Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków"

Transkrypt

1 Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych (CeNT-III)

2 Piśmiennictwo m.in.

3 Klasyfikacje leków według: Efektu farmakologicznego przeciwbólowe, antyalergiczne, antybiotyki Struktury chemicznej penicyliny, opiaty, benzodiazepiny, steroidy Docelowego układu w organizmie np. leki antyhistaminowe blokują wytwarzanie lub uwalnianie histaminy Miejsca akcji leku np. antycholinesterazy - hamują rozkład ACh przez acetylocholinesterazę (AChE) Stosowane w leczeniu choroby Alzheimera AChE YASARA Ach_drugs.sce

4 Miejsca działania leków komórka bakteryjna komórka zwierzęca Białka (glikoproteiny): enzymy i receptory komórkowe Kwasy nukleinowe (DNA i RNA np. rybosom) Lipidy: tworzenie tunelu w błonie (grzybobójcze) lub jako przenośnik jonów

5 Wiązanie leków do białek - enzymy Wiązanie do enzymów - substraty - inhibitory Działanie leków - inhibitory współzawodnicze (odwracalne) - Inhibitory niewspółzawodnicze - nieodwracalne - odwracalne (allosteryczne)

6 Wiązanie leków do białek - receptory Wiązanie do receptorów - agoniści - antagoniści - odwrotni agoniści Działanie leków - pobudzają receptor - agoniści / częściowi agoniści - blokują receptor - antagoniści - inwersyjni agoniści

7 Adaptacja liganda podczas wiązania konformacja bioaktywna YASARA Ach.sce

8 Konformacja bioaktywna liganda Molecular Conceptor

9 Adaptacja enzymu podczas wiązania reszty katalityczne

10 Duże zmiany konformacyjne Glucose hexokinase

11 Zmiany konformacyjne enzymów podczas wiązania ligandów Shikimate dehydrogenase from Helicobacter pylori Struktura bez kofaktora (PDB id:3phh) z kofaktorem (PDB id: 3PHI) Indukowane dopasowanie baza Protein Data Bank (PDB)

12 Bazy strukturalne danych Protein Data Bank (PDB) Format pliku PDB Bazy leków (DrugBank, PubChem)

13 Protein Data Bank (PDB)

14 Format pliku PDB na przykładzie pliku 1FXV.pdb HEADER HYDROLASE 27-SEP-00 1FXV TITLE PENICILLIN ACYLASE MUTANT IMPAIRED IN CATALYSIS WITH TITLE 2 PENICILLIN G IN THE ACTIVE SITE COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: PENICILLIN ACYLASE; COMPND 3 CHAIN: A; COMPND 4 FRAGMENT: ALPHA SUBUNIT; COMPND 5 EC: ; COMPND 6 ENGINEERED: YES; COMPND 7 MOL_ID: 2; COMPND 8 MOLECULE: PENICILLIN ACYLASE; COMPND 9 CHAIN: B; COMPND 10 FRAGMENT: BETA SUBUNIT; COMPND 11 EC: ; COMPND 12 ENGINEERED: YES; COMPND 13 MUTATION: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ESCHERICHIA COLI; SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 562; SOURCE 4 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562; SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID; SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PEC; SOURCE 8 MOL_ID: 2; FXV.pdb

15 Bazy leków (DrugBank)

16 Bazy leków (PubChem) pubchem.ncbi.nlm.nih.gov

17 Siły molekularnego oddziaływania Wiązanie wodorowe Oddziaływania elektronów - (nie tylko benzen-benzen) Oddziaływania elektrostatyczne mieszane Przykład oddziaływań w leku Hydrofobowe = van der Waalsa + entropia H S

18 Siły tworzące strukturę III-rzędową białka wiązania kowalencyjne: S S (Cys... Cys) (siła wiązania 250 kj/mol) oddziaływania jonowe: CO H 3 N (Asp... Lys) (siła wiązania 20 kj/mol) wiązania wodorowe: O-H... O(H) (Ser... Ser) siła wiązania 7-30 kj/mol - stackingowe: Ph... Ph (Phe... Phe) siła wiązania 8-12 kj/mol oddziaływania van der Waalsa: C... C (każdy atom) siła wiązania 2 kj/mol wiązania wodorowe i oddziaływania van der Waalsa są bardzo powszechne (także do oddziaływań z otaczającą wodą) i one decydują o III-rzędowej strukturze białka + oddziaływanie ze środowiskiem woda/błona (efekty entropowe)

19 Efekty polaryzacji ładunku Oddziaływania pomiędzy molekułami niepolarnymi siły van der Waalsa Niestabilne ładunki cząstkowe Stabilne ładunki cząstkowe Oddziaływania stackingowe

20 Wiązania w łańcuchach bocznych Leu Leu Ser Gln Val Val Asp Lys

21 Miejsce aktywne enzymu kofaktor NAD+ jest potrzebny do zajścia reakcji YASARA dehydrogenase

22 Wykład 2

23 Aminokwasy Notacja jedno- i trójliterowa

24 Wiązanie peptydowe Dipeptyd Gly-Gly (GG) Wiązanie peptydowe jest płaskie i sztywne Tripeptyd Ala-Gly-Phe (AGF)

25 Met-enkefalina - jeden z endogennych środków przeciwbólowych Notacja jednoliterowa: YGGFM Morfina działa na ten sam receptor Podobieństwo? YASARA enkephalin_morph

26 Wiązania wodorowe w białkach budowa -helisy budowa -kartki YASARA 1crn.pdb

27 Struktura II- i III-rzędowa białek Pętle między helisami -helisa, i+4 -helisa = helisa (pełny obrót co 3.6 aminokwasu i 13 wiązań w pętli wiązania wodorowego) mioglobina 3 10 helisa, i+3 -helisa, i+5

28 Wykres Ramachandrana skręcona -kartka kolagen

29 Wykres Ramachandrana przykłady białek

30 Struktury nad-ii-rzędowe i foldy

31 Proces zwijania się białka Tylko z uwzględnieniem entropii Woda w głębi roztworu: Silne wiązania wodorowe, słabe efekty orientacyjne mobilność (duża entropia) Woda przy powierzchni hydrofobowej: Słabe wiązania wodorowe, silne efekty orientacyjne stabilność (mała entropia)

32 Proces zwijania się białka - energetyka Potencjał termodynamiczny: G = H - T S Minima kinetyczne i termodynamiczne podczas zwijania białka Paradoks Levinthala: Czas potrzebny na sprawdzenie wszystkich konformacji białka jest większy niż wiek wszechświata.

