Zastosowanie sekwencji 16S rrna w identyfikacji bakteryjnego DNA izolowanego z różnych materiałów

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Zastosowanie sekwencji 16S rrna w identyfikacji bakteryjnego DNA izolowanego z różnych materiałów"

Transkrypt

1 Rocznik Świętokrzyski. Ser. B Nauki Przyr. 35: 9 20, 2014 Polska Akademia Nauk Oddział w Krakowie, Kieleckie Towarzystwo Naukowe Zastosowanie sekwencji 16S rrna w identyfikacji bakteryjnego DNA izolowanego z różnych materiałów 16S rrna sequences used to identification of bacterial DNA isolated from various materials WIOLETTA ADAMUS-BIAŁEK 1, MONIKA WAWSZCZAK 2 Summary. The aim of this study was the genetic analysis of two different material. The whole DNA was isolated from the air filter, located in Integrated Environmental Monitoring Station on Swiety Krzyz in the Swietokrzyskie Mountains. The second sample of whole DNA was obtained from sludge. Total DNA was extracted by two method temperature isolation and column isolation kit. Genetic analysis revealed presence only Eubacteria. The confirmation of the presence of Archaea can be possible during further optimization of the used techniques. Presented results confirmed that air filters and sludge are the useful materials to isolate bacterial DNA to identification and to look for microorganisms which could possess some unique factors for adapt to environment. Air filters or sludge can be use to metagenomic analysis of microorganisms present in different environment, especially to the identification of uncultured bacteria from environment. Słowa kluczowe: metagenomika, 16S rrna, PCR, Eubacteria, Archaea Key words: metagenomics, 16S rrna, PCR, Eubacteria, Archaea 1 Wioletta Adamus-Białek, Katedra Ochrony i Kształtowania Środowiska, Uniwersytet Jana Kochanowskiego w Kielcach, ul. Świętokrzyska 15, Kielce, ujk.edu.pl. 2 Monika Wawszczak, Studia magisterskie Biotechnologia, Instytut Chemii, Uniwersytet Jana Kochanowskiego w Kielcach, ul. Świętokrzyska 15, Kielce.

2 10 WIOLETTA ADAMUS-BIAŁEK, MONIKA WAWSZCZAK Wprowadzenie Diagnostyka mikrobiologiczna obejmuje szereg metod służących do identyfikacji mikroorganizmów w złożonych ekosystemach (Bal 2001). Różnią się one m.in. powtarzalnością uzyskiwanych wyników czy wymaganym nakładem pracy. Ich wspólnym zadaniem jest jak najbardziej precyzyjne określenie struktury populacji, która tworzy dany ekosystem (Libudzisz i in. 2007). Metody te można podzielić na konwencjonalne i niekonwencjonalne. Metody konwencjonalne, wykorzystujące hodowle mikroorganizmów, polegają na oznaczeniu cech fenotypowych komórek drobnoustrojów. Metody niekonwencjonalne wykorzystują techniki biologii molekularnej do oznaczenia cech genotypowych, bez konieczności prowadzenia wstępnej hodowli (Libudzisz i in. 2007, Schmidt, Relman 1994, Więckowicz 2009). Metagenomka to zaawansowana dziedzina nauki zajmująca się badaniem mikroorganizmów, która w swojej pracy pomija proces hodowli bakterii. Zakres jej badań to genomika środowiskowa, ekogenomika lub genomika populacji drobnoustrojów (Freeland 2008). Zasadniczą różnicą między standardową mikrobiologią a ekogenomiką jest to, że genomika środowiskowa polega na klonowaniu kwasu dezoksyrybonukleinowego pobranego bezpośrednio z naturalnego środowiska oraz w kolejnym etapie sekwencjonowaniu pokaźnych bibliotek genomowych. Mikrobiologia jako dziedzina nauki jest ukierunkowana na prowadzenie badań nad poszczególnymi rodzajami bakterii. Minusem takiego podejścia jest to, że badania mogą być prowadzone na bakteriach, które można wyhodować i obserwować pod mikroskopem. Takie podejście daje nam tylko połowiczne możliwości zdobycia wiedzy, gdyż ogromna ilość drobnoustrojów wykazuje ekspresję genów specyficznych dla swego gatunku w naturalnym środowisku życia w populacji, często w postaci biofilmów (Błaszczyk 2009). Metagenomika daje nam możliwość zbadania całych genomów reprezentujących populacje mikrobów żyjących w swym naturalnym środowisku, co pozwala na pominięcie etapu ich hodowli w warunkach laboratoryjnych. Wszelkiego rodzaju prace metagenomiczne opierają się na schemacie złożonym z czterech podstawowych etapów. Pierwszym z nich i bardzo istotnym etapem jest wyizolowanie DNA. Próbki badawcze, pobierane z naturalnych środowisk, zawierają materiał DNA pochodzący od różnych gatunków organizmów. Proces izolacji DNA musi być dostosowany do rodzaju prowadzonych badań. W powszechnym użytku stosuje się metody fizyczne (bonifikacja), a także chemiczne (utworzenie silnie alkalicznych warunków). Wyizolowane całkowite DNA można poddać wielu technikom badawczym w celu określenia różnorodnych właściwości i cech badanego lub badanych organizmów. Jedną z bardziej popularnych metod jest analiza restrykcyjna całkowitego DNA i porównywanie uzyskanych fragmentów DNA. Poszczególne fragmenty DNA można wklonować w wektory, które

3 Zastosowanie sekwencji 16S rrna w identyfikacji bakteryjnego DNA 11 dzięki zdolności do autoreplikacji można wprowadzić do tzw. organizmu modelowego (np. E. coli). Komórki, które uległy procesowi transformacji zostają poddane hodowli. Wszystkie nowo powstałe komórki posiadają identyczny rodzaj metagenomowego kwasu dezoksyrybonukleinowego, który podlega dokładnym analizom genetycznym (sekwencjonowanie) w celu otrzymania biblioteki genomowej (Baj, Markiewicz 2006, Schmidt, Relman 1994). Biologia molekularna już od dawna pełni ważną rolę w taksonomii drobnoustrojów. Największe zasługi w tej dziedzinie przypisuje się głównie badaniu enzymatycznych białek oraz kwasów nukleinowych. W zależności od rodzaju analizy i makrocząsteczki (białko strukturalne, białko enzymatyczne, DNA, RNA) uzyskuje się wyniki o różnym stopniu przydatności. Niektóre metody służą do szybkiej identyfikacji drobnoustrojów najczęściej do celów klinicznych a inne, bardziej pracochłonne, wykorzystywane są do szczegółowej analizy powiązań filogenetycznych (Krawczyk, Kur 2008, Schmidt, Relman 1994). W technikach diagnostycznych i epidemiologicznych dużą uwagę koncentruje się na różnicowaniu genomowego DNA (Adamus-Bialek i in. 2009). Analizy tego typu często oparte są na stabilnych sekwencjach DNA, takich jak geny kodujące produkty białkowe, które mają istotne znaczenie w metabolizmie bakterii (tzw. housekeeping genes) lub sekwencje wysoce konserwatywne, specyficzne dla każdego gatunku bakterii. Do poszukiwania takich charakterystycznych sekwencji w genomie bakterii wykorzystuje się sondy genetyczne o wysoce konserwatywnych sekwencjach lub oligonulkoetydowe fragmenty DNA, tzw. startery, flankujące poszukiwaną sekwencję fragmentu genu, amplifikowaną w trakcie reakcji PCR (Clarridge 2004). Zastosowanie techniki PCR oraz wielu jej modyfikacji umożliwia powielenie w zasadzie każdego znanego pod względem sekwencji fragmentu DNA. Czułość i swoistość amplifikowanego fragmentu DNA zwiększa dokładna znajomość jego sekwencji, co jest istotne w przypadku zastosowania tej metody w diagnostyce mikrobiologicznej. Reakcje PCR są wykorzystywane do identyfikacji genów kodujących lekooporność lub czynniki patogenności bez konieczności hodowli niebezpiecznych dla zdrowia patogenów. Globalny serwer genetyczny, jakim jest Gene Bank, pozwala na analizę porównawczą całych genomów bakteryjnych w kontekście do szczepów referencyjnych lub planować ich różnicowanie. W tym celu najczęściej stosuje się analizę polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych za pomocą elektroforezy w żelu agarozowym. Często również porównuje się zróżnicowanie produktów amplifikacji fragmentów DNA, stosując startery hybrydyzujące jedynie z ograniczoną liczbą wybranych sekwencji. W chromosomach wielu drobnoustrojów, również patogennych, stwierdzono obecność rozproszonych sekwencji powtórzonych lub sekwencji inercyjnych występujących w określonej i ograniczonej liczbie. Sekwencje

