TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR DIAGNOSTICS OF MONOGENIC DISORDERS
|
|
- Wiktoria Kowalewska
- 8 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Nowiny Lekarskie 2006, 75, 5, ALINA LICZBAŃSKA, ANNA WOŹNIAK, ANNA WAWROCKA, MACIEJ R. KRAWCZYŃSKI TECHNIKI WYKORZYSTYWANE W DIAGNOSTYCE MOLEKULARNEJ CHORÓB JEDNOGENOWYCH TECHNIQUES USED IN MOLECULAR DIAGNOSTICS OF MONOGENIC DISORDERS Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Akademii Medycznej im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu Kierownik Katedry i Zakładu: prof. dr hab. med. Anna Latos-Bieleńska Streszczenie W przeszłości diagnostyka chorób uwarunkowanych genetycznie opierała się na rozpoznaniu klinicznym i biochemicznym. Dziś, dzięki olbrzymiemu postępowi, jaki dokonał się w genetyce i biologii molekularnej można diagnozować choroby genetyczne na poziomie nieprawidłowego genu. Wyrosła na tym podłożu diagnostyka molekularna dysponuje dwoma narzędziami diagnostycznymi: technikami hybrydyzacyjnymi oraz łańcuchową reakcją polimerazy i jej modyfikacjami. Bezpośrednia diagnostyka molekularna chorób jednogenowych stała się wysokospecjalistyczną dziedziną nauki, której ostateczny wynik daje obraz sekwencji analizowanego fragmentu genu. SŁOWA KLUCZOWE: DNA, mutacje, diagnostyka molekularna, choroby jednogenowe. Summary In the past, the diagnostics of genetic diseases was based on clinical and biochemical investigation. Today, recent huge progress in genetics and molecular biology have made possible to diagnose genetic disorders at the level of abnormal gene. In that way molecular diagnostics became a part of diagnostic procedures. There are two types of molecular diagnostics: hybridization of examined gene fragment with a molecular probe and polymerase chain reaction with gel electrophoresis. The most important direct DNA analysis in monogenic diseases is DNA sequencing, which can characterize the type of mutation in a given gene. KEY WORDS: DNA, mutations, molecular diagnostics, monogenic diseases. Wstęp Choroby genetyczne definiuje się jako upośledzające sprawność życiową odchylenia od stanu prawidłowego, które są przekazywane jako cecha dziedziczna z pokolenia na pokolenie, bądź, które powstają de novo na skutek mutacji genowych lub zaburzeń w mechanizmach przekazywania cech dziedzicznych. Choroby genetyczne populacji ludzkiej można podzielić na: jednogenowe, wielogenowe oraz chromosomalne. W przypadku aberracji chromosomowych zmiany materiału genetycznego są duże i można je analizować w mikroskopie świetlnym metodami cytogenetycznymi. W chorobach wielogenowych wiele par genów stwarza predyspozycję do wystąpienia choroby, chociaż istotny jest również wpływ szkodliwych czynników środowiskowych [1]. Choroby jednogenowe, przekazywane zgodnie z prawami Mendla są uwarunkowane zmianą sekwencji (mutacją) w obrębie jednego genu. Zaliczamy do nich choroby autosomalne recesywne (np. mukowiscydoza, fenyloketonuria, anemia sierpowata), autosomalne dominujące (np. choroba Huntingtona) oraz sprzężone z płcią (np. hemofilia, dystrofia mięśniowa Duchenne a) [2]. Zmiany materiału genetycznego w chorobach jednogenowych są submikroskopowe i mogą być analizowane jedynie metodami biologii molekularnej [3]. Przyczyną chorób uwarunkowanych jednogenowo mogą być zarówno mutacje punktowe obejmujące zmiany pojedynczych zasad, jak i większe mutacje, które dotyczą dłuższych zmian w sekwencji DNA. Wyróżnia się kilka kategorii mutacji punktowych. Mutacje zmiany sensu zmieniają kodon określonego aminokwasu, czego efektem jest jego zamiana na inny aminokwas. Mutacje nonsensowne polegają na zamianie kodonu aminokwasowego na kodon stop, w skutek czego dochodzi do przedwczesnego zakończenia translacji i wytworzenia skróconej formy białka. Mutacje zmiany fazy odczytu są wynikiem insercji lub delecji kilku par zasad (ale nie 3 i ich wielokrotności). W rezultacie, od miejsca mutacji do końca genu odczytywane są zupełnie inne zestawy kodonów, co w efekcie prowadzi do powstania białka o znacznie zmienionej sekwencji aminokwasowej. Mutacje punktowe mogą dotyczyć miejsc regulatorowych genu (mutacje transkrypcyjne), procesu translacji (mutacje translacyjne) oraz miejsc splicingowych (mutacje RNA). Pozostałe mutacje różnią się od punktowych rozmiarami i mogą polegać na utracie/zwielokrotnieniu odcinka DNA lub całego genu (delecja/duplikacja) lub wstawieniu dodatkowych par zasad (insercja). Do zmian zalicza się również tzw. mutacje dynamiczne, które polegają na zwielokrotnieniu liczby powtórzeń trójnukleotydowego motywu [4]. Większość z wymienionych wyżej mutacji wywiera znaczny wpływ na strukturę i funkcję białka kodowanego przez zmutowany gen, co w efekcie rzutuje na postać choroby. Jednym z najważniejszych zagadnień współczesnej medycyny jest problem wczesnej diagnostyki chorób