33 Proces zwijania się białka udział chaperonów Białko chaperonowe Hsp70

34 Proces zwijania się białka misfolding Schemat misfoldingu i powstawania agregatów Enzymy z węzłami: struktury prawidłowo zwinięte! PDB: 1YVE, 1XD3, 1UAJ.

35 Proces zwijania się białka amyloidy Powstawanie amyloidów Amyloidy są termodynamicznie trwalsze niż natywne białko! Także są celami leków. Wczesne formy amyloidów - najbardziej szkodliwe?

36 Krystalografia dopasowywanie do map gęstości elektronowej

37 Dopasowywanie struktury do więzów z NMR Przypisywanie NOE Usuwanie szumów/ znajdowanie dodatkowych więzów Przypisywanie NOE Usuwanie szumów/ znajdowanie dodatkowych więzów

38 Modelowanie - elementy pola siłowego U bond bond k ( r i i i r 2 0 i) angle U angle k i ( i 0 i) i tors U k [ 1 cos( n )] U U tors Coulomb vdw i i j i i i j i q q ij 4 ij rij i j 4 0 r ij 12 2 i ij rij Potencjał Lennarda-Jonesa (lub potencjał 6-12) 6 YASARA

39 Skala czasowa ruchów białek modelowanie pełnoatomowe Krok czasowy dynamiki molekularnej: 1 fs = s

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład VI Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Struktura i funkcja białek (I mgr)

Struktura i funkcja białek (I mgr) Struktura i funkcja białek (I mgr) Dr Filip Jeleń fj@protein.pl http://www.protein.pl/ Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer Biochemia Carl Branden, John Tooze Introduction to Protein Structure

Bardziej szczegółowo

4.1 Hierarchiczna budowa białek

4.1 Hierarchiczna budowa białek Spis treści 4.1 ierarchiczna budowa białek... 51 4.1.1 Struktura pierwszorzędowa... 51 4.1.2 Struktura drugorzędowa... 53 4.1.3 Struktura trzeciorzędowa... 60 4.1.4 Rodzaje oddziaływań stabilizujących

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 3.I.2008

Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur

Bardziej szczegółowo

cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne

cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. VII Metody projektowania leków i modelowanie molekularne Prof. dr hab. Sławomir Filipek Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii 1 Strategie projektowania leków

Bardziej szczegółowo

protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.)

protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.) Białka 1 protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.) cząsteczki życia materiał budulcowy materii ożywionej oraz wirusów wielkocząsteczkowe biopolimery o masie od kilku tysięcy do kilku milionów jednostek

Bardziej szczegółowo

cz. III leki przeciwzapalne

cz. III leki przeciwzapalne Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. III leki przeciwzapalne Prof. dr hab. Sławomir Filipek Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Uniwersytet Warszawski 1 Leki przeciwzapalne

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. z sylabusu...

Bioinformatyka. z sylabusu... Bioinformatyka Wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2008 1 Co to jest Bioinformatyka? Zastosowanie technologii informacji do

Bardziej szczegółowo

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność PROJEKTOWANIE MOLEKULARNE I BIOINFORMATYKA W trakcie egzaminu licencjackiego student udziela ustnych

Bardziej szczegółowo

Elementy bioinformatyki. Aminokwasy, białka, receptory. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1

Elementy bioinformatyki. Aminokwasy, białka, receptory. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Elementy bioinformatyki. Aminokwasy, białka, receptory Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Tematy istoria odkrywania białek Budowa białek Budowa aminokwasów Właściwości aminokwasów

Bardziej szczegółowo

Wykład 3-4. Materiały z wykładów (plik PDF): http://www.biomodellab.eu/lecture/

Wykład 3-4. Materiały z wykładów (plik PDF): http://www.biomodellab.eu/lecture/ Wykład 3-4 Materiały z wykładów (plik PDF): http://www.biomodellab.eu/lecture/ Porównanie zakresów modelowania układów biologicznych Symulacje mezoskopowe, jedno ziarno = kilkanaście aminokwasów, ziarna

Bardziej szczegółowo

Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples

Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples from Hsp70 molecular chaperones, αa-crystallin, and sericin Badanie metodą dynamiki molekularnej zależności

Bardziej szczegółowo

Związki biologicznie aktywne

Związki biologicznie aktywne Związki biologicznie aktywne Tematyka wykładów 1. Chemia związków biologicznie aktywnych pojęcia ogólne, klasyfikacja leków. 2. Związki biologicznie aktywne jako związki pochodzenia naturalnego, półsyntetycznego

Bardziej szczegółowo

Modelowanie molekularne

Modelowanie molekularne Modelowanie molekularne metodami chemii kwantowej Dr hab. Artur Michalak Zakład Chemii Teoretycznej Wydział Chemii UJ Wykład 4 http://www.chemia.uj.edu.pl/~michalak/mmod2007/ Podstawowe idee i metody chemii