4 12 WIOLETTA ADAMUS-BIAŁEK, MONIKA WAWSZCZAK te znalazły zastosowanie jako sekwencje docelowe dla sond genetycznych lub starterów amplifikujących obszary ich obecności podczas reakcji PCR (Baj, Markiewicz 2006, Bal 2001, Krawczyk, Kur 2008). Materiał badawczy Materiały i metody Materiałem wykorzystanym do badań były 2 filtry powietrza krążki PTFE (politetrafluoroetylen; teflon) absorbujące pył powietrza, o wymiarach 54 mm/0,1 mm, równoważna średnica porów to 0,1 mikrometra. Badane filtry umieszczane były uprzednio w analizatorze o sile zasysania powietrza l/miesiąc na wysokości 30 m od gruntu w Stacji Monitoringu Katedry Ochrony i Kształtowania Środowiska na Świętym Krzyżu. Po okresie 1 miesiąca filtry były umieszczane w sterylnej szalce Petriego w celu dalszych badań w laboratorium. Materiał badawczy pochodził z okresu zimowo-wiosennego. Wykorzystano także dwie różne próby osadu czynnego, otrzymanego z oczyszczalni ścieków przed procesem oczyszczania (osad mokry) i po procesie oczyszczania (osad suchy). Podłoża, odczynniki Sterylny płyn fizjologiczny (0,85% NaCl), sterylna woda dejonizowana, zestaw do izolacji kolumienkowej genomowego bakteryjnego DNA (Qiagen), zestaw do reakcji PCR: polimeraza Taq (Fermentas), bufor do polimerazy Taq (Fermentas), oligonukleotydowe startery (tab. 1), deoxynukleotydowe trifosforany (datp, dgtp, dctp i dttp) (Fermentas), matryca genomowego DNA, ultraczysta woda 3D, zestaw do elektroforezy: bufor do rozdziału elektroforetycznego 1x stężony TAE, agaroza (Serva) 1%, roztwór bromku etydyny (0,5 µg/ml), wzorzec mas DNA ( bp, DNA Gdańsk). Sprzęt Pipety automatyczne, końcówki do pipet (Eppendorf), łaźnia wodna, mikrowirówka (Eppendorf), termocykler (Biometra),

5 Zastosowanie sekwencji 16S rrna w identyfikacji bakteryjnego DNA 13 aparat do elektroforezy BIO-RAD, transiluminator UV (G-Box, Syngene). Tabela 1. Oligonukleotydowe startery zastosowane w badaniach, oznaczenia sekwencji K = G lub T; M = A lub C; R = A lub G; W = A lub T, pz pary zasad (Lane i in. 1985, Leffers, Garrett 1984) Table 1. Description of primers used in the studies, sequence marks: K = G or T, M = A or C, R = A or G, W = A or T, bp base pair, (Lane et al. 1985, Leffers, Garrett 1984) Nazwa Name Com1 Com2 1100A 1A Sekwencja nukleotydów (5-3 ) Oligonucleotide sequence (5-3 ) CAGCNGCCGCG- GTAATWC CCGTCAATTC- MTTTRAGTTT TGGGTCTCGCTC- GTTG TCYGKTTGATC- CYGSCRGAG Temperatura mięknięcia (ºC) Melting temperature (ºC) Wielkość produktu reakcji PCR (pz) Size of amplicons (bp) Amplifikowany region Region ampified 52,6 54,9 401 fragment genu kodującego16s 43,6 47,7 rrna Eubacteria 48, fragment genu kodującego 16S 51,8 60 rrna Archaea Metody badań Izolacja DNA metodą termiczną z osadu czynnego: Materiał badawczy stanowiły próbki osadu czynnego (suchego i mokrego). Próbkę materiału zawieszano w 500 μl sterylnej wody. Przygotowaną zawiesinę poddawano ogrzewaniu przez 7 minut w 100ºC. Lizat wirowano przez 5 minut w 10 tys. obrotów/min. Tak otrzymany supernatant zbierano do osobnej probówki i zamrażano w 20ºC. Uzyskany materiał posłużył jako matrycowy DNA, wyizolowany z mikroorganizmów badanego osadu czynnego. Izolacja DNA metodą termiczną z filtrów powietrza: Filtry badawcze rozdrabniano i umieszczano w probówkach typu Eppendorf. Następnie do probówki dodawano 1 ml 0,85-procentowego NaCl i wytrząsano przez dwie godziny. Po opadnięciu fragmentów filtra na dno probówki supernatant odsączano do osobnej probówki i ogrzewano przez 5 minut w 100ºC. Lizat wirowano przez 3 minuty w 10 tys. obrotów/min. Uzyskany supernatant zbierano do osobnej probówki i mrożono w 20ºC jako materiał DNA wyizolowany z drobnoustrojów filtra badawczego.

6 14 WIOLETTA ADAMUS-BIAŁEK, MONIKA WAWSZCZAK Izolacja kolumienkowa genomowego bakteryjnego DNA: Filtr badawczy rozdrabniano i umieszczano w probówce typu Eppendorf. Następnie do probówki dodawano 1 ml 0,85-procentowego NaCl i wytrząsano przez dwie godziny. Po opadnięciu fragmentów filtra na dno probówki supernatant odsączano do osobnej probówki i poddawano dalszym etapom według instrukcji producenta zestawu (Qiagen). Identyfikacja bakterii należących do Eubacteria techniką reakcji amplifikacji PCR fragmentu genu 16S rrna: Technika PCR po uprzednim zoptymalizowaniu na podstawie danych źródłowych (Lane i in. 1985, Macrae 2000, Clarridge 2004) została przeprowadzona w celu wykrycia fragmentu genu kodującego podjednostkę rybosomu 16S rrna specyficzną dla Eubacteria. Reakcję amplifikacji poszukiwanych fragmentów DNA przeprowadzono w objętości 50 µl mieszaniny reakcyjnej, zawierającej 5 µl 10x stężonego buforu do polimerazy, 1 µl 10 pmol każdego startera (com1, com2), 1 µl zawierający mieszaninę 0,2 mm każdego deoxynukleotydowego trifosforanu (datp, dgtp, dctp i dttp), 3 µl matrycy genomowego DNA oraz 1 jednostkę polimerazy Taq. Zawartość mieszaniny reakcyjnej uzupełniano ultraczystą wodą do objętości 50 µl. Warunki reakcji amplifikacji zostały przeprowadzone w kolejnych etapach, rozpoczynając 3-minutową denaturacją w 94ºC, następnie 35 cykli: 94ºC przez 1 minutę, 55ºC przez 0,5 minuty i 72ºC przez 3 minuty, końcowym etapem była 5-minutowa elongacja w 72ºC. Identyfikacja bakterii należących do Archaea techniką reakcji amplifikacji PCR fragmentu genu 16 s rrna: Technika PCR po uprzednim zoptymalizowaniu na podstawie danych źródłowych (Leffers, Garret 1984, Macrae 2000, Clarridge 2004) została przeprowadzona w celu wykrycia fragmentu genu kodującego podjednostkę rybosomu 16S rrna specyficzną dla Archaea. Reakcję amplifikacji poszukiwanych fragmentów DNA przeprowadzano w objętości 50 µl mieszaniny reakcyjnej, zawierającej 10 µl 10x stężonego buforu do polimerazy, 1 µl 10 pmol każdego startera (1A, 1100A), 1 µl zawierający mieszaninę 0,2 mm każdego deoxynukleotydowego trifosforanu (datp, dgtp, dctp i dttp), 3 µl matrycy genomowego DNA oraz 1 jednostkę polimerazy Taq (Fermentas). Zawartość mieszaniny reakcyjnej uzupełniano ultraczystą wodą do objętości 50 µl. Warunki reakcji amplifikacji zostały przeprowadzone w kolejnych etapach, rozpoczynając 30-sekundową denaturacją w 98ºC, następnie 35 cykli: 98ºC przez 15 sekund, 55ºC przez 30 sekund i 72ºC przez 60 sekund, końcowym etapem była 5-minutowa elongacja w 72ºC. Analiza produktów amplifikacji PCR techniką elektroforezy w żelu agarozowym: Uzyskane produkty amplifikacji oraz wzorzec mas DNA nanoszone były na 1,5-procentowy żel agarozowy zanurzony w 1x stężonym buforze TAE, pod wpływem napięcia 100 V. Po upływie około 40 minut żel płukano w roztworze bromku etydyny, a następnie obserwowano w świetle UV i fotografowano.