2 Techniki wykorzystywane w diagnostyce molekularnej chorób jednogenowych 487 genetycznych. Dotyczy on przede wszystkim pediatrii, gdyż ogromna większość, bo blisko 90% chorób jednogenowych, ujawnia się klinicznie przed okresem dojrzewania płciowego [2]. Przed wprowadzeniem badań molekularnych diagnostyka chorób genetycznych opierała się przede wszystkim na badaniach cytogenetycznych, a w przypadku chorób metabolicznych na oznaczaniu aktywności enzymów, których niedobór warunkował te choroby. W praktyce oznaczało to możliwość diagnostyki biochemicznej tylko tych chorób genetycznych, w których znany był produkt danego genu [5]. Obserwowany od połowy lat siedemdziesiątych szybki rozwój biologii molekularnej przyczynił się do lepszego zrozumienia chorób uwarunkowanych genetycznie. Wśród najważniejszych osiągnięć w badaniach DNA, które umożliwiły szybki rozwój badań molekularnych należy wymienić rozwiązanie struktury DNA w 1953 roku przez Watsona i Cricka, odkrycie enzymów restrykcyjnych w 1962 roku, które umożliwiły opracowanie w późniejszym czasie metod klonowania DNA, transfer DNA metodą Southerna oraz sekwencjonowanie DNA. Jednak z pewnością najważniejszym osiągnięciem w genetyce i biologii molekularnej ostatniego wieku było opracowanie w 1987 roku przez Mullisa, zasad amplifikacji wybranych fragmentów DNA metodą PCR, za które w 1993 roku otrzymał Nagrodę Nobla [2]. Na bazie wymienionych badań i odkryć narodziła się diagnostyka molekularna chorób genetycznych, której historia sięga lat siedemdziesiątych i badań nad anemią sierpowatą. Do wykrywania mutacji w kodonie 6 β-globiny zastosowano wówczas analizę restrykcyjną DNA i hybrydyzację z sondą molekularną [6]. Obecnie jest ona jednym z najszybciej rozwijających się działów biologii i medycyny. Diagnostykę molekularną można podzielić na dwa typy: diagnostykę bezpośrednią oraz pośrednią. Diagnostyka bezpośrednia służy wykrywaniu mutacji w genach sklonowanych i zmapowanych, natomiast pośrednia przebiega z zastosowaniem analizy sprzężeń i jest stosowana rzadziej [3]. Metody biologii molekularnej stosowane w diagnostyce chorób genetycznych można zasadniczo podzielić na dwie grupy: metody oparte na hybrydyzacji DNA z sondami molekularnymi oraz metody oparte na reakcji PCR. Diagnostyka oparta na hybrydyzacji z sondami molekularnymi W latach osiemdziesiątych hybrydyzacja badanego materiału genetycznego z sondami molekularnymi stanowiła podstawową metodę badań w diagnostyce chorób genetycznie uwarunkowanych. Hybrydyzacja jest metodą, która umożliwia identyfikację oraz lokalizację określonych sekwencji nukleotydowych. W tym celu wykorzystuje się naturalną zdolność jednoniciowych, znakowanych cząsteczek kwasów nukleinowych (sond molekularnych) do specyficznego wiązania się z komplementarnymi sekwencjami obecnymi w badanym materiale genetycznym. Istotą procesu hybrydyzacji jest wzajemne oddziaływanie pomiędzy fragmentem kwasu nukleinowego a sondą, które prowadzi do utworzenia hybrydu (dupleksu) [6]. Sondami molekularnymi stosowanymi w badaniach hybrydyzacyjnych są oligonukleotydy komplementarne do sekwencji, którą zamierzamy analizować [7]. Przed hybrydyzacją sonda musi być poddana denaturacji oraz znakowaniu. Sondy można znakować radioaktywnie za pomocą takich radioizotopów, jak: 32 P, 35 S, 14 C lub 3 H [6]. Powstałe po reakcji hybrydy wykrywa się wówczas za pomocą autoradiografii na kliszy rentgenowskiej. Jednak ryzyko związane z użyciem radioaktywności doprowadziło do opracowania metod znakowania nieradioaktywnego. Powszechnie stosowany system znakowania sond wykorzystuje nukleotydy związane z ligandami, które na etapie detekcji rozpoznawane są swoistymi przeciwciałami. Proces hybrydyzacji przebiega w kilku etapach. Pierwszym z etapów jest izolacja materiału genetycznego, który potem rozdzielany jest w żelu elektroforetycznym. Następnie jest on denaturowany i przenoszony na filtr nylonowy lub nitrocelulozowy. W kolejnym etapie badany materiał jest poddawany hybrydyzacji z wyznakowaną sondą molekularną. Łączenie się sondy z docelowym fragmentem kwasu nukleinowego jest w odpowiednich warunkach wysoce specyficzne i zachodzi zgodnie z regułą komplementarności zasad [8]. Po odpłukaniu nie związanej sondy możliwe jest wykrywanie powstałych hybrydów poprzez autoradiografię (znakowanie radioaktywne) lub reakcje immunochemiczne, kolorymetrię czy chemiluminescencję (znakowanie nieradioaktywne). Istnieje wiele technik hybrydyzacyjnych, z których część jest wykorzystywana w diagnostyce molekularnej chorób jednogenowych. Hybrydyzacja typu Southern blot (ang. Southern blot hybridisation) jest metodą opisaną w 1975 roku przez Eda Southerna z Uniwersytetu w Oksfordzie. Jest to hybrydyzacja typu DNA-DNA, której głównym celem jest identyfikacja poszukiwanych sekwencji DNA w mieszaninie fragmentów otrzymanych po trawieniu restrykcyjnym. W metodzie tej badany DNA izoluje się z komórek, a następnie trawi enzymem restrykcyjnym, który przecina cząsteczkę kwasu nukleinowego w obrębie specyficznej sekwencji. W wyniku trawienia genomowego DNA otrzymuje się tysiące fragmentów, które poddaje się elektroforezie w żelu. Następnie, rozdzielony DNA denaturowany jest w środowisku alkalicznym. Kolejnym etapem jest przeniesienie zdenaturowanego DNA z żelu na stałe podłoże. DNA unieruchomiony na filtrze jest następnie poddawany hybrydyzacji z sondą molekularną. Po odpłukaniu nie związanej sondy przeprowadza się detekcję powstałych hybrydów. W metodzie Southerna uzyskuje się informację o obecności i wielkości poszukiwanego fragmentu DNA. Hybrydyzacja tego typu może być wykorzystywana do wykrywania mutacji o charakterze delecji lub insercji większych niż pz. Długość fragmentów DNA otrzymanych po działaniu enzymu restrykcyjnego określa się na podstawie rozdziału elektroforetycznego w żelach agarozo-