Bardziej szczegółowo

ĆWICZENIA Z BIOCHEMII

ĆWICZENIA Z BIOCHEMII ĆWICZENIA Z BIOCHEMII D U STUDENTfiW WYDZIAŁU LEKARSKIEGO Pod redakcją Piotra Laidlera, Barbary Piekarskiej, Marii Wróbel WYDAWNICTWO UNIWERSYTETU JAGIELLOŃSKIEGO ĆWICZENIA Z BIOCHEMII DLA STUDENTÓW WYDZIAŁU

Bardziej szczegółowo

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA

PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA PRZEBIEG EGZAMINU LICENCJACKIEGO DLA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE specjalność BIOFIZYKA MOLEKULARNA W trakcie egzaminu licencjackiego student udziela ustnych odpowiedzi na pytania

Bardziej szczegółowo

Budowa i funkcje białek

Budowa i funkcje białek Budowa i funkcje białek Białka Wszystkie organizmy zawierają białko Każdy organizm wytwarza własne białka Podstawowe składniki białek - aminokwasy Roślinne mogą wytwarzać aminokwasy ze związków nieorganicznych

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 4

Podstawy projektowania leków wykład 4 Podstawy projektowania leków wykład 4 Łukasz Berlicki Cel molekularny Cel molekularny (TARGET) makrocząsteczka w Ŝywym organizmie, która oddziałuje z lekiem i wynikiem tej interakcji jest poŝądany efekt

Bardziej szczegółowo

Wykorzystanie modelowania molekularnego oddziaływań ligandów z receptorem nikotynowym jako wstępny etap projektowania nowych leków

Wykorzystanie modelowania molekularnego oddziaływań ligandów z receptorem nikotynowym jako wstępny etap projektowania nowych leków Wykorzystanie modelowania molekularnego oddziaływań ligandów z receptorem nikotynowym jako wstępny etap projektowania nowych leków Katarzyna Targowska-Duda Samodzielna Pracownia Chemii i Neuroinżynierii

Bardziej szczegółowo

The influence of N-methylation on conformational properties of peptides with Aib residue. Roksana Wałęsa, Aneta Buczek, Małgorzata Broda

The influence of N-methylation on conformational properties of peptides with Aib residue. Roksana Wałęsa, Aneta Buczek, Małgorzata Broda The influence of N-methylation on conformational properties of peptides with ib residue. Roksana Wałęsa, neta Buczek, Małgorzata Broda Konformacje peptydów w W W w 2 Budowa białek 3 Modyfikacje peptydów

Bardziej szczegółowo

Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych

Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Agnieszka Obarska-Kosińska Prof. dr hab. Bogdan Lesyng Promotorzy: Dr hab. Janusz Bujnicki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej,

Bardziej szczegółowo

Biomolekuły (3) Bogdan Walkowiak. Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka. piątek, 7 listopada 2014 Biofizyka

Biomolekuły (3) Bogdan Walkowiak. Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka. piątek, 7 listopada 2014 Biofizyka Wykład 3 Biomolekuły (3) Bogdan Walkowiak Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka 1 Monomery i Polimery (1) Biomolekuły dzielimy na 4 klasy: białka kwasy nukleinowe wielocukry

Bardziej szczegółowo

zaliczenie na ocenę* 1,5 0,7

zaliczenie na ocenę* 1,5 0,7 WYDZIAŁ PODSTAWOWYCH PROBLEMÓW TECHNIKI Zał. nr 4 do ZW 33/01 KARTA PRZEDMIOTU Nazwa w języku polskim BIOCHEMIA Nazwa w języku angielskim BIOCHEMISTRY Kierunek studiów (jeśli dotyczy): INŻYNIERIA BIOMEDYCZNA

Bardziej szczegółowo

Wyznaczanie struktury długich łańcuchów RNA za pomocą Jądrowego Rezonansu Magnetycznego. Marta Szachniuk Politechnika Poznańska

Wyznaczanie struktury długich łańcuchów RNA za pomocą Jądrowego Rezonansu Magnetycznego. Marta Szachniuk Politechnika Poznańska Wyznaczanie struktury długich łańcuchów RNA za pomocą Jądrowego Rezonansu Magnetycznego Marta Szachniuk Politechnika Poznańska Plan prezentacji 1. Wprowadzenie do problematyki badań: cel i zasadność projektu.

Bardziej szczegółowo

Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl

Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Wszelkie treści i zasoby edukacyjne publikowane na łamach Portalu www.szkolnictwo.pl mogą byd wykorzystywane przez jego Użytkowników

Bardziej szczegółowo

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

Bardziej szczegółowo

2. Produkty żywnościowe zawierające białka Mięso, nabiał (mleko, twarogi, sery), jaja, fasola, bób (rośliny strączkowe)

2. Produkty żywnościowe zawierające białka Mięso, nabiał (mleko, twarogi, sery), jaja, fasola, bób (rośliny strączkowe) BIAŁKA 1. Funkcja białek w organizmie Budulcowa mięśnie (miozyna), krew (hemoglobina, fibrynogen), włosy (keratyna), skóra, chrząstki, ścięgna (kolagen), białka współtworzą wszystkie organelle komórkowe

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK.

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK. SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK. SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

CORAZ BLIŻEJ ISTOTY ŻYCIA WERSJA A. imię i nazwisko :. klasa :.. ilość punktów :.