7 Zastosowanie sekwencji 16S rrna w identyfikacji bakteryjnego DNA 15 Wyniki i dyskusja Celem pracy była analiza genetyczna DNA wyizolowanego z osadu czynnego oraz z wkładek filtracyjnych asymilujących powietrze z wysokości 30 m od gruntu na Stacji Monitoringu Katedry Ochrony i Kształtowania Środowiska UJK na Świętym Krzyżu. W pierwszym etapie przeprowadzono izolację DNA bakteryjnego z materiału badawczego (osad czynny, wkładki filtrujące) dwoma różnymi metodami. Metodą PCR dokonano analizy DNA pod względem występowania sekwencji 16S rrna specyficznych dla bakterii należących do Archaea i Eubacteria (Macrae 2000). Identyfikacja mikroorganizmów metodą amplifikacji 16S rrna jest jedną z technik biologii molekularnej (Schmidt, Relman 1994). Oparta jest na analizie genu kodującego podjednostkę rybosomu 16S rrna (Bąkowska 2005). Cząsteczka ta jest obok 21 białek (S1 S21) zasadniczym elementem składu małej podjednostki 30S. Natomiast 30S stanowi jedną z dwóch podjednostek budujących rybosom prokariotyczny. Struktura 16S rrna obejmuje w swoim składzie 4 domeny: 3 większa, 5 centralna i 3 mniejsza (Bąkowska 2005). Ze względu na małą zmienność genów 16S rrna analiza tych sekwencji pozwala na identyfikację składu gatunkowego bakterii występujących w danym środowisku (Clarridge 2004, Deja-Sikora 2007). Gen kodujący 16S rrna jest obecny u wszystkich organizmów prokariotycznych, a stopień zróżnicowania jego sekwencji rośnie ze wzrostem dystansu filogenetycznego między badanymi mikroorganizmami, dlatego też pozwala to na precyzyjne określenie udziału danego drobnoustroju w klasyfikacji gatunkowej, rodzajowej, a także i szczepowej. DNA bakterii, które koduje rrna, zbudowane jest z operonu rrn, a jego poszczególnymi składowymi są trzy geny kodujące kolejno: 16S, 23S oraz 5S RNA. Liczba operonów jest różna i uzależniona od gatunku danej bakterii, np. Escherichia coli posiada 7 kopii operonu rrn, a znacznie więcej spotyka się np. u Bacillus subtilis. Sekwencja nukleotydowa tych genów może posiadać fragmenty o wysokim stopniu zakonserwowania, które można wykorzystać do hybrydyzacji z obszarami DNA identycznych genów innych grup bakterii. Ponadto reakcja PCR pozwala na amplifikację regionu zmiennego wewnątrz genu kodującego 16S rrna, jak również na amplifikację regionu zmiennego między genami kodującymi 16S i 23S rrna, poprzez zastosowanie starterów o sekwencji regionu 3 genu 16S i stałego regionu 5 genu 23S RNA (Clarridge 2004, Raszka i in. 2009). Badaniom poddano 2 filtry pochodzące z okresu zimowego oraz wiosennego oraz dwie próbki osadu czynnego (tzw. osad mokry i osad suchy). Uzyskano potwierdzenie obecności bakterii należących tylko do Eubacteria (ryc. 1, ryc. 2). W przypadku filtra powietrza (ryc. 1) oznaczenia 1a, 2a, 3a dotyczyły DNA izolowanego metodą kolumienkową z filtra zimowego, a oznaczenia 4a i 5a dotyczyły DNA izolowanego metodą termiczną. Oznaczenia 1b, 2b, 3b dotyczyły DNA izolowanego metodą kolumienkową

8 16 WIOLETTA ADAMUS-BIAŁEK, MONIKA WAWSZCZAK z filtra wiosennego, a oznaczenia 4b i 5b dotyczyły DNA izolowanego metodą termiczną. Produkty na rycinie 2 oznaczone jako 1 stanowiły próbki osadu mokrego, natomiast produkty o oznaczeniu 2 pochodziły z próbek osadu suchego, a izolacja metodą kolumienkową, b, c izolacja DNA metodą termiczną. Obie metody izolacji DNA dały wynik pozytywny, ponadto reakcje PCR przeprowadzone na DNA izolowanym metodą termiczną pozwoliły uniknąć produktów niespecyficznych reakcji. Izolacja DNA metodą termiczną daje zazwyczaj większą wydajność otrzymywanej ilości DNA, ale o znacznie gorszej czystości. W przypadku identyfikacji gatunków poprzez sekwencje 16S rrna termiczna izolacja DNA wydaje się bardziej przydatna. Duża ilość DNA jest tracona podczas jego oczyszczania w kolumnie, co może negatywnie wpływać na poziom wykrywalności gatunków podczas sekwencjonowania sklonowanych produktów reakcji PCR. Z drugiej strony termiczna izolacja DNA jest prawdopodobnie niewystarczająca do izolacji gatunków należących do Archaea ze względu na skomplikowaną budowę ściany komórkowej. Można także przypuszczać, że izolacja DNA metodą kolumienkową także nie jest dostosowana do Archaea. Ze względu na brak kontroli pozytywnej można jedynie przypuszczać, że w analizowanym filtrze 401 pz Ryc. 1. Elektroforeza żelowa produktów reakcji PCR specyficznej dla genu 16s rrna Eubacteria otrzymanych z próbek DNA wyizolowanych z filtra powietrza, wz wzorzec mas DNA pz Fig. 1. Gel electrophoresis of the PCR products specific for 16S rrna Eubacteria gene obtained from DNA samples isolated from the air filter, wz molecular weight marker 100 bp ladder Ryc. 2. Elektroforeza żelowa produktów reakcji PCR specyficznej dla genu 16s rrna Archaea i Eubacteria otrzymanych z próbek DNA wyizolowanych z osadu czynnego, wz wzorzec mas DNA pz Fig. 2. Gel electrophoresis of the PCR products specific for 16S rrna Archaea and Eubacteria gene obtained from DNA samples isolated from the active sludge, wz molecular weight marker 100 bp ladder

