Warszawa, 7 września 2015

Transkrypt

1 Warszawa, 7 września 2015 Ocena pracy doktorskiej mgr Joanny Karoliny Ledwoń pt. Poszukiwanie genetycznych uwarunkowań rozwoju raka piersi i gruczołu krokowego Przedstawiona do oceny praca, wykonana pod kierunkiem promotorki pani prof. Ewy Hennig w Klinice Gastroenterologii, Hepatologii i Onkologii Klinicznej Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego dotyczy ważnego zagadnienia dziedziczenia nowotworów i możliwości oceny ryzyka zachorowania na raka piersi i gruczołu krokowego. Założeniem pracy było słuszne przekonanie, że zwiększenie wiedzy na temat wariantów genetycznych predysponujących do choroby nowotworowej, nawet jeśli zwiększone ryzyko zachorowania powiązane z konkretnym wariantem jest niskie, ułatwi pełniejszą ocenę obciążenia genetycznego pacjenta i przybliży nas do całościowej oceny ryzyka zachorowania na raka konkretnego człowieka. Zysk kliniczny dla badanej osoby pod postacią prewencji pierwotnej jest oczywisty. Celem pracy było zweryfikowanie, czy 36 wariantów genetycznych, wytypowanych przez Doktorantkę, wiąże się ze zwiększoną zapadalnością na raka piersi lub raka prostaty w populacji polskiej. W tym celu Doktorantka przeprowadziła populacyjne badanie asocjacyjne w grupie 1424 pacjentek z rakiem piersi, 447 pacjentów z rakiem prostaty oraz w grupach kontrolnych, czyli grupie 1788 kobiet bez raka piersi oraz 800 mężczyzn bez raka prostaty. W wyniku przeprowadzonych analiz, Doktorantka uznała, że cztery spośród 16 badanych wariantów można powiązać ze zwiększonym (3 warianty, OR pomiędzy 1,19-1,31) lub zmniejszonym ryzykiem zachorowania na raka piersi (1 wariant, OR 0,77). Podobnie, Doktorantka uznała, że trzy spośród 20 badanych wariantów można powiązać ze zwiększonym (1 wariant, OR 1,48) lub zmniejszonym ryzykiem zachorowania na raka prostaty (2 warianty, OR 0,74-0,76).

2 Rozprawa Pani mgr Joanny Karoliny Ledwoń rozpoczyna się typowo od spisu treści, wykazu stosowanych skrótów i adresów Internetowych ogólnodostępnych baz danych lub programów analitycznych wykorzystywanych w rozprawie. Następnie znajduje się streszczenie i liczące 38 stron wprowadzenie do przedmiotu rozprawy. We wstępie Doktorantka omawia epidemiologię nowotworów oraz genetyczne i środowiskowe czynniki ryzyka zachorowania na nowotwory, w szczególności raka piersi i raka prostaty. W kolejnych częściach rozprawy mgr Ledwoń przedstawia założenia i cele pracy, opisuje materiały, omawia stosowane metody i w końcu, prezentuje wyniki, które następnie poddaje dyskusji (16 stron) i wyciąga wnioski. Rozprawę kończy spis piśmiennictwa, które liczy 359 pozycji. Mam następujące pytania i uwagi odnośnie przedstawionej rozprawy: 1. Nie jest jasne, na jakiej podstawie wytypowano warianty genetyczne, które następnie poddano genotypowaniu i analizie asocjacyjnej. Jedyne wyjaśnienie, jakie znajduję, to sformułowanie, że wyboru dokonano na podstawie piśmiennictwa oraz własnych wcześniejszych badań. Jakie kryteria przyjęto? Pięć markerów wybrano, gdyż występują z dużą częstością wśród pacjentek Poradni Genetycznej CO-I. Co oznacza to sformułowanie? Doktorantka nie pisze tutaj przecież o patogennych mutacjach o 100% penetracji, które występują wśród pacjentów z rakiem, a nie występują w populacji osób zdrowych, ale o polimorfizmach obecnych (z definicji) u przynajmniej 1% populacji ogólnej. 2. Podstawową zasadą genetycznych badań asocjacyjnych jest właściwe dobranie grupy kontrolnej. W obu badaniach przeprowadzonych w niniejszej rozprawie grupy badane i kontrolne istotnie różnią się pod względem wieku. Średnia i mediana wieku pacjentek z rakiem piersi są o 12 lat niższe w porównaniu do grupy kontrolnej. Tradycyjnie dąży się, by mediany wieku były do siebie zbliżone, w tym jednak przypadku uważam, że różnica działa na korzyść badania osoby z grupy kontrolnej były średnio o 12 lat dłużej obserwowane i nie zachorowały. Inaczej jednak wygląda sytuacja w badaniu dotyczącym raka prostaty, gdzie znacząco młodszy wiek grupy kontrolnej może istotnie wpływać na wyniki badania. Średnia i mediana wieku pacjentów z rakiem prostaty były o 8 lat wyższe w porównaniu do grupy kontrolnej, do której włączono osoby bardzo młode, nawet 27-letnie. Oznacza to, że w grupie kontrolnej znalazła się istotna liczba osób, które w przyszłości zachorują na raka prostaty, co dodatkowe 8 lat obserwacji z pewnością by przynajmniej u części potwierdziło.

3 3. Doktorantka analizuje podgrupę pacjentów ze sporadycznym i rodzinnym rakiem piersi. Ciekaw jestem opinii Doktorantki odnośnie młodszego wieku pacjentek z rakiem sporadycznym (mediana 43 lat) w porównaniu do pacjentek z rakiem rodzinnym (mediana 46 lat), co jest sprzeczne z danymi literaturowymi, ale również własną opinią Doktorantki wyrażoną na str. 16. Ciekaw jestem również opinii Doktorantki dotyczącej wysokiego odsetka nosicielstwa mutacji w BRCA1 w grupie pacjentek z rakiem sporadycznym. 4. Doktorantka przeprowadziła analizę stwierdzającą, czy uzyskane wyniki były zgodne z równowagą Hardy-Weinberga, wydaje się jednak, że myli sposób wykonania analizy podając (str. 71), że nie zaobserwowano odstępstw w grupach badanych względem odpowiadającej im grupy kontrolnej. Zachowanie równowagi Hardy-Weinberga bada się oceniając częstość występowania poszczególnych genotypów w grupie kontrolnej porównując ją do częstości oczekiwanej, wyliczonej ze wzoru Hardy-Weinberga. 5. Definicja FRR (rodzinnego współczynnika ryzyka) podana na str. 16 jest błędna. FRR to nie jest iloraz liczby przypadków danego stanu klinicznego w rodzinie pacjenta i w grupie kontrolnej, ale iloraz częstości występowania (inaczej ryzyko/szansa) danego fenotypu w rodzinie pacjenta i w grupie kontrolnej, którą najczęściej jest populacja ogólna. 6. Również na str. 16 Doktorantka w sposób nieaktualny definiuje mutację i polimorfizm genetyczny rozróżniając oba pojęcia używając kryterium ilorazu szans (ang. odds ratio, OR): wysokie lub umiarkowane ryzyko zachorowania przypisuje mutacjom, niskie ryzyko polimorfizmom. Zarówno mutacje jak i polimorfizmy mogą zwiększać ryzyko zachorowania w sposób wysoki/średni czy niski. Pojęcia można rozróżniać stosując kryterium częstości występowania w populacji (polimorfizm > 1% populacji, mutacja <1% populacji), ale wraz z poszerzaniem się naszej wiedzy o genomie człowieka, głównie wraz ze zwiększającą się ilością danych płynących z sekwencjonowania całogenomowego, szereg towarzystw, w tym American College of Medical Genetics, zaleca w kontekście klinicznym zastąpienie obu pojęć terminem wariant genetyczny. 7. Doktorantka słusznie podaje, że większość zmutowanych genów predysponujących do zachorowania na nowotwory to geny supresorowe (str. 16), równocześnie wprowadza czytelnika w błąd podając, że jedynie 11 zmutowanych genów związanych jest z utratą ich funkcji i jako przykład podaje protoonkogeny RET, MET, KIT, których patogenność związana jest raczej z naddatkiem niż utratą funkcji.

4 8. Doktorantka w różnych miejscach błędnie wymienia locus chromosomowe sprzężone z chorobą jako wynik badania asocjacyjnego. W badaniu asocjacyjnym poszukujemy wariantu genetycznego, którego częstość występowania jest różna w grupie osób chorych i grupie kontrolnej osób zdrowych. Taki wariant czasem zmienia funkcję genu, w którym się znajduje, i ma charakter patogenny, częściej jednak jest tylko markerem sprzężonym z innym wariantem, który dopiero jest patogenny. Taki sprzężony wariant nie musi być zlokalizowany w tym samym locus, co znaleziony marker. Z tego też powodu, efektem badania asocjacyjnego jest konkretny marker związany z chorobą, a nie locus chromosomowe. Odwrotnie rzecz wygląda w badaniu sprzężeń (ang. linkage analysis) prowadzonym w obciążonych rodzinach, gdzie analizując współzależność szeregu markerów z danej lokalizacji określamy LOD score lub NPL jako miarę sprzężenia danego locus chromosomowego z badaną chorobą. 9. Sformułowane na str. 101 wnioski płynące z rozprawy budzą moje zastrzeżenia. Pierwsze stwierdzenie, że identyfikacja czynników ryzyka wymaga prowadzenia badań asocjacyjnych w różnych populacjach nie jest w mojej opinii wnioskiem płynącym z Rozprawy, ale przeświadczeniem a priori (bez wątpienia słusznym), które spowodowało, że Doktorantka podjęła się badania opisanego w swojej rozprawie. Wiedząc, że wyniki badań asocjacyjnych prowadzone w jednej populacji nie muszą prowadzić do podobnych wyników w innych populacjach, Doktorantka zdecydowała się potwierdzić znaczenie znanych markerów predyspozycji w niezbadanej do tej pory populacji polskiej. Podobnie wniosek, że prowadzenie badań asocjacyjnych w małych, ale homogennych populacjach, może być korzystne dla wykrycia specyficznych czynników ryzyka (unikalnych dla danej populacji uzupełnienie umieszczone w streszczeniu) jest oczywiście prawdziwe, ale nie wynika z niniejszej Rozprawy, w której nie poszukiwano specyficznych, unikalnych dla polskiej populacji markerów (badano markery znane z innych populacji), oraz takich specyficznych, unikalnych markerów nie znaleziono. 10. Na koniec uwaga natury językowej. Przewijające się przez całą rozprawę sformułowanie Polimorfizm asocjujący z zachorowaniem jest kalką z języka angielskiego, niepoprawną w kontekście języka polskiego, w którym asocjować znaczy kojarzyć, łączyć wrażenia lub fakty (Słownik języka polskiego PWN). Dopuszcza się sformułowanie Doktorantka asocjuje (kojarzy) fakty lub Błękitne oczy asocjują się (kojarzą się) z błękitem morza (za Sinko). Proponuję, by polimorfizm wiązał się z ryzykiem powstawania choroby, ale z chorobą nie asocjował.

5 Podsumowując, oceniam, że zweryfikowanie związku 36 wariantów genetycznych ze zwiększoną zapadalnością na nowotwory człowieka w imponującej liczbie 1871 pacjentów i liczącej 2588 osób grupie kontrolnej, jest zadaniem bardzo ambitnym i niezwykle cennym dla rozszerzania naszej wiedzy na temat dziedziczenia nowotworów w populacji polskiej. Z perspektywy klinicznej, wyniki takich badań umożliwiają nam pełniejszą ocenę ryzyka zachorowania konkretnego pacjenta i zaproponowanie mu, skrojonego na jego miarę, konkretnego planu działań profilaktycznych a następnie terapeutycznych, co stanowi podstawę medycyny spersonalizowanej. Stwierdzam, że rozprawa mgr Joanny Karoliny Ledwoń spełnia wszystkie wymagania stawiane pracom na stopień doktora nauk i stawiam wniosek o dopuszczenie Autorki do dalszych etapów przewodu doktorskiego.