3 488 Alina Liczbańska i inni wych, w obecności markerów wielkości. Ponadto, może być zastosowana do wykrywania mutacji punktowych, które powodują utratę bądź wprowadzenie dodatkowego miejsca restrykcyjnego [4]. Hybrydyzację typu Northern (ang. Northern blot) wykorzystuje się w badaniu poziomu ekspresji poszukiwanego genu. Jest ona podobna do metody Southerna, ale stosuje się ją do analizy typu RNA-DNA. W technice Northern z tkanek izoluje się całkowite RNA, którego główną frakcję stanowi informacyjny RNA (mrna) stanowiący transkrypt genów aktywnych w danym typie komórek. Wyizolowane mrna poddaje się elektroforezie w żelach, denaturuje i przenosi na stały nośnik, a następnie poddaje hybrydyzacji z wyznakowaną sondą DNA. Powstałe hybrydy RNA-DNA wykrywa się za pomocą autoradiografii lub poprzez reakcje immunochemiczne. Obraz otrzymanych po hybrydyzacji dupleksów i ich intensywność dostarcza ważnych informacji o zmianie wielkości transkryptu genu oraz poziomie jego ekspresji [9]. Hybrydyzacja in situ różni się od pozostałych metod hybrydyzacyjnych tym, że stosuje się do wykrywania sekwencji kwasów nukleinowych w nienaruszonych komórkach. Metoda ta jest szeroko stosowana do wykrywania specyficznych sekwencji w preparatach histologicznych, chromosomach, pojedynczych komórkach lub skrawkach tkanek [6]. Hybrydyzacja in situ wykonywana jest bezpośrednio na preparacie mikroskopowym bez uprzedniego etapu izolacji, rozdziału oraz transferu kwasu nukleinowego na podłoże stałe. Jest to metoda, która umożliwia wykrycie i określenie lokalizacji poszukiwanych sekwencji. Wykorzystuje się ją do wykrywania większych mutacji genowych obejmujących duplikację czy delecję genu oraz do identyfikacji specyficznych mrna występujących w poszczególnych komórkach i tkankach [8]. Diagnostyka oparta na amplifikacji DNA metodą PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR polymerase chain reaction) jest potężną i szeroko stosowaną techniką, która w sposób znaczący zmieniła możliwości analizy genów. Opracowana w 1987 r. przez zespół Mullisa stała się w ciągu następnych kilku lat podstawową techniką badawczą i diagnostyczną. Reakcja PCR oparta jest na amplifikacji (powieleniu) in vitro wybranych odcinków DNA lub RNA. Genomowy DNA znajdujący się w komórkach zawiera tysiące genów, co bardzo utrudnia analizę pojedynczych alleli. PCR pozwala na kopiowanie specyficznej sekwencji z genomowego DNA, która następnie może posłużyć do dalszej analizy i manipulacji. Jednym z warunków przeprowadzenia reakcji jest znajomość sekwencji DNA na obu końcach regionu, który ma być amplifikowany. Każda reakcja PCR wymaga czterech podstawowych składników: matrycy DNA, starterów, polimerazy DNA oraz trifosforanów deoksyrybonukleotydów. Matryca to cząsteczka DNA zawierająca sekwencję, która ma ulec namnożeniu. Reakcja PCR wymaga również pary starterów oligonukleotydowych zdolnych do hybrydyzacji z sekwencjami oskrzydlającymi, znajdującymi się na przeciwnych końcach docelowego DNA. Do przeprowadzenia reakcji konieczna jest także obecność enzymu, termostabilnej polimerazy DNA, której rola polega na namnażaniu kopii cząsteczek DNA. Z kolei, trifosforany deoksyrybonukleotydów odpowiadają czterem zasadom azotowym, z których zbudowany jest DNA i są substratami do syntezy nowego DNA [9]. Reakcja PCR składa się z trzech zasadniczych etapów, które tworzą pojedynczy cykl: denaturacji matrycy, hybrydyzacji starterów z matrycą oraz syntezy nici potomnych. Podczas denaturacji w wysokiej temperaturze (94 C 98 C) dwuniciowa helisa DNA ulega destabilizacji i rozdzieleniu na dwie pojedyncze nici. Następnie, po obniżeniu temperatury do 55 C 65 C jednoniciowe startery hybrydyzują ze zdenaturowaną matrycą. Ostatnim etapem jest elongacja, czyli wydłużanie starterów dzięki dobudowywaniu kolejnych nukleotydów przez polimerazę DNA komplementarnie do matrycy, w temperaturze 72 C. Reakcja PCR składa się zwykle z 30 powtarzających się cykli i przeprowadzana jest w urządzeniu zwanym termocyklerem. Metoda PCR pozwala na zwielokrotnienie (nawet miliardkrotne) niewielkich ilości DNA dzięki temu, że powstające produkty służą jako matryce w następnych cyklach [2]. Głównymi zaletami metody PCR są: wysoka czułość (ilość DNA potrzebna do reakcji wynosi poniżej 1 µg), specyficzność oraz szybkość, gdyż wynik reakcji można otrzymać już po kilku godzinach. Wadą, jest konieczność znajomości sekwencji nukleotydowej otaczającej amplifikowany fragment. Techniki analizy DNA oparte na metodzie PCR umożliwiają wykrywanie mutacji w sekwencji DNA, dzięki czemu znalazły one szerokie zastosowanie w badaniach chorób dziedzicznych. Do najprostszych wariantów metody PCR należy technika PCR multipleks. Polega ona na amplifikacji kilku eksonów badanego genu (od 3 do 7) różniących się wielkością, w jednej reakcji PCR. Technika ta wymaga użycia kilku par starterów w jednej mieszaninie reakcyjnej oraz użycia większej ilości polimerazy oraz trifosforanów deoksynukleotydów. Reakcja PCR multipleks jest bardzo często wykorzystywana w diagnostyce molekularnej do wykrywania delecji eksonów w genach, powodujących występowanie jednogenowych chorób dziedzicznych, jak np. w genie DMD u chorych z dystrofią mięśniową typu Duchenne a [10]. PCR-ASA (ang. allele specific amplification, allelowo-specyficzna amplifikacja) i PCR-ASO (ang. allele specific oligonucleotide, allelowo-specyficzna hybrydyzacja) są metodami pozwalającymi rozróżnić w badanym genie allel prawidłowy od allelu zmutowanego. W przypadku PCR-ASA do reakcji PCR stosuje się pary starterów komplementarnych do obu wersji genu. Obecność lub brak produktu reakcji PCR w badanej próbie świadczy o obecności mutacji lub jej braku w analizowanym genie. Z kolei, w badaniach typu PCR-ASO produkt