9 Zastosowanie sekwencji 16S rrna w identyfikacji bakteryjnego DNA 17 powietrza nie występowały Archaea, co jest prawdopodobne. Ta grupa bakterii występuje w specyficznych miejscach o skrajnych wymaganiach środowiskowych, jak np. temperatura powyżej 100ºC, wysokie zasolenie czy obecność metanu (Kołwzan 2005). Z drugiej strony nietypowa budowa chemiczna ściany komórkowej mogła być powodem negatywnej izolacji DNA, co uniemożliwiło amplifikację oczekiwanych produktów w reakcji PCR. Z pewnością metoda PCR jest jedną z najlepszych technik w identyfikacji tej grupy organizmów (Krawczyk 2008). Podstawową zaletą techniki PCR, dzięki której uzyskała ona rzeszę zwolenników podczas prac nad identyfikacją drobnoustrojów, jest pominięcie etapu hodowli, dzięki czemu możliwa jest identyfikacja wszystkich drobnoustrojów znajdujących się w materiale badawczym. Na podłożach mikrobiologicznych w hodowli in vitro nie jest możliwe zidentyfikowanie wszystkich drobnoustrojów. Izolacja genomowego DNA bezpośrednio z materiału badawczego filtr membranowy, osad czynny pozwoliła wyizolować wystarczającej jakości materiał genetyczny przeznaczony do dalszej analizy PCR. Uzyskane wyniki z prowadzonych badań pozwoliły zidentyfikować w materiale badawczym bakterie wyłącznie należące do podkrólestwa Eubacteria. Produkty powstałe wyniku reakcji PCR mogą należeć do różnorodnych gatunków bakterii obecnych w materiale badawczym. Identyfikację gatunkową bakterii z produktu PCR można przeprowadzić poprzez proces klonowania do wektora plazmidowego, a następnie jego transformację do organizmu modelowego, jak np. E. coli. Po izolacji plazmidów następuje sekwencjonowanie rozdzielonych i wyizolowanych fragmentów DNA. Uzyskany produkt amplifikacji DNA to dobry materiał do identyfikacji gatunkowej bakterii wyizolowanych z pyłu badawczego powietrza zebranego na filtrze lub z osadu czynnego. Tego typu badania mogą być wykorzystane w poszukiwaniu drobnoustrojów o niezwykłych właściwościach adaptacyjnych (Krawczyk, Kur 2008, Raszka 2009). Stosowanie metod molekularnych w celu identyfikacji mikroorganizmów potwierdziło swoją wyższość nad metodami hodowlanymi (Kołwzan i in. 2005, Raszka 2009). Niehodowlane metody diagnostyki mikrobiologicznej charakteryzują się szybszą procedurą prowadzenia badań oraz dużą dokładnością w badaniu przynależności taksonomicznej organizmów (Więckowicz 2009). Najczęściej stosowane techniki bazują w ogromnym stopniu na analizie puli genowej. Przedstawiona wyżej analiza genowa odbywa się zazwyczaj in situ. Najczęściej prowadzi się analizę mającą na celu zidentyfikowanie bakterii, opierając się na dokładnym zidentyfikowaniu rdna, a w szczególności z genu kodującego 16S rrna. Dzisiejsze techniki badań molekularnych pozwalają określić przebieg ewolucji jaka następowała u mikrobów, ponadto techniki molekularne są zdolne do wykrywania wyselekcjonowanych mikroorganizmów w danym środowisku (Dixon i in. 2005). Metagenomika wykorzystywana jest obecnie w wielu dziedzinach naukowych. Znajduje swe zastosowanie m.in. w ekologii poprzez stosowanie analizy sekwencji genu

10 18 WIOLETTA ADAMUS-BIAŁEK, MONIKA WAWSZCZAK 16S rdna do identyfikacji mikroorganizmów glebowych (Deja-Sikora i in. 2007). W ten sposób pozwala na określenie funkcji, jakie pełnią one w środowisku glebowym. Ponadto z metagenomów glebowych wyizolowane zostały geny odpowiedzialne za syntezę nowego antybiotyku (turbomycyn A i B). Warte uwagi jest również to, że skonstruowane ogromne biblioteki metagenomowe pozwalają na otrzymanie enzymów, tj. pektynaz, lipaz czy dehydrogenaz (Krasowska, Łukaszewicz 2011). Poza mikroflorą środowiska glebowego analizie metagenomicznej poddane zostały organizmy występujące m.in. w osadzie czynnym oraz wodach morskich. Przykładowo sekwencjonowanie mikroorganizmów pochodzących z Morza Sargassowego było jak dotąd największym z przeprowadzonych analiz metagenomicznych (Venter i in. 2004). Metagenomika wykorzystywana jest także w badaniach ekologicznych, interakcji organizmów i ich środowiska. W dziedzinie ochrony środowiska umożliwia odkrycie nowych gatunków bakterii oraz badanie bioróżnorodności ekosystemów (Krasowska, Łukaszewicz 2011, Raszka i in. 2009). Ekogenomika w inżynierii środowiskowej wzbudziła wiele oczekiwań. Daje możliwości na wyszukanie nowych przydatnych enzymów, białek o właściwościach leczniczych (Nesce, Simonet 2014, Saylers, Witt 2003). Wobec tego coraz częściej posługuje się nią w technologii żywności, do badań nad składem i właściwościami dzikorosnących gatunków roślin (Wagner, Loy 2002). Dlatego właśnie zastosowanie metagenomiki potwierdziło, że jest ona doskonałą metodą do identyfikacji materiału genetycznego mikroorganizmów pobieranych wprost z naturalnych środowisk, bez konieczności ich hodowli w warunkach laboratoryjnych. Podsumowanie Zamierzeniem niniejszej pracy była próba optymalizacji metody izolacji bakteryjnego, genomowego DNA ze złożonego ekosystemu na przykładzie osadu czynnego i filtru asymilującego zanieczyszczenia powietrza. Zastosowano prostą metodę termicznej izolacji DNA w porównaniu z komercyjnym zestawem izolacji DNA metodą kolumienkową. Obydwie metody były skuteczne w przypadku identyfikacji bakterii należących do Eubacteria. Metoda termiczna okazała się ponadto szybszą i tańszą techniką izolacji całościowego, bakteryjnego DNA z tak złożonego materiału, jakim jest osad czynny czy filtr powietrza. Zidentyfikowana obecność Eubacteria dowodzi o ich powszechnym występowaniu w każdej biocenozie. Jest to również potwierdzenie odpowiednio przeprowadzonej izolacji materiału genetycznego. Wskazuje to także na możliwość stosowania jej w analizie złożonych ekosystemów pod względem ich składu gatunkowego. Ponadto istnieje szansa wykorzystania w przyszłości pozyskanego produktu amplifikacji PCR, specyficznego wobec Eubacteria do identyfikacji gatunkowej bakterii, wyizolowanych z badanych materiałów. Tę identyfikację gatunkową bakterii

11 Zastosowanie sekwencji 16S rrna w identyfikacji bakteryjnego DNA 19 z uzyskanych produktów reakcji PCR można otrzymać w procesie klonowania i kolejno sekwencjonowania rozdzielonych fragmentów materiału genetycznego. W pracy podjęto również próbę identyfikacji bakterii Archaea, wynik jednak okazał się negatywny. Może to świadczyć o niewystępowaniu w badanych materiałach tej grupy mikroorganizmów. Przyczyną mogło być również niewystarczające zoptymalizowanie warunków reakcji łańcuchowej polimerazy lub izolacji DNA. Prezentowane wyniki badań są propozycją kontynuowania i poszerzenia tego typu badań o identyfikację gatunkową mikroorganizmów występujących w badanych materiałach. Podziękowanie Projekt został sfinansowany ze środków na działalność statutową działalność celowa dla młodej kadry, nr: Acknowledgement The project was funded by statutory activities purposeful activities for young staff, no: Literatura Adamus-Bialek W., Wojtasik A., Majchrzak M., Sosnowski M., Parniewski P., 2009: (CGG)4-Based PCR as a Novel Tool for Discrimination of Uropathogenic Escherichia coli Strains: Comparison with Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-PCR, Journal of Clinical Microbiology, vol. 47, s Baj J., Markiewicz Z., 2006: Biologia molekularna bakterii, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa. Bal J., 2001: Biologia molekularna w medycynie, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa. Bąkowska K., 2005: Funkcja wybranych fragmentów 16S rrna małej podjednostki rybosomalnej w procesie biosyntezy białka, Biotechnologia vol. 2(69), s Błaszczyk M.K., 2009: Mikroorganizmy w ochronie środowiska, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa. Clarridge J.E., 2004: Impact of 16 S rrna Gene Sequence Analysis for Identification of Bacteria, Clinical Microbiology and Infectious Diseases, vol. 17(4). Deja Sikora E., Sikora M., Gołębiewski M., Tretyn A.,2007: Biblioteki metagenomowe jako źródło genów przydatnych w biotechnologii, Biotechnologia vol. 4(79), s , Dixon D., Jenkins I., Moody R., Zhuravlev A., 2005: Encyklopedia ewolucji, Wydawnictwo Debit, Bielsko-Biała, s Freeland J.R., 2008: Ekologia molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, s