CORAZ BLIŻEJ ISTOTY ŻYCIA WERSJA A. imię i nazwisko :. klasa :.. ilość punktów :. CORAZ BLIŻEJ ISTOTY ŻYCIA WERSJA A imię i nazwisko :. klasa :.. ilość punktów :. Zadanie 1 Przeanalizuj schemat i wykonaj polecenia. a. Wymień cztery struktury występujące zarówno w komórce roślinnej,

Bardziej szczegółowo

Nowe terapie choroby Huntingtona. Grzegorz Witkowski Katowice 2014

Nowe terapie choroby Huntingtona. Grzegorz Witkowski Katowice 2014 Nowe terapie choroby Huntingtona Grzegorz Witkowski Katowice 2014 Terapie modyfikujące przebieg choroby Zahamowanie produkcji nieprawidłowej huntingtyny Leki oparte o palce cynkowe Małe interferujące RNA

Bardziej szczegółowo

Program zajęć z biochemii dla studentów kierunku weterynaria I roku studiów na Wydziale Lekarskim UJ CM w roku akademickim 2013/2014

Program zajęć z biochemii dla studentów kierunku weterynaria I roku studiów na Wydziale Lekarskim UJ CM w roku akademickim 2013/2014 Program zajęć z biochemii dla studentów kierunku weterynaria I roku studiów na Wydziale Lekarskim UJ CM w roku akademickim 2013/2014 S E M E S T R II Tydzień 1 24.02-28.02 2 03.03-07.03 3 10.03-14.03 Wykłady

Bardziej szczegółowo

M. Cieplak i A. Sienkiewicz, Białka, artykuł w Encyklopedii Fizyki Współczesnej, Wydawnictwo PWN SA, Warszawa 2004, publikacja dostępna na stronach:

M. Cieplak i A. Sienkiewicz, Białka, artykuł w Encyklopedii Fizyki Współczesnej, Wydawnictwo PWN SA, Warszawa 2004, publikacja dostępna na stronach: M. Cieplak i A. Sienkiewicz, Białka, artykuł w Encyklopedii Fizyki Współczesnej, Wydawnictwo PWN SA, Warszawa 2004, publikacja dostępna na stronach: http://www.pwn.pl lub http://aneksy.pwn.pl/efw/ 1 Białka

Bardziej szczegółowo

Fizyka w symulacji komputerowej i modelowaniu komputerowym Dynamika Molekularna. Łukasz Pepłowski

Fizyka w symulacji komputerowej i modelowaniu komputerowym Dynamika Molekularna. Łukasz Pepłowski Fizyka w symulacji komputerowej i modelowaniu komputerowym Dynamika Molekularna Łukasz Pepłowski Plan Co to jest Dynamika Molekularna (MD) Zadania MD Cechy MD Ograniczenia i problemy MD Pole siłowe Oddziaływania

Bardziej szczegółowo

Wykład 5-6. leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe

Wykład 5-6. leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe Wykład 5-6 leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe Budowa i działanie wirusów Wirusy RNA: grypa, rotawirus, SARS, wir. zap. wątroby A i C, Ebola, HIV Wirusy DNA: - ospa prawdziwa (smallpox), - ospa wietrzna

Bardziej szczegółowo

Opracowała: mgr inż. Ewelina Nowak

Opracowała: mgr inż. Ewelina Nowak Materiały dydaktyczne na zajęcia wyrównawcze z chemii dla studentów pierwszego roku kierunku zamawianego Inżynieria Środowiska w ramach projektu Era inżyniera pewna lokata na przyszłość Opracowała: mgr

Bardziej szczegółowo

KARTA KURSU. Kod Punktacja ECTS* 2

KARTA KURSU. Kod Punktacja ECTS* 2 KARTA KURSU Nazwa Nazwa w j. ang. BIOCHEMIA BIOCHEMISTRY Kod Punktacja ECTS* 2 Koordynator Prof. dr hab. Maria Filek Zespół dydaktyczny dr Anna Barbasz dr Elżbieta Rudolphi-Skórska dr Apolonia Sieprawska

Bardziej szczegółowo

TWORZENIE NOWYCH LEKÓW: MIEJSCA DOCELOWE I RECEPTORY

TWORZENIE NOWYCH LEKÓW: MIEJSCA DOCELOWE I RECEPTORY NAUKA I PRAKTYKA TWORZENIE NOWYCH LEKÓW: MIEJSCA DOCELOWE I RECEPTORY dr farm. Pawe³ BODERA New drug design: target sites and receptors Streszczenie. Tradycyjne metody odkrywania nowych leków polegaj¹

Bardziej szczegółowo

Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Wydział

Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Wydział Uniwersytet Śląski w Katowicach str. 1 Kierunek i poziom studiów: Chemia, drugi Sylabus modułu: Przedmiot B związany ze specjalnością (0310- CH-S2-002) Nazwa wariantu modułu: Biochemia z elementami genetyki

Bardziej szczegółowo

cz. V Medycyna reprodukcyjna, choroby metaboliczne, antybiotyki

cz. V Medycyna reprodukcyjna, choroby metaboliczne, antybiotyki Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. V Medycyna reprodukcyjna, choroby metaboliczne, antybiotyki Prof. dr hab. Sławomir Filipek Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Uniwersytet

Bardziej szczegółowo

Przewidywanie struktur białek

Przewidywanie struktur białek Łukasz Ołdziejewski Wydział Chemii UW Przewidywanie struktur białek czyli droga do projektowania indywidualnych leków Sprawozdanie studenckie 2007/2008 1 Indywidualność jednostki KaŜdy człowiek jest indywidualnym

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 13

Podstawy projektowania leków wykład 13 odstawy projektowania leków wykład 13 Łukasz Berlicki rojektowanie wspomagane komputerowo rojektowanie leków oparte na strukturze często wykorzystuje metody komputerowe, aby: rzeanalizować duŝą liczbę

Bardziej szczegółowo

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków

Komputerowe wspomaganie projektowanie leków Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład VII Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu

Bardziej szczegółowo

Przedmiot CHEMIA Kierunek: Transport (studia stacjonarne) I rok TEMATY WYKŁADÓW 15 godzin Warunek zaliczenia wykłady: TEMATY LABORATORIÓW 15 godzin

Przedmiot CHEMIA Kierunek: Transport (studia stacjonarne) I rok TEMATY WYKŁADÓW 15 godzin Warunek zaliczenia wykłady: TEMATY LABORATORIÓW 15 godzin Program zajęć: Przedmiot CHEMIA Kierunek: Transport (studia stacjonarne) I rok Wykładowca: dr Jolanta Piekut, mgr Marta Matusiewicz Zaliczenie przedmiotu: zaliczenie z oceną TEMATY WYKŁADÓW 15 godzin 1.