4 Techniki wykorzystywane w diagnostyce molekularnej chorób jednogenowych 489 reakcji PCR poddaje się hybrydyzacji z dwoma syntetycznymi sondami molekularnymi. Jedna z nich jest specyficzna dla prawidłowego genu, a druga dla genu zawierającego znaną mutację. Analiza sygnałów otrzymanych po hybrydyzacji z wyznakowaną sondą dostarcza informacji czy badany materiał zawiera mutację odpowiedzialną za wystąpienie choroby. Technika PCR- ASO jest z powodzeniem stosowana w diagnostyce molekularnej genu CFTR u chorych cierpiących na mukowiscydozę. Metody PCR-ASA oraz PCR-ASO są przykładami analizy bezpośredniej i wymagają znajomości badanej mutacji [6]. Technika PCR-RFLP polega na trawieniu produktów PCR enzymami restrykcyjnymi. W miejscu działania enzymu restrykcyjnego występuje polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP restriction fragment lenght polymorphism). Jest to jedna z podstawowych technik wykorzystywanych w genetyce molekularnej. Polimorfizmy RFLP objawiają się zanikiem lub utworzeniem miejsca, które jest rozpoznawane przez enzymy restrykcyjne. Po amplifikacji badany gen poddaje się trawieniu, a następnie rozdziela w żelu agarozowym. W przypadku, gdy miejsce restrykcyjne jest obecne w analizowanym genie dochodzi do przecięcia cząsteczki DNA, co podczas analizy elektroforetycznej uwidacznia się w postaci dwóch fragmentów DNA. W przypadku braku miejsca rozpoznawanego przez restryktazę (miejsce restrykcyjne zniszczone przez mutację) na żelu widoczny jest tylko jeden fragment DNA. PCR- RFLP jest jedną z najprostszych metod wykrywania mutacji punktowych chorobach jednogenowych. Jest ona stosowana w diagnostyce molekularnej m.in. mukowiscydozy, fenyloketonurii, anemii sierpowatej czy hemofilii [6]. Metoda PCR-SSCP (ang. single strand conformation polymorphism, polimorfizm konformacji jednoniciowych fragmentów DNA) jest oparta na obserwacji, że nawet mutacja punktowa zmienia konformację (strukturę przestrzenną) pojedynczej nici DNA. Analizowanym materiałem są produkty PCR (namnożony ekson odpowiedniego genu), które potem są denaturowane i rozdzielane przy pomocy elektroforezy. Po denaturacji powstają jednoniciowe fragmenty DNA, których sposób migracji podczas elektroforezy zależny jest od konformacji. Fragmenty o zmienionej konformacji poruszają się w żelu w sposób odmienny w stosunku do fragmentów, w których nie występuje mutacja [3]. Technika PCR-SSCP cieszy się dużą popularnością i jest często stosowana jako metoda przesiewowa, która pozwala na wykrywanie nieznanych mutacji w znanych genach. Metoda analizy heterodupleksów (HA ang. heteroduplex analysis) jest kolejną techniką opartą na reakcji PCR, która może być wykorzystywana do poszukiwania nieznanych mutacji punktowych. Analiza opiera się na występowaniu dwóch alleli danego genu w układzie heterozygotycznym, allelu zmutowanego oraz prawidłowego. Pierwszym etapem analizy HA jest amplifikacja docelowej sekwencji. Otrzymane produkty poddaje się denaturacji za pomocą wysokiej temperatury, a następnie schładza. Podczas schładzania dochodzi do renaturacji, czyli ponownego łączenia się ze sobą nici komplementarnych, jak również nici nie w pełni komplementarnych (z mutacją). Hybrydyzacja nici komplementarnych prowadzi do powstania homodupleksów, natomiast nici nie w pełni komplementarnych do powstania heterodupleksów. Wynik analizy opiera się na analizie ruchliwości heterodupleksów w stosunku do homodupleksów po przeprowadzonym rozdziale elektroforetycznym [10]. Zazwyczaj ostatecznym narzędziem analizy DNA jest jego sekwencjonowanie, czyli ustalenie kolejności nukleotydów w cząsteczce DNA. Opracowano dwie metody określania sekwencji cząsteczek DNA: metodę kontrolowanej terminacji syntezy łańcuchów DNA (metoda dideoksy Sangera) oraz chemicznego zrywania wiązań (metoda Maxama i Gilberta). Obecnie metoda Sangera wyparła bardziej pracochłonną metodę chemiczną. Podstawą metody dideoksy jest enzymatyczne kopiowanie cząsteczki DNA, której sekwencja ma być określana za pomocą polimerazy DNA. Zmodyfikowane oraz odpowiednio wyznakowane trifosforany deoksyrybonukleotydów dodawane do reakcji powodują losowe przerywanie syntezy DNA przy każdej z czterech podstawowych zasad. W efekcie otrzymuje się serię cząsteczek DNA różniących się długością o jeden nukleotyd. Otrzymane cząsteczki rozdziela się za pomocą elektroforezy, a następnie odczytuje sekwencję matrycy znajdując końcową zasadę każdej syntetyzowanej cząsteczki DNA [9]. Obecnie coraz częściej stosuje się fluorescencyjne znakowanie dideoksynukloetydów i automatyczny odczyt sekwencji przy pomocy sprzężonego z komputerem czytnika laserowego [7]. Otrzymaną sekwencję nukleotydową należy porównać z sekwencją prawidłową, a następnie opisać charakter ewentualnej mutacji. Jednym z najnowszych osiągnięć współczesnej biologii molekularnej jest opracowanie tzw. mikromacierzy DNA (ang. DNA microarray). Mikromacierze DNA to uporządkowane zbiory fragmentów genów (sond molekularnych) w postaci jednoniciowego DNA lub oligonukleotydów unieruchomionych na nylonowych membranach albo szklanych lub plastikowych płytkach w ściśle określonym szyku. Technika ta polega na przygotowaniu sond molekularnych i stabilnym ich związaniu do powierzchni płytki szklanej lub plastikowej, przygotowaniu i wyznakowaniu próbek DNA przeznaczonych do analizy, a następnie hybrydyzacji próbek z sondami, odczytaniu sygnału hybrydyzacji i analizie danych za pomocą systemów informatycznych. Technikę mikromacierzy DNA wykorzystuje się m.in. do identyfikacji sekwencji oraz badania polimorfizmów pojedynczych nukleotydów. Podsumowanie Diagnostyka molekularna służy do określania podłoża chorób uwarunkowanych genetycznie. W przypadku chorób jednogenowych strategia wyboru metody i postępowania zależy od stanu wiedzy na temat genu, w którym defekt powoduje chorobę oraz od stanu wiedzy o mutacjach występujących w tym genie. Najczęściej wśród całego spektrum technik molekularnych stosuje się opisane metody diagnostyki bezpośredniej.