12 20 WIOLETTA ADAMUS-BIAŁEK, MONIKA WAWSZCZAK Krasowska A., Łukaszewicz M., 2011: Izolacja, identyfikacja oraz aktywność proteolityczna i lipolityczna mikroorganizmów arktycznych, Acta Sci. Pol., Biotechnologia 10(1), s Kołwzan B., Adamiak W., Grabas K., Pawełczyk A., 2005: Podstawy mikrobiologii w ochronie środowiska, Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław. Krawczyk B., Kur J., 2008: Diagnostyka molekularna w mikrobiologii, Wydawnictwo Politechniki Gdańskiej, Gdańsk. Lane D.J., Pace B., Olsen G.J., Stahl D.A., Sogin M.L., Pace N.R., 1985: Rapid determination of 16S ribosomal RNA sequences for phylogenetic analyses, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol. 82, s Leffers H., Garrett R.A, 1984: The nucleotide sequence of the 16S ribosomal RNA gene of the archaebacterium Halococcus morrhua, The EMBO Journal, vol. 3(7), s Libudzisz Z., Kowal K., Żakowska Z., 2007: Mikrobiologia techniczna mikroorganizmy i środowiska ich występowania, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, s Macrae A., 2000: The use of 16s rdna methods in soil microbial ecology, Brazilian Journal of Microbiology, 2000, vol. 31, s Nesme J., Simonet P., 2014: The soil resistome: a critical review on antibiotic resistance origins, ecology and dissemination potential in telluric bacteria, Environ. Microbiol. doi: / Raszka A., Ziembińska A., Wiechetek A., 2009: Metody i techniki biologii molekularnej w biotechnologii środowiskowej, Czasopismo techniczne Środowisko, Wydawnictwo Politechniki Krakowskiej, Kraków, vol. 2, s Saylers A.A., Witt Dixie D., 2003: Mikrobiologia: Różnorodność, chorobotwórczość i środowisko, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, s Schmidt T.M., Relman D.A., 1994: Phylogenetic identification of uncultured pathogens using ribosomal RNA sequences, Methods Enzymol. vol. 235, s Wagner M., Loy A., 2002: Bacterial community composition and function in sewage treatment system, Current Opinion Biotechnol., s Watson J.D., Berry A., 2005: DNA Tajemnica życia, Wydawnictwo CiS, Warszawa, s Więckowicz M., 2009: Molekularne metody identyfikacji drobnoustrojów w złożonych ekosystemach, Postępy Mikrobiologii, vol. 1, s Venter J.C., Remington K., Heidelberg J.F., Halpern A.L., Rusch D., Eisen J.A., Wu D., Paulsen I., Nelson K.E., Nelson W., Fouts D.E., Levy S., Knap A.H., Lomas M.W., Nealson K., White O., Peterson J., Hoffinan J., Parson R., Baden-Tilson H., Pfannkoch C., Rogers Y.H., Smith H.O., 2004: Enviromental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea, Science, vol. 304,

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA

Bardziej szczegółowo

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna

Bardziej szczegółowo

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP

Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI. TEMAT LEKCJI: Podstawowe techniki inżynierii genetycznej. Streszczenie

SCENARIUSZ LEKCJI. TEMAT LEKCJI: Podstawowe techniki inżynierii genetycznej. Streszczenie SCENARIUSZ LEKCJI OPRACOWANY W RAMACH PROJEKTU: INFORMATYKA MÓJ SPOSÓB NA POZNANIE I OPISANIE ŚWIATA. PROGRAM NAUCZANIA INFORMATYKI Z ELEMENTAMI PRZEDMIOTÓW MATEMATYCZNO-PRZYRODNICZYCH Autorzy scenariusza:

Bardziej szczegółowo

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu

Optymalizacja warunków reakcji PCR w gradiencie temperatury i magnezu Protokół pochodzi ze strony molekularnie.wordpress.com Kopiowanie i rozpowszechnianie wyłącznie w całości, z zachowaniem praw autorskich zgodnie z zasadami licencji GNU Dziękuję za uszanowanie mojej pracy,

Bardziej szczegółowo

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej

7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek

Bardziej szczegółowo

Instrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Inżynieria bioprocesowa na kierunku biotechnologia

Instrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Inżynieria bioprocesowa na kierunku biotechnologia 1 Zakład Mikrobiologii UJK Instrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Inżynieria bioprocesowa na kierunku biotechnologia 2 Zakład Mikrobiologii UJK Zakres materiału

Bardziej szczegółowo

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9

Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9 Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

Biologia Molekularna Podstawy

Biologia Molekularna Podstawy Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina

Bardziej szczegółowo

KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa

KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa KARTA KURSU (realizowanego w module specjalności) Biologia eksperymentalna i środowiskowa Nazwa Nazwa w j. ang. Wybrane problemy biologii molekularnej kwasy nukleinowe Selected problems of molecular biology

Bardziej szczegółowo

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o

Farmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła

Bardziej szczegółowo

Tematyka zajęć z biologii

Tematyka zajęć z biologii Tematyka zajęć z biologii klasy: I Lp. Temat zajęć Zakres treści 1 Zapoznanie z przedmiotowym systemem oceniania, wymaganiami edukacyjnymi i podstawą programową Podstawowe zagadnienia materiału nauczania

Bardziej szczegółowo

PROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7

PROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7 Poznań, dnia 28.04.2014 r. BioVentures Institute Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością ul. Promienista 83 60 141 Poznań Zapytanie ofertowe nr 01/2014 Projekt Nowa technologia wytwarzania szczepionek

Bardziej szczegółowo

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego

PL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.

Bardziej szczegółowo

1. Biotechnologia i inżynieria genetyczna zagadnienia wstępne 13

1. Biotechnologia i inżynieria genetyczna zagadnienia wstępne 13 Spis treści Przedmowa 11 1. Biotechnologia i inżynieria genetyczna zagadnienia wstępne 13 1.1. Wprowadzenie 13 1.2. Biotechnologia żywności znaczenie gospodarcze i społeczne 13 1.3. Produkty modyfikowane

Bardziej szczegółowo

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16

Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności

Bardziej szczegółowo

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO Ćwiczenie numer 6 Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO 1. Informacje wstępne -screening GMO -metoda CTAB -qpcr 2. Izolacja DNA z soi metodą CTAB 3. Oznaczenie ilościowe i jakościowe DNA

Bardziej szczegółowo

Drobnoustroje w ochronie środowiska SYLABUS A. Informacje ogólne

Drobnoustroje w ochronie środowiska SYLABUS A. Informacje ogólne Drobnoustroje w ochronie środowiska A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR

Biochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR Ćwiczenie 11 METODA RT-PCR Wyciąg z kart charakterystyki substancji niebezpiecznych: bromek etydyny T+ EDTA Xi etanol, 96% F kwas octowy, 96% C -merkaptoetanol N, T Tris Xi UWAGI WSTĘPNE Praca z kwasami

Bardziej szczegółowo

Metody przechowywania i utrwalania bioproduktów KOLEKCJE SZCZEPÓW

Metody przechowywania i utrwalania bioproduktów KOLEKCJE SZCZEPÓW Metody przechowywania i utrwalania bioproduktów KOLEKCJE SZCZEPÓW Opracował: dr S. Wierzba Katedra Biotechnologii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Opolskiego Kolekcje szczepów Metody przechowywania

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu

Bardziej szczegółowo

Biotechnologia i inżynieria genetyczna

Biotechnologia i inżynieria genetyczna Wersja A Test podsumowujący rozdział II i inżynieria genetyczna..................................... Imię i nazwisko.............................. Data Klasa oniższy test składa się z 16 zadań. rzy każdym

Bardziej szczegółowo

PCR. Aleksandra Sałagacka

PCR. Aleksandra Sałagacka PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii

Bardziej szczegółowo

Ampli-LAMP Salmonella species

Ampli-LAMP Salmonella species Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego bakterii z rodzaju

Bardziej szczegółowo

Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie. Pracownia genetyki

Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie. Pracownia genetyki Klub Młodego Wynalazcy - Laboratoria i wyposażenie Zadbaliśmy o to, żeby wyposażenie w Klubie Młodego Wynalazcy było w pełni profesjonalne. Ważne jest, aby dzieci i młodzież, wykonując doświadczenia korzystały

Bardziej szczegółowo

Wiciowce nanoplanktonowe: po co zajmować się czymkolwiek innym?

