteriologicznego moczu zasady i sposoby pobierania moczu, posiewy ilościowe i jakościowe, antybiogram; omawia florę fizjologiczną i stopnie czystości pochwy; stany zapalne pochwy: drożdżyca, rzęsistkowica, bakteryjna waginoza (Gardnerella vaginalis), chlamydioza (Chlamydia trachomatis), opryszczka (Herpes simplex typ 2; omawia zasady ich diagnostyki i leczenia; charakteryzuje zakażenia wewnątrzpłodowe i okołoporodowe (Rubella virus, CMV, HSV - TORCH; Treponema pallidum, Streptococcus agalactiae). Umiejętności i kompetencje: student ocenia preparaty wykonane z materiałów pobranych w przypadku zakażeń układu moczowo-płciowego; wymienia czynniki etiologiczne tych zakażeń; różnicuje w/w patogeny i metody diagnostyczne wykorzystywane do ich identyfikacji. Ćwiczenie 8: Choroby przenoszone drogą płciową. Wiedza: student posiada wiedzę na temat: czynników etiologicznych aktualnie związanych z chorobami przenoszonymi drogą płciową: wirusowych wywołujących lokalne zmiany w obrębie i okolicy narządów rodnych (HHV-1,2, HPV, MCV) i posiadających komórkę docelową poza układem płciowym (HIV, HBV, HDV, HCV, HGV, PTLV, HHV 8) oraz bakteryjnych (Treponema pallidum, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Haemophilus ducreyi, Klebsiella granulomatis): omawia morfologię i fizjologię krętka bladego (Treponema pallidum), inne krętki występujące fizjologicznie i chorobotwórcze, diagnostykęa kiły w zależności od okresu choroby (preparat bezpośredni, odczyny serologiczne klasyczne (VDRL, USR) i nowoczesne (FTA, FTA-ABS, immobilizacyjny), profilaktykę kiły; omawia morfologię i fizjologię dwoinek rzeżączki (Neisseria gonorrhoeae), diagnostykę ostrej i przewlekłej rzeżączki (preparat bezpośredni, hodowle, identyfikacja); charakteryzuje nierzeżączkowe zapalenie cewki moczowej (NGU) i szyjki macicy (chlamydie, mykoplazmy) i ich diagnostykę. Umiejętności i kompetencje: student ocenia preparaty wykonane z materiałów pobranych w przypadku chorób przenoszonych drogą płciową; wymienia czynniki etiologiczne tych zakażeń; różnicuje w/w patogeny i metody diagnostyczne wykorzystywane do ich identyfikacji. Ćwiczenie 9: Neuroinfekcje, zakażenia krwi. Wybrane schorzenia odzwierzęce. Wiedza: student posiada wiedzę na temat czynników predysponujących do zakażeń CUN, dróg zakażenia; zna zasady pobierania płynu mózgowo-rdzeniowego do badania bakteriologicznego i wirusologicznego; omawia czynniki etiologiczne zapaleń opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu: bakteryjne rop-

8 ne(neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus, Streptococcus agalactiae, pałeczki Gram-ujemne), bakteryjne nieropne (Mycobacterium tuberculosis, Listeria monocytogenes, Borrelia burgdorferi, Treponema pallidum), wirusowe (limfocytarne) (wirusy neurotropowe enterowirusy: Polio, Coxackie, Echo, arbowirusy, wścieklizny; wirusy nie neurotropowe, mogące dać powikłania mózgowe odry, świnki, różyczki, herpes, adenowirusy); charakteryzuje diagnostykę neuroinfekcji: badanie płynu mózgowo-rdzeniowego (preparaty bezpośrednie, hodowle, wykazanie swoistych antygenów), posiewy innych materiałów, badania serologiczne (wykrycie przeciwciał); uwarunkowania kliniczne, czynniki etiologiczne i diagnostykę bakteriologiczną (zasady pobierania krwi na posiew, metody