5 490 Alina Liczbańska i inni Algorytm bezpośredniej diagnostyki molekularnej chorób jednogenowych obejmuje izolację materiału genetycznego (DNA lub RNA) oraz analizę mutacji z zastosowaniem technik hybrydyzacyjnych lub amplifikacji poszczególnych eksonów analizowanego genu i oceny produktu PCR przy pomocy technik elektroforetycznych. Należy jednak dodać, że techniki oparte na metodzie PCR cechują się większą czułością i specyficznością oraz obniżają czas i koszt analizy. W omówieniu tym nie można pominąć faktu wykorzystania technik diagnostyki molekularnej w mikrobiologii do identyfikacji patogenów oraz w diagnostyce chorób nowotworowych. Wykorzystując prostą reakcję amplifikacji z zastosowaniem odpowiednich starterów można wykryć obecność bakterii lub wirusa, korzystając z niewielkich ilości materiału biologicznego (np. z wymazu). Intensywne są również badania z zakresu diagnostyki molekularnej nowotworów. Prowadzone są np. badania genów BRCA1/ BRCA2 w raku piersi i jajnika [2]. Dynamicznie rozwija się technologia mikromacierzy (biochipów, genechipów), która służy do analizy próbki materiału genetycznego pacjenta z wykorzystaniem tysięcy unieruchomionych na chipie sekwencji. Badanie takie pozwala na szybkie uzyskanie informacji na temat poziomu ekspresji genu z tkanki pacjenta oraz na temat polimorfizmu i prawidłowości kopii genu. Diagnostyka molekularna wciąż się rozwija, a jej rozwiązania wybiegają daleko w diagnostyczną przyszłość. Piśmiennictwo 1. Latos-Bieleńska A.: Choroby genetyczne uwarunkowane obiegowe poglądy a rzeczywistość. Pediatr. Prakt. 1998, 6, 314, Bal J. (Red.): Biologia molekularna w medycynie. Elementy genetyki klinicznej. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa Krawczyński M., Czarny-Ratajczak M.: Znaczenie badań molekularnych w dysmorfologii. W: Polski rejestr wrodzonych wad rozwojowych (Red.: Latos-Bieleńska A.). Ośrodek Wydawnictw Naukowych PAN, Friedman J.M. et al.: Genetics. Williams & Wilkins, Baltimore, Słomski R., Kwiatkowska J.: Diagnostyka molekularna chorób genetycznych. Post. Biol. Komórki, 1995, 22, 6, Słomski R. i wsp.: Diagnostyka molekularna. Post. Biol. Komórki, 1998, 25 supl. 10, 9 28 i Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) w badaniach naukowych i diagnostyce molekularnej. Post. Biol. Komórki, 1998, 25 supl. 10, Krawczyński M., Czarny-Ratajczak M.: Współczesne badania genomu ludzkiego. Pediatr. Prakt., 1998, 6, 3 4, Siemieniako B. i wsp.: Zastosowanie badań hydryzacyjnych w diagnostyce molekularnej. Post. Biol. Kom., 2000, 27, supl. 14, Winter P.C., Hickey G.I., Fletcher H.L: Genetyka. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa Słomski R. (Red.): Przykłady analiz DNA. Akademia Rolnicza im. Augusta Cieszkowskiego w Poznaniu, Poznań 2004.
Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA. Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi
Metody badania polimorfizmu/mutacji DNA Aleksandra Sałagacka Pracownia Diagnostyki Molekularnej i Farmakogenomiki Uniwersytet Medyczny w Łodzi Mutacja Mutacja (łac. mutatio zmiana) - zmiana materialnego
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoTransformacja pośrednia składa się z trzech etapów:
Transformacja pośrednia składa się z trzech etapów: 1. Otrzymanie pożądanego odcinka DNA z materiału genetycznego dawcy 2. Wprowadzenie obcego DNA do wektora 3. Wprowadzenie wektora, niosącego w sobie
Bardziej szczegółowoMetody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA
Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA 1. Metoda chemicznej degradacji DNA (metoda Maxama i Gilberta 1977) 2. Metoda terminacji syntezy łańcucha DNA - klasyczna metoda Sangera (Sanger
Bardziej szczegółowoDane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska
Dane mikromacierzowe Mateusz Markowicz Marta Stańska Mikromacierz Mikromacierz DNA (ang. DNA microarray) to szklana lub plastikowa płytka (o maksymalnych wymiarach 2,5 cm x 7,5 cm) z naniesionymi w regularnych
Bardziej szczegółowoPCR. Aleksandra Sałagacka
PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii
Bardziej szczegółowoAnaliza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych
Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych Dr n. med. Joanna Walczak- Sztulpa Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu Diagnostyka
Bardziej szczegółowoMetody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO
Diagnostyka molekularna Dr n.biol. Anna Wawrocka Strategia diagnostyki genetycznej: Aberracje chromosomowe: Metody:Analiza kariotypu, FISH, acgh, MLPA, QF-PCR Gen(y) znany Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie,
Bardziej szczegółowoLaboratoria.net Innowacje Nauka Technologie
Akceptuję W ramach naszej witryny stosujemy pliki cookies w celu świadczenia państwu usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna Podstawy
Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina
Bardziej szczegółowodr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego
Wk Wykrywanie polimorfizmów i mutacji Badania przesiewowe mutacji Wykrywanie znanych mutacji punktowych dr hab. Beata Krawczyk Katedra Mikrobiologii PG Publikacja współfinansowana ze środków Unii Europejskiej
Bardziej szczegółowomikrosatelitarne, minisatelitarne i polimorfizm liczby kopii
Zawartość 139371 1. Wstęp zarys historii genetyki, czyli od genetyki klasycznej do genomiki 2. Chromosomy i podziały jądra komórkowego 2.1. Budowa chromosomu 2.2. Barwienie prążkowe chromosomów 2.3. Mitoza
Bardziej szczegółowoKonspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej
Seminarium 1 część 1 Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Genom człowieka Genomem nazywamy całkowitą ilość DNA jaka
Bardziej szczegółowoII WYDZIAŁ LEKARSKI, II ROK
II WYDZIAŁ LEKARSKI, II ROK PRZEDMIOT: BIOLOGIA MEDYCZNA (CZĘŚĆ 1 GENETYKA) PROGRAM ĆWICZEŃ 2009/2010 L.p. Data zajęć Temat zajęć 1. 15.02 18.02 Podstawy genetyki klasycznej (podstawowe pojęcia i definicje
Bardziej szczegółowoJaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo?
Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych sekwencjach nukleotydów
Bardziej szczegółowoOznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
Bardziej szczegółowoMetody badania ekspresji genów
Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego
Bardziej szczegółowoKlonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoS YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Biologia medyczna. Nie dotyczy
Załącznik Nr 3 do Uchwały enatu PUM 14/2012 YLABU MODUŁU (PRZEDMIOTU) Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów pecjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa modułu I nformacje
Bardziej szczegółowoFarmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o
ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan
Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Klasyczna metoda PCR jest metodą jakościową, nie ilościową co np.
Bardziej szczegółowoMikrosatelitarne sekwencje DNA
Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012
Bardziej szczegółowoSylabus Biologia molekularna
Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Program kształcenia Farmacja, jednolite studia magisterskie, forma studiów: stacjonarne
Bardziej szczegółowoRok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie
Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna
Bardziej szczegółowoGenetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16
Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności
Bardziej szczegółowoGenetyka, materiały dla studentów Pielęgniarstwa
Markery genetyczne: definicja Marker genetyczny jest to cecha, która może być wykorzystana do identyfikacji osobników lub gatunków. Cechy markerów genetycznych Monogeniczny: warunkowany przez jeden gen
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoGRADIENT TEMPERATUR TOUCH DOWN PCR. Standardowy PCR RAPD- PCR. RealTime- PCR. Nested- PCR. Digital- PCR.
Standardowy PCR RAPD- PCR Nested- PCR Multipleks- PCR Allelospecyficzny PCR Touchdown- PCR RealTime- PCR Digital- PCR In situ (slide)- PCR Metylacyjno specyficzny- PCR Assembly- PCR Inverse- PCR GRADIENT
Bardziej szczegółowoTechniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne
Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów
Bardziej szczegółowoAnalizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny
Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny Analizy wielkoskalowe wykorzystujące mikromacierze DNA Genotypowanie: zróżnicowane wewnątrz genów RNA Komórka eukariotyczna Ekspresja genów: Które geny? Poziom
Bardziej szczegółowoprof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie
prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie Sekwencyjność występowania zaburzeń molekularnych w niedrobnokomórkowym raku płuca
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoGENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Bardziej szczegółowoPrzedmiot: GENETYKA. I. Informacje ogólne Jednostka organizacyjna
Przedmiot: GENETYKA I. Informacje ogólne Jednostka organizacyjna Nazwa przedmiotu Kod przedmiotu Język wykładowy Rodzaj przedmiotu kształcenia (obowiązkowy/fakultatywny) Poziom (np. pierwszego lub drugiego
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 3
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoTematyka zajęć z biologii
Tematyka zajęć z biologii klasy: I Lp. Temat zajęć Zakres treści 1 Zapoznanie z przedmiotowym systemem oceniania, wymaganiami edukacyjnymi i podstawą programową Podstawowe zagadnienia materiału nauczania
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.
Bardziej szczegółowoStowarzyszenie na Rzecz Dzieci z Zaburzeniami Genetycznymi Badania molekularne
http://www.genetyka-ginekolog.pl/ Techniki molekularne z przykładami Jedną z podstawowych technik wykorzystywanych w genetyce molekularnej jest RFLP (ang. restriction fragments length polymorphism, czyli
Bardziej szczegółowoSYLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) Informacje ogólne
SYLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) Informacje ogólne Nazwa modułu: Moduł A Biologia medyczna Rodzaj modułu/przedmiotu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok, semestr studiów
Bardziej szczegółowoPowodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:
Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji
Bardziej szczegółowoBiologia molekularna
Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Program kształcenia Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Analityka Medyczna, studia jednolite magisterskie, studia stacjonarne i niestacjonarne
Bardziej szczegółowoS YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Stacjonarne (s)
Załącznik Nr 3 do Uchwały Senatu PUM 14/2012 S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa
Bardziej szczegółowoProteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Bardziej szczegółowoAmpliTest Babesia spp. (PCR)
AmpliTest Babesia spp. (PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla pierwotniaków z rodzaju Babesia techniką PCR Nr kat.: BAC21-100 Wielkość zestawu: 100 oznaczeń Objętość pojedynczej reakcji:
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna, materiały dla studentów
Zasada reakcji PCR Reakcja PCR (replikacja in vitro) obejmuje denaturację DNA, przyłączanie starterów (annealing) i syntezę nowych nici DNA (elongacja). 1. Denaturacja: rozplecenie nici DNA, temp. 94 o
Bardziej szczegółowoTECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
Bardziej szczegółowoGlimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących
Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające
Bardziej szczegółowoCo to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2
ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV
Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności
Bardziej szczegółowo2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy
Metody analizy DNA 1. Budowa DNA. 2. Enzymy pozwalające na manipulację DNA a. Polimerazy DNA b. Nukleazy c. Ligazy 3. Klonowanie in vivo a. w bakteriach, wektory plazmidowe b. w fagach, kosmidy c. w drożdżach,
Bardziej szczegółowoINTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA
XX Międzynarodowa konferencja Polskie Stowarzyszenie Choroby Huntingtona Warszawa, 17-18- 19 kwietnia 2015 r. Metody badań i leczenie choroby Huntingtona - aktualności INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH
Bardziej szczegółowoWykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
Bardziej szczegółowoOznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowoPL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego
PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.