Wiciowce nanoplanktonowe: po co zajmować się czymkolwiek innym? Wiciowce nanoplanktonowe: po co zajmować się czymkolwiek innym? Dr Kasia Piwosz Zakład Oceanografii Rybackiej i Ekologii Morza Plan prezentacji Kim są wiciowce nanoplanktonowe? Jaka jest ich rola w środowisku

Bardziej szczegółowo

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Załącznik nr 1 do SIWZ Nazwa i adres Wykonawcy Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Przedmiot zamówienia; automatyczny system do diagnostyki molekularnej:

Bardziej szczegółowo

Znaczenie genetyki. Opracował A. Podgórski

Znaczenie genetyki. Opracował A. Podgórski Znaczenie genetyki Opracował A. Podgórski InŜynieria genetyczna InŜynieria genetyczna ingerencja w materiał genetyczny organizmów, w celu zmiany ich właściwości dziedzicznych. Istota inŝynierii genetycznej

Bardziej szczegółowo

KARTA KURSU. Biotechnology in Environmental Protection. Kod Punktacja ECTS* 1

KARTA KURSU. Biotechnology in Environmental Protection. Kod Punktacja ECTS* 1 KARTA KURSU Nazwa Nazwa w j. ang. Biotechnologia w ochronie środowiska Biotechnology in Environmental Protection Kod Punktacja ECTS* 1 Koordynator Prof. dr hab. Maria Wędzony Zespół dydaktyczny: Prof.

Bardziej szczegółowo

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość*

2. Przedmiot zamówienia: Odczynniki chemiczne do izolacji DNA i reakcji PCR, wymienione w Tabeli 1. Nazwa odczynnika Specyfikacja Ilość* Poznao, 6 lutego 2012 r. Zapytanie ofertowe nr 001 /2012 dotyczące zakupu odczynników chemicznych do izolacji DNA i reakcji PCR GENESIS Polska Sp. z o.o Ul. Za Cytadelą 19, 61-659 Poznao NIP 778 13 56

Bardziej szczegółowo

Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF

Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF Agnieszka Gładysz Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF Katedra i Zakład Biochemii i Chemii Klinicznej Akademia Medyczna Prof.

Bardziej szczegółowo

DNA musi współdziałać z białkami!

DNA musi współdziałać z białkami! DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji

Bardziej szczegółowo

Academic year: 2012/2013 Code: EIB-2-303-BN-s ECTS credits: 4. Electrical Engineering, Automatics, Computer Science and Engineering in Biomedicine

Academic year: 2012/2013 Code: EIB-2-303-BN-s ECTS credits: 4. Electrical Engineering, Automatics, Computer Science and Engineering in Biomedicine Module name: Genetyka molekularna Academic year: 2012/2013 Code: EIB-2-303-BN-s ECTS credits: 4 Faculty of: Electrical Engineering, Automatics, Computer Science and Engineering in Biomedicine Field of

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna:

Ćwiczenia 1 Wirtualne Klonowanie Prowadzący: mgr inż. Joanna Tymeck-Mulik i mgr Lidia Gaffke. Część teoretyczna: Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ===============================================================================================

Bardziej szczegółowo

Mikrosatelitarne sekwencje DNA

Mikrosatelitarne sekwencje DNA Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012

Bardziej szczegółowo

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi

Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Czas trwania lekcji: 2x 45 minut Cele lekcji: 1. Ogólny zapoznanie

Bardziej szczegółowo

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom

Bardziej szczegółowo

PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika

PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika Spis treści 1. Zawartość 2 1.1 Składniki zestawu 2 2. Opis produktu 2 2.1 Założenia metody 2 2.2 Instrukcja 2 2.3 Specyfikacja

Bardziej szczegółowo

Diagnostyka molekularna w OIT

Diagnostyka molekularna w OIT Diagnostyka molekularna w OIT B A R B A R A A D A M I K K A T E D R A I K L I N I K A A N E S T E Z J O L O G I I I I N T E N S Y W N E J T E R A P I I U N I W E R S Y T E T M E D Y C Z N Y W E W R O C

Bardziej szczegółowo

OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII

OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII OFERTA TEMATÓW PRAC DYPLOMOWYCH (MAGISTERSKICH) do zrealizowania w Katedrze MIKROBIOLOGII Opracowanie zestawu do wykrywania DNA Aspergillus flavus za pomocą specjalistycznego sprzętu medycznego. Jednym

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do

Bardziej szczegółowo

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Aparatura

Spis treści. Aparatura Spis treści Aparatura I. Podstawowe wyposażenie laboratoryjne... 13 I.I. Probówki i naczynia laboratoryjne... 13 I.II. Pipety... 17 I.II.I. Rodzaje pipet automatycznych... 17 I.II.II. Techniki pipetowania...

Bardziej szczegółowo

Zakład Chorób Ryb. PIWet. Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy

Zakład Chorób Ryb. PIWet. Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy PIWet Zakład Chorób Ryb Zastosowanie molekularnych metod do diagnostyki wirusowych chorób ryb, wirusa krwotocznej posocznicy łososiowatych o (VHS), wirusa zakaźnej a martwicy układu krwiotwórczego (IHN)

Bardziej szczegółowo

Polska-Lublin: Aparatura kontrolna i badawcza 2015/S 059-103111

Polska-Lublin: Aparatura kontrolna i badawcza 2015/S 059-103111 1/5 Niniejsze ogłoszenie w witrynie TED: http://ted.europa.eu/udl?uri=ted:notice:103111-2015:text:pl:html Polska-Lublin: Aparatura kontrolna i badawcza 2015/S 059-103111 Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej,

Bardziej szczegółowo

Kurs pt. " MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII "

Kurs pt.  MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII Warszawa, 6 lutego 2011 r. Szanowna Pani! Szanowny Panie! Niniejszym uprzejmie informuję, że organizowany jest Kurs pt. " MOLEKULARNE METODY BADAŃ W MIKROBIOLOGII I WIRUSOLOGII " Kurs odbędzie się w dniach

Bardziej szczegółowo

Parametr Wymagany parametr Oferowany parametr 1. 2. 3. a) z wbudowaną pompą membranową PTEE, b) kondensorem par, System

Parametr Wymagany parametr Oferowany parametr 1. 2. 3. a) z wbudowaną pompą membranową PTEE, b) kondensorem par, System Załącznik nr 1A do SIWZ. PARAMETRY TECHNICZNE PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA Zadanie nr 1. TERMOSTAT CYRKULACYJNY Termostat cyrkulacyjny Z grzaniem i chłodzeniem Zakres temperatury roboczej 25 o C do + 200 o C

Bardziej szczegółowo

Przynieść kalkulator, jeden na osobę (nie w telefonie!)