Bardziej szczegółowo

Podstawy chemii. dr hab. Wacław Makowski. Wykład 1: Wprowadzenie

Podstawy chemii. dr hab. Wacław Makowski. Wykład 1: Wprowadzenie Podstawy chemii dr hab. Wacław Makowski Wykład 1: Wprowadzenie Wspomnienia ze szkoły Elementarz (powtórka z gimnazjum) Układ okresowy Dalsze wtajemniczenia (liceum) Program zajęć Podręczniki Wydział Chemii

Bardziej szczegółowo

Struktura i właściwości biofizyczne polipeptydów z wydłuŝonym ciągiem glutaminowym. Marta Narczyk

Struktura i właściwości biofizyczne polipeptydów z wydłuŝonym ciągiem glutaminowym. Marta Narczyk Struktura i właściwości biofizyczne polipeptydów z wydłuŝonym ciągiem glutaminowym Marta Narczyk Choroby konformacyjne ang: protein folding diseases Zmiany struktury przestrzennej białka powodują utratę

Bardziej szczegółowo

Metody dokowania ligandów

Metody dokowania ligandów Metody dokowania ligandów Strategie projektowania leków Ligand-based drug design nieznana Budowanie modelu miejsc aktywnych liganda (farmakofor) Przeszukiwanie baz danych (screening) Struktura celu molekularnego

Bardziej szczegółowo

Farmakodynamika. Podstawowym zagadnieniem farmakodynamiki jest odpowiedź na pytanie w jaki sposób dany lek wywiera określony efekt farmakologiczny.

Farmakodynamika. Podstawowym zagadnieniem farmakodynamiki jest odpowiedź na pytanie w jaki sposób dany lek wywiera określony efekt farmakologiczny. Farmakodynamika Podstawowym zagadnieniem farmakodynamiki jest odpowiedź na pytanie w jaki sposób dany lek wywiera określony efekt farmakologiczny. Receptor: składnik systemu biologicznego, który ma zdolność

Bardziej szczegółowo

Receptory sprzężone z białkami G

Receptory sprzężone z białkami G Receptory sprzężone z białkami G - 1 - Spis treści: 1. Receptory GPCR... 3 1.1. Przekazanie sygnału i aktywacja białka G... 6 1.2. Mechanizmy aktywacji receptorów GPCR... 8 1.3. Receptory Opioidowe...

Bardziej szczegółowo

Fizyka i Ŝycie cz. I impresje molekularne. śycie z molekularnego punktu widzenia. Cząsteczka chemiczna

Fizyka i Ŝycie cz. I impresje molekularne. śycie z molekularnego punktu widzenia. Cząsteczka chemiczna Fizyka i Ŝycie cz. I impresje molekularne Poznawanie zjawiska Ŝycia to fascynujące miejsce spotkań wielu dziedzin nauki: biologii biochemii chemii fizyki matematyki informatyki oraz 7 stycznia 2010 Maciej

Bardziej szczegółowo

Białka terapeutyczne. Dr hab. Daniel Krowarsch Wydział Biotechnologii Uniwersytet Wrocławski

Białka terapeutyczne. Dr hab. Daniel Krowarsch Wydział Biotechnologii Uniwersytet Wrocławski Białka terapeutyczne Dr hab. Daniel Krowarsch Wydział Biotechnologii Uniwersytet Wrocławski Wrocław, 14.02.2015 Kwas acetylosalicylowy - aspiryna, polopiryna Wzór sumaryczny: C 9 H 8 O 4 Kwas acetylosalicylowy

Bardziej szczegółowo

ul. Żwirki i Wigury 93 02 89 Warszawa Prof. dr hab. Paweł Kowalczyk Zastępca Dyrektora Instytutu Fizyki Doświadczalnej Wydział Fizyki UW:

ul. Żwirki i Wigury 93 02 89 Warszawa Prof. dr hab. Paweł Kowalczyk Zastępca Dyrektora Instytutu Fizyki Doświadczalnej Wydział Fizyki UW: Warszawa, dn. 28.05.2010 Prof. dr hab. Ryszard Stolarski UNIWERSYTET WARSZAWSKI WYDZIAŁ FIZYKI Tel. 55 40772 Instytut Fizyki Doświadczalnej Fax: 55 40771 Zakład Biofizyki ul. Żwirki i Wigury 93 02 89 Warszawa

Bardziej szczegółowo

1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej?

1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej? Tematy opisowe 1. Od czego i w jaki sposób zależy szybkość reakcji chemicznej? 2. Omów pomiar potencjału na granicy faz elektroda/roztwór elektrolitu. Podaj przykład, omów skale potencjału i elektrody

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 1. Oznaczanie wrażliwości szczepów na metycylinę

Ćwiczenie 1. Oznaczanie wrażliwości szczepów na metycylinę XI. Antybiotyki i chemioterpeutyki ćwiczenia praktyczne W przedstawionych ćwiczeniach narysuj i zinterpretuj otrzymane wyniki badań mechanizmów oporności. Opisz rodzaje krążków użytych do badań oraz sposób

Bardziej szczegółowo

Projektowanie leków Drug design

Projektowanie leków Drug design Bioinformatyka Wykład 12. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Projektowanie leków Drug design Wykład 12, 2011 1 Historia projektowania leków Odkrywanie leków:

Bardziej szczegółowo

KATEDRA CHEMII MEDYCZNEJ http://www.chem.univ.gda.pl/kchmed/struktura.html

KATEDRA CHEMII MEDYCZNEJ http://www.chem.univ.gda.pl/kchmed/struktura.html Sylwia Rodziewicz-Motowidło KATEDRA CHEMII MEDYCZNEJ http://www.chem.univ.gda.pl/kchmed/struktura.html Katedra Chemii Medycznej dr hab. Sylwia Rodziewicz-Motowidło dr hab. Franciszek Kasprzykowski dr hab.