Bardziej szczegółowoTaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R
TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej
Bardziej szczegółowoTechniki biologii molekularnej Kod przedmiotu
Techniki biologii molekularnej - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-TBM-W-S14_pNadGenI2Q8V Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych
Bardziej szczegółowoWarunki udzielania świadczeń w rodzaju: świadczenia zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE
Załącznik nr do Zarządzenia.. Warunki udzielania świadczeń w rodzaju: zdrowotne kontraktowane odrębnie 8. BADANIA GENETYCZNE 8.1 WARUNKI WYMAGANE Załącznik nr 2 do rozporządzenia cz. I lit. M Lp 913-916
Bardziej szczegółowoTaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925
TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA
Bardziej szczegółowoMetody analizy genomu
Metody analizy genomu 1. Mapowanie restrykcyjne. 2. Sondy do rozpoznawania DNA 3. FISH 4. Odczytanie sekwencji DNA 5. Interpretacja sekwencji DNA genomu 6. Transkryptom 7. Proteom 1. Mapy restrykcyjne
Bardziej szczegółowoSylabus Biologia molekularna
Sylabus Biologia molekularna 1. Metryczka Nazwa Wydziału Program kształcenia Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Analityka Medyczna, studia jednolite magisterskie, studia stacjonarne
Bardziej szczegółowoS YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne. Biologia molekularna
Załącznik Nr 3 do Uchwały Senatu PUM 14/2012 S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów
Bardziej szczegółowoOPIS MODUŁU KSZTAŁCENIA
Załącznik nr 9 do Zarządzenia Rektora ATH Nr 514/2011/2012z dnia 14 grudnia 2011 r.. Druk DNiSS nr PK_IIIF OPIS MODUŁU KSZTAŁCENIA NAZWA PRZEDMIOTU/MODUŁU KSZTAŁCENIA: Genetyka. Kod przedmiotu: 6 Rodzaj
Bardziej szczegółowoGIMNAZJUM SPRAWDZIANY SUKCES W NAUCE
GIMNAZJUM SPRAWDZIANY BIOLOGIA klasa III SUKCES W NAUCE II GENETYKA CZŁOWIEKA Zadanie 1. Cechy organizmu są warunkowane przez allele dominujące i recesywne. Uzupełnij tabelę, wykorzystując poniższe określenia,
Bardziej szczegółowoMetody analizy DNA. molekularnych (np. hybrydyzacja, ligacja czy PCR) zostały zaadaptowane na potrzeby analizy aberracji chromosomowych.
d i a g n o s t y k a l a b o r a t o r y j n a laboratorium 11-12/2013 Metody analizy DNA laboratorium genetyczne cz. I Streszczenie W pracy omówione zostały wybrane metody molekularne stosowane rutynowo
Bardziej szczegółowoProgram ćwiczeń z przedmiotu BIOLOGIA MOLEKULARNA I GENETYKA, część I dla kierunku Lekarskiego, rok I 2015/2016. Ćwiczenie nr 1 (06-07.10.
Program ćwiczeń z przedmiotu BIOLOGIA MOLEKULARNA I GENETYKA, część I dla kierunku Lekarskiego, rok I 2015/2016 Ćwiczenie nr 1 (06-07.10.2015) Temat: Wprowadzenie 1. Omówienie regulaminu zajęć Temat: Wprowadzenie
Bardziej szczegółowoPCR łańcuchowa reakcja polimerazy
PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoPROGRAM NAUCZANIA PRZEDMIOTU FAKULTATYWNEGO NA WYDZIALE LEKARSKIM I ROK AKADEMICKI 2015/2016 PRZEWODNIK DYDAKTYCZNY
PROGRAM NAUCZANIA PRZEDMIOTU FAKULTATYWNEGO NA WYDZIALE LEKARSKIM I ROK AKADEMICKI 2015/2016 PRZEWODNIK DYDAKTYCZNY 1. NAZWA PRZEDMIOTU : Zbadaj się sam, czyli predyspozycje genetyczne do częstych chorób
Bardziej szczegółowo3. Podstawy genetyki S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Nazwa modułu. Kod F3/A. Podstawy genetyki. modułu
S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) 3. Podstawy genetyki I nformacje ogólne Kod F3/A modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok studiów Nazwa modułu Podstawy
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoWymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014
Wymagania edukacyjne z przedmiotu Biologia. Podręcznik Biologia na czasie wyd. Nowa Era, zakres podstawowy Rok szkolny 2013/2014 Dział programu I. Od genu do cechy Lp. Temat Poziom wymagań dopuszczający
Bardziej szczegółowoMETODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII
METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII AUTOR: MAGDALENA DUDEK Taksonomia jest nauką, której głównym celem jest badanie, opisywanie oraz klasyfikacja organizmów. W oparciu o różnice i podobieństwa łączy
Bardziej szczegółowo2. Rozdział materiału genetycznego w czasie podziałów komórkowych - mitozy i mejozy
Program ćwiczeń z przedmiotu BIOLOGIA MOLEKULARNA I GENETYKA, część I (GENETYKA) dla kierunku Lekarskiego, rok I 2017/2018 Ćwiczenie nr 1 (09-10.10.2017) Temat: Wprowadzenie 1. Omówienie regulaminu zajęć
Bardziej szczegółowoDHPLC. Denaturing high performance liquid chromatography. Wiktoria Stańczyk Zofia Kołeczko
DHPLC Denaturing high performance liquid chromatography Wiktoria Stańczyk Zofia Kołeczko Mini-słowniczek SNP (Single Nucleotide Polymorphism) - zmienność sekwencji DNA; HET - analiza heterodupleksów; HPLC
Bardziej szczegółowoWymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy
Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy Dział programu Temat Poziom wymagań konieczny (K) podstawowy (P) rozszerzający (R) dopełniający (D) I. Od genu do cechy Budowa i funkcje kwasów
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 12. Diagnostyka molekularna. Poszukiwanie SNPs Odczytywanie danych z sekwencjonowania. Prof. dr hab. Roman Zieliński
Ćwiczenie 12 Diagnostyka molekularna. Poszukiwanie SNPs Odczytywanie danych z sekwencjonowania Prof. dr hab. Roman Zieliński 1. Diagnostyka molekularna 1.1. Pytania i zagadnienia 1.1.1. Jak definiujemy
Bardziej szczegółowo7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej
7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek
Bardziej szczegółowoScenariusz lekcji z biologii w szkole ponadgimnazjalnej
Scenariusz lekcji z biologii w szkole ponadgimnazjalnej Temat lekcji: Planowanie doświadczeń biologicznych jak prawidłowo zaplanować próbę kontrolną? Cele kształcenia IV etap edukacyjny: 1. Wymagania ogólne:
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoZnaczenie genetyki. Opracował A. Podgórski
Znaczenie genetyki Opracował A. Podgórski InŜynieria genetyczna InŜynieria genetyczna ingerencja w materiał genetyczny organizmów, w celu zmiany ich właściwości dziedzicznych. Istota inŝynierii genetycznej
Bardziej szczegółowoS YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne
Załącznik Nr 3 do Uchwały Senatu PUM 14/2012 S YL AB US MODUŁ U ( PRZEDMIOTU) I nforma c j e ogólne Kod modułu Rodzaj modułu Wydział PUM Kierunek studiów Specjalność Poziom studiów Nazwa modułu INŻYNIERIA
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoNiepełnosprawność intelektualna
Niepełnosprawność intelektualna stan badań a możliwości diagnostyki molekularnej Agnieszka Charzewska Zakład Genetyki Medycznej Instytut Matki i Dziecka Niepełnosprawność intelektualna (NI, ID) zaburzenie
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoGENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Bardziej szczegółowoZaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz
WYMAGANIA EGZAMINACYJNE ROK SZKOLNY 2015/2016 Semestr jesienny TYP SZKOŁY: liceum ogólnokształcące PRZEDMIOT: biologia SEMESTR: II LICZBA GODZIN W SEMESTRZE: 15 PROGRAM NAUCZANIA: Program nauczania biologii
Bardziej szczegółowoZadania maturalne z biologii - 2
Koło Biologiczne Liceum Ogólnokształcące nr II w Gliwicach 2015-2016 Zadania maturalne z biologii - 2 Zadania: Zad. 1(M. Borowiecki, J. Błaszczak 3BL) Na podstawie podanych schematów określ sposób w jaki
Bardziej szczegółowoGENOMIKA FUNKCJONALNA. Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu
GENOMIKA FUNKCJONALNA Jak działają geny i genomy? Poziom I: Analizy transkryptomu Adnotacja (ang. annotation) pierwszy etap po uzyskaniu kompletnej sekwencji nukleotydyowej genomu analiza bioinformatyczna
Bardziej szczegółowoWYMAGANIA EDUKACYJNE BIOLOGIA zakres podstawowy biologia na czasie
WYMAGANIA EDUKACYJNE BIOLOGIA zakres podstawowy biologia na czasie Dział programu Lp. Temat Poziom wymagań dopuszczający dostateczny dobry bardzo dobry I. Od genu do cechy 1 Budowa i funkcje kwasów nukleinowych
Bardziej szczegółowoBioinformatyczna analiza danych. Wykład 1 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt
Bioinformatyczna analiza danych Wykład 1 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt Sprawy organizacyjne Prowadzący przedmiot: Dr Wioleta Drobik-Czwarno koordynator przedmiotu,
Bardziej szczegółowoWymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy przedmiot biologia nauczana dwujęzycznie poziom podstawowy klasa Ib i Ic
Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy przedmiot biologia nauczana dwujęzycznie poziom podstawowy klasa Ib i Ic Dział programu Lp. Temat Poziom wymagań konieczny (K) podstawowy (P) rozszerzający
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502
Bardziej szczegółowoWYMAGANIA EDUKACYJNE BIOLOGIA NA CZASIE, ZAKRES PODSTAWOWY
WYMAGANIA EDUKACYJNE BIOLOGIA NA CZASIE, ZAKRES PODSTAWOWY Dział programu I. Od genu do cechy Lp. Temat Poziom wymagań konieczny (K) podstawowy (P) rozszerzający (R) dopełniający (D) 1 Budowa i funkcje
Bardziej szczegółowoWYMAGANIA EDUKACYJNE Z BIOLOGII, ZAKRES PODSTAWOWY 2018/19
WYMAGANIA EDUKACYJNE Z BIOLOGII, ZAKRES PODSTAWOWY 2018/19 Dział programu Lp. Temat I. Od genu do cechy 1 Budowa i funkcje kwasów nukleinowych konieczny (K) ocena dopuszczająca określa rolę DNA jako nośnika
Bardziej szczegółowoWymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy
Wymagania edukacyjne Biologia na czasie zakres podstawowy Dział programu Lp. Temat Poziom wymagań konieczny (K) podstawowy (P) rozszerzający (R) dopełniający (D) I. Od genu do cechy 1 Budowa i funkcje
Bardziej szczegółowoGenetyka kliniczna - opis przedmiotu
Genetyka kliniczna - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Genetyka kliniczna Kod przedmiotu 12.9-WL-Lek-GK Wydział Wydział Lekarski i Nauk o Zdrowiu Kierunek Lekarski Profil praktyczny Rodzaj
Bardziej szczegółowo