Przynieść kalkulator, jeden na osobę (nie w telefonie!) Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią Biologia II rok ======================================================== Ćwiczenie 2

Bardziej szczegółowo

ĆWICZENIA Z BIOCHEMII

ĆWICZENIA Z BIOCHEMII ĆWICZENIA Z BIOCHEMII D U STUDENTfiW WYDZIAŁU LEKARSKIEGO Pod redakcją Piotra Laidlera, Barbary Piekarskiej, Marii Wróbel WYDAWNICTWO UNIWERSYTETU JAGIELLOŃSKIEGO ĆWICZENIA Z BIOCHEMII DLA STUDENTÓW WYDZIAŁU

Bardziej szczegółowo

Poszukiwanie źródeł odporności u pszenic na wirus odglebowej mozaiki zbóż (Soil-borne cereal mosaic virus, SBCMV)

Poszukiwanie źródeł odporności u pszenic na wirus odglebowej mozaiki zbóż (Soil-borne cereal mosaic virus, SBCMV) Małgorzata Jeżewska Zakład Wirusologii i Bakteriologii, Instytut Ochrony Roślin Państwowy Instytut Badawczy, Poznań Poszukiwanie źródeł odporności u pszenic na wirus odglebowej mozaiki zbóż (Soil-borne

Bardziej szczegółowo

PCR - ang. polymerase chain reaction

PCR - ang. polymerase chain reaction PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)

Bardziej szczegółowo

Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska

Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska Narzędzia diagnostyki molekularnej w typowaniu genetycznym (genotypowaniu) Dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii, Politechnika Gdańska Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w

Bardziej szczegółowo

Biotechnologia studia stacjonarne II stopnia - Biotechnologia drobnoustrojów

Biotechnologia studia stacjonarne II stopnia - Biotechnologia drobnoustrojów Biotechnologia studia stacjonarne II stopnia - Biotechnologia drobnoustrojów Tematy prac dyplomowych i magisterskich na rok 205/206 Nazwisko, imię promotora Temat pracy Kierunek, rok, forma studiów Liczba

Bardziej szczegółowo

MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ

MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ Puławy 2013 Opracowanie: Prof. dr hab. Iwona Markowska-Daniel, mgr inż. Kinga Urbaniak,

Bardziej szczegółowo

Patentowanie wynalazków z dziedziny biotechnologii

Patentowanie wynalazków z dziedziny biotechnologii chroń swoje pomysły 3 Kongres Świata Przemysłu Farmaceutycznego Poznań, 16-17 czerwca 2011 Patentowanie wynalazków z dziedziny biotechnologii dr Izabela Milczarek Czym jest biotechnologia? Biotechnologia,

Bardziej szczegółowo

Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz

Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz WYMAGANIA EGZAMINACYJNE ROK SZKOLNY 2015/2016 Semestr jesienny TYP SZKOŁY: liceum ogólnokształcące PRZEDMIOT: biologia SEMESTR: II LICZBA GODZIN W SEMESTRZE: 15 PROGRAM NAUCZANIA: Program nauczania biologii

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy

Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy Dział programu Temat Poziom wymagań konieczny (K) podstawowy (P) rozszerzający (R) dopełniający (D) I. Od genu do cechy Budowa i funkcje kwasów

Bardziej szczegółowo

Geny i działania na nich

Geny i działania na nich Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne. Poziomy oczekiwanych osiągnięć ucznia. Stopnie szkolne

Wymagania edukacyjne. Poziomy oczekiwanych osiągnięć ucznia. Stopnie szkolne Wymagania edukacyjne zawierają szczegółowy wykaz wiadomości i umiejętności, które uczeń powinien opanować po omówieniu poszczególnych lekcji z podręcznika Biologia na czasie zakres podstawowy. Jest on

Bardziej szczegółowo

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA XX Międzynarodowa konferencja Polskie Stowarzyszenie Choroby Huntingtona Warszawa, 17-18- 19 kwietnia 2015 r. Metody badań i leczenie choroby Huntingtona - aktualności INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH

Bardziej szczegółowo

Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE

Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE Załącznik nr do Zarządzenia.. Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE 8.1 WARUNKI WYMAGANE Załącznik nr 2 do rozporządzenia cz. I lit. M Lp 913-916

Bardziej szczegółowo

StayRNA bufor zabezpieczający RNA przed degradacją wersja 0215

StayRNA bufor zabezpieczający RNA przed degradacją wersja 0215 StayRNA bufor zabezpieczający RNA przed degradacją wersja 0215 100 ml, 250 ml, 500 ml Nr kat. 038-100, 038-250, 038-500 Nietosyczny roztwór wodny do przechowywania i zabezpieczania różnego rodzaju tkanek

Bardziej szczegółowo

Syngen Gel/PCR Mini Kit

Syngen Gel/PCR Mini Kit Syngen Gel/PCR Mini Kit Syngen Gel/PCR ME Mini Kit Zestawy do oczyszczania DNA: - z żelu agarozowego - po reakcji PCR i innych reakcjach enzymatycznych - z żelu agarozowego z małą objętością elucji - po

Bardziej szczegółowo

KARTA KURSU. Kod Punktacja ECTS* 4

KARTA KURSU. Kod Punktacja ECTS* 4 KARTA KURSU Nazwa Nazwa w j. ang. Mikrobiologia Microbiology Kod Punktacja ECTS* 4 Koordynator dr Tomasz Bator Zespół dydaktyczny dr Tomasz Bator dr Magdalena Greczek-Stachura Opis kursu (cele kształcenia)

Bardziej szczegółowo

Podstawy inżynierii genetycznej

Podstawy inżynierii genetycznej Metody bioinformatyki Podstawy inżynierii genetycznej prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest inżynieria genetyczna Zbiór technik rekombinowania i klonowania DNA Wydzielanie i charakteryzowanie pojedyńczych

Bardziej szczegółowo

Zagrożenia i ochrona przyrody

Zagrożenia i ochrona przyrody Wymagania podstawowe Uczeń: Wymagania ponadpodstawowe Uczeń: Zagrożenia i ochrona przyrody wskazuje zagrożenia atmosfery powstałe w wyniku działalności człowieka, omawia wpływ zanieczyszczeń atmosfery

Bardziej szczegółowo

na zakup usługi badawczej

na zakup usługi badawczej Łódź, dn. 08.09.2015r. Zapytanie ofertowe nr 1/OF/2015 na zakup usługi badawczej w ramach projektu,, Bakteriofagowy preparat do leczenia zapalenia wymienia u krów wywołanego bakteriami antybiotykopornymi

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014

Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014 Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014 Dział programu I. Od genu do cechy Lp. Temat Poziom wymagań dopuszczający

Bardziej szczegółowo

Genomic Midi AX Direct zestaw do izolacji genomowego DNA (procedura bez precypitacji) wersja 1215

Genomic Midi AX Direct zestaw do izolacji genomowego DNA (procedura bez precypitacji) wersja 1215 Genomic Midi AX Direct zestaw do izolacji genomowego DNA (procedura bez precypitacji) wersja 1215 20 izolacji Nr kat. 895-20D Pojemność kolumny do oczyszczania DNA wynosi 100 µg 1 Skład zestawu Składnik

Bardziej szczegółowo

GENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE

GENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE GENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE Bioinformatyka, wykład 3 (21.X.2008) krzysztof_pawlowski@sggw.waw.pl tydzień temu Gen??? Biologiczne bazy danych historia Biologiczne bazy danych najważniejsze

Bardziej szczegółowo

Zestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej

Zestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej Nr kat. EM05 Wersja zestawu: 1.2014 Zestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej EXTRACTME jest zastrzeżonym znakiem towarowym firmy BLIRT S.A. www.dnagdansk.com Nr kat. EM05 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU

Bardziej szczegółowo

Biotechnologia jest dyscypliną nauk technicznych, która wykorzystuje procesy biologiczne na skalę przemysłową. Inaczej są to wszelkie działania na

Biotechnologia jest dyscypliną nauk technicznych, która wykorzystuje procesy biologiczne na skalę przemysłową. Inaczej są to wszelkie działania na Biotechnologia jest dyscypliną nauk technicznych, która wykorzystuje procesy biologiczne na skalę przemysłową. Inaczej są to wszelkie działania na żywych organizmach prowadzące do uzyskania konkretnych

Bardziej szczegółowo

Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO.

Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO. Załącznik 4a Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO. NAZWA WIELKOŚC OPAKNIA RAZEM WARTOŚĆ 1 2 3 4 5 6 7 8=4*7 9 10 11 1. Zestaw do izolacji DNA - zestaw służący do izolacji DNA z surowego materiału

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych... Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe

Bardziej szczegółowo

II Wydział Lekarski z Oddziałem Anglojęzycznym Kierunek: BIOMEDYCYNA 2015-2018 Poziom studiów: pierwszy stopień Profil: Praktyczny SEMESTR I

II Wydział Lekarski z Oddziałem Anglojęzycznym Kierunek: BIOMEDYCYNA 2015-2018 Poziom studiów: pierwszy stopień Profil: Praktyczny SEMESTR I II Wydział Lekarski z Oddziałem Anglojęzycznym Kierunek: BIOMEDYCYNA 2015-2018 Poziom studiów: pierwszy stopień Profil: Praktyczny SEMESTR I PRZEDMIOT Chemia ogólna EFEKTY KSZTAŁCENIA 1. posiada wiedzę

Bardziej szczegółowo

Modernizacja Pracowni Genetyczno-Molekularnej IB - ZADANIE 10 Nazwa Zadania i jego numer

Modernizacja Pracowni Genetyczno-Molekularnej IB - ZADANIE 10 Nazwa Zadania i jego numer MRPO.01.01.01.-12-087/09 Modernizacja infrastruktury dydaktycznej na kierunkach ścisłych i przyrodniczych UJ w ramach I stopnia kształcenia Modernizacja Pracowni Genetyczno-Molekularnej IB - ZADANIE 10

Bardziej szczegółowo

Zestaw do izolacji DNA z wymazów oraz nasienia. Nr kat. EM06 Wersja zestawu: 1.2012

Zestaw do izolacji DNA z wymazów oraz nasienia. Nr kat. EM06 Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do izolacji DNA z wymazów oraz nasienia Nr kat. EM06 Wersja zestawu: 1.2012 www.dnagdansk.com Nr kat. EM06 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA SWAB & SEMEN przeznaczony jest do szybkiej

Bardziej szczegółowo

Rocz. Nauk. Zoot., T. 37, z. 2 (2010) 145 149. Identyfikacja sekwencji genu kodującego dehydrogenazę NADH 1 u sarny

Rocz. Nauk. Zoot., T. 37, z. 2 (2010) 145 149. Identyfikacja sekwencji genu kodującego dehydrogenazę NADH 1 u sarny Rocz. Nauk. Zoot., T. 37, z. 2 (2010) 145 149 Identyfikacja sekwencji genu kodującego dehydrogenazę NADH 1 u sarny M a ł g o r z a t a N a t o n e k - W i ś n i e w s k a, E w a S ł o t a Instytut Zootechniki

Bardziej szczegółowo

PL 208956 B1. Sposób wykrywania i różnicowania chorób należących do grupy hemoglobinopatii, zwłaszcza talasemii

PL 208956 B1. Sposób wykrywania i różnicowania chorób należących do grupy hemoglobinopatii, zwłaszcza talasemii RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 208956 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 381219 (22) Data zgłoszenia: 05.12.2006 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01)

Bardziej szczegółowo

Przykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego

Przykładowe zadania. przygotowujące do egzaminu maturalnego Przykładowe zadania z BIOLOGii przygotowujące do egzaminu maturalnego Prezentowane zadania są zgodne z podstawą programową kształcenia ogólnego w zakresie rozszerzonym i podstawowym. Prócz zadań, które

Bardziej szczegółowo

Plasmid Mini AX Gravity

Plasmid Mini AX Gravity !"# Plasmid Mini AX Gravity zestaw do izolacji ultraczystego plazmidowego DNA (plazmidy wysokokopijne) wersja 0515/I 100 izolacji Nr kat. 015-100 1 Skład zestawu Składnik Ilość Temp. Przechowywania Kolumny

Bardziej szczegółowo

Pytania Egzamin Licencjacki. 1. Wyjaśnij pojęcie: szybkość reakcji enzymatycznej. Omów metodę wyznaczenia szybkości reakcji enzymatycznej.

Pytania Egzamin Licencjacki. 1. Wyjaśnij pojęcie: szybkość reakcji enzymatycznej. Omów metodę wyznaczenia szybkości reakcji enzymatycznej. Pytania Egzamin Licencjacki Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed 1. Wyjaśnij pojęcie: szybkość reakcji enzymatycznej. Omów metodę wyznaczenia szybkości reakcji enzymatycznej. 2. Wyjaśnij

Bardziej szczegółowo

Zestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej

Zestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej DNA BLOOD KIT Nr kat. EM05 Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do izolacji DNA z krwi świeżej i mrożonej DNA BLOOD KIT www.dnagdansk.com Nr kat. EM05 I. PRZEZNACZENIE ZESTAWU Zestaw EXTRACTME DNA BLOOD przeznaczony

Bardziej szczegółowo

Wymagania edukacyjne z biologii dla klas pierwszych

Wymagania edukacyjne z biologii dla klas pierwszych Wymagania edukacyjne z biologii dla klas pierwszych Rozdział Sposób zapisywania i odczytywania informacji genetycznej. Przypomnienie przedstawia strukturę podwójnej helisy DNA, wykazuje jej rolę w przechowywaniu

Bardziej szczegółowo

Biologia Liceum Ogólnokształcące zakres podstawowy

Biologia Liceum Ogólnokształcące zakres podstawowy Zespół Szkół im. Ignacego Łukasiewicza w Policach PRZEDMIOTOWY SYSTEM OCENIANIA Biologia Liceum Ogólnokształcące zakres podstawowy I. Formy i metody sprawdzania i oceniania osiągnięć ucznia: Osiągnięcia

Bardziej szczegółowo

Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO.

Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO. Załącznik 4a Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO. NAZWA WIELKOŚC OPAKOWANIA JEDNOSTK OWA VAT % RAZEM WARTOŚĆ 1 2 3 4 5 6 7 8=4*7 9 10 11 1. Zestaw do izolacji DNA - zestaw służący do izolacji

Bardziej szczegółowo

Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej

Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej Oznaczanie mocznika w płynach ustrojowych metodą hydrolizy enzymatycznej Wprowadzenie: Większość lądowych organizmów kręgowych część jonów amonowych NH + 4, produktu rozpadu białek, wykorzystuje w biosyntezie

Bardziej szczegółowo

Zakażenie pszczoły miodnej patogenem Nosema ceranae. Diagnostyka infekcji wirusowych pszczoły miodnej

Zakażenie pszczoły miodnej patogenem Nosema ceranae. Diagnostyka infekcji wirusowych pszczoły miodnej Zakażenie pszczoły miodnej patogenem Nosema ceranae Diagnostyka infekcji wirusowych pszczoły miodnej Plan 1. Znaczenie ekologiczne i gospodarcze pszczół 2. Choroby pszczół i ich diagnostyka 3. Podstawy

Bardziej szczegółowo

MARKERY MIKROSATELITARNE

MARKERY MIKROSATELITARNE MARKERY MIKROSATELITARNE Badania laboratoryjne prowadzone w Katedrze Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt SGGW w ramach monitoringu genetycznego wykorzystują analizę genetyczną markerów mikrosatelitarnych.

Bardziej szczegółowo

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie Sekwencyjność występowania zaburzeń molekularnych w niedrobnokomórkowym raku płuca

Bardziej szczegółowo

OCZYSZCZANIE ŚCIEKÓW PRZEMYSŁOWYCH O DUŻEJ ZAWARTOŚCI OLEJÓW NA ZŁOŻU BIOLOGICZNYM

OCZYSZCZANIE ŚCIEKÓW PRZEMYSŁOWYCH O DUŻEJ ZAWARTOŚCI OLEJÓW NA ZŁOŻU BIOLOGICZNYM ścieki przemysłowe, złoże biologiczne Katarzyna RUCKA, Małgorzata BALBIERZ* OCZYSZCZANIE ŚCIEKÓW PRZEMYSŁOWYCH O DUŻEJ ZAWARTOŚCI OLEJÓW NA ZŁOŻU BIOLOGICZNYM Przedstawiono wyniki laboratoryjnych badań

Bardziej szczegółowo

Katedra Epizootiologii. Wyposażenie i możliwości badawcze

Katedra Epizootiologii. Wyposażenie i możliwości badawcze Katedra Epizootiologii Wyposażenie i możliwości badawcze Pracownia diagnostyki molekularnej chorób zakaźnych Pracownia diagnostyki chorób zwierząt mięsożernych Kolekcja szczepów Kolekcja materiału genetycznego

Bardziej szczegółowo