Bardziej szczegółowo

Widma UV charakterystyczne cechy ułatwiające określanie struktury pirydyny i pochodnych

Widma UV charakterystyczne cechy ułatwiające określanie struktury pirydyny i pochodnych Pirydyna i pochodne 1 Pirydyna Tw 115 o C ; temperatura topnienia -41,6 0 C Miesza się w każdym stosunku z wodą tworząc mieszaninę azeotropowa o Tw 92,6 o C; Energia delokalizacji 133 kj/mol ( benzen 150.5

Bardziej szczegółowo

Czym się różni ciecz od ciała stałego?

Czym się różni ciecz od ciała stałego? Szkła Czym się różni ciecz od ciała stałego? gęstość Czy szkło to ciecz czy ciało stałe? Szkło powstaje w procesie chłodzenia cieczy. Czy szkło to ciecz przechłodzona? kryształ szkło ciecz przechłodzona

Bardziej szczegółowo

Błona komórkowa - funkcje a struktura? Błony komórki jako bariery

Błona komórkowa - funkcje a struktura? Błony komórki jako bariery Błona komórkowa - funkcje a struktura? Błony komórki jako bariery 1 Jak zbudowane są błony plazmatyczne? Jak zbudowane są błony plazmatyczne? Historia badań Koniec XIX w.- badania błon erytrocytów, wodniczek

Bardziej szczegółowo

Właściwości aminokwasów i białek

Właściwości aminokwasów i białek Właściwości aminokwasów i białek el ćwiczenia Ćwiczenie ma na celu poznanie niektórych typowych reakcji aminokwasów i białek. Reakcje te pozwalają odróżnić wolne aminokwasy od białek i innych związków

Bardziej szczegółowo

Ocena jakościowa reakcji antygen - przeciwciało. Mariusz Kaczmarek

Ocena jakościowa reakcji antygen - przeciwciało. Mariusz Kaczmarek Ocena jakościowa reakcji antygen - przeciwciało Mariusz Kaczmarek Antygeny Immunogenność - zdolność do wzbudzenia przeciwko sobie odpowiedzi odpornościowej swoistej; Antygenowość - zdolność do reagowania

Bardziej szczegółowo

Substancje o Znaczeniu Biologicznym

Substancje o Znaczeniu Biologicznym Substancje o Znaczeniu Biologicznym Tłuszcze Jadalne są to tłuszcze, które może spożywać człowiek. Stanowią ważny, wysokoenergetyczny składnik diety. Z chemicznego punktu widzenia głównym składnikiem tłuszczów

Bardziej szczegółowo

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 11

Podstawy projektowania leków wykład 11 Podstawy projektowania leków wykład 11 Łukasz Berlicki QSAR i 3D QSAR 1964, C. Hansch i T. Fujita: QSAR 1984, P. Andrews: wkład grup funkcyjnych do oddziaływania z celem molekularnym 1985, P. Goodford:

Bardziej szczegółowo

Przedziały komórkowe siateczka endoplazmatyczna (ER)

Przedziały komórkowe siateczka endoplazmatyczna (ER) Przedziały komórkowe siateczka endoplazmatyczna (ER) Pochodzenie ER inwaginacja błony - (kanały trnslokacyjne) i rozrost cysterny spłaszczone woreczki tubule Siateczka śródplazmatyczna retikulum endoplazmatyczne

Bardziej szczegółowo

Wieloskalowe modelowanie molekularne bia³ek

Wieloskalowe modelowanie molekularne bia³ek Osi¹gniêcia Nauki i Techniki Kierunki Rozwoju i Metody KONWERSATORIUM POLITECHNIKI WARSZAWSKIEJ Wk³adka nr 10 do Miesiêcznika Politechniki Warszawskiej nr 2/2007 Redaktor merytoryczny Stanis³aw Janeczko

Bardziej szczegółowo

Komputerowo wspomagane projektowanie leków przykłady sukcesów i porażek. Marcin Najgebauer

Komputerowo wspomagane projektowanie leków przykłady sukcesów i porażek. Marcin Najgebauer Komputerowo wspomagane projektowanie leków przykłady sukcesów i porażek Marcin Najgebauer Historia Cóż jest trucizną? Wszystko jest trucizną i nic nie jest trucizną. Tylko dawka czyni, że dana substancja

Bardziej szczegółowo

Część III: Poszukiwanie chemoterapeutyków

Część III: Poszukiwanie chemoterapeutyków 5. MECHANIZM DZIAŁANIA LEKÓW NA POZIOMIE MOLEKULARNYM Chociaż każda grupa leków posiada swój indywidualny mechanizm działania, to jednak możliwe jest znalezienie elementów wspólnych występujących we wszystkich

Bardziej szczegółowo

Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin

Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki Zagadnienia na egzamin 1. Zapisz konfigurację elektronową dla atomu helu (dwa elektrony) i wyjaśnij, dlaczego cząsteczka wodoru jest stabilna, a cząsteczka

Bardziej szczegółowo

Komórka - budowa i funkcje

Komórka - budowa i funkcje Komórka - budowa i funkcje Komórka - definicja Komórka to najmniejsza strukturalna i funkcjonalna jednostka organizmów żywych zdolna do przeprowadzania wszystkich podstawowych procesów życiowych (takich

Bardziej szczegółowo

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier.

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier. ID Testu: F5679R8 Imię i nazwisko ucznia Klasa Data 1. Na indywidualne cechy danego osobnika ma (maja) wpływ A. wyłacznie czynniki środowiskowe. B. czynniki środowiskowe i materiał genetyczny. C. wyłacznie

Bardziej szczegółowo

Imię i Nazwisko studenta. Imię i Nazwisko opiekuna

Imię i Nazwisko studenta. Imię i Nazwisko opiekuna Tematy prac dyplomowych realizowanych w Katedrze Chemii Biomedycznej w roku akademickim 2015-2016 (specjalna organizacja roku) Opracowanie metody ekspresji i izolacji amyloidogennego warianta cystatyny

Bardziej szczegółowo

Z47 BADANIA WŁAŚCIWOŚCI ELEKTROFIZJOLOGICZNYCH BŁON KOMÓRKOWYCH

Z47 BADANIA WŁAŚCIWOŚCI ELEKTROFIZJOLOGICZNYCH BŁON KOMÓRKOWYCH Z47 BADANIA WŁAŚCIWOŚCI ELEKTROFIZJOLOGICZNYCH BŁON KOMÓRKOWYCH I. Cel ćwiczenia Celem ćwiczenia jest zapoznanie się z podstawową wiedzą na temat pomiarów elektrofizjologicznych żywych komórek metodą Patch

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW DOPASOWYWANIE SEKWENCJI 1. Miary podobieństwa sekwencji aminokwasów 2. Zastosowanie programów: CLUSTAL OMEGA BLAST Copyright 2013, Joanna Szyda

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Czas trwania lekcji: 2x 45 minut Cele lekcji: 1. Ogólny zapoznanie

Bardziej szczegółowo

Profil metaboliczny róŝnych organów ciała

Profil metaboliczny róŝnych organów ciała Profil metaboliczny róŝnych organów ciała Uwaga: tkanka tłuszczowa (adipose tissue) NIE wykorzystuje glicerolu do biosyntezy triacylogliceroli Endo-, para-, i autokrynna droga przekazu informacji biologicznej.

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 7

Podstawy projektowania leków wykład 7 Podstawy projektowania leków wykład 7 Łukasz Berlicki Inhibitory enzymów Kowalencyjne reagują z resztami aminokwasowymi enzymu. Inhibitory kowalencyjne mogą być nieodwracalne lub odwracalne. Niekowalencyjne

Bardziej szczegółowo

Dotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano.

Dotyczy to zarówno istniejących już związków, jak i związków, których jeszcze dotąd nie otrzymano. Chemia teoretyczna to dział chemii zaliczany do chemii fizycznej, zajmujący się zagadnieniami związanymi z wiedzą chemiczną od strony teoretycznej, tj. bez wykonywania eksperymentów na stole laboratoryjnym.

Bardziej szczegółowo

STRUKTURA I FUNKCJA MAKROCZĄSTECZEK BIOLOGICZNYCH IV semestr Zastosowania fizyki w biologii i medycynie 30 h w + 15 h ćwiczeń

STRUKTURA I FUNKCJA MAKROCZĄSTECZEK BIOLOGICZNYCH IV semestr Zastosowania fizyki w biologii i medycynie 30 h w + 15 h ćwiczeń STRUKTURA I FUNKCJA MAKROCZĄSTECZEK BIOLOGICZNYCH IV semestr Zastosowania fizyki w biologii i medycynie 30 h w + 15 h ćwiczeń 1. Fizyczne podstawy struktur makrocząsteczek oraz oddziaływań wewnątrz- i

Bardziej szczegółowo

cz. VI leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe

cz. VI leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe Oddziaływanie leków z celami molekularnymi cz. VI leki przeciwwirusowe i przeciwnowotworowe Prof. dr hab. Sławomir Filipek Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Uniwersytet Warszawski

Bardziej szczegółowo

DNA musi współdziałać z białkami!

DNA musi współdziałać z białkami! DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji

Bardziej szczegółowo

Ciała stałe. Ciała krystaliczne. Ciała amorficzne. Bardzo często mamy do czynienia z ciałami polikrystalicznymi, rzadko monokryształami.

Ciała stałe. Ciała krystaliczne. Ciała amorficzne. Bardzo często mamy do czynienia z ciałami polikrystalicznymi, rzadko monokryształami. Ciała stałe Ciała krystaliczne Ciała amorficzne Bardzo często mamy do czynienia z ciałami polikrystalicznymi, rzadko monokryształami. r T = Kryształy rosną przez regularne powtarzanie się identycznych

Bardziej szczegółowo

PRZYKŁADOWE ZADANIA ORGANICZNE ZWIĄZKI ZAWIERAJĄCE AZOT

PRZYKŁADOWE ZADANIA ORGANICZNE ZWIĄZKI ZAWIERAJĄCE AZOT PRZYKŁADOWE ZADANIA ORGANICZNE ZWIĄZKI ZAWIERAJĄCE AZOT Zadanie 1127 (1 pkt) Uszereguj podane związki według rosnącego ph w roztworze wodnym. Właściwy porządek podaj zapisując go wzorami półstrukturalnymi.

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie teorii węzłów w biologii molekularnej. Piotr Krzywda Gr. 10B2

Zastosowanie teorii węzłów w biologii molekularnej. Piotr Krzywda Gr. 10B2 Zastosowanie teorii węzłów w biologii molekularnej Piotr Krzywda Gr. 10B2 Na początku trochę biologii. Biologia molekularna Biologia molekularna jest to dziedzina nauki z pogranicza kilku nauk biologicznych,

Bardziej szczegółowo

BIOCHEMIA. Skrypt dla studentów medycyny opracowany na podstawie Biochemii Harpera. Michu Wrocław 2008 Wersja 1.0

BIOCHEMIA. Skrypt dla studentów medycyny opracowany na podstawie Biochemii Harpera. Michu Wrocław 2008 Wersja 1.0 BIOCHEMIA Skrypt dla studentów medycyny opracowany na podstawie Biochemii Harpera Michu Wrocław 2008 Wersja 1.0 - 2 - SPIS TREŚCI Rozdział I Aminokwasy, peptydy, białka 1. Aminokwasy a) budowa, b) nazewnictwo

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Czy priony zawsze są szkodliwe? SPIS TREŚCI: Wprowadzenie. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. Karty pracy. 1.

Bardziej szczegółowo

Bazy danych jako źródło informacji o strukturze i funkcji biomolekuł

Bazy danych jako źródło informacji o strukturze i funkcji biomolekuł Bazy danych jako źródło informacji o strukturze i funkcji biomolekuł Przed ćwiczeniami należy zapoznać się z proponowaną literaturą, zwracając szczególną uwagę na zagadnienia: 1. Aminokwasy białkowe: wzory

Bardziej szczegółowo

BIAŁKA KATALITYCZNE ENZYMY ENZYMOLOGIA

BIAŁKA KATALITYCZNE ENZYMY ENZYMOLOGIA BIAŁKA KATALITYCZNE ENZYMY ENZYMOLOGIA dr hab. prof. AWF Agnieszka Zembroń-Łacny Zamiejscowy Wydział Kultury Fizycznej w Gorzowie Wlkp. Akademii Wychowania Fizycznego w Poznaniu ROBACZKI ŚWIĘTOJAŃSKIE

Bardziej szczegółowo

Motywy pakowania struktur helikalnych. ridges and grooves

Motywy pakowania struktur helikalnych. ridges and grooves Motywy pakowania struktur helikalnych ridges and grooves cytochrom b562 ludzki hormon wzrostu Symulowana struktura fragmentu dwuwarstwy lipidowej 20 x 1,5 Å - helisa 8-9 x 3.5 Å - włókno beta -otoczenie

Bardziej szczegółowo

Cel główny: Uczeń posiada umiejętność czytania tekstów kultury ze zrozumieniem

Cel główny: Uczeń posiada umiejętność czytania tekstów kultury ze zrozumieniem Hospitacja diagnozująca Źródła informacji chemicznej Cel główny: Uczeń posiada umiejętność czytania tekstów kultury ze zrozumieniem Opracowała: mgr Lilla Zmuda Matyja Arkusz Hospitacji Diagnozującej nr

Bardziej szczegółowo

Zadanie 2. (1 pkt) Uzupełnij tabelę, wpisując wzory sumaryczne tlenków w odpowiednie kolumny. CrO CO 2 Fe 2 O 3 BaO SO 3 NO Cu 2 O

Zadanie 2. (1 pkt) Uzupełnij tabelę, wpisując wzory sumaryczne tlenków w odpowiednie kolumny. CrO CO 2 Fe 2 O 3 BaO SO 3 NO Cu 2 O Test maturalny Chemia ogólna i nieorganiczna Zadanie 1. (1 pkt) Uzupełnij zdania. Pierwiastek chemiczny o liczbie atomowej 16 znajduje się w.... grupie i. okresie układu okresowego pierwiastków chemicznych,

Bardziej szczegółowo

Orbitale typu σ i typu π

Orbitale typu σ i typu π Orbitale typu σ i typu π Dwa odpowiadające sobie orbitale sąsiednich atomów tworzą kombinacje: wiążącą i antywiążącą. W rezultacie mogą powstać orbitale o rozkładzie przestrzennym dwojakiego typu: σ -

Bardziej szczegółowo

Pracownia analizy instrumentalnej i spektroskopii molekularnej

Pracownia analizy instrumentalnej i spektroskopii molekularnej Pracownia analizy instrumentalnej i spektroskopii molekularnej Makrokierunek Inżynierii Nanostruktur Uniwersytetu Warszawskiego. Semestr zimowy 2012/2013 Zastosowanie spektroskopii FT-IR oraz techniki

Bardziej szczegółowo

Mechanika Molekularna. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski

Mechanika Molekularna. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski Mechanika Molekularna Plan wykładu: Wstęp do mechaniki molekularnej. Podstawy teoretyczne mechaniki molekularnej. Funkcje mechaniki molekularnej (obliczanie energii, minimalizacja energii, przeszukiwanie

Bardziej szczegółowo

2. Reakcje egzo- i endoergiczne. Opisz znane Ci przykłady sprzężenia ze sobą kilku reakcji.

2. Reakcje egzo- i endoergiczne. Opisz znane Ci przykłady sprzężenia ze sobą kilku reakcji. Tematy opisowe 1. Co wiesz na temat tzw. energetyki wodorowej? 2. Reakcje egzo- i endoergiczne. Opisz znane Ci przykłady sprzężenia ze sobą kilku reakcji. 3. Różnice i podobieństwa w widmach IR i Ramana.

Bardziej szczegółowo

SZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab

SZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab SZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab CZĄSTECZKA I RÓWNANIE REKCJI CHEMICZNEJ potrafi powiedzieć co to jest: wiązanie chemiczne, wiązanie jonowe, wiązanie

Bardziej szczegółowo

Politechnika Łódzka Instytut Biochemii Technicznej

Politechnika Łódzka Instytut Biochemii Technicznej Prof. dr hab. inż. Grzegorz Bujacz Politechnika Łódzka Instytut Biochemii Technicznej Łódź, 10 maja 2013 rok. Recenzja pracy habilitacyjnej dr Elżbiety Jankowskiej na temat " Badanie peptydów i białek

Bardziej szczegółowo