POPULARNE POLECENIA SKRYPTY. Pracownia Informatyczna 2

Transkrypt

1 SKRYPTY Pracownia Informatyczna 2 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK

2 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 2

3 cal wyświetlenie kalendarza Składnia: cal 2017, cal Polecenie cal wyprowadza kalendarz dla podanego roku, (domyślnie dla aktualnego) miesiąca date wyświetlenie daty Składnia: date [opcje] Polecenie date wystwietla aktualną datę systemową Do czego może być przydatne polecenie date w Twoich skryptach? PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 3

4 finger wyświetlenie informacji o użytkownikach Składnia: finger [opcje] [nazwy] Jeśli nie podano nazw, to na ekranie pojawia się informacja o wszystkich pracujących użytkownikach Wyświetlanie informacji o zalogowanych użytkownikach zapewniają także polecenia w oraz who. PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 4

5 find szukanie plików Składnia: find ścieżka opcje find katalog name nazwa_pliku W przypadku znalezienia pliku o podanej nazwie, ścieżka dostępu do niego będzie wyświetlona w standardowym wyjściu. PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 5

6 dirname wyodrębnienie ze ścieżki nazwę katalogu Składnia: dirname ścieżka basename usuwa ze ścieżki nazwy katalogów i końcówkę Składnia: basename ścieżka [końcówka] PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 6

7 diff porównanie dwóch plików Składnia: diff [opcje] plik1 plik2 < wiersze występujące tylko w pliku 1 > w pliku 2 diff3 porównanie trzech plików Składnia: diff3 [opcje] plik1 plik2 plik3 Program wyświetla kolejno: wiersze różne we wszystkich plikach oraz wiersze wyróżniające się tylko w jednym z plików PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 7

8 comm wybór lub odrzucenie wspólnych wierszy Składnia: comm [opcje] plik1 plik2 Program wyszukuje wiersze wspólne dla dwóch plików. Wyświetla wyniki z trzech kolumnach: wiersze znajdujące się tylko w pliku 1, tylko w pliku 2, oraz w obu plikach. join łączenie odpowiednich wierszy dwóch plików Składnia: join [opcje] plik1 plik2 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 8

9 tr zamiana znaków Składnia: tr [opcje] string1 string2 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 9

10 uniq wykrywanie powtarzających się wierszy Składnia: uniq [opcje] plik PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 10

11 sort sortowanie plików Składnia: sort [opcje] pliki PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 11

12 grep poszukiwanie wzorca w pliku Składnia: grep [opcje] wzorzec plik Grep (get regular expression) poszukuje podanego wzroca w przeszukiwanym sekwencyjnie pliku lub strumieniu danych ze standardowego wejścia i przekazaują wiersze, zawierające wzorzec na standardowe wyjście. PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 12

13 SKRYPTY PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 13

14 HELLO WORLD Demonstracja sposobu programowania #!/bin/bash #Tu jest komentarz. echo "Hello world" Uruchomienie skryptu bash lub sh lub./ sh skrypt.sh bash /home/user1/skrypty/skrypt.sh./skrypt PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 14

15 a=2 while [ $a -le 5 ] > do > echo "Do tej pory pętla wykonała się $a razy" > a=$[a + 1] > done terminal a=2; while [ $a -le 5 ]; do echo "Do tej pory pętla wykonała się $a razy"; a=$[a + 1]; done skrypt PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 15

16 BASH OBLICZENIE ŚREDNIEGO POKRYCIA GENOMU wysokie pokrycie niskie pokrycie Krótkie Sekwencje Genom referencyjny PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 16

17 Jakie jest średnie pokrycie genomu? Pliki o nazwach animal_name.rmdup.fs Zawartość pliku animal_1.rmdup.fs: coverage = n r d, where n denoted the total number of aligned reads, r the read length in bp and d the length of the reference genome ( Mb). PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 17

18 LISTA ZADAŃ 2 polecenie find instrukcje warunkowe Format VCF PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 18

19 LISTA ZADAŃ 2 polecenie find instrukcje warunkowe Format VCF PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 19

20 LISTA ZADAŃ 2 polecenie find instrukcje warunkowe Format VCF if warunek; then polecenia; elif warunek; then polecenia; else polecenia; fi liczba=5 if [ $liczba -eq 10 ]; then echo "Liczba jest równa 10"; elif [ $liczba -gt 10 ]; then echo "Liczba jest wieksza niz 10"; else echo "Liczba jest mniejsza od 10"; fi PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 20

21 LISTA ZADAŃ 2 polecenie find instrukcje warunkowe Format VCF Różne nukleotydy między genomem referencyjnym a genomem próby Krótkie Sekwencje Genom referencyjny PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 21

22 LISTA ZADAŃ 2 polecenie find instrukcje warunkowe Format VCF PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 22