hodowli krwi, ocena posiewów, interpretacja wyniku posiewu krwi) posocznicy, bakteriemii, zapalenia wsierdzia; opisuje wybrane schorzenia odzwierzęce: krętkowice (leptospirozy, borelioza z Lyme, dur powrotny), tularemię, bartonelozy, riketsjozy, erlichiozy. Umiejętności i kompetencje: student ocenia preparaty wykonane z materiałów pobranych w przypadku zakażeń CUN i krwi; wymienia czynniki etiologiczne tych zakażeń; różnicuje w/w patogeny i metody diagnostyczne wykorzystywane do ich identyfikacji. Ćwiczenie 10: Mikrobiologia ogólna - Antybiotyki i chemioterapeutyki. Wiedza: student zna leki przeciwbakteryjne: beta-laktamy (penicyliny, cefalosporyny, monobaktamy, karbapenemy, inhibitory beta-laktamaz), aminoglikozydy, chinolony, tetracykliny, makrolidy, linkozamidy, glikopeptydy, inne; charakteryzuje sposób ich działania (bakteriobójczy, bakteriostatyczny), zakres działania (wąskie, szerokie spektrum), mechanizm działania (hamowanie syntezy ściany komórkowej, uszkodzenie błony cytoplazmatycznej, blokowanie syntezy białek, blokowanie syntezy DNA, konkurencyjne wnikanie w łańcuch metaboliczny), uboczne działanie - alergiczne, toksyczne, biologiczne, efekt poantybiotykowy; omawia mechanizm powstawania i przenoszenia oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki u bakterii (oporność naturalna i nabyta, przenoszenia oporności pionowe i poziome), metody badania wrażliwości bakterii na antybiotyki in vitro (antybiogram): jakościowa - metoda dyfuzyjno-krążkowa, ilościowe E-test; znaczenie kliniczne MIC i MBC. Umiejętności i kompetencje: student rozumie zasady wykonywania antybiogramów (metoda dyfuzyjno-krążkowa, E-test) dla różnych rodzajów/grup drobnoustrojów wg wytycznych Eucast; odczytuje MIC na podstawie E-testu; oblicza wskaźnik MBQ dla antybiotyków oraz rozumie jego znaczenia w praktyce klinicznej; wymienia metody wykrywania istotnych klinicznie mechanizmów oporności: MRSA, ESBL, AmpC, KPC, MBL, MLSB, GISA, HLAR, VRE oraz potrafi dokonać klinicznej interpretacji wyników antybiogramów uzyskanych in vitro. Ćwiczenie 11: Podstawy wirusologii. Wiedza: student zna podstawowe cechy wirusów - budowa i wymiary, właściwości i udział poszczególnych struktur wirusów w patomechanizmie zakażenia, w diagnostyce; charakteryzuje fazy replikacji wirusów, wpływ typu replikacji na przebieg zakażenia wirusowego, ogólne wskazania i zasady diagnostyki wirusologicznej i izolacji wirusa: rodzaj, okres pobierania, przechowywanie, transport materiałów, opracowanie materiału w pracowni wirusologicznej (namnażanie na wrażliwych żywych komórkach: hodowle komórkowe, zarodki ptasie, wrażliwe zwierzęta), identyfikacja wirusa w mikroskopie lub odczynami serologicznymi; zna zastosowanie odczynów serologicznych w diagnostyce schorzeń wirusowych (odczyny wiązania dopełniacza, neutralizacji, zahamowania hemaglutynacji lub hemadsorpcji, immunofluorescencji, immunoenzymatyczne, radioimmunologiczne, lateksowe): do rozpoznania namnożonego wirusa, do określenia miana przeciwciał w surowicy, do wykrycia antygenu wirusowego w surowicy ; omawia zastosowanie biologii molekularnej w diagnostyce wirusologicznej. Umiejętności i kompetencje: student omawia procedury dotyczące sposobów zakażenia linii komórkowej ciągłej wirusem PIV 3 i RV ; ustala miano wirusa.

9 25. Opis zajęć integrujących wiedzę z mikrobiologii i immunologii ogólnej Integracja zajęć z mikrobiologii i immunologii odbywa się poprzez synchronizację omawiania komplementarnych zagadnień na wykładach i ćwiczeniach z obu przedmiotów. Temat mikrobiologiczny poprzedza odpowiedni temat immunologiczny lub odwrotnie. W ten sposób studenci uzyskają zintegrowaną wiedzę z mikrobiologii i immunologii. Zagadnienia prowadzone w systemie zintegrowanym : 1. Zagadnienie z mikrobiologii: Wykład 3 Podstawy mikrobiologii cz. I - integracja z immunologią: Antygeny bakteryjne rodzaje, budowa, zdolność do inicjowania odpowiedzi humoralnej i/lub komórkowej. Podstawowe testy immunologiczne mające zastosowanie w diagnostyce immunologicznej (aglutynacja, precypitacja) do identyfikacji szczepów bakteryjnych. 2. Zagadnienie z mikrobiologii: Ćw. 9 (Neuroinfekcje, zakażenia krwi. Wybrane schorzenia odzwierzęce) i ćw. 11 (Podstawy wirusologii) - integracja z immunologią: Nowoczesne testy diagnostyki immunologicznej ELISA, RIA i ich zastosowanie w diagnostyce chorób zakaźnych; ocena poziomu przeciwciał IgM, IgG ważna w różnicowaniu zakażeń pierwotnych i przewlekłych (przetrwałych) lub wcześniej przebytych np. borelioza, choroby wirusowe. 3. Zagadnienie z mikrobiologii: Ćw. 3 (Mikrobiologia szczegółowa - Ogólna charakterystyka bakterii Gram-dodatnich) i ćw. 5 (Zakażenia dróg oddechowych) - integracja z immunologią: Rodzaje nadwrażliwości typu II i III i IV zainicjowane przez patogeny chorobotwórcze oraz testy stosowane w diagnostyce tych reakcji ASO, test tuberkulinowy. 4. Zagadnienie z mikrobiologii:wykład 12 (odpowiedź organizmu ludzkiego w zakażeniach wirusowych i bakteryjnych) - integracja z immunologią: Dynamika zakażenia a dynamika inicjowania odpowiedzi immunologicznej. 5. Zagadnienie z mikrobiologii: Wykład 12 (odpowiedź organizmu ludzkiego w zakażeniach wirusowych i bakteryjnych) - integracja z immunologią: Mechanizmy odpowiedzi immunologicznej charakterystyczne dla zakażeń bakteryjnych, wirusowych, grzybiczych i pasożytniczych. 6. Zagadnienie z mikrobiologii: Ćw. 5 (Zakażenia dróg oddechowych). integracja z immunologią: Drobnoustroje upośledzające nieswoistą odpowiedź immunologiczną Mycobacterium, Listeria. 7. Zagadnienie z mikrobiologii: Wykład 11 (wirus upośledzenia odporności HIV) i ćw. 8 (Choroby przenoszone drogą płciową) - integracja z immunologią: Drobnoustroje wykorzystujące receptory występujące na powierzchni komórek immunologicznych jako wrota zakażenia HIV. 8. Zagadnienie z mikrobiologii: Wykład 13 (Szczepionki przeciw drobnoustrojom) - integracja z immunologią: Immunoprofilaktyka czynna i bierna podział szczepionek i preparatów immunoglobulinowych, szczepionki mono- i poliwalentne; immunologiczna ocena protekcyjności szczepionki w odniesieniu do różnych patogenów (ocena serokonwersji, siła pierwotnej i wtórnej odpowiedzi immunologicznej szczepionki, zdolność do powstawania komórek pamięci). 9. Zagadnienie z mikrobiologii: Wykład 9 i 10 (Wirusy jako patogeny człowieka cz. I i II) i ćw. 8 (Choroby przenoszone drogą płciową) - integracja z immunologią: Rola drobnoustrojów bakterii i wirusów w onkogenezie, inicjująca utratę kontroli immunologicznej nad zakażonymi komórkami (wirusy brodawczaka, wirus herpes, WZW B, WZW C, EBV, H. pylori). 10. Zagadnienie z mikrobiologii: Ćw. 5 (Zakażenia dróg oddechowych) - integracja z immunologią: Patogeneza chorób atopowych rola wirusów w zaostrzeniach astmy. 26. Kontynuacja przedmiotu przewidziana na zajęciach z chorób zakaźnych, immunologii klinicznej 27. Zalecane kursy fakultatywne i zajęcia uzupełniające 28. Informacje dodatkowe dostępne są